범용소프트웨어 구입비용은 연구인력개발비 세액공제 대상이 아님

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. AAA주식회사(이하 “청구법인”이라 한다)는 2006사업연도, 2007사업연도, 2009사업연도에 발생한 차세대 업무시스템구축사업 등 전산시스템 개발용역과 관련한 연구․인력개발비 000원을 지출하였다. 청구법인은 연구개발비 지출 해당사업연도의 법인세과세표준 결손으로 연구․인력개발비 세액공제를 신청하지 아니하였다가 2010사업연도에 법인세 과세표준이 발생하여 이월세액공제가 가능해진 바, 연구․인력개발비 세액공제액 000원을 적용하여 법인세를 환급해달라는 경정청구서를 2013. 4. 1. ㅇㅇ세무서장(이하 “처분청”이라 한다)에게 제출하였다.
• 나. 청구법인의 법인세 경정청구내용에 대하여 ㅇㅇ지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 연구개발비 중 청구법인으로부터 개발용역을 위탁받은 업체가 연구전담부서를 보유하지 않은 업체에게 재수탁한 개발비 000만원(이하 “재수탁연구개발비”라 한다. 쟁점1)을 위탁연구개발비에서 제외하고, 차세대업무시스템 구축비용 중 서버 등 소프트웨어 구입비용 000원(이하 “쟁점소프트웨어”라 한다. 쟁점2) 및 공공전자입찰시스템 구축비용 000원(이하 “쟁점전자입찰 시스템”이라 한다. 쟁점3)을 범용소프트웨어 구입비용으로 보아 세액공제대상에서 제외하고, 나머지금액에 대하여 세액공제를 적용하여 법인세 과세표준 및 세액 결정결의서(안)을 처분청에 통보하였다.
• 다. 이에 따라 처분청은 청구법인의 당초 경정청구세액 000원 중 000원을 2013. 8. 7. 청구법인에게 환급 결정하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2013. 9. 23. 이건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 처분청이 재위탁분 개발비를 연구인력개발비 세액공제대상에서 제외한 처분은 세법상 근거가 없으므로 연구․인력개발비에 대한 세액공제 대상여부를 조세법률주의(엄격해석의 원칙)에 위반하여 자의적으로 판단한 것이며, 수탁자가 발주용역을 수행함에 있어 발주자가 전혀 통제를 할 수 없었음에도 재위탁분 개발비에 대한 세액공제를 배제하는 것은 자기책임의 원리에 반하는 위헌적 처분이다. 청구법인이 수탁업체의 재위탁으로 인해 세제상 불이익을 당하는 것은 재위탁이 없는 경우 등과 비교하여 볼 때, 조세형평성 측면에서 부당한 처분이며 게다가 발주자에 대한 기술개발용역에 대한 책임과 위험의 부담 주체는 수탁업체이며, 쟁점 재위탁은 개발결과물의 완성도를 높이기 위한 수탁업체의 합리적이고 선관적인 업무진행 형태이므로, 세제측면에서 이를 규제하는 것은 정상적인 기술개발을 저해하여 연구인력 개발비세액공제 제도의 취지를 침해할 소지가 있으므로 재위탁분 개발비를 세액공제대상에서 제외하는 것은 타당하지 않다.
• 나. 처분청은 청구법인이 연구․인력개발비 세액공제액 계산시 차세대업무구축시스템을 도입하면서 발생한 소프트웨어 금액 중 구입과정에서 별도의 기술지원이나 기술전수가 없고 소프트웨어의 작동원리를 알 수 있는 비공개원시코드를 제공받지 않거나 이미 많은 경쟁제품들이 있어 가격이 정형화되어 있고 개별적인 주문에 의해 제작된 것이 아닌 경우 해당액을 범용소프트웨어로 분류하여 연구․인력개발비 세액공제대상에서 제외하였다 심판례(조심2010서979, 2011. 12. 28)에 의하면, 과세관청의 범용소프트웨어 판단기준을 알 수 있으며 처분청이 연구인력개발비 대상에서 제외한 이 건 소프트웨어는 청구법인의 고유한 영업활동을 위해 제작된 것으로 계약서상 패키지라는 용어를 사용하지 않았고, 소프트웨어 개발기간이 1년 이상으로 장기적이며 별도의 기술지원으로 주문 제작된 것으로 시장에서 상용화될 수 없는 점으로 보아 운용소프트웨어에 해당한다. 따라서 해당 소프트웨어 비용을 쟁점 세액공제 대상에서 배제하는 것은 부당한 처분이다.
• 다. 청구법인의 공공전자 입찰시스템 구축비용은 청구법인의 고유한 영업활동을 위해 제작된 것으로 원활한 업무수행을 위한 적합한 기술지원이 있었고 또한 고유업무를 수행하기 개별주문 제작된 것으로 시장에서 상용화될 수 없는 운용소프트웨어에 해당하는 지출액이므로 연구․인력개발비 세액공제 대상에서 제외하는 것은 부당하다.

• 가. 조세특례제한법 시행령〔별표6〕1호 나목의 규정을 보면, 위탁연구개발의 경우 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 위탁하는 연구개발비가 세액공제 대상이라 명백히 규정하고 있고, 이는 전담부서에서 수행하여 발생한 연구개발비에 한하여 세액공제를 적용하는 것이며 전담부서가 아닌 부서에서 용역을 수행하면서 발생한 비용에 대하여는 연구개발비 세액공제를 적용할 수 없는 것으로 보아야 하는 것인 바, 재위탁의 경우에도 전담부서가 있는 업체에 재위탁한 비용만이 연구․인력개발비 대한 세액공제대상으로 보는 것이 타당하다(조심2012서4264, 2013. 2. 19. 다수 심판례). 청구법인이 제출한 ‘용역계약서’의 일반조건 제19조(용역수행자) 제2항에 “을은 갑에게 사전 승인을 받아 용역수행자를 용역수행에 참여시켜야 하며, 용역수행자를 변경하는 경우 갑에게 사전승인을 받아야 한다“라고 규정되어 있고, 계약서상 일련 규정들에 의거 판단해 보면 청구법인은 전산시스템 개발용역의 영업비밀, 지적재산권 등 보호를 위해 전산시스템 개발 프로젝트 투입 인원에 대한 권한 행사 및 보안, 신원보증 등을 철저히 관리감독을 하고 있었음을 알 수 있으므로 재위탁분 개발비에 대한 세액공제를 배제하는 것은 자기책임의 원리에 반하는 위헌적 처분 이 아니다.
• 나. 연구 및 인력개발비 세액공제는 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 창의적 연구개발활동에 소요된 비용에 대해 적용하는 것으로, 수탁기업 전담부서의 연구개발 결과 개발된 범용소프트웨어 패키지 등을 프로젝트 수행시 활용하여 프로그램 설치, 단순 시스템 변경(customizing), 시스템 업그레이드 및 테스트 등을 하는 것은 창의적 연구개발활동이 아니므로 세액공제 대상으로 볼 수 없다. 청구법인과 수탁개발업체간 차세대업무시스템 구축과 관련된 용역계약서의 일반조건 제5조 (계약금액 및 대금지급방법)에 의하면, 하드웨어대금 000원, 소프트웨어대금 000원, 구축용역비 000원으로 구분하여 기재되었고, 수탁개발업체가 작성한 ‘차세대업무시스템구축사업 종료보고서’에도 하드웨어 구성내역, 소프트웨어 구성내역, 차세대업무시스템개발내역으로 구분하여 기재되어 있으며, 소프트웨어 구성 내역은 서버(하드웨어) 작동을 위한 시스템소프트웨어의 종류라 표기되어 주요 소프트웨어로 기재된 사항은 리눅스(LINUX), 오라클(ORACLE), 윈도우(WINDOWS) 등 상용소프트웨어로 구성되어 있다. 이는 전산시스템 개발결과의 신규 소프트웨어로 볼 수 없고, 상용화된 범용소프트웨어이므로 이에 대한 소프트웨어 대금 000원은 연구․인력개발비 세액공제 대상금액 아니다.
• 다. 청구법인이 (주)CCC에 의뢰한 공공전자입찰시스템은 (주)CCC가 자체개발을 완료한 패키지프로그램(공동전자입찰솔루션)을 이용하여 청구법인이 요구한 기능을 추가․변경한 것으로서, 이 건 개발비용 000원은 이미 개발되어 있는 소프트웨어를 기업의 요구상황에 맞게 커스터마이징(Customizing)한 것으로 연구․인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는다(법규과-0816, 2009. 6. 15. 같은 뜻).

• 가. 쟁점 1) 청구법인의 연구개발용역을 위탁받은 수탁자가 연구개발 전담부서를 보유하지 않은 제3자에게 위탁한 비용이 연구․인력개발비 세액공제 대상인지 여부

2. 차세대업무시스템 구축비용 중 쟁점소프트웨어 구입비용이 연구․인력개발비 세액공제 대상인지 여부

3. 쟁점전자입찰시스템구축비용이 연구․인력개발비 세액공제 대상인지 여부

• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제10조 【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 "연구ㆍ인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

• 가. 해당과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액

2. 제1호 외의 내국인: 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액

• 가. 해당과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구ㆍ인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액 2) 조세특례제한법 제144조 【세액공제액의 이월공제】

① 제5조, 제7조의2, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의5, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. <개정 2010.3.12> 3) 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】

② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다. 4) 조세특례제한법 시행령 【별표 6】 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제9조 제2항 관련) 구분 비용

• 나. 위탁 및 공동기술개발

① 다음의 기관에게 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용 ㉲ 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서 5) 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구․인력개발비의 범위】

① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 기술개발촉진법 시행규칙제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.

• 다. 사실관계

1. 청구법인은 차세대 업무시스템구축사업 등 전산시스템 개발용역과 관련하여 연구기관 및 전담부서를 보유한 업체에게 2006사업연도부터 2009사업연도까지 지출한 금액에 대하여 지출한 당해사업연도에 법인세 과세표준이 결손이어서 연구 및 인력개발비세액공제를 신청하지 아니하다가, 2010사업연도에 법인세 과세표준이 발생함에 따라, 세액공제액의 이월공제를 적용하여 연구 및 인력개발비 세액공제액 000원에 대한 법인세를 환급해달라는 경정청구서를 2013. 4. 1. 처분청에 제출하였다.

2. 청구법인이 인력․개발비 세액공제 대상으로 제출한 금액의 세부지출 내용 및 ㅇㅇ지방국세청장이 경정청구서를 검토한 내용은 다음과 같다. (표 생략)

• 가) 청구법인은 위탁연구개발비 000원 중 하드웨어구입비 000원을 제외한 000원을 연구․인력개발비 세액공제 대상금액으로 하여 경정청구서를 제출하였다.
• 나) ㅇㅇ지방국세청장은 2013년 7월 청구법인의 경정청구서를 검토하여 다음의 금액을 세액공제대상에서 제외하고, 법인세 000원을 2013. 8. 7. 청구법인에게 환급 결정하였다.

① 청구법인으로부터 연구개발을 위탁받은 (주)BBB 등이 연구개발 전담부서를 보유하지 않는 업체에 재수탁한 연구개발비 000원을 연구개발비 세액공제대상에서 제외하였다.

② 청구법인의 차세대업무시스템 구축비용 중 소프트웨어 구입비 000원을 범용소프트웨어 구입비로 보아 연구개발비 세액공제대상에서 제외하였다.

③ 청구법인의 공공전자 입찰시스템 구축비 중 하드웨어 구입비를 제외한 나머지 000원은 수탁업체가 이미 개발한 전자입찰시스템을 재구성(Customizing) 한 것으로서 범용소프트웨어 구입비로 보아 연구개발비 세액공제대상에서 제외하였다.

3. 청구법인과 (주)BBB간 ‘차세대업무시스템’ 구축과 관련 용역계약서의 내용은 다음과 같다. (생략)

4. 청구법인의 차세대업무시스템 구축과 관련 쟁점소프트웨어의 구성내용 및 연구개발을 위탁받은 BBB가 발행한 세금계산서 내용은 다음과 같다.

• 가) (주)BBB가 조사청에 제출한 소프트웨어 구성내용

• 리눅스(Linnux), 오라클(Oracle), 윈도우(Windows 2003). OS/400(IBM 운영체재). Norton(백신프로그램) 등 상용소프트웨어로 구성되어 있다. 쟁점소프트웨어는 하드웨어 구입과 같은 일자에, 구축용역비는 4차례에 걸쳐 세금계산서가 교부되었다.

5. 청구법인의 쟁점 공공전자입찰시스템 구축내용 및 연구개발을 위탁받은 (주)BBB가 발행한 세금계산서 내용은 다음과 같다. (생략)

• 나) 쟁점소프트웨어의 구성 내용 (주)CCC가 2000년 창업후 개발하여 지속적으로 업그레이드 시켜온 전자구매솔루션을 청구법인의 성격에 맞춰 재구성(Customizing)하였다.
• 나) 쟁점소프트웨어(소프트웨어 대금 + 구축용역비) 세금계산서 발행일 쟁점 공공전자입찰시스템 구축시스템은 2007. 11.11. 계약후 2개월 이내에 용역제공이 완료된 것으로 나타난다.
• 다) 프로젝트대금은 (주)CCC가 개발한 일반 전자구매솔루션을 포함한 대금, 즉 범용소프트웨어(Wise Pubpro, Wise Grid) 대금을 포괄하고 있으나 청구법인의 사업에 맞추어 커스터마이징을 하였다.
• 라. 판단 (쟁점1에 대하여) 청구법인은 수탁업체들이 자신의 책임하에 한 재위탁에 대하여 세액공제를 배제하는 것은 위탁자인 청구법인으로 하여금 자신이 하지 않은 결정에 대하여 책임을 지게 하는 것으로서 자기책임의 원칙에 반하여 부당하다고 주장하고 있다. 이에 대하여 살펴보면, 청구법인으로서는 수탁업체들과 위탁계약을 체결하면서 재위탁을 금지하는 것으로 약정하는 방법 등으로 세액공제를 적용받을 수 있고，청구법인에게 이러한 것을 요구하는 것은 청구법인이 누리는 막대한 조세혜택에 비추어 지나치게 불합리하다거나 가혹하다고 보기 어렵다. 따라서 청구법인이 수탁업체들과 이러한 약정(제한)을 체결하지 않아 세액공제 혜택을 향유하지 못한 것에 대하여 청구법인에게 책임이 없다고 할 수 없는 점, 전담부서를 보유한 기관에 연구개발용역을 위탁하기만 하면 재수탁업체의 전담부서 보유여부를 불문하고 위탁에 따른 비용이 연구개발비 세액공제대상에 해당한다고 볼 경우, 세액공제를 받기 위해 일단 전담부서를 보유한 기관에 연구개발용역을 위탁한 후 전담부서를 보유하지 않은 기관에 재수탁하여 용역을 수행하도록 하는 등 연구개발활동이 부실화되고 연구개발비에 대한 세액공제제도가 악용될 수 있는 점, 뿐만 아니라 이는 실질적으로는 전담부서를 보유하지 않은 기관이 연구개발용역을 수행하였음에도 최초에 전담부서를 보유한 기관에 연구개발용역이 위탁되었다는 형식에만 기초하여 세액공제혜택을 부여하는 것으로서 실질과세의 원칙에도 반하는 점 등을 고려하면, 청구법인의 주장을 받아들이기가 어려운 것으로 판단된다(ㅇㅇ행정법원2013구합2600, 2013.07.05. 판결 참조). (쟁점2에 대하여) 청구법인은 차세대업무시스템 구축비용 중 소프트웨어 구입비용은 연구·인력개발비 세액공제대상이라고 주장하고 있으나, 청구법인의 차세대업무시스템 구축용역과 관련된 계약서에 하드웨어대금(000원), 소프트웨어대금(000원), 구축용역비(000원)로 구분되어 있고, 이 건 소프트웨어를 청구법인이 개발용역 계약일(2006. 6. 30)이후 2006. 10. 31. 하드웨어와 쟁점소프트웨어를 공급(총 000원 중 000원)받은 것으로 나타나고 있어, 이는 차세대업무시스템 전체적인 구축기간 1년 5개월에 비하여 비교적 단기간에 소프트웨어 납품(계약서상 개발대신 납품이라는 용어가 사용됨)이 이루어진 점, 위탁개발업자인 BBB가 작성한 ‘차세대업무시스템구축사업 종료보고서’에도 하드웨어구성내역, 소프트웨어구성내역, 차세대업무시스템개발내역으로 구분되어 있으며, 주요 소프트웨어 구성내역을 보면 리눅스(Linnux), 오라클(Oracle), 윈도우(Windows 2003). OS/400(IBM 운영체재). Norton(백신프로그램) 등 상용소프트웨어로서 청구법인으로부터 연구개발을 의뢰받은 BBB가 다른 회사가 이미 개발하여 상용화된 소프트웨어를 구입하여 서버(컴퓨터)를 구성하여 납품한 것으로 보이는 점 등을 종합하면, 쟁점 소프트웨어는 범용소프트웨어로 보는 것이 타당하여 연구·인력개발비 세액공제대상으로 보기가 어려운 것으로 판단된다(서면2팀-1480, 2007. 8. 9. 참조). (쟁점3에 대하여) 쟁 점 전자입찰시스템은 청구법인외 다른 회사가 사용할 수 없는 독점적, 배타적인 소 프트웨어로 보아 연구·인력개발비 세액공제 대상이라고 주장하고 있어 살펴보면, 쟁점전자입찰시스템은 2007. 11.11. 계약 후 2개월 이내에 용역제공이 완료된 것으로 나타나고, 프로젝트 대금은 위탁업체가 이미 개발한 일반 전자구매솔루션을 포괄하고 있는 등 이 건 소프트웨어는 위탁업체가 이미 개발된 소프트웨어에 별도의 추가적인 연구·개발과정 없이 청구법인의 사업에 맞추어 커스터마이징을 한 것으로 보이는 점을 감안하면, 연구·인력개발비 세액공제 대상으로 보기가 어려운 것으로 판단된다(법규과-0816, 2009. 6. 15. 참조).

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.