법정관리중인 법인에 대한 조사소홀이 확인된 경우 재조사 필요

SS세무서장이 2011.

3.

25. 청구법인에게 경정고지한 법인세 917,975,350원(2007사업연도 408,531,520원, 2008사업연도 387,913,890원, 2009사업연도 121,529,940원)과 5,610,745,496원의 대표자 상여처분은 가공매입 중 고정자산(11,702,797,154원)이 있는지 여부, 외주가공비(851,609,092원)를 자산으로 계상하였는지 여부, 재고자산(4,681,686,583원)을 과대계상하였는지 여부를 구체적으로 재조사하여 그 결과에 따라 이 건 법인세의 과세표준과 세액 및 상여처분금액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각합니다.

청구법인은 GG도 HH시 MM면 AA리 691번지 MM지방산업단지16-1 소재에서 제철 및 기계설비 제조업을 영위하는 법인으로서, 공장신축과 관련한 은행대출이 과다한 상태에서 2008년 10월 거래처의 부도와 글로벌 금융위기로 인하여 자금사정이 어려워지자 은행대출금 상환압력을 회피하기 위해 가공세금계산서를 수수하여 외형을 부풀려 신고하였다. GG지방국세청장은 2010.8.20.∼2010.12.30. 기간동안 청구법인에 대한 자료상조사 결과, 2007년 제1기부터 2010년 제2기까지 실물거래없이 241매 66,348백만원의 허위세금계산서를 발급하고, 283매 69,560백만원의 허위세금계산서를 수취한 사실을 확인하여 부가가치세 등을 부과처분한 후 조세범처벌법 및 조세범처벌절차법에 따라 자료상으로 검찰에 고발하였다. 처분청은 청구법인에 대한 2010.

7.

6. 기업회생 개시결정 및 2011.

4.

6. 제2차 관계인 집회가 예정됨에 따라 조세채권을 확보하기 위하여 2011.3.22.∼2011.3.31. 기간동안 청구법인에 대한 긴급 세무조사를 실시하면서 GG지방국세청장으로부터 통보받은 과세자료에 의해 가공매출을 익금불산입하고, 가공 매입을 손금불산입하여 2011.

3.

25. 청구법인에게 법인세 917,975,350원(2007사업 연도 408,531,520원, 2008사업연도 387,913,890원, 2009사업연도 121,529,940원)을 경정·고지하고, 5,610,745,496원을 대표자 상여처분하였다. 청구인은 이에 불복하여 2011.

4.

22. 이의신청을 거쳐 2011.

8.

17. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 가공매입액 중 고정자산이 포함되어 있는지 여부 처분청은 2008사업연도와 2009사업연도에 대한 GG지방국세청의 자료상 조사결과 적출된 가공매입액 중 일부 회사장부상 고정자산(11,702백만원, 이하 “쟁점가공자산“이라 한다)으로 계상되어 내용연수에 따라 감가상각비로 비용화되는 사실내용을 파악하지 아니하고, 단순히 가공매입 적출액 중 일부 금액을 가공자산으로 계상하였는지 여부가 불분명하다고만 보아 법인세를 과세하였다. GG지방국세청에서 작성된 청구법인에 대한 『자료상조사 결과 보고서』상 첨부된 청구법인과 청구외 @@@정공 AA곡(이하 “@@@정공”이라 한다)의 가공매입세금계산서 수취내역에 명확히 가공매입액 중 고정자산 계상분과 제조원가 계상분으로 구분하여 가공매입액을 적출하고 있으며, 이는 제출된 회사의 고정자산(기계장치, 차량운반구, 건설중인자산, 시설장치)의 계정별원장상 금액과 정확히 일치하고 있음에도 불구하고 처분청은 이러한 명백한 사실을 부인하고 있다. 사업연도 2007년 2008년 2009년 제조원가계상분(당기비용) 6,903,960,952원 13,293,413,588원 13,077,239,372원 유형 자산 계상 분

① 건물 -원 -원 200,000,000원

② 기계장치 -원 635,833,991원 3,840,282,727원

③ 차량운반구 -원 16,000,000원 -원

④ 건설중인자산 -원 4,142,007,178원 -원

⑤ 시설장치 -원 2,115,127,804원 769,545,454원 소계 -원 6,892,968,973원 4,809,828,181원 적출된 가공매입 총액 6,903,960,952원 20,186,382,561원 17,887,067,553원 위와 같이 가공매입 중 가공자산으로 계상된 사실이 확인되는 경우에는 당연히 가공자산이므로 세무상 자산성을 부인하여 손금산입 유보로 세무조정하여야 하고, 이후 회계상 동 자산에 대하여 감가상각비를 계상하거나 처분하는 경우에 동 유보잔액을 사후관리하여야 함에도 처분청은 실제 청구법인이 가공자산으로 계상한 가공매입분에 대해서는 손금으로 계상하지 아니하였음에도 불구하고 이러한 사실을 부인하고 가공매입액 전액을 당기비용으로 지출된 것으로 보아 전액 손금부인한 것은 청구법인이 손금에 산입하지도 아니한 자산취득원가를 부인한 것으로서 당초 처분에 잘못이 있는 것이다. 구체적으로 청구법인은 2008년 과세연도 가공매입액 20,186백만원 중 6,892백만원과 2009년 과세연도 가공매입액 17,887백만원 중 4,810백만원을 유형자산으로 가공계상하고 있으므로, 2008사업연도 및 2009사업연도 세무조정시 아래와 같은 추가 세무조정사항을 반영하여 사후관리하여야 할 것이다. <2008사업연도 추가세무조정> 세무조정 조정내역 2007년 2008년 2009년 소득처분 손금산입 가공자산 자산성부인

• 6,892백만원

• ㅿ유보 손금불산입 동 감가상각비

• 775백만원 720백만원 유보 <2009사업연도 추가세무조정> 세무조정 조정내역 2007년 2008년 2009년 소득처분 손금산입 가공자산 자산성부인

• - 4,809백만원 ㅿ유보 손금불산입 동 감가상각비

• - 292백만원 유보 손금불산입 2008취득분 감가상각비

• - 720백만원 유보

• 나. 2008사업연도 소득금액을 추계조사 결정한 처분이 정당한지 여부 청구법인이 비치·기장한 장부나 증빙서류 중 일부 허위로 기재된 부분이 포함되어 있다고 하더라도 그 부분을 제외한 나머지 부분이 모두 사실에 부합한다면 그 과세표준과 세액은 추계조사방법이 아닌 실지조사방법에 의하여 소득금액을 결정하는 것이 타당하며, 법인세법상 추계과세는 수입금액이나 과세표준의 근거가 되는 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 내용이 미비 또는 허위이어서 근거과세의 방법으로 사용할 수 없는 경우에 예외적으로 인정되는 것이므로 과세관청으로서는 납세의무자가 제시하는 제반서류 등이 미비하거나 그 내용이 허위라고 의심할 부분이 있으면 그 부당성을 지적하고 새로운 자료를 제시받아 실지조사를 한 연후에, 그렇게 하더라도 그 과세표준과 세액을 결정할 수 없고 조사결과 제반 증빙서류의 내용이 명백히 허위라고 판명된 경우에 한하여 비로서 추계조사방법으로 그 수입금액이나 과세표준을 결정할 수 있는 것이다(대법선고94누10337, 1995.4.12.외 다수). 청구법인은 비치·기장한 장부에 의하여 법인세를 신고하였을 뿐만 아니라 처분 청 의 소득률 계산에 있어서 아래 표와 같이 쟁점가공자산을 세무조정하지 아니한 착오가 있으며, 단순히 경정소득률이 높다거나, 가공매출·매입 비율이 높다는 이유만으로는 추계결정 사유에 해당한다고 볼 수 없는 것입니다. 이는 국세기본법상 근거과세원칙과 신의성실의 원칙을 위반한 위법·부당한 과세처분이다. (단위: 백만원) 사업연도 구분 당초신고 결정사항 결정후 청구주장 청구주장 2007 수입금액 23,390 -5,954 17,436

• 17,436 소득금액 2,376 -5,954 +6,903 3,326

• 3,325 소득률 10.1% 가공매출/가공매입 반영 19.0%

• 19.0% 2008 수입금액 34,231 -15,486 18,745

• 18,745 소득금액 4,865 -15,486 +20,186 9,566 -6,892 +775 3,449 소득률 14.2% 가공매출/가공매입 반영 51.0% 가공자산/감가비 반영 18.3% 2009 수입금액 46,867 -17,516 29,351

• 29,351 소득금액 2,121 -17,516 +17,887 2,492 -4,809 + 292 + 720 -1,305 소득률 4.5% 가공매출/가공매입 반영 8.4% 가공자산/감가비 반영 -4.4% 국세기본법 제16조 제1항 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 하므로 2008사업연도에 대하여 청구법인이 비치·기장한 장부 및 증빙서류를 근거로 실지조사 방법으로 경정하여야 할 것이다.

• 다. 외주가공비 자산계상 및 재고자산 과대계상 여부 2007사업연도 중 실제 지출(가공매입세금계산서 아님)한 재료비 및 외주가공비로서 제조원가로 계상하여야 할 성질의 손금(외주가공비, 이하 “쟁점외주가공비”라 한다)을 청구법인은 이익보고를 위해 자산(기계장치 651,609,092원, 시설장치 200,000,000원)으로 계상한 사실이 2 007사업연도 외주가공비 등 자산계상분 및 연도별 감가상각비 내역과 계정별원장, 발주서, 거래명세서, 세금계산서 등에 의해 확인되므로, 자산에 대한 감액조정과 동시에 동 자산에 대한 감가상각비에 대한 세무조정을 추가적으로 해야한다. 청구법인의 해당 지출성격을 살펴보면, 주로 공구 등 소모품 구입액과 부품, Frame제작 등 외주가공비에 해당되는 지출로서 자산으로 계상할 것이 아니라 제조원가로 계상하여 매출원가로 대체하여야 할 것이다. 청구법인은 2007사업연도 및 2008사업연도 재고자산(4,681백만원, 이하 “쟁점재고자산”이라 한다)을 과대하게 평가하여 이익을 계상하였으므로, 처분청의 경정시 관련내용을 확인하여 실지조사시 이를 반영하여 과대계상된 금액만큼 당기 매출원가로 손금산입해야한다. <청구법인 재고자산 과대계상 내역> 사업연도 당초신고액 실제 재고자산 과대계상분 비고 2007 3,270,195,200 1,110,713,200 2,159,482,000 2008년 과대계상액 2,522,204,583 2008 13,453,666,626 8,771,980,041 4,681,686,583 이에 관하여 청구법인의 2007∼2008사업연도 기말재공품 실제평가액을 거래처별 실제 진척율에 따라서 계산한 내역을 첨부하였고, 추가적으로 AA회계법인에서 조사한 SS지방법원 파산부 (주)TTTT중공업 회생절차개시 사건에 대한 조사보고서상 회사보관 재고자산에 대하여 실사조정하였으며, 실사조정으로 재공품에 대하여 4,681백만원을 감액처리하였다.
• 라. 기타 경정결정 착오여부 처분청의 2009년 법인세 과세표준 및 세액결정(경정) 결의서상 가공매출액 17,516백만원은 GG지방국세청의『자료상조사 결과보고서』상 17,616백만원 으로 확인되므로 이를 수정해야 하고, 명의대여자 @@@정공에 대한 자료상 조사결과 적출된 가공매출액 및 가공매입액과 기타 실제 필요경비까지 포함하여 소득금액을 결정하여야 하나, 경정결정시 이를 누락하였다.

• 가. 가 공매입액 중 고정자산이 포함되어 있는지 여부 2008사업연도의 경우 가공매출, 가공매입금액을 반영하여 소득금액을 계산할 경우 소득율이 51%이고, 신고과세표준 대비 가공세금계산서 발행 및 수취비율이 가공매출 44.2%, 가공매입 46.9%로 법인세법 제66조 제3항 단서규정 및 같은법시행령 제104조 제1항 제1호 “소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우”에 해당하여 기준경비율에 의거 소득금액을 추계결정하였으며, 가공매입액의 유형자산계상 여부는 소득금액 결정에 영향을 미치지 아니한다. 2009사업연도의 경우 가공매입금액 17,887백만원 중 4,089백만원이 가공 자산으로 계상되었다고 주장하나, 그 사실 여부가 불분명하므로 가공매입 전체 금액을 손금불산입한 당초 처분은 정당하다.
• 나. 2008사업연도 소득금액을 추계조사 결정한 처분이 정당한지 여부 청구법인은 가공매입액 중 가공자산 계상액을 차감한 후 2008년 소득율을 계산하면 51%가 아닌 18%이므로 추계조사 결정이 부당하다고 주장하나, 가공매입액 중 일부금액이 가공자산으로 계상하였는지 여부가 불분명하고, 가공자산으로 계상되었다 하더라도 동 금액 또한 청구법인이 허위로 장부에 기재한 것으로서 가공매출비율이 44.2%, 가공매입비율이 46.9%에 달하므로 당초 추계조사 결정한 것은 정당하다.
• 다. 외주가공비 자산계상 및 재고자산 과대계상 여부 청구법인이 2007사업년도에 경비성 지출액으로서 29건 851백만원을 유형자산으로 계상 하였다고 주장하나, 당초 조사 시 확인되지 아니한 것으로서 제출된 세금계산서만으로는 그 사실을 인정할 수 없으며, 2007사업년도에 재고자산을 과다계상하였다고 주장하는 2,159백만원 역시 당초 조사시 확인되지 아니한 것으로서 청구법인이 스스로 허위 기장하였다고 주장하나 입증자료의 제출이 없어 인정할 수 없다. 2008년 재고자산 과다계상액 2,522백만원 역시 당초 조사시 확인되지 아니한 것으로서, 청구법인이 2008사업연도 소득금액을 추계조사 결정이 아닌 실지조사 방법에 의해 결정해 줄 것을 주장하면서도 청구법인 스스로가 2008사업연도 장부를 허위 기장하였다고 시인한 것이므로 당초 추계조사 결정은 정당하며, 재고자산 과다계상액은 추계조사 결정 소득금액에 영향을 주지 아니한다.

• 가. 쟁점

① 가공매입액 중 쟁점가공자산이 포함되어 있는지 여부를 가리는 데 있다.

② 2008사업연도의 법인 소득금액을 추계조사 결정한 처분이 정당한지 여부를 가리는 데 있다.

③ 쟁점외주가공비의 자산계상 및 쟁점재고자산을 과대계상하였는지 여부를 가리는 데 있다.

• 나. 관련법령 1) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다. 2) 법인세법시행령 제104조 【추계결정 및 경정】

① 법 제66조 제3항 단서에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재ㆍ상품ㆍ제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량ㆍ전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제66조 제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나의 방법에 따른다.

1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.

• 가. 매입비용(사업용고정자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액
• 나. 대표자 및 임원 또는 사용인의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액
• 다. 사업수입금액에 소득세법 시행령 제145조 의 규정에 의한 기준경비율(이하 "기준경비율"이라 한다)을 곱하여 계산한 금액 3) 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. 4) 법인세법시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다. 5) 법인세법 기본통칙 67-106…12【가공자산의 익금산입 및 소득처분】 가공자산을 계상하고 있는 경우에는 다음 각호와 같이 처리한다. 이 경우 자산을 특정인이 유용하고 있는 것으로서 회수할 것임이 객관적으로 입증되는 경우에는 가공자산으로 보지 아니하고 이를 동인에 대한 가지급금으로 본다.

1. 외상매출금·받을어음·대여금 등 가공채권은 익금에 산입하여 이를 영 제106조 제1항의 규정에 따라 처분하고 동 금액을 손금에 산입하여 사내유보로 처분하며 동 가공채권을 손비로 계상하는 때에는 익금에 산입하여 사내유보로 처분한다.

2. 재고자산의 부족액은 시가에 의한 매출액 상당액(재고자산이 원재료인 경우 그 원재료 상태로는 유통이 불가능하거나 조업도 또는 생산수율 등으로 미루어 보아 제품화되어 유출된 것으로 판단되는 경우에는 제품으로 환산하여 시가를 계산한다)을 익금에 산입하여 대표자에 대한 상여로 처분하고 동 가공자산은 손금에 산입하여 사내유보로 처분하며 이를 손비로 계상하는 때에는 익금에 산입하여 사내유보로 처분한다.

3. 가공계상된 고정자산은 처분당시의 시가를 익금에 산입하여 이를 영 제106조 제1항의 규정에 따라 처분하고, 당해 고정자산의 장부가액을 손금에 산입하여 사내유보로 처분한다. 다만, 그 후 사업연도에 있어서 동 가공자산을 손비로 계상하는 때에는 이를 익금에 산입하여 사내유보로 처분한다.

4. 제1호 내지 제3호에 의하여 익금에 가산한 가공자산가액 또는 매출액 상당액을 그 후 사업연도에 법인이 수익으로 계상한 경우에는 기 익금에 산입한 금액의 범위내에서 이를 이월익금으로 보아 익금에 산입하지 아니한다.

• 다. 사실관계 1) 청구법인은 2002.

7.

10. 개인사업자(SSS테크)에서 법인전환하였고, 2005년 FF 공단에 제1공장을 매입 및 2008년 안산 MM공단에 제2공장을 신축하였으며, 2009년에 본사를 MM공단으로 이전한 제철 및 기계설비 제조업체로서, 2008년 공장확장으로 300억원을 투자하고, 철강회사의 700억원 상당의 공사 수행 중 대기업의 납기연기 및 연쇄부도로 막대한 손실이 발생하였으며, 청구외 ㈜DDD와 청구외 ㈜KKK코리아로부터 150억원 상당의 공사를 수주·완료하였으나 두 업체 모두 법정관리 중으로 공사대금을 지급받지 못하였다. 청구법인은 이 공사미수금으로 인하여 유동성이 고갈되어 파산위기에 직면함에 따라 2010년 5월 SS지방법원 파산부에 회생개시신청을 하여 현재까지 법정관리 중에 있는 사실이 조사서 등에 의하여 확인된다.

2. 청구법인에 대한 GG지방국세청의 자료상조사 결과, 조사착수시 확보한 공사수주내역 및 자재입고내역을 상호대사하는 방법으로 가공세금계산서 수수한 사실확인(대표자 확인서 및 전말서 징취)을 확인하고, 명의위장 @@@정공의 가공거래를 포함하여 매출 66,348백만원, 매입 69,560백만원의 허위세금계산서를 수수한 사실을 확인한 후 청구법인 및 실행위자(LL인, AA곡)를 자료상으로 검찰에 고발한 사실이 조사서 및 고발서에 의하여 확인된다. (단위: 백만원) 과세기간 신고내용 조사 적출내용 매출 매입 가공매출 가공매입 가공매입중 고정자산 합계 117,277 124,986 40,803 47,758 (11,702) 2010년 제1기 8,459 11,741 1,750 2,781

• 2009년 제2기 33,239 20,453 14,570 10,233 (2,959) 2009년 제1기 16,024 28,468 3,046 7,654 (1,851) 2008년 제2기 16,669 26,357 6,188 10,262 (4,243) 2008년 제1기 18,395 16,924 9,295 9,924 (2,649) 2007년 제2기 15,481 12,348 3,704 5,850

• 2007년 제1기 9,010 8,695 2,250 1,054

• 3) @@@정공은 2007.

3.

5. 개업하여 2009.

1.

31. 폐업한 개인사업자로서, 청구법인의 제품생산 공정의 일부인 제관작업을 소사장에게 외주를 주어 관리하던 부문을 청구법인의 전무인 청구외 AA곡 명의로 사업자등록했던 명의위장 사업자이다. @@@정공이 명의위장사업자이고 청구법인이 실질사업자라는 사실이 GG지방국세청의 금융조사 등과 청구법인의 대표 LL인의 확인서 및 전말서 등에 의하여 확인되었다. 아울러, @@@정공에 대한 GG지방국세청의 조사결과, 다음 표와 같이 가공매출액 중 98%가 청구법인에 대한 매출이고, 처분청이 청구법인에 대한 이 건 법인세 경정결의시 @@@ 정공을 합산하여 경정하지 아니하였으며, 처분청도 이를 시인하고 있다. (단위: 백만원) 과세기간 신고내용 조사 적출내용 (청구법인 거래분 내서) 매 출 매 입 가공매출 가공매입 합계 27,237 24,510 25,541 (24,955) 21,514 2009년 제1기 1,321 1,086 1,114 (1,114) 850 2008년 제2기 8,437 6,915 8,209 (7,918) 5,895 2008년 제1기 9,761 8,861 9,469 (9,469) 8,010 2007년 제2기 6,855 5,062 6,145 (5,849) 4,509 2007년 제1기 863 2,586 604 (604) 2,250

4. 청구법인에 대한 처분청 조사결과, GG지방국세청에서 통보받은 과세자료 의하여 가공매출을 익금불산입하고, 가공매입을 손금불산입하여 다음 표와 같이 이 건 법인세를 과세한 사실이 조사서에 의하여 확인된다. (단위:백만원) 사업 연도 신고내용 조사 적출내용 추징세액 비고 수입금액 소득금액 수입금액 소득금액 계 법인 인정상여 합계 104,488 9,362 △38,956 1,110 2,840 917 1,923 2009 46,867 2,121 △17,516 370 250 121 129 2008 34,231 4,865 △15,486 △209 1,830 388 1,442 추계 2007 23,390 2,376 △5,954 949 760 408 352 다만, 가공매입 중 고정자산 11,702백만원을 인정하지 아니하고 제조원가로 보아 전액 손금불산입하여 과세하였고, 개인사업자인 @@@정공의 실질사업자는 청구법인임에도 합산과세하지 아니하였으며, 2009사업연도 가공매출액이 17,616백만원임에도 17,516백만원으로 과세하여 1억원이 과세누락된 사실이 경정결의서에 의하여 확인된다. 또한, 2010사업연도 법인세에 대하여는 심리일 현재까지 경정하지 아니하였으고, 2007사업연도와 2009사업연도는 실지조사 방법에 의하여 경정결정하였으나, 2 008사업년도의 경우 가공매출 및 가공매입을 반영할 경우 소득율이 51%에 달할 뿐만 아니라 가공세금계산 수취비율(매출 44.2%, 매입 46.9%) 높아 법인세법 제66조 제3항 단서규정 및 동법시행령 제104조 제1항 제1호 “소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류 가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우”에 해당하는 것으로 보아 소득금액을 추계조사로 결정한 사실이 조사서 및 경정결의서에 의하여 확인되며, 경정결의서 작성시 가공매출액을 수입금액에서 차감하지 않고 소득금액만 조정하여 잘못 경정결정한 사실이 결의서에 의하여 확인된다.

5. 청구법인은 2008사업년도 가공매입 20,186백만원 중 6,892백만원, 2009사업년도 가공매입 17,887백만원 중 4,810백만원을 제조원가가 아닌 유형고정자산으로 계상하여 손금산입하지 아니하였고, 관련 감가상각비만 손금산입하였음에도 처분청이 제조원가로 보아 전액 손금불산입한 것은 부당하다고 주장하면서, GG지방국세청의 확인서 및 가공세금계산서 수취내역서, 계정별원장, 감가상각내역서 등을 제시하였다.

6. 청구법인은 2007사업년도에 실제 제조원가(재료비 및 외주가공비)임에도 이익을 부풀리기 위하여 851백만원을 자산으로 계상하였다고 주장하면서, 2007년 외주가공비 등 자산계상분 및 연도별 감가상각비 내역, 계정별원장, 발주서, 거래명세표, 세금계산서 등을 제시하였다. 7) 청구법인은 재고자산을 2007사업년도에 2,159백만원, 2008사업년도에 2,522백만원을 과다계상하였다고 주장하면서 2007년∼2008년 재공품 평가현황 (실제분)과 재공품이 1,486백만원이 차감된 사실이 나타나는 SS지방법원 파산부에 보고한 회생절차개시 사건에 대한 조사보고서를 제시하였다.

• 라. 판단 먼저, 청구법인이 가공매입액 중 쟁점가공자산이 포함되어 있음에도 이를 제조원가로 보아 과세하였고, 쟁점외주가공비를 자산으로 계상하였으며, 쟁점 재고자산을 과대계상하였다고 주장하면서 계정별원장 등을 제시하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. 처분청이 법정관리 중인 청구법인에 대한 조세채권을 조기에 확정하여 법원에 청구하기 위하여 긴급 세무조사를 실시하면서 GG지방국세청에서 작성한 확인서 및 가공거래내역서상 가공매입 중 쟁점고정자산(11,702백만원)이 포함되어 있다고 확인하였음에도 구체적인 사실조사없이 자산으로 인정하지 아니하고 제조원가로 보아 전액 손금불산입하였고, 개인사업자인 @@@정공의 실질사업자는 청구법인임에도 이 건 법인세 과세시 합산과세하지 아니하였으며, 2009사업연도 가공매출액이 17,616백만원임에도 17,516백만원으로 과세하여 1억원이 과세누락되었다. 또한, 2010사업연도 법인세에 대하여는 심리일 현재까지 경정하지도 아니한 사실이 확인되었다. 다만, 청구법인이 제시한 계정별원장, 감가상각내역서 등에 쟁점가공자산이 자산으로 계상된 사실이 나타나지만 이에 대한 구체적인 사실확인없이 부분적으로 제시한 장부만으로 쟁점가공자산이 법인세신고서상 자산과 감가상각비 조정명세상의 유형별자산에 포함되었다고 인정하기는 어려운 점이 있으므로 공장 등 현장확인, 전산장부, 매입·매출장, 법원의 법정관리 서류(각종 보고서) 등에 의해 부분적인 재조사가 필요하다 할 것이다. 아울러, 청구법인이 제시한 계정별원장, 감가상각내역서, SS 지방법원 파산부에 보고한 회생절차개시 사건에 대한 조사보고서 등에 쟁점외주가공비를 자산으로 계상한 사실과 쟁점재고자산을 과대계상한 사실이 나타나지만 이에 대한 구체적인 사실확인없이 부분적으로 제시한 장부만으로는 이를 인정하기는 어 려운 점이 있으므로 쟁점외주가공비와 쟁점재고자산의 적정성 여부를 전산장부, 매입·매출장, 법원의 법정관리 서류(각종 보고서) 등에 의해 부분적인 재조사가 필요하다 할 것이다. 다음으로 2008사업연도의 법인 소득금액을 추계조사 결정한 처분이 정당한지 여부에 대하여 살펴본다. 청구법인의 경우 가공매출 및 매입세금계산서를 수수하는 등 분식회계한 사실이 확인되었고, 가공매입 중 쟁점가공자산에 대하여 구체적인 사실확인없이 청구법인의 주장을 인정하기 어려우며, 부가가치세 신고과세표준 대비 가공세금계산서 발행 및 수취비율이 가공매출 44.2%, 가공매입 46.9%로 법인세법 제66조 제3항 단서규정 및 같은법시행령 제104조 제1항 제1호 “소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우”에 해당하여 기준경비율에 의거 소득금액을 추계결정한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 따라서, 처분청이 가공매입 중 쟁점가공자산이 있는지 여부, 쟁점외주가공비를 자산으로 계상하였는지 여부, 쟁점재고자산을 과대계상하였는지 여부에 대한 구체적인 사실확인없이 과세한 사실이 확인되므로 이를 재조사하여 그 결과에 따라 이 건 법인세의 과세표준과 세액 및 상여처분금액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의거 주문과 같이 결정한다.