이자소득만 있는 비영리내국법인의 분리과세 신고시 기한후신고 등으로 환급받을 수 없음.

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구법인은 OO OO시 OOO읍 일원에서 자동차부품소재 제조업을 영위하는 사업자를 조합원으로 하여 OO OO시 OO구 OO동 360-2 소재에 2006.12.26. 종소기업협동조합법에 의하여 설립된 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제72조의 법인세과세특례 규정을 적용받는 비영리조합법인으로써 2007년 사업연도 법인세 과세표준신고서를 착오에 의하여 이자소득만 있는 비영리법인 신고용으로 제출하였다가, 2008.6.30. 경정청구서를 접수하였으나, 2008.8.14. 경정청구 취하와 함께 기한후 법인세 과세표준 및 세액신고서를 신고하면서 기납부한 원천징수세액 10,900,900원을 환급받았다.
• 나. OO지방국세청장(이하 “감사관”이라 한다)은 비영리법인에 대한 세원관리분야 기획감사를 실시한 결과 법인세법 제62조 및 같은 법 시행령 제99조에 의거 비영리법인의 이자소득에 대하여 이를 각 사업연도의 소득에 합산하여 법인세 과세표준과 세액을 신고하지 아니한 경우에는 이자소득 수령시 원천징수된 것으로 법인세 납세의무가 이미 종결된 것으로 보아야 하고 신고기간 내 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득은 수정신고, 기한 후 신고 또는 경정 등에 의하여 원천징수로 납부한 세액을 환급받을 수 없음에도 OO세무서장(이하 “처분청”이라 한다)이 청구법인의 기한 후 신고에 대하여 환급결정한 것은 잘못된 것이라는 감사지적(현지시정)함에 따라 처분청은 2012.10.9. 청구법인에게 2007년 사업연도 법인세 10,900,900원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.12.17. 이의신청을 거쳐 2013.3.22. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 당기순이익 과세법인의 법인세 과세에 관하여는 조특법을 우선 적용하여야 한다. 당기 순이익과세 법인의 법인세신고는 이자소득만 있는 일반 비영리법인의 이자소득에 대한 완납적 원천징수 규정(법인세법 제62조 및 같은 법 시행령 제99조)에 우선하여 조특법 제72조에 규정한대로, 법인세법 제13조 및 같은 법 제55조에 불구하고 해당법인의 결산재무제표 상 당기순이익에 법인세법 제24조 에 따른 기부금 손금불산입액과 같은 법 제25조에 따른 접대비의 손금불산입금액을 합한 금액에 100분의 12(2007 사업연도 당시)의 세율을 적용하여 과세하는 것이고, 조특법상 결산재무제표상의 당기순이익이라 함은 해당법인의 수입에 계상되는 모든 금액을 말하는 것으로서 수익사업에 관련이 없는 비수익적 수입금액까지도 포함하는 것으로 결산상의 전체 수입금액에 기초한 당기순이익을 지칭하는 것에 반하여 법인세법 제13조 의 법인세의 과세표준은 같은 법 제3조 제2항에 규정하는 사업수입․소득 및 이자․할인액․이익 등 수익사업에서 발생하는 수입 및 소득에 한정하고 있어, 수익사업과 비수익사업을 구분하지 아니하고 결산상의 모든 수입금액에 기초한 결산상의 당기순이익을 그 대상으로 하는 조특법이 규정하는 바와 법에 열거된 수익사업에서 생긴 수익에 한정하여 과세토록 한 법인세법의 규정은 과세의 기준이 서로 다르고, 법인세법 제55조 의 법인세 세율과 달리 당기순이익과세 조합법인의 법인세 세율은 결산상 당기순이익에 12%의 균등 세율을 적용하도록 하여 일반 법인과 비교할 때 상대적으로 낮은 조세를 부담하게 하는 공익사업에 대한 조세의 정책적 지원에서 볼 수 있는 바와 같이 이들 법 규정은 합목적성이 서로 달라 청구법인과 같이 수익사업을 하는 공익법인인 당기순이익과세 법인에 대한 법인세의 신고와 관련하여서는 단순 비영리법인의 원천징수된 이자소득과는 구별하여 법인세법에 우선하여 조특법을 적용함이 옳을 것이다. 미루어 보건데 조특법 상의 당기순이익과세 법인의 법인세 신고가 결산상 당기순이익대로 되지 아니하였을 경우에는 일반 비영리 법인의 법인세신고에 관련된 법인세법 제62조 같은 법 시행령 제99조의 규정을 적용하기에 앞서, 결산상의 순이익에 의거 경정하거나, 신고를 하지 아니하고 기한이 경과하였을 경우에는 기한후 신고라도 하여야 한다고 봄이 타당한 것으로서 이 건의 경우 기한후 신고에 근거한 당초 결정이 정당한 것이다.
• 나. 제출 취하한 경정청구서를 용인해 주어야 한다. 이 건 법인세는 당초 2007 사업연도 정기 법인세 신고기일 이내인 2008.3.30.에 정기 법인세 신고서류를 우편으로 제출한 바 있고, 이에 근거하여 2008.6.30. 당초 신고의 기재오류에 대한 경정청구서를 제출하였던 것으로서, 경정청구서 처리 담당직원의 안내에 따라 기한후 신고서를 제출하는 같은 서류봉투에 경정청구서를 취하하는 서류를 같이 우송한 사실이 분명한데, 처분청이 우편송달한 당초 신고서류가 처분청에 접수되었다는 사실이 확인되지 않는다든지, 경정청구한 법인세 신고서식이 당초 신고한 서식과 달라 경정청구의 적법성을 인정할 수 없다는 주장, 잘못 작성된 신고서는 신고기한 내 제출되었다 하더라도 이들은 무신고로 처리한다는 처분청의 주장은 납득할 수 없다. 기한후 신고의 적법성이 문제가 된다면 기한후 신고서의 적법한 용인을 전제로 취하한 경정청구서를 되살려 이에 근거하여 적법한 처분을 하여야 한다.

• 가. 청구법인이 2008.3.30. 신고하였다고 주장하는 법인세 신고서는 법인세법 시행규칙 별지 제56호 서식 ｢법인세․농어촌특별세 과세표준 및 세액신고서(이자소득만 있는 비영리법인 신고용)｣인데 이 신고서가 처분청에 접수되었다는 사실은 확인되지 않으며, 그 신고내용을 살펴보면 분리과세 원천징수라 기재되어 있는 별도의 환급세액은 기재하지 않았다. 또한 경정청구는 당초 신고 내용을 기초로 하여 작성하여야 하나, 2008.6.26. 제출한 경정청구서는 당초 신고한 내용을 기초로 하여 작성되지 않고 당기순이익 과세특례를 적용하여 작성된 것으로 이 경정청구는 각하 사유에 해당되는 것으로 이에 취하서를 받아 종결한 것으로 판단된다.
• 나. 청구법인은 당기순이익과세법인으로 조특법 제72조【조합법인 등에 대한 법인세 과세특례】의 규정을 우선 적용받아 결산상 당기순이익에 의한 신고가 되지 아니하였을 경우에는 결산상의 순이익에 의거 경정하거나 기한후 신고할 수 있다고 주장하나 비영리법인의 원천징수된 이자소득에 대하여는 법인세법 제62조 【비영리법인의 과세표준 신고특례】 제1항 및 조특법 시행령 제99조【비영리내국법인의 과세표준신고의 특례】 제2항에 의거 당초 과세표준에 포함하지 아니한 이자소득은 이자소득 수령 시 원천징수 방법에 의해 납부한 것으로 신고의무가 종결되므로 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여 수정신고, 기한후 신고 또는 경정 등에 의하여 과세표준에 포함시킬 수 없도록 하였는바 이는 비영리법인의 이자소득의 과세방법에 대하여 선택권을 부여하되 법적 안정성을 위하여 일단 선택한 후에는 변경할 수 없게 하려는 취지로 해석된다.
• 다. 따라서 청구법인은 법인세 과세표준 및 세액을 신고기한 내에 신고하지 아니하였다가 기한 후에 원천징수된 이자소득을 익금산입하면서 동시에 기납부된 원천세액의 환급을 청구하였으나 당초 법인세 신고기한 내에 과세표준 신고서를 제출하지 아니하였으므로 원천징수 과세방식을 선택한 것으로 보아 과세절차가 종결되었다 할 것이며, 기한 후 신고에 따라 환급청구를 할 수 없는 바 기 환급된 법인세 10,909천원의 고지는 정당한 처분이다.

• 가. 쟁점 조특법 제72조의 법인세과세특례 적용법인 무신고시 비영리내국법인의 과세표준신고 특례 규정(분리과세)을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 1) 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】 <2006.12.30. 개정 규정>

① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.

2. (생략)

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

2. ｢소득세법｣ 제16조제1항 각호의 규정에 의한 이자·할인액 및 이익 (이하 생략) 2) 법인세법 제62조 【비영리내국법인의 과세표준신고 특례】

① 비영리내국법인은 제3조제2항제2호의 규정에 따른 이자·할인액 및 이익(｢소득세법｣ 제16조제1항제12호 의 비영업대금의 이익을 제외하고, 투자신탁의 이익을 포함하며, 이하 이 조에서 "이자소득"이라 한다)으로서 제73조의 규정에 따라 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조제1항에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조의 규정에 따른 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의한 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고와 징수에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 3) 법인세법 시행령 제99조 【비영리내국법인의 과세표준신고의 특례】

① 법 제62조제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득 중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다.

② 법 제62조제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다. 4) 조세특례제한법 제72조 【조합법인 등에 대한 법인세과세특례】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인의 각 사업연도소득에 대한 법인세는 2009년 12월 31일이전에 종료하는 사업연도까지 ｢법인세법｣ 제13조 및 동법 제55조의 규정에 불구하고 당해 법인의 결산재무제표상 당기순이익(법인세 등을 공제하지 아니한 당기순이익을 말한다)에 ｢법인세법｣ 제24조 의 규정에 의한 기부금(당해 법인의 수익사업과 관련된 것에 한한다)의 손금불산입액과 동법 제25조의 규정에 의한 접대비(당해 법인의 수익사업과 관련된 것에 한한다)의 손금불산입액을 합한 금액에 100분의 12의 세율을 적용하여 과세(이하 이 조에서 "당기순이익과세"라 한다)한다. 다만, 당해 법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 당기순이익과세를 포기한 때에는 그 이후의 사업연도에 대하여 당기순이익과세를 하지 아니한다. <개정 2006.12.30>

1. ～ 4. (생략)

5. 중소기업협동조합법에 의하여 설립된 협동조합·사업협동조합 및 협동조합연합회 (이하 생략) 5) 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다. <개정 2010.12.27>

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때 6) 국세기본법 제45조의3 【기한 후 신고】

① 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장이 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있다. 다만, ｢자산재평가법｣ 제15조 에 따른 재평가신고의 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 자로서 세법에 따라 납부하여야 할 세액이 있는 자는 기한후과세표준신고서 제출과 동시에 그 세액을 납부하여야 한다.

③ 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 경우(납부할 세액이 있는 경우에는 그 세액을 납부한 경우만 해당한다) 관할 세무서장은 세법에 따라 신고일부터 3개월 이내에 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정하여야 한다. 다만, 그 과세표준과 세액을 조사할 때 조사 등에 장기간이 걸리는 등 부득이한 사유로 신고일부터 3개월 이내에 결정할 수 없는 경우에는 그 사유를 신고인에게 통지하여야 한다.

④ 기한후과세표준신고서의 기재사항 및 신고 절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

• 다. 사실관계

1. 처분청은 2012.7. 감사지적 관련 검토조사서를 제시하고 있다. ～

○ 이자소득만 있는 위 법인의 2008.08.19. 기한후 법인세 신고는 법인세법 시행령 제99조 제2항 의 규정에 의하여 원천징수로 종결되므로 환급결정을 할 수 없음

○ 2008.03.31. 이자소득만 있는 비영리법인으로 법인세신고서 제출(우편접수하였으나 신고서상 분리과세로 표기되어 있어 신고서 미입력)

○ 2008.06.26. 경정청구 환급 신고하였으나 2008.08.14일 경정청구 취하함

○ 2008.08.19일 기한후 신고(당기순이익과세법인 특례적용 신고) 후 환급결정

○ 상기 법인은 중소기업협동조합법에 의하여 설립된 조합법인으로 조세특례제한법 제72조 (조합법인에 대한 법인세과세특례)의 규정에 따라 법인세과세특례 적용대상이 되는 비영리법인임

○ 조합법인은 이자소득만 있는 비영리법인신고서로 신고할 수 없음에도 상기 법인은 2008.03.31일 이자소득만 있는 비영리법인으로 신고서를 제출하였으며 신고서에 분리과세 원천징수라 기재되어 있고 별도로 환급세액을 기재하지 않았으며 고유목적사업 준비금 조정명세서와 원천징수 명세서 제출내역 확인 안 됨 ⇒ 이는 이자소득에 대하여 “분리과세” 또는 “무신고”한 것으로 볼 수 있음

○ 법인세법 제62조 【비영리법인의 과세표준 신고 특례】 제1항 및 동법 시행령 제99조【비영리내국법인의 과세표준신고의 특례】 제2항에 의거 당초 과세표준에 포함하지 아니한 이자소득은 이자소득 수령 시 원천징수 방법에 의해 납부한 것으로 신고의무가 종결되므로 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여 수정신고, 기한 후 신고 또는 경정 등에 의하여 과세표준에 포함 시킬수 없음에도 법인세 과세표준 신고서(2007 사업년도)를 기한후 제출(2008.08.19일)하여 환급 결정한 것은 부당하게 환급된 것으로 판단 됨 ～

2. 청구법인에 대하여 2007 사업연도 법인세 10,900,908원을 경정하는 법인세 과세표준 및 세액 경정 결의서를 제시하고 있다.

3. 청구법인의 2007 사업연도 법인세․농어촌특별세 과세표준(조정계산) 및 세액신고서(이자소득만 있는 비영리법인 신고용)를 제시하고 있다.

4. 청구법인의 2008.6.26.자(접수번호: 77966) 2007년 사업연도 법인세 과세표준 및 세액 경정 청구서를 제시하고 있다.

5. 청구법인의 “2008.6.26.로 제출한 법인세 과세표준 경정청구서는 취하한다.”는 2008.8.14.자 경정 청구 취하서(접수번호 77966)

6. 청구법인의 2008.8.14.자(접수번호: 96600) 2007 사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서를 제시하고 있다.

7. 청구법인의 2007년 사업연도 손익계산서는 다음과 같다.

• 표 생략 -

8. 청구법인에 대한 법인세 신고상황을 보면, 당기순이익과세법인으로 신고하고 있어 조특법 제72조 제1항 단서의 당기순이익과세를 포기한 사실이 없음이 확인된다.

• 라. 판 단 당기순이익 과세법인의 법인세 과세에 관하여는 조특법 제72조의 규정을 우선 적용하여야 한다는 청구 주장에 대하여 살펴보면, 2008.3.31. 법인세신고서 접수 사실이 구체적으로 확인되지 않고 있는 점, 2008.6.26. 제출한 경정청구서는 당초 신고한 내용을 기초로 하여 작성되지 않고 당기순이익 과세특례를 적용하여 작성된 것으로 이 경정청구는 각하 사유에 해당되는 것으로 이에 취하서를 받아 종결한 것으로 보이는 점, 비영리내국법인의 과세표준신고의 특례 적용을 받는 법인은 무신고한 경우 분리과세방식을 선택하여 과세절차가 종결된 것으로 볼 수 있으므로 기한 후 신고에 의하여 환급청구를 할 수 없는 것으로 보이는 점(조심2010구3885, 2011.3.10.) 등에 비추어 볼 때, 조특법 제72조의 규정을 적용하여야 한다는 청구 주장은 이유 없으므로 처분청의 이 건 처분을 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.