청구외법인에 대한 설계용역에 대하여 수입금액 조정내역을 부인한 처분의 당부

• 가. 청구법인은 2003.

12. 5.부터 건축설계서비스업을 영위하고 있는 법인으로 2007∼2009 사업연도 법인세를 자신신고 납부하였다.

• 나. 처분청은 2011.

16. ～

6.

14. 기간 동안 청구법인에 대한 2008사업연도 법인세정기조사를 실시한 후, 청구법인이 2007사업연도(이하 “쟁점사업연도”라 한다) 법인세신고 시 청구외 주식회사 00건설(이하 “청구외법인”라 한다)에 대한 설계용역매출에 대한 수익인식시기를 임의로 조정하였으며, 2006년～2010년 사업연도까지 청구외 이00과 손00(이하 “이00”과 “손00”이라 한다)에 대한 인건비를 가공으로 계상하였다며 법인세 285,143,460원을 결정․고지하였다.

• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.

9.

6. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구외법인에 공급한 설계용역매출의 귀속사업연도 청구법인은 청구외법인이 발주하는 아래의 설계①,②,③,④,⑤의 설계용역계약에 응찰하여, 설계①,④에 대하여 우선협상대상자로 선정되어 설계용역 업무를 수행하였다. <표1. 청구외법인에 대한 매출내역> (단위: 천원) 일자 용역명 공급가액 비고 2007.02.07 170,000 설계① 2007.03.08 170,000 2007.05.16 130,000 설계② 2007.10.23 119,325 설계③ 2007.12.03 309,750 설계④ 2007.12.21 189,000 설계⑤ ※ 이하 “설계①~⑤”라 한다 설계②,③,⑤에 대하여는 청구법인이 우선협상대상자로 선정되지 못하여 기본설계 용역의 제공이 2007년도 중에 종료된 것으로 2007사업연도의 수입금액으로 신고하였으며, 설계①과④는 청구법인이 우선협상대상자로 선정되어 기본설계와 실시설계를 하나의 용역으로 제공하였다. 법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 하고, 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다(법인세법 제40조)고 규정되어 있고, 건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입하며, 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다)이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다(법인세법시행령 제69조 참조)고 규정하고 있으며, "기획재정부령으로 정하는 경우"란 법인이 비치·기장한 장부가 없거나 비치·기장한 장부의 내용이 충분하지 아니하여 당해사업연도 종료일까지 실제로 소요된 총공사비누적액 또는 작업시간등을 확인할 수 없는 경우를 말한다(법인세법시행규칙제34조)고 규정하고 있다. 설계①과④의 설계용역 제공 매출로 인한 수입금액은 수급자인 설계법인 등의 작업진행률에 의하여 계산하는 것이며, 그 작업진행률은 수급자 작업진행률을 기준으로 수급자 공사비를 계산하여 총 공사 누적액을 산정하고 여기에 총 공사 예정비를 나누어 작업진행률을 산정하는 것이 타당하다 할 것인 바, 청구법인이 설계①과④의 용역 공급에 대하여는 작업진행률을 계산할 수 없어 설계용역제공이 완료된 시점에 익금 산입하여야 하므로, 설계①호치민 설계납품이 2009.2.2.에 종료되었으므로 손익의 귀속사업연도는 2009사업연도의 수익으로 인식하여야 하며, 설계④ 민간투자시설사업 납품은 2011.8.12.에 종료되었으므로 2011사업연도의 수익으로 인식하여야 한다. 따라서 청구법인의 2007사업연도 수익금액 중 설계①의 340,000천원과 설계④의 309,750천원 합계649,750천원은 익금불산입 유보하여야 한다. 그럼에도 불구하고 처분청은 청구법인이 진행기준으로 수익인식하여 임의로 수익인식시기 조정하여 청구외법인에 대한 설계용역매출중 564,455,200원을 2007사업연도 소득금액 계산 시 익금누락하였다며 이 건 처분을 하였으므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 감사 이00과 직원 손00에게 지급한 급여의 가공여부 처분청은 감사인 이00에게 지급된 급여가 청구법인의 대표인 보00의 계좌에 입금된 사실로 비추어 이00에게 지급된 급여가 가공이라고 주장하나, 이00에게 지급된 급여가 청구법인의 대표인 보00의 계좌에 입금된 것은 이00이 ○○ 00시 00면 00리 12-1 아파트를 2005.11. 29. 취득하면서 보00으로부터 차용한 35,000천원에 대한 변제를 위하여 이00의 급여를 보00의 계좌로 이체한 것이며, 이00이 결혼하여 시부모의 주소지인 ○○ 00에 2005.11.29. 아파트를 매입하여 주민등록을 00의 아파트로 하였으나 사실상 00 △△구에 위치한 00한고시원(naver에서 검색됨)에 입실하여 생활(입실원서에는 남편인 최00의 신상정보를 기재하였음) 하였으며, 남편인 최00 역시 ○○ 00으로 주민등록이 되었으나 근무지는 현재 00 ◎◎구 소재의 주식회사 000이에 근무하고 있는 점을 보면 이보경의 주소지가 ○○ 00이지만 청구법인의 감사로서의 업무는 성실히 수행한 사실을 알 수 있다. 손00이 근무시간 중에 주소지 부근에서 체크 카드를 사용한 것은 예외적이고 일시적인 것이며 상시 사용한 것이 아니며, 손00은 보00의 배우자로서 청구법인의 자금 관리 등을 총괄하였다. 근무시간 중에 가사 일을 하기 위하여 별도로 휴가 처리를 하지 않았지만 가사 일을 하면서도 배우자인 보00과 같이 청구 법인의 창립시부터 현재까지 청구법인의 자금관리 업무 등을 하고 있다. 청구외 안00는 청구법인에 2008.10.1.부터 2009.5.31.까지 근무하였던 직원으로 청구법인의 업무를 정확히 파악하지 못하였을 뿐만 아니라, 세무조사관의 질문내용을 정확히 인지하지 못하고 확인서의 내용을 청구외 안00가 이00 및 손00과 같은 업무를 하지 아니하였다는 내용으로 착각하여 확인하였을 뿐이며, 청구외 안00는 일반관리 신규직원으로 안00가 청구법인에 근무할 당시에 청구법인은 00 ◎◎◎구 00동 **-* 소재 000빌딩의 3층과 12층으로 사무실이 나누어져 있었고 안00와 일반 직원들은 3층에서 업무를 하고 임원들과 감사의 업무는 12층에서 행하여졌으므로 안00와 같이 일시적으로 근무한 직원은 임원들의 근무에 대하여 알 수가 없었다. 따라서 회사에서 근무태도 등으로 강제 퇴직한 안00의 확인만을 근거로 이00과 손00이 청구법인에 근무하지 아니하였다고 할 수는 없다. 오히려 아래와 같은 사유로 이00과 손00은 청구법인의 임직원으로 근무하였다는 사실이 인정된다. 첫째, 청구법인에 대한 상업등기부 등본에 의하면, 감사 이00은 2005.2.13. 부터2009. 3. 26.일 까지 청구법인의 감사로 재직하였고, 손00은 2005.12.1.부터 2007. 9.14.일까지 청구법인의 이사로 재직하였음이 등기부등본에 의하여 확인되고, 둘째로, 00공증인합동사무소의 ①2006.12.13.일자 2006년 제17780호 인증서의 이사회의사록에 이사 손00과 감사 이00이 이사회에 참석하여 기명날인한 사실이 있고, ② 2009.3.26.일자 2009년 제8492호 인증서의 정기주주총회의사록에서 감사 이00의 퇴임 결의한 사실, ③ 2006.11.17.일자 2006년 제15971호 인증서 및 2007.2.1.일자 2007년 제1520호 인증서의 이사회의사록에 이사 손00과 감사 이00이 이사회에 참석하여 기명날인한 사실이 확인 되며, 셋째로, 2008년도 청구법인의 조직도에서 청구법인의 관리부 직원으로 손00이, 감사로 이00이 각각 기재되어 있다. 따라서 이00과 직원 손00이 보00과 특수관계인이라고 하여도 청구법인이 지급한 급여를 가공 급여라고 하는 것은 부당하다.

• 가. 청구외법인에 공급한 설계용역매출의 귀속사업연도 청구법인이 2007년 청구외법인에 공급한 설계용역매출 중 설계④ 육군00관사 설계용역매출에 대해 아래<표2. 수입금액조정명세서>와 같이 진행기준으로 수입금액을 인식한 사실이 확인되어 처분청은 청구법인에 진행률 계산 근거 및 관련증빙을 요구하였으나 청구법인은 관련서류를 제시하지 않은 사실이 있다(진행률 산정 근거가 없음에도 청구법인의 소득금액을 조정하기 위하여 임의로 진행률을 계산한 사실을 세무사가 기확인). <표2. 수입금액조정명세서> (단위: 천원, %) 공사명 도급금액 진행률 누적익금 산 입 액 당기수입 계 상 액 조정액 육군00관사설계용역 929,250 19.76 183,620 748,075 △564,455 부가가치세 신고서류 및 청구법인의 거래처원장에 의하면 2007년 청구법인의 청구외법인에 대한 매출내역은 청구주장의 <표1. 청구외법인에 대한 매출내역>과 같다. 설계① 계약서의 제5조(용역 계약금액의 지불)에 의하면 1)설계용역비: 기본설계 용역비는 아래와 같이 현금으로 지급한다고 기재되어 있어 기본설계에 대한 계약임이 명확하게 확인된다. 청구법인 역시 설계①에 해당하는 설계용역매출을 2007.2.7. 및 2007.3.8. 인식하여 2007년 법인세 신고 시 당해연도 수익으로 인식하여 설계① 매출금액에 대하여 어떠한 조정도 하지 않은 바 있다. 처분청 역시 계약서 및 청구법인의 금융거래내역을 확인한 결과 2007년에 설계①의 설계용역공급이 완료된 것으로 판단하여 세무조정을 하지 않았다. 청구법인이 설계①과 실질적으로 동일한 설계용역이라 주장하며 제시한 00 PARK 신축공사 설계용역 계약서의 부속서류(기술용역계약 특수조건)을 보면 대지위치, 대지면적, 건물규모, 연면적이 설계① 계약서의 부속서류(기술용역계약 특수조건)의 내용과 상이하고 두 계약서의 발주자 및 수급자 역시 상이하므로 두 계약서의 실질이 같다고 볼 근거가 전혀 없다. 설계②, 설계③, 설계⑤는 2007년 설계용역매출임에는 청구법인과 처분청간에 이의가 없다. 그러나 청구법인의 경우 설계④(육군00관사 및 병영시설설계)에 대한 설계용역매출을 진행기준으로 인식할 때 설계②, 설계③, 설계⑤의 매출금액을 임의로 <표2>에 표기된 바와 같이 당기수입계상액(748,075천원)에 반영함으로써 결과적으로 2007년 귀속 매출로 인식해야할 설계②, 설계③, 설계⑤의 수입금액을 이연시킨 사실이 있다. <표2>에서 당기수입계상액은 748,075천원은 설계②～설계⑤의 합계액으로 설계④를 장기설계용역매출로 보아 진행기준으로 인식하고자 한다면 당기수입계상액은 309,750천원으로 계상해야하나 어떤 근거도 없는 금액인 748,075천원으로 계상함으로써 결과적으로 2007년 매출로 인식해야할 설계②, 설계③, 설계⑤의 수입금액을 이연시킨 것이다. 청구법인은 설계④와 관련하여 2007.11.01. 청구외법인과 기본설계비 및 실시설계비를 합한 929,250천원(청구법인해당액)으로 표기된 계약서를 바탕으로 기본설계 계약을 하였으며 2008.4월 기본설계비를 70,000천원(2008년 수익인식)을 증액한 바 있다. 청구법인은 2009.1.8. 00미래(107--***)와 설계④의 실시설계공급을 위한 계약서를 작성하였으며 실시설계공급과 관련하여 2009년 00미래에 세금계산서를 발급하고 2009년에 수익을 인식했음이 확인된다. 이와 같이 청구법인은 기본설계와 실시설계를 별개의 용역의 공급으로 보아 수익을 인식하였으며 최초 계약 시 기본설계와 실시설계를 같이 계약하였으나 실제로는 최초계약서(2007.11.01.작성)로 기본설계를 공급하였고 2009.1.8. 작성한 계약서 근거로 실시설계를 공급하였으므로 별개의 용역의 공급으로 보는 것이 타당하다. 청구법인은 위와 같이 2007년 설계용역매출수익을 진행기준으로 인식하여 748,075천원 중 564,455천원을 이연시키고 2009년 설계④의 실시설계용역매출을 인식하여 929,250천원과 748,075천원과의 차액인 181,175천원 중복으로 수익을 인식하게 되는 문제가 발생하자 2010년 수입금액조정명세서 계산시 전기말 누적수입계상액을 181,175천원 증액시켜 수입금액을 조정한 사실이 있다. 청구법인도 2007년 임의로 진행기준으로 수익을 인식하여 발생한 문제점에 대해 인식하고 있었으며 2010년 법인세 신고 시 조정한 것으로 확인된다. 진행기준을 계산할 수 없으므로 완성기준으로 수익을 인식해야한다는 청구법인의 주장에 의하면, 기본설계 및 실시설계에 대한 수익 2007년 309,750천원, 2008년 70,000천원, 2010년 613,850천원을 모두 이연시켜 2011년에 인식함에도 불구하고 청구법인은 기본설계만 공급이 완료된 2011년에 인식해야한다고 주장하고 있으므로 기본설계는 2007년에 실시설계는 세금계산서를 발급한 2009년에 인식하는 모순이 발생한다. 또한 설계④와 관련하여 기본설계는 2007년, 실시설계는 2009년에 비용을 인식하였으나 수익은 2011년에 인식한다면 수익비용대응이 되지 않는 모순이 발생한다. 청구법인은 법인세법 시행령 제69조 의 제2항 및 동법 시행규칙 제34조 제4항의 규정에 의거 장부가 없거나 비치․기장한 장부의 내용이 충분하지 아니하여 당해 사업연도 종료일까지 실제로 소요된 총공사비누적액 또는 작업시간 등을 확인할 수 없는 경우에 해당하여 용역제공을 완료한 시점에 수익을 인식해야한다고 주장하나, 청구법인의 경우 비치․기장한 장부의 내용을 토대로 설계④에 관련된 용역원가누적액 및 작업시간을 계산할 수 있으며 계약시 총투입용역원가예상액도 추정하여 당해금액 이상으로 도급금액을 산정하였을 것이므로 진행률을 계산할 수 없는 경우에 해당한다고 볼 수 없다. 청구법인의 경우 설계④의 기본설계용역 공급을 2007년에 완료한 것은 명확한 사실이고, 기본설계를 단기공급으로 보아 완성기준을 적용하나 기본설계 및 실시설계를 장기용역공급으로 보아 진행기준으로 계산하나 기본설계용역매출을 2007년에 인식해야 함에는 변함이 없으므로 처분청이 청구법인이 청구외법인에 공급한 설계용역매출 중 일부를 조작하여 익금불산입(△유보)으로 세무조정한 것을 부인하고 법인세를 과세한 처분은 타당하다.
• 나. 감사 이00과 직원 손00에게 지급한 급여의 가공여부 이00은 청구법인 대표 보00의 여동생으로 국세통합시스템상 2005.11.23. ○○ 00 00 00 12-1 00빌라트 107-808에 전입하여 현재까지 거주하고 있음을 확인되며 주민등록초본상 1999년 이후 계속 ○○ 00에 거주하였음이 확인된다. 청구법인에 의하면 이00이 배우자 최00과 함께 00 △△구에 위치한 00한고시원에 입실하여 생활하였다 하나 고시원은 2평 내외의 크기로 성인 2명이 지내기에는 무리가 있으며 일정한 소득이 있고 만2세 미만 자녀 포함 3명의 자녀를 둔 부모가 자녀3명을 두고 고시원에서 생활한다는 것은 상식적으로 이해하기 힘든 점이 있다. 세무조사시 청구법인이 제출한 00한고시원 입실원서의 준수사항에 남녀혼숙을 금지함을 알 수 있으며 00한고시원(2233-0000)에 통화하여 2인이 동일호실에 거주할 수 있는지 여부를 확인한 결과 고시원 측에서는 한 호실에 2인이상 거주는 불가하다고 답변하였다. 처분청은 최00이 고시원에서 거주한 사실을 인정하여 청구법인에 실제 근로(일용직)를 제공하였다고 판단한 사실이 있다. 이00의 급여계좌인 816-01-**-*의 금융거래내역을 확인한바 급여일인 매월 25일 급여가 입금된 후 동일자에 보00의 ◎◎은행 계좌로 출금되었음이 확인되었다. 심사청구서에 의하면 이00이 보00에게 차용한 35,000천원을 변제한 것이라고 하나 이00이 보00에게 차용한 사실과 관련하여 구체적인 근거서류를 제시하지 않았으며 이00의 계좌에서 출금된 금액은 급여 전액으로 차입한 35,000천원을 훨씬 초과한 금액이다. 또한 급여 전액이 00에 소재한 금융기관의 CD기를 이용하여 보00의 계좌로 이체된 것으로 실제 00에 거주하지 아니한 이00이 CD기를 이용하여 보00에게 이체했다고 보기 어려우며 실제 보00이 이00의 급여계좌를 관리한 것으로 확인된다. 손00은 보00의 배우자로 손00의 급여계좌 718201--***의 금융거래내역을 확인하면 청구법인 근무시간인 09시∼18시 사이에 □□에서 카드를 수차례 사용했음이 명백하게 확인된다. 세무조사 시 손00이 임직원으로써 근무한 사실을 확인하기 위해 청구법인의 내부문서를 전부 확인하였으나 손00이 작성하거나 결재한 서류는 전혀 없었으며 과세전적부심사시 청구법인은 손00이 서명한 급여이체결제서류를 제출하였는데 이는 처분청이 세무조사 시 수취한 급여이체결제서류와 결재란이 상이하다. 청구법인이 법인정기조사이후 급여이체결제서류를 재작성하여 손00의 서명을 기재한 것으로 문서를 위조한 것으로 판단된다. 감사 이00과 직원 손00이 실제 청구법인에서 근로제공여부를 확인하기 위해 당시 근무했던 직원(안00 및 박00)과 통화하여 확인한바 대표 보00, 팀장 장○○과 같이 근무한 사실은 확인되었으나 이00, 손00이란 직원은 기억이 나지 않는다고 답변하였다. 청구법인은 안00가 확인서의 내용을 착각했다고 주장하나 안00와 유선으로 수차례 통화하고 서면으로 확인서를 수취한 것으로 착각으로 작성한 것으로 판단되지 아니하며 안00의 전임자 박00과의 통화에서도 안00와 동일한 답변을 들었으나 단지 확인서 작성을 거부한 사실이 있다. 안00가 2008년 입사한 신규직원이지만 조직도상 본인의 직속상관인 손00을 모른다는 것은 손00이 청구법인에 실제 근로를 제공하지 않았다는 명백한 증거이다. 청구법인은 법인등기부등본에 감사 이00 및 이사 손00이 확인되고 손00과 이00이 이사회에 참석하여 이사회의사록(법인등기부등본 정정시 부속서류)에 날인한 사실이 확인되므로 가공급여가 아니라고 주장하나 가공급여여부는 이00 및 손00이 실제 근로를 청구법인에 제공했는지 여부로 판단해야하는 것으로 법인등기부등본에 기재여부 및 이사회의사록 작성여부는 인건비 가공계상여부 판단에 영향을 미치지 아니한다. 청구법인은 위와 같이 감사 이00 및 직원 손00로부터 근로를 제공받지 아니하고 급여를 손비처리하였으므로 감사 이00 및 직원 손00의 급여를 손금불산입하여 법인세를 경정한 처분청의 처분은 타당하다.

가. 쟁점 청구외법인에 대한 설계용역에 대하여 수입금액 조정내역을 부인한 처분의 당부(설계용역 매출의 귀속사업연도) 및 이00과 손00에게 지급한 급여를 가공으로 보아 손금 부인한 처분의 당부

• 나. 관련법령 1) 법인세법 제40조 【손익의 귀속 사업연도】

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 법인세법시행령 제69조 【용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도】

① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 건설등의 계약기간(그 목적물의 건설등의 착수일부터 인도일까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 1년 이상인 건설등의 경우 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 동항의 규정에 불구하고 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 재정경제부령이 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.

③ 제2항의 규정은 건설등의 계약기간이 1년 미만인 경우로서 법인이 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도의 결산을 확정함에 있어서 작업진행률을 기준으로 하여 수익과 비용을 계상한 경우의 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여 이를 준용한다.

3. 법인세법시행규칙【작업진행률의 계산 등】

① 영 제69조제2항 본문에서 "건설등을 완료한 정도"라 함은 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 말한다. <개정 2007.3.30>

1. 건설의 경우: 다음 산식을 적용하여 계산한 비율. 다만, 건설의 수익실현이 건설의 작업시간·작업일수 또는 기성공사의 면적이나 물량 등(이하 이 조에서 "작업시간등"이라 한다)과 비례관계가 있고, 전체 작업시간등에서 이미 투입되었거나 완성된 부분이 차지하는 비율을 객관적으로 산정할 수 있는 건설의 경우에는 그 비율로 할 수 있다.

2. 제1호 외의 경우: 제1호를 준용하여 계산한 비율

② 제1항에 따른 총공사예정비는 기업회계기준을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 한다. <신설 2007.3.30>

③ 영 제69조제2항 본문의 규정에 의하여 각 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 금액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다.

계약금액 × 작업진행률 - 직전 사업연도말까지 익금에 산입한 금액

당해사업연도에 발생된 총비용

④ 영 제69조제2항 단서에서 "재정경제부령이 정하는 경우"라 함은 법인이 비치·기장한 장부가 없거나 비치·기장한 장부의 내용이 충분하지 아니하여 당해사업연도 종료일까지 실제로 소요된 총공사비누적액 또는 작업시간등을 확인할 수 없는 경우를 말한다.

• 다. 사실관계

1. 국세통합시스템에 의하면 청구법인은 2003.

12.

5. 개업하였으며, 건축설계 서비스업을 주업종으로 하고, 2010.

12.

31. 사업장을 00시 ◎◎◎구 00동 -번지에서 00시 ◎◎구 OO동 -**번지 OO비즈니스센터 B동 304로 이전하여 계속 영업 중인 사실이 확인된다.

2. 처분청이 작성한 법인사업자 조사종결보고서에 의하면, 처분청은 청구법인에 대하여 2011.

16. ～

6.

14. 기간동안 2008사업연도에 대한 법인세 정기조사를 실시하였으며, 이 건 처분과 관련하여 1) 조사연도 이전에 공급한 설계용역에 대하여 진행기준으로 수익인식하여 이에 대한 구체적 진행율 계산근거 및 증빙을 계속적으로 반복 요구하였지만 제시하지 못하였고, 이를 조사한 바 단기설계용역(쟁점외법인)을 고의적으로 장기설계용역으로 분류하여 수익조정하였고, 2) 감사 이00 및 직원 손00에 대한 가공인건비 계상을 조사한 결과 조사연도에 이00 및 손00의 구체적인 업무서류가 없고, 감사 이00의 매달 급여는 지급된 즉시 보00의 ◎◎은행계좌로 이체되었으며, 출근상황부도 없고, 퇴사직원에 의하면 근무하지 않은 것으로 확인되어 가공인건비를 부인하였다고 나타난다.

3. 이 건 처분과 관련된 과세전적부심사청구 사실관계에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

• 가) 청구법인이 쟁점사업연도의 법인세 신고시 제출한 수입금액조정명세서에 의하면 아래 <표2>와 같이 작업진행률 차이로 인하여 564,455,200원을 수입금액 조정하고 익금불산입(유보)으로 세무조정하여 신고하였다. <표2. 수입금액조정명세서> (단위:천원) 공사명 도급자 도급금액 진행률 누적익금액 수입계상액 조정액 육군00관사 00건설 929,250 19.76 183,619 748,075 -564,455
• 나) 국세청전산조회에 의하면 청구법인은 쟁점사업연도 중 공급가액 1,088,075천원의 세금계산서 6매를 청구외법인에 발급한 사실이 확인되는 바, 부가가치세 신고시 제출된 수입금액명세서 및 매출처별 세금계산서합계표에 의하면 청구외법인에 대한 매출내역은 아래<표3>와 같다. <표3. 청구외법인에 대한 매출내역> (단위: 천원) 과세기간 공사명 또는 소재지 공급가액 세금계산서 비고 2007.1기 예정 170,000 340,000 설계① 170,000 2007.1기 확정 130,000 130,000 설계② 2007.2기 확정 119,325 618,075 설계③ 309,750 설계④ 189,000 설계⑤ 계 1,088,075 1,088,075
• 다) 상기 매출내역에 대한 세금계산서 발급시기 및 발급금액에 대해서는 청구법인과 처분청간 다툼이 없다. 다만, 처분청은 청구법인이 당초 신고 시 작업진행률에 의하여 수입금액을 조정하였음에도 진행률 계산근거를 제시하지 못하였으며, 익금불산입 세무조정 대상이 된 수입금액조정명세서상 회사계상수입액도 임의로 기재하는 등 사실과 다르고, 쟁점설계용역은 관련계약에 따라 공사가 완료되거나 기본설계가 완료되어 수입금액을 조정할 이유가 없다고 판단하여 세무조정사항을 부인한 사실이 처분청이 제시한 심리자료에 의하여 확인된다.
• 라) 이에 대하여 청구법인은 쟁점설계용역(②③⑤)가 쟁점사업연도 중 완료되었다는 것에 대하여는 처분청과 다툼이 없으나, 쟁점설계용역(①․④)는 실시설계까지 이루어 진 것으로 쟁점사업연도 중에 완료되지 않아 쟁점사업연도의 수입금액에서 제외되어야 함에도 법인세 신고시 수입금액조정명세서를 잘못 작성한 것이라고 하면서 관련 용역계약서를 제시하였는바, 이에 대하여 살펴보기로 한다.

① 쟁점설계용역(④)에 대한 용역계약서를 제시하였는 바, 용역 계약서에 의하면 ‘육군00관사 및 병영시설 민간투자시설사업’의 기본설계 및 실시설계 용역으로 도급자는 청구외법인, 수급자는 청구법인 외 3인으로 되어있고, 계약금액은 공급가액 2,655백만원, 계약기간은 2007.

11. 1～12. 7로 되어있다. 동 계약서 제3조(계약기간)에 따르면, 설계용역업무의 수행기간은 기본설계와 실시설계로 나누어지는데, 기본설계는 계약체결시부터 우선협상대상자 선정시까지, 실시설계는 우선협상선정대상자 선정시부터 사용승인필증 교부까지로 되어있다.

② 2008. 4월에 작성된 쟁점설계용역(④)의 변경계약서를 제시하였는바, 동 계약서에 의하면 계약기간이 2007.

11. 1.～2008.

10. 31.로 변경 되었고, 계약금액은 2,855백만원으로 변경되었다. 또한, 동 계약서 제7조(용역비 및 지불방법)에 수급자별 지급시기와 지불방법중 청구법인 관련 내용은 아래와 같다. <표4. 용역비 및 지불방법> 구분 지급시기 지급금액 당초 변경 기본 설계비 계약후 50% 154,875 154,875 사업계획서 제출후 50% 154,875 154,875 설계변경증액분(우선협상지정후 20%) 70,000 소계 309,750 379,750 실시 설계비 우선협상대상자 지정후 10% 61,950 61,950 본협상 완료후 20% 123,900 123,900 사업시행자 지정후 20% 123,900 123,900 실시설계 납품후 40% 247,800 247,800 사용승인필증 교부후 10% 61,950 61,950 소계 619,500 619,500 합계 929,250 999,250 (단위: 공급가액, 천원) ※쟁점사업연도중 309,750천원의 세금계산서가 발급되었다.

③ 쟁점설계용역(①)에 대한 용역계약서를 제시하였는바, 동 용역계약서에 의하면 ‘000 INGOT 공동주택 신축공사 Feasibility study 및 기획설계용역’으로 계약기간은 ‘2006.

11. 15～기획설계도서 납품일’까지, 계약금액은 340,000천원(VAT별도), 발주자는 청구외법인, 수급자는 청구법인으로 기재되어 있으며, 동 계약서 제5조(용역 계약금액의 지불)에는 용역비 지불에 대하여 아래<표4>와 같이 기재되어 있다. <표5. 설계용역비 지불 계약내역> (단위: 공급가액, 천원) 구분 설계용역비(기본설계) 지급시기 및 비율 계약금 170,000 용역계약 체결시(50%) 잔금 170,000 기획도서안 납품시(50%) 합계 340,000 ※세금계산서는 쟁점사업연도에 전부 발급됨

④ 쟁점설계용역(①)이 연장된 것이라고 하며 기술용역계약서를 제시하였는바, 동 계약서에 의하면 용역명은 ‘00 PARK 신축공사 설계용역’, 계약기간은 2007. 1st May ～ 2007. end of October(공사관리기간 제외), 계약금액은 US＄1,720,000(US 1＄=930원기준), 발주자는 주식회사OO Development, 수급자는 청구법인과 청구외 종합건축사사무소 OO건축으로 기재되어 있다. 추가제시된 기술용역계약서상 발주자가 당초 쟁점설계용역①의 용역계약서상 발주자와 다른 이유에 대하여 청구법인은 동일한 공사건에 대하여 기본설계 이후 실시설계시 원활한 공사진행을 위하여 청구외법인에서 관계법인을 설립하여 발주자가 변경되었을 뿐 당초 설계용역이 변경된 것은 아니라는 진술이다.

• 마. 청구법인은 이00과 손00에 대하여 아래<표5>와 같이 급여를 지급한 것으로 신고한 사실이 국세청 전산조회(근로소득원천징수영수증)에 의하여 확인된다. <표5. 인건비 지급계상액> (단위: 천원) 연도 합 계 손금부인대상 비 고 이00 손00 2006년 93,757 42,604 51,152 손금부인 2007년 96,500 42,000 54,500 〃 2008년 104,200 42,600 61,600 〃 2009년 100,200 42,600 57,600 〃 2010년 100,200 42,600 57,600 〃 ※ 근로소득 원천징수영수증상 비과세소득을 포함한 금액임
• 바. 국세청전산조회에 의하면 청구법인의 대표이사 변경이력은 다음과 같으며, 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 이00은 청구외 보00의 여동생, 손00은 보00의 배우자로 확인된다. 기 간 2003.12.5 ～2007.5.17 2007.5.17 ～2010.4.15 2010.4.15 ～현재 비고 대표자 김00 보00 최00
• 사. 처분청은 조사과정 중 이00과 손00이 청구법인에서 실제 근무하였음을 확인할 수 있는 출근기록표 등을 요구하였으나 제시하지 못함에 따라 이00에 대한 금융조회를 실시하였으며, 금융조회결과 이00에게 지급된 급여가 청구법인의 대표자였던 보00의 ◎◎은행계좌(132--****)에 입금된 사실을 확인하였고, 청구법인에 근무하였던 직원을 통하여 확인한 바 이00과 손00을 기억하지 못한다고 답변함에 따라 가공급여로 확정하였음이 처분청이 제시한 심리자료에 의하여 확인된다.
• 아. 이에 대하여 청구법인은 이00과 손00이 청구법인에서 실제 근무 하였다고 하면서 청구법인의 법인등기부등본을 제시하였는 바, 법인등기부등본에 의하면, 이00은 감사로 등재되었다가 2009.

3.

25. 퇴임한 것으로 등기되었고, 손00은 이사로 등재되었다가 2007.

9.

14. 사임한 것으로 등기된 사실이 확인된다.

• 자. 청구법인은 이 건 청구 시 이00이 감사로, 손00이 관리부 직원으로 기재된 2008년도 청구법인의 조직도를 제시하였으며, 심리자료 사전열람 시 작성일자가 2006.

12. 1.인 청구법인의 이사회의사록, 결재란의 임원란에 ““孫”이라고 서명되어 있는 급여이체 결재서류(2006. 4월, 2007. 5월, 2008. 1월, 2009. 1월), 결재란의 감사란에 “이00”으로 도장날인된 경영실적 보고서류 사본을 제시하였다.

• 차. 이00에 대한 주민등록표 등․초본에 의하면, 2006.

1.

10. ‘○○ 00 00 00리 12-1 00* 1-***호’로 전입한 이래 주소지 변동은 없는 것으로 확인되는 바, 이에 대하여 청구법인은 이00이 △△에 소재한 00한고시원에 남편과 함께 거주하였다고 하나 관련 근거는 제시하지 아니하였다.

• 카. 청구법인이 제시한 추가자료에 대하여 처분청은 이사회의사록 및 경영실적 보고서류에는 도장만 날인되어 있어 실제 근무하였다는 사실을 입증하기에 부족하고, 손00이 사인한 것으로 되어있는 급여이체 결제서류의 경우, 처분청이 조사과정에서 확보한 급여이체 결제서류(2008. 1월분 급여, 날짜와 사장란에 서명됨)와 달라 청구법인에서 추가 제시한 서류에 신빙성이 없다는 의견이다. 아울러 청구법인으로부터 급여입금 즉시 보00에게 이체된 것으로 되어있는 이00 명의의 계좌거래내역서 사본과, 근무시간 중 주소지 부근에서 체크카드를 사용한 것으로 되어있는 손00의 계좌거래내역서 사본, 이00과 손00에 대하여 ‘근무를 같이 하지 아니하였으며, 직속상사이거나 같은 업무를 한 것도 아니다’라고 기재되어 있는 직원확인서를 제시하였다.

4. 청구법인과 청구외법인이 2006.11.15. 작성한 기술용역계약서에 의하면 다음과 같은 기술용역계약서를 작성하였다.

1. 용역명: 000 INGOT 공동주택 신축공사 Feasibility study 및 기획설계용역

2. 계약기간: 2006.11.15. - 기획설계도면 납품일 까지

3. 용역 계약 금액: 일금 삼억00만원(￦340,000,000/VAT별도)

4. 지급방법: 기술용역계약 일반조건 제5조에 의함 * 기술용역계약 일반조건 제5조

1. 용역계약금액(VAT 별도)은 다음과 같이 “갑”이 “을”에게 지불한다. 이때 갑은 세금계산서를 을에게 징구한다. 기본설계 용역비는 아래와 같이 현금으로 지급한다. 구분 설계 및 용역 지급시기 및 비율 계약금 170,000,000원 용역계약 체결시(50%) 잔금 170,000,000원 기획도서안 납품시(50%) 합계 340,000,000원

5. 용역내용: 과업지시에 의함

5. 청구법인, 청구외법인, 주식회사 OO Development는 2007.5.월 다음과 같은 기술용역계약서를 제결한다.

1. 용역명: PARK 신축공사 설계용역

2. 계약기간: 2007. 1st May - 2007. end of October(공사관리기간 제외) (상기 일정은 선행 작업 진행상황과 현지사정에 따라 발주자 승인하에 변 경 가능)

US $ 1,720,000(VAT 별도): US 1$ = 930원 기준 일금 일십육억원정(￦1,600,000,000/VAT 별도)에 해당

4. 지불방법: 기술용역계약 일반조건 제5조에 의함 * 기술용역계약 일반조건 제5조

1. 용역계약금액(VAT 별도)은 다음과 같이 “갑”이 “을1”, “을2”에게 각각 지불한다. 이때 “갑”은 세금계산서를 “을1”, “을2”에게 분리 징구한다.

2. 설계용역비: 기본설계용역비는 US $로 지급되며 을의 지정된 계좌로 이체되어진다. 갑은 설계용역비를 이체할 때 을에게 통보한다.

3-1 용역계약금액의 5%: 용역계약체결일로부터 근무일 3일 이내 3-2 용역계약금약의 25%: <MP변경승인 완료 후>일로부터 근무일 3일 이내 3-3 용역계약금액의 35%: <기본설계 승인완료 후>일로부터 근무일 3일 이내 3-4 용역계약금액의 30%: 실시설계 납품일로부터 근무일 3일 이내 3-6 용역계약금의 5%: 준공일로부터 근무일 3일 이내(유보금)

5. 용역내용: 아래와 같이 기술용역계약 특수조건 제1조 및 제3조에 의한다. 기준연면적: 130,773.13㎡ 기준세대수: 700세대 기준층수: 지상최고 28층, 지하 1층

6. 청구법인과 청구외법인이 2007.11.1. 작성한 설계용역계약서에 의하면 다음과 같은 기술용역계약서를 작성하였다.

1. 계약명: 육군00관사 및 병영시설 민간투자시설사업 설계용역

2. 계약기간: 2007년 10월 1일 - 2007년 12월 7일까지

3. 대지위치 /면적: 생략

4. 계약금액: 1)기본설계 - 일금 팔억팔천오백만원정(￦885,000,000/VAT별도) 2)실시설계- 일금 십칠억칠천만원정(￦1,770,000,000/VAT별도) (단, 면적증감에 따른 용역비 증감 없음, 기본설계비는 우선협상대상자 미선 정시에도 지급함) *제3조 계약기간 “갑”이 “을”에게 위탁하는 설계용역업무의 수행기간은 다음과 같다.

• 가. 기본설계: 계약체결시부터 우선협상대상자 선정시까지로 한다.
• 나. 실시설계: 우선협상대상자 선정시부터 사용승인필증(사용승인서작성)교부일까지로 한다. 단, 입찰후 실시설계 적격자 선정이 안될시는 실시설계계약은 자동 소멸한다.

7. 청구법인 등과 청구외법인이 2008.4.22. 작성한 설계용역변경계약서에 의하면 다음과 같은 기술용역계약서를 작성하였다.

1. 계약명: 육군00관사 및 병영시설 민간투자시설사업 설계용역

2. 계약기간: 2007년 11월 1일 - 2008년 10월 31일까지

3. 대지위치 /면적: 생략

4. 계약금액: 1) 기본설계- 일금 십억팔천오백만원정(￦1,085,000,000/VAT별도) 2)실시설계- 일금 십칠억칠천만원정(￦1,770,000,000/VAT별도) (단, 면적증감에 따른 용역비 증감 없음, 기본설계비는 우선협상대상자 미선 정시에도 지급함) *제3조 계약기간 “갑”이 “을”에게 위탁하는 설계용역업무의 수행기간은 다음과 같다.

• 가. 기본설계: 계약체결시부터 우선협상대상자 선정시까지로 한다.
• 나. 실시설계: 우선협상대상자 선정시부터 사용승인필증(사용승인서작성)교부일까지로 한다. 단, 입찰후 실시설계 적격자 선정이 안될시는 실시설계계약은 자동 소멸한다.

8. 청구법인 및 00미래주식회사 등은 2009.1.8. 다음과 같은 설계용역 일반계약서를 작성하였다.

1. 용역명: 육군00관사 및 병영시설 민간투자시설사업 설계용역

실시설계: 일금 일십팔억칠백만원정 (1,807,000,000/부가세 별도)

실시설계: 주무관청(국방부)의 실시계획 ․준공검사 완료시까지 *제3조 용역기간 용역기간은 실시설계: 우선협상대상자 선정일로부터 주무관청(국방부)의 실시설계 승인시 및 준공도서 납품시까지로 한다.

9. 청구법인이 청구외법인과 체결한 설계용역계약서 등은 동일한 형식의 계약서에서 각 용역에 대한 것을 개별적으로 수정한 것처럼 보인다.

10. 청구법인이 제출한 00관사용역비 및 000 INGOT 000 00아파트 총설계비 요약에 의하면 00관사 000 INGOT의 공사도급액 및 각 사업연도 지출한 비용은 다음과 같다. (단위:원) 구분 00관사 000 00아파트 공사도급액 929,250,000 880,000,000 총공사예정비 928,266,870 877,192,031 실제공사비 2007년 0 0 2008년 258,075,200 378,000,000 2009년 247,503,975 386,000,000 2010년 231,144,050 116,000,000 2011년 19,526,200

11. 청구법인이 제출한 2008년도 청구법인 조직도에 의하면 ‘공동대표 보00/최주성’, ‘관리부 손00, 안00’, ‘감사 이00’, ‘소장 임00/김00’ 및 설계1팀 등이 기재되어 있다. 12)청구법인이 제출한 확인서에 의하면, 청구법인 경영기획 팀장 장00, 대표이사 최00 소장 박00, 소장 임00, 전대표이사 김00은 관리이사 손00과 함께 근무하였고 확인하고 있다.

• 라. 판단 첫째, 기신고한 매출액 중 청구법인이 주장하는 매출상당액이 가공매출액인지 여부에 대해 살펴보면, 청구법인은 쟁점설계용역(①․④)이 기본설계와 실시설계까지 수행한 것이므로 기본설계가 완료되었다고 하더라도 용역이 최종 완료되지 아니하였다고 주장한다. 그러나 쟁점설계용역

① ․④의 경우 계약서상 기본설계와 실시설계로 구분되어 있고, 기본설계는 용역업무의 수행기간이 계약체결시부터 우선협상대상자 선정시까지로 지정되어 있으며, 기본설계와 실시설계는 계약금액도 구분되어 있어 기본설계는 우선협상대상자 미선정시에도 지급되도록 되어 있고, 쟁점설계용역

② ․③․⑤의 경우 기본설계만을 제공한 것에서 알 수 있듯이 기본설계와 실시설계는 별개의 용역제공에 해당한다. 따라서 기본설계가 제공된 이상 실시설계 여부와 관계없이 기본설계의 용역제공은 완료된 것으로 볼 수 있으므로, 청구법인의 쟁점사업연도 수입금액조정내역을 부인한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 둘째, 이00과 손00에게 지급한 급여를 가공으로 보아 손금 부인한 처분의 당부에 대해 살펴보면, 청구법인은 이00과 손00이 청구법인의 대주주이며 대표이사인 보00과 특수관계인이라고 하여도 청구법인이 지급한 급여를 가공 급여라고 하는 것은 부당하다고 주장한다. 그러나 이00의 경우 청구법인의 대주주이며 대표이사인 보00의 여동생으로, 지급된 급여가 다시 보00의 계좌에 입금된 점, 이00은 주소지가 ○○ 00으로 되어 있어 00시 ◎◎◎구에 소재하고 있던 청구법인에 상시 출퇴근이 어렵다고 보여지는 반면, 거소지를 확인할 수 있는 증빙제기가 없는 점에 비추어 청구법인에 근무하였다고 보기 어렵다. 또한 손00의 경우에도 보00의 배우자로 청구법인의 근무시간인 09∼18시 사이에 □□에서 카드를 수차례 사용했음이 금융거래내역에서 확인되는 점, 청구법인은 조사기간 중 이00과 손00이 청구법인에서 실제 업무를 수행하였다는 증빙을 제시하지 아니한 점, 청구법인의 직원이었던 안00, 박00이 손00에 대해 기억이 없다고 진술한 점, 가공급여여부는 실제 근로를 제공했는지 여부로 판단하여야 하는 것으로 법인등기부등본 기재여부 및 이사회의사록 작성여부는 인건비 가공계상여부 판단에 미치지 않는 점에 비추어 청구법인에 근무하였다고 보기 어렵다고 판단된다. 따라서 이00 및 손00의 급여를 손금불산입하여 법인세를 경정한 이 건 처분은 정당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.