축산업을 영위하던 법인이 사용하던 토지를 임대하는 경우, 업무무관 부동산이 아님

○○세무서장이 2012.2.22. 청구법인에게 통지한 법인세 과세표준 변동통지는 별지목록 기재 부동산 109,275㎡를 업무무관부동산에 해당하지 아니하는 것으로 하여 그 과세표준을 경정합니다.

청구법인(1979.10.19. 개업)은 경기 ○○시 ○○면 ○○리 산 23-26 외 305필지(합계 1,008,926㎡이고, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 축산업을 영위하여 오던 중, 2001년경 전염병으로 인하여 축산업을 더 이상 영위하지 아니하고, 2003년부터 쟁점토지를 개인 축산업자에게 임대하고 있다.

○○지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 쟁점토지의 업무무관부동산 해당 여부를 서면검토하는 과정에서 2011.7. 국세청장에게 과세기준자문신청을 한 결과, “축산업을 폐업하고 이에 사용하던 토지를 전·답 등의 나대지 상태로 임대하는 경우 법인세법 시행규칙 제26조 제4항 에 따라 해당 토지는 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 것이나, 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 제17호 에 따라 폐업일부터 5년간은 업무와 관련이 없는 부동산에서 제외되는 것”으로 회신(법규과-1087, 2011.8.23.)하였고, 청구법인은 2011.9. 동일내용에 대해 국세청 법인세과로부터 업무무관부동산에 해당된다는 회신(법인세과-652, 2011.9.5.)을 받았다. 이에 따라 조사청은 쟁점토지가 2005.12.1.∼2006.11.30.사업연도부터 업무무관부동산에 해당하는 것으로 간주하고 제척기간 만료가 임박한 위 사업연도에 대하여 쟁점토지 관련 지급이자 등 260,951천원을 손금불산입하고 법인세 과세표준 260,951천원을 증액경정(이하 “쟁점과세표준 증액경정”이라 한다)한 경정결의안을 ○○세무서장(이하 “처분청”이라 한다)에게 통보하였다. 처분청은 2012.2.22. 청구법인의 2005.12.1.∼2006.11.30.사업연도 법인세 과세표준을 -275,092천원에서 -14,141천원으로 경정하고 법인세법 제70조 및 같은 법 시행령 제109조 제1항에 따라 청구법인에게 법인세 과세표준 변동통지(이하 “본건 변동통지”라 한다) 공문을 발송하였다. 청구법인은 위 국세청의 유권해석(법인세과-652, 2011.9.5.)에 대하여 2011.9.23. 기획재정부에 재질의하였고, 2012.4.25. “축산업을 영위하던 법인이 축산업을 폐지하고 이에 사용하던 토지를 임대하는 경우 해당 토지가 축산업에 직접 사용하던 토지인 경우에는 법인세법 시행규칙 제26조 제4항 에 따라 업무와 관련이 없는 부동산의 범위에서 제외되는 것임. 이 경우 그 법인의 축산업에 직접 사용하던 토지인지 여부는 토지의 면적, 이용실적 및 사업규모 등에 따라 사실판단할 사항임”이라는 회신(기획재정부 법인세제과-321, 2012.4.25.)을 받았다. 청구법인은 2012.5.17. 쟁점과세표준 증액경정에 대하여 ○○지방국세청장에게 이의신청을 하였는바, 쟁점과세표준 증액경정은 국세기본법 제55조 제1항 에서 규정하는 처분에 해당하지 아니한다는 이유로 2012.6.27. 각하결정을 받았다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.5.17. 이의신청을 거쳐 2012.7.16. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 본건 변동통지와 관련된 법인세 과세표준 경정처분은 결손금만 감소시킨 경정이라 하더라도 그 이후 사업연도에 공제하는 이월결손금의 범위를 확정시키는 처분으로서 국세부과의 제척기간 경과로 인하여 경정처분이 이루어진 해당 사업연도에 대한 불복청구 방법 외에는 달리 구제받을 방법이 없으므로 불복대상이 되는 행정처분으로 보아야 한다.

1. 이의신청 결정의 취지 재결청(裁決廳)인 ○○지방국세청장은 “법인세 과세표준 결정은 조세부과처분에 앞선 결정으로서 그로 인하여 바로 과세처분의 효력이 발생하는 것이 아니고 또 후일에 이에 의한 법인세 부과처분이 있을 때에 그 부과처분을 다툴 수 있는 방법이 없는 것도 아니어서 과세관청의 위 결정을 바로 항고 소송의 대상이라고 볼 수 없는 것”이라는 판례(대법원 2012. 1. 27. 선고 2011두29793 판결)를 들어 “처분청이 법인세 과세표준만을 증액하여 경정한 이 건은 법인세 산정의 과정에 불과하여 그 자체로 납세의무자에게 권리를 설정하거나 의무를 부과하는 것이 아니므로 법인세 과세처분과 구분되는 별도의 처분이라 할 수 없어” 국세기본법 제55조 제1항 에서 규정하는 처분에 해당하지 아니하므로 각하한다는 결정을 하였다.

2. 법인의 이월결손금은 신고, 결정․경정 또는 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금에 한정하는바, 결손금만 감소시킨 쟁점과세표준 증액경정이라 하더라도 그 이후 사업연도에 공제하는 이월결손금의 범위를 확정하므로 행정처분에 해당한다. 법인세 과세표준을 계산할 때 공제하는 이월결손금을 규정한 법인세법 제13조 제1호 는 후단 규정을 신설(2009.12.31.법률 제9898호, 이하 “新 법인세법”이라 한다)하여 결손금을 “법 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정․경정되거나, 국세기본법 제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금에 한정”하도록 하면서 그 부칙 제4조에서 위 법률 시행(2010.1.1) 후 “최초로 과세표준을 신고하거나 경정․결정하는 분부터 적용한다. 다만, 신고하거나 경정․결정한 과세표준에 포함되지 아니한 결손금이 공제되도록 2009년 12월 31일 이전에 과세표준을 신고하거나 경정․결정한 경우에는 종전의 규정에 따른다”라고 규정함으로써 그 동안 선고된 대법원 판결 등과는 달리 공제 가능한 이월결손금을 신고․경정 등을 통해 확정된 결손금으로 명확히 하였다. 위 대법원 판례와 법인세법의 개정내용을 감안할 때, 결손금만 감소시켜 법인세법 제70조 및 같은 법 시행령 제109조 제1항에 따라 청구법인에게 통지한 처분청의 본건 변통통지와 관련된 경정처분도 그 이후 사업연도에 공제할 이월결손금을 확정한다는 면에서 별개의 행정처분으로 보는 것이 타당하다.

3. 이의신청 당시 국세부과의 제척기간 경과로 인하여 경정처분이 이루어진 해당 사업연도에 대한 불복청구 방법 외에는 달리 구제받을 방법이 없으므로 불복대상이 되는 행정처분으로 보아야 한다. 舊 법인세법 제13조 제1호 (2009.12.31.법률 제9898호로 개정되기 전) 및 관련판례 등 (대법원 2002.

11.

26. 선고 2001두2652 판결, 조세정책과-704, 2009.

7. 9.) 에 의하면 제척기간이 경과된 사업연도의 이월결손금은 제척기간이 경과되지 않은 사업연도의 법인세 부과처분의 효력을 다투면서 이월결손금이 있다는 주장을 할 수 있으므로 제척기간이 경과된 사업연도의 이월결손금을 다툴 이익이 없어 결손금 증액 또는 감액경정을 처분으로 보지 않았다. 법인세법 개정이후 국세청은 “ 법인세법제13조제1호(2009년 12월 31일 법률 제9898호로 개정된 것)에 의한 결손금으로서 해당 사업연도가 국세기본법제26조의2에 의한 국세부과의 제척기간이 경과된 경우에는 이를 증액 또는 감액할 수 없는 것”(법인세과-254, 2011.4.7.)이라고 유권해석하였다. 이에 따라 본건 경정처분과 같이 이의신청 당시(2012.5.17.) 국세부과의 제척기간(2012.2.29.)이 경과한 사업연도의 결손금은 그 이후 사업연도에 공제할 이월결손금이 감소되어 법인세가 부과되는 경우에도 이를 다툴 수 없게 되었다. 따라서, 본건 변동통지와 관련된 경정처분은 이의신청 등 불복청구를 제기하고 그 결정이 있는 경우 국세기본법 제26조의2 제2항 에 따른 경정결정 방법 외에는 달리 구제 받을 방법이 없다.

• 나. 청구 법인의 업무에 직접 사용하던 쟁점토지를 임대하는 경우에는 업무무관 부동산에 해당하지 않는다. 1) 법인세법 시행규칙 제26조 제4항 은 건축물이 없는 토지를 임대하는 경우 당해 토지는 업무무관 부동산에 한다고 규정하면서도, 공장·건축물의 부속토지 등 법인의 업무에 직접 사용하던 토지를 임대하는 경우에는 업무무관 부동산의 범위에서 제외하고 있다. 국세청 유권해석(법규과-1087, 2011.8.23., 법인세과-652, 2011.9.5.) 은 “업무에 직접 사용하던 토지”가 반드시 “공장·건축물의 부속토지”에 해당하는 경우에만 업무무관 부동산에서 제외된다는 것이고, 위 국세청 유권해석에 따라 처분청은 공장·건축물의 부속토지가 아닌 쟁점토지에 대하여 본건 변동통지가 내려진 것이다(즉, 처분청은 기획재정부 유권해석이 내려지기 이전 시점인 2012.2.22. 국세기본법 제26조의2 소정의 제척기간이 임박한 2005.12.1. ~ 2006.11.30. 사업연도 법인세 과세표준을 260,951천원 증액 경정하여 청구법인에게 통지하였음). 청구법인은 법인세법 시행규칙 제26조 제4항 은 “공장․건축물의 부속토지 등 법인의 업무에 직접 사용하던 토지의 임대”인 경우에는 업무무관 부동산에서 제외한다고 규정하고 있으므로 “공장․건축물의 부속토지”는 “업무에 직접 사용하던 토지”에 대한 하나의 예시에 불과하다고 생각하여 2011.9.23. 국세기본법 시행령 제10조 제5항 제2호 에 따라기획재정부에 다시 질의하였고, 처분청이 본건 변동통지를 한 후 기획재정부는 2012.4.25. “해당 토지가 축산업에 직접 사용하던 토지인 경우에는 법인세법 시행규칙 제26조 제4항 에 따라 업무와 관련이 없는 부동산의 범위에서 제외되는 것”이라는 해석을 하였는바, 이러한 해석은 청구법인이 쟁점토지를 과거 축산업 등 업무에 직접 사용하였다면 이를 임대하더라도 업무무관 부동산에 해당하지 않는다는 것이므로, 본건 국세청 유권해석과는 상반된 것이다. 즉, 본건 국세청 유권해석은 상급기관의 유권해석인 기획재정부 유권해석으로 인하여 더 이상 유효하지 않은 것이므로, 쟁점토지가 청구법인의 업무에 사용하던 토지라는 사실이 확인되는 이상, 본건 국세청 유권해석에 근거하여 이루어진 본건 변동통지도 취소되어야 한다 1).

2. 업무무관 부동산이라 함은 “법인의 업무”에 직접 사용하지 않는 부동산을 말하는데(법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호), “법인의 업무”라 함은 각 사업연도 종료일 현재의 법인등기부상의 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다(법인세법 시행규칙 제26조 제2항 제2호). 청구법인은 쟁점토지를 축산업 이외에도 법인등기부상 목적사업인 과수원 경영, 영림 및 벌목업과 이에 부대되는 사업에 사용하다가 이를 폐업하고 임대로 전환하였으므로, 쟁점토지는 업무무관 부동산에 해당하지 않는다. 한편, 처분청은 이의신청 단계에서 쟁점토지의 일부가 밤나무단지 및 인삼밭으로 사용된 것으로 소명되었고, 항공사진에서도 나무로 둘러싸인 임야로 보인다는 점을 근거로 공부상 지목이 목장용지인 토지를 제외한 나머지 토지를 업무무관 부동산으로 봐야 한다고 주장한 바 있는데, 이러한 자료는 오히려 쟁점토지가 법인등기부상 목적사업인 과수원 경영, 영림 및 벌목업과 이에 부대되는 사업에 사용되었으므로 업무무관 부동산에서 제외되어야 한다는 점을 잘 보여주고 있다. 처분청은 쟁점토지중 공부상 지목을 기준으로 목장용지에 해당하는 109,275 ㎡만 청구법인의 업무에 사용하던 토지로 인정하고(심사청구일 현재 이를 반영한 과세표준 경정이 없었음) 나머지 899,651㎡는 여전히 업무무관 부동산이라고 주장하고 있으나, 토지의 사용현황은 공부상 지목이 아닌 실질적인 사용실태를 기준으로 판단하여야 할 것인데 청구법인이 영위하던 목축업(축산업)은 그 사업의 특성상 다수의 초지와 사료용 작물의 재배가 필요하고, 이와 같은 용도에 사용된 토지의 공부상 지목이 전․답이라 하더라도 이를 청구법인의 업무인 목축업(축산업) 등에 사용하지 아니한 토지라고 단정할 수 없다.

3. 본건 기획재정부 유권해석의 취지는 법인의 업무에 사용하던 토지의 경우 이를 나대지로 임대하더라도 업무무관 부동산에 해당하지 않는다는 것으로 요약할 수 있다. 이러한 해석에 따르면, 임대로 전환된 이후 업무무관 부동산에 해당하는 쟁점토지는 임대로 전환되기 이전 시점부터 청구인의 업무에 사용하지 않던 토지 즉, 업무무관 부동산이어야 한다는 결론에 이르게 된다. 그런데, 처분청은 쟁점토지가 임대로 전환되기 이전에 이를 업무무관 부동산으로 간주하여 과세처분을 내린 적이 한 차례도 없었다.

• 가. 쟁점 과세표준 증액경정은 법인세 산정의 과정에 불과하므로 별도의 처분성을 인정할 수 없다. 이의신청 시 청구법인의 이의신청 적법성 여부에 대해 판단한 바, 대법원 판결(2011두29793, 2012.1.27.)에 의거 처분청이 법인세 과세표준만을 증액하여 경정한 이 건은 법인세 산정의 과정에 불과하여 그 자체로 납세의무자에게 권리를 설정하거나 의무를 부과한 것이 아니므로 법인세 과세처분과 구분되는 별도의 처분이라 할 수 없다. 따라서, 쟁점과세표준 증액경정은 청구법인에게 불이익한 처분을 하였거나 필요한 처분을 하지 아니하는 국세기본법 제55조 제1항 에서 규정하는 처분에 해당하지 않으므로 이의신청 청구 대상이 아니라고 판단하였다.
• 나. 지목이 목장용지인 토지를 제외한 기타의 쟁점토지는 업무무관부동산에 해당된다. 1) 법인세법 시행규칙 제26조 제4항 의 규정에 대해 국세청 법규과에 과세기준자문신청을 한바, 법규과는 축산업을 영위하던 법인이 전염병으로 인해 보유하던 가축을 매몰하여 축산업을 폐업하고 이에 사용하던 토지를 전ㆍ답 등의 나대지 상태로 임대하는 경우 건축물이 없는 토지를 임대하는 경우에 해당되어 법인세법 시행규칙 제26조 제4항 에 의거 법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 보는 것이나, 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 제17호 에 따라 폐업일로부터 5년간은 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 단서규정에 따라 업무와 관련이 없는 부동산에서 제외되는 것으로 회신하였다(국세청 법규과 -1087, 2011.08.23.).

2. 쟁점토지는 청구법인이 축산업에 직접 사용하던 토지로 법인세법 시행규칙 제26조 제4항 의 규정인 공장ㆍ건축물의 부속토지 등 법인의 업무에 직접 사용하던 토지를 임대하는 경우를 제외한다에 해당되어 업무무관부동산에 해당되지 않는다고 주장하나, 기재부는 쟁점토지가 축산업에 직접 사용하던 토지인 경우에는 법인세법 시행규칙 제26조 제4항 에 따라 업무와 관련이 없는 부동산의 범위에서 제외되는 것이라고 하면서 축산업에 직접 사용하던 토지인지 여부에 대해 사실판단 할 사항으로 회신하였다. 그리고, 쟁점토지는 공부상 지목이 아래 표와 같이 임야ㆍ전ㆍ답이 대부분으로 종합합산과세대상 재산세 및 종합부동산세가 부과되고 있고, 청구법인이 2010.12. 제출한 토지사용현황표를 살펴보면 쟁점토지의 일부는 밤나무단지 및 인삼밭으로 사용하고 있는 것으로 기재되어 있으며, 항공사진에서도 나무로 둘러싸인 임야로 보여지므로 지목이 목장용지인 토지를 제외한 기타의 쟁점토지는 업무무관부동산에 해당된다. <청구법인 보유토지 공부상 지목 현황표> (단위: ㎡) 공부상 지목 임야 답 전 대지ㆍ구거 목장용지 계 면적 504,722 393,177 1,258 494 109,275 1,008,926 또한 청구법인은 토지사용현황표의 밤나무 및 인삼밭 사용에 대해 법인등기부등본 상 축산업 외 과수원, 영림 및 벌목업 등이 목적사업으로 등록되어 있고, 쟁점 토지는 축산업 외 과수원, 영림 및 벌목업에 사용하던 토지에 해당하므로 업무무관부동산에서 제외되어야 한다고 주장하나, 청구법인이 쟁점토지를 임대하기 이전 과거 10년간(1992.11월말～2001.11월말) 국세통합시스템(TIS)에 수록된 법인세 신고내용을 살펴보면 축산업에서 발생한 수입금액 이외의 신고내용은 확인되지 않고, 법인의 업무관련성 여부는 법인의 목적이나 영업내용을 기준으로 객관적으로 판단하여야 하는 바, 법인등기부등본 상 등재된 목적사업이라도 실제 영업 내용이 확인되지 않는 업무에 대해 법인의 업무에 직접 사용하였다고 보기 어렵다. 청구법인의 논리를 수용한다면, 토지의 적은 면적을 업무용으로 사용하면서 훨씬 큰 다른 면적도 역시 업무용으로 사용하였다고 주장하는 폐단을 막을 수 없고, 결과적으로 업무무관부동산 관련 세법규정을 무력화 시킬 수 있다.

• 가. 쟁점

① (본안전 심리) 심사청구일 현재 제척기간이 경과된 사업연도의 결손금만 감소시킨 쟁점과세표준 증액경정이 국세기본법 제55조 제1항 에서 규정하는 처분에 해당하는지 여부

② (본안심리대상인 경우) 쟁점토지를 법인세법 제27조 제1호 에서 규정하는 업무무관부동산으로 볼 수 있는지 여부

• 나. 관련법령 1) 법인세법 제27조 【업무와 관련없는 비용의 손금불산입】 내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각호의 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령이 정하는 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령이 정하는 금액

2. 제1호외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령이 정하는 것 2) 법인세법 시행령 제49조 【업무와 관련이 없는 자산의 범위 등】

① 법 제27조 제1호에서 "대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각호의 자산을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.

• 가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 재정경제부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다. 3) 법인세법 시행규칙 제26조 【업무와 관련이 없는 부동산 등의 범위】

② 영 제49조 1항 제1호 가목 및 나목에서 "당해법인의 업무"라 함은 다음 각호의 업무를 말한다.

1. 법령에서 업무를 정한 경우에는 그 법령에 규정된 업무

2. 각 사업연도 종료일 현재의 법인등기부상의 목적사업(행정관청의 인가·허가등을 요하는 사업의 경우에는 그 인가·허가등을 받은 경우에 한한다)으로 정하여진 업무

④ 영 제49조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 건축물이 없는 토지를 임대하는 경우(공장·건축물의 부속토지 등 법인의 업무에 직접 사용하던 토지를 임대하는 경우를 제외한다) 당해 토지는 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 본다. 다만, 당해 토지를 임대하던 중 당해 법인이 건설에 착공하거나 그 임차인이 당해 법인의 동의를 얻어 건설에 착공한 경우 당해 토지는 그 착공일(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 말한다)부터 업무에 직접 사용하는 부동산으로 본다.

⑤ 영 제49조 제1항 제1호 각목외의 부분 단서에서 "재정경제부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다.

17. 법인이 사업의 일부 또는 전부를 휴업·폐업 또는 이전함에 따라 업무에 직접 사용하지 아니하게 된 부동산으로서 그 휴업·폐업 또는 이전일부터 5년이 경과되지 아니한 부동산 4) 법인세법 제13조 【과세표준】(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정된 후) 내국법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업년도의 소득의 범위안에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업년도의 개시일전 10년 이내에 개시한 사업년도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업년도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나, 국세기본법 제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금에 한정한다. 부칙 제4조(과세표준에 관한 적용례) 제13조, 제76조의13제2항 및 제91조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정하는 분부터 적용한다. 다만, 신고하거나 경정ㆍ결정한 과세표준에 포함되지 아니한 결손금이 공제되도록 2009년 12월 31일 이전에 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정한 경우에는 종전의 규정에 따른다. 5) 법인세법 제13조 【과세표준】(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정되기 전) 내국법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업년도의 소득의 범위안에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업년도의 개시일전 10년 이내에 개시한 사업년도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업년도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액 6) 국세기본법 제26조 의 2【국세 부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.

② 제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정ㆍ판결, 상호합의, 경정청구 또는 조정권고에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구 또는 행정소송법에 따른 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우 7) 국세기본법 제55조 【불복】

① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 8) 지방세법 제106조 【과세대상의 구분】

① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.

• 가. 이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
• 나. 이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지

2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지. 다만, 제1호가목 및 나목에 따른 토지는 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.

• 가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지
• 나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험ㆍ연구ㆍ검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

• 가. 공장용지ㆍ전ㆍ답ㆍ과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지
• 나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중 소유 임야로서 대통령령으로 정하는 임야
• 다. 제13조제5항에 따른 골프장(같은 항 각 호 외의 부분 후단은 적용하지 아니한다)용 토지와 같은 항에 따른 고급오락장용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
• 라. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조제1호 에 따른 공장의 부속토지로서 개발제한구역의 지정이 있기 이전에 그 부지취득이 완료된 곳으로서 대통령령으로 정하는 토지
• 마. 가목부터 라목까지의 토지와 유사한 토지 중 분리과세하여야 할 타당한 이유가 있는 것으로서 대통령령으로 정하는 토지
• 다. 사실관계

1. 청구법인과 처분청 사이에 다음 사실에 대하여 다툼이 없음

• 가) 처분청은 국세청 법규과의 과세기준자문신청 회신결과(법규과-1087, 2011.8.23.)에 따라 쟁점토지를 업무무관부동산으로 보아 아래와 같이 과세표준 증액경정하여 법인세 과세표준 변동통지를 하였다. (단위: 천원) 구분 당기순이익 익금산입 소득금액 과세표준 청구법인 신고 -289,082 13,989 -275,092 -275,092 처분청 경정 -289,082 274,940 -14,141 -14,141 증감 260,951 260,951 260,951
• 나) 쟁점토지 관련하여 공부상 지목은 아래와 같다. (단위: ㎡) 공부상 지목 임야 답 전 대지ㆍ구거 목장용지 계 면적 504,722 393,177 1,258 494 109,275 1,008,926
• 다) 청구법인이 1974년 이후 쟁점토지를 취득하여 축산업을 영위하였고, 2001년경 전염병으로 인하여 보유하던 소를 전부 매몰처분하여 더 이상 축산업을 영위하지 아니하였으며, 2003년부터 현재까지 개인 축산업자에게 쟁점토지를 임대하고 있다.
• 라) 처분청의 과세근거였던 국세청의 과세기준자문(법규과-1087, 2011.8.23.)의 회신내용은 아래와 같다. 위 사실관계와 같이 축산업으로 영위하던 법인이 전염병으로 인해 보유하던 가축을 전부 매몰하여 축산업을 폐업하고 이에 사용하던 토지를 전·답 등의 나대지 상태로 임대하는 경우, 건축물이 없는 토지를 임대하는 경우에는 법인세법 시행규칙 제26조 제4항 에 따라 해당 토지는 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 것으로 보는 것이나, 해당 토지는 사업을 폐업하여 업무에 직접 사용하지 아니하게 된 부동산으로서 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 제17호 에 따라 폐업일부터 5년간은 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 단서규정에 따라 업무와 관련이 없는 부동산에서 제외되는 것이며 업무와 관련이 없는 부동산으로 보는 기간은 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 제17호 에 따라 업무와 관련없는 부동산에서 제외되는 기간이 경과된 시점부터 계산하는 것입니다.
• 마) 청구법인이 제출한 청구법인의 질의서(2011.9.23.)와 기획재정부의 회신내용(법인세제과-321, 2012.4.25.)은 아래와 같다.
• 가) 질의서 사실관계

(1) 청구법인은 1974.12. 쟁점토지를 취득하여 축산업을 위한 목장용지로 사용하여 왔음

(2) 청구법인은 2001년경 전염병으로 인하여 보유하던 소를 전부 매몰 처분하여 더 이상 축산업을 영위하지 않게 되었음

(3) 청구법인은 2003년경부터 젖소를 육성하는 개인사업자와 임대차계약을 맺고 쟁점토지의 대부분과 그 토지 위에 존재하는 건축물인 우사를 일괄적으로 임대하여 오고 있음. 또한, 청구법인은 나머지 토지 및 그와 관련된 건축물인 돈사를 양돈사업을 영위하는 또 다른 개인사업자에게 임대하여 오고 있음. 임대업은 청구법인 의 법인등기부등본에 명기되어 있는 목적사업 중 하나에 해당함

(4) 청구법인과 위 축산업자가 체결한 임대차계약서에 따르면, 본건 축산업자는 쟁점토지를 젖소 육성사업 및 양돈사업의 목적에만 사용하여야 하며, 그 외의 용도로 사용할 수 없음

(5) 쟁점토지의 공부상 지목은 답, 임야, 목장용지 등으로 구분되어 있으나, 실질적으로는 쟁점토지의 전부가 젖소 육성사업 및 양돈사업을 위한 목장용지로 사 용되어 오고 있음

(6) 지방세 과세당국은 쟁점토지를 지방세법상 분리과세대상토지에 해당하는 것으로 보아 재산세를 부과하여 오고 있음

• 나) 질의사항 청구법인이 축산업에 사용하던 쟁점토지를 본건 축산업자에게 임대하여 본건 축산업자가 이를 다시 동일한 용도(축산업)로 사용하고 있는 것과 관련하여, 건축물이 없는 쟁점토지의 임대가 법인세법 제27조 제1호 소정의 “업무무관부동산” 에 해당한다고 판단한 본건 국세청 유권해석이 타당한지 여부
• 다) 회신내용 축산업을 영위하던 법인이 축산업을 폐지하고 이에 사용하던 토지를 임대하는 경우, 해당 토지가 축산업에 직접 사용하던 토지인 경우에는 법인세법 시행규칙 제26조 제4항 에 따라 업무와 관련이 없는 부동산의 범위에서 제외되는 것입니다. 이 경우 그 법인의 축산업에 직접 사용하던 토지인지 여부는 토지의 면적, 이용실적 및 사업규모 등에 따라 사실판단할 사항입니다.
• 바) 청구법인의 법인등기부에 기재된 목적사업은 아래와 같다.

3. 수산물판매업(어패류 제외)

8. 영림 및 벌목업 <1996.10.30. 변경 1996.11.13. 등기>

9. 관광레저업 <1996.10.30. 변경 1996.11.13. 등기>

• 사) 처분청이 제출한 ‘토지 취득 및 사용현황’에 의하면 청구법인은 2010.12. 쟁점토지 중 일부토지의 사용현황에 대하여 아래와 같이 소명하였다. 소재지 지목 면적(㎡) 사용일자 사용용도 비고

○○ ○○ ○○ 산 111-1 임야 11,009 1974.12.23 밤나무 단지 현재 청구법인에서 임대를 주고 있으며 임차인 이 사용하고 있음

○○ ○○ ○○ 산 109-1 임야 14,499 1974.12.31 밤나무 단지

○○ ○○ ○○ 416-9 임야 33,712 1974.12.31 밤나무 단지

○○ ○○ ○○ 1-17 답 13,019 1974.12.23 인삼밭

○○ ○○ ○○ 산 23-32 임야 41,318 1974.12.23 초지 조성

○○ ○○ ○○ 산 20-6 임야 26,850 1976.8.23 인삼밭 합계 140,407

2. 처분청이 제시한 청구법인의 과세대상 물건명세서(2006.6.1. 기준) 사본에 의하면 쟁점토지 306필지 중 9필지(60,153.69㎡)는 별도합산토지로, 147필지(283,578.61㎡)는 종합합산토지로 기재되어 있다(나머지 필지는 분리과세토지인 것으로 보임).

3. 국세통합전산망 조회결과, 청구법인은 1991.12.1.∼1992.11.30.사업연도부터 2001.12.1∼2002.11.30.사업연도 수입금액 합계 8,414백만원 중 7,975백만원을 축산업의 수입금액으로 신고하였고, 나머지 금액은 ‘기타’로 기재하여 신고되어 있다.

4. 청구법인이 제출한 개인 축산업자와의 임대차계약서(2006.2.28.) 사본에는 청구법인은 축산업자들에게 쟁점토지 306필지와 지상 건물일체(우사)를 임대하였고, 임차인(축산업자)은 임대차 기간 중 임대차 목적물(쟁점토지 306필지 및 건물일체)을 목장사업에 사용하여야 하며 타용도로 사용 할 수 없다고 기재되어 있다.

5. 조사청이 제시한 쟁점토지 중 지목이 전, 답, 임야인 일부토지의 항공사진(현재시점)에 의하면 답으로 구획이 나누어져 있고, 인삼밭 등이 나타나며, 나무가 우거져 있었다.

• 라. 판 단 청구법인은 제척기간이 경과된 사업연도의 쟁점과세표준 증액경정이 국세기본법 제55조 제1항 에서 규정하는 처분에 해당한다고 주장하는바, 이에 대해 살펴본다. 舊 법인세법 제13조 제1호 (2009.12.31.법률 제9898호로 개정되기 전) 및 관련판례 등에 의하면 국세부과의 제척기간이 경과된 사업연도의 이월결손금은 제척기간이 경과되지 않은 사업연도의 법인세 부과처분의 효력을 다투면서 이월결손금이 있다는 주장을 할 수 있으므로 제척기간이 경과된 사업연도의 이월결손금을 다툴 이익이 없어 결손금 증액 또는 감액경정 즉 과세표준 감액 또는 증액경정을 처분으로 보지 않았다(대법원 2002.

11.

26. 선고 2001두2652 판결, 조세정책과-704, 2009.

7. 9.). 그러나, 법인세법이 개정되어 제13조 제1호에 “이 경우 결손금은 제14조제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나, 국세기본법 제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금에 한정한다.”라는 부분이 추가되었고, 이에 따라 결손금으로서 해당 사업연도가 국세부과의 제척기간이 경과된 경우에는 이를 증액 또는 감액할 수 없게 되었다(법인세과-254, 2011.4.7. 같은 뜻임). 결국, 법인세법 제13조 제1호 개정 후에는 제척기간이 경과된 이월결손금의 경우 국세청의 해석과 같이 증감이 불가능하여 납세자가 이를 구제받을 수 있는 방법이 없게 되었으므로 결손금 감경경정 즉 과세표준 증액경정의 처분성을 인정하여 구제의 방법을 마련하는 것이 타당하다고 판단된다. 그리고, 청구법인은 쟁점토지를 축산업 이외에도 법인등기부상 목적사업인 과수원 경영, 영림 및 벌목업과 이에 부대되는 사업에 사용하다가 이를 폐업하고 임대로 전환하였으므로, 쟁점토지는 업무무관 부동산에 해당하지 않는다고 주장하는바, 이에 대하여 살펴본다. 법인세법 시행규칙 제26조 제4항 에 따르면 공장·건축물의 부속토지 등 법인의 업무에 직접 사용하던 토지를 임대하는 경우 당해 토지는 업무에 직접 사용하는 부동산으로 보도록 규정하고 있고, 축산업을 영위하던 법인이 축산업을 폐지하고 이에 사용하던 토지를 임대하는 경우, 해당 토지가 축산업에 직접 사용하던 토지인 경우에는 업무와 관련이 없는 부동산의 범위에서 제외되는 것(기획재정부법인세제과-321, 2012.4.25. 같은 뜻임)인바, 살피건대, 위 사실관계 및 관계법령 등에 의하면 쟁점토지(306필지)는 공부상 지목이 임야ㆍ전ㆍ답이 대부분으로 종합합산과세대상(147필지) 및 별도합산과세대상(9필지) 재산세가 부과된 점(즉, 전·답, 과수원, 목장용지 이외의 용도로 사용한 점, 지방세법 제106조 제1항), 청구법인이 쟁점토지를 임대하기 이전 과거 10년간(1992.11월말～2001.11월말) 국세통합시스템(TIS)에 수록된 법인세 신고내용을 살펴보면 축산업에서 발생한 수입금액 이외의 신고내용은 확인되지 않는 점, 다만, 처분청도 쟁점토지중 지목이 목장용지인 토지에 대해서는 업무무관 부동산에 해당하지 않는다고 인정하는 점 등을 종합하여 고려하면 쟁점토지중 지목이 목장용지인 토지인 경우에 한해 업무무관 부동산에 해당하지 않는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1) 본건 기획재정부 유권해석은 법인의 업무에 사용되던 토지는 공장·건축물의 부속토지가 아니더라도 업무무관 부동산의 범위에서 제외되는 것이므로, 법인이 자신의 업무(청구인의 경우 축산업)에 사용하던 토지를 임대한 것이라면 이를 건축물이 없는 상태로 임대하더라도 업무무관 부동산에 해당하지 않는다는 것임