쟁점금액을 청구법인의 매출누락으로 볼 수 있는지 여부

○○ 세무서장이 2010.7.1. 청구법인에게 한 2008년 사업연도 법인세 26,389,170원 및 2008년 2기 부가가치세 11,856,810원의 부과처분은, 부과처분의 대상인 매출누락금액 87,401천원을 ○○개발주식회사가 청구법인에게 직접 지급하였는지, 만약 청구법인에게 지급하지 않았다면 누구에게 지급하였는지 그 계약관계 및 지급내역 등과 대금을 수령한 자가 청구법인에게 매출세금계산서를 발행하였으나 청구법인이 이를 매입으로 신고하지 않은 부분이 있는지 등 실질을 재조사하여 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구법인은 2005.1.4. 개업하여

○○ 도

○○ 군

○○ 읍

○○ 리 000-14번지에서 건설업(전기공사)을 영위하는 법인으로,

○○ 지방국세청장(이하 “조사관서”라 한다)은 청구외

○○ 개발주식회사(이하 “청구외법인”이라 한다)에 대한 법인세 정기조사를 실시한 후 청구법인과의 거래에서 발생한 87,401,000원의 불부합자료(이하 “쟁점금액”이라 한다)를 처분청에 통보하였다. 처분청은 조사관서의 자료통보에 따라 청구법인에게 쟁점금액(매출누락혐의 금액)에 대한 과세자료 해명안내를 하였으나 청구법인이 기한 내 소명자료를 제출하지 않자 쟁점금액을 매출누락으로 보아 2010.7.1. 청구법인에게 2008년 사업연도 법인세 26,389,170원 및 2008년 2기 부가가치세 11,856,810원을 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.9.30. 이 건 심사청구를 제기하였다.

가. 청구법인은 쟁점금액의 세금계산서를 발행한 사실이 없음에도 이를 매출누락으로 보아 한 이 건 처분은 부당하다. 1) 청구법인은 2007.6.27.경 청구외법인과 ○○시 ○○구 ○○동 05번지 뉴타운1구역 주택개발사업(이하 “뉴타운1구역 공사”라 한다) 및 ○○도 ○○시 ○○동 ○○지구 도지개발사업(이하 “○○지구 공사”라 한다)의 전기시설공사에 관하여 도급계약을 체결하여 시공한 사실이 있다. 2) 청구법인이 청구외법인로부터 발급받은 ‘2008년도 전기공사실적증명서’에 의하면 뉴타운1구역 공사 기성금액이 부가가치세를 포함한 605,804천원이고, ○○지구 공사 기성금액이 부가가치세를 포함한 1,006,520천원이다. 3) 위 기성금액 합계액이 1,612,324천원인바, 청구법인이 2008년 청구외법인에 발행한 계산서(면세) 매출금액이 919,825천원이고, 세금계산서(과세) 매출금액이 629,550천원(공급가액), 부가가치세가 62,955천원으로 합계금액이 1,612, 330천원(6천원은 단수차이임)으로 서로 일치한다. 4) 청구법인은 위 매출과 별도로 세금계산서를 발행한 사실이 없는바, 쟁점금액은 청구외법인이 일방적으로 청구법인 명의의 세금계산서를 발행하였거나 세금계산서 없이 매입처별세금계산서합계표에 기재하여 부당하게 매입세액을 공제한 것으로 보인다. 5) 당시 청구법인은 건설업체간 하도급관계 및 업무의 특성상 관행적으로 공급자인 청구법인의 인적사항(명판)만 찍힌 세금계산서를 매입자인 청구외법인에 제공하여 청구외법인이 공사진행에 따라 청구법인 명의의 세금계산서를 작성하여 청구법인에 건네주었다.

• 가) 쟁점금액 관련 세금계산서 발행시기에 청구법인이 부도상태에 있다는 이유로 청구외법인이 타 시공참여자에게 일방적으로 공사대금을 지급하고 세금계산서를 발행하였는바, 쟁점금액은 청구법인과 관계가 없고 청구외법인은 세금계산서를 발행한 사실을 청구법인에 알리지도 않았다.
• 나) 청구법인은 약자인 하청업체로써 청구외법인에 수차례 시공참여자에게 직불한 내용을 알려 달라고 요구하였으나, 현장담당자 등은 요구에 응하지 않았으며, 이 건 과세를 체납함으로 인하여 청구법인은 사업재개에 막대한 지장을 초래하고 있다. 6) 따라서 쟁점금액은 청구법인의 매출누락으로 보아 과세할 것이 아니라 청구외법인의 매입세액 불공제 대상이라 할 것이므로 청구법인의 매출누락으로 보아 한 이 건 처분은 부당하다.

가. 쟁점금액은 청구외법인에서 청구외법인으로부터 정당하게 수취한 매입세금계산서에 의한 것이므로 이 건 처분은 정당하다. 1) 당초 ○○지방국세청에서 청구외법인에 대한 조사 결과 청구법인의 매출누락 혐의자료로 파생된 쟁점금액에 대하여 처분청이 청구법인에 과세자료 해명 안내 및 과세예고통지를 하였음에도 청구법인은 전혀 해명자료를 제출하지 않았다. 2) 쟁점금액은 ○○지방국세청의 정기조사에 의하여 기 검토된 후 파생된 것이므로 자료의 내용이 신빙성이 있다 할 것이다. 3) 위 ○○지방국세청의 정기조사 시 확인된 자료에 의하면 청구외법인은 당시 청구법인의 부도로 인해 정상적으로 매입세금계산서를 수취하고 대금은 거래처와 합의하에 직불로 처리하는 등 정상적인 절차에 따라 대금지급이 완료된 건으로 확인된다. 4) 따라서 쟁점금액을 청구법인의 매출누락으로 보아 한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점금액을 청구법인의 매출누락으로 볼 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련 법령 1) 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액을 합한 금액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가

2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가(시가)

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우: 자기가 공급한 재화의 시가

4. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 용역의 시가

5. 폐업하는 경우: 재고재화의 시가

② ～ ③ (생략)

④ 재화의 수입에 대한 부가가치세의 과세표준은 과세가격과 관세․개별소비세․주세․교육세․농어촌특별세 및 교통․에너지․환경세의 합계액으로 한다.

⑤ 제1항부터 제4항까지 외에 과세표준의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다. (이하 생략) 3) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.(1998.12.28 전면개정)

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 4) 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장․사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

• 다. 사실관계 1) 청구외법인이 2009.2.13. 청구법인에 발급한 ‘2008년도 전기공사실적증명서’에는 뉴타운1구역 공사 기성액이 605,804천원, ○○지구 공사 기성액이 1,006,520천원으로 기재되어 있다. 2) 청구외법인이 2008.12.9. 청구법인에 통보한 ‘기성금 직불 통보서’에는 뉴타운1구역 공사 및 ○○지구 공사와 관련하여 ‘귀사의 부도로 인한 공사진행 불가 및 노임분규 발생을 사유로 하여 귀사에 대한 미지급 기성금을 당해 공사 시공참여자에게 직접 지급함을 통보한다. 위 직불금은 귀사의 기성 부분금에서 소멸하게 된다.’고 기재되어 있다. 3) 처분청은 2010.4.6. 과세자료 해명 안내 공문을 발송한 후 청구법인의 소명이 없자 아래와 같이 이 건 처분을 한 사실이 확인된다.
• 가) 부가가치세: 매출누락 87,401,000원 (세액 8,740,100원), 가산세 3,116,719원 (미제출 874,010원, 납부불성실 1,368,699원), 고지세액 11,856,819원
• 나) 법인세: 매출누락 96,141,100원 (익금가산 상여), 부가가치세 8,740,100원 (손금가산 기타), 고지세액 26,389,178원 4) 청구법인은 2008년 2기 확정 부가가치세 신고 시 총 148매 1,144,912천원의 매입세금계산서를 수취한 것으로 신고하였으나 같은 과세기간에 거래처들이 총 275매 1,168,230천원의 매출세금계산서를 청구법인에 발행한 것으로 신고하였음이 국세통합전산망에 의하여 확인된다.
• 라. 판단 청구법인은 청구외법인에 쟁점금액의 매출세금계산서를 발행한 사실이 없으므로 쟁점금액을 매출누락으로 보아 한 이 건 처분은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. 청구외법인이 2009.2.13. 청구법인에 발급한 ‘2008년도 전기공사실적증명서’에는 뉴타운1구역 공사 기성액이 605,804천원, ○○지구 공사 기성액이 1,006,520천원으로 기재되어 있어, 청구법인이 청구외법인에 대한 매출로 신고한 금액과 같음이 확인되나, 청구외법인이 2008.12.9. 청구법인에 통보한 ‘기성금 직불 통보서’에는 뉴타운1구역 공사 및 ○○지구 공사와 관련하여 ‘귀사의 부도로 인한 공사진행 불가 및 노임분규 발생을 사유로 하여 귀사에 대한 미지급 기성금을 당해 공사 시공참여자에게 직접 지급함을 통보한다. 위 직불금은 귀사의 기성 부분금에서 소멸하게 된다.’고 기재되어 있는바, 청구외법인은 청구법인으로부터 정당하게 세금계산서를 교부받은 것으로 보아야 하고, 청구법인은 쟁점금액을 매출누락한 것으로 보아야 할 것이다. 다만, 쟁점금액을 청구법인이 수령하지 않고 청구외법인이 시공참여자에게 직접 지급한 것으로 확인되므로, 쟁점금액을 상여로 처분한 것은 잘못된 처분이라 할 것이고, 쟁점금액을 실질적으로 수령한 업체들을 확인하여 그 금액을 청구법인의 공사원가로 계상하여야 할 것으로 보이며, 2008년 2기 확정 부가가치세 신고 시 청구법인은 총 148매 1,144,912천원의 매입세금계산서를 수취한 것으로, 거래처들은 총 275매 1,168,230천원의 매출세금계산서를 청구법인에 발행한 것으로 국세통합전산망에 의하여 확인되어 청구법인의 신고금액보다 거래상대방들의 신고금액이 커 청구법인이 제출하지 못한 매입세금계산서가 있는 것으로 보이는바, 쟁점금액 중 경정기관의 확인을 거쳐 제출하는 매입세금계산서에 해당하는 부분이 있는지 등에 대한 사실관계를 재조사하여 그 실질에 맞는 처분을 하여야 하는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.