연구전담부서 설치가 연구・인력개발비 세액공제 요건인지 여부

○○세무서장이 2010. 1. 6. 청구법인에게 한 2004년 사업연도 법인세 40,298,480원, 2005년 사업연도 법인세 83,981,660원, 2006년 사업연도 법인세 161,924,090원, 2007년 사업연도 법인세 55,244,170원, 2008년 사업연도 법인세 23,375,960원, 합계 364,824,360원의 각 부과처분은 청구법인이 각 사업연도에 조세특례제한법 시행령 별표 6 제1호 사목의 고유상표 및 고유디자인의 개발을 위한 비용으로 계상한 금액 중 청구법인의 고유상표 및 고유디자인의 개발에 관련이 있는 금액에 대하여 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 하여 세액을 경정합니다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 53-7에서 침구류 제조 및 도매업을 영위하고 있으며, 2004년 사업연도 ～ 2008년 사업연도 법인세 신고시 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 총 278,130천원(2004년 26,477천원, 2005년 59,456천원, 2006년 124,327천원, 2007년 46,299천원, 2008년 21,571천원)을 적용하였다.

○○지방국세청장이 처분청에 대한 정기감사시 청구법인이 연구개발전담부서의 요건을 갖추지 아니하였는바, 연구 및 인력개발비 세액공제를 부인하여 현지시정하라고 지적함에 따라 처분청은 2010.1.6. 청구법인에게 2004년 사업연도 ～ 2008년 사업연도 법인세 총 364,824천원(2004년 40,298천원, 2005년 83,982천원, 2006년 161,924천원, 2007년 55,244천원, 2008년 23,376천원)을 경정·고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.3.31. 이 건 심사청구를 하였다.

청구법인은 주로 이불·침대·베개 커버 등 침구류를 생산·판매하는 업체로서 등의 독자브랜드를 사용하여 홈쇼핑, 대형할인매장, 인터넷 쇼핑몰, 침구점 등을 통하여 판매하고 있는데, 미국 △△△사가 개발한 ☆☆☆라는 친환경 솜에 대한 국내 독점판매권을 가지고 있으며, 이불·베개 등에 합성섬유로 만든 솜 대신 인지오를 넣어 위생적이고 아름다운 제품을 공급하고자 차별화된 디자인 개발 및 색상 다양화에 심혈을 기울이고 있다. 청구법인은 2004년 사업연도부터 법인세 신고시 조세특례제한법 제10조 제1항 및 같은 법 시행령 제9조 제2항의 별표 6의 제1호 사목【고유상표(공동상표를 포함한다) 및 고유디자인의 개발을 위한 비용】을 적용하여 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 하였으며, 처분청은 2006.11.1.～2006.11.4.까지 청구법인에 대한 2005년 사업연도 법인세 통합조사 시 당초 세액공제액 78,799,177원 중 19,348,128원만을 공제부인하고 나머지는 세액공제를 인정하였다. 처분청은

○○ 청장의 감사지적 사항이라면서 청구법인이 소정의 연구개발전담부서를 설치하지 아니하였다는 이유로 2004년 사업연도 ～ 2008년 사업연도 연구 및 인력개발비 세액공제를 부인하였으나, 청구법인은 자체 디자인연구소에 전문디자이너들을 고용하여 제품에 대한 고안, 디자인, 견본 제작 등을 직접 기획하여 각 상표별로 다양한 디자인의 제품을 출시하고 있으며, 조세특례제한법 시행령 제9조 제2항 별표 6의 제1호 사목에 의하여 디자이너 인건비, 디자인 설계비용, 원재료비, 견본품비 등 고유디자인의 개발을 위한 비용에 대한 세액공제를 하였다. 따라서 위 별표 6의 제1호 사목에 의하여 연구·인력개발비 세액공제를 적용하는 경우에는 전담부서 설치 여부와 아무런 상관이 없으므로 당초 부과처분은 부당하다.

청구법인은 법인세 신고시 조세특례제한법 시행령 별표 6의 제1호 사목을 적용하여 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 신청하였으므로 당초 세액공제가 정당하다고 주장하나, 조세특례제한법 시행규칙 제7조 에서 해당 세액공제를 받기 위해서는 전담부서가 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조의 규정에 의하여 교육과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서여야 한다고 규정하고 있는바, 청구법인의 경우 교육과학기술부장관에게 전담부서를 신고하지 아니하여 세액공제 요건을 갖추지 못하였다. 따라서 처분청이 2004년 사업연도 ～ 2008년 사업연도 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 부인한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 연구전담부서 설치가 고유디자인 개발비용에 대한 연구 및 인력개발비 세액공제의 요건인지 여부
• 나. 관련법령

○ 조세특례제한법 제10조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인[도박장·무도장·유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

• 가. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액

② 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 따른 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액의 구분 및 계산 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

② 법 제10조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 비용"이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다. [별표 6] 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용 구 분 비 용

• 가. 자체연구개발

① 전담부서에 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정 하는 자의 인건비

② 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품·부품·원재 료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비 를 포함한다)

③ 전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구·시험용 시설의 임차 또는 나목ⓛ에 규정된 기관의 연구·시험용 시설의 이용에 필요한 비용

• 나. ～ 바. (생략)
• 사. 고유상표(공동상표를 포함한다) 및 고유디자인의 개발 을 위한 비용

○ 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】

① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 기술개발촉진법 시행규칙제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.

○ 조세특례제한법 기본통칙 10-9…1【연구 및 인력개발비 범위】

① 영 별표 6 제6호 사목 “고유상표(공동상표를 포함한다) 및 고유디자인의 개발을 위한 비용”에는 자체고용 디자이너에 대한 인건비, 디자인 위탁개발용역비, 디자인설계기기의 임차료, 디자인설계비용, 연구용으로 사용하는 견본품․부품․원재료 구입비 등을 포함한다.(2005.7.7. 신설)

• 다. 사실관계

1. 청구법인은 법인세신고 시 다음과 같이 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용하였음이 국세통합전산망에 의하여 확인된다. (단위: 천원) 사업연도 비용지출액 세액공제액 공제방법 비 고 2004 176,515 26,477 발생액의 15% 2005 157,598 59,456 초과액의 50% 19,343 부인후 금액 2006 248,655 124,327 초과액의 50% 2007 336,786 46,299 발생액의 15% 2008 178,222 21,570 발생액의 15%

2. 처분청이 2006년 11월에 청구법인에 대하여 실시한 2005년 사업연도 법인세 통합조사 종결보고서에 의하면, 청구법인이 2005년 사업연도에 연구·인력개발비로 계상한 금액 중 38,686천원이 생산직 근로자의 급여로 확인되었다 하여 2005년 사업연도 연구․개발비 세액공제 신청금액 78,799천원 중 19,343천원을 부인하였음이 확인된다.

3. 중부청장의 현지시정 명세서에 의하면, 청구법인 관련 시정요구 사항이 아래와 같이 나타난다. (단위: 천원) 사업연도 공제세액 과다공제 예상세액 비 고 2004 26,477 26,477 39,535 2005 59,456 59,456 82,268 2006 124,327 124,327 144,652 연구소 없음 2007 46,299 46,299 47,229 2008 21,570 21,570 18,424

4. 당사자 간에 청구법인이 중소기업에 해당한다는 점에 대하여는 당사자 간에 다툼이 없다.

5. 청구법인은 2009.3.5.(주)□□상사 디자인연구소라는 이름으로 교육과학기술부장관에게 디자인연구소에 대한 신고를 하고, 2009.6.8. 한국산업기술진흥협회장으로부터 기업부설연구소 인정서를 교부받았다.

• 라. 판 단 1) 조세특례제한법 제10조 및 같은 법 시행령 제9조에 의하면, 조세특례제한법 시행령 별표 6의 각목에 열거된 비용 중 어느 하나에만 해당하면 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 받을 수 있도록 규정하고 있다.

2. 청구법인이 제출한 연구 및 인력개발비 세액공제 관련 서류에 의하면, 청구법인은 2004년 사업연도～ 2008년 사업연도까지 조세특례제한법 시행령 별표 6의 제1호 사목의 고유상표 및 고유디자인의 개발 관련 비용에 대하여 연구 및 개발비세액공제를 신청하였음이 확인된다.

3. 앞에서 본 바와 같이 고유상표 및 고유디자인 개발을 위한 비용에 대한 연구 및 인력개발비 세액공제는 연구전담부서 설치를 요건으로 하지 않으므로 처분청이 연구개발전담부서를 갖추지 아니하였다는 이유로 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 부인하여 이 건 부과처분을 한 것은 부당하다 할 것이다.

4. 다만, 청구법인이 고유상표 및 고유디자인의 개발을 위한 비용으로 계상한 것들이 조세특례제한법 기본통칙 10-9…1【연구 및 인력개발비의 범위】및 관련 예규에서 예시한 비용에 해당하는지에 대하여 확인하여, 정당하게 계상 된 금액에 대하여 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 인정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.