학교법인의 고정자산처분이익에 대해 법인세를 과세한 처분의 당부

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구법인은사립학교법에 따른 학교법인으로 1972.11.17. 쟁점토지 141,697㎡를 출연하여 법인의 수익용 재산으로 보유하던 중, 쟁점토지가 2009.5.11. ㅇㅇ도 교육청의 승인을 받아 ㅇㅇ공사에 수용되어 13,853백만원의 고정자산처분이익이 발생하자 이를 고유목적사업준비금으로 손금산입하여 2009.3.1.~2010.2.28. 사업연도 법인세 신고를 하였다.
• 나. 청구법인은 고유목적사업준비금으로 설정된 위 금액을 고유목적사업회계인 정기예금으로 편입한 후 이 중 7,059백만원을 ㅇㅇ시 소재 수익용 부동산 취득에 사용하였다.
• 다. ㅇㅇ지방국세청(이하 “조사청”이라 한다)은 학교법인에 대한 고유목적 사업준비금 사후관리 기획분석을 하여, 청구법인이 수익용 부동산 취득에 사용 한 7,059백만원은 고유목적사업에 사용되지 아니한 것으로 보아 그 취득비용을 지출한 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입하여 법인세를 과세할 것을 ㅇㅇ세무서장(이하 “처분청”이라 함)에게 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2013.9.4. 청구법인에게 2009.3.1~2010.2.28. 사업연도 법인세 2,219,494,350원을 고지처분 하였으나, 청구법인은 이에 불복하여 2013.10.31. 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구법인은 학교법인으로 1972.11.17. ㅇㅇ도 소재 유지 19,666㎡ 외 4필지 총 141,697㎡를 출연하여 법인의 수익용 재산으로 보유하던 중, 2009.04.23. ㅇㅇ공사에 수용되자 ㅇㅇ도 교육청 허가를 받아 2009.05.11. 15,273,410,870원에 처분하고, 비영리 사업회계에 수익용재산인 정기 예금으로 전액 예치하여 관리하다 2009.07.02. 주무관청인 ㅇㅇ도 교육청 허가를 받아 정기예금 7,056,734천원을 해지하여 수익용 부동산을 대체 취득한 바,

1. 청구법인이 처분한 부동산은 구거지, 유지, 잡종지, 폐 염전 등으로 법인이 수익용 재산으로 보유하고 있었을 뿐 처분시까지 수익사업에 공여한 사실이 전혀 없을 뿐만 아니라 수익을 목적으로 어떠한 사업도 영위한 적이 없는 무수익 출연재산이며,

2. 청구법인과 같이 법인세법 제3조 제3항 제1호 에서 규정하는 주된 수익사업을 영위하지 아니하는 법인이 토지, 건물 등의 자산양도로 발생한 소득은 결산조정으로 준비금으로 설정하고 이를 당해 소득이 발생한 법인의 비영리사업회계와 교비회계에 각각 전출한 후 법인세법 제60조 제1항 에 준거하여 법인세과세표준 및 세액신고를 필하였으므로 절차상 아무런 하자가 없으며,

3. 실지로 수익사업체를 운영하는 학교법인의 경우에는 고유목적사업회계와 수익사업회계를 구분경리 하여야 하나, 청구법인은 주된 수익사업체를 운영한바 없어 구분경리를 할 필요가 없고 유형자산처분이익을 비영리회계에 전출함으로써 일몰되었고 준비금을 환입할 주체도 없으며,

4. 학교법인이 출연받은 기부금인 수익용 기본재산을 매각하고 그 매각대금으로 대체수익용 기본재산을 취득하는 경우 직접 공익 목적 등에 사용한 것으로 보아야 하므로 고유목적사업 준비금 위배로 과세한 처분청의 당초 처분은 부당하다.

• 가. 비영리법인의 경우 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하는 고정자산의 처분으로 인한 수입은 과세소득에 해당하며(법령 2 ②), 고유목적사업이나 지정기부금에 지출하기 위한 경우 고유목적사업준비금을 설정하여 손금산입 할 수 있는 것으로(법법 29 ①), 청구법인이 고유목적사업준비금으로 손금산입한 유형자산처분이익을 재원으로 수익용 부동산을 취득한 것은 고유목적사업준비금의 사용범위에(법령 56 ⑥) 해당하지 않아 고유목적사업준비금 환입에 해당되므로 지출비용을 익금산입하여 과세한 당초 처분은 정당하다.
• 나. 청구법인과 같이 주된 수익사업을 영위하지 않는 법인이 법인세 신고시 결산조정으로 준비금을 설정하고 이들 당해 소득이 발생한 법인의 비영리사업회계와 교비회계에 각각 전출하여 사용하였기 때문에 법인세 과세는 부당하다고 주장하나,

1. 관련 예규에 따르면, 학교법인이 수입사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전출한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 보아 법인세법 제29조 제2항 의 규정을 적용하는 것이나, 당해 전출의 행위가 명목뿐인 경우로서 전출 후에도 당해 재산을 계속하여 수익사업에 사용하는 경우에는 그 전출이 없는 것으로 본다고 해석하고 있는 점,

2. 출연받은 재산을 다른 수익용 재산으로 재투자가 가능한 것은 상속세 및 증여세법에 따른 것이지, 법인세법의 고유목적준비금의 사용의무와는 별개인 점 등을 종합하여 보면, 정기예금으로 비영리사업회계에 전출한 후에 이를 재원으로 수익용 대체부동산을 취득한 것은 전출행위가 명목뿐인 경우에 해당하여, 고유목적사업 지출이 아니며, 수익용 대체부동산 취득은 고유목적사업준비금 임의환입에 해당하므로 대체부동산 취득으로 지출된 비용은 지출된 사업연도에 익금에 산입함이 타당하다.

• 가. 쟁점 학교법인이 고정자산처분이익에 대해 고유목적사업준비금을 설정하여 손금계상한 후 이를 고유목적사업회계인 정기예금으로 전출하고, 당해 정기예금으로 수익사업용 부동산을 취득한 경우 그 취득비용을 지출한 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입하여 법인세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 등 1) 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 2) 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】

② 법 제3조 제3항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지․관리 등을 위한 관람료․입장료 수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. 3) 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.

1. 소득세법제16조 제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

2. 소득세법제17조 제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 상속세 및 증여세법 제16조 또는 같은 법 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득금액은 제외한다.

3. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

4. 제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(공익법인의 설립·운영에 관한 법률에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

④ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

1. 해산한 경우(제3항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다)

2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우

3. 법인으로 보는 단체가국세기본법제13조제3항에 따라 승인취소되거나 거주자로 변경된 경우

4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)

⑤ 제4항제4호에 따라 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액을 해당 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 한다. 4) 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

⑥ 법 제29조제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.

1. 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용(제31조제2항에 따른 자본적 지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액 5) 조세특례제한법 제74조 【고유목적사업준비금의 손금산입특례】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2014년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지법인세법제29조를 적용하는 경우 같은 조 제1항 제4호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인

• 가. 사립학교법에 따른 학교법인 6) 법인세법 제113조 【구분경리】

① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 7) 법인세법 시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】

④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우조세특례제한법제74조제1항제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다. <개정 2005.2.28> 8) 상속세 및 증여세법 제48조 【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】

② 세무서장등은 제1항 및 제16조제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지 및 제6호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여 세를 부과하고, 제5호에 해당하는 경우에는 제78조제9항에 따른 가산세를 부과 한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.

4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가한 재산을 포함하며 대통령령으로 정하는 공과금 등은 제외한다)을 공익목적사업 외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 지난 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우 9) 상속세 및 증여세법 시행령 제38조 【공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리】

④ 법 제48조제2항제4호에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우"란 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일부터 3년 이내에 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하되, 해당 자산매각에 따라 부담하는 국세 및 지방세를 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)중 직접 공익목적사업에 사용한 실적(매각대금으로 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득한 경우를 포함한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)이 매각대금의 100분의 90에 미달하는 경우를 말한다. 이 경우 해당 매각대금 중 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산(공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득하기 전에 일시 취득한 재산을 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)을 취득한 가액이 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용 한다.

• 다. 사실관계 1) 청구법인이 제시한 법인세 신고서 및 결산서 등에 따르면, 쟁점토지의 처분과 수익사업용 부동산 취득시 회계처리 내용은 다음과 같다.

• 쟁점토지 처분 시(2009.05.11) 정기예금 15,273,410,870원 토 지 1,419,430,000원 자산처분익 13,853,980,870원 자산처분익 13,853,980,870원 기타기본금 13,853,980,870원

• 수익사업용 토지 취득 시(2009.07.06) 토 지 2,900,000,000원 정기예금 2,900,000,000원

• 수익사업용 건물 취득 시(2010.11.30) 건 물 4,156,734,000원 정기예금 4,156,734,000원

2. 청구법인이 제출한 수익용기본재산 처분(대체)허가 신청 건에 대한 ㅇㅇ도교육청의 2009.7.2.자허가서에 따르면, 처분자산은 정기예금(7,059백만원)이며, 대체재산은 ㅇㅇ시 소재 부동산 (6,376백만원), 필요경비(683백만원)으로 되어 있다.

3. 청구법인은 2009.3.1.~2010.2.28. 사업연도 법인세 신고시 유형자산처분이익 13,853백만원을 계상하고 전액 고유목적사업준비금 설정 및 손금계상하였으며, 고유목적사업회계인 정기예금으로 전출한 후 2009.11.1. 부동산 임대를 업종으로 하여 사업자 등록하여 부가가치세를 환급받은 사실이 있다.

• 라. 판단 법인세법제3조 제3항 및 같은법 시행령 제2조 제2항에 따르면, 비영리내국법인의 경우 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산을 제외한 모든 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 과세소득으로 삼고 있어 쟁점토지의 처분으로 인한 수입도 과세소득에 해당하고, 같은법 제29조 제1항에서 고유목적사업 등에 지출하기 위한 경우 고유목적 사업준비금을 설정하여 손금산입할 수 있으나, 같은법 시행령 제56조 제6항에서 고유목적사업준비금의 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것은 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액으로 한정하고 있어, 수익사업용 부동산을 취득하는 것은 고유목적사업준비금의 사용범위에 포함되지 않는 것으로 규정되어 있는 점, 쟁점토지의 처분금액을 정기예금으로 비영리사업회계에 전출한 후에 이를 재원으로 수익용 대체부동산을 취득한 것은 전출행위가 명목뿐인 경우로 고유목적사업 지출로 볼 수 없는 것(대법원2012두690, 2013.3.28. 참조)인바, 그 지출된 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하여 법인세를 부과한 것은 정당한 것으로 보이는 점 또한 상속세 및 증여세법제48조 제2항 제4호 및 같은법 시행령 제35조 제4항에서 학교법인이 출연받은 기부금인 수익용 기본재산을 매각하고 그 매각 대금으로 대체수익용 기본재산을 취득하는 경우 증여세를 과세하지 않도록 규정하고 있다하더라도 이를법인세법에 그대로 인용하여 법인세까지 과세 하지 않는 것으로 보기는 어려운 것(조심2013중3164, 2013.10.22, 같은 뜻)으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 수익사업용 부동산을 취득하는데 사용한, 7,059백만원에 대하여 고유목적사업에 사용되지 아니한 것으로 보아 이 건 법인세를 과세한 처분청의 고지처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.