조특법 시행규칙 제3조의 사업용 자산에 해당하지 않으면 임시투자세액공제를 적용할 수 없는바 항만청사 기부채납비용은 동 규칙 별표1에 의해 임시투자세액공제대상으로 볼 수 없음
조특법 시행규칙 제3조의 사업용 자산에 해당하지 않으면 임시투자세액공제를 적용할 수 없는바 항만청사 기부채납비용은 동 규칙 별표1에 의해 임시투자세액공제대상으로 볼 수 없음
이 건 심사청구는 기각결정합니다.
1. 임시투자세액공제의 적용대상인 사업용 자산의 투자금액은 법인세법 제41조 및 동법 시행령 제72조의 규정의 “취득가액”에 의하는바 (서면2팀-488, 2007.3.22. 외 다수), 청구법인은 국세청으로부터 쟁점 기부채납비용은 신축하는 쟁점 물류시설에 대한 취득가액에 가산하는 것 이라는 유권해석을 받았다.(법인세과-57, 2013.1.23.)
2. 구 조특법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것) 제23조 제3항은 임시투자세액공제를 적용할 때 투자금액의 계산에 관하여 동 법 시행령 제4조 제3항을 준용하도록 규정하고 있고, 동법 시행령 제4조 제3항은 투자금액을 계산할 때 “총투자금액”에 법인세법 시행령 제69조 제1항 에 따른 작업진행률에 의하여 계산한 금액을 투자금액 산정의 기초로 삼고 있으므로 임시투자세액공제의 대상은 쟁점 물류시설 자체의 투자금액 뿐만 아니라 쟁 점 기부채납비용까지 포함된 '총투자금액'을 기준으로 산정되는 것이 타당하다.
1. 구 조특법 시행규칙 제14조를 보면 “영 제23조 제1항에서 '기획재정부령으로 정하는 사업용자산'이란 ① 제3조에 따른 사업용자산과 ②다음 각 호의 자산을 말한다”고 규정하고 있어 ①에 해당되는 자산이거나 위 ②에 해당되는 자산이면 공제대상이 되는 것이다.
2. 유통합리화시설은 위 ②에 해당되는 자산이므로 ①에 해당하는지에 관 계없이 임시투자세액 공제대상이 되는 것인데, 처분청은 ①과 ②에 모두 해당하는 자산만 임시투자세액공제 대상인 것으로 잘못 해석하고 있다.
3. 처분청 주장대로라면 시행규칙 제14조의 각호에 열거된 자산 중 제3호(노인복지시설의 건축물)와 제5호(숙박시설 및 전문 휴양시설에 해당하는 건축물)는 모두 임시투자세액공제 대상이 아니라는 부당한 결론에 이르게 된다.
1. 청구법인은 신청사를 토지와 건축물로써 사업에 사용한 사실은 전혀 없 고, 완공 후 곧바로 기부채납 되었으므로 쟁점 기부채납비용 전체는 쟁점 물류시설의 취득원가에 포함되어야 한다.
2. 처분청이 근거로 삼고 있는 유권해석(법인 46012-2413, 1999.6.26.)은 관 련 비용이 당해 건축물의 취득원가에 산입된 사안에 대하여 임시투자세액공제의 대상이 아니라고 해석한 것으로, 건축물이 아닌 쟁점 물류시설(기계장치)의 취득원가에 산입된 본건에는 적용될 수 없는 예규이다.
1. 구 국세기본법(2011.12.31. 법률 제11124호로 개정되기 이전의 것) 제47조의3 제1항은 납세자가 법정신고기한까지 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미치지 못하는 경우에는 과소신고한 과세표준 상당액이 과세표준에서 차지 하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액 을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다고 규정하고 있었다.
2. 그런데 국세기본법이 2011.12.31. 법률 제11124호로 개정되면서 부가세목(surtax)으로서의 특성을 감안하여 가산세 체계를 단순화하고 납세자의 가산세 부담을 완화하기 위한 취지에서 동법 제47조의3 제1항을 개정하여 농어촌특별세에 대하여는 과소신고 가산세를 부과하지 않도록 하였으며, 이러한 개정된 규정은 2012.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세기간부터 적용된다.(관련 부칙 제5조 제1항).
3. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 부과되는 행정상의 제재로서, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다는 것이 확립된 대법원의 판례이며(대법원 1995. 11. 14. 선고 95누10181 판결 등), 이러한 내용은 2007년 이후 국세기본법 제48조 제1항 을 통해 법제화되었다.
4. 농어촌특별세는 농‧어업의 경쟁력 강화와 농어촌의 산업기반시설의 확충에 필요한 재원에 충당하기 위하여 과세하는 목적세로 조세특례제한법에 의하여 법인세 등을 감면받은 경우에 그 감면세액의 20%를 부과하는 전형적인 부가세목으로, 청구법인에게 있어서 농어촌특별세의 신고여부는 그 원인이 되는 임시투자세액공제를 신청하는지 여부에 따라 종속적으로 결정되는 것이므로, 청구법인이 임시투자세액공제를 신청하 지 않은 상태에서 농어촌특별세만 신고할 것을 기대하는 것은 무리이다.
5. 대법원은 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의 (疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무 를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있는 경우 가산세 면제의 정당한 사유로 인정한 바 있다.(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66 판결 참조)
6. 청구법인이 2010～2011사업연도 법인세를 신고할 당시 십로더 등과 그 기능이 유사한 산업용 특수차량(천공기, 쇄석기, 로우더, 굴삭기, 불도저 등)이 세액공제 대상자산에서 제외되는 “차량운반구”으로 해석되었던 반면(서면2팀-1671, 05.10.19, 재조예-110, 2005. 2. 5), 청구법인의 십로더 등이 세액공제 대상 사업용자산에 해당하는지에 대하여는 별다른 유권해석이 없었으므로 동 기계시설이 세액공제 대상 사업용자산인지에 대한 세법해석상 견해의 대립 등이 있었으므로 청구법인이 법인세 신고당시 농어촌특별세를 신고할 것을 기대하는 것은 무리이다.
1. 쟁점 물류시설이 들어서는 부지는 구 항만청 청사가 소재한 곳으로 청 구법인은 청사매입 후 인근에 쟁점 신청사를 신축하여 기부채납하는 조건으로 부지사용을 허가받았으며, 항만청사 관련 비용에는 쟁점 신청사 입주 전까지 임시건물의 임차료, 내부인테리어 등 각종 제반 지출금액이 포함되어 있다.
2. 구 조특법 시행령 제23조【임시투자세액공제】는 임시투자세액 공제대상은 “대통령령으로 정하는 투자”를 대상으로 하며, 대통령으로 정하는 투자란 열거된 사업을 영위하는 내국인 중 기획재정부령으로 정하는 사 업용 자산에 해당하는 시설투자를 공제 대상으로 한다고 규정하고 있고,
3. 동법 시행규칙 제14조【임시투자세액공제 대상 사업용자산의 범위】는 동법 시행령 제23조 제1항에서 규정한 기획재정부령으로 정하는 사업용 자산이라 함은 ① 시행규칙 제3조에서 규정하는 사업용자산과 물류산업을 영위하는 자가 당해 사업에 직접 사용하는 사업용 자산으로서 ②별표3의 유통산업합리화시설을 포함 한다고 규정하고 있다.
4. 구 조특법 시행규칙 제3조【사업용 자산의 범위】는 ‘해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산으로서 토지와 시행규칙 별표1의 건축물 등 사업용 유형자산은 제외한다’라고 규정하고 있으며, 별표1의 제4호에서는 철골․철근콘크리트조 등의 모든 건물(부속설비를 포함)과 구축물을 ‘건축물 등의 사업용 유형자산’으로 규정하고 있다.
5. 따라서 공제대상 사업용 자산의 부대비용이 법인세법상 자본적 지출에 해당하여 취득원가에 포함되기 때문에 임시투자세액 공제대상이 된다는 청구법인 주장은 “법인세법상 취득원가에 포함하는 자본적 지출이라도 조세특례제한법상 임시투자세액 공제대상의 범위에 해당하지 않으면 공제대상이 되지 않는다”는 조세특례제한법의 기본적 입법취지에 배치된다.
2. 조세법규는 엄격하게 해석하여야 하는 것이 원칙이고, 개정법 부칙에서 납세자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 종전의 규정을 소급적으로 적용한다는 명백한 규정을 두지 아니한 이상 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 법령을 적용하여야 한다.
1. 동 규칙 제14조에서 ‘기획재정부령으로 정하는 사업용자산’은 제3조에서 정하는 사업용자산과 당해 사업에 직접 사용하는 사업용자산으로서 별표 3의 유통산업합리화시설에 열거된 시설물로 한정하고 있는바 별표 3의 유통산업합리화시설에는 청구인이 반박의 근거로 제시하는 어떠한 건축물도 열거되어 있지 않다.
2. 청구법인은 “특정 기계장치 설치를 위해 직접적으로 연결되는 비용은 공 제대상이나, 건축물에 소요되는 공사비용은 제외” 한다는 내용의 예규(법인46012-2413, 1999.6.26.)에 대해 “기계장치의 취득원가에 산입된 본건에는 적용될 수 없음”다고 반박하고 있으나 임시투자세액공제는 이러한 투자금액 중 기계장치 설치에 직접 연결되어 지출된 비용을 공제대상으로 한다는 것으로 해석함이 타당하다.
3. 만약 청구법인이 기부채납 형식이 아닌 당해 부지로 사용할 토지와 건물을 일반적인 매매거래를 통해 취득하였다면 부지사용을 위해 지출한 해당 건축물에 대한 비용 등은 토지의 취득원가를 구성하였을 것이나 기부채납의 형태를 통해 토지 이외 자산으로 계상하였다.
4. 청구인 주장대로 별표 3의 유통산업합리화시설의 부대비용으로서 토지 및 일반적인 건축물을 공제대상으로 인정한다면 구 조특법 시행규칙 제14조에서 열거된 동 규칙 제3조의 사업용자산에서 배제되어야 하는 토 지․건축물이 유통합리화시설의 부대시설로서 사업용자산으로 인정되어 동 규칙 제3조는 사실상 의미가 없는 조문이 되는 결과를 가져온다.
5. 따라서 동 규칙 제14조에서 규정하는 사업용자산의 범위는 동 규칙 제3조에서 열거하는 사업용자산과 별표 3의 유통시설합리화시설로서 당해 사업에 직접 사용하는 시설물을 그 대상으로 하고 있으므로, 쟁점 기부채납비용은 시행규칙 등에서 사업용 자산으로 직접 열거하고 있는 건축물이 아닌 기부채납이라는 형태의 일반적인 건축물에 대한 지출로서 당해 사업에 직접 사용하지 않는 자산으로 해석함이 타당하다.
① 항만청사 기부채납 관련 비용이 임시투자세액공제 대상인지 여부
② 경정청구 결과에 따라 추가로 납부한 농어촌특별세에 대한 과소신고가산 세 부과처분이 정당한지 여부
① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정할 때에는 대통령령으로 정하는 투자(중고품에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위에서 대통령령으로 정하는 율을 곱하여 계산한 금액을 대통령령으로 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 2) 조세특례제한법 부칙(2010.12.27. 법률 제10406호) 제1조 【시행일】 이 법은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제104조의 23의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제18조의 2 제4항ㆍ제5항의 개정규정은 2011년 4월 1일부터 시행하며, 제73조(제1항 제14호의 개정규정은 제외한다), 제88조의 4 제13항, 제104조의 16 제4항 제2호 및 제129조 제1항의 개정규정은 2011년 7월 1일부터 시행한다. 제14조 【고용창출투자세액공제에 관한 적용례】
① 제26조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
② 2011년 12월 31일까지의 투자분에 대하여는 종전의 제26조에 따른 임시투자 세액공제 및 제26조의 개정규정에 따른 고용창출투자세액공제를 동시에 적용할 수 있다. 이 경우 종전의 제26조 제1항 중 “금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위에서 대통령령으로 정하는 율을”은 “금액에 100분의 4(수도권 밖의 투자 및 중소기업의 수도권과밀억제권역 밖의 투자에 대하여는 100분의 5로 한다)를”로 본다. 3) 조세특례제한법 시행령 제23조 【임시투자세액공제】 (2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것)
① 법 제26조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 투자”란 농업, 축산업, 어업, 광업, 제조업, 하수ㆍ폐기물처리(재활용을 포함한다)ㆍ원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 출판업, 영상ㆍ오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터프로그래밍ㆍ시스템통합 및 관리업, 뉴스제공업, 그 밖의 과학기술서비스업, 연구개발업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 창작 및 예술관련 서비스업, 수리업, 광고업, 기타 개인서비스업, 엔지니어링사업, 물류산업, 교육서비스업(컴퓨터학원에 한정한다), 의료법에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 관광진흥법에 따라 등록한 관광숙박업ㆍ국제회의기획업ㆍ전문휴양업ㆍ종합휴양업 및 유원시설업, 노인복지법에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업을 영위하는 내국인이 2010년 12월 31일까지 기획재정부령으로 정하는 사업용자산(이하 이 조에서 “사업용자산”이라 한다)에 해당하는 시설을 새로이 취득하여 사업에 사용하기 위한 투자(수도권과밀억제권역 밖에 있는 사업용자산에 대한 투자만 해당한다)를 말한다.
② 법 제26조제1항에서 "대통령령으로 정하는 과세연도"란 제1항에 따른 투자가 이루어지는 각 과세연도를 말한다. <개정 2009.6.19, 2010.2.18>
③ 제1항 및 제2항을 적용할 때 투자금액의 계산에 관하여는 제4조제3항을 준용한다. 4) 조세특례제한법 시행령 제4조 【중소기업투자세액공제】
③ 법 제5조제2항 및 제3항의 규정에 의한 투자금액은 제1호 및 제2호의 금액중 큰 금액에서 제3호의 금액을 차감한 금액으로 한다. <개정 2005.2.19>
법인세법 시행령 제69조제2항 의 규정에 의한 작업진행률에 의하여 계산한 금액
2. 당해 과세연도까지 실제로 지출한 금액
3. 당해 과세연도이전에 투자세액공제를 받은 투자금액과 투자세액공제제도를 적용받기전에 투자한 분에 대하여 제1호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 합한 금액 5) 조세특례제한법 시행규칙 제3조 【사업용자산의 범위】 (2011.4.7. 기획재정부령 제204호로 개정되기 전의 것)
① 영 제4조제2항에서 "기획재정부령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산을 말한다. <개정 2000.3.30, 2001.3.28, 2002.3.30, 2003.3.24, 2005.3.11, 2008.4.29, 2009.4.7, 2009.8.28>
1. 해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산(토지와 별표 1의 건축물 등 사업용 유형자산은 제외한다) 6) 조세특례제한법 시행규칙 [별표1] <신설 2009.4.7> 건축물 등 사업용 유형자산(제3조제1항 관련) 구분 구조 또는 자산명 4 철골·철근콘크리트조, 철근콘크리트조, 석조, 연와석조, 철골조의 모든 건물(부속설비를 포함한다)과 구축물
2. 제3호 및 제4호를 적용할 때 부속설비에는 해당 건물과 관련된 전기설비, 급배수·위생설비, 가스설비, 냉방·난방·통풍 및 보일러설비, 승강기설비 등 모든 부속설비를 포함하고, 구축물에는 하수도, 굴뚝, 경륜장, 포장도로, 교량, 도크, 방벽, 철탑, 터널 그 밖에 토지에 정착한 모든 토목설비나 공작물을 포함한다. 7) 조세특례제한법 시행규칙 제14조 【임시투자세액공제 대상 사업용자산의 범위】 (2011.4.7. 기획재정부령 제204호로 개정되기 전의 것) 영 제23조 제1항에서 “기획재정부령으로 정하는 사업용자산”이란 제3조에 따른 사업용자산과 다음 각 호의 자산을 말한다. 다만, 관광진흥법에 따라 등록한 전문휴양업 또는 종합휴양업을 영위하는 자의 경우에는 제5호의 자산에 한정한다.
1. 건설업을 영위하는 자가 당해사업에 직접 사용하는 사업용자산으로서 지방세법 시행규칙 제40조의2 의 규정에 의한 자산
2. 도매업ㆍ소매업 또는 물류산업을 영위하는 자가 당해사업에 직접 사용하는 사업용자산으로서 별표 3의 유통산업합리화시설
3. 관광진흥법에 의하여 등록한 관광숙박업 및 국제회의기획업, 노인복지법에 의한 노인복지시설을 운영하는 사업을 영위하는 자가 당해 사업에 직접 사용하는 사업용자산으로서 건축법에 의한 건축물과 당해 건축물에 부착설치된 시설물중 지방세법 시행령 제76조 의 규정에 의한 시설물
4. 전기통신업을 영위하는 자가 타인에게 임대 또는 위탁운용하거나 공동으로 사용하기 위하여 취득하는 사업용자산으로서 전파법 시행령 제68조 및 제69조에 따른 무선설비 5.관광진흥법에 따라 등록한 전문휴양업 또는 종합휴양업을 영위하는 자가 해당 사업에 직접 사용하는 사업용자산으로서 관광진흥법 시행령제2조제1항제3호에 따른 숙박시설ㆍ전문휴양시설(골프장 시설은 제외한다) 또는 종합유원시설업의 시설 8) 조세특례제한법 시행규칙 [별표 3] (2013.2.23. 기획재정부령 제322호로 개정되기 이전의 것) 유통산업합리화시설(제13조 제1항 및 제14조 관련) 구분 적용범위
물품의 보관ㆍ저장 및 반출을 위한 창고로서 건축법 시행령 별표 1 제18호 가목의 창고(상품의 보관ㆍ저장 및 반출이 자동적으로 이루어질 수 있도록 시스템화된 창고시설을 포함한다) 및 물품의 보관ㆍ저장 및 반출을 위한 탱크시설(지상 또는 지하에 고정설치된 것에 한한다) 9) 법인세법 제41조 【자산의 취득가액】
① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.
1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대비용을 더한 금액
2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산은 제작원가(製作原價)에 부대비용을 더한 금액 10) 법인세법 시행령 제72조 【자산의 취득가액 등】
② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.
1. 타인으로부터 매입한 자산 ： 매입가액에 취득세, 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액[법인이 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 호에서 “건물등”이라 한다)을 함께 취득하여 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우 법 제52조 제2항에 따른 시가에 비례하여 안분계산한다]
2. 자기가 제조ㆍ생산ㆍ건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산: 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액
③ 제2항을 적용할 때 취득가액에는 다음 각 호의 금액을 포함하는 것으로 한다.
2. 제52조의 규정에 의한 건설자금에 충당한 차입금의 이자
3. 유형고정자산의 취득과 함께 국ㆍ공채를 매입하는 경우 기업회계기준에 따라 그 국ㆍ공채의 매입가액과 현재가치의 차액을 당해 유형고정자산의 취득가액으로 계상한 금액 11) 국세기본법 제47조의3 【과소신고가산세】 (2011.12.31. 법률 제11124호로 개정되기 이전의 것)
① 납세자(부가가치세법 제29조 에 따라 납부의무가 면제된 자는 제외한다)가 법정신고기한까지 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미치지 못하는 경우에는 과소신고한 과세표준 상당액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 12) 국세기본법 제47조 의 3【과소신고ㆍ초과환급신고가산세】
① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 및 농어촌특별세법 에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 과세표준 또는 납부세액을 신고하여야 할 금액보다 적게 신고(이하 이 조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다. (이하 생략) 13) 국세기본법 부칙 <제11124호,2011.12.31> 제5조(무신고가산세 등에 관한 적용례)
① 제47조의2부터 제47조의4까지의 개정규정 중 소득세(종합소득에 대한 소득세만 해당하며, 그 소득세를 본세로 하는 농어촌특별세를 포함한다) 및 법인세(각 사업연도 소득에 대한 법인세 및 토지 등 양도소득에 대한 법인세만 해당하며, 그 법인세를 본세로 하는 농어촌특별세를 포함한다)에 관한 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 과세기간 분부터 적용한
① 농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 호별 과세표준 세율
1. 조세특례제한법‧ 관세법‧ 지방세법 및 지방세특례제한법에 따라 감면을 받는 소득세‧법인세‧관세‧취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면세액(생략) 100분의 20
1. 청구법인은 1930.11.25. 개업하여 서울 중구 서소문 58-12에서 서비스, 항공 및 육상화물을 업종으로 사업을 영위하고 있는 법인으로 ○○항을 통한 석회석 해상수송을 위하여 ○○도 ○○시 ○○동 소재 항만청의 구 청사부지 및 인근 배후지에 석회석 저장시설인 사이로와 십로더 등 쟁점 물류시설을 설치하기로 하고, 2011.3.18. 항만청으로부터 항만법 제9조 제2항 에 의한 비관리청 항만공사의 시행을 허가받았으며, 항만청은 구 청사부지를 청구법인이 사용하는 대신 신청사를 신축하여 기부채납할 것을 공사의 허가조건으로 요구하여 청구법인은 관련한 기부채납을 이행하였다. 비관리청항만공사 시행허가 조건 (○○항 석회석 물류시설 조성공사)
12. 본 사업부지내 항만청사 및 부대시설 등 국유재산이 위치하고 있으므로 관련시설물에 대한 매매계약 체결 후 매각대금을 완납하고, 소유권 이전이 완료된 후 철거공사를 시행하여야 함
13. 본 사업시행에 따른 항만청사 이전과 관련하여 피허가자와 우리청간에 기 체결한 청사이전 및 신축등에 관한 협약서 제3조(임시청사이전) 및 제5조(신청사 신축)의 이행 담보를 위해 청사이전 및 신청사 이행보증조치를 위한 지급보증서 또는 보증보험증권을 청사 소유권 이전 완료전까지 우리청(총무과)에 제출하여야 함
2. 항만청장과 청구법인이 2008.11. 체결한 “청사이전 및 신축 등에 관한 협약서”
○○지방해양항만청(이하 “갑”이라 한다)과 ○○○○주식회사(이하 “을”이라 한다)는 “갑”의 청사 이전 및 신축 등에 관하여 다음과 같이 합의한다. 재1조(목적) 생략 제2조(현 청사처분) “갑”은 정부청사수급관리계획 및 국유재산관리계획의 승인을 얻은 경우 청사 및 부대시설을 국유재산법 등의 규정에 의거 “을”에게 매각하고 “을”은 청사 및 부대시설을 철거한다. 단, 토지는 제외하며, 감정평가 및 측량 등 매각에 따른 관련 비용은 “을”의 부담으로 한다. 제3조(임시청사로의 이전 등) 현 청사의 매각 등 처분절차가 완료되면 “갑”은 임시청사를 선정하여 이전한다. 이 경우 청사 이전비용(임시청사 및 신축청사로의 이전을 포함하며, 임시청사로 이전함에 따라 발생되는 추가비용 등을 포함한다)과 임차비용(후생복지시설의 임차, 임시 가설건물 및 사물실 설치, 정보통신 및 냉난방 시설 설치 등을 포함한다) 등은 “을”이 부담한다. 제4조(임시청사 사용기간) “갑”이 임시청사를 사용하는 기간은 신청사 신축이 완료되어 이전할 때까지로 한다. 제5조(신청사 신축)
- 가. “갑”은 청사 신축을 위한 정부청사 수급관리계획을 수립하여 승인을 얻는다.
- 나. “갑”은 “을”에게 청사 신축에 필요한 부지를 제공하고, “을”은 자기 부담으로 청사(부속시설, 친수공간 및 체육시설, 행상교통관제센터 관련 시설 등을 포함한다)를 신축하여 “갑”에게 무상으로 기부채납을 한다.
- 다. 신축 청사의 규모는 “갑”과 “을”이 협의하여 정하되, 이 협약 체결 당시의 “갑”의 조직 및 기능, 신설현황 등을 고려한다. (이하생략) 내용은 아래와 같다. <법인세과-73, 2013.02.05> [ 제 목 ] 물류산업 영위 법인이 사이로와 십로더에 투자 시 사업용자산 해당여부 [ 회 신 ] 물류산업을 영위하는 자가 조세특례제한법 시행규칙 별표3의 유통산업합리화시설 중 “8. 창고시설”에 투자하는 경우와 같은법 시행규칙 별표1의 차량운반구(원동기를 장치하여 무한궤도 또는 타이어 등에 의해 이동하는 것에 한함)에 해당하지 아니하는 기계설비에 투자하는 경우에는 같은 법 시행규칙 제14조의 고용창출투자세액공제 대상 사업용자산의 범위에 해당하는 것임 <법인세과-57, 2013.01.23> [ 제 목 ] 물류시설 조성공사 과정에서 부담한 지출액의 세무처리 [ 회 신 ] 물류업을 영위하는 법인이 항만법제9조제2항의 규정에 의하여 비관리청 항만공사를 시행하면서 비관리청 항만공사의 시행허가 조건을 이행하기 위하여 지출한 기존청사 취득가액과 철거비용 및 신축청사 기부채납 관련 비용은 신축하는 물류시설에 대한 취득가액에 가산하는 것임
3. 2012.12.10. 국세청에 신청한 예규질의에 관하여 회신한 유권해석은 아래와 같다.
4. 국세청에서 발간한 개정세법해설은 “유통산업합리화시설이란 조세특례제한법 시행령 제5조 제8항 에 따른 물류산업을 영위하는 자가 해당 사업에 직접 사용하기 위한 시설로서 시행규칙［별표5］의 유통산업합리화시설에 해당하는 것을 말한다.”라고 설명하고 있다.
5. 청구법인은 상기 유권해석의 내용에 근거하여 2013.3.11. 처분청에 쟁점 물류시설 설치비 및 쟁점 기부채납비용을 임시투자세액으로 공제하는 내용의 2009～2011사업연도 법인세 경정청구를 하였다.
- 가) 처분청은 20013.5.9. 쟁점 물류시설 설치비에 대한 임시투자세액공제는 인정하고, 쟁점기부채납 비용은 임시투자세액공제에서 제외한다는 경정청구 결과통지를 하였다.
- 나) 또한 처분청은 쟁점 물류시설에 대한 임시투자세액 공제세액의 20%를 농어촌특별세로 부과하면서 구 국세기본법 제47조의3 에 따른 과소신고 가산세를 부과하였다.
- 라. 판단
1. 이상의 사실관계와 법령을 바탕으로 항만청사 기부채납 관련 비용이 임시투자세액공제 대상인지 여부를 본다.
- 가) 구 조특법상 임시투자세액공제는 기업의 신규 투자촉진을 통한 성장잠재력 확충을 위해 정부가 경기조절을 위하여 사업용자산에 대한 투자금액에 대하여 세액공제하는 제도로서, 사업을 영위하는데 필수적이며 주로 사용 하는 자산이라 하더라도 조세특례제한법 시행규칙 제3조 의 사업용 자산에 해 당하지 아니한 경우 임시투자세액공제를 적용할 수 없다.(서면2팀-309, 2006.2.7. 같은 뜻) 나) 구 조특법 시행규칙 제3조【사업용 자산의 범위】에 ‘해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산으로서 토지와 시행규칙 별표1의 건축물 등 사업용 유형자산은 제외한다’ 라고 규정하고 있는 점, 별표1의 제4호에 철골․철근콘크리트조 등의 모든 건물(부속설비를 포함)과 구축물을 ‘건축물 등의 사업용 유형자산’으로 규정하고 있는 점, 유통산업합리화시설이란 물류산업을 영위하는 자가 해당 사업에 직접 사용하기 위한 시설로서 시행규칙［별표5］의 유통산업합리화시설에 해당해야 하는 점, 쟁점 기부채납 비용은 물류사업에 직접 사용하는 시설로 보기 어려운 점 등을 종합하여 볼 때 항만청사 기부채납 관련 비용을 임시투자세액공제 대상으로 보기 어렵다.
2. 다음으로 경정청구 결과에 따라 추가로 납부한 농어촌특별세에 대한 과소신고가산세 부과처분이 정당한지 여부를 본다. 가) 국세기본법 제47조의3 【과소신고가산세】에 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 하지 아니한 경우에는 과소신고에 따른 가산세를 부과하도록 규정하고 있는 점, 농어촌특별세법에 따른 신고에 대한 과소신고가산세 배제는 2012.1.1 이후 최초 개시하는 과세기간 분부터 적용한다고 국세기본법 부칙에 규정하고 있는 점,
- 나) 개정법 부칙에서 납세자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 종전의 규정을 소급적으로 적용한다는 명백한 규정을 두지 아니한 이상, 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 규정을 적용하여야 하는 점(국심 99서2130, 2000.8.10, 대법원 95누825, 1995.8.25., 대법원98두 15788, 1999.9.3 같은 뜻) 등을 볼 때 처분청의 이 건 가산세 부과는 달리 잘못이 없다.
이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.