대법원판례에 따르면 조특법상 연구개발비 세액공제가 적용되는 직무발명보상금 지급 대상 종업원에 임원도 포함되므로 AAA의 임원 여부와 관계없이 AAA의 직무발명보상금은 연구인력개발비 세액공제 대상임
대법원판례에 따르면 조특법상 연구개발비 세액공제가 적용되는 직무발명보상금 지급 대상 종업원에 임원도 포함되므로 AAA의 임원 여부와 관계없이 AAA의 직무발명보상금은 연구인력개발비 세액공제 대상임
OO세무서장이 청구법인의 2007 사업연도 법인세 신고시 연구․인력개발비 127,615,530원 중 ① 청구외 AAA 인건비 28,398,391원, ② 청구외 BBB 직무발명보상금 37,701,468원, ③ 여비교통비 4,999,113원, 도서인쇄비 656,877원, 지급수수료 3,458,300원 합계 75,214,149원를 부인하고, 2013.2.15. 청구법인에 대하여 한 법인세 61,472,520원 중 BBB의 직무발명보상금 37,701,468원을 연구․인력개발비로 세액공제하여 법인세를 경정하고, 청구인의 나머지 청구는 기각합니다.
1. 처분청은 근로자 AAA에 대하여 청구외법인에서 근무한 것으로 확인되었다고 하면서 연구인력개발비 세액공제대상의 인건비로 볼 수 없다고 하고 있으나, 청구법인은 AAA이 청구법인과 청구외법인에서 이중으로 근로를 제공한 사실을 전혀 알지 못하였고, AAA은 실제로 청구법인에서 과장의 직함으로 근무하면서 연구인력업무에 종사한 사실이 각종 공문들을 통해서 확인된다. 또한, 조특법 제10조는 연구개발인력이 24시간 오로지 특정회사만을 일해야 한다는 취지로 규정하고 있지 않아 AAA에 대한 연구인력개발비에 대하여는 세액공제대상이 된다고 할 것이다.
2. 처분청은 “과학기술부장관에서 신고한 기업내의 연구개발전담부서의 연구요원이 다른 기업에서 연구업무를 수행하는 경우 연구개발전담부서에서 근무하는 근로자로 볼 수 없어 해당 근무자에게 지급한 인건비는 연구인력개발비 세액공제대상의 인건비로 볼 수 없다.”(서이46012-11859, 2003.10.24., 서면2팀-707, 2008.4.16.)고 하면서 AAA에 대한 세액공제를 부인하고 있으나, 이 인용사례는 이 건과는 사안이 전혀 달라 이 건에는 적용할 수 없다. 즉, 두 인용사례는 ‘전자제품 제조․판매 법인이 과기처장관으로부터 승인받은 연구개발부서를 갖춘 기업에게 제품개발용역을 위탁함에 있어 연구활동 공간을 제공하고 연구원을 파견받아 연구활동을 수행하는 경우’(서이46012- 11859)와 ‘조특법상 중소기업이 아닌 기업이 조특법 시행령 별표6 1호 나목 ①항에 해당되는 기관과 위탁연구 계약을 맺은 상태에서 필요에 의해 위탁연구기관의 연구원을 파견받아 연구토록 할 경우’(서면2팀-707, 2008.4.16.)로서 위탁계약 및 연구원 파견의 경우의 세액공제가 가능한지 여부에 대한 회신에 불과하다. AAA의 경우에는 청구법인과 근로계약을 체결하고 청구법인의 연구개발 전담부서에서 일을 하면서 급여를 받았지, 다른 회사에 파견나가서 일을 하면서 청구법인에서 급여를 받은 경우가 아니므로 질의회신에서 나온 사례와는 다르다.
3. 더구나 AAA은 청구법인 모르게 별도의 경제활동을 하였고, 청구법인이 이를 알았거나 허용한 바 없는데, 그로 인하여 청구법인이 불이익을 받게 되는 것은 부당하다. 청구법인은 AAA과 근로계약을 체결하고 4대 보험을 가입해 주었으며, 고용인으로서 4대 보험료 중 고용인 부담금 등을 모두 성실히 납부하였다. 또한, AAA은 연말정산시 청구외법인의 소득을 기재하지 않고 청구법인에서의 소득만을 기초로 신고하기도 하였다.
4. 위와 같이 AAA이 청구외법인에서 소득을 얻은 것은 청구법인과는 전혀 별개인 AAA의 경제활동에 기인한 것에 불과한데, 이 건에서 청구법인이 세액공제를 받지 못한다면 청구인은 불의의 피해를 입게 되는 것으로 인력파견의 형식의 경우를 인용하여 청구법인이 AAA에게 지급한 인건비에 대한 세액공제를 부인하는 것은 부당하다.
1. 처분청은 청구법인이 2007년경 한국산업기술진흥협회에 제출한 회사 조직표 및 2007년 연구소 업무분담표상 BBB이 상무이사로 등재되어 있고, 연구전담부서의 연구원변경신고서에도 BBB이 이사로 기재되어 있으므로 임원인 BBB에 대하여는 세액공제를 인정할 수 없다고 하고 있으나, 청구법인이 심사청구에서 밝힌 바와 같이 청구법인은 BBB에 대하여 업무상의 필요에 따라 대외적으로 사용할 수 있게끔 이사로 호칭하였다. 따라서, 외부적으로 BBB의 직위를 나타낼 때는 당연히 이사로 기재한 것이고, 위 조직표나 업무분담표, 연구원변경신고서 등은 모두 대외적인 서류로서 당연히 BBB을 이사로 표기할 수밖에 없는 것이다(사업상의 필요로 대외적으로 이사 직함을 사용하게 하는데 대외적인 서류에 BBB을 직원으로 표기한다면 이사 직함을 준 의미가 전혀 없음).
2. 또한, 처분청은 2007년도 청구법인의 정관상 이사 3명, 감사 1명으로 기재되어 있는데, 2007.3.의 청구법인의 급여대장을 보면 이사인 CCC, DDD과 동일한 기본급 및 직책수당을, 2007.12.에는 CCC, DDD, BBB 이사 3인이 동일한 상여금을 받았다고 주장하고 있으나, 청구법인의 정관상 이사는 3명이고, 처분청이 인정하고 있는 CCC과 DDD은 이사가 맞으므로 나머지 1명의 이사로 처분청은 BBB이라고 판단하고 있으나 BBB이 나머지 1명의 이사라면 청구법인의 대표이사는 이사가 아니라는 것이 된다. 따라서 청구법인은 EEE, CCC, DDD 3인의 이사가 있고, 이 중 EEE가 대표이사로 재직하고 있는데도 불구하고 처분청은 대표이사를 간과한 채 막연히 1명의 이사가 비웠다고 오인하여 BBB을 이사로 간주하는 잘못이 있다.
3. 처분청은 청구법인이 BBB에게 이사와 같은 급여와 수당, 상여금을 지급하였으므로 BBB이 실제 이사라고 주장하고 있으나, 법적인 책임이 있는 이사와 단순한 호칭만 가진 직원은 그 책임의 범위가 전혀 다르며, 다만, 직원이라고 하더라도 회사에 대한 공로, 기타 참작할 사유가 있다면 청구법인 입장에서는 얼마든지 등기이사보다도 높은 급여와 수당, 상여금을 지급할 수 있는 것이다.
4. 반면 처분청의 인식은 오로지 직급 및 임원에 따른 차등적인 임금구조라는 구시대적인 발상을 기초로 하여 직원은 임원과 동등한 대우를 받을 수 없다는 잘못된 전제에서 BBB을 등기이사와 동일하게 간주하고 있어 매우 부당하다. 만약, 처분청의 인식대로가면 모든 회사들 중 직원이 급여, 수당, 상여금 등을 임원과 대등하게 받거나 더 받는 경우 그 직원 모두 회사의 임원으로 보아야 하는 불합리한 결론에 도달한다. 나아가 우수한 직원들에게 급여나 수당, 상여금을 인상하여 지급할 필요가 있는 경우에 그 금액이 이사보다 더 많은 경우 처분청과 같은 태도라면 합리적인 인상이 불가능할 뿐만 아니라 만약 지급하게 되더라도 임원 역시 상당한 액수로 인상하거나 직원을 임원으로 등재하여야 하는 등 불합리한 결론에 이르게 된다.
5. 처분청은 2007년 특허 관련 보고서상 특허 출원에 따른 업무내용에 BBB의 업무내용이 나타나지 않고 있는 것을 근거로 BBB이 직원이 아닌 임원이라고 간주하고 있으나, BBB은 가장 선임인 연구자로서 연구개발업무를 총괄하여 지휘하였기 때문에 구체적인 특허 출원에 따른 업무내용에는 하위 담당자들이 표기되고 BBB은 표기되지 않았을 뿐인데 처분청의 이러한 인식은 특허 출원 업무를 하는데 관련 연구원 전부의 이름이 기재되지 않으면 이를 인정하지 못한다는 편협한 태도에 기인한 것으로 보인다.
1. 1항에서는 영 제9조제2항에 따른 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 구 ｢기술개발촉진법 시행규칙｣ 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서를 말한다고 규정하고 있으며,
2. 2항에서는 영 제9조제2항에 따른 별표 6의 제1호 가목①에서 “재정경제부령이 정하는 자”라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 영 제13조제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다고 규정하고 있다.
3. 청구법인의 근무자 AAA은 아래와 같이 각각의 기간에 대하여 청구법인 및 청구외법인에서 근무한 것으로 확인된다.
4. 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서의 연구요원이 다른 기업에서 연구업무를 수행하는 경우 연구개발전담부서에서 근무하는 근무자로 볼 수 없어 해당 근무자에게 지급한 인건비는 연구인력개발비 세액공제대상의 인건비로 볼 수 없다(서이46012-11859 20013.10.24, 서면2팀-707 2008.4.16).
1. 청구법인은 연구원으로서 BBB이 형식상으로만 이사라는 호칭만을 사용했다고 주장하나, 2007년도 청구법인의 정관 제21조를 보면 당 회사에 이사 3명 이상, 감사 1명 이상을 둔다고 규정하고 있었고, 또한 청구법인의 급여대장을 보면 2007.3.부터 BBB은 주주총회 및 이사회회의록에 참여한 이사 CCC, DDD과 동일한 기본급 및 직책수당을 받았으며, 2007.12. CCC, DDD, BBB 이사 3인이 동일한 상여금을 받은 것으로 확인된다.
2. 또한, 청구법인이 제출한 2007 특허 진행 관련 보고서에도 특허 출원에 따른 업무내용에 상무이사인 BBB의 업무내용은 나타나지 않고 있다.
3. 따라서 BBB은 청구법인의 2007년 당시 등기부등본 상의 이사로 등재되어 있지는 않았으나, 사실상 업무이사로 직위하면서, 2007.12.말 임원으로써 직무발명보상금을 받은 것으로 확인된다.
4. 조특법 제10조에서 연구·인력개발비 세액공제가 적용되는 연구·인력개발비의 범위는 조세특례제한법 시행령 제9조제2항 관련한 별표 6에서 규정하고 있고, 조특법 시행령[2008.10.7-21064호]일부개정으로 관련한 별표6의 1. 기술개발의 라목에서 당해 기업이 그 종업원 또는 종업원 외의 자에게 직무발명 보상금으로 지출한 금액으로 규정하고 있으며, 이 영은 공포일인 2008.10.7.자부터 적용하게 되어 있다. 위 시행령이 공포되기 전에는 조세특례제한법 시행령 제9조2항 규정에 [2007.06.29-20137호] 따라 적용되는 별표6의 1. 기술개발 라목에서는 당해 기업이 그 종업원에게 직무발명 보상금으로 지출한 금액으로 규정되어 있다.
5. 따라서 2007.12.31. 이전에 내국법인이 임원에게 직무발명보상금으로 지출한 금액은 조특법 시행령 별표6 1. 기술개발 라목의 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에 포함되지 아니하는 것이다(법인-1255, 2009.11.9.).
2. BBB의 직무발명보상금이 연구인력개발비 공제대상인지 여부
3. 여비교통비 등이 연구인력개발비 공제대상인지 여부
① 내국인[도박장·무도장·유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.
1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액
2. 제1호 외의 내국인: 다음 각 목에 해당하는 금액을 합한 금액
② 제1항제1호 및 제2호의 규정에 따른 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액의 구분 및 계산 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. 2) 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】 <개정 2007.11.30.>
① (생략)
② 법 제10조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 비용"이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용중 별표 6의 비용을 말한다.
③ (생략)
④ 법 제10조제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해 내국인의 연구 및 인력개발비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다. ｛(당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액/4)×(당해 과세연도의 월수/12)｝
⑤ (생략)
⑥ 제4항의 산식을 적용함에 있어서 월수는 월력에 따라 계산하되, 과세연도개시일이 속하는 달이 1월 미만인 경우에는 이를 1월로 하고, 과세연도종료일이 속하는 달이 1월 미만인 경우에는 이를 산입하지 아니한다.
⑦ 법 제10조제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액공제신청서 및 연구및인력개발비명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】 <개정 2007.3.30.>
① 영 제9조제2항에 따른 영 별표 6의 제1호가목에서 "전담부서"라 함은 ｢기술개발촉진법 시행규칙｣ 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 "전담부서"라 한다)를 말한다.
② 영 제9조제2항에 따른 영 별표 6의 제1호가목①에서 "재정경제부령이 정하는 자"라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 영 제13조제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다.
③ 영 제9조제2항에 따른 영 별표 6의 제1호마목에서 "재정경제부령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로부터 산업기술에 관한 자문을 받고 지급하는 기술자문료를 말한다.
1. 과학기술분야를 연구하는 국·공립연구기관, 정부출연연구기관, 국내외 비영리법인(부설연구기관을 포함한다)이나 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에서 연구업무에 직접 종사하는 연구원
2. ｢고등교육법｣에 따른 대학(교육대학 및 사범대학을 포함한다) 또는 전문대학에 근무하는 과학기술분야의 교수(조교수 이상인 자에 한한다)
3. 외국에서 영 제16조제1항제3호 각 목의 어느 하나에 해당하는 산업분야에 5년 이상 종사하였거나 학사학위 이상의 학력을 가지고 해당 분야에 3년 이상 종사한 외국인기술자
④ 영 제9조제2항에 따른 영 별표 6의 제1호아목에서 "재정경제부령이 정하는 것"이라 함은 중소기업이 신규로 ｢품질경영 및 공산품안전관리법｣ 제7조제2항제1호 의 인증을 획득하기 위하여 지출한 비용을 말한다.
⑤ 영 제9조제2항에 따른 영 별표 6의 제1호타목에서 "재정경제부령이 정하는 것"이라 함은 중소기업이 ｢환경친화적 산업구조로의 전환촉진에 관한 법률｣ 제16조 에 따른 환경경영체제인증을 획득하기 위하여 새로이 지출한 비용을 말한다.
⑥ 영 제9조제2항에 따른 영 별표 6의 제1호파목 "재정경제부령이 정하는 것"이라 함은 ｢부품·소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법 시행령｣ 제48조에 따른 비용 및 수수료를 말한다.
⑦ 영 제9조제2항에 따른 영 별표 6의 제1호거목에서 "재정경제부령이 정하는 것"이라 함은 ｢중소기업기술혁신 촉진법｣ 제19조 에 따른 통합정보화경영체제인증을 획득하기 위하여 직접 소요되는 비용으로서 인증획득지도비 및 심사비를 말한다.
⑧ 영 제9조제2항에 따른 영 별표 6의 제2호가목⑤에서 "재정경제부령이 정하는 것"이라 함은 전담부서에 근무하거나 생산업무에 직접 종사하는 직원의 과학기술분야훈련을 목적으로 지출하는 다음 각 호의 비용을 말한다.
1. 국내외기업(국내기업의 경우에는 전담부서를 보유한 기업에 한한다)에의 위탁훈련비
2. ｢산업발전법｣에 따라 설립된 한국생산성본부에의 위탁훈련비
⑨ 영 제9조제2항에 따라 영 별표 6의 제2호나목에서 "재정경제부령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다.
1. 사업주가 단독 또는 다른 사업주와 공동으로 ｢근로자 직업능력 개발법｣ 제2조제1호 에 따라 직업능력개발훈련(이하 "직업능력개발훈련"이라 한다)을 실시하는 경우의 실습재료비(해당 기업이 생산 또는 제조하는 물품의 제조원가 중 직접 재료비를 구성하지 아니하는 것에 한한다)
2. ｢근로자 직업능력 개발법｣ 제20조제1항제2호 에 따른 기술자격검정의 지원을 위한 필요경비
3. ｢근로자 직업능력 개발법｣ 제8조 에 따른 직업능력개발훈련의 훈련교재비
4. ｢근로자 직업능력 개발법｣ 제33조 에 따른 직업능력개발훈련교사의 급여
5. 사업주가 단독 또는 다른 사업주와 공동으로 실시하는 직업능력개발훈련으로서 ｢근로자 직업능력 개발법｣ 제24조 에 따라 노동부장관의 인정을 받은 훈련과정의 직업능력개발훈련을 받는 훈련생에게 지급하는 훈련수당·식비 및 직업훈련용품비
⑩ 영 제9조제2항에 따라 영 별표 6의 제2호라목에서 "재정경제부령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다.
1. 지도요원의 인건비 및 지도관련경비
2. 직업능력개발훈련의 훈련교재비 및 실습재료비
3. 직업능력개발훈련시설의 임차비용
4. 전담부서의 직원 또는 생산직에 종사하는 직원의 국내외 전문연구기관·기업(국내기업의 경우에는 전담부서를 보유한 기업에 한한다) 또는 대학(이공계에 한한다)에의 과학기술분야에 관한 위탁교육비 및 기술자문료
5. 내국인이 사용하지 아니하는 자기의 특허권 및 실용신안권을 중소기업(｢법인세법｣ 제52조 및 ｢소득세법｣ 제41조 에 따른 특수관계자가 아닌 경우에 한한다)에게 무상으로 이전하는 경우 그 특허권 및 실용신안권의 장부상 가액
⑪ 영 제9조제2항에 따라 영 별표 6의 제2호마목에서 "재정경제부령이 정하는 비용"이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다. 다만, 교육훈련시간이 24시간 이상인 교육과정의 것에 한한다.
1. 품질관리·생산관리·설비관리·물류관리(이하 이 항에서 "품질관리등"이라 한다)에 관한 회사내 자체교육비로서 제13항 각 호의 비용에 준하는 것
2. 다음 각 목의 기관에 품질관리 등에 관한 훈련을 위탁하는 경우의 그 위탁훈련비. 다만, ｢근로자직업능력 개발법｣에 따른 위탁훈련비와 ｢산업발전법｣에 따라 설립된 한국생산성본부에의 위탁훈련비를 제외한다.
⑫ 영 제9조제2항에 따른 영 별표 6의 제2호바목에서 "재정경제부령이 정하는 사내기술대학(대학원을 포함한다) 및 사내대학"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것(이하 이 조에서 "사내기술대학등"이라 한다)을 말한다.
1. 사내기술대학(대학원을 포함한다)의 경우: 과학기술분야의 교육훈련을 위한 전용교육시설 및 교과과정을 갖춘 사내교육훈련기관으로서 과학기술부장관이 재정경제부장관과 협의하여 정하는 기준에 해당하는 사내교육훈련기관
2. 사내대학의 경우: ｢평생교육법｣에 따라 설치된 사내대학
⑬ 영 제9조제2항에 따른 영 별표 6의 제2호바목에서 "재정경제부령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다.
1. 교육훈련용교재비·실험실습비 및 교육용품비
3. 사내기술대학등에서 직접 사용하기 위한 실험실습용 물품·자재·장비 또는 시설의 임차비
4. 사내기술대학등의 교육훈련생에게 교육훈련기간 중 지급한 교육훈련수당 및 식비 4) 조세특례제한법 시행령 제13조 【주식매수선택권에 대한 과세특례】 <개정 2007.9.6. >
① ~⑦ (생략)
⑧ 법 제15조제1항·제2항 및 제4항에 따른 종업원등에는 임원을 포함하되, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다.
1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자
｢법인세법 시행령｣ 제87조제3항 의 규정에 의한 지배주주 및 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주
3. 제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)와 ｢소득세법 시행령｣ 제98조제1항 또는 ｢법인세법 시행령｣ 제87조제1항 의 규정에 의한 특수관계에 있는 자. 이 경우 ｢법인세법 시행령｣ 제87조제1항제6호 의 규정을 적용함에 있어서 동호중 "100분의 50"은 각각 "100분의 30"으로 보며, ｢법인세법 시행령｣ 제87조제1항제7호 에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다. (이하 생략) 5) 법인세법 시행령 제87조 【특수관계자의 범위】 <개정 2005.02.19.>
① (생략)
② 제1항제2호에서 "소액주주 등"이라 함은 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1에 미달하는 주식 또는 출자지분을 소유한 주주 또는 출자자를 말한다. 다만, 당해 법인의 지배주주 등과 특수관계에 있는 자는 소액주주 등으로 보지 아니한다. <개정 2002.12.30>
③ 제2항에서 "지배주주 등"이라 함은 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주와 출자자(국가 및 지방자치단체를 제외한다)로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 당해 법인의 주주 또는 출자자중 가장 많은 경우의 당해 주주 또는 출자자를 말한다. <개정 2002.12.30> (이하 생략)
6. [별표 6] 연구․인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제9조제2항관련) 구 분 비 용
① 전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자의 인건비
② 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품․부품․원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)
③ 전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구․시험용시설(제10조제1항의 규정에 의한 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목①에 규정된 기관의 연구․시험용 시설의 이용에 필요한 비용 (중간 생략)
1. 2013.2.15.자 청구법인에 대한 2007 사업연도 법인세 61,472,520원의 납세고지서와 법인세 경정결의서
2. 2013.1. 처분청의 (감면법인 현지확인 보고서) 법인세 보고서
3. 청구법인의 연구 및 인력개발비 계상과 관련된 증빙을 제시하고 있다.
4. 청구법인내의 연구개발전담부서와 관련하여 다음의 증빙을 제시하고 있다.
5. 2007년 급여 대장 중 직책수당과 관련된 지급 내역을 제시하고 있으며 BBB은 직책을 상무로 기재하면서 2007년 3월 이후 상무인 CCC과 DDD과 동일한 300,000원의 직책수당을 지급하고 있다.
6. 직무발명금과 관련한 2007년 12월 상여 대장을 제시하고 있으며, BBB은 37,701,468원을 지급받은 것으로 되어 있다.
7. 청구법인의 정관을 제시하고 있다.
8. 청구법인의 2007 특허 진행 업무 관련 보고서
9. 청구법인의 2013.4.25.자 법인등기부등본
10. 청구법인의 2006.10.16. 이사회 회의록
11. 청구법인의 2007.12.28. 주주총회 의사록 처분청에서는 CCC과 DDD이 2007년 등기상 임원이 아니라고 주장하고 있으나, 법인등기부등본에 따르면 2009.10.20. 등기시 대표이사 EEE, 이사 CCC, 이사 DDD은 2005.11.18. 감사 OOO은 2006.3.31. 퇴임한 것으로 되어 있어 2007년도에는 청구법인의 임원은 전혀 없는 것으로 된다.
12. 청구법인의 2010.12.29. 임시 주주총회 의사록
13. 청구법인의 직무발명보상규정
14. 청구법인은 청구주장을 위하여 다음의 증빙을 제시하고 있다.
① 2007년 기존 개발비 공제 항목
② 산출대상(개발비 제외 항목)
1. 청구법인은 AAA이 연구전담요원으로 연구업무를 담당하였으므로 가사 AAA이 이중으로 적을 두고 근로를 제공하였다고 하더라도 AAA에게 지급한 급여는 연구인력개발비 세액공제 대상이라는 주장에 대하여 본다. AAA은 청구법인의 연구전담요원으로 2006.11.15.부터 등재되어 있음이 한국산업기술진흥협회장에게 신고한 [연구소․전담부서] 변경신고서상 확인되고 있으나, AAA에 대한 근로소득지급명세서상 2007 사업연도에 청구법인으로부터 수령한 28,398,391원 보다 많은 40,900,000원을 ㈜OOOOOO로부터 수령한 점, 청구법인의 2007 특허 진행 업무 관련 보고서에 AAA에 대한 연구내용이 없는 점 등에 비추어 볼 때, AAA을 청구법인의 연구전담요원으로 근무하였다고 보기 어렵다고 판단되므로 처분청이 AAA의 인건비를 연구․인력개발비 세액공제 대상이 아니라고 한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
2. 처분청은 BBB이 청구법인의 2007년 당시 등기부등본 상의 이사로 등재되어 있지는 않았으나, 사실상 업무이사로 직위하면서 2007.12. 말 임원으로써 직무발명보상금을 받았으므로 BBB에 대한 직무발명보상금은 연구․인력개발비 세액공제 대상이 아니라는 주장에 대하여 본다. 직무발명보상금으로 지출한 금액을 연구․인력개발비로 보아 내국법인의 법인세에 관한 세액공제 대상으로 정한 취지는 조세지원을 통해 기업의 연구개발을 장려하고 촉진하고자 함에 있는 점, 2008.10.7. 대통령령 제21064호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제9조 제2항 [별표 6] 제1호 (라)목은 ‘종업원 또는 종업원 외의 자에게 직무발명보상금으로 지출한 금액’을 세액공제 대상이 되는 직무발명보상금으로 규정함으로써 임원에게 지출한 직무발명보상금도 세액공제 대상이 됨을 분명히 하였던 점, 조세특례제한법 제12조 는 기술이전소득 등에 대한 과세특례를 규정하면서 내국법인과 특수관계에 있는 자에게 지급한 금액을 세액공제 대상에서 제외하도록 명시적으로 규정하고 있는 반면, 구 조특법 제10조 제1항은 특수관계자에게 지급한 직무발명보상금을 세액공제 대상에서 제외하는 것으로 규정하고 있지 않은 점 등에 비추어 보면, 직무발명보상금이란 구 특허법(2006.3.3. 법률 제7869호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 특허법’이라 한다) 제39조 제1항, 제40조 또는 발명진흥법 제2조 제2호 등이 규정한 직무발명보상금을 뜻하는 것으로 보아야 하고, 임원이나 특수관계자에게 지급하는 직무발명보상금이라고 하더라도 이를 세액공제 대상에서 제외할 것은 아니므로(대법원 2013두2655, 2013.6.27.), BBB이 임원의 직위에 있으면서 청구법인의 연구전담요원으로서 직무발명보상금을 받아 연구․인력개발비 세액공제 대상이 아니라고 하여 연구․인력개발비 세액공제를 부인한 처분청의 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 앞에서와 같이 BBB의 직무발명보상금은 연구․인력개발비 세액공제 대상으로 BBB이 실질적인 임원인지 여부는 판단에 영향을 미치지 아니하여 이에 대한 판단은 생략한다.
3. 청구법인은 쟁점여비교통비 등은 연구개발과 직접적인 관련이 있는 지출 로 연구․인력개발비 세액공제 대상으로 보아야 한다는 주장에 대하여 본다. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한 것(대법원 2008.2.15. 선고, 2006두8969 판결 참조)으로, 조특법 시행령 제9조제2항에서 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용만을 공제하기로 한 점, 별표 6에 연구용으로 사용하는 견본품․부품․원재료와 시약류구입비, 직접 사용하기 위한 연구․시험용시설(제10조제1항의 규정에 의한 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목①에 규정된 기관의 연구․시험용 시설의 이용에 필요한 비용을 정하고 있을 뿐 쟁점여비교통비 등은 별도로 나열하고 있지 아니하므로 처분청이 쟁점여비교통비 등에 대하여 연구․인력개발비 세액공제에서 제외한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유가 있으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.