청구법인의 보관 장부가 제시되는바, 관련서류 등을 재조사함이 타당함

청구법인은 도매․무역업(철근)을 영위하다가 2008.12.31 직권폐업 처리된 법인으로, 청구외 (주)ㅇㅇㅇ(이하 “갑”이라 함)에 매출세금계산서 3매 공급가액 합계액 720,882,624원(이하 “쟁점거래금액”이라 함)을 교부하고 2007.1기 부가가 치세 확정신고를 하였으나, ㅇㅇ세무서(이하 “조사청”이라 함)는 갑에 대한 자료상 세무조사를 실시하고 동 업체를 관계기관에 고발조치하는 한편 처분청에 청구법인이 실물거래 없이 허위 세금계산서를 교부하였다는 과세자료를 통보하였다. 이에 따라 처분청은 청구법인에 대해 자료상과의 거래 등 세금계산서 수수질서 문란 혐의에 대하여 세무조사를 실시한 후, 쟁점거래금액을 가공매 출로 확정하고 2007.1기 부가가치세 매출과세표준을 감액하는 한편, 2008.12.31. 청구 법인의 직권폐업일 현재의 기말재고액을 폐업시 잔존재화로 보아 매매총이익율 에 의한 환산매출액과 잔존재화과세표준을 계산한 후 2008.2기 부가가치세 매출과세표준을 14,453백만원으로 결정하고, 청구법인의 2008사업연도 법인세 무신 고에 대하여 법인세과세표준을 추계 결정하여 2008년 제2기 부가가치세 475,185,190원 및 2008 사업연도 법인세 909,703,550원을 각각 고지처분 하였으며, 청구법인은 이에 불복하여 2012.02.13. 이의신청을 거쳐 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 사실관계 청구법인은 2006.1.19. 설립하여 철근 및 고철판매업을 영위하는 법인으로서 2008년 중에는 철근 전량을 중국에서 수입하여 국내 판매를 하면서 갑에게 2007.4.16부터 같은 달 18일까지 철근 1,500톤을 실제로 공급하고 2007년1기 확정 신고기간 내 3건의 세금계산서(공급가액합계액 720,882,624원 부가가치세 합계액 72,088,262원)를 교부하였으며, 위 철근 1,500톤은 청구법인이 갑으로부터 발주를 받고서 운송물류회사인 청구외 ㅇㅇ물류(주)에 출고지시를 하여 위 물류회사가 갑이 요청한 인도 장소에 인도하면 청구법인은 위 물류회사에 운송비를 지급하는 방법으로 실제로 철근을 납품하였고, 이 사실을 청구법인은 위 철근의 해당일의 매출사실을 청구법인의 일계표에 의하여 기록 관리하였다. 그런데 거래상대방 갑이 사취의 의사로 철근을 공급받고도 대금의 일부를 결재하지 아니하여 2007.8월 경 부득이 당시 청구법인의 상무이사 신ㅇㅇ 가 담당하여 갑의 회장 등 을 특정범죄가중처벌법위반(사기)혐의로 인천지방검찰청에 고소(2007형제*호)하여 검찰에서 수사 중이고 현재 상피의자 이면서 참고인인 한ㅇㅇ가 소재불명으로 참고인중지 결정된 상태이다. 한편 청구법인은 철근을 중국에서 전량 수입하여 판매하던 중 2008년 하반기에 결재통화인 미화(달러) 폭등에 따라 물품 계약 시와 인도 시의 환차손, 국내 화물운송회사의 파업 등 악재가 겹쳐 동종업계 대부분이 그러하였듯이 부득이 사업을 접을 수밖에 없어서 2008.11.30. 경 재고잔량을 전부 처분하고 영업을 하지 않게 되었으므로 처분청이 직권폐업일로 삼은 2008.12.31. 현재 폐업 당시 잔존재화는 전무하며, 이런 사정으로 부득이 사업을 접게 되자 당시 회계업무를 분장했던 직원도 퇴사하게 되어 2009.3월에 해야 될 2008 사업년도 법인세과세표준과 세액의 신고를 하지 못하였다. 그러나 2008년 제1기 및 제2기 과세년도 부가가치세 신고는 소정기한 내 실제대로 신고하였고 2008 사업년도말 소득결산만을 하지 아니하였을 뿐 연중 영업일의 영업성적에 대한 기장은 하여 왔으며, 청구법인은 이번 처분청으로부터 부가가가치세 및 법인세 부과처분을 받고서 그간의 기장내용 및 증빙서류를 기초로 복식부기형태로 2008년 사업년도 소득금액을 계산하고 2012.3.6. 기한 후 신고를 하였다.
• 나. 부가가치세 부과처분에 대하여

1. 2007년1기분 부가가치세의 경우

• 가) 처분청은 조사청에서 보내온 과세자료에 의하여 청구법인을 상대로 자료상조사에 착수하였으나 청구법인이 폐업으로 연락두절 된 상태이어서 청구법인의 대표이사 성ㅇㅇ의 주소지로 출서요구서를 발송하였으나 폐문부재 사유로 반송되어 연락이 두절된 상태로 직접조사가 불가능하였다고 하였으나, 청구법인의 대표자 성ㅇㅇ는 처분청의 조사 시기 이전인 2009.12.1.부터 현재까지 현재의 주소지에서 거주하고 있고 폐문 부재한 사실이 없으며, 추측하건데, 처분청의 조사담당공무원이 전 주소지 또는 ㅇㅇ리 ㅇㅇ아파트 1**로 오류 송달하여 송달불능된 것으로 사료된다.
• 나) 처분청은 청구법인의 철근을 운송한 ㅇㅇ 물류의 운송내역서에 청구법인의 물품을 운송한 내역이 없다고 하면서, 위 회사의 제품발주서와 출고지시서를 보면 일반적으로 상품운송용역의 완료시 수령하는 품목, 수량, 운송차량번호, 운전기사 및 인수자의 성명 등이 기재된 인수증이 있어야 함에도 불구하고 청구법인은 임의 작성이 가능한 출고지시서와 거래처의 제품발주서만을 제출하여 실제로 철근이 갑에 납품되었는지 여부를 확인 할 수 없으며, 또 ㅇㅇ물류에 거래사실을 요청하여 확인한 결과 동 기간 중 갑으로 물품을 운송한 내역도 없어 실제거래로 인정할 수 없다고 하였으나, 갑이 청구법인에게 전송한 납품내역서(이의신청서에 첨부)의착지 와 ㅇㅇ물류가 교부한 세금계산서의 부속서류인 거래명세표(이의신청서에 첨부 되었음)에 기재된하차지를 비교하면 ㅇㅇ물류가 청구법인의 출고지시에 의하여 갑이 요청한 배송요구지에 청구법인의 철근을 운송한 사실이 역역히 나타나고 있으며, 더욱이 갑이 거래대금을 지급하지 아니하여 청구 법인이 갑의 관계자를 사기 등으로 검찰에 고발한 사실에 비추어 자명하다. 한편, 청구법인의 대표이사 성ㅇㅇ가 ㅇㅇ물류에 통화 한 결과 처분청에서 요청한 거래내역조회에 대하여 청구주장이 맞다는 요지의 회신과 함께 관련 자료를 송부하였다는 것이며, 사정이 이러한데도 처분청은 사실과 전혀 다른 주장을 하고 있음.
• 다) 처분청은 청구법인과 대표이사 성ㅇㅇ에 대한 금융조사를 실시한 결과 갑과의 해당거래금액(7.92억원)에 해당하는 통장거래내역이 확인되지 아니하였으며 청구금액의 일부를 받았다고 주장하면서 제출한 ㅇㅇ은행계좌 4.23.자 입금거래 3억원은 입금자 및 거래내용이 공란으로 되어 있어 자금 출처가 불명확하며, 타 매출처에 요청했던 거래사실 확인서에 확인된 일반적인 거래형태(일반적으로 철근이 거래처에 입금되고 나면 현금으로 2～3일 후 대금이 입금됨)와 달라서 제 출된 3억원의 거래내역이 해당거래대금의 일부라고 판단하기 어렵다고 하였으나, 청구법인이 갑으로부터 위 물품대금의 수령 전말은 3건의 세금계산서 공급대가의 합계액 792,970,886(공급가액720,882,624원) 중 우선 1차로 2007.4. 23.자 대금의 일부로 3억원을 청구법인의 사업용계좌로 송금 받았고, 미수금 잔액에 대하여는 약속어음 액면 249,132,886원(지급일 2007.6.30.)과 약속어음 액면 250,000,000원(지급일 2007.7.19.)을 교부받았는바, 청구법인이 갑으로부터 받은 현금 수금액과 2건의 약속어음 액면액 499,132,886원을 합한 금액 792,970,886원은 청구법인이 갑에 교부한 세금계산서상의 공급대가와 정확히 일치 한다 위 3억원의 입금에 대한 회계처리는 2007.4.30.자 외상매출금회수액으로 293,838,000원, 차액 6,162,000원은 잡 이익으로 회계처리 하였음 결론적으로 청구법인의 사업용 계좌인 ㅇㅇ은행 예금주 청구법인에 2007.4.23. 입금된 3억원은 갑으로부터 물품 대금으로 영수한 것은 분명한 사실이며, 처분청이 청구법인과 당시 대표이사 성ㅇㅇ에 대한 금융조사결과 거래금액이 고액임에도 금융거래내역이 전혀 없었다는 주장은 완전히 잘못된 주장이며, 처분청은 청구법인이 특정한 위 계좌에 대한 금융거래 조회만으로도 사실관계를 확정할 수 있는데도 이를 기피하고 있다.
• 라) 처분청은 청구법인 및 당시 대표이사 성ㅇㅇ를 자료상으로 단정하여 조세범처벌법위반으로 고발하였으나 이 고발에 대하여 2010. 02. 29. ○○지방검찰청 ◎◎지청에서 무혐의 처분하였다. 2) 2008년2기분 부가가치세의 경우 처분청은 청구법인이 2008. 11. 재고잔량을 전부 처분하였으므로 직권폐업일(2008.12.31)에는 잔존재화가 전무했다는 근거로 2007년～2008년 매출장 및 매입장, 영업일계표를 제출하였는데도, 처분청은 위 영업일계표는 결재선이 모두 생략되고 사장(대표이사)이 결재한 것으로 되어 있고, 거래내역을 증빙할 수 있는 금융서류가 없어 신뢰하기 어렵다고 하였으나, 청구법인이 증빙으로 제출한 영업일계표는 당시 실제로 작성된 것이고, 거래내역이 일계표에 기재된 금융자료와 정확히 일치되며, 청구법인이 제출한 위 일계표 원본을 정사하면 청구주장이 사실임이 밝혀질 것이다.
• 다. 법인세 부과처분에 대하여 청구법인은 사업상 부도로 인하여 사업장을 폐지한 까닭에 2008 사업년도 법인세과세표준과 세액을 소정기한 내 신고하지 못하였으나, 이번에 과거에 비치 기장한 영업일보등에 의하여 복식부기형태로 2008 사업연도 법인소득금액을 계산하고 2012.3.6. 기한 후 신고를 한바 있으므로 해당사업년도 법인세 과세표준과 세액을 청구법인이 작성한 장부 및 관계증빙서류에 의하여 실지조사 경정 요망한데 대하여, 처분청은 회사가 폐업되어 사업장이 사라진지 3년 이상 경과하여 실지조사가 어려우며 신고서의 기초자료인 장부가 의도적으로 청구법인이 원하는 결과를 도출하기 위하여 가공되었을 가능성도 배제할 수 없는 등 신고서의 신뢰성이 결여되었다고 하면서, 청구법인이 주장하고 있는 것처럼 2008년 폐업 후에도 영업당시 관련 장부를 계속 보유하고 있었다면 지난 3년이란 시간에 기한 후 신고를 할 수 있었던 충분한 시간이 있었음에도 불구하고 처분청의 조사가 종결되고 부과처분이 이루어진 뒤에야 뒤늦게 기한 후 신고를 한 것은 국세기본법제45조의3【기한 후 신고】에 해당되지 않아 신고의 효력이 인정되지 않고, 신고내용을 신뢰할 수 없다고 하였으나, 국세기본법 제16조 에서 “납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여 한다”라고 규정하고 있고, 실제로 청구법인이 기장한 장부 및 증빙 등 관계서류에 의하여 실지 조사가 충분히 가능하다고 사료되면 장부의 진위는 실지조사과정에서 밝혀질 것이고, 3년이 지났다고 하여 기한 후 신고요건이 되지 아니한다는 처분청의 의견은 기한 후 신고에 대한 법리오해라고 사료된다.
• 라. 결론 처분청의 이 사건 처분에 대한 주된 의견은 조사당시 청구법인과 연락이 닿지 아니하여 직접조사를 하지 못하고 부득이 추계 결정하였다는 요지의 처분 경위 설명에 치중하고 있으며, 직접적인 쟁점사항에 대한 청구주장에 대하여는 구체적 반증 근거를 제시하지 않고 단순한 추정만으로 일관하고 있으며, 처분청의 위와 같은 과세논거는 옹색하기 짝이 없을뿐더러 실지조사를 한다 하여도 조세가 감손될 여지가 전혀 없으므로 이 사건 부과처분은 청구법 인이 작성한 장부 및 관계증빙서류에 의하여 실지조사 경정하여주시기 바란다. < 사전열람 후 추가의견> 처분청은, 청구법인이 결재통화인 미화(달러)의 폭등으로 인한 환차손 증가, 국내 화물운송회사의 파업 등으로 부도폐업 되었으며 2008.11.30 경에 재고 잔량을 전부 처분하였다고 주장하나 이를 입증할 수 있는 관련 증빙서류의 제출이 없다고 하나, 2008.6월 화물연대가 집단 운송거부를 하고 2개월간에 걸친 파업을 하여 심각한 물류대란이 발생하였음은 역사적 사건이며, 청구법인이 수입한 철근 값의 하락과 물류대란 등으로 사업을 접게 되어 재고를 처분한 시기인 2008.11.월중 매출내용을 기록한 매출장을 이의 신청당시 제출한바 있으나, 처분청은 이에 대한 판단을 한 바 없고, 위 매출장을 심사청구서에 첨부하였으며, 청구법인은 위 매출내역에 대하여 세금계산서를 교부하고 해당기간의 부가가치세 신고를 마친바 있으므로 관계증빙서류의 제출이 없다는 내용에 대해서는 재조사하여 주시기 바란다.

• 가. 청구법인의 매출거래처 갑은 2001.03.05. 개업하여 철강 도매업을 영위하다가 2007.09.30. 직권 폐업된 업체로 해당거래에 대해 동 업체의 자료상 조사결과 가공매출혐의자료로 파생되어 거래질서정상화조사로 전환되었으며, 조사기간(2011.08.18～2011.10.21)중 청구법인 대표이사 성ㅇㅇ 주소지로 출서요구서를 발송하였으나 폐문부재의 사유로 반송되었으며 연락이 두절된 상태로 직접조사가 불가능하여 매출․매입거래처에 거래사실 해명안내문을 발송하여 검토하였다.
• 나. 청구법인은 갑과의 거래가 실거래라고 주장하며 제출한 근거 중 하나인 ㅇㅇ물류와의 제품발주서와 출고지시서를 살펴보면 일반적으로 상품운송용역의 완료시 수령하는 품목, 수량, 운송차량번호, 운전기사 및 인수자의 성명 등이 기재된 인수증이 있어야 함에도 불구하고, 청구법인은 임의작성이 가능한 출고지시서와 거래처의 제품발주서만을 제출하고 있어 실제로 철근이 청구외법인 갑에 납품되었는지 여부를 확인할 수 없으며, 또한 청구외법인의 운송용역을 담당한 ㅇㅇ물류에 거래사실을 요청하여 확인한 결과 동기간 중 갑으로 물품을 운송한 내역도 없어 실제거래로 인정할 수 없으며 가공거래 확정한 당초처분결정은 적정하다. 또한 갑과의 물품대금결제와 관련하여 처분청이 청구법인과 대표이사 성ㅇㅇ에 대한 금융조사를 실시한 결과 갑과의 해당거래금액(7.92억원)에 해당하는 통장거래내역이 확인되지 않았으며, 청구법인이 거래금액의 일부를 받았다고 주장하며 제출한 ㅇㅇ은행계좌 4.23일 입금거래내역(3억원)은 입금자 및 거래내용이 공란으로 되어있어 자금출처가 불명확하며, 타매출처에 요청했던 거래사실확인서에서 확인된 일반적인 거래형태(일반적으로 철근이 거래처에 입고되고 나면 현금으로 2～3일 후 대금이 지급됨)와 달라 제출된 3억원의 거래내역이 해당거래대금의 일부라고 판단하기 어렵다.
• 다. 임의폐업으로 2008.12.31 직권폐업처리 된 청구법인은 2008.11월 재고잔량을 전부 처분하고 정상적으로 부가가치세를 신고하였다고 주장하며 제출한 영업일계표를 살펴보면 결재선이 모두 생략되고 사장(대표이사)이 결재한 것으로 되어있고 거래내역을 증빙할 수 있는 금융증빙서류가 없어 그 주장을 신뢰하기 어려우며, 청구법인은 2008년 사업실적에 대하여 위와 같이 신뢰할 수 없는 일계표를 기초로 2008년 귀속 법인세신고를 2012.03.02 기한 후 신고한 후 실지조사를 주장하고 있으나 회사가 폐업되어 사업장이 사라진 지 3년 이상 경과하여 실지조사가 어려우며 신고서의 기초자료인 장부가 의도적으로 청구법인이 원하는 결과를 도출하기 위하여 가공되었을 가능성도 배제할 수 없는 등 신고서의 신뢰성이 결여된다. 또한, 2008년 해당법인이 주장하고 있는 것처럼 폐업 후에도 영업당시 관련 장부를 계속 보유하고 있었다면 지난 3년이라는 시간동안 기한 후 신고를 할 수 있었던 충분한 시간이 있었음에도 불구하고 처분청의 조사가 종결되고 부과처분이 이루어진 뒤에야 뒤늦게 기한 후 신고를 한 청구법인의 신고행위는 국세기본법 제45조 3【기한후 신고】에 해당되지 않아 신고의 효력이 인정되지 않고, 신고내용을 신뢰할 수 없다고 판단되어 부가가치세법 제21조 제2항 및 같은 법 시행령69조 제1항 규정에 따라 수입금액(환산매출액)을 환산한 처분청의 당초부과처분은 정당하며, 아울러 처분청이 조세범처벌법위반혐의로 고발한 대표자 성ㅇㅇ에 대해 검찰측이 2012.02.28일 결정한 무혐의처분은 조세범처벌법 상 자료상행위자에 대한 형사처벌근거가 불충분하여 불기소 결정하겠다는 의미일 뿐 위 과세쟁점에 대한 당초처분이 부당하다는 의미가 아니다.

• 가. 쟁점

① 2007년 제1기 과세기간 중의 쟁점거래처 매출거래가 가공인지 여부

② 처분청이 청구법인의 2008년 제2기 부가가치세 및 2008 사업연도 법인세 과세표준을 추계 결정한 것이 타당한지 여부

• 나. 관련법령 등 1) 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득․수익․재산․행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다. 2) 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치 세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

4. 제1호부터 제3호까지 외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때

② 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서·장부 기타의 증빙을 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계할 수 있다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 세금계산서·장부 기타의 증빙이 없거나 그 중요한 부분이 미비인 때

2. 세금계산서·장부 기타의 증빙의 내용이 시설규모·종업원수와 원자재·상품·제품 또는 각종 요금의 시가에 비추어 허위임이 명백한 때

3. 세금계산서·장부 기타의 증빙의 내용이 원자재사용량·동력사용량·기타의 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 때

③ 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1 항과 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급 세액에 오류 또는 탈루가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다. 3) 부가가치세법시행령 제69조 【추계결정 및 경정방법】

① 법 제21조 제2항 단서에 규정하는 추계는 다음 각호에 규정하는 방법에 의한다.

1. 기장이 정당하다고 인정되고 신고가 성실하여 법 제21조 제1항 규정에 의한 경정을 받지 아니한 동일업황의 다른 동업자와의 권형에 의하여 계산하는 방법

4. 국세청장이 사업의 종류별․지역별로 정한 다음의 기준중의 하나에 의하여 계산하는 방법

• 가. 생산에 투입되는 원․부재료 중에서 일부 또는 전체의 수량과 생산량과의 관계를 정한 원단위투입량
• 나. 인건비․임차료․재료비․수도광열비 기타 영업비용중에서 일부 또는 전체의 비용과 매출액의 관계를 정한 비용관계비율
• 다. 일정기간동안의 평균재고금액과 매출액 또는 매출원가와의 관계를 정한 상품회전율
• 라. 일정기간동안의 매출액과 매출총이익의 비율을 정한 매매총이익률
• 마. 일정기간동안의 매출액과 부가가치액의 비율을 정한 부가가치율

5. 추계결정․경정대상사업자에 대하여 제2호 내지 제4호의 비율을 산정할 수 있는 경우에는 이를 적용하여 계산하는 방법 4) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 결정할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다. 5) 법인세법시행령 제104조 【추계결정 및 경정】

① 법 제66조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재·상품·제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량·전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제66조 제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각호의 어느 하나의 방법에 따른다.

1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.

• 가. 매입비용(사업용고정자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액
• 나. 대표자 및 임원 또는 사용인의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액
• 다. 사업수입금액에소득세법시행령제145조 규정에 의한 기준경비율(이하 기준경비율󰡓이라 한다)을 곱하여 계산한 금액 3.조세특례제한법제7조 제1항 제2호 가목에 따른 소기업이 폐업한 때(조세탈루 혐의가 있다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우에는 제외한다)에는 수입금액에소득세법시행령제145조에 따른 단순경비율과 직전 사업연도의 소득률 중 작은 비율을 곱하여 계산한 금액을 과세표준으로 하여 결정 또는 경정하는 방법
• 다. 사실관계

1. 이 사건 쟁점관련 청구법인에 대한 이의신청 결정서에 따르면 다음의 내용이 확인된다.

• 가) 청구법인은 도매 무역업(철근 및 고철)을 영위하다가 영업부진으로 인한 부도폐업으로 2008.12.31 직권폐업 되었으며, 2007.1기 과세기간 중 매출처인 청구외법인 (주)ㅇㅇㅇ에 3차례에 걸쳐 쟁점거래금액의 철근을 공급하고 매출세금계산서 3매를 교부하였음이 청구법인이 제출한 세금계산서에 의하여 확인되고 있음.
• 나) 거래처인 청구외법인 (주)ㅇㅇㅇ는 철강 도매업을 영위하다가 2007.09.30 직권폐업된 법인으로 ㅇㅇ세무서에서 청구외법인 (주)ㅇㅇㅇ의 자료상 혐의에 대한 조사결과 청구법인과 거래한 쟁점거래금액은 실물거래 없이 세금계산서만 수취하여 부당하게 매입세액공제한 가공자료로 확정하고 처분청에 과세자료를 파생하였음.
• 다) 처분청은 ㅇㅇ세무서로 부터 수보한 가공혐의 자료를 근거로 청구법인에 대하여 자료상과의 거래 등 세금계산서 수수질서문란 혐의 관련 거래질서관련조사를 실시하였음이 조사종결보고서에 의하여 확인되고 있으며 그 내용은 아래와 같음

□ 조사대상기간: 2007.01.01 ～ 2007.06.30

□ 조 사 기 간: 2011.08.18 ～ 2011.10.21

□ 조사내용

○ 청구법인의 대표이사 성ㅇㅇ의 주소지로 출서요구서 발송하였으나 폐문부재의 사유로 반송되었으며 조사일 현재까지 연락두절 상태

○ 청구법인 및 대표이사 성ㅇㅇ에 대한 금융조사 결과 거래금액이 고액임에도 청구외법인 (주)ㅇㅇㅇ와의 입․출금 내역이 없을 뿐만 아니라, 운송회사인 청구외법인 ㅇㅇ물류(주)의 거래명세서에 의하면 매출처인 청구외법인 (주)ㅇㅇㅇ에 철근 등을 납품한 사실이 확인되지 아니하여 가공거래로 확정

○ 조사대상기간 이외에 청구법인의 부도로 인한 임의폐업으로 2008년 폐업시 잔존재화와 관련하여 처분청은 기말재고액을 매매총이익율에 의하여 환산매출액과 잔존재화과세표준을 계산하였음이 보충조서에 의하여 확인되고있음

○ 처분청은 청구법인의 임의폐업으로 2008.12.31자 직권폐업 처리하였으며 폐업사업연도에 대한 법인세 무신고 및 증빙서류의 미비로 수입금액(환산매출액)을 기준으로 2008귀속 법인세를 추계결정

• 라) 청구법인은 2007.1기 과세기간 중 매출처인 청구외법인 (주)ㅇㅇㅇ에 철근 1,500톤을 실제 납품하였다고 주장하면서 매출세금계산서, 거래명세표, 제품발주서를 제출하고 있으며 그 거래내역은 아래와 같다. 거래일자 품 목 수 량 공급가액(원) 비 고 2007.04.16 철근 13㎜ 외 251,837,320 2007.04.17 철근 13㎜ 외 347,178,104 2007.04.18 철근 16㎜ 121,867,200 합 계 720,882,624
• 마) 청구법인은 철근 등을 운송회사인 청구외법인 ㅇㅇ물류(주)을 통해서 거래처로 납품하였으며, 쟁점거래금액에 상당하는 철근을 출고지시 하여 청구외법인 (주)ㅇㅇㅇ에 실제 납품하고 운송비를 지급하였다고 주장하면서 청구법인의 출고지시서와 청구외법인 ㅇㅇ물류(주)의 운송비 내역서를 제출하였다.
• 바) 청구법인은 결재통화인 미화(달러)의 폭등으로 인한 환차손 증가, 국내 화물운송회사의 파업 등으로 부도폐업 되었으며 2008.11.30 경에 재고 잔량을 전부 처분하였다고 주장하나 이를 입증할 수 있는 관련 증빙서류의 제출이 없다.
• 사) 청구법인은 갑작스런 부도폐업으로 인하여 2008사업연도 법인결산 및 법인세과세표준 및 세액신고를 이행하지 못하였으나 일계표에 의하여 거래처에 대한 매출사실을 기록 관리하고 있었으며, 폐업일 이전까지의 기장내용 및 증빙서류를 기초로 결산서 및 재무제표를 작성하였으므로 처분청은 관계되는 증거자료에 의하여 실지조사 해야 한다고 주장하면서 2008사업연도 법인세 기한후신고서 및 결산서 사본을 제출하였다.
• 아) 청구법인의 이의신청에 대하여 2012.03.02 심리자료 사전열람을 안내한 결과 2012.03.08 의견진술신청서 및 추가의견서를 제출하였으며 그 내용은 다음과 같다.

○ 청구법인은 2007.1기 과세기간 중 거래처인 청구외법인 (주)ㅇㅇㅇ에 대한 매출액 금 792,970,866원(공급대가)에 대하여 2007.04.23. 금 3억원을 온라인으로 송금을 받고 나머지 잔액은 약속어음으로 받았으나 어음부도로 인하여 회수하지 못하였다면서 그 증빙서류로 ㅇㅇ은행 통장사본, 약속어음 사본 2매, 거래처 원장 사본 등을 추가 제출하였다.

○ 처분청이 청구법인을 자료상 혐의가 있다하여 조세범처벌법 위반으로 고발하였으나 ○○지방검찰청 ◎◎지청에서 청구법인의 대표이사 성ㅇㅇ에 대하여 증거불충분으로 인한 무혐의 처분을 하였다고 하면서 피의사건 처분결과 통지서 사본을 제출하였다.

2. 청구법인은 청구법인에서 실제로 작성하여 보관하고 있다는 발주서철과 일계표철, 재고관련수불부 등의 원본을 당심에 제시하였고, 받을어음기입장 사본을 제출하였는바, 2007.4.30. 갑으로부터 약속어음 2매 받은 것으로 나타난다.

3. 청구법인은 쟁점거래금액 관련하여 2007.8월 작성된 고소장 사본과 인천지방검찰청의 ‘고소․고발사건처분결과통지’를 제출하였는바, 고소장에는 쟁점거래금액과 관련하여 청구법인이 갑 임원 등을 인천지방검찰청에 사기죄로 고소한 내용이 나타나고, 동 통지서상의 2007.11.13.자 처분결과에는 피의자들의 소재불명으로 “참고인중지”가 된 것으로 나타나며, 추가로 2012.6.25. 자 ‘사건처분결 과증명서’를 제출하였는바, 처분결과는 “기소중지” 또는 “참고인중지”로 나타난다.

4. 청구법인은 청구법인의 사업용계좌로 사용하고 있다며 2006.1.26.개설된 ㅇㅇ은행 기업자유 예금통장을 제시하였는바, 일자별 금융거래내역이 나오고, 2007.4.23. “당좌약어” 300백만원이 동 계좌로 입금된 내용이 나타난다.

5. 청구법인은 쟁점거래금액 중 3억원을 당좌수표로 받았다는 증빙자료로 당좌수표(마가0) 사본과 수신기간별 거래내역을 제출하였는바, 당좌수표의 발행자는 갑이고 지급받을 자는 청구법인으로 되어있으며, “ㅇㅇ은행ㅇㅇ지점”의 횡선방이 찍혀있고 동 금액이 2007.4.23. 청구법인의 ㅇㅇ은행계좌로 입금된 것으로 나타난다.

6. 청구법인은 사전열람후 2008.6월 화물연대가 집단운송거부를 하고 파업을 하여 심각한 물류대란이 발생하였다는 증빙자료로 2008.6.10.자 중앙일보 보도자료 및 2012.6.26.자 ㅇㅇ일보 보도자료를 제출하였다.

• 라. 판단

1. 쟁점①에 대한 판단 처분청은 청구법인의 철근을 운송한 ㅇㅇ 물류의 운송내역서에 갑에 물품을 운송한 내역이 없고, 청구법인 등에 대한 금융조사를 실시한 결과 쟁점거래금액의 거래사실을 인정할 수 없다는 의견이나, 청구법인이 갑에게 발행한 세금계산서 공급대가인 792,970,886원은 청구법인이 2007.4.23.자 송금받은 3억원과 2007.4.30. 약속어음으로 받았다는 499,132,886원을 합한 799,132,886원과 금액이 거의 일치하며, 청구법인이 제출한 3억원 당좌수표 사본과 청구법인 계좌의 수신기간별 거래내역 에 따르면, 동 수표 발행자는 갑이고 지급받을 자는 청구법인으로 되어있고, “ㅇㅇ은행ㅇㅇ타운지점”의 횡선방이 찍혀있으며, 동 금액이 2007.4.23. 청구법인의 ㅇㅇ은행계좌로 입금된 것으로 나타나며, 위 약속어음의 지급받을 자가 청구법인으로 되어 있고, 청구법인의 거래처원장 및 분개장에 갑의 외상매출금이 2007.4.23. 3억원, 2007.4.30. 492,970,886원이 감소된 것으로 나타나고, 잡이익으로 6,162,000원이 계상되어 있으며, 청구법인이 제출한 고소장에 따르면, 쟁점거래금액 중 당좌수표로 받은 3억원은 회수하였으나 약속어음으로 받은 499,132,886원은 갑의 부도로 지급이 거절되어, 2007.8월 갑 임원 등을 ㅇㅇ지방검찰청에 사기죄로 고소한 사실이 나타나고, 동 검찰청의 ‘고소․고발사건처분결과통지’ 및 ‘사건처분결과증명서’에 피의자들이 소재불명으로 “참고인중지” 또는 “기소중지”된 것으로 나타나는바, 쟁점 거래금액을 실제거래 하였다는 청구법인의 주장은 설득력이 높은 것으로 보인다. 다만, 일반적으로 상품운송용역의 완료시 수령하는 품목, 수량, 운송차량번호, 운전기사 및 인수자의 성명 등이 기재된 인수증이 있어야 함에도 청구법인은 임의작성이 가능한 출고지시서와 거래처의 제품발주서만을 제출하고 있어 실제로 철근이 갑에 납품되었는지 여부가 불분명하며, 청구법인이 제출한 일계표를 보면 상무, 부사장의 결재선이 생략되고 사장만 결재한 것으로 되어있는 바, 관련서류의 진위여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 부가가치세 및 법인세의 과세표준과 세액을 계산, 경정하는 것이 타당할 것으로 판단된다.

2. 쟁점②에 대한 판단 처분청은, 청구법인이 보관중인 신뢰할 수 없는 일계표 등을 근거로 실지조사를 요청한 것이 부당하다는 의견이나, 청구법인은 비록 2008 사업연도 법인세 신고는 하지 않았지만, 2008년 제1기 및 제2기 부가가치세에 대해서는 신고기한 내에 신고하고 세금계산서합계표 등 관련서류를 제출하였으며, 청구법인에서 실제로 작성하여 보관하고 있다는 발주서철과 일계표철, 재고관련수불부 등의 원본을 당심에 제시하였고, 매출장, 매입장, 받을어음 기입장 사본과 쟁점거래 관련하여 수취한 당좌수표와 약속어음 사본을 제출하였으며, 아울러 청구법인이 사업용 계좌로 사용한 예금계좌 등이 확인 되고 있는바, 처분청의 의견은 설득력이 약한 것으로 보인다. 또한 사업소득에 대한 총수입금액을 추계조사 결정한 경우에도 비치ㆍ기장된 장부 및 증빙서류에 의하여 필요경비를 계산할 수 있는 경우에는 그 장부 등에 의하여 소득금액을 계산하는 것(소득46011-21385, 2000.11.30, 서면인터넷방문상담1팀-612, 2004.04.29. 같은 뜻)인바, 위 사실관계를 종합해 볼 때, 청구법인이 보관하고 있는 장부 및 관계증빙서류를 재조사하여 그 결과에 따라 부가가치세 및 법인세의 과세표준과 세액을 계산, 경정하는 것이 타당할 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국 세기본법 제65조 제1항 제3호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.