청구외법인은 비상장법인으로 청구법인은 종전규정에 의하여 중소기업에 해당한자가 개정으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게된 경우에 해당하지 않아 중소기업유예규정 적용안됨
청구외법인은 비상장법인으로 청구법인은 종전규정에 의하여 중소기업에 해당한자가 개정으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게된 경우에 해당하지 않아 중소기업유예규정 적용안됨
1. 제조업을 하는 청구법인은 2006 사업연도 법인세과세표준확정신고시 ‘중소기업 에 대한 특별 세액감면과 ‘연구․인력개발비에대한세액 공제를 각 312,970,605원과 32,308,981원, 그리고 2007 사업연도 법인세신고시 ‘중소기업에 대한 특별세액감면 ’, ‘연구․인력개발비에 대한 세액공제 ’와 ‘기업의 어음제도개선을 위한 세액공제 ’를 각 217,752,830원, 41,150,362원과 22,407,560원 신청하여 감면․공제받았다. 처분청은 청구외 A전자(주)(이하 “청구외법인”이라 한다)가 자본금 100% 를 출자한 기업인 청구법인이 구 중소기업기본법시행령 (2005.12.27., 대통령령 제19189호로 개정된 것, 이하 ‘개정후 구 중소기업기본법 시행령’이라 한다) 제3조제1호 나목에 따라 2006 사업연도부터 일반기업에 해당한다고 보아 청구법인의 2006, 2007 사업연도의 중소기업 관련 세액감면 및 세액공제 적용을 배제하고 2011.2.14. 2006 및 2007 사업연도 법인세 463,468,780원, 338,999,870원을 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.5.6. 이 건 심사청구를 제기하였다.
2.
3.
1. 청구외법인의 2004.12.31. 현재 대차대조표상 자산총액은 3,657억 6,200만원이고, 2005.12.31. 현재 대차대조표상 자산총액은 5,554억7,800만이다.
4. 2005 사업연도의 경우 청구법인은 비상장법인으로서, 직전사업연도 말일인 2004.12.31. 현재 자산총액이 5,000억원 미만인 청구외법인이 청구법인 발행주식총수의 100분의30이상을 소유하고 있는 기업에 해당되므로 중소기업기본법 시행령의 개정에 관계없이 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 의 중소기업에 해당되고,
5. 2006 사업연도 이후의 사업연도의 경우는 ① 개정전 구 중소기업기본법 시행령 별표2를 적용하는 경우에는 직전사업연도 말일인 2005.12.31. 현재 자산총액이 5,000억원 이상인 비상장법인이 발행주식총수의 100분의 30이상을 소유하고 있는 기업에 해당되므로 구 조세특례제한법시행령 제2조 제1항 의 중소기업에 해당되지만,
② 개정후 구 중소기업기본법 시행령 별표 2를 적용하는 경우에는 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 의 중소기업에 해당되지 아니한다.
6.
2. 따라서 청구법인은 개정후 구 중기법 시행령 별표 2를 적용하는 경우에는 구 조특법 시행령 제2조 제1항의 중소기업에 해당되지 아니하므로 개정후 구 중소기업기본법 시행령 시행일부터 2008.12.31.까지는 중기법 시행령 별표의 개정으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에도 그 다음 3개 사업연도까지는 위 조세특례가 적용되는 중소기업으로 간주하는 규정에 따라 구 조특법 시행령 제2조 제1항의 중소기업에 해당될 수 있는 것이다.
7.
1. 중소기업에 대한 조세특례내용 구 조세특례제한법(2006.12.30.법률제8146호로 개정되기 전의 것)은 제2장 제1절에서 중소기업에 대한 조세특례를 규정하면서, 구체적으로 중소기업투자준비금의 손금산입(제4조), 중소기업투자세액공제(제5조), 중소기업에 대한 특별세액감면(제7조), 기업의 어음제도개선을 위한 세액공제(제7조의2) 등의 공제 또는 감면규정을 두고 있고, 구 조세특례제한법 제4조 제1항 은 “대통령령이 정하는 중소기업(이하 ‘중소기업’이라 한다)을 영위하는 내국인이···(중략)···당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다”고 규정하여 위 조세특례가 적용되는 중소기업의 범위를 대통령령에 위임하고 있다.
2. 중소기업의 범위 구 조세특례제한법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 본문은 “ 조세특례제한법 제4조 제1항 에서 ‘대통령령이 정하는 중소기업’이라 함은 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 재정경제부령이 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 광업,···(중략)···을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 ‘중소기업’이라 한다)을 말한다”고 규정하면서, 제1호에서 “상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 1의 규정에 의한 규모기준 이내일 것”(이하 ‘규모기준’이라 한다)을, 제3호에서 “실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 의 규정에 적합할 것”(이하 ‘독립성기준’이라 한다)을 열거하고 있다.
3. 한편, 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 은 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 기업이 중소기업기본법 시행령 별표의 개정으로 인하여 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3과세연도까지 중소기업으로 본다”고 규정하여, 중소기업이 중소기업기본법 시행령 별표의 개정으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에도 그 다음 3개 사업연도까지는 위 조세특례가 적용되는 중소기업으로 간주하고 있다. 3) 중소기업기본법 시행령 별표의 개정 연혁 개정전 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 는 “소유 및 경영의 실질적인 독립성이 별표 2의 기준에 적합한 기업”이라 규정하고, 별표 2는 실질적 독립성 기준에 대하여 “제3조 제1호 나목의 규정에 의한 법인 (증권거래법 제2조 의 규정에 의한 주권상장법인 또는 협회등록법인 으로서 자산총액이 5,000억원 이상인 법인) 이 발행주식총수의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 기업이 아닐 것”이라 규정하고 있었다.
8. 그런데, 개정후 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1호 나목은 “자산총액이 5,000억원 이상인 법인”으로 개정되었고, 이에 따라 별표 2의 내용도 상장법인인지 여부와 상관없이 자산총액이 5,000억원 이상인 법인이 발행주식총수의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 기업이 아닐 것으로 개정되었으며,
9. 개정후 구 중소기업기본법시행령부칙 제2항(경과조치)은 “이 영 시행당시 종전의 규정에 의하여 중소기업에 해당하는 기업이 이 영의 시행으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 (독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 제1항 의 규정에 의한 상호출자제한기업집단에 속하는 회사를 제외한다) 에는 이 영 시행일부터 3년간은 이를 중소기업으로 본다.”고 규정하고 있다.
10.
4. 개정후 구 중소기업기본법 시행령 시행일 현재의 자산총액
2004.12.31. 자산총액이 3,657억6,200만원이었다가, 2005.11.30. 5,235억7,700만원으로 증가하였고, 2005.12.31. 자산총액은 5,554억 7,800만원이었는 바, 개정후 구중소기업기본법시행령의 시행일인 2005.12.27. 현재 자산총액이 5,000억원 이상인 비상장법인에 해당되는 바, 청구법인은 개정후 구 중소기업기본법시행령 시행일 현재 자산총액 5,000억원 이상인 비상장법인이 발행주식총수의 30% 이상을 소유하고 있었던 기업이므로 개정후 구 중소기업기본법 시행령 시행일부터 2008.12.31.까지 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 의 중소기업에 해당될 수 있는 것이다.
12.
13. 위 경과규정에 대하여 기획재정부는 “개정후 중소기업기본법 시행령 시행일 현재 자산총액 5,000억원 이상인 비상장법인이 발행주식총수의 30% 이상을 소유하고 있었던 기업은 개정후 구 중소기업기본법시행령시행일부터 2008.12.31.까지 구조세특례제한법시행령제2조제1항에 해당된다” 고 유권해석한 바 있다(재조특-744, 2008. 10. 27., 재조특-325, 2009. 3. 31.).
14.
15.
1. 이 사건 부과처분의 과세논리
16. 처분청은 과세예고통지 당시 “청구외법인의 2004 사업연도, 2005 사업연도 자산총액은 각각 3,657억6,200만원, 5,554억7,800만원으로 2004 사업연도 종료일에는 자산총액이 5,000억원 미만이었으나, 2005 사업연도 종료일에는 자산총액이 5,000억원 이상이 되었는데, 개정후 구 중소기업기본법 시행령의 시행일은 2005.12.27.이고, 시행일현재 청구외회사의 자산총액은 2004 사업연도 종료일 현재의 자산총액을 기준으로 중소기업의 범위를 판단해야 하므로 청구법인은 실질적인 독립성이 (이미) 중소기업의 범위에 포함되어 이 사건 경과규정을 적용할 수 없고,
17. 2006 사업연도 중소기업의 범위 판단은 2005 사업연도 종료일 현재의 자산총액을 기준으로 판단해야 하는바, 청구외법인의 2005 사업연도 종료일 현재 자산총액이 5,000억원 이상이 되어 청구법인은 2006 사업연도부터 일반법인에 해당된다.”고 판단 하였다.
18.
2. 처분청 논리의 부당성
19. 앞서 본 유권해석의 취지에 의하면, 이 사건 경과규정을 적용하는 경우 자산총액은 개정후 구 중소기업기본법 시행령의 시행일인 2005.12.27.을 기준으로 하는 것이고, 위 시행일의 직전 사업연도 종료일인 2004.12.31.의 자산총액을 기준으로 하는 것이 아니다.
20. 만일, 처분청과 같이 해석하는 경우, 아래에서 보는 바와 같이 모회사 규모가 더 큰 중소기업만 중소기업 조세특례를 적용받게 되는 불합리한 결과가 발생하게 된다.
21.
22. 2005.12.27.의 직전 사업연도 종료일 현재 자산총액이 5,000억원 이상이므로, 이 사건 경과규정이 적용되어 2008.12.31.까지 구 조세특례제한법시행령 제2조 제1항 의 중소기업에 해당되고,
23.
24. 2005.12.27.의 직전사업연도 종료일 현재 자산총액이 5,000억원 미만이므로, 이 사건 경과규정이 적용되지 아니하여 2005 사업연도까지만 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 의 중소기업에 해당된다는 것인 바,
25. 위와 같은 처분청의 해석에 따르면, 구 조세특례제한법 시행령제2조제1항의 중소기업에 해당하던 2개의 중소기업 중 모회사의 자산총액이 더 큰 중소기업은 구 중소기업기본법 시행령 개정후 3년간 중소기업조세특례를 적용받을 수 있는 반면 모회사의 자산총액이 작은 중소기업은 더 이상 중소기업 조세특례를 적용받을 수 없게 되는바, 조세공평의 원칙에 반하는 결과를 초래하게 된다.
26. 따라서 청구외법인이 2004.12.31. 자산총액이 5,000억원 미만이었다고 하더라도 개정후 구 중소기업기본법 시행령의 시행일인 2005.12.27. 현재 자산총액이 5,000억원을 초과하였으므로, 이 사건 경과규정이 적용되는 것이라고 할 것이다.
27.
3. 소결
28. 따라서 청구법인은 이 사건 경과규정에 따라 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호 소정의 독립성기준을 갖춘 것으로 보아야 하며, 같은 항 제1호 소정의 규모기준을 충족하고 있으므로 2008 사업연도까지는 중소기업에 해당한다고 할 것이다.
29.
30. 이상에서 본 바와 같이 이 사건 부과처분은 구 조세특례제한법상 중소기업의 범위에 관한 법리를 오해한 위법이 있으므로, 청구법인은 이 사건 부과처분은 취소되어야 한다.
2. 개정전 구 중소기업기본법시행령 제3조 제1호 나목을 보면 ‘ 증권거래법 제2조 의 규정에 의한 주권상장법인 또는 협회등록법인으로서 자산총액(직전사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5,000억원 이상인 법인’이라고 규정하여 자산총액 5,000억원 이상인 주권상장법인이나 협회등록법인이 자회사 지분의 30%이상을 소유한 경우에 자회사를 중소기업범위에서 제외하였으나, 2005.12.27. 중소기업기본법 시행령 개정 시 ‘ 증권거래법 제2조 의 규정에 의한 주권상장법인 또는 협회등록법인으로서’라는 규정을 삭제하여 상장여부에 관계없이 자산총액이 5천억원 이상인 법인이 지분의 30%이상을 소유한 경우 중소기업의 범위에서 제외하도록 하여 중소기업 제외 범위를 변경(확대)하였고, 위 중소기업기본법 시행령 개정에 따른 경과조치로 부칙 제2항에 ‘이 영 시행당시 종전의 규정에 의하여 중소기업에 해당하는 기업이 이 영의 시행으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 이 영 시행일부터 3년간은 이를 중소기업으로 본다’고 규정하였는데, 3) 개정후 중소기업기본법 시행령의 시행일은 2005.12.27.인 바, 시행일 현재 중소기업에 해당하는지를 가릴때 당해법인의 자산총액은 2005 사업연도의 경우 직전사업연도인 2004 사업연도 종료일 현재를 기준으로 판단해야 한다.
4. 소결 청구법인은 2004 사업연도, 2005 사업연도 자산총액이 각 3,657억62백만원, 5,554억78백만원으로서 2005 사업연도에는 독립성기준으로 중소기업의 범위에 이미 포함되어 있었기 때문에 개정 중소기업기본법 시행령 시행일인 2005.12.27.자로 ‘이 영의 시행으로 인하여 종전의 규정에 의하여 중소기업에 해당하는 기업이 이 영의 시행으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 ’에 포함되지 않으므로, 개정 중소기업기본법시행령 부칙 제2항을 적용할 수 없는 것이다.
1. 조 세법률주의원칙상 조세법규에 대한 해석은 엄격하게 이루어져야 하며 특별한 사정이 없는 한 확장해석과 유추해석은 허용되지 않아야 한다. 2) 조세특례제한법 시행규칙 제2조 제5항 에 ‘영 제2조 제1항 각호외의 단서에서 “자산총액”이라 함은 과세연도 종료일 현재 대차대조표상의 자산총액을 말한다’고 규정하고 있고, 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 의 중소기업의 범위는 사업연도 종료일 현재의 대차대조표상의 자산총액이 5,000억원 이상인지 여부를 기준으로 판단해야 하고, 중소기업기본법 시행령 제3조 제1호 나목에서 자산총액은 ‘직전사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다’고 정하고 있고, 3) 개정후 중소기업기본법 시행령의 시행일은 2005.12.27.인 바, 시행일 현재 청구외법인의 자산총액은 위와 같이 5,000억원미만이므로 청구법인의 주장을 받아들일 수 없다.
4. 한편 2006 사업연도 중소기업의 범위 판단은 2005 사업연도 종료일 현재의 자산총액을 기준으로 판단해야 하는데, 청구외법인의 2005사업연도 종료일 현재의 자산총액이 5,000억원 이상이 되어 청구법인은 2006 사업연도부터 일반법인에 해당되며, 조특례제한법 시행령 제2항 제3호에 해당되어 유예기간을 적용할 수 없는 것이다.
4. 관련법령․판례․예규 등
○ 구 조세특례제한법 제7조 (중소기업에 대한 특별세액감면) (2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것)
① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2008 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권 안에 소재하는 경우에는 모든 사업장이 수도권 안에 소재하는 것으로 보아 제2호에서 규정하는 감면비율을 적용한다.
○ 구 조세특례제한법 제7조의2 (기업의 어음제도개선을 위한 세액공제)
① 중소기업을 영위하는 내국인이 2008 12월 31일까지 중소기업에게 지급한 구매대금(중소기업이 아닌 기업을 영위하는 내국인이 네트워크론제도를 이용하여 중소기업에게 지급하는 구매대금을 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 중 다음 각 호의 1에 해당하는 금액(이하 이 조에서 ‘환어음 등 지급금액’이라 한다)이 있는 경우에는 제2항의 규정에 따라 계산한 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 공제받는 금액이 당해 과세연도의 소득세 또는 법인세의 100분의 10을 초과하는 경우에는 100분의 10을 한도로 한다. (이하 생략)
○ 구 조세특례제한법 제10조 (연구 및 인력개발비에 대한 세액공제)
① 내국인(소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2006 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 ‘연구 및 인력개발비’라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다.
1. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법
2. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법(이하 생략)
○ 구 조세특례제한법 제10조 (연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) (2007.12.31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것)
① 내국인[도박장·무도장·유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 ‘소비성서비스업’이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 ‘연구·인력개발비’라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.
1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액
- 가. 해당 과세연도에 발생한 연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
- 나. 해당 과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액(이하 생략)
○ 구 조세특례제한법 시행령 제2조 (중소기업의 범위) (2006.2.9. 대통령령 제19329호로 개정되기 전의 것)
① 조세특례제한법 제4조 제1항 에서 '대통령령이 정하는 중소기업'이라 함은 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 재정경제부령이 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 광업, 건설업, 제5조 제6항의 규정에 의한 엔지니어링사업, 제5조 제8항의 규정에 의한 물류산업, 해운법에 의한 선박관리업, 운수업 중 여객운송업, 어업, 도매업, 소매업, 전기통신업, 연구 및 개발업, 방송업, 정보처리 및 기타 컴퓨터운영 관련업, 제54조 제1항의 규정에 의한 자동차정비공장을 운영하는 사업, 의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업, 폐기물처리업(폐기물관리법에 의한 폐기물처리업 및 건설폐기물의 재활용촉진에 관한 법률에 의한 건설폐기물처리업을 말하되, 폐기물관리법 제44조의2 의 규정에 의하여 신고를 하고 폐기물을 재활용하는 경우를 포함한다. 이하 같다), 수질환경보전법에 의한 폐수처리업(이하 ‘폐수처리업’이라 한다), 오수·분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률에 의한 분뇨등관련영업, 작물재배업, 축산업, 과학 및 기술서비스업, 포장 및 충전업, 영화산업(영화 및 비디오 제작업, 영화 및 비디오 제작관련 서비스업, 영화 배급업에 한하며, 이하 ‘영화산업’이라 한다), 공연산업, 전문디자인업, 뉴스제공업, 광고업, 무역거래기반조성에 관한 법률에 의한 무역전시산업, 학원의 설립·운영 및 과외교습에 관한 법률 시행령에 의한 직업기술분야 학원, 관광진흥법에 의한 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업을 제외한다) 및 노인복지법에 의한 노인복지시설을 운영하는 사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 ‘중소기업’이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원 수가 1천 명 이상, 자기자본이 1천억 원 이상, 매출액이 1천억 원 이상 또는 증권거래법에 의한 주권상장법인·협회등록법인으로서 자산총액이 5,000억 원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.
1. 상시 사용하는 종업원 수·자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 ‘중소기업기준’이라 한다) 이내일 것
중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 의 규정에 적합할 것
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초 1회에 한하여 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 '유예기간'이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 1의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다.
1. 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업 외의 기업과 합병하는 경우
2. 유예기간 중에 있는 법인과 합병하는 경우
3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당되는 경우
4. 창업일이 속하는 과세연도의 다음 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우
③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다.
④ 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 동항 제1호의 규정에 의한 상시 사용하는 종업원 수·자기자본·자본금·매출액 및 자산총액의 계산에 관하여 필요한 사항은 재정경제부령으로 정한다.
⑤ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 기업이 중소기업기본법 시행령 별표의 개정으로 인하여 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3과세연도까지 중소기업으로 본다.
○ 조세특례제한법 시행규칙 제2조 【중소기업의 범위】
① ～④ 생략
⑤ 영 제2조제1항 각호외의 부분 단서에서 "자산총액"이라 함은 과세연도 종료일 현재 대차대조표상의 자산총액을 말한다.
○ 중소기업기본법 제2조 【중소기업자의 범위】
① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다.
1. 다음 각 목의 사항을 고려하여 그 규모가 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것
- 가. 업종의 특성
- 나. 상시 근로자 수
- 다. 자산규모
- 라. 매출액 등
○ 구 중소기업기본법 시행령 제3조 (중소기업의 범위) (2005.12.27. 대통령령 제19189호로 개정되기 전의 것) 중소기업기본법 제2조 제1항 의 규정에 의한 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.
1. 당해 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 당해 기업의 상시근로자수·자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 적합한 기업. 다만, 다음 각 목의 1에 해당하는 기업을 제외한다.
- 가. 상시근로자수가 1천 명 이상인 기업
- 나. 증권거래법 제2조 의 규정에 의한 주권상장법인 또는 협회등록법인으로서 자산총액(직전사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5,000억 원 이상인 법인
2. 소유 및 경영의 실질적인 독립성이 별표 2의 기준에 적합한 기업 [별표 2] 중소기업의 소유 및 경영의 실질적인 독립성기준 (제3조 제2호 관련) 독립성기준 적용시한 독립성기준 적용시기
○ 독점규제및공정거래에관한법률 제9조제1항의 규정에 의한 상호 출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것 20053월 31일까지
○ 제3조 제1호 나목의 규정에 의한 법인 이 발행주식(상법 제370조 의 규정에 의한 의결권 없는 주식을 제외한다) 총수의 100분의 30이상을 소유하고 있는 기업이 아닐 것 20054월 1일부터 비고: 중소기업청장은 매년 중소기업제외대상기업의 현황을 파악하여 이를 고시하여야 한다
○ 구 중소기업기본법 시행령 제3조 (중소기업의 범위) (2005.12.27. 대통령령 제19189호로 개정된 것) 중소기업기본법 제2조 제1항의 규정에 의한 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.
1. 당해 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 당해 기업의 상시근로자수·자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 적합한 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업을 제외한다.
- 가. 상시근로자수가 1천 명 이상인 기업
- 나. 자산총액(직전사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5,000억 원 이상인 법인
2. 소유 및 경영의 실질적인 독립성이 별표 2의 기준에 적합한 기업 [별표 2] 중소기업의 소유 및 경영의 실질적인 독립성기준(제3조 제2호 관련)
1. 제3조 제1호 나목의 규정에 의한 법인 이 발행주식(상법 제370조 의 규정에 의한 의결권 없는 주식을 제외한다) 총수의 100분의 30이상을 소유하고 있는 기업이 아닐 것
2. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조제1항 의 규정에 의한 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것
○ 중소기업기본법 시행령 부칙 (2005. 12. 27. 대통령령 제19189호)
① (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
② (경과조치) 이 영 시행 당시 종전의 규정에 의하여 중소기업에 해당하는 기업이 이 영의 시행으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경 우 (독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 제1항 의 규정에 의한 상호출자제한기업집단에 속하는 회사를 제외한다)에는 이 영 시행일부터 3년간은 이를 중소기업으로 본다.
- 라. 사실관계 1) 청구외법인은 주업종 ‘부동산/임대’ (부업종: 제조/전기전자, 기기 부품, 도소매/주유소, 도매/무역)를 영위하는 계속사업자이다. 2) 청구법인은 이 건 심리와 관련하여 청구외법인의 2004 12월 31일, 2005 12월 31일 재무제표 및 2005 11월말 기준 대차대조표 사본을 제출하였는바 내용은 다음과 같으며 이에 대하여는 다툼이 없다. 대 차 대 조 표 제32기 2005 12월 31일 현재 제31기 2004 12월 31일 현재 (단위: 백만원) 과 목 제32(당)기 제31(전)기 금액 금액
555,478 365,762 Ⅰ. 당좌자산 232,654 202,921 Ⅱ. 재고자산 38,241 22,398 Ⅲ. 투자자산 84,622 24,634 Ⅳ. 유형자산 198,896 114,772 Ⅴ. 무형자산 1,063 1,035
249,290 194,724 Ⅰ. 유동부채 238,856 170,646 Ⅱ. 고정부채 10,434 24,077
306,188 171,037 Ⅰ. 자본금 3,000 3,000 Ⅱ. 자본잉여금 8,157 8,157 Ⅲ. 이익잉여금 295,731 160,742 Ⅳ. 자본조정 △701 △862 대 차 대 조 표 제32기 2005 11월 30일 현재 (단위: 백만원)
523,577 Ⅰ. 당좌자산 245,377 Ⅱ. 재고자산 36,422 Ⅲ. 투자자산 57,191 Ⅳ. 유형자산 183,497 Ⅴ. 무형자산 1,089
211,171 Ⅰ. 유동부채 198,314 Ⅱ. 고정부채 12,857
312,405 Ⅰ. 자본금 3,000 Ⅱ. 자본잉여금 8,157 Ⅲ. 이익잉여금 301,695 Ⅳ. 자본조정 △448
3. 이 건 과세예고통지에 앞서 국세청 감사관이 2010.11.9. 통지관서에 보낸 ‘해명요구서’의 내용과 이에 대한 2010.11월 통지관서가 작성한 ‘중소기업 관련 감면 해당여부 검토서’의 내용은 다음과 같다.
31. 청구법인은 청구외법인의 2004.12.31. 자산총액이 3,657억62백만원이었다가, 2005.11.30. 5,235억77백만원으로 증가하였고, 2005.12.31. 자산총액은 5,554억 78백만원이었으므로 개정후 구중소기업기본법시행령의 시행일인 2005.12.27. 현재 자산총액이 5,000억원이상인 비상장법인에 해당되는 바, 청구법인은 개정후 구 중소기업기본법시행령 시행일 현재 자산총액 5,000억원이상인 비상장법인이 발행주식총수의 30% 이상을 소유하고 있었던 기업이므로 개정후 구 중소기업기본법 시행령 시행일부터 2008.12.31.까지 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 의 중소기업에 해당된다고 주장하여 이에 대하여 살펴본다. 내국법인에 대한 독립성 기준인 구 중소기업기본법 시행령 별표2 제1호를 적용함에 있어서, 투자법인의 자산총액이 5,000억원이상인지 여부는 해당 내국법인의 사업연도 종료일이 속하는 사업연도를 기준으로 하여 그 직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액으로 판단하는 것이므로, 2004.12.31. 청구외법인의 자산총액이 3,657억62백만원이었다가 2005.12.31. 자산총액은 5,554억78백만원이었으므로 개정후 구중소기업기본법시행령의 시행일인 2005. 12.27. 현재는 자산총액이 5,000억원미만인 비상장법인에 해당된다 하겠는 바, 조세특례제한법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20620호로 개정된 것) 제2조제5항은 구 중소기업기본법 시행령 별표2의 개정으로 중소기업의 지위가 변경되는 것을 대상으로 하고 있는 것이나, 해당 개정규정의 시행으로 중소기업의 지위에 변동이 없는 법인에 대해서는 유예기간이 적용되지 아니하는 것(법규과-1687, 2010.11.12, 같은 뜻)이라 할 수 있으므로, 청구외법인은 청구법인 발행주식 총수의 30% 이상을 소유한 비상장법인으로서 자산총액이 5,000억원미만이었다가 개정후 구 중소기업기본법시행령 시행일이 속한 사업연도에는 비상장법인으로서 자산규모가 증가하여 그 총액이 5,000억원이상이 된 경우에 해당하는 바, 종전의 규정에 의하여 중소기업에 해당하는 기업이 이 영의 시행으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 에 포함되지 않으므로, 개정 중소기업기본법시행령 부칙 제2항을 적용할 수 없는 것이다. 따라서 청구법인이 중소기업이라 하여 법인세신고시 적용한 조세특례제한법상의 중소기업특별세액감면 등을 부인하고 이 건 법인세를 부과한 처분청의 당초 처분은 정당한 것으로 판단된다.
이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.