조세심판원 심사청구 법인세

①쟁점의원을 개인 소유로 볼 수 있는지 여부 ②쟁점권리금을 청구법인의 귀속으로 볼 수 있는지 여부

사건번호 심사법인2013-0069 선고일 2014.12.23

청구법인과 임간의 대여금 반환청구소송 판결문에 의하면, 임를 쟁점의원의 관리의사가 아닌 개인사업자로 판단하고 있어 임가 쟁점의원을 독립된 사업자로서 자신의 계산으로 운영한 것으로 보이며, 쟁점권리금은 청구법인의 지점인 한의원 인수에 따른 한의원 시설・평판・신용 등에 대한 대가로 보이므로 청구법인의 귀속으로 판단됨

주문

이 건 심사청구는 기각합니다.

1. 처분내용
  • 가. 청구법인은 1996.3.21. 개업한 **복지사업, 의료기관 설치운영사업 등을 목적으로 사회복지사업법에 따라 설립된 사회복지법인으로 처분청은 청구법인에 대한 법인사업자 조사를 실시한 결과 청구외 임(이하 “임”라 한다)가 청구법인의 분사무소 중 동 소재 한의원과 의원(이하 “쟁점의원”이라 한다)을 임 개인사업장 임에도 불구하고, 청구법인의 명의를 사용한 것으로 보아 그에 해당하는 수익과 비용을 청구법인의 사업연도 소득금액에서 제거하여 2013.7.5. 2007년 사업연도 법인세 307,135,010을 부과처분 하였으며, 2005년 제1기 과세기간 중 임가 청구법인의 전 대표자였던 박(이하 “박”라 한다)에게 지급한 권리금 100,000천원(이하 “쟁점권리금”이라 한다)을 청구법인의 수입금액에 해당하는 것으로 보아 2005년 제1기 부가가치세 19,610,000원을 부과처분하고, 쟁점권리금을 청구법인의 2005년 사업연도 익금에 산입한 후 박**에게 상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액 변동통지를 하였다.
  • 나. 청구인은 이에 불복하여 2013.9.9. 이의신청을 거쳐 2013.12.31. 심사청구를 제기하였다.
2. 청구주장
  • 가. 처분청에서 청구법인의 2005∼2007 사업연도의 과세표준을 계산하면서 청구법인의 분사무소인 쟁점의원의 수익과 비용을 차감한 것은 아무런 이유나 증거가 없는 것으로 부당하다.

1. 청구법인은 민법 제32조 의 특별법에 해당하는 사회복지사업법에 따라 ****복지사업, 의료기관 설치운영사업 등을 목적으로 보건복지부장관의 허가를 받아 설립된 사회복지법인으로, 민법 제32조 및 제33조에 의하여 설립등기 된 비영리법인으로서 지점인 쟁점의원의 설치허가신고를 하고 민법 제50조 에 의하여 지점 설치등기를 하였다.

2. 청구법인은 법률의 규정에 의하여 법인격을 가진 실체로서 법률의 규정에 따라 정관으로 정한 목적의 범위내에서 권리와 의무의 주체가 된 것이고, 주사무소와 분사무소는 별개의 법인격으로서 분리된 것이 아니라 하나의 법인격을 가진 실체로서 분사무소에서 한 법률행위는 모두 청구법인에게 귀속된다.

3. 또 등기된 내용은 진실한 것으로 인정된다는 등기의 효력도 발생하게 된 것이므로 청구법인의 분사무소에서 한 법률행위는 진실한 것으로 모두 청구법인에게 귀속되는 것이며, 이를 부인하려면 분사무소 설치 등기 원인무효나 허가취소의 판결이 확정되어야 하는 것이고, 이러한 판결의 확정일까지 행한 법률행위는 법인 목적의 범위 외의 행위를 제외하고는 모두 청구법인에게 귀속되는 것이다.

4. 법인세법에서는 비영리내국법인이 수익사업에서 생기는 소득에 대하여 법인세를 납부하도록 규정하고 있고, 법인이 설립무효 또는 설립취소의 판결을 받은 경우에도 당해 판결의 확정일까지 발생한 소득에 대하여 법인으로서 법인세를 납부할 의무가 있다고 해석하고 있다.

5. 그런데 처분청에서 쟁점의원의 수익과 비용을 차감하여 청구법인의 2005∼2007 사업연도의 과세표준을 계산한 것은 법인등기의 효력을 부인하여야 할 아무런 이유나 이를 증명할 만한 증거자료가 없는 것으로서 부당한 것이고, 법인세법상의 납세의무자인 법인의 납세의무에 관한 법리를 오인한 것으로서 부당하다.

  • 나. 쟁점의원을 청구법인의 등기된 이사였으며, 쟁점의원의 관리의사였던 임** 개인에게 귀속된 것으로 본 것은 부당하다.

1. 청구법인은 **복지사업, 의료기관 설치운영사업 등을 목적으로 사회복지사업법에 따라 설립된 비영리사회복지법인으로서 2005.6.10. 분사무소인 빌딩 내의 한의원의 명칭을 사회복지법인 재단 한의원으로 관리의사를 임로 각 변경하여 의료기관 개설신고를 하였고, 한의원의 운영을 위하여 2005.6.15. 청구법인 명의의 은행 통장을 개설하였으며, 임를 2005.12.28. 청구법인의 이사로 법인등기부에 등기하였고, 청구법인은 분사무소를 확장하여 2006.9.말경 빌딩 내에 사회복지법인 **재단 의원의 개설신고를 하였으며, 의원의 운영을 위하여 2006.10.9. 청구법인 명의의 은행 통장을 추가로 개설하였고, 임**가 쟁점의원의 일상적인 수입과 지출을 자기의 책임과 계산으로 청구법인이 개설한 통장에 입금 또는 지출하고, 그 실적을 손익계산서로 나타내어 주사무소에 보고하는 독립채산제에 의하여 독자적으로 회계사무를 처리하고 관리하였으며, 청구법인은 주사무소와 분사무소의 수익사업에서 생기는 수익과 비용을 합산하여 각 사업연도의 소득금액을 계상하고 법인세과세표준을 계산하여 법인세법에서 정한 기한 내에 이를 신고하였다.

2. 처분청이 쟁점의원을 청구법인의 분사무소로 보지 않고, 임 개인에게 귀속한 것으로 판단하면서 들고 있는 지방법원 2008가합6 판결문과 항소심인 고등법원 2009나3**** 판결문을 살펴보면,

  • 가) 청구법인의 전임 이사장 박가 임에게 청구법인과 빌딩을 매수하라는 권유를 하면서 청구법인의 운영을 위하여 돈이 필요하니 원고가 청구법인에서 일하며 인수대금의 일부를 먼저 대여하고 추후 나머지 금액을 지급하면 청구법인과 빌딩을 임에게 넘겨주고, 그러지 않으면 대여금을 갚겠다고 하여, 임*한의원의 관리종사의사로 일하며, 2005.5.31.부터 2007.8.30.까지 사이에 청구법인에게 합계 1,728,300,000원을 대여 하였는데 임가 청구법인을 인수할 수 없게 되었으므로 청구법인은 임**에게 반환할 의무가 있다고 제기한 소송으로,
  • 나) 판결내용에서 쟁점의원을 청구법인의 분사무소로 보지 않는다고 판결하고 있지도 아니할 뿐더러 임**가 쟁점의원의 회계를 독립채산제로 처리하였다고 하여 개인사업을 운영한 것으로 판결한 것은 아니다.
  • 다) 그리고 임가 2005.6월경 빌딩의 소유자인 박빌딩 지하 1층 및 지상 1층에 관한 임대차계약을 체결하면서 박에게 권리금 1억원을 지급하기로 하였다고 하여 그 권리금을 임차관련 권리금이 아니라고 판결하고 있지도 아니할 뿐더러 임가 청구법인으로부터 한의원 전체를 인수하였다거나 한의원을 인수함에 따른 시설비, 영업권 등에 해당하는 권리금으로써 청구법인에게 귀속될 수입이라고 판결한 것은 아니다.
  • 라) 또한 임가 쟁점의원을 운영하면서 재단명의 통장을 직접 통제하면서 인터넷뱅킹을 통해 통장의 입출금을 자유롭게 하였고, 한의원의 수입 지출에 관하여 재단으로부터 서면 결재를 받지 않았으며, 박에게 매월 빌딩에 대한 임차료를 지급 및 월급, 운영비 등을 동 통장에서 지급하였다고 하여 임 개인에게 수익과 비용이 귀속된다고 판결하고 있지도 아니하다.
  • 마) 청구법인과 임간의 소송진행 단계에서 청구법인이 임에게 명의를 대여하였다고 주장하였다거나 청구법인의 전임 이사장인 박가 2007.12.31. 지방검찰청에서 작성된 피의자 신문조서에 청구법인이 임**에게 쟁점의원의 명의를 대여하였다고 진술하였더라도 이러한 내용을 증명할 수 있는 자료 즉 명의대여계약서, 명의대여 수수료, 명의대여 수수료 입금내역, 명의대여 기간, 명의대여 당사자, 계약일 등에 의하여 확인되지 아니한 이상 이는 어디까지나 주장하고 진술한 것에 불과한 것일 뿐 위와 같이 주장하고 진술하였다고 하여 법인등기부에 등기된 내용이 아예 없었다고 인정되거나 법인의 인격이 개인으로 변경되지도 않는 것이다.

4. 민법상 비영리법인은 법률에 의하여 성립되고 성립된 법인은 권리의무의 주체로서 인격을 가지며, 등기된 내용은 진실한 것으로 인정된다는 등기의 효력도 발생하게 되므로 등기된 분사무소의 거래행위는 모두 진실한 것으로서 법인에게 귀속된다. 그리고 민법 제34조 에서 법률의 규정에 따라 정관으로 정한 목적의 범위 내에서 권리의무의 주체가 된다고 정하고 있으므로 비영리법인의 법률행위는 비영리법인의 대표기관인 이사가 하고, 그 법률행위가 법인의 목적범위 내의 행위라면 그 법률의 효과가 법인에게 귀속되는 것이고, 법인의 목적범위 외의 행위는 법인의 행위가 아니며, 이사 개인의 행위가 되는 것이다. 그러므로 청구법인은 **복지사업, 의료기관 설치운영사업 등을 목적으로 사회복지사업법에 따라 설립된 사회복지법인으로 청구법인의 이사이고, 분사무소인 쟁점의원의 관리의사인 임가 쟁점의원에서 한 법률행위는 모두 청구법인의 목적의 범위 내의 행위로서 그 법률의 효과가 청구법인에게 귀속되는 것입니다. 따라서 쟁점의원에서 임가 관리의사 또는 이사로서 한 법률행위는 청구법인의 목적의 범위 외의 행위가 아니므로 그 법률의 효과가 임 개인에게 귀속된다고 볼 수 없을 뿐만 아니라 임**가 개인의 사업체를 운영한 것으로 볼 수도 없는 것이다.

5. 또한 청구법인이 개설한 청구법인 명의 통장을 임가 직접 소유․통제하면서 인터넷뱅킹을 통해 입출금을 자유롭게 하였고, 쟁점의원에 의약품을 공급하였던 거래처에서 임가 독립된 사업자로 자기의 계산으로 운영하였다는 사실을 확인하였다는 이유를 들어 임**가 자신의 계산과 책임하에 개인사업체로 운영하였던 것으로 판단한 것은 다음과 같이 부당하다.

  • 가) 국세청 예규(서면2팀-2591, 2004.12.9)를 살펴보면, 법인이 독립채산제에 의하여 독자적으로 회계사무를 처리하는 경우라 함은 법인의 지점 또는 영업소가 당해 사업장과 관련된 일상적인 수입과 지출을 지점장 등의 책임 하에 입금 또는 지출하고 그 실적을 손익계산서 혹은 원가계산서 등으로 나타내어 본점에 보고하는 경우를 말하는 것이라고 해석하고 있으므로 이는 법인의 지점 또는 영업소에서 회계사무를 처리하는 방법의 하나로 해석의 하고 있을 뿐만 아니라 이와 같이 법인의 지점 또는 영업소가 회계사무를 처리한다고 하여 지점 또는 영업소를 지점장 또는 영업소장 개인이 사업체를 운영한 것이라고 해석하고 있지도 아니한 것이다.
  • 나) 그러므로 임가 쟁점의원의 일상적인 수입과 지출을 그의 책임하에 입금 또는 지출하고 그 실적을 손익계산서로 나타내어 청구법인에게 보고하였으며, 청구법인은 이를 합산하여 해당연도의 법인세과세표준을 계산하여 법에서 정한 기간내에 신고하였다고 하여 이상할 것이 전혀 없을 뿐만 아니라 쟁점의원을 임가 개인사업체로 운영하였다고 볼 수도 없는 것이다.
  • 다) 뿐만 아니라 임**는 쟁점의원을 개인사업체로 운영하였다고 주장하거나 진술한 사실이 없을 뿐더러 한의사 면허를 취득한 자로서 의원개설신고를 하지 못할 특별한 이유가 없고, 청구법인의 명의를 위장하여 개인사업을 운영하게 되면 사회복지사업법 제28조 제2항 에 따라 그 수익은 청구법인의 사업목적이나 시설운영 외에는 사용할 수가 없는 것이므로 명의를 위장하여 개인사업체를 운영하여야 할 하등의 이유가 없다.
  • 라) 따라서 처분청에서 쟁점의원을 임**가 개인사업체로 운영하였다고 판단한 것은 처분청 소속의 조사공무원이 자기의 생각을 기재한 조사보고서 외에 이를 증명할 만한 아무런 법적 근거나 자료가 없는 것인데도 불구하고 청구법인이 신고한 2005∼2007 사업연도의 법인세 과세표준에서 쟁점의원의 해당 사업연도의 수익과 비용을 차감하여 과세표준을 경정한 것과 2007 사업연도 법인세 307백만원을 부과한 처분은 부당하다.
  • 다. 쟁점권리금 100백만원을 청구법인에게 귀속된 것으로 보아 이를 익금에 산입하여 법인세를 과세하고, 대표자 상여처분하여 청구법인에게 소득금액 변동통지한 것은 사실을 오인한 것으로서 부당하다.

1. 영업용 건물의 임대차에 수반하여 행하여지는 권리금의 지급은 영업시설․비품 등 유형물이나 거래처, 신용, 영업상의 노하우 혹은 점포 위치에 따른 영업상의 이점 등 무형의 재산적 가치의 양도 또는 일정기간 동안의 이용대가라고 보는 것이다.

2. 이 건의 경우에 임대차 물건인 동 소재 부동산은 박 개인 소유이며, 위 부동산의 임대차계약은 박를 임대인으로 임를 임차인으로 하여 임대차계약이 체결되어 있으며, 이에 수반하여 임차인이 임대인에게 쟁점권리금을 지급하는 내용의 특약에 따라 임차인이 임대인에게 지급된 것으로서 이는 임대차 기간 이상으로 그 임대차를 존속시키기로 하는 임차권 보장에 따른 권리금일 뿐만 아니라 그 귀속자 또한 임대인인 박인 것이다.

3. 그리고 청구법인은 위 임대차계약의 당사자도 아니며, 임대인이나 임차인으로서 임차권의 양도 또는 전대차 기회에 부수하여 일정기간 이용할 수 있는 권리를 다른 사람에게 양도하거나 또는 다른 사람에게 이용하게 함으로써 권리금 상당액을 회수할 수 있는 지위에 있지도 아니한 것이므로 이 건 권리금의 귀속자가 될 수 없다.

4. 또 청구법인이 위 임대차계약서상에 임대인이 아닐뿐더러 사실상 임대인으로 보아야 할 아무런 자료가 없음에도 불구하고, 처분청이 들고 있는 **지방법원 2008가합6 판결문과 항소심인 고등법원 2009나3** 판결문은 임가 2005.6월경 빌딩의 소유자인 박빌딩 지하 1층 및 지상 1층에 관한 임대차계약을 체결하면서 박에게 권리금 1억원을 지급하기로 하였다고 하여 그 권리금을 임차관련 권리금이 아니라고 판결하고 있지도 아니할뿐더러 청구법인이 한의원을 임에게 사업양수도하고 임가 청구법인으로부터 한의원을 인수함에 따른 시설비, 영업권 등에 해당하는 권리금으로써 청구법인에게 귀속될 수입이라고 판결하고 있지도 않다.

5. 그런데 처분청은 위 임대차계약서상에 청구법인이 임대인이 아닐뿐더러 특약사항의 쟁점권리금을 청구법인에게 지급한다고 약정하고 있는 것도 아닌데도 불구하고 처분청의 조사공무원이 조사당시 자기의 생각을 기재하여 작성한 조사보고서 외에 이를 증명할 수 있는 아무런 증거자료가 없는 것인데도 이를 청구법인에게 귀속된 것으로 보아 익금에 산입하여 청구법인의 2005 사업연도 소득금액으로 계상하고, 대표자에게 상여처분하여 청구법인에게 소득금액 변동통지한 처분은 부당하다.

  • 라. 처분청이 청구법인에게 한 2005년 1기 부가가치세, 2005∼2007 사업연도 법인세 과세표준을 경정하고, 2007 사업연도 법인세를 부과한 처분과 2005년 사업연도 소득금액 변동통지를 한 처분은 부과제척기간을 경과한 후 이루어진 처분으로 부당하다.

1. 내국법인은 소득의 발생장소에 관계없이 법인의 모든 소득에 대하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 납세의무가 있다는 법인세법에 따라 청구법인은 모든 분사무소의 수익과 비용을 합산하여 2005∼2007 사업연도 법인세의 각 과세표준을 계상하고 법에서 정하고 있는 기간 내에 이를 각 신고하였으나, 처분청은 쟁점의원을 청구법인의 분사무소로 보지 않고, 청구법인이 합산하여 신고한 과세표준에서 쟁점의원의 수익과 비용을 차감하여 2005∼2007 사업연도 법인세의 각 과세표준을 경정하고, 청구법인에게 2007 사업연도 법인세를 2013.7.10. 부과처분 하였다. 청구법인이 법인세 과세표준을 신고한 것은 법인세법에 따라 쟁점의원의 소득을 합산하여 과세표준을 신고한 것일 뿐, 과소신고와 아울러 장부상의 허위기장 행위, 수표 등 지급수단의 교환반복 행위, 여러 개의 차명개좌를 반복적으로 이용하는 행위 등, 사기 기타 부정한 행위로써 조세를 포탈하거나 환급 공제받는 경우에 해당하지 아니하므로 그 부과제척기간은 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 에서 정한 5년의 부과제척기간이 적용되어야 한다.

2. 또한 청구법인이 쟁점권리금에 대한 부가가치세 과세표준신고를 하지 않았다고 하더라도 이는 단순히 신고를 하지 아니한 것에 불과하고, 과소신고와 아울러 장부상의 허위기장 행위, 수표 등 지급수단의 교환반복 행위, 여러 개의 차명개좌를 반복적으로 이용하는 행위 등, 사기 기타 부정한 행위로써 조세를 포탈하거나 환급 공제받는 경우에 해당하지 아니하므로 그 부과제척기간은 국세기본법 제26조의2 제1항 제2호 에서 정한 7년의 부과제척기간이 적용되어야 한다. 그러므로 처분청에서 청구법인에게 한 2005년 1기 부가가치세 부과처분은 부과제척기간의 기산일인 2005.7.26.부터 7년이 경과한 2013.7.10.에 이루어졌으므로 부과제척기간을 경과하여 한 처분으로서 취소되어야 마땅한 것입니다.

3. 또 법인세법의 규정에 따라 대표자에 대한 상여로 소득처분 되는 금액은 당해 법인이 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 소득금액을 지급한 것으로 보게 되는데, 이는 그 소득금액을 현실적으로 대표자에게 지급하는 것을 의미하는 것이 아니라 법으로써 의제하는 것에 불과하므로 위와 같은 소득금액변동통지서를 받은 법인의 원천징수의무가 성립하려면 그 성립시기인 위 소득금액변동통지서를 받은 때에 소득금액을 지급받은 것으로 보아야 할 원천납세의무자의 소득세 납세의무가 성립되어 있어야 하며, 원천납세의무자의 소득세 납세의무가 그 소득세에 대한 부과제척기간의 경과 등으로 소멸하였다면 원천징수의무도 성립할 수 없는 것입니다.

  • 가) 청구법인의 대표자가 권리금에 대한 수입금액을 신고누락 하였다고 하더라도 이는 단순한 신고누락에 불과한 것일 뿐, 향후 과세관청의 소득처분이 이루어질 것까지 예상하여 그로 인해 자신에게 귀속될 상여에 대한 소득세를 포탈하기 위한 것으로 볼 수는 없는 것이므로 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에서 정한 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈한 경우에 해당하지 아니하는 것이므로 10년의 부과제척기간을 적용할 수 없는 것이고, 법인의 대표자가 소득처분으로 자신의 소득으로 귀속된 2005년 귀속 종합소득세 과세표준신고서를 법에서 정한 신고기간 내에 제출하였으므로 그 제척기간은 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 에서 정한 5년을 적용하여야 한다.
  • 나) 처분청에서 청구법인에게 한 소득금액 변동통지처분은 2013.7.10.에 이루어졌으므로 2005년 귀속 종합소득세 원천납세의무자의 부과제척기간을 경과하여 소득세 납세의무가 소멸한 후에 소득금액 변동통지를 하였으므로 청구법인의 원천징수의무도 성립할 수가 없는 것이므로 취소되어야 한다.
3. 처분청 의견
  • 가. 설치등기 원인무효나 허가취소의 판결 전에 청구법인의 분사무소의 수입과 비용을 개인에게 귀속시킬 수 있는지 여부에 대해

1. 국세청과 대법원은 외형상 법인이지만 경제활동의 귀속이 개인인 경우 그 개인에게 소득세를 과세할 수 있는지에 대해 국세기본법 제14조 【실질과세】에 따라 실질에 따라 과세해야 한다는 입장이다.

2. 당해 사업자가 형식이나 외관으로는 법인사업자의 요건을 갖추었더라도, 경제활동 결과의 귀속과 실질내용으로 보아 개인사업자로서의 성격을 지녔다면, 거주자로서 소득세법을 적용한다(징세46101-215, 2001.3.5.).

3. 갑과 을이 공동대표이사인 법인 A의 지점으로 등기되어 있으나 을이 A의 공사면허를 사용하기 위해 공동대표로 등재한 것이고, 당해 지점은 실질적으로 을의 개인사업장에 해당되며, 법인 A와는 별개이므로 당해 지점을 을의 개인기업체로 봄은 정당하다(대법원98두17296, 1999.1.26.).

4. 회사가 외형상으로는 법인의 형식을 갖추고 있으나 이는 법인의 형태를 빌리고 있는 것에 지나지 아니하고 그 실질에 있어서는 완전히 그 법인격의 배후에 있는 타인의 개인 기업에 불과하거나 그것이 배후자에 대한 법률적용을 회피하기 위한 수단으로 함부로 쓰여 지는 경우에는 법인격을 부인할 수 있다(대법원97다21604, 2001.1.19.).

5. 임가 청구법인의 분사무소 운영자가 아닌 독립된 개인사업자임이 확인된 이상 임 개인의 수입금액과 필요경비를 청구법인에서 차감하여 각각 구분하여 과세함이 타당하다.

  • 나. 임**를 개인사업자로 볼 수 있는지와 국세부과제척기간이 경과하였는지 여부에 대해

1. 임한의원을 독립된 개인 자격으로 인수하였고, 2005. 5.11. 박빌딩 1층 및 지층에 관한 임대차계약을 체결하면서 임차인을 임 자신명의로 하여 박에게 보증금, 임차료, 권리금 100백만원을 지급하였다.

  • 가) 청구법인의 주장대로 임가 청구법인의 분사무소 관리의사이고, 그 지점이 독자적으로 운영된 독립채산제라고 하더라도 박는 **한의원의 관리의사가 바뀐 경우에 해당하므로 임대차계약을 다시 할 이유도 없고, 보증금과 임차료, 권리금을 수령할 이유가 없다.
  • 나) 편의상 개인으로 임대차계약을 했다가 임가 청구법인의 분사무소 관리의사가 된 경우라 하더라도 2006.7.1. 임대차계약서 작성시 임차인이 *한의원이어야 함에도 임차인이 계속 임인 이유는 실제 임차인이 임이기 때문에 그러한 것이다.
  • 다) 또한, 임는 2005년 임대차계약시 박에게 권리금 100백만원을 지급하였는데 이는 청구법인의 지점 관리자만 바뀌는 경우라면 임**가 권리금을 지급할 하등의 이유가 없다.
  • 라) 즉, 권리금 100백만원은 임가 청구법인으로부터 한의원을 인수함에 따른 한의원의 시설비, 영업권 등에 해당하는 권리금으로, 임가 독자적으로 개인사업체를 인수하였음을 의미하며, 따라서 쟁점권리금 1억원은 청구법인에 귀속될 수입금액이다.

2. *한의원 수입금액 귀속자 및 경비 지급자도 임 개인으로 고용관계에 의한 관리의사인지, 독립된 개인사업자인지 판단기준은 수입금액 귀속과 사업에 관련된 경비 지급자의 귀속, 즉 경제활동의 결과가 누구에게 귀속되는지로 판단할 수 있으며, 독립된 자격으로 계속적․반복적으로 용역을 제공하고 지급받은 대가는 사업소득에 해당하는 것이다.

  • 가)는 청구법인 명의로 예금통장 등을 직접 소유․통제하면서 인터넷 뱅킹을 통해 통장의 입․출금을 자유롭게 하였고, 한의원의 수입․지출에 관하여 재단으로부터 서면 결재를 받지 않았으며, 박에게 매월 **빌딩에 대한 임차료를 지급 및 월급, 운영비 등을 같은 통장에서 지급하는 등, 자기의 계산과 확인으로 의원을 운영한 독립된 개인사업자이다.
  • 나) 또한 임가 청구법인의 관리의사가 아니라 독립된 개인사업자임은 임와 청구법인의 재판과정에서 청구법인과 박**가 주장하는 내용이었다.
  • 다) 즉, 청구법인과 임는 대여금 반환 소송으로 임의 실체를 밝혀야 하자 청구법인은 지점명의만 빌려 주었을 뿐이고, 임**가 독자적으로 사업을 운영했다고 계속적으로 재판과정에서 주장하여 승소하였다.

3. 한의원에 의약품을 공급한 (주)메디칼, (주)약품, (주)교역, (주) 등 거래처들은 재판과정에서 *한의원이 청구법인의 지점으로 등록되어 있지만, 임**가 실질적인 독립된 사업자로 자신의 계산으로 운영하였다는 사실을 확인하였다.

4. 청구법인과 임와의 대여금 반환청구소송 판결(지방법원2008가합6)에 의하면 “임가 당초 개인 한의원을 잘 운영하다가 한의원을 폐업하고, 사회복지에 관심이 많다는 이유만으로 한의원 관리의사로 취직 하였다는 것은 납득하기 힘들고, 경비 지출 등을 임가 재단의 서면 결재 없이 지급된 점 등의 사유로 임**를 개인사업자”로 판결하였다.

  • 가) 이는 청구법인이 임가 한의사로서 명의를 위장할 이유가 없다는 주장에 대해 임가 자신의 한의원을 폐업하고, 청구법인의 관리의사가 된 이유를 설명하지 못하는바, 임가 청구법인에 합산하여 신고한 임 개인의 수입금액과 필요경비를 청구법인에서 차감하여 각각 구분하여 과세함이 타당하다.
  • 나) 청구법인은 임가 개인사업체로 진술한 사실이 없다고 주장하고 있으나 임는 재판과정에서 청구법인과 계약관계가 없다는 확인서를 제출(2008.7.22.)한 바 있다.
  • 다) 청구법인은 임와의 대여금 반환 소송에서는 임가 관리의사가 아닌 개인사업자라고 주장하여 승소하였는데, 세법문제가 발생하자 임를 관리의사로 봐야 한다는 주장은 앞뒤가 전혀 맞지 않으며, 청구법인의 주장대로 임가 시설의 장이고 이사에 해당하였다면, 청구법인의 정관에 따라 경영에 참가한 사실이 있어야 함에도 이를 입증하는 서류가 확인되지 않는다.

5. 국세부과제척기간이 경과하였는지 여부

  • 가) 국세부과제척기간 10년을 적용함과 관련하여 청구법인과 임의 조세포탈 행위를 보면, 청구법인은 임로 하여금 개인사업 영위시 지점 명의를 이용하게 하는 등 명의위장행위를 통해 임**가 개인사업자로서 인식해야 할 수입․비용을 청구법인의 수입․비용으로 인식하게 하였다.
  • 나) 그렇게 함으로써 임 개인사업체는 손실이 발생한 반면, 청구법인은 이익이 발생하였는데도 청구법인의 이익으로서 과세되어야 할 부분이 임의 개인사업체 손실과 상계되도록 함으로써 청구법인의 법인세가 탈루되게 한 결과를 초래하였다.
  • 다) 이러한 명의위장 및 소득분산을 통한 조세회피행위는 명의위장행위를 알게 되기 전까지는 과세관청으로 하여금 조세의 부과ㆍ징수를 불가능하게 하거나 또는 현저히 곤란하게 하는 위계․기타 부정한 적극적인 행위에 해당하므로 국세부과제척기간은 10년을 적용함이 타당한바, 국세부과제척기간이 만료되었다는 청구인의 주장은 타당하지 않다.
  • 라)는 청구법인(2002년~2006년 결손) 명의로 지점 병원을 운영함으로서 개인사업자인데도 청구법인의 지점으로 등록, 명의위장 하였는데, 이는 향후 발생할 개인소득에 대해 조세를 회피할 목적이 있었고, 실제 결과는 반대로 나타났으나 임가 당초부터 개인소득세를 숨길 의도가 있었다는 것은 분명하고, 명의사업자로서 사기․기타 부정한 행위로써 법인이든 개인이든 조세가 감소된 측면이 있다면 이에 대한 국세부과제척기간은 10년을 적용함이 타당한 것입니다.
  • 다. 권리금 1억원을 청구법인의 귀속으로 볼 수 있는지와 국세부과제척기간이 경과하였는지 여부에 대해

1. 귄리금 1억원을 청구법인의 귀속으로 볼 수 있는지 여부

  • 가)가 지급한 권리금은 청구법인의 지점인 한의원 인수에 따른 한의원시설 등에 대한 대가이므로 당연히 청구법인에 귀속되어야 하는 것이다.
  • 나) 청구법인은 2005. 5월 당초 재단이 운영하던 한의원을 임에게 매각하면서 한의원의 시설비, 영업권에 해당 하는 권리금 100백만원을 당시 청구법인의 이사장인 박한의원 소재 건물의 건물주임을 내세워 마치 건물 임차에 따른 권리금인 것처럼 청구법인에 귀속될 사업양도 권리금을 박가 부당 횡령하게 하였다.
  • 다) 권리금이란 법률에서 사용하는 용어는 아니지만 前 임차인과 後 임차인 사이에 주고받는 시설비나 영업권에 해당하는 금액을 의미 하는데, 박**는 건물의 소유자로서 권리금과 아무런 관계가 없다.
  • 라) 청구법인은 이를 임차권 보장에 따른 권리금으로 박가 지급 받는 것이 정당하다고 주장하지만, 주장한 임대차 기간은 2년에 불과하여 이를 임차권 보장에 따른 권리금이라는 주장은 맞지 않으며, 오히려 쟁점권리금은 임가 청구법인의 한의원을 인수하면서 한의원의 시설을 그대로 인수하였고, 평판, 신용 등을 인수함에 따른 대가로 보는 것이 타당하므로, 청구법인의 귀속으로 보는 것이 타당하다.
  • 마) 청구법인의 주장대로 시설비를 박가 부담하였다면, 그에 대응하는 관련증빙을 제출하여야 하는데 관련 지출을 증빙할 수 있는 서류를 제출한 사실이 없고, 시설비나 인테리어 비용 등에 해당한다면, 박빌딩 앞으로 매입세금계산서 수취가 확인되어야 함에도 아무런 증빙이 없는 것으로 볼 때 평판, 신용 등을 인수함에 따른 대가로 보이며, 이러한 가액 등은 한의원에게 귀속되는 것이지 박** 개인소유자에게 귀속되는 것이 아니다.

2. 국세부과제척기간이 경과하였는지 여부 청구법인이 임로부터 받아야 할 권리금 100백만원을 박가 받아 부당하게 횡령한 것은, 타인의 명의를 이용한 조세회피행위로 그 사실을 알게 되기 전까지는 과세관청으로 하여금 조세의 부과ㆍ징수를 불가능하게 하거나 또는 현저히 곤란하게 하는 위계․기타 부정한 적극적인 행위에 해당하므로 국세부과제척기간은 10년을 적용함이 타당하다.

4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 쟁점의원을 임** 개인 소유로 볼 수 있는지 여부

① -1 국세부과제척기간이 경과하였는지 여부

② 쟁점권리금을 청구법인의 귀속으로 볼 수 있는지 여부

② -1 국세부과제척기간이 경과하였는지 여부

  • 나. 관련법령 1) 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 2) 국세기본법 제26조의2 【국세 부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다. 1의2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간

  • 가. 소득세법 제81조제3항제4호
  • 나. 법인세법 제76조제9항제4호
  • 다. 부가가치세법 제60조제2항제2호·제3항 및 제4항

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

  • 다. 사실관계

1. 처분청의 심리자료와 청구법인의 제출 자료에 의하면 다음 사실이 확인된다.

  • 가) 청구법인은 1996.3.21. 개업일로 하여 **복지사업, 의료기관 설치운영사업 등을 목적으로 사회복지사업법에 따라 설립된 사회복지법인으로 확 인되며, 박는 2003.7.23.부터 2008.4.28. 청구법인의 대표자로 등록되어 있다.
  • 나) 처분청에서는 청구법인에 대한 조사를 실시하여 임가 청구법인으로부터 명의를 대여 받아 쟁점의원에서 개인사업을 영위한 것으로 보아 그에 해당하는 수익과 비용을 청구법인의 각 사업연도 소득금액에서 제거하여 법인세 과세표준을 경정한 후 2007년 사업연도 법인세 307,135천원을 부과처분하고, 박가 수령한 쟁점권리금의 귀속이 청구법인인 것으로 보아 2005년 제1기 부가가치세 19,610천원을 부과처분하고, 쟁점권리금을 청구법인의 2005년 사업연도 익금에 산입한 후 박**에게 상여로 소득처분한 후 청구법인에 소득금액 변동통지를 하였다.
  • 다) 청구법인의 2005년부터 2007년까지의 수입금액 및 필요경비 내역 및 처 분청이 청구법인과 임**의 수입금액 및 필요경비를 구분한 내역은 다음과 같다. (표 생략)
  • 라)는 1997.3.14.부터 2005.3.2.까지 동에서 임** 한의원이라는 상호로 한의원을 운영한 사실이 국세통합전산망에 의하여 확인된다.
  • 마) 청구법인은 2003년 11월경부터 당시 청구법인의 이사장이었던 박 소유의 빌딩에 사회복지법인 한의원을 개설하여 운영한 사실이 확인되며, 2005.6.10. 한의원의 명칭을 사회복지법인 ** 한의원(사업자 등록번호, 1-82-07)으로 하고, 관리의사를 임**로 변경하여 의료기관 개설신고를 한 사실이 확인된다.
  • 바) 청구법인은 2006.10.9. 빌딩에 사회복지법인 ***의원을 개설한 사실이 확인된다.
  • 사) 2005.5.11. 빌딩 소유자인 박와 임빌딩 지하 1층 및 지상 1층에 대하여 권리금 100백만원, 임차보증금 100백만원, 임대료 월3백만원(부가가치세 별도)으로 하는 임대차계약을 체결하였으며 임대차계약서는 다음과 같다. (표 생략)
  • 아)는 쟁점의원 운영과 관련하여 2005.6.15., 2006.10.9. 청구법인 명의의 은행 통장(계좌번호 365--, 365-*-&&&&&)을 개설한 사실이 확인된다.
  • 자) **지방법원 2008가합6(2009.3.13. 판결)과 고등법원 2009나3****(2009.12.3. 판결)의 판결문에 의하여 판시된 내용 중 주요 내 용은 다음과 같다. (표 생략)
  • 차) 쟁점의원에 의약품을 공급한 (주)약품, (주)교역, (주)**, (주)*는 청구법인과 임의 재판과정에서 쟁점의원이 청구법인의 지점으로 되어 있지만 임가 실질적으로 자신의 계산으로 운영하였다는 사실확인서를 법원에 제출한 사실이 확인된다.

2. 임는 박를 사기로 지방검찰청에 고소하였으며, 고소와 관련 하여 2007.12.3. 지방검찰청에서 작성된 피의자 신문조서를 살펴보면, 박 는 청구법인이 임에게 쟁점의원의 명의를 대여하였으며, 임 가 쟁 점의원을 독립적으로 운영하였다고 진술하였으며, 2007.12.28. 지방 검찰청에서 박에게 통보한 피의사건 처분결과 통지서에 의하면, 박 가 임에게 쟁점의원의 명의를 대여하였다는 진술이 신빙성이 있음을 근거로 처분결과를 혐의 없음으로 통보한 사실이 확인된다.

3. 청구법인은 이 건 심리자료로 아래 자료를 제시 하였다.

  • 가) 사회복지 법인 설립허가증(**시)
  • 나) 각 지점 사업자등록증 서본 및 의료기관 개설신고필증 사본
  • 다) 사회복지법인 정관 변경 인가 통보(**시) 및 정관
  • 라. 판단 먼저, 쟁점의원을 임 개인 소유로 볼 수 있는지 여부에 대하여 살펴보면, 청구법인과 임간의 대여금 관련 소송(2008가합6**, 209.3.13.)에서 청구법인이 임에게 명의를 대여하였다고 주장하였으며, 청구법인의 이사장이었던 박는 2007.12.3. 지방검찰청에서 작성된 피의자 신문조서 작성시 청구법인이 임에게 쟁점의원의 명의를 대여하였으며, 임가 쟁점의원을 독립적으로 운영하였다고 진술한 사실이 확인되고, 임가 청구법인 명의의 통장을 개설하여 직접 소유․통제하면서 인터넷 뱅킹을 통해 입․출금을 자유롭게 하였고, 쟁점의원에 의약품을 공급하였던 (주)약품, (주)교역, (주), (주)*에서 쟁점의원을 임가 독립된 사업자로 자신의 계산으로 운영하였다는 사실을 확인한 점 등으로 보아 임는 쟁점의원을 자신의 계산과 책임하에 개인사업체로 운영하였던 것으로 판단된다. 또한, 처분청이 청구법인에게 한 법인세 부과처분이 국세부과제척기간을 경과하였는지 여부에 대하여 살펴보면, 청구법인은 임에게 쟁점의료기관의 명의를 대여함으로써 결과적으로 청구법인의 법인세 등을 포탈하는 결과를 가져왔으므로 이는 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하는 위계 기타 부정한 행위에 해당하는 것으로 처분청에서 사기 기타 부정한 행위에 해당하는 것으로 보아 부과제척기간 10년을 적용하여야 할 것으로 보인다. 다음으로, 쟁점권리금을 청구법인의 귀속으로 볼 수 있는지 여부에 대하여 살펴보면, 박와 임간의 부동산임대차계약서의 임대차계약기간이 2년으로 쟁점권리금을 임차권보장에 따른 권리금으로 보기 어려운 반면, 쟁점권리금이 한의원 시설 및 인테리어 권리금이라 기재되어 있는 사실 등에 비추어 볼 때 임가 청구법인의 분사무소인 한의원을 인수하면서 시설 및 그에 대한 평판, 신용 등을 인수하면서 지급한 권리금으로 보는 것이 타당하다고 판단된다. 또한, 처분청이 청구법인에게 한 쟁점권리금 관련 부가가치세와 소득금액 변동통지가 국세부과제척기간이 경과하였는지 여부에 대하여 살펴보면, 청구법인이 임로부터 받아야 할 권리금 100백만원을 박가 받아 부당하게 횡령한 것은, 타인의 명의를 이용한 조세회피행위로 그 사실을 알게 되기 전까지는 과세관청으로 하여금 조세의 부과ㆍ징수를 불가능하게 하거나 또는 현저히 곤란하게 하는 위계․기타 부정한 적극적인 행위에 해당하므로 국세부과제척기간은 10년을 적용함이 타당하고, 2011.12.31. 개정된 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 는 부정한 행위로 포탈한 법인세 관련 소득처분에 따른 소득세의 부과제척기간을 10년으로 정하고, 부칙에서 그 적용시기를 2012.1.1. 이후 소득처분하는 분부터라고 명시하고 있으므로, 부정한 행위로 포탈한 법인세 관련 소득처분으로서 처분청의 이 건 소득처분에 따른 종합소득세의 부과제척기간도 10년이 적용되어야 할 것으로 판단된다(조심2013서4087, 2014.04.02.). 따라서, 처분청에서 쟁점의원을 임 개인이 운영하는 개인사업자로 보아 청구인에게 부과처분한 법인세와 쟁점권리금을 청구법인의 귀속으로 보아 부가가치세와 청구법인의 2005년 사업연도 익금에 산입한 후 대표이사인 박**에게 상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액 변동통지를 한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
5. 결 론

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)