경정처분 사유와 다른 경정청구는 법정신고기한 3년이내에 가능함

• 가. 청구법인은 법인세 신고 시 국민연금 및 건강보험료 사용자 납입액과 퇴직급여충당금 적립액을 연구인력개발비 세액공제 대상금액에서 제외하여 신고하였으나 2008.8.11. 국세청 유권해석(국민연금 및 건강보험료 사용자 납입액이 연구인력개발비 세액공제 대상 인건비에 포함) 및 2011.6.24. 대법원 판결(2011두6844, 퇴직급여충당금 적립액이 연구인력개발비 세액공제 대상 인건비에 포함)에 따라 2012.3.29. 건강보험료사용자 납입액 및 퇴직급여충당금 적립액을 반영하여 재산정한 연구인력개발비 세액공제를 아래와 같이 경정청구 하였다. 구 분 2008년 2009년 2010년 비고 대상금액 국민연금 및 건강보험료 19,377 19,974 22,306 퇴직급여충당금 30,431 26,805 36,808 경정청구 환급세액 (세액공제) 국민연금 및 건강보험료 1,613 1,084 1,556 환급 퇴직급여충당금 2,903 253 3,715 거부 계 4,515 1,337 5,271 단위: 백만원
• 나. 처분청은 청구법인의 경정청구에 대하여 국민연금 및 건강보험료는 연구 및인력개발비 세액공제 대상에 해당된다고 보아 환급하였으나 퇴직급여충당금(세액공제 대상 아님) 및 2008사업연도분 경정청구 청구기한(2009년 법인세 통합조사경정결정 후 90일이내) 경과에 따라 2012.6.19. 환급을 거부하였다.
• 다. 이에 불복하여 청구법인은 2012.8.24. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 경정청구 사유가 기 경정결정 처분사유와 다른 경우 동 경정청구를 90일이 아닌 3년 이내에 할 수 있는지 여부

1. 국세기본법상 최초신고 및 수정신고한 세액에 대한 경정청구기간은 법정신고기한이 지난 후 3년 이내이다.

• 가) 구 국세기본법(2010.12.27. 법률 제10405호로 개정되기 전의 것, 이하 ‟구 국세기본법”이라 한다) 제45조의2 제1항은 ‟과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청·심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다”라고 규정하고 있다.
• 나) 동 규정은 2007.12.31. 법률 제8830호로 개정된 것인데, 이는 국세기본법 제55조 에서 위법 또는 부당한 처분을 받은 납세자는 90일 이내에 불복청구를 하도록 규정하고 있고 동 기간이 지나면 과세처분이 확정되는데, 같은 법 제45조의2에서 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출한 자는 법정신고기한 경과 후 3년 이내 경정청구가 가능하도록 규정함에 따라 발생하는 양 규정상의 상호 모순을 보완하여 불복청구기간의 경과 또는 쟁송을 통해 확정된 과세처분에 대하여는 경정청구를 배제하기 위함이었다.
• 다) 즉, 종전에는 정부의 조사결정 등으로 증가한 과세표준 및 세액에 대하여 불복청구와 경정청구를 중복 적용할 소지가 있었으나, 위 증가한 과세표준 및 세액에 대하여는 불복청구 기한 내의 경정청구는 허용하되 경정청구 거부시 불복절차를 속행하도록 한 것으로서 이의신청·심사청구 또는 심판청구등 불복청구의 대상이 아닌(증가된 과세표준 및 세액이 아닌) 과세표준과 세액에 대하여는 여전히 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 경정청구를 할 수 있는 것으로 보아야 한다.
• 라) 한편, 구 국세기본법이 2010.12.27. 법률 제10405호로 개정된 후 현행 국세기본법 제45조의2 제1항 은 ‟과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다”라고 규정하고 있다.
• 마) 위와 같이 국세기본법 제45조의2 제1항 의 규정이 개정된 취지는 종전의 규정이 결정경정이 있는 경우 결정경정분 뿐만 아니라 최초신고 및 수정신고한 세액의 경정청구기간도 '법정신고기한 경과 후 3년'이 아닌 '결정·결정 후 90일' 로 해석될 소지가 있는 문제점을 해결하기 위하여 결정경정 등에 따른 증가분에 한해 90일의 경정청구기간이 적용될 뿐 최초수정신고분에 대한 경정청구기간은 3년임을 명확하게 한 것이다(소갑 제3호증 2011년 세법 개정취지).

2. 연구인력개발비 세액공제 관련 청구법인의 2008사업연도 법인세의 경정청구기간은 법정신고기한 2009.3.31.로부터 3년이 되는 2012.3.31.까지이다.

• 가) 앞에서 살펴본바와 같이 각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에도 그 결정 또는 경정으로 증가된 과세표준 및 세액이 아닌 최초신고 및 수정신고분에 대한 경정청구기간은 법정신고기한 경과 후 3년이 적용되는 것이 타당하다.
• 나) 처분청은 청구법인이 신고한 2008 사업연도의 연구인력개발비 세액공제액과 관련하여 현재까지 세액공제액을 부인하고 법인세를 추가로 부과처분한 사실이 전혀 없었으므로 이와 관련하여 이의신청, 심사청구 또는 심판청구를 제기할 처분 자체가 없었다.
• 다) 따라서, 청구법인이 신고한 2008 사업연도에 대한 연구인력개발비 세액공제액은 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 세액”이 아니어서 이의신청·심사청구 또는 심판청구와는 아무런 관련이 없으므로, 이에 대한 경정청구기간은 이의신청 등 불복청구기간에 해당하는 ‟해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내”가 아닌 ‟법정신고기한이 지난 후 3년 이내”를 적용하여야 한다.
• 라) 결국, 청구법인의 2008 사업연도에 대한 법인세 법정신고기한은 2009.3.31.이고 청구법인은 이로부터 3년 이내인 2012.3.29. 경정청구를 하였으므로 처분청의 경정청구기간이 경과하였다는 주장은 사실과 다르며 명백히 부당한 것이다.

3. 결론적으로 청구법인은 2008 사업연도의 연구인력개발비 세액공제액에 대하여 국세기본법상 경정청구기간 이내에 적법하게 경정청구를 하였는바, 처분청은 경정청구 거부처분을 취소하고, 청구법인의 국민연금 및 건강보험료 사용자 납입액과 퇴직급여충당금 적립액에 대한 연구인력개발비 세액공제와 관련하여 과다납부한 법인세를 청구법인에게 환급하여야 한다.

• 나. 퇴직급여충당금 적립액이 연구인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당되는지 여부

1. 조특법(시행령 및 시행규칙 포함)에서는 연구‧인력개발비 세액공제 대상 인건비의 범위를 구체적으로 규정한 바 없다. 가) 조세특례제한법 제10조 제1항 에 따른 연구‧인력개발비 세액공제의 적용대상이 되는 연구인력개발비는 같은 법 제9조 제2항 및 같은 법 시행령 제8조 제1항의 규정에 따라 동 시행령 별표6(이하 ‟별표6”이라 한다)에서 그 구체적인 범위를 정하고 있다.

• 나) 2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 별표6 제1호 가목 1)은 연구인력개발비 세액공제를 적용받는 인건비를 ‟연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비”라고 규정하고 있으나, 그 인건비의 구체적인 범위에 대해서는 규정하지 아니하였다.
• 다) 이러한 경우 인건비의 범위는 조세특례제한법 제2조 제2항 에 따라 법인세법 등 각 세법에서 사용하는 용어의 예에 따르는 것이 타당할 것인데, 법인세법 시행령 제19조 제3호 는 손비의 하나로 인건비를 들고 있으며, 법인세법 제26조 는 과다경비 등의 손금불산입에 관한 사항을 규정하면서 그 적용대상으로서 제1호에서 인건비를 규정하고 있다., 위 법인세법 제26조 의 위임에 따라 손금불산입하는 인건비를 구체적으로 규정한 같은 법 시행령 제43조부터 제44조의2까지의 규정에서 상여금 등, 퇴직급여, 퇴직보험료 등의 손금불산입 규정을 두고 있는바, 법인세법에서는 상여금, 퇴직급여, 퇴직보험료 등을 인건비의 범주에 포함하고 있는 것을 알 수 있다.
• 라) 따라서, 연구인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있는 인건비에는 전담부서 근무직원의 통상적인 급여 외에도 법인세법상 인건비로 분류하고 있는 상여금, 퇴직급여, 퇴직보험료 및 퇴직급여에 충당하기 위하여 적립한 퇴직급여충당금을 모두 포함하는 것이 타당하다.
• 마) 한편, 조세특례제한법 기본통칙9-8…1은 ‟인건비라 함은 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말하며,소득세법제22조의 퇴직소득에 해당하는 금액 및 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 아니한다”라고 규정하고 있으나, 동 기본통칙은 납세자를 기속하는 효력이 있는 법규는 아니라는 견해가 일반적이다.

2. 2012.2.2. 개정된 별표6은 2012.1.1.이후 개시하는 사업연도 분부터 적용되어야 한다.

1. 앞에서 말씀드린 바와 같이 별표6이 2012.2.2. 개정되기 전까지는 연구‧인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비에 대한 구체적인 범위에 대해 조세특례제한법 기본통칙에서만 정하였을 뿐, 조세특례제한법과 같은 법 시행령 및 시행규칙 어디에서도 이를 규정한 바 없었다.

2. 정부는 2012.2.2. 비로소 대통령령 제23590호로 별표6 제1호 가목 1)을 ‟연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비(소득세법제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 및 같은 법 제29조 및 법인세법제33조에 따른 퇴직급여충당금은 제외한다)”로 개정함으로써 퇴직소득 및 퇴직급여충당금을 연구‧인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비에서 제외하였다.

3. 그런데, 위 대통령령 제23590호는 그 개정 부칙에서 별표6에 관한 별도의 적용례를 두지 아니하였으므로 위 별표의 개정 내용은 동 개정 부칙 제1조 및 제2조에 따라 2012.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 적용되어야 하며, 기획재정부도 2012. 7월 발간한 ‟2011 간추린 개정세법”에서 R&D 세액공제 대상 연구‧인력개발비 조정(영 별표6)은 2012.1.1. 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다는 점을 명확히 하고 있다(소갑 제4호증 2011 간추린 개정세법 p.183).

3. 대법원은 퇴직급여충당금 적립액이 연구인력개발비 세액공제 대상 인건비에 포함한다고 판단하였다.

• 가) ○○고등법원은 퇴직급여충당금 적립액이 연구인력개발비 세액공제대상 인건비에 포함되는지 여부와 관련된 사안에서 ‟퇴직급여충당금은 인건비와 마찬가지로 법인세법상 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입되는 점, 인건비는 그 명칭 여하에 불구하고 사용인에게 근로에 대한 대가로서 유상으로 지출한 일체의 것을 말한다고 할 것인데, 퇴직급여충당금은 법인이 퇴직금을 당해 임원 또는 사용인의 재직기간 중의 각 기간에 사전 분배하여 매기마다 일정액을 비용으로 적립한 것으로서 이 충당금으로 퇴직금이 지급되는 것이므로, 퇴직급여충당금에 대하여 이 사건 과세특례규정을 적용하더라도 그 입법취지에 반하지 않는 점 등에 비추어 보면 인건비에 대하여 이 사건 과세특례규정이 적용되는 연구원의 경우 퇴직급여충당금에 대하여도 이 사건 과세특례규정을 적용함이 상당하다 할 것이다”라고 판시하였다(○○고등법원 2011.2.10. 선고 2010누25635 판결, 동 판결은 대법원 2011.6.24. 선고 2011두6844 판결로 확정됨). 나) 조세특례제한법 기본통칙 9-8…1은 조세특례제한법 시행령 별표 5의 󰡐인건비󰡑에는 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 않는다는 취지로 규정하고 있으나, 이는 과세관청 내부에 있어서 세법의 해석기준 및 집행 기준을 시달한 행정규칙에 불과하고 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아니다(대법원 1995.5.23. 선고 94누9283 판결 등 참조).
• 다) 이처럼 판례의 태도는 조세특례제한법 기본통칙에 대한 법규성을 부인하면서, 퇴직급여충당금 적립액도 연구인력개발비 세액공제 대상 인건비에 포함된다는 점을 명확히 밝히고 있다.

4. 결론적으로 퇴직급여충당금은 청구법인이 근로의 제공의 대가로 향후 지급해야할 금액에 충당하기 위하여 각 사업연도에 일정액을 비용으로 적립하는 인건비로서 연구인력개발비 세액공제 적용 대상 비용에 해당하는 바, 처분청은 청구법인의 2009 및 2010 사업연도에 대한 경정청구 거부처분을 취소하고 과다납부한 법인세를 청구법인에게 환급하여야 한다.

• 가. 경정청구 청구기한이 경과되었는지 여부

1. 청구법인은 2004～2008 사업연도에 대해서 ○○청 조사1국으로부터 법인세 일반통합조사를 받고 2008 사업연도를 포함하여 법인세를 부과처분한 바 있다. 2) 국세기본법 제45의2 【경정 등의 청구】제1항을 보면 일반적인 경우와 달리 결정 또는 경정으로 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 청구하여야 한다.

3. 또한, 질의회신 등 관련 예규 * 를 보면 세무조사에 의하여 과세표준 및 세액을 경정 또는 결정하고, 당해 경정 또는 결정에 대한 국세기본법상 불복청구기간이 경과하여 처분이 확정되는 경우 국세기본법 제45조 의 2 제1항의 경정청구 대상이 되지 아니하는 것으로 회신하고 있다.

4. 질의회신 등 관련 예규: 재정경제부 조세정책과-682(2007.6.4) 조세심판원 조심2011서2304(2011.10.4) 국세청 징세과-389(2009.12.7) 국세청 서면인넷방문상담1팀-1544(2007.11.8)

5. 특히 세무조사는 과세관청에서 납세자의 신고내용 적정여부 등을 광범위하게 검증하여 과세표준 및 세액을 증액하거나 감액하는 경정 또는 결정을 하는 절차로써 과세표준 및 세액을 감액하는 사항이 당초 신고에 누락되어 경우 납세자가 세무조사 진행 중에 관련 내용을 검증 받거나 불복청구기간 내에 불복청구 또는 90일 내에 경정청구 하는 것이 타당하다.

6. 아울러 세무조사 과정에서 대상 인건비를 충분히 검증받을 수 있음에도 불복청구기간을 경과하여 경정청구를 신청한 것은 일반적으로 세무조사 보다 경정청구 확인절차을 통한 청구내용 검증의 한계를 기대한 측면이 강하고 세무조사 과정에서 2005년～2007년 연구인력개발비 중 재료비와 용역비 일부를 부인하고 2008년 연구인력개발비는 부인하지 않았으며, 그 결과 2005년～2007년 연구인력개발비 세액공제 금액은 감소하고 2008년 연구인력개발비 세액공제 금액은 오히려 증가하였음. 세무조사 과정에서 연구인력개발비 세액공제 적정여부를 광범위하게 검증하였음을 알 수 있다.

7. 따라서 청구법인의 경정청구는 국세기본법 제45조 의 2 제1항에 따른 청구기간을 경과한 것이므로 당초 경정청구에 대한 각하처분은 정당하다.

• 나. 퇴직급여충당금이 연구․인력개발비 세액공제 대상 인건비인지 여부 1) 조세특례제한법 기본통칙 9-8…1【연구 및 인력개발비의 용어 정의 등】에서 “인건비”에소득세법제22조의 퇴직소득에 해당하는 금액 및 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 않는 것으로 규정하고 있으며, 퇴직금은 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 성격의 비용으로써 근로계약이 종료되는 때에 지급의무가 발생하는 후불적 임금으로 연구개발에 직접 투입되었다고 보기 어려우며, 퇴직급여충당금은 퇴직 시 퇴직금 지급을 위해 일정기간 동안 비용으로 충당한 것으로써 인건비 성격으로 볼 수 없고 연봉제를 적용하는 연구원의 중간정산퇴직금은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상이 아니다(조심2011부1401, 2012.2.16).

2. 청구법인은 대법원 판례(대법원2011두6844)를 들어 퇴직급여충당금이 “인건비”의 범위에 포함된다고 주장하고 있으나, 조세특례제한법 기본통칙 9-8…1【연구 및 인력개발비의 용어 정의 등】은 1993.4.1. 신설 이후 일관되게 유지되어 온 세법해석 기준으로 볼 수 있으며, 2012.2.2. 개정 시행된 조세특례제한법 시행령 별표6에서도 연구․인력개발비가 적용되는 인건비의 범위에 퇴직소득 및 퇴직급여충당금을 제외하도록 규정하고 있다.

3. 따라서, 퇴직급여충당금은 연구․인력개발비 세액공제 대상 인건비에 포함하지 않는 것이 타당하다.

• 가. 쟁점

1. 경정청구 사유가 기 경정결정 처분사유와 다른 경우 동 경정청구를 90일이 아닌 3년 이내에 할 수 있는지 여부

2. 퇴직급여충당금 적립액이 연구인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당되는지 여부

• 나. 관련 법령 1) 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】(2007.12.31. 개정)

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정신고기한 경과 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청ㆍ심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할세무서장에게 청구할 수 있다. (이하생략) 2) 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】(2010.12.27. 개정)

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다. (이하 생략) 3) 조세특례제한법 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】 (2008.12.26. 개정)

① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비 스업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다] 이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

• 가. 해당과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 100분의 25를 곱하여 계산한 금액

2. 제1호 외의 내국인: 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액. 다만, 해당 과세연도의 수입금액(법인세법 제43조 에 따른 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율이 직전 과세연도의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율보다 높거나 같을 때 또는 해당 과세연도의 연구ㆍ인력개발비가 직전연도보다 높거나 같을 때에는 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액과 다목에 해당하는 금액 중에서 선택하는 금액으로 한다.

• 가. 해당과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구ㆍ인력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비"라 한다)가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비가 해당과세연도의 개시일 부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액 (이하 생략) 4) 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 】

② 법 제10조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 비용"이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다. (이하 생략) 5) 조세특례제한법 시행령【별표6】(2012.2.2. 개정) 연구‧인력개발비세액공제를 적용받는 비용 구분 비용

• 기. 자체연구개발

① 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 ‟전담부서" 라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비(소득세법제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 및 같은 법 제29조 및 법인세법제33조에 따른 퇴직급여충당금은 제외한다) 6) 조세특례제한법 기본통칙 9-8…1【연구 및 인력개발준비금의 사용기준 등】(2002.4.15. 개정)

① 영 별표5 및 별표6에서 규정하는 용어의 정의 및 그 적용범위는 다음 각호와 같다.

1. ¨인건비¨라 함은 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하 는 비용을 말하며,소득세법제22조의 퇴직소득에 해당하는 금액 및 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 아니한다. 7) 조세특례제한법 기본통칙 9-8…1【연구 및 인력개발비의 용어정의 등】(2011.2.1. 개정)

① 영 별표6에서 규정하는 용어의 정의 및 그 적용범위는 다음 각호와 같 다.

1. ¨인건비¨라 함은 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하 는 비용을 말하며,소득세법제22조의 퇴직소득에 해당하는 금액 및 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 아니한다. (이하 생략)

• 다. 사실관계 1) 청구법인은 2012.3.29. 건강보험료 등 사용자 납입액과 퇴직급여충당금 적립액이 연구인력개발비 세액공제 대상금액에 해당된다고 보아 1. 처분내용 가. 표 와 같이 처분청에 경정청구 하여 2012.6.19. 건강보험료에 대하여 환급결정 받았으나 퇴직급여충당금 및 2008사업연도 경정청구분은 청구기간 경과로 거부처분 받은 사실이 심리자료에 의하여 확인된다. 2) 처분청은 청구법인에 대한 경정청구에 대하여 아래와 같이 회신한 사실이 공문(법인세2과-2592, 2012.6.14)에 의하여 확인된다.
• 가) 수신자: ○○자동차(주)
• 나) 제목: 법인세 경정청구에 대한 결과 회신
• 다) 내용: 귀사에서 2012.3.29. 접수한 법인세 경정청구와 관련하여 2008사업연도 법인세 경정청구는 국세기본법 제45조의2 제1항 단서 조항에 따른 청구기간을 경과하여 각하 처리하였습니다. 한편, 2009-2010 사업연도 법인세 경정청구는 청구내용 중 퇴직급여충당금이 조세특례제한법시행령 제8조 제1항 에 따른 [별표6]과 조세특례제한법 기본통칙 9-8…1[연구및인력개발비의 용어정의 등]에서 정하는 인건비의 범위에 포함되지 않으므로 해당금액을 제외하고 경정하였음을 알려드립니다. 끝. 3) 쟁점과 관련한 우리청의 질의회신 내용이 아래와 같이 확인된다.
• 가) 경정청구의 청구기한에 대한 질의회신 내용 변경: 당초 2009.12.7(징세과-389) 회신 내용에는 “각 세법에 의하여 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하고, 이에 대한 국세기본법상 불복청구기간이 경과하여 결정 또는 경정처분이 확정되는 경우에는 국세기본법 제45조의2 제1항 의 경정청구대상이 되지 않는 것이다.” 라고 하였으나 2011.7.5(징세과-667) 회신에는 “과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 결정 또는 경정으로 인하여 증가되지 아니한 최초신고 및 수정신고 한 국세의 과세표준 및 세액에 대하여 국세기본법 제45조의2 제1항 에 따라 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 경정청구 할 수 있는 것이다.” 라고 하였음
• 나) 퇴직급여충당금의 연구인력개발비 세액공제 대상 인건비 해당여부: 2012.3.15(법규과-249) 우리청 과세기준자문 회신 내용에 의하면 “ 조세특례제한법 제10조 의 연구･인력개발비에 대한 세액공제 대상이 되는 인건비에는 사용자의 확정기여형퇴직연금 지급액은 포함되지 아니하는 것”으로 판단(기본통칙9-8…1 과 동일) 하면서 기본통칙과 달리 판결(대법2011두6844, 2011.6.24., 고법2010누25635, 2011.2.10)한 내용을 참고한 사실이 확인됨 4) 청구법인에 대한 경정결정 내용이 아래와 같이 국세통합전산망에 의하여 확인된다.
• 가) 세무조사대상기간(2005 - 2008사업연도) 세무조사기간(2009.9월부터 200911월까지)
• 나) 경정고지 내역: 2010.1.31납기로 2004-2008사업연도 법인세 등 000억원을 경정고지
• 다) 법인세 등 경정내역: 재고자산평가감 등 익금항목과 선급비용 등 손금항목 5) 청구법인에 대한 위 경정결정 내역에는 본 경정청구 거부처분과 관련된 건강보험료 및 퇴직급여충당금에 대한 경정사실은 없는 것으로 확인된다. 6) 국세기본법 제45조 의 2 제1항 규정의 개정(2010.12.27)이유가 아래와 같이 개정세법 해설책자에 의하여 확인된다.
• 가) 종전규정: 결정․경정이 있는 경우에는 이의신청․심사청구․심판청구 기간(90일)
• 나) 개정규정: 결정․경정이 있는 경우에 (최초․수정신고분) 법정신고 기한 경과 후 3년, (결정․경정에 따른 증가분) 결정․경정처분이 있음을 안 날부터 90일
• 다) 개정이유: 결정․경정이 있는 경우에는 결정 등에 따른 증가분에 한해 90일의 경정청구기간이 적용될 뿐 최초․수정신고분에 대한 경정청구기간은 3년임을 명확화
• 라. 판단 위와 같은 관련법령과 사실관계를 종합해 보면, 청구법인은 경정청구의 사유가 경정처분 사유와 다른 경우 법정신고기한 후 3년이내에 경정청구 할 수 있고 대법원 판결(2011두6844, 2011.6.24)에 의하여 퇴직급여충당금을 연구인력개발비 세액공제 대상으로 보고 있으므로 처분청의 경정청구 거부처분을 취소하여야 한다고 주장하고 있으나 먼저, 경정청구에 대하여 살펴보면 국세기본법 상 경정 등의 청구는 통상 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 할 수 있으나 예외적으로 각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 90일 이내에 하도록 규정하고 있는 점, 청구법인의 경우 경정청구의 내용이 건강보험료 등의 사용자 납입액 및 퇴직급여충당금 적립액이 연구인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비에 해당되므로 환급해 달라는 경정청구인 점, 청구법인의 2008사업연도에 대한 경정결정이 2010.1월에 있었으나 경정결정 내용에는 이건 경정청구 내용인 건강보험료 등의 연구인력개발비 세액공제 내용이 없는 점, 우리청 질의회신(징세과-389, 2009.12.7)에 의하면 경정결정 사유와 다른 경정청구의 경우는 법정신고기한 경과 후 3년이내에 경정청구가 가능하다고 해석하고 있는 점 등으로 볼 때 이건의 경정청구 정당하다 할 것이므로 처분청의 거부처분은 취소함이 타당하다고 판단된다. 두 번째로 퇴직급여충당금이 연구인력개발비 세액공제 대상인지 살펴보면 조세특례제한법 상 연구인력개발비 세액공제 대상 인건비에 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 않는 것으로 규정하고 있는 점, 비록 대법원 판결(2011두6844, 2011.6.24)에서 퇴직급여충당금을 연구인력개발비 세액공제 대상으로 보고 있으나 퇴직금의 경우와 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 그 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 연구개발에 직접적으로 투입되었다고 보기 어려운 점 등으로 인해 우리청 과세기준자문(법규과-249, 2012.3.15)에서는 퇴직급여충당금을 연구인력개발비 세액공제 대상에 포함되지 아니한다고 해석하고 있는 점 등으로 볼 때 퇴직급여충당금은 연구인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당된다고 볼 수 없을 것이다. 따라서 이를 근거로 처분청이 경정청구 거부처분한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.