전자공시시스템에 공시하였으나 주식변동상황명세서에 신고하지 않은 경우, 주식변동상황명세서 제출불성실가산세 적용 여부

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구법인(2009.10.9. 코스닥 상장됨)의 최대주주였던 AA생명과학(주)은 2010.10.8.까지 보호예수기간이었던 1,500,000주를 2010.2.22. 청구법인의 대표자 황00에게 1,300,000주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 장외매매하고, 같은 날 황00은 다시 쟁점주식을 BB메디케어(주)에게 매도하여 보호예수기간이 2012.10.8. 까지 연장되었다.
• 나. 처분청은 청구법인이 전자공시시스템에 최대주주 변경사실을 공시하였으나 법인세 신고시 제출한 주식등변동상황명세서에 이를 반영하지 않은 사실을 확인하고, 주식등변동상황명세서 제출불성실가산세로 주식 액면가액(650백만원)의 2%인 13백만원을 결정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.5.3. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인은 2009.10.9. 코스닥에 상장한 법인으로 당사의 최대주주였던 AA생명과학(주)이 보유한 주식 1,500,000주는 2010.10.8.까지 보호예수기간이었다. 그러나 AA생명과학(주)는 2010년 2월 1,300,000를 청구법인의 대표자 황00에게 매도하였고, 황00은 동일자로 다시 BB메디케어(주)로 매도하는 예약매매로 인하여 보호예수기간이 2년 추가되어 2012.10.8. 까지 명의개서를 할 수 없었다.
• 나. 법인세법시행령 제161조 제6항 에 의하면 명의개서된 사항을 기준으로 주식변동상황명세서를 작성하여 제출하도록 규정하고 있으므로, 청구법인이 쟁점주식의 변동상황을 인지하고 있었다 하더라도, 명의개서는 재산권의 변동에 관한 사항으로 주주들이 명의개서를 요구하지 않는다면 청구법인 스스로 명의개서를 하여 신고할 수 없는 점을 감안할 때, 주주명부상 명의개서된 사항을 기준으로 신고한 것에 대하여 주식변동상황명세서 제출불성실 가산세를 적용하는 것은 부당하다.

• 가. 청구법인은 보호예수 중인 쟁점주식의 매도로 인해 한국거래소에서 명의개서 되지 않은 것으로 법인세법시행령 제161조 제6항 (2012.2.2. 개정전)에 의거 주식등변동상황명세서를 명의개서 사항을 기준으로 기재한 것이므로 정상신고라고 주장하나,
• 나. 주식이동상황명세서를 누락하여 제출하는 경우 가산세를 부과하도록 규정한 취지는 주식이동을 통하여 증여․상속세 등 제세 탈루방지 및 다양한 과세자료 활용을 위하여 법인에게 협력의무를 부여한 것이며, 청구법인이 이러한 협력의무를 이행하지 않아 장외거래로 2010년 2월에 2회에 걸쳐 각 6,760,000천원의 주식거래가 있었음에도 증권거래세 등 과세자료 활용을 못한 점이 있다.
• 다. 증권거래법에 의한 보호예수기간에 해당되는 경우에 예외를 인정하는 별도 규정을 두고 있지 아니하고, 최대주주가 대량의 주식을 매도하였음을 공시하는 등 법인이 주식변동상황을 인지하고 있었던 경우는 가산세 적용대상이므로 청구법인에게 과세예고통지한 주식등변동상황명세서 제출불성실 가산세 13,000,000원은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 보호예수중이었던 최대주주 소유주식의 변동사실을 전자공시시스템에 공시하였으나 법인세 신고시 이를 주식변동상황명세서에 반영하여 신고하지 않은 경우, 주식변동상황명세서 제출불성실가산세 적용 여부
• 나. 관련법령 1) 법인세법 제119조 【주식등변동상황명세서의 제출】

① 사업연도 중에 주식등의 변동사항이 있는 법인(대통령령으로 정하는 조합법인 등은 제외한다)은 제60조에 따른 신고기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 주식등변동상황명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식등에 대하여는 제1항을 적용하지 아니한다. <개정 2011.12.31>

1. 주권상장법인으로서 대통령령으로 정하는 법인: 지배주주(그 특수관계인을 포함한다) 외의 주주등이 소유하는 주식등

2. 제1호 외의 법인: 해당 법인의 소액주주가 소유하는 주식등

③ 제2항에 따른 지배주주 및 소액주주의 범위, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 법인세법 시행령 제161조 【주식등변동상황명세서의 제출】 - 개정전

⑥ 법 제119조의 규정에 의한 주식등변동상황명세서는 기획재정부령으로 정하며, 동 명세서에는 주주명부에 명의개서된 사항을 기준으로 다음 각호의 내용을 기재하여야 한다.

1. 주주등의 성명 또는 법인명, 주민등록번호ㆍ사업자등록번호 또는 고유번호

3. 사업연도 중의 주식등의 변동사항

4. 삭제 <2005.2.19>

⑦ 제6항제3호에서 주식등의 변동은 매매ㆍ증자ㆍ감자ㆍ상속ㆍ증여 및 출자 등에 의하여 주주등ㆍ지분비율ㆍ보유주식액면총액 및 보유출자총액 등이 변동되는 경우를 말한다. 3) 법인세법 시행령 제161조 【주식등변동상황명세서의 제출】(2012.2.2. 대통령령 제23589호로 일부 개정된 후의 것)

⑥ 법 제119조의 규정에 의한 주식등변동상황명세서는 기획재정부령으로 정하며, 동 명세서에는 주식등의 실제소유자를 기준으로 다음 각 호의 내용을 적어야 한다. <개정 2001.12.31, 2003.12.30, 2008.2.22, 2008.2.29, 2012.2.2>

1. 주주등의 성명 또는 법인명, 주민등록번호ㆍ사업자등록번호 또는 고유번호

3. 사업연도 중의 주식등의 변동사항 4) 법인세법 제76조 【가산세】

⑥ 납세지 관할세무서장은 제119조에 따라 주식등변동상황명세서(이하 이 조에서 "변동상황명세서"라 한다)를 제출하여야 할 내국법인이 변동상황명세서를 제출하지 아니하거나 변동상황을 누락하여 제출한 경우와 제출한 변동상황명세서가 대통령령으로 정하는 불분명한 경우에 해당하는 경우에는 미제출ㆍ누락제출 및 불분명하게 제출한 주식등의 액면금액 또는 출자가액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 때에도 가산세는 징수한다. 5) 법인세법 시행령 제120조 【가산세의 적용】

⑤ 법 제76조제6항 전단에서 "대통령령으로 정하는 불분명한 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 다만, 제출된 변동상황명세서의 필요적 기재사항의 일부가 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 그 밖의 기재사항에 의하여 주식 등의 변동사항을 확인할 수 있는 경우를 제외한다. <개정 2009.2.4>

1. 제출된 변동상황명세서에 제161조제6항제1호 내지 제3호의 기재사항(이하 이 항에서 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부를 기재하지 아니하였거나 잘못 기재하여 주식등의 변동상황을 확인할 수 없는 경우

2. 제출된 변동상황명세서의 필요적 기재사항이 주주명부 또는 사원명부의 기재사항과 다르게 기재되어 주식등의 변동사항을 확인할 수 없는 경우

• 다. 사실관계

○ 이 건 관련된 과세전적부심사청구 결정문의 사실관계에 따르면, 다음의 내용이 확인된다.

1. 청구법인은 1999년 개업하여서울 oo구 oo1가 1*-4에 본점 소재지를 두고 의료용품 및 기타의약관련제품을 제조하는 법인으로써, 2009.10.9. 코스닥시장에 신규상장하게 되면서 최대주주인 AA생명과학(주)가 보유한 1,500,000주가 2009.10.9.~2010.10.8.(1년)동안 의무보호예수 되었다.

2. 한국거래소는 청구법인의 최대주주가 보유한 보호예수중인 주식을 예약매매하는 계약이 2회 체결되었음을 확인함에 따라 보호예수기간이 2년 연장되었음을 2010.2.11.자로 통보하였으며, 청구법인은 2010.2.22. 최대주주 변경사실을 공시하면서 AA생명과학(주)가 보유한 청구법인의 주식 1,500,000주 중 1,300,000주를 황00 대표이사가 인수하였고, 동일자로 다시 BB메디케어(주)에 양도하는 매매계약의 완료사실 및 이로 인해 보호예수기간이 2009.10.9.~2012.10.8.로 변경되었음을 아래와 같이 공시하였으나, 주식등변동상황명세서에는 미반영하였다. 생략

3. 청구법인의 대표이사 황00은 쟁점주식의 양도건에 대해 증권거래세 기한후 신고 및 납부하였음이 확인되며, 청구법인이 쟁점주식의 변동사실을 인지하고 있었다는 사실에는 다툼이 없는 것으로 보이나, 이러한 사실을 주식등변동상황명세서에 누락하여 신고한 청구법인에게 주식등변동상황명세서 제출불성실 가산세를 부과한 처분에 대해, 청구법인은 주주명부에 명의개서된 사항을 기준으로 신고한 것이며 보호예수기간이었으므로 명의개서가 되지 않았다고 주장하고 있다.

• 라. 판단 주식변동상황명세서 제출에 관한 제도는 과세관청이 주식 등의 변동상황과 관련하여 발생하는 과세자료를 수집하여 주식의 양도차익, 의제배당, 증여의제, 부당행위계산부인 등 다양한 과세자료로 활용하고 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 법인에게 협력의무를 부여하고 있는 제도로(조심2010중1580, 2010.12.28.), 상장법인 일반주주가 대량의 주식을 매도 공시 하였으나, 법인세 신고시 ‘주식등변동상황명세서’에 변동내역을 기재하지 않은 경우 주식등변동상황명세서 제출 불성실 가산세가 적용된다(법규과-1818, 2008.04.28.). 따라서, 청구법인이 보호예수중이었던 최대주주 소유주식 일부를 청구법인의 대표이사가 취득하여 이를 다시 양도하여 최대주주의 변동사실을 전자공시시스템에 공시하였으나, 법인세 신고시 주식등변동상황명세서에 쟁점주식의 변동사실을 반영하지 아니하여 증권거래세 등의 과세자료로 활용하지 못한 점, 코스닥시장상장규정상 보호예수기간에 해당되는 경우에 주식등변동상황명세서 제출불성실 가산세의 예외를 인정하는 별도규정을 두고 있지 않은 점, 청구법인이 쟁점주식의 변동사실을 알고 있었음에도 이를 누락하여 제출한 주식등변동상황명세서는 법인세법시행령 제120조 제5항 1호 에서 규정하는 필요적 기재사항의 전부 또는 일부를 기재하지 아니하거나 잘못 기재하여 주식 등의 변동사항을 확인할 수 없는 경우에 해당한다고 볼 수 있는 점 등을 종합하면, 처분청이 청구법인에 주식등변동상황명세서 제출불성실 가산세를 부과한 이 건 처분은 정당한 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.