쟁점금액을 법정기부금으로 보아 전액 손금산입함

**세무서장이 2013.10.2. 청구법인에게 한 2012사업연도 법인세 214,277,450원을 환급하여 달라는 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 아래와 같이 1,164,610,634원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 학교법인 대학교(이하 “학교법인”)에 지출하고 출연금으로 영수증을 발급받아 2012사업연도 재무제표에 출연금으로 반영하여 법인세를 신고한 후, 학교법인으로부터 기부금으로 수정하여 영수증을 발급받아 이를 법정기부금으로 손금산입하고, 2013.8.6. 법인세 214,277,450원을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다. (단위: 원) 날짜 금액 당초신고 정정신고 임금내역 2012.5.3. 500,000,000 출연금 법정기부금 대학원대학교 2012.7.2. 564,610,634 출연금 법정기부금 학교법인대학교 2012.7.17. 100,000,000 출연금 법정기부금 학교법인대학교 1,164,610,634
• 나. 처분청은 법인세법 제24조 제2항 에 따라 쟁점금액이 사립학교의 시설비․교육비․장학금 또는 연구비로 지출되었다고 인정할 근거가 부족하여 법정기부금으로 볼 수 없다는 이유로 2013.10.2 경정청구 거부통지를 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.12.31. 이의신청을 거쳐 2014.2.28. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

1. 처분청은 학교법인이 사립학교법에 의하여 설립된 사실 및 청구법인이 쟁점금액을 학교법인 산하학교의 시설비․교육비․장학금 또는 연구비로 지정하여 지출한 사실을 인정하면서도 학교법인의 산하학교에서 쟁점금액을 시설비․교육비․장학금 또는 연구비 항목으로 지출된 사실을 확인할 수 없어 법정기부금에 해당되지 않는다고 보아 손금불산입하였다. 2) 법인세법 제24조 제2항 은 사립학교에 시설비․교육비․장학금 또는 연구비로 지출하는 기부금은 법정기부금으로 규정하면서, 내국법인이 ｢사립학교법｣에 따른 사립학교(학교법인이 수령하여 학교에 전출처리하는 경우 포함)에 시설비･교육비･장학금 또는 연구비로 지정하여 지출하고 기부금영수증을 발급 받아 보관하는 경우에는 ｢법인세법｣ 제24조제2항 에 따라 손금산입할 수 있도록 하였다(법규법인-0901, 2010.5.28.; 법인세과-224, 2011.3.24.; 법인세과-510(2013.09.25. 등 다수) 즉, 관련 법령 및 예규 등을 종합하여 보면, 내국법인이 ｢사립학교법｣에 따른 사립학교에 시설비·교육비·장학금 또는 연구비로 지출하는 기부금을 법정기부금으로 본다고 규정하고 있을 뿐, 학교법인이 지출한 내역에 따라 법정기부금 여부가 달라진다고 규정하고 있지 않다. 또한, 처분청은 학교법인에서 수취한 기부금 1,880백만원 중 1,057백만원은 산하학교로 전출되었고, 쟁점금액 중 일부가 산하학교의 운영수익으로 전출 또는 학교법인의 부채상환에 사용되었다고 볼 수 있다며 쟁점금액을 법정기부금으로 볼 수 없다는 의견이다. 법정기부금 해당 여부는 내국법인이 ｢사립학교법｣에 따른 사립학교에 시설비･교육비･장학금 또는 연구비로 지정하여 지출하였는지 여부만으로 결정되도록 법인세법에 규정되어 있고, 예규 등에서도 위와 같이 해석하고 있다. 따라서 학교법인이 쟁점금액에 대해 시설비･교육비･장학금 또는 연구비로 지정하여 기부받은 것으로 인정하여 청구법인에 법정기부금 영수증을 발행하였고, 학교법인에서 제출한 공익법인 결산서류 등의 공시 내역 중 ‘기부금 모집 및 지출명세 내역’에도 쟁점금액을 전액 법정기부금으로 구분･신고하였으며, 학교법인은 쟁점금액을 위 해당용도에 사용하였음을 인정하고 있으므로, 쟁점금액은 법정기부금으로 인정되어야 한다. 만약 내국법인이 시설비 교육비 장학금 또는 연구비로 지정하여 기부하였음에도 불구하고 학교에서 이에 사용하지 않았다는 사실만으로 법정기부금으로 인정하지 않는다면 내국법인은 학교법인에 기부하기를 주저할 것이므로 사립학교에 기부를 촉진하기 위한 입법취지에도 반하게 된다.

3. 청구법인은 학교법인에 쟁점금액을 시설비 교육비 장학금 또는 연구비로 지정하여 기부하였고, 학교법인은 위 해당 항목에 쟁점금액을 사용하였다. 학교법인 이사장(이범)이 작성한 2012학년도 법정기부금 사용내역에 의하면, 학교연구시설비로 990,000,000원(시 동 **-2. 3번지 3층), 교수연구비로 116,000,000원(심 외 18명), 장학금으로 169,460,000원(박진 외 91명), 운영비로 605,050,634원(교비운영비 지출)을 지출한 것으로 되어 있다. 따라서 청구법인이 학교법인에 쟁점금액을 시설비･교육비･장학금 또는 연구비로 지정하여 기부한 쟁점금액은 법정기부금으로 인정되어야 한다. 처분청은 학교법인의 2012년 손익계산서와 대차대조표상 760백만원의 단기차입금이 상환된 사실이 있고, 쟁점금액의 일부가 위 단기차입금의 상환에 사용되었으므로 법정기부금이 아니라고 주장하나, 위 단기차입금은 2009년 및 2011년 학교법인의 학교연구시설을 구입하면서 발생한 것이고, 학교법인에 지출한 기부금이 교육시설 건립을 위해 대출받은 원리금상환 또는 시설금융리스의 상환용도에 사용된 경우에도 이는 시설비로 지출한 것으로 봄이 타당하므로(법인46012-1506, 1996.05.25.) 위 금액은 법정기부금으로 인정되어야 한다.

4. 가사 청구법인이 2012년 시설비･교육비･장학금 또는 연구비로 지정하여 기부한 쟁점금액이 위 해당용도에 2012년에 사용되지 않았다고 하더라도 청구법인은 2012년에 쟁점금액을 법정기부금으로 인정받을 수 있는 것이다. 즉, 학교법인이 기부받은 자산을 수익사업(예: 부동산 임대업 등)에 사용하고 그 수익을 사립학교의 시설비, 교육비 또는 연구비로 지출하는 경우에 내국법인 등이 당초 기부한 수익사업용 자산에 대해 기부금 손금산입 규정을 적용할 수 있다.(법인22601-949, 1989.3.14., 재소득22601-306, 1989.03.07). 따라서 청구법인이 학교법인에 시설비･교육비･장학금 또는 연구비로 지정하여 기부한 쟁점금액은 법정기부금으로 인정되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 청구법인 당초 쟁점금액을 학교법인 대학교에 출연한 출연금으로 신고하였다가 법정기부금으로 정정하여 경정청구를 하였으나, 학교법인 대학교의 공익법인 결산서류 공시내역 ‘기부금품 모집 및 지출명세서’ 상의 지출내역을 검토한바, 청구법인이 지급한 쟁점금액이 학교법인 대학교 및 대학교 대학원의 ‘법인운영비’, ‘고유목적사업비’로 지출된 것이 확인될 뿐으로, 법인세법 제24조 제2항 에 규정에 의한 사립학교에 시설비･교육비･장학금･연구비로 지정하여 지출된 것은 확인할 수 없어 법정기부금에 해당하지 않은 것으로 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

○ 청구법인이 학교법인에 지출한 쟁점금액을 법정기부금으로 보아 손금산입할 수 있는지 여부

• 나. 관련법령 1) 법인세법 제24조 【기부금의 손금불산입】

① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 중 사회복지·문화·예술·교육·종교·자선·학술 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 기부금(이하 "지정기부금"이라 한다) 중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액에 100분의 10을 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 "손금산입한도액"이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금 외의 기부금은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 해당 사업연도의 소득금액(제44조, 제46조 및 제46조의5에 따른 양도손익은 제외하고 제2항에 따른 기부금과 지정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)

2. 제2항에 따라 손금에 산입되는 기부금과 제13조제1호에 따른 결손금의 합계액

② 제1항과 제29조는 다음 각 호의 기부금(이하 "법정기부금"이라 한다)에 대하여는 적용하지 아니한다. 다만, 법정기부금을 합한 금액이 해당 사업연도의 소득금액에서 제13조제1호의 결손금을 뺀 후의 금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 "법정기부금의 손금산입한도액"이라 한다)을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각 목의 기관(병원은 제외한다)에 시설비·교육비·장학금 또는 연구비로 지출하는 기부금

• 가. 사립학교법에 따른 사립학교 2) 법인세법 시행령 제36조 【지정기부금의 범위 등】

① 법 제24조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기부금"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 각 목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 "지정기부금단체등"이라 한다)에 대하여 당해 지정기부금단체등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 사목에 따라 지정된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 6년간(이하 이 조에서 "지정기간"이라 한다) 지출하는 기부금에 한정한다.

• 가. 사회복지사업법에 의한 사회복지법인
• 나. 유아교육법에 따른 유치원·초·중등 교육법 및 고등교육법에 의한 학교, 근로자직업능력 개발법에 의한 기능대학, 평생교육법 제31조제4항 에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및 같은 법 제33조제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설 3) 사립학교법 제2조 【정의】

① 이 법에서 "사립학교"라 함은 학교법인 또는 공공단체외의 법인 기타 사인이 설치하는 유아교육법 제2조제2호 와 초·중등 교육법 제2조 및 고등교육법 제2조 에 규정된 학교를 말한다.

② 이 법에서 "학교법인"이라 함은 사립학교만을 설치·경영함을 목적으로 이 법에 의하여 설립되는 법인을 말한다. 4) 고등교육법 제2조 【학교의 종류】 고등교육을 실시하기 위하여 다음 각 호의 학교를 둔다.

5. 방송대학·통신대학·방송통신대학 및 사이버대학(이하 "원격대학"이라 한다)

• 다. 사실관계 및 판단

1. 이 건 처분과 관련된 이의신청 결정이유서의 사실관계는 다음과 같으며 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.

• 가) 청구법인은 당초 2012귀속 법인세 신고시 아래 3건 지급내역 1,164백만원에 대하여 학교법인에 출연한 출연금으로 보아 기타 투자자산으로 신고하였으나 법정기부금으로 정정하여 2013.8.6 경정청구를 신청한 사실이 국세통합전산망 및 경정청구서를 통해 확인된다. (단위: 원) 날짜 금액 당초신고 정정신고 입금내역 2012.5.3. 500,000,000 출연금 법정기부금 대학원대학교 2012.7.2. 564,610,634 출연금 법정기부금 학교법인대학교 2012.7.17. 100,000,000 출연금 법정기부금 학교법인**대학교 1,164,610,634
• 나) 청구법인이 2012년에 3차례에 걸쳐 총 1,164백만원의 금액을 기부하고 기부금영수증을 발급받은 사실이 학교법인에서 신고한 기부금영수증 발급명세 및 청구법인이 제출한 기부금 영수증을 통해 확인되며, 영수증 발급당시 기부금 유형을 법정기부금으로 구분하였다.
• 다) 청구법인이 3차례에 걸쳐 기부금 전액을 학교법인 및 산하학교 계좌로 지급한 사실이 청구법인이 제출한 타행송금의뢰 확인증을 통해 확인된다.
• 라) 학교법인에서 제출한 공익법인 결산서류 등의 공시 내역 중 ‘기부금 모집 및 지출명세 내역’은 다음과 같으며, 기부금 전액을 법정기부금으로 구분하여 신고한 것으로 나타난다. <기부금 모집내역> (단위: 천원) 월별 수입 지출 잔액 월별 수입 지출 잔액 전기이월 2012-9 15,300 16,500 120,313 2012-3 2012-10 120,313 2012-4 500,000 404,493 95,506 2012-11 120,313 2012-5 500,000 595,506 2012-12 300 120,313 2012-6 595,506 2013-1 120,313 2012-7 664,610 1,138,903 121,213 2013-2 200,000 313,790 6,823 2012-8 300 121,513 차기이월 6,823 <기부금 지출내역> (단위: 천원) 지출월 지급목적 지급건수 대표 지급처명 대표사업자번호 금액 2012-4 고유목적사업 1 대학원대학교 209-82- 404,493 2012-7 법인운영비 1 학교법인대학교 101-82- 760,000 2012-7 고유목적사업 2 대학원대학교 209-82- 378,903 2012-9 법인운영비 1 학교법인대학교 101-82- 16,500 2013-2 대학원대학교 1 대학원대학교 209-82-* 200,000 2013-2 법인운영비 1 학교법인대학교 101-82-*** 113,790
• 마) 학교법인에서 제출한 공익법인 결산서류 등의 공시 내역 중 2012년 손익계산서상 수입 및 비용내역은 다음과 같으며, 대차대조표상 760백만원의 단기차입금이 상환된 사실이 확인된다. (단위: 천원) 수 입 비 용 기부금수입 1,880,510 관리운영비 54,148 보조금 67 교육외비용 14,712 전출금 1,056,815

① 경상비전출금 983,397

② 법정부담금전출금 73,418

• 바) 산하학교에서 공시한 운영손익계산서 내역은 다음과 같다. (단위: 천원) 수익과목 비용과목 운영수익 3,095,921 운영비용 2,062,672 등록금수입 1,957,579 보수 1,341,544 전입금 1,057,800 관리운영비 345,285 국고보조금 3,540 연구학생경비 336,502 교육부대수입 64,087 교육외비용 39,341 교육외수입 12,915
• 사) 산하학교에서 공시한 기부금 현황은 다음과 같다. (단위: 천원) 구분 법인회계 교비회계 합계 일반기부금 900 5,634 6,534 지정기부금 1,879,611 13,180 1,892,791 연구기부금 0 0 0 합계 1,880,511 18,814 1,899,325
• 아) 청구법인이 쟁점금액을 산하학교의 시설비․교육비․장학금 또는 연구비로 지정하여 지출한 사실이나 산하학교에서 실제 해당 항목으로 지출된 사실을 확인할 수 있는 증빙 제출을 요청하였으나 학교법인에서 기부금영수증 교부시 법정기부금으로 기재해준 사실 이외 구체적 증빙은 제시하지 못하였다.
• 자) 청구법인의 전 대표 고*용(2002.1.22~2012.8.21)이 현재 산하학교의 대표로 선임(2013.3.8)된 사실이 국세통합전산망을 통해 확인된다.

2. 청구법인이 심사청구 심리과정에서 추가로 제출한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

• 가) 학교법인 이사장(이*범)이 작성한 2012학년도 법정기부금 사용내역에 의하면, 법정기부금을 아래와 같이 사용하였음을 확인한다고 기재되어 있고, 그 근거 서류로 부동산 매매계약서 및 임대차계약서(지출전표 포함), 교수연구비 지급내역, 장학금 지급내역을 첨부하였다.

1. 학교연구시설비: 990,000,000원(시 *동 ****-2.3번지 3층)

2. 교수연구비: 116,000,000원(심** 외 18명)

3. 장학금: 169,460,000원(박*진 외 91명)

4. 운영비: 605,050,634원(교비운영비 지출) 합 계: 1,880,510,634원

• 나) 청구법인이 제출한 학교법인의 교원인사규정에 의하면, 다음과 같은 내용이 기재되어 있고, 2012년 교원급여표에 의하면, 학교가 심*현 외 18명의 교수들에 지출한 월별 연구비 현황은 아래 표와 같다.

(1) 교원인사규정 요약 제5장 보수 제31조(급여)①교원의 급여는 성과연봉제로 한다.

② 급여는 기본급과 수당으로 구분하고, 강의를 하지 아니한 경우에는 [별표2]의 기본급만 지급한다.

③ 수당은 강의수당, 연구수당, 성과수당 및 보직수당으로 구분한다.

④ 강의수당, 연구수당은 강좌 수에 따라 차등 지급한다. 지급액은 [별표3]에 의한다. [별표3] 수당 기준표 수당 연구수당 강좌수당 성과수당 수당합계 금액 1강좌 100,000 100,000 200,000 400,000 2강좌 300,000 100,000 400,000 800,000 3강좌 이상 500,000 100,000 600,000 1,200,000 ※ 성과수당은 성과등급에 따라 차등적용됨

(2) 2012년 월별 연구비 지급현황 (단위: 천원) 구분 금액 구분 금액 1월 10,000 7월 9,500 2월 9,500 8월 9,000 3월 9,500 9월 9,000 4월 9,500 10월 9,000 5월 9,500 11월 9,000 6월 9,500 12월 9,000 합계 112,000

• 다) 학교법인의 장학금 지급내역에 의하면, 박*진 외 91명에게 169백만원을 지급한 것으로 나타난다.
• 라) 학교법인이 2012.1.19. 취득한 시 구 동 -2 외 1 필지 301호의 부동산등기부등본에 의하면, 학교법인은 2011.11.30. 학교법인의 이사장인 정옥으로부터 990백만원에 취득한 것으로, 정옥은 2011.3.17. 학교법인학원으로부터 990백만원에 취득한 것으로 나타나고, 근저당권 설정내용에 의하면, 2011.3.17. 근저당권자는 **은행으로, 채무자는 정*옥으로, 채권최고액은 600백만원으로 근저당권이 설정되었다가 2012.7.12. 근저당권설정등기말소가 된 것으로 나타난다.
• 마) 청구법인이 제출한 증빙에 의하면, 학교법인은 2009.12.18. 시 구 동 304-1 대지 241㎡를 취득하면서 정욱으로부터 200백만원을 차입하였고, 2012.1.19. 취득한 시 구 동 ****-2 외 1 필지 301호를 취득하면서 정욱으로부터 500백만원을 차입한 것으로 나타난다.
• 마) 학교법인이 제출한 2012년도 단기차입금 상환내역에 의하면, 2012.7.2. 연구시설용 부동산 취득과 관련된 차입금 700백만원을 포함하여 총 1,064백만원을 상환한 것으로 되어 있다.
• 라. 판단 위 관련법령 및 사실관계를 종합하여 살피건대, ｢법인세법｣ 제24조 제2항 은 사립학교에 시설비․교육비․장학금 또는 연구비로 지출하는 기부금은 법정기부금으로 전액 손금에 산입하도록 규정하고 있고, 국세청 예규(법규법인-0901, 2010.5.28. 외 다수)도 내국법인이 ｢사립학교법｣에 따른 사립학교(학교법인이 수령하여 학교에 전출처리하는 경우 포함)에 시설비 교육비 장학금 또는 연구비로 지정하여 지출하고 기부금영수증을 발급받아 보관하는 경우에는 ｢법인세법｣ 제24조 제2항 에 따라 손금 산입할 수 있다고 하고 있을 뿐 학교법인이 기부받은 법정기부금의 지출내역에 따라 기부자의 손금산입 여부가 달라진다고 규정하고 있지 아니하여 기부자의 기부내용에 따라 법정기부금으로 인정함이 합리적이라 할 것이다. 학교법인에서 신고한 기부금영수증 발급명세 및 청구법인이 제출한 기부금 영수증에 의하면, 청구법인이 2012년에 3차례에 걸쳐 쟁점금액을 기부하고 법정기부금으로 영수증을 발급받은 것으로 나타나고, 학교법인에서 제출한 공익법인 결산서류 등의 공시 내역 중 ‘기부금 모집 및 지출명세 내역’에 의하면 쟁점금액은 전액 법정기부금으로 구분･신고한 점 등을 고려할 때, 쟁점금액은 법인세법 제24조 제1항 의 규정에 따라 전액 손금에 산입할 수 있는 것으로 보인다. 따라서 처분청이 쟁점금액을 손금에 산입할 수 없는 것으로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이라고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제3호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.