비영리법인의 자산양도소득에 대해 경정청구

○○세무서장이 2011.12.14. 청구법인에게 통지한 2009 사업연도 법인세 경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소합니다.

• 가. 청구법인은 법인세법 제62조 의 2(비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례)규정에 따라 2010.1.15. 처분청에 자산양도소득에 따른 2009사업연도 귀속 법인세 249,883,120원을 신고 납부하였다. 그런데 청구법인은 법인세법 제60조 (과세표준 등의 신고)의 규정에 따라 2011.12.1. 2009사업연도 법인세 산출액 232,245,000원으로 경정하여, 결정할 법인세액에서 기신고납부한 법인세액을 차감한 17,638,120원을 환급하여 달라는 취지로 과세표준 및 세액의 경정청구서를 제출하였다.
• 나. 처분청은 2011.12.14. 법인세법 시행령 제99조 의 2 제5항에 따라 사업연도종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내인 2010.3.31.까지 일반적인 법인세 신고방법으로 과세표준을 신고하지 아니하였으므로 국세기본법 제45조 의 2에 규정된 경정청구의 대상이 아니라고 하여 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.12.30. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. (법인세법 제62조 의 2 과세특례규정에 따라 법인세 자진신고납부하였음) 청구법인이 교회 신도들의 공동묘지 또는 농지로 사용하던 ○○도 ○○시 ○○동 298-1 임야 830㎡, 298-2 전 4,659㎡, 298-3 임야 2,769㎡(이하 위 3필지를 “쟁점토지”라 한다)가 2009.11.20. 청구외 ○○공사에 모두 수용되었다. 청구법인은 쟁점토지의 양도소득에 대해 신고하면서 법인세법 제60조 규정에 따른 과세표준 신고가 아닌 법인세법 제62조 의 2의 특례규정에 따라 법인세를 예정신고하면서 착오로 신고서식을 소득세법 규정의 양도소득 과세표준신고 및 자진납부계산서 양식에 의하여 2010.1.15. 법인세 249,883,120원을 신고 납부하였다. 청구법인은 법인세법 제62조 의 2의 특례규정이 유리한 것으로 착각하여 특례규정으로 신고하였으나, 법인세법 제60조 에 따라 신고하는 것이 세액이 더 낮아 유리하다는 것을 나중에 알게 되었다.
• 나. (법인세법 시행령 제99조의2 제5항 은 비영리내국법인의 자산양도소득에 대해 법인세법 제60조 또는 제62조의2 중 선택하여 신고할 수 있도록 한 규정임) 위 규정은 비영리내국법인이 법인세법 제62조 의 2 제7항 규정에 의하여 양도소득 과세표준 예정신고 및 자진납부를 한 경우에도 법인세법 제60조 제1항 의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 할 수 있고, 이 경우 예정신고납부세액은 납부할 세액에서 공제할 수 있다는 선택권을 부여한 규정이다. 세법상 여러 가지의 과세표준신고와 세액산출 방법을 선택할 수 있도록 정해 놓은 경우에 있어 신고를 당초 어떠한 방법으로 하였든지 그 선택한 신고방법이 다른 방법을 선택하여 신고하였을 경우보다 결과적으로 불리하게 된 경우 경정청구기간 내에 납세자가 유리한 방법을 선택하여 적용한 세액으로 경정청구를 가능하도록 하고 있다(조세정책과-2. 2011. 1. 3., 조심2008중3709, 2009. 2. 27., 대법원2007두22726, 2008. 3. 27.).
• 다. (예정신고를 한 이상 별도의 확정신고는 필요 없음) 소득세법 제110조 제4항 에 의한 양도소득 예정신고와 마찬가지로 법인세법 제62조 의 2에 따라 자산양도소득 예정신고를 한 경우 법인세 과세표준 신고를 한 것으로 본다(법인세법 제62조의2 제8항).
• 라. (이자소득과 달리 자산양도소득에 대해 경정청구 금지규정 없음) 또한, 법인세법 시행령 제99조 제2항 에 의하면 법인세법 제62조 (비영리내국법인의 과세표준신고 특례)의 규정에 의하여 법인세법 제60조 제1항 의 규정에 의한 과세표준 신고를 하지 아니한 원천징수된 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다고 명시하고 있으나, 법인세법 제62조 의 2(비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례) 규정과 관련하여 수정신고나 경정청구를 할 수 없다는 규정을 별도로 두고 있지 않다. 따라서 법인세 신고 법정기한 경과후 3년 이내인 2011.12.1. 법인세법 제60조 에 따라 17,638,120원을 환급하여 달라는 경정청구를 하는 것은 청구법인의 당연한 권리이다.

(법인세법 제62조 의 2 과세특례규정에 따라 법인세 자진신고납부한 후 법정신고기한 경과한 경우 법인세법 제60조 에 따른 방법으로 경정청구를 하는 것은 불가함)

• 가. 청구법인의 요구대로 소득세법에 따라 양도소득세 과세표준을 계산하여 신고한 것을 법인세법 제62조의2 특례규정에 따른 ‘비영리내국법인의 양도소득 과세표준 예정신고’를 한 것으로 볼 수 있으나, 이는 청구법인이 법인세법 제60조 의 규정에 의한 일반적인 법인세 신고방법이 아닌 동법 특례규정에 의한 신고방법을 선택하였음을 전제로 한다.
• 나. 만약 청구법인이 선택하여 신고한 특례규정에 따른 납부세액이 일반적인 법인세 신고방법에 의한 세액보다 커서 불리하다면 법인세법 시행령 제99조 의 2 제5항에 따라 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내인 2010.3.31.까지 일반적인 법인세 신고방법으로 과세표준을 신고할 수 있고, 이 경우 예정신고납부세액은 기납부세액으로 공제할 수 있다.
• 다. 국세기본법 제45조의2 (경정 등의 청구)에 따르면 “과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자”는 경정청구를 할 수 있다고 규정되어 있고, 법인세법 제66조 에 “세무서장은 내국법인이 법인세를 신고하지 않은 경우 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정해야 하며, 내국법인의 신고내역에 누락, 오류 등이 있을 때에 경정한다.”라고 규정되어 있다. 따라서, 청구법인이 2010.1.15. 법인세 과세특례규정을 선택하여 법인세 자진신고납부한 후 법정신고기한 내에 법인세법 시행령 제99조 의 2 제5항에 따라 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내인 2010.3.31.까지 일반적인 법인세 신고방법으로 신고할 수 있었음에도 신고하지 않고 나중에 일반적인 법인세 신고방법으로 경정하여 줄 것을 청구하는 것은 경정청구의 대상이 아니므로 경정청구를 거부한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 비영리내국법인의 자산양도소득에 대해 법인세법 제62조 의 2 과세특례규정에 따라 법인세 예정신고납부 후 법인세법 제60조 에 따른 방법으로 경정청구하는 것이 가능한지 여부
• 나. 관련법령 1) 법인세법 제60조 【과세표준 등의 신고】

① 납세의무있는 내국법인은 각 사업년도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서는 그 신고서에 다음 각호의 서류를 첨부하여야 한다.

1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 대차대조표ㆍ손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서)

2. 대통령령이 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 "세무조정계산서"라 한다)

③ 제1항의 규정은 내국법인으로서 각 사업년도의 소득금액이 없거나 결손금이 있는 법인의 경우에도 이를 적용한다.

④ 내국법인이 합병 또는 분할로 해산하는 경우에 제1항에 따른 신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.

1. 합병등기일 또는 분할등기일 현재의 피합병법인등의 대차대조표와 합병법인등이 그 합병 또는 분할에 의하여 승계한 자산 및 부채의 명세서

2. 그 밖에 대통령령으로 정하는 서류

⑤ 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서 그 신고서에 제2항제1호 및 제2호의 서류를 첨부하지 아니한 경우에는 이를 이 법에 의한 신고로 보지 아니한다. 다만, 제3조제3항제1호 및 제7호에 따른 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인은 그러하지 아니하다. 2) 법인세법 시행령 제97조 【과세표준의 신고】

① 법 제60조제1항 및 제2항의 규정에 의한 신고를 함에 있어서 그 신고서에는 법 제112조의 규정에 의한 기장에 따라 법 제14조 내지 제54조의 규정에 의하여 계산한 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액(법 제55조의2의 규정에 의한 토지등양도소득에 대한 법인세를 포함한다) 기타 필요한 사항을 기재하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 신고서는 기획재정부령이 정하는 법인세 과세표준 및 세액신고서로 한다.

③ 법 제60조제2항제2호의 규정에 의한 세무조정계산서는 기획재정부령이 정하는 법인세 과세표준 및 세액조정계산서로 한다. 3) 법인세법 제62조 의 2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】

① 비영리내국법인(제3조제3항제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조제3항제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.

1. 소득세법 제94조제1항제3호 의 규정에 해당하는 주식 또는 출자지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

3. 소득세법 제94조제1항제2호 및 제4호의 자산

② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.

③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 소득세법 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 "양도가액"이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 소득세법 제95조제2항 및 동법 제103조에 규정하는 금액을 공제하여 계산한다.

④ 소득세법 제96조 ㆍ동법 제97조ㆍ동법 제98조 및 동법 제100조의 규정은 제3항의 규정에 의한 양도가액ㆍ필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여 이를 준용한다. 다만, 상속세 및 증여세법에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연받은 비영리내국법인이 대통령령이 정하는 자산을 양도하는 경우에 있어서는 당해 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 국세기본법 제13조제2항 의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다.

⑤ 소득세법 제101조 및 동법 제102조의 규정은 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여 이를 준용하고, 동법 제93조의 규정은 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여 이를 준용한다.

⑥ 제2항의 규정에 의한 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제76조제1항의 규정을 준용한다.

⑦ 제2항의 규정에 의하여 계산한 법인세는 소득세법 제105조 부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 소득세법 제112조 및 동법 제112조의2의 규정은 이를 준용한다.

⑧ 비영리내국법인이 제7항의 규정에 의한 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 소득세법 제110조제4항 단서의 규정에 해당하는 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다.

⑨ 제1항 내지 제8항에 규정하는 자산양도소득에 대한 특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 4) 법인세법 시행령 제99조의2 【비영리내국법인의 자산양도소득 과세특례】

② 법 제62조의2제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도소득에 대한 과세특례는 동조제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 이를 적용한다. 이 경우 각 사업연도 단위별로 이를 적용하지 아니한 때에는 당해 사업연도의 양도소득에 대하여는 법 제62조의2의 규정을 적용하지 아니한다.

⑤ 비영리내국법인이 법 제62조의2제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 한 경우에도 법 제60조제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 할 수 있다. 이 경우 예정신고납부세액은 법 제64조의 규정에 의한 납부할 세액에서 이를 공제한다.

⑥ 법 제62조의2제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 하는 경우에는 기획재정부령이 정하는 양도소득과세표준예정신고서를 제출하여야 한다. 5) 법인세법 제62조 【비영리내국법인의 과세표준신고 특례】

① 비영리내국법인은 제3조제3항제2호의 규정에 따른 이자ㆍ할인액 및 이익(소득세법 제16조제1항제11호 의 비영업대금의 이익을 제외하고, 투자신탁의 이익을 포함하며, 이하 이 조에서 "이자소득"이라 한다)으로서 제73조의 규정에 따라 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조제1항에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조의 규정에 따른 각 사업년도의 소득금액 계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의한 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고와 징수에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 6) 법인세법 시행령 제99조 【비영리내국법인의 과세표준신고의 특례】

① 법 제62조제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다.

② 법 제62조제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고, 기한 후 신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다. 7) 국세기본법 제45조 의 2 【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. 8) 소득세법 제110조 【양도소득과세표준 확정신고】

① 해당 과세기간의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조제1항제1호 단서에 해당하는 경우에는 토지거래계약에 관한 허가일이 속하는 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항은 해당 과세기간의 과세표준이 없거나 결손금액이 있는 경우에도 적용한다.

③ 제1항에 따른 양도소득 과세표준의 신고를 확정신고라 한다.

④ 예정신고를 한 자는 제1항에도 불구하고 해당 소득에 대한 확정신고를 하지 아니할 수 있다. 다만, 해당 과세기간에 누진세율 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우 등으로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

• 다. 사실관계

1. 청구법인과 처분청 사이에 다음 사실에 대하여 다툼이 없다.

• 가) 청구법인은 ○○ 소속 교회로서 비영리내국법인이다.
• 나) 신도들의 공동묘지 또는 농지로 사용하던 쟁점토지가 2009.11.20. 청구외 ○○공사에 모두 수용되었다.
• 다) 청구법인은 쟁점토지의 양도소득에 대해 신고하면서 법인세법 제60조 규정에 따른 과세표준 신고가 아닌 법인세법 제62조 의 2의 특례규정에 따라 법인세를 예정신고(확정신고는 하지 않았음)하면서 신고서식을 소득세법 규정의 양도소득 과세표준신고 및 자진납부계산서 양식에 의하여 2010.1.15. 249,883,120원을 신고납부를 하였는바, 법인세법 제62조 의 2의 특례규정에 따라 법인세를 예정신고한 것으로 볼 수 있다. 라) 청구법인은 법인세 신고 법정기한 경과후 3년 이내인 2011.12.1. 법인세법 제60조 에 따라 17,638,120원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.
• 라. 판 단 청구법인은 쟁점토지를 양도하면서 법인세법 제62조 의 2 과세특례규정에 따라 법인세를 예정신고납부하였으나, 법인세법 제60조 에 따라 신고하는 경우 세액이 낮다는 것을 알고 경정청구를 하였으나 처분청이 이를 거부하였는바, 이는 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. 사업소득이 없는 비영리법인의 경우 자산양도소득에 대하여 법인세법 제60조 의 규정에 의한 각 사업연도 소득에 대한 법인세로 신고납부하는 방법과 법인세법 제62조 의 2 과세특례규정을 적용하여 소득세법의 규정에 의한 양도소득세 상당액을 법인세로 납부하는 방법을 선택하여 적용받을 수 있고(법인세법 집행기준 62의 2-99의2-1), 개인이 토지의 양도차익을 신고하는 경우에 있어서도 관련법령을 잘못 알고 기준시가 대신 실지거래가액으로 신고하였다면 기준시가를 기준으로 경정청구하는 것을 허용하고 있으며(조심2008중3709, 2009.2.27. 같은 뜻임), 비영리내국법인에 대한 자산양도소득에 대한 과세특례 규정을 적용함에 있어 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 법인세 과세표준을 신고한 것으로 보는 것(법인세법 제62조 의 2 제8항)인바, 살피건대, 위 사실관계 및 관계법령 등에 의하면 청구법인은 비영리내국법인으로서 쟁점토지가 2009.11.20. 수용되자 법인세법 제62조 의 2의 특례규정에 따라 2010.1.15. 법인세 249,883,120원을 예정신고납부하였는바, 확정신고가 비록 없더라도 법인세 과세표준을 신고한 것으로 보는 점, 비영리내국법인의 자산양도에 대해 법인세법 규정에 따라 법인세법 제60조 또는 제62조의 2 과세특례규정을 선택하여 신고할 수 있는 점, 청구법인은 세액을 낮추기 위해 법인세법 제60조 를 적용하여 달라고 경정청구기간 3년 이내인 2011.12.1. 경정청구를 한 점, 처분청은 비영리내국법인의 이자소득에 대한 신고방법의 변경은 경정청구의 대상이 아니라는 심판례를 근거로 자산양도소득 신고방법의 변경도 허용되지 않는다고 하나, 이자소득의 경우 법인세법 제99조 제2항 에 명문으로 경정청구를 하지 못하도록 규정하고 있는 것에 반해 자산양도소득의 경우 이러한 규정을 두고 있지 않는 점 등을 종합하여 고려하면, 청구법인의 쟁점토지 양도에 대한 법인세 경정청구는 타당하다. 따라서, 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 당초 처분을 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.