청구법인의 조합원수를 10명으로 볼 수 있는지 여부

청구법인은 1997.1.20. 개업하여 ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 002번지에서 도정업을 영위하는 법인으로, 2007년 사업연도 법인세 신고 시 사업연도 종료일 현재 주식 등 변동상황명세서상 조합원 55명을 기준으로 조세특례제한법 시행령 제63조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】의 규정을 적용하여 감면(면제)세액을 135,300,978원으로 신고하였다.

○○지방국세청 신고분석2과(이하 “조사관서”라 한다)는 2009년 6월 감면법인 사후관리를 실시하여 2009.11.20. 청구법인의 조합원총회 의사록에 기재된 조합원 총수 10명에 대하여만 감면세액을 적용하여야 하므로 청구법인이 당초 신고 시 과다하게 감면받은 45명의 세액 84,659,210원을 과세하겠다는 과세예고통지를 한 후 2009.12.31. 처분청에 자료를 통보하였다. 처분청은 조사관서의 자료통보에 따라 2010.1.19. 청구법인에게 2007년 사업연도 법인세 84,659,210원을 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.4.2. 이의신청을 거쳐 2010.7.29. 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구법인 조합원들의 농지원부와 위 조합원들이 청구법인에 납품한 점 등을 감안하면 청구법인의 조합원은 2007년 사업연도 종료일 현재 ‘주식 등 변동상황명세서’상의 주주 55명을 청구법인의 실질적인 조합원으로 보아 조세특례제한법 시행령 제63조 의 규정을 적용하여 감면세액을 계산하여야 한다.

1) 청구법인은 조합원수가 2007년 사업연도 종료일 현재 55명이라는 주장만 할 뿐, 위 조합원들이 청구법인에 납품한 품목 및 물량에 관한 개별적이고 구체적인 증빙을 제출하지 않았으며, 청구법인이 실질조합원이라고 제출한 농지원부는 2007년 사업연도 종료일 현재 청구법인의 ‘주식 등 변동상황명세서’상 출자자 13명의 농지원부에 불과하며, 그 중 5명은 출자좌수가 없고, 위 ‘주식 등 변동상황명세서’상 주주 55명 중 7명은 2007년에 주식․출자지분을 양도하여 출자좌수가 없으므로 조합원으로 볼 수 없다. 2) 청구법인의 등기부등본에 의하면 청구법인의 총 출자좌수가 30,100좌에서 2007.12.27.을 원인으로 하여 2008.1.9. 55,100좌로 변경등기 되었고, 2008.5.26. 정관변경을 위한 조합원총회 의사록에 총 출자좌수가 55,100좌로 명기되어 있는 것으로 보아 위 ‘조합원총회 의사록’에 명시된 조합원 총수 10명이 2007년 사업연도의 청구법인 조합원이라고 판단된다. 3) 따라서 청구법인의 조합원수를 10명으로 보아 한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인의 조합원수를 10명으로 볼 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련 법령 1) 조세특례제한법 제66조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】

① 농업·농촌기본법에 따른 영농조합법인(이하 "영농조합법인"이라 한다)에 대하여는 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지지방세법제197조의 규정에 따른 소득(이하 "농업소득"이라 한다)의 전액과 농업소득외의 소득 중 대통령령이 정하는 범위안의 금액에 대하여 법인세를 면제한다. (이하 생략) 2) 조세특례제한법 시행령 제63조【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】

① 법 제66조 제1항의 규정에 의하여 농업소득외의 소득 중 법인세가 면제되는 소득금액은농업·농촌기본법 시행령제13조에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득으로서 각 사업연도별로 다음 산식에 의하여 계산한 금액이하의 금액으로 한다. {1천200만원 × 조합원 수 × (사업연도월수/12)} (이하 생략)

3. 농업․농촌기본법 제15조【영농조합법인의 육성】

① 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하․가공․수출 등을 통하여 공동으로 하려는 농업인은 5명 이상을 조합원으로 하여 영농조합법인을 설립할 수 있다.

② 영농조합은 법인으로 하며, 그 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.

③ 영농조합법인은 농업인과 농산물의 생산자단체 중 정관이 정하는 자를 그 조합원으로 하되, 조합원이 아닌 자로서 대통령령이 정하는 자는 정관이 정하는 바에 의하여 영농조합법인에 출자하고 의결권이 없는 준조합원으로 가입할 수 있다.

4. 농업․농촌기본법 제3조【농업인】 농업에 종사하는 자로서 다음 1에 해당자

1. 1천제곱미터 이상의 농지를 경영 또는 경작하는 자

2. 농업경영을 통한 농산물의 연간 판매액이 100만원 이상인 자

3. 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 자

5. 농업․농촌기본법 시행령 제8조【영농조합법인의 설립등기】

① 법 제15조 제2항의 규정에 의한 영농조합법인의 설립등기는 영농조합법인을 대표할 조합원의 신청으로 다음 각호의 사항을 등기하여야 한다.

1. 제14조 제1항 제1호 내지 제4호, 제8호 및 제13호에 기재한 사항

2. 영농조합법인을 대표할 조합원의 성명과 주소

3. 영농조합법인의 임원(괄호 생략)의 성명과 주소

4. 2인 이상의 조합원이 공동으로 영농조합법인을 대표할 것을 정한 때에는 그 규정

(이하 생략)

6. 농업․농촌기본법 시행령 제14조【정관기재사항】

1. 명칭 2. 목적 3. 사업 4. 사무소의 소재지

5. 조합원(준조합원을 말한다)의 자격에 관한 사항

6. 조합원의 가입․탈퇴 및 제명에 관한 사항

시의 지분의 계산에 관한 사항

8. 출자액의 납입방법, 출자액의 산정방법 및 조합원 1인이 출자할 수 있는 출자액의 최고한도에 관한 사항

• 다. 사실관계 1) 청구법인의 정관에 기재된 주요내용은 다음과 같다.
• 가) 제8조 조합원의 자격

(1) 본 조합법인의 조합원이 될 수 있는 농업인은 다음 각호의 요건을 갖춘 자로 한다.

1. 1천제곱미터 이상의 농지를 경영 또는 경작하는 자나 농업경영을 통한 농산물, 축산물의 연간 판매액이 100만원 이상인 자 또는 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 자

2. 만 20세 이상의 성년으로서 본 조합법인의 설립취지에 찬동하는 자

(2) 본 조합법인의 조합원이 될 수 있는 농산물의 생산자단체는 협동조합, 법인으로 한다.

• 나) 제9조 준조합원의 자격 본 조합법인의 준조합원이 될 수 있는 자는 다음 각호의 요건을 갖춘 자로 한다.

1. 본 조합법인에 생산자재를 공급하거나 생산기술을 제공하는 자

2. 본 조합법인에 농지를 임대 또는 위탁하는 자

3. 본 조합법인에 생산한 농림수산물을 대량으로 구입 유통 또는 가공하는 자

• 다) 제10조 가입

(1) 본 조합법인에 조합원으로 가입하고자 하는 자는 다음 각호의 사항을 기재한(혹은 증명할 수 있는 서류를 첨부한) 가입신청서를 본 조합법인에 제출하여야 한다. 단, 생산자단체의 경우는 제3호 및 사업자등록증(혹은 법인등기부 등본)을 제출한다.

1. 주소, 성명, 주민등록번호

3. 납입 혹은 인수하고자 하는 출자좌수 및 출자의 목적인 재산

4. 경영규모(경지면적, 농축산물의 연간판매액) 및 연중 농업 종사일수

(2) 본 조합법인은 준조합원으로 가입하고자 하는 자는 제1항 제1호 내지 제3호 및 제9조에 의한 준조합원의 자격에 해당함을 증명할 수 있는 서류를 제출하여야 한다. 단, 사업자등록이 된 자(법인 포함)는 제1항 제1호 및 제2호 대신 사업자등록증(혹은 법인등기부 등본)을 제출한다.

(3) 조합법인은 제1항 및 제2항에 의한 조합원 또는 준조합원의 가입신청서를 접수하였을 경우에는 총회에서 그 가입여부를 결정하고, 가입을 승인한 때에는 가입신청자에게 통지하여 출자의 불입(출자의 목적인 재산을 양도하고 등기, 등록 기타 권리의 설정 또는 이전이 필요한 경우에는 이에 관한 서류를 완비하여 교부하는 것을 말한다. 이하 같다.)을 하게 한 후 조합원 또는 준조합원 명부에 기재한다.

(4) 가입신청자는 제3항 규정에 의하여 출자를 불입함으로써 조합원 또는 준조합원의 자격을 갖는다.

(5) 출자좌수를 늘리려는 조합원 또는 준조합원에 대해서는 제1항 내지 제4항의 규정을 준용한다.

• 라) 제15조 출자

(1) 본 조합법인에의 출자는 농지, 농기계, 현금, 기타현물을 이사회(설립시는 창립총회)에서 정하는 납입일자에 일시 납입한다.

(2) 농지, 농기계 등 현물의 출자액 산정은 이사회(설립시는 창립총회)에서 정하는 평가율에 의하여 환가한다.

(3) 1좌의 금액은 1만원으로 한다.

(4) 조합원은 5좌 이상의 출자를 불입하여야 하며, 조합원 1인의 출자좌수는 총출자좌수의 3분의 1을 초과할 수 없다.

(5) 제1항의 규정에 의하여 본 조합법인에 출자하는 조합원의 성명, 출자대상 및 그 평가액과 출자좌수를 별지와 같이 한다.

(6) 현물로 출자한 농지는 해당 농지를 출자한 조합원 또는 준조합원의 동의가 없으면 처분하지 못한다.

(7) 준조합원이 출자하는 출자액의 합계는 그 조합법인의 총출자액의 3분의 1을 초과할 수 없다.

• 마) 제16조 출자증서의 발행

(1) 조합법인은 출자를 불입한 조합원에게 지체없이 출자증서를 발급하여야 한다.

(2) 출자증서는 대표이사 명의로 발급하고 출자좌수, 출자액, 출자재산의 표시(토지의 경우 지번, 지목, 면적을 말한다) 등을 기재하여야 한다.

(3) 조합법인이 토지 등을 취득하여 조합원에게 증좌 배분하는 경우에 대해서도 제1항과 제2항의 규정을 준용한다.

• 바) 제26조 탈퇴시의 지분환불

(1) 조합원이 탈퇴하는 경우에는 탈퇴한 조합원의 지분을 현금 또는 현물로 환불한다.

(5) 지분의 환불은 당해 회계연도말에 한다.

• 사) 제48조 총회 총회는 조합원으로 구성하며 정기총회와 임시총회로 구분한다.
• 아) 제49조 총회의 소집

(1) 정기총회는 회계연도마다 1회 매년 1월에 대표이사가 소집하며 대표이사는 총회 소집 5일 전까지 회의내용과 회의자료를 서면으로 조합원에게 통지하여야 한다.

(2) 임시총회는 조합원 3분의 1 이상의 소집요구가 있거나 이사회가 필요하다고 인정하여 소집을 요구한 때, 대표이사가 필요하다고 인정한 때 대표이사가 소집한다.

• 자) 제50조 총회의 의결사항 다음 각호의 사항은 총회의 의결을 얻어야 한다.

1. ～ 3. (생략)

4. 조합원의 가입, 탈퇴 및 제명 (이하 생략) 2) 청구법인의 총 출자좌수가 30,100좌에서 55,100좌로 2007.12.27. 변경되어 2008.1.9. 등기한 사실이 청구법인의 등기부등본에 의하여 확인된다. 3) 2008.5.27.

○○ 지방검찰청

○○ 지청 공증사무대행 검사 박

○○ 이 작성한 인증서(등부2008년 제003호)에는 2008.5.26. 청구법인의 조합원총회 의사록에 조합원 총수가 10명인 것으로 기재되어 있다. 4) 청구법인의 주식등변동상황명세서상 주주 변동내역 및 국세통합전산망에 의하여 확인된 소득․농지소유내역은 다음과 같다. (다수 개인정보로 등재 생략) 5) 2010.8.31. 당심에서 청구법인의 세무대리인에게 청구법인의 조합원으로 가입하기 위해 반드시 필요한 자료제출을 전화로 요청한 결과는 다음과 같다.

• 가) 조합원들의 가입신청서 사본: 제출하였으나 국세통합전산망에 의하여 농지를 소유하지 않은 사람들도 1,000㎡ 이상의 경작을 하고 있는 것으로 기재되어 있으나 그 근거는 명시하지 않음
• 나) 신규조합원의 가입을 결정한 총회 의사록 사본: 미제출
• 다) 신규가입 시 반드시 신규출자를 하도록 되어 있으나 신규출자를 하지 않고 기존 출자좌수를 양도․양수하여 조합원이라고 주장하는 사유: 미제출
• 라) 각 조합원들의 출자증서 사본: 미제출 6) 청구법인은 조합원을 증명하기 위하여 농업인이 박○수, 배○자, 박○우, 김○옥, 박○서, 나○선, 최○세, 임○태, 이○길, 김○율, 박경○, 오○우, 유○운으로 기재된 농지원부 사본을 제출하였다.
• 가) 위 농업인 중 청구법인의 2007년 사업연도 ‘주식등변동상황명세서’에 출자좌수를 소유하고 있는 사람은 8명이고, 4명은 2007년 사업연도에 출자좌수를 양도한 것으로, 1명은 위 명세서에 등재되지 않은 것으로 확인된다.
• 라. 판단 청구법인은 청구법인의 2007년 사업연도 종료일 현재 ‘주식 등 변동상황명세서’상의 주주 55명을 청구법인의 실질적인 조합원으로 보아 조세특례제한법 시행령 제63조 의 규정을 적용하여 감면세액을 계산하여야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. 청구법인의 정관에 조합원의 자격을 ‘1천제곱미터 이상의 농지를 경영 또는 경작하는 자나 농업경영을 통한 농산물, 축산물의 연간 판매액이 100만원 이상인 자 또는 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 자와 만 20세 이상의 성년으로서 본 조합법인의 설립취지에 찬동하는 자’로 규정하고 있는바, 청구법인의 2007년 사업연도 종료일 현재 ‘주식 등 변동상황명세서’상의 주주들은 대부분 농지를 소유하지 않거나 직업을 가져 농업인으로서의 조합원 자격을 갖추지 못한 것으로 보이는 점, 당심이 청구법인에게 ‘조합원들의 가입신청서 사본, 신규조합원의 가입을 결정한 총회 의사록 사본, 신규가입 시 반드시 신규출자를 하도록 되어 있으나 신규출자를 하지 않고 기존 출자좌수를 양도․양수하여 조합원이라고 주장하는 사유, 각 조합원들의 출자증서 사본’의 제출을 요청하였으나 청구법인이 조합원 가입신청서 사본만 제출한 점, 청구법인이 제출한 가입신청서에 농지를 소유하지 않은 사람들도 1,000㎡ 이상의 경작을 하고 있다고 기재하고 그 근거를 제출하지 않은 점,

○○ 지방검찰청

○○ 지청에서 인증한 2008.5.26. 청구법인의 조합원총회 의사록에 조합원 총수가 10명인 것으로 기재되어 있으나 2008년 사업연도 종료일 현재 청구법인의 ‘주식 등 변동상황명세서’에 주주가 64명으로 기재되어 있는 점, 청구법인의 조합원 대부분이 2006년 사업연도․2007년 사업연도․2008년 사업연도에 각각 신규가입 및 탈퇴한 점, 2007년 사업연도 종료일 현재 청구법인의 ‘주식 등 변동상황명세서’에 55좌 이상을 소유한 사람들이 모두 10명이고 나머지는 모두 5좌씩을 소유하고 있는 점 등을 종합하여 보면 청구법인은 조세특례제한법 시행령 제63조 의 규정에 감면세액이 조합원수에 비례한다는 사실을 고려하여 임의로 조합원수를 늘렸을 가능성이 크다고 판단된다. 따라서 청구법인의 조합원수를 10명으로 하여 감면세액을 계산한 처분청의 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.