청구법인은 이건 심리 과정 중 처분청이 요구한 상당량의 원시증빙을 추가로 제시하였으므로, 처분청은 추가로 제시된 원시증빙과 청구법인이 비치하고 있던 제 장부 및 증거들을 조사한 후 그 자료에 의하여 청구법인의 과세표준과 세액을 결정하여야 할 것이고, 그 자료에 의하더라도 과세표준과 세액을 결정할 수 없다면 그 때에 추계결정함이 타당하다 할 것임.
청구법인은 이건 심리 과정 중 처분청이 요구한 상당량의 원시증빙을 추가로 제시하였으므로, 처분청은 추가로 제시된 원시증빙과 청구법인이 비치하고 있던 제 장부 및 증거들을 조사한 후 그 자료에 의하여 청구법인의 과세표준과 세액을 결정하여야 할 것이고, 그 자료에 의하더라도 과세표준과 세액을 결정할 수 없다면 그 때에 추계결정함이 타당하다 할 것임.
남대문세무서장이 2010.2.23. 청구법인에게 한 2006년 사업연도 법인세 82,464,470원의 부과처분은, 청구법인이 현재 비치하고 있는 제 장부 및 증거들에 의하여 실지조사(재조사)한 후 그 과세표준과 세액을 경정한다.
청구법인은 해운운송주선업을 1990.3.20. 부터 영위하다가 2008.5.26. 폐업하였다. 처분청은 청구법인의 2006년 사업연도에 대한 법인세조사를 실시하여 증빙 불비를 사유로 추계결정한 후, 2010.2.23. 이건 2006년 사업연도 법인세 82,464,470 원을 청구법인에게 부과처분 하였다. 청구법인은 청구법인이 사업부진으로 폐업을 하기 전에 사무실을 이전하는 과정에서 일부 서류가 회손되거나 분실되어 증빙 등 일부 서류가 미비함은 인정하나, 일부 서류가 미비하다 하여 추계결정한 처분청의 이건 처분이 부당 하다며 2010.3.29. 남대문세무서장에게 이의신청을 제기하였다(이의신청 시 일부 증빙을 추가로 확보하여 제시). 남대문세무서장은 2010.4.27. 청구법인이 추가로 제시한 증빙 및 기 제출된 제 장부 및 증빙 등에 의해 실지조사 결정하라는 “재조사”결정을 하였다. 처분청은 위 “재조사”결정에 따라 재조사를 실시하였으나, 또다시 증빙이 불비하다하여 당초의 결정이 정당하다는 내용의 재조사결정통지를 2010.5.28. 청구법인에 통지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.8.5. 이건 심사청구를 제기하였다.
처분청은 이의신청 “재조사”결정에 따라 재조사를 실시하면서 청구법인이 추가로 제시한 증빙과 기 제출된 제장부 및 증빙 등을 조사기간이 짧다는 이유로 세밀히 검토하지도 아니한 채, 또다시 증빙이 불비하다 하여 당초의 결정이 정당하다고 주장하고 있으나, 이는 다음과 같은 점에서 부당하다. 1) 법인세법 관련 규정에 의하면, 추계결정의 요건으로 ‘법인세의 과세표준과 세액은 실지조사로 결정함이 원칙이며, 납세자의 장부나 증빙서류가 없고 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우’로 정하여 그 기재사항이 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 납세자로부터 제출받은 자료에 의하거나 또는 다른 방법으로도 과세표준과 세액을 실지조사 방법에 의하여 결정할 수 없는 경우에 한 하여 추계결정이 예외적으로 허용되고 있으며(대법원 90누2734, 1990.11.23. 외 다수 같은 뜻), 이러한 취지에 비추어 볼 때 납세자가 비치 기장한 장부 중 일부가 누락된 부분이 있는 경우에는 그 나머지 부분을 근거로 과세가 가능 하다면 그 과세표준과 세액을 실지조사 방법에 의하여 결정하는 것이다(국심 2007서2643, 2007.12.31. 외 다수 같은 뜻). 2) 청구법인의 경우, 수입금액은 주요 장부인 매출장과 기 신고된 부가가치세 신고서 및 매출처별세금계산서합계표(세금계산서 포함), 영세율 첨부서류인 공급가액확정명세서, 선박에 의한 공급가액일람표 등에 의하여 정확한 수입금액을 확인할 수 있어 관련 법령상의 ‘그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우’에 해당하지 아니하고, 3) 운송원가 또한, 부가가치세 신고서상의 내용과 매입처별세금계산서합계표 (세금계산서 포함), 운송관련서류, 운송비 지출 증거인 법인통장에서 이체한 원장 등에 의하여 확인할 수 있으며,
4. 일반관리비용의 절반에 해당하는 인건비는 기 제출된 원천징수이행신고 내용에 의해 그 지급 사실을 확인할 수 있고, 나머지 일반관리비용의 대부분은 보관된 세금계산서로 확인되며, 신용카드사용 분은여신전문금융업법에 의한 신용카드업자가 교부한 신용카드 월별이용대금명세서로도 확인이 가능할 뿐만 아니라, “2006년도 계정별 적격증빙 비율 분석표”로도 실제 지출을 확인할 수 있음에도 처분청은 이를 간과하고 추계결정 하였다. 5) 청구법인은 이건 심사청구 제기일 현재 처분청이 요구하는 모든 증빙들을 청구법인의 상대 거래처 등으로부터 수집하여 보관하고 있으나 그 양이 방대하여 심사청구 자료로는 제시하지 못하였다.
6. 위와 같이, 청구법인의 법인세 과세표준과 세액을 실지조사로 결정할 수 있음이 명백함에도, 처분청은 단지 일부 증빙이 미비하다하여 추계로 결정하였으므로 이는 부당하다.
청구법인은 청구법인이 제시한 부가가치세신고서, 세금계산서, 전산장부 등에 의하여 실지조사가 가능함에도 처분청이 추계로 결정한 것은 부당하다고 주장하나, 청구법인에 대한 당초 법인세조사 당시 처분청은 전산장부 등만으로는 실지 조사에 어려움이 있어 청구법인에 원시증빙의 제시를 수차례에 걸쳐 요구하였음에도 그에 대한 제시가 없어 부득이 전산장부 등에 의하여 실지조사를 하고자 하였으나, 청구법인의 업종이 해운운송주선업이기 때문에 다수의 거래가 해외에서 발생하였으며 거래금액이 고액이고 국세통합전산망을 통한 거래확인도 되지 않는 등, 실지조사의 방법으로는 소득결정이 불가능하였고, 당초 조사 시에도 수입금액과 세금계산서 거래분, 급여는 부인한 사실이 없으 므로 그 외 다른 계정과목의 입증서류를 제출하여야 하나, 이의신청 재조사 결정에 다른 재조사 시에도 부가가치세 신고서와 급여항목 관련 원천징수철, 계정별원장, 은행계좌, 신용카드거래내역서만 제출하였을 뿐, 소득금액을 확인할 수 있는 새로운 증빙 및 장부 등의 제출이 없었다. 따라서, 청구법인은 법인세법 제66조 제3항 및 같은 법 시행령 제104조 제1항 1호에 규정된 “소득금액을 계산함에 있어 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우”에 해당하여, 청구법인의 소득금액을 법인세법 시행령 제104조 제2항 2호 의 규정에 따라 동업자 소득률에 의해 추계 결정한 것은 정당하다.
○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】
② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.
1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때
③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.
○ 법인세법시행령 제103조 【결정 및 경정】
② 법 제66조의 규정에 의한 결정 또는 경정은 법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 비치기장된 장부 기타 증빙서류에 의한 실지조사에 의함을 원칙으로 한다.
○ 법인세법시행령 제104조 【추계결정 및 경정】
① 법 제66조 제3항 단서에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우
② 법 제66조제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나의 방법에 따른다.
2. 기준경비율이 결정되지 아니하였거나 천재ㆍ지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하여 그 과세표준을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일업종의 다른 법인이 없는 경우로서 과세표준신고후에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준신고전에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 직전 사업연도의 소득률에 의하여 과세표준을 결정 또는 경정한다.
- 다. 사실관계
1. 이건 당초 조사 당시 청구법인의 대표자는 “조사관의 양해를 얻어 조사기간이 경과되도록 계속 원시증빙자료를 찾기 위해 노력하였으나, 아직 찾지 못한 상태이고, 당시 업무를 담당했던 직원 등을 수소문하여 관련 자료를 계속 찾고 있으며, 추후 관련 자료를 확보하여 제시코자 하므로 자료제출 지연으로 조사에 지장을 드린 점에 대해 양해를 구한다”라는 확인서를 처분청에 제출하였다. 2) 이건 전심인 이의신청 결정문을 보면, 이의신청 심리 과정에서 청구법인이 2006년계정별적격분석표에 대한 관련 증빙의 일부로 분기별매입처별세금계산서 합계표(이백만원 이상) 및 각 은행통장, 거래처로부터 확인받은 거래내역서 등을 제출하였고, 그에 따라 처분청은 실지조사의 방법으로 소득결정이 가능할 것이라는 답변을 이의신청 심리담당자에게 회신한 것으로 나타난다.
3. 이건 심리 과정 중인 2010.10.6. 14: 00경 청구법인은 처분청이 요구한 추가의 증빙(거래상대방 보관용 입금표 사본, 해외 파트너별 송금영수증 사본, 접대비 등에 대한 월별 카드사용내역 및 소액분 영수증, 출장비 관련 영수증, 통신회사별 인출내역, 우체국별 우편요금내역, 공과금 및 보험료 등 납부사실 확인서, 차량유지비․도서인쇄비․소모품비․지급수수료․광고선전비 관련 영수증 등 증거서류) 및 기 제출된 제 장부 등을 승용차로 싣고 와 그 확인을 심리담당자에게 요구하였는데, 그 양이 대형박스 5박스의 분량으로 확인된다.
- 라. 판 단 과세관청이 법인세의 과세표준을 추계조사의 방법에 의하여 결정하기 위해서는 납세자가 장부를 비치․기장하지 아니하였다는 사실만으로는 부족하고, 납세자에게 제반 증빙자료의 제시를 요구하여 제시받은 증빙자료의 부당성을 지적하고 새로운 자료를 제시받아 이를 조사한 후 그 자료에 의하더라도 과세 표준과 세액을 결정할 수 없거나 그 밖의 다른 방법으로 과세관청이 실지조사를 위한 과세자료를 얻을 수 없는 경우에 비로소 허용되는 것(대법원 90누2734, 1990.11.23. 외 다수 같은 뜻)인 바, 이건의 경우, 청구법인은 이건 심리 과정 중 처분청이 요구한 상당량의 원시 증빙을 추가로 제시하였으므로, 처분청은 추가로 제시된 원시증빙과 청구법인이 비치하고 있던 제장부 및 증거들을 조사한 후 그 자료에 의하여 청구법인의 과세표준과 세액을 결정하여야 할 것이고, 그 자료에 의하더라도 과세표준과 세액을 결정할 수 없다면 그 때에 추계결정함이 타당하다 할 것이다. 따라서, 처분청이 요구하는 원시증빙을 청구법인이 준비하는 중에 일부의 원시증빙이 미비하다하여 추계결정하고 법인세를 과세한 이건 처분은 잘못이라 할 것이므로, 처분청은 청구법인이 현재 비치하고 있는 제장부 및 증거들에 의하여 실지조사함이 타당하다고 판단된다.
이건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.