법인세 추계조사 결정에 대하여, 관련증빙에 따라 재조사 해 달라는 청구인 요구에 대한 당부

부천세무서장이 2009.7.13. 청구법인에게 결정고지한 2006～2008 사업연도 법인세 464,701,880원은, 청구법인이 제시하는 법인세와 관련된 각종 장부 및 실제 지출비용임을 입증할 수 있는 증빙서류 등을 근거로 재조사하여, 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정합니다.

가. 청구법인은 건설/건축업을 영위하는 사업자로 2002.04.16.에 개업하였으며 2003.06.16.에 ***종합건설(주)에서 ●●●종합건설(주)로 상호를 변경하였으며, 사업자등록은 2006.12.31.에 직권폐업(폐업처리일: 2007.06.15)처리 되었으며 2006년 과세연도 법인세 신고를 하지 않았다.

• 나. 처분청은 청구법인이 2006년 귀속 법인세 무신고 조사차 사업장에 출장하여 확인 한 바 사업장이 폐쇄되었고, 대표자와 연락을 취하고자 하였으나 연락이 되지 않고 장부에 의한 조사가 불가능 하자, 조사과정에서 확인된 2007년 귀속, 2008년 귀속 매출액을 포함하여 법인세를 추계결정하고 464,701천원을 고지하였으며, 수취인 부재로 반송되어 2009.07.13.자로 공시 송달하였고, 청구인은 이에 불복하여 2009.09.22. 이의신청을 제기하였는바 그 내용은 다음과 같다. “처분청에서 추계에 의한 인정과세로 부과처분한 법인세 및 대표자에 대한 상여처분은 부당하므로 실체적인 사실에 의하여 재조사하여 부과처분을 취소되어야한다”
• 다. 청구법인의 이의신청에 대하여 청구법인의 주장이 이유 있다고 보고 2009.11.5. 재조사 결정을 내려 재조사 하였으나, 당초 조사한 내용이 정 당하다고 판단하여, 청구법인의 주장을 받아들일 수 없다는 재조사 결과를 2010.1.28. 통보하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2010.4.13. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 소득이 있는 곳에 과세가 있어야 하는 것이 조세원칙인바, 당사가 2007년 2월에서 5월까지 수개월간 시위자들에게 점거되는 등의 소동과 회사의 파산으로 법인세 신고를 못한 것이며, 처분청에서 재조사를 하였으나 청구법인의 대표자에게는 문의가 없이 일방적으로 조사가 이루어져 처분청과 청구법인간 의사소통이 안 되고 필요한 자료도 무엇이 필요한지 잘 몰랐고, 따라서 (주)○○○의 관련설명이 제대로 이루어지지 않는 등 소통이 안 되었다. 아울러 처분청은 재조사시 외주비, 경비, 판관비, 이자비용 증빙불비로 손금을 불인정 하였으나, ‘제조원가중 경비석명서철’에 의하여 판관비 중 하자보수비와 관련된 ‘이행(하자)보증보험 보험료 영수증’이 확인되고, 설계감리 비와 관련하여 건축사 사무소의 영수증 152백만원 등이 확인되고 있으며, 또한 청구법인은 ‘제조원가계정 석명서철’, ‘제조원가계정별 원장철’, ‘계정별원장 손익계산서철’, ‘표준손익계산서철’ 각 1권씩과 (주)○○○ 관련 거래설명서를 제출하였고, 아울러 ‘제조원가계정석명서철’에는 직영공사, 타일공사, 설비공사 등 제조원가에 관련된 건설공사 하도급계약서 등이 첨부 되어 있는바, 청구법인의 공사원가는 실제로 발생된 비용이므로 이를 인정해 주어야한다.

• 가. 외주가공비(하도급자료) 중 대물변제금액은 대부분 공사관련 비용이며 그중에는 (주)○○○ 소유의 상가로서 (주)●●●의 공사비를 (주)○○○가 대신 지급한 이유를 알 수 없고 공사 시공자와 대물로 분양받은자가 상이하며 구체적으로 어떤 물건을 얼마에 누구에게 대물변제 했는지는 명확하지 않다.
• 나. 공사비 관련하여 지급증빙이 없고 분양수입금액을 관리하면서 누가 어떻게 관리하고 그 비용을 누가 어떻게 지급했는지 금융증빙이 없어 처리내용을 알 수 없다.

• 가. 쟁점 법인세 추계조사 결정에 대하여, 관련증빙에 따라 재조사 해 달라는 청구인 요구에 대한 당부
• 나. 관련법령 등 1) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

2. 제120조 또는 제120조의2에 따른 지급명세서, 제121조의 규정에 의한 매출ㆍ매입처별계산서합계표 또는 매출ㆍ매입처별세금계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때 (이하 중략)

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 다시 경정한다. 2) 법인세법 시행령 제104조 【추계결정 및 경정】

① 법 제66조제3항 단서에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우 (이하 중략)

② 법 제66조제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나의 방법에 따른다.

1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.

• 가. 매입비용(사업용고정자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액
• 나. 대표자 및 임원 또는 사용인의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액
• 다. 사업수입금액에의 규정에 의한 소득세법 시행령 제145조 의 기준경비율(이하 "기준경비율"이라 한다)을 곱하여 계산한 금액

2. 기준경비율이 결정되지 아니하였거나 천재ㆍ지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하여 그 과세표준을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일업종의 다른 법인이 없는 경우로서 과세표준신고 후에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준 신고전에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 직전 사업연도의 소득률에 의하여 과세표준을 결정 또는 경정한다.

• 다. 사실관계

1. 처분청이 제출한 청구법인의 2006년 사업연도 법인세 무신고에 따른 조사과정을 보면,

• 가) 조사일 현재 부천 구 동 ***-* 사업장 소재지에 출장하여 확인한바 사업장이 존재하지 않으며, 부천 소사 역곡 111-2 에 ●●●주식회사 라는 간판이 있어 확인한바, 2006년 말경에 무단 폐업하여 사업장이 폐쇄된 상태이다.
• 나) 조사일 현재 청구법인의 대표자 □□□의 주소지인 부천 구 동 **-*에 출장하여 거주여부 확인하였으나, 거주하지 아니하다.
• 다) 조사년도인 2006.01.01～2006.07.04.까지 청구법인의 대표자였던 ★★★의 주소지인 부천 구 동 -9 *호에 출장하여 확인한바 거주하지 아니하다.
• 라) 위와 같이 대표자들이 연락두절 상태로 장부에 의한 조사가 불가능 하여, 조사과정에서 확인된 2007년 귀속, 2008년 귀속 매출액을 포함하여 법인세를 추계결정 하고 464,701천원을 고지하였고 청구법인은 이에 대하여 이의신청을 제기, 재조사하라는 결정이 내려진다.

2. 처분청이 제출한 청구법인 이의신청 청구인용에 따른 처분청의 재조사 내용을 살펴보면,

• 가) 외주비 6,315,530천원 관련하여,

① 대물변제(47억): 대부분 공사관련 비용이며 그중에는 (주)○○○ 소유의 상가로서 (주)●●●의 공사비를 (주)○○○가 대신 지급한 이유를 알 수 없고 공사 시공자와 대물로 분양받은자가 상이하며 구체적으로 어떤 물건을 얼마에 누구에게 대물변제 했는지는 명확하지 않다(대물변제와 관련하여 계약서등을 검토 한 바 약37억정도의 공사비가 대물변제 된 것으로 판단됨)

② 직영공사비(11억): 공사비와 관련하여 지급증빙이 없고 분양수입금액을 관리하면서 그 비용을 처리한 관련 금융증빙이 없음. 즉, 분양수입금액을 누가 어떻게 관리하고 그 비용을 누가 어떻게 지급했는지 알 수 없다.

• 나) 경비 376,552천원 관련하여, 지급증빙으로 간이영수증및 카드 영수증을 제시했으나 실제 사업과 관련하여 지출했는지 여부를 확인할 수 없고 지급수수료 1억6천만원의 영수증은 절도범에게 소각 당했다는 등 실체를 확인할 수 없다.
• 다) 판매비와 관리비 612,917천원 관련하여, 지급증빙이 없어도 급여 및 세금과공과 2억원은 인정할 수 있으나 나머지 4억원은 증빙이 없거나 결산서 미반영 및 손익귀속이 달라 인정할 수 없다.
• 라) 이자비용 1,521,854, 중도금대출이자(4억3천만): 차명대출이자로서 지급의무가 청구인이 아닌 각 개인에 있으나 실제 지급은 청구법인이 한 것으로 사료된다.

① 사채 및 투자자 지급이자(9억8천만원): 토지 투자자 ▲▲▲에게 지급할 미지급이자 7억5천3백만원은 결산시 미반영하였기에 이자비용으로 인정할 수 없고 나머지 2억3천만원은 지급한다.

② 기타 (1억): 동 오피스텔 관련하여 *금고에 지급한 이자.

• 마) 청도종합건설 매출액 및 대응원가 요약 단위:백만원 청구주장 증빙유무 조사청 인정 유 무 매출액 12,397 12,397 재료비 1,341 1,341 1,341 노무비 61 61 61 외주비 6,315 3,792 2,523 3,792 경비 376 140 236 140 기초미완성주택등 3,168 3,168 3,168 판관비 613 204 408 204 이자비용 1,522 769 753 769 당기순손익 -642 3,278
• 바) 조사자의견 “토지원가와 재료비, 외주비, 노무비, 하자보수비, 급여, 보험료, 세금과공과 등은 증빙여부와 관계없이 인정될 수 있으나 구체적인 지급증빙이 없거나 결산 시 미 반영된 비용 및 손익귀속이 다른 비용 등은 필요경비로 인정할 수 없다고 사료된다. 또한 분양수입금액을 누가 어떻게 관리하고 그 비용을 누가 어떻게 지급했는지 알 수 없는 상황에서 청구인의 주장(순손실액 642백만원)을 받아들일 수 없고, 장부 등 증빙에 의한 소득금액을 재계산하면 3,278백만원으로 당초 추계로 계산한 소득금액 1,247백만원보다 20억 정도 더 많다고 판단된다.

3. 청구법인에 대해 심사 청구 시 청구이유가 정확히 명기되지 아니하여 청구이유를 확인한바, (주)○○○ 관련하여 설명이 제대로 안되었고, 외주비, 경비, 판관비, 이자비용에 대하여 청구법인의 대표자에게는 문의도 없이 일방적으로 증빙불비라는 이유로 손금불산입된 항목에 대하여 ‘제조원가중 경비석명서철’의 내용과 같이 지급내역이 확인되므로 이를 손금으로 인정해 달라는 것이라 하며 ‘외주가공비 명세서(20개 업체)’ 사본 1매를 제출하였다.

4. 외주비, 경비, 판관비, 이자비용 중 조사당시 증빙불비로 손금인정 안된 항목에 대하여 2011.3.30. 본청에서 청구법인과 그 당시 재조사를 담당하였던 조사청의 조사관 면담결과, 청구법인이 제출한 ‘제조원가중 경비석명서철’에 의하여 판관비 중 하자보수비와 관련된 ‘이행(하자)보증보험 보험료 영수증’이 확인되고, 설계감리비와 관련하여 건축사 사무소의 영수증 152백만원 등 일부 사항이 확인되며 또한 양자 면담 시 그 당시 조사담당자가 계약서가 있는 것은 비용으로 인정해 주겠다고 하였고 이와 관련하여 청구법인은 2011.4.6. ‘제조원가계정 석명서철’, ‘제조원가계정별 원장철’, ‘계정별원장 손익계산서철’, ‘표준손익계산서철’ 각 1권씩과 (주)○○○ 관련 거래설명서를 제출하였다. 아울러 ‘제조원가계정석명서철’에는 직영공사, 타일공사, 설비공사 등 제조원가에 관련된 건설공사 하도급계약서 등이 첨부 되어 있으며, 그 중 직영공사에 관련된 일부 하도급계약서 내용을 보면 다음과 같다.

○ 발주자: ●●●(주)

○ 하도급공사명: 목공사(지하 2,1, 지상 1,2,3,4층)

○ 공사기간: 2004.6.5 ～ 2006.1.3

○ 계약금액: 285백만원

○ 수급사업자: 부천시 구 2동 ###(6-1****)

• 라. 판단 국세기본법 제14조 에 따르면 과세표준의 계산에 관한 규정은 그 실질내용에 따라 적용하여야 하는 것인바, 거래의 실질내용은 형식상의 기록내용이나 거래명의에 불구하고 상거래관례, 구체적인 증빙, 거래당시의 정황 및 사회통념 등을 고려하여 판단하여야 하는 것이다. 청구법인의 경우 직원이 장부를 훼손하여 조사대상연도의 자료를 수집하는데 많은 시간이 소요 되었을 것으로 추정되며, 아울러 이 건 심사청구와 관련하여 청구법인이 제출한 ‘제조원가중 경비석명서철’에 의하면 판관비 중 하자보수비와 관련된 ‘이행(하자)보증보험 보험료 영수증’이 확인되고, 설계감리비와 관련하여 건축사 사무소의 영수증 152백만원 등이 확인되고 있으며, 아울러 2011.4.6. ‘제조원가계정 석명서철’, ‘제조원가계정별 원장철’, ‘계정별원장 손익계산서철’, ‘손익계산서철’ 각 1권씩과 (주)○○○ 관련 거래설명서를 제출하였는바, ‘제조원가계정석명서철’에는 직영공사, 타일공사, 설비공사 등 제조원가에 관련된 건설공사 하도급계약서 등이 첨부 되어 있어 공사관련 비용이 발생했음을 알 수 있다. 또한 처분청이 손금부인한 이자비용 중 토지 투자자 ▲▲▲에게 지급할 이자 753백만원은 청구법인이 비록 결산 시 미반영하였으나, 약정서 및 지급 내역 등을 검토하여 실제 발생된 비용으로 확인되면 이를 손금산입 해주어야 할 것으로 판단되는 바, 위 사실들을 종합하여 볼 때 청구법인이 제시하는 제반 관련 장부 및 입증자료를 근거로 그 실질에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당할 것이다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국 세기본법 제65조 제1항 제3호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.