금융증빙이 없다는 이유로 가짜세금계산서로 본 처분의 당부

○○세무서장이 2009.12.18. 청구법인에게 한 2000년 제2기 부가가치세 27,964,000원과 2000.1.1～2000.12.31. 법인세 52,690,500원의 부과처분은 이를 취소합니다.

청구법인은 서울시 서초구 서초동에 주식회사○○○○○○라는 상호로 2000.01.10. 법인설립 후(2005.12.30. 신고 폐업) 하드디스크 등 컴퓨터 저장매체 도소매업을 영위하던 중 2000년 제2기에 △△△△△△주식회사 (이하 “청구외법인”이라 한다)로부터 공급가액이 95,900,000원(이하 “쟁점금액”이라 한다)인 매입세금계산서 1매(이하 “쟁점세금계산서”라 함)를 수취하고 2000년 제2기 부가가치세 신고 시 쟁점세금계산서에 대한 매입세액을 공제하여 신고․납부하였다.

○○세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구외법인에 대한 가짜세금계산서 판매상 조사를 실시하여 청구외법인을 가짜세금계산서 판매상으로 고발하고, 청구법인에게 교부한 쟁점세금계산서를 가짜세금계산서 혐의가 있는 것으로 보아 처분청에 과세자료 통보하였다. 처분청은 위 과세자료 내용에 따라 청구법인이 청구외법인으로부터 수취한 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하고 쟁점금액을 법인세 손금불산입 및 대표자 상여처분한 후 청구법인에게 2000년 제2기분 부가가치세 27,964,000원과 2000.1.1.～2000.12.31.(이하 “2000사업연도”라 한다) 법인세 52,690,500원을 2009.12.18. 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.3.11. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인은 청구외법인에게 2000.4.25. 홈페이지 및 고객관리시스템 웹개발 용역을 발주하였으며, 청구외법인으로부터 2000.4.25.부터 2000.10.27까지 홈페이지 및 웹개발 용역을 제공받고, 2000.10.31. 쟁점세금계산서를 수취하였다.

1. 조사청은 청구외법인 가짜세금계산서 판매상 조사 시, 청구외법인이 NEC, 지멘스, 한국후지쓰의 서버 및 PC를 수입판매 하였고, 관련D/B운영체제 및 소프트웨어를 개발․공급하였다는 것을 인정하였으며, 청구외법인의 매출 중 일부만 가공거래로 확정하였을 뿐, 청구법인과의 거래는 혐의자료로 처분청에 과세자료 통보한 것이다.

2. 청구법인이 청구외법인으로부터 홈페이지 및 고객관리시스템 구축 용역을 제공받고 청구외법인으로부터 쟁점세금계산서를 수취한 사실은 청구외법인이 청구법인에게 2000.4.3. 송부한 홈페이지 및 고객관리시스템 제작 견적서 및 제안서, 청구법인과 청구외법인이 2000.4.25. 체결한 홈페이지 및 고객관리시스템 제작계약서 및 개발설계서와 청구외법인에서 당시 시스템개발업무을 담당하였던 박○○, 이○○, 강○○이 청구법인의 홈페이지제작 및 웹개발 구축 작업에 참여하였다고 작성한 확인서에 의해서 확인된다.

3. 청구법인은 2005.12.30. 부도로 폐업하여 청구법인의 대표이사 곽○○ 본인 한몸 추스르기도 벅찼던 4년이 경과하여 심사청구일 현재 관련 시스템 및 장비를 보유하고 있지 않으나, 조사청이나 처분청이 2005년 청구법인이 폐업하기 직전까지만 쟁점세금계산서 실지거래에 대한 소명요구를 하였더라면, 청구법인이 운영 및 관리하고 있던 고객관리시스템과 지멘스 서버 등을 직접 시연 및 제시할 수 있었을 것이다.

• 나. 청구법인은 표1과 같이 쟁점세금계산서에 대한 대금을 청구외법인에게 지급하였음이 청구법인 통장사본과 관련 장부에 의해 확인된다. 표1 (천원) 매입세금계산서 대금지급 비고 공급일자 공급가액 외상매입금 지급일자 금액 수단 2000.10.31 95,000,000 105,490,000 2000.11.16 15,000,000 법인통장 외환 0000000000 기업예금 통장 2001.01.29 2,200,000 외상매출금과상계 2001.02.07 13,000,000 법인통장 2001.02.12 20,000,000 법인통장 2001.02.23 17,220,500 대표이사 2001.03.02 29,000,000 법인통장 2001.03.02 9,069,500 대표이사 합 계 95,900,000 105,490,000 계 105,490,000

1. 위 표1의 대금지급내역에 의하면, 청구법인이 2000.12.31.기준 청구외법인에게 지불하여야 할 외상매입금 잔액은 90,490,000원이며, 이는 청구법인이 처분청에 법인결산 후 제출한 2000사업연도 법인세 결산서 부표 중 청구외법인 외상매입금 잔액 90,490,000원과 일치하며, (2000사업연도 법인세 결산서 및 전산출력한 외상매입금 원장 제출) 청구법인이 이 건 심리자료로 제출한 대표자 곽○○이 자금관리를 위해 작성했던 2000∼2001사업연도 매입․매출장을 확인하면, 위 표1의 대금지급내역이 객관적인 자료임이 확인된다. 2) 조사청은 청구법인이 쟁점세금계산서에 대한 거래대금을 법인통장에서 수차례 현금으로 인출하여 지급하고 입금표를 지급증빙으로 수취한 데 대해 가짜세금계산서 혐의가 있다고 판단하고, 처분청에 과세자료를 통보하였으나, 오히려 자료상 거래는 금융조작을 위해 대금지급이 일회성인 것이 통상적인 거래이다.

• 다. 따라서 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서는 거래관련증빙 및 금융자료에 의하여 실제 용역을 제공받고 수취한 세금계산서임이 확인되므로 처분청이 청구법인에게 2009.12.18. 결정고지한 2000년 제2기분 부가가치세 27,964,000원 및 2000사업연도 법인세 52,690,500은 취소되어야 한다.

• 가. 청구법인은 청구외법인에게 고객관리시스템 및 홈페이지제작 용역을 공급받고, 쟁점세금계산서를 수취하였다고 주장하나, 통상적으로 홈페이지 및 웹서버를 구축하면, 이후 유지보수(소프트웨어 업그레이드, 기능개선 등)내역이나 비용이 발생하는 것이 정상이나 시스템구축 후 유지보수 비용이 발생한 바 없다.
• 나. 청구법인이 제시한 통장의 거래내역을 보면, 타 업체에는 통장을 통해 지급한 것이 나타나는데, 청구외법인에게 지급한 금액만은 현금을 인출하여 지급하였으며, 2001.2.23, 17,220,000원, 2001.3.2. 9,069,000원은 대표이사가 직접 지급하였다고 주장하나 이에 대한 증빙을 제시하지 못한다.
• 다. 따라서 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서를 실물거래 없는 가짜세금계산서로 본 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서가 용역을 제공받고 수취한 세금계산서인지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(괄호 생략)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. (단서 생략)

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항 (이하 생략) 2) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

⑦ 제2항의 규정에 의하여 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 3) 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 조세특례제한법 제100조의18제1항 에 따라 배분받은 결손금은 제1항의 손금으로 본다. <신설 2008.12.26 부칙>

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2008.12.26 부칙>

• 다. 사실관계

1. 청구외법인 2000사업연도 부가가치세 신고사항과 가짜세금계산서 판매상 조사 시 조사청이 가짜세금계산서로 확정한 청구외법인의 매입․매출금액은 아래표와 같다. (천원) 신고기간 매출과표 가공매출 비율 매입과표 가공매입 비율 합 계 8,372,241 993,027 11.8% 7,453,946 821,898 11.0% 2000.1기 3,320,721 310,157 9.3% 3,013,462 35,937 1.2% 2000.2기 5,051,520 682,870 13.5% 4,440,484 785,961 17.6% 2) 청구외법인 가짜세금계산서 판매상 조사복명서에 의하면, 청구외법인은 NEC, 지멘스, 한국후지쓰의 서버 및 PC를 수입판매하였으며, 관련 DATABASE 운영체제 및 SOFTWARE를 개발 공급하였으나, 벤처열풍에 힘입어 매출부풀리기(뺑뺑이거래)를 한 것으로 확인된다.

3. 국세통합전산망에 의하면 청구외법인은 1997.11.1. ○○시 ○○○구 ○○○동 ○○-○ ○○○○○○빌딩 702호에서 법인설립 후 서버공급 및 소프트웨어 개발사업을 영위하였으며 2003.10.1 사업부진으로 자진휴업 후 2004.6.30. 직권폐업된 것으로 확인된다.

4. 국세통합전산망에 의하면 청구법인은 법인명을 2000.6.8 주식회사◇◇데이타시스템에서 주식회사○○○○○○로 변경하였으며, 청구외법인은 법인명을 2000.7.25 □□정보시스템주식회사에서 △△△△△△주식회사로 변경하였음이 확인되며, 청구법인이 제출한 견적서개발설계서 계약서는 모두 주식회사◇◇데이타시스템과 □□정보시스템주식회사라는 법인명으로 작성되어 있다.

5. 청구법인이 이 건 심리자료로 제출한 개발설계서는 56페이지 분량으로 □□정보시스템(주) 이○○이 작성한 것으로 되어 있으며, 홈페이지 및 시스템 구축에 관한 구체적이고 전문적인 내용이 기재되어 있다.

6. 청구법인과 청구외법인이 2000.4.25. 체결한 홈페이지 제작 및 웹개발 계약서에는 사업수행계획서가 첨부되어 있고, 동 사업수행계획서 내용에는 사업추진개요, 주요사업내용, 유지보수방안, 사업수행인원현황 등이 수록되어 있다.

7. 위 사업수행인원현황에는 홈페이지 및 웹개발 총괄책임자이며 기획 & PM 담당 박○○팀장, 프로그램&교육 담당 이○○팀장, 디자인 담당 김○○,강○○사원의 학력, 해당분야근무경력, 참여했던 프로젝트 사업명이 기재되어 있다.

8. 청구법인은 이 건 심리자료로 박○○, 이○○, 강○○이 2000.4.27.부터 2000.10.27.까지 6개월간 청구법인 홈페이지 제작 및 웹개발 사업에 참여하였다는 확인서와 주민등록증 사본을 제출하였다.

9. 국세통합전산망에 의해 위 박○○, 이○○, 강○○의 근로소득자료를 조회한 결과, 박○○은 1998년부터 2003년까지 청구외법인에서 근무하였으며, 이○○은 1997년부터 2000년까지, 강○○은 1999년부터 2001년까지 청구외법인에서 근무하였고, 박○○, 이○○, 강○○은 현재까지 소프트웨어자문 및 개발관련업종에 종사하고 있는 것으로 확인된다.

10. 청구외법인의 2000사업연도 매출세금계산서를 살펴보면, 청구외법인은엘◎◎◎정보통신, 엘◎◎◎손해보험, 한국◎◎◎대학 등에 서버공급 및 시스템개발용역을 제공한 것으로 확인된다.

11. 청구법인이 제출한 청구법인의 2000사업연도 법인세 결산서(원본 제출)중 청구외법인에 지불할 외상매입금 잔액은 90,490,000원이며 회계프로그램에서 출력한 거래처원장의 2000사업연도 외상매입금 잔액은 90,490,000원으로 기재되어 있다.

12. 청구인이 제출한 홈페이지 제작 및 웹개발 계약서에 첨부된 유지보수방안에는 시스템설치 후 1년간 전문인력 전담지원 및 유상 유지보수계약에 의한 지원사항을 무상지원하기로 기재되어 있다.

• 라. 판단 처분청은 청구법인이 쟁점세금계산서에 기재된 홈페이지 제작 및 웹개발 시스템 구축 후 시스템 유지를 위한 유지보수를 받은 사실이 없고 쟁점세금계산서에 대한 거래대금을 법인통장에서 인출하여 현금으로 지급하였으며 그 중 대표자 개인자금으로 지급하였다는 26,289,000원은 지급증빙을 제시하지 못한다는 이유로 쟁점세금계산서를 가짜세금계산서라고 판단하였다. 이에 반해 청구법인은 청구외법인으로부터 실제 홈페이지 구축 및 웹개발 용역을 제공받고 쟁점세금계산서를 수취하였으며 청구법인은 홈페이지 및 웹개발 시스템 구축 후 1년간 청구외법인의 전문인력이 무상으로 유지보수를 해 주었으며 무상보증기간이 지난 후에는 청구법인의 종사직원들이 전산업무에 상당한 지식을 가지고 있어 자체인력으로 업그레이드가 가능하였기에 추가 유지보수 비용이 발생할 필요가 없었다고 주장하고 있으며 쟁점세금계산서 거래대금은 표1과 같이 법인통장에서 인출하여 현금으로 지급하거나 외상매출금과 상계 또는 대표자개인자금으로 지급하였다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. 청구법인이 제출한 홈페이지 제작 및 웹개발 계약서 제15조(하자보증)제2항에 하자보증기간은 “을”이 납품을 완료한 날로부터 1년으로 한다라고 기재되어 있어 동 조항에 따라 청구법인이 1년간 무상으로 유지보수 받았을 것으로 인정되고 국세통합전산망에 수록된 청구법인의 사업자등록을 확인한바 소프트웨어개발공급업도 부업종으로 등록된 점으로 보아 청구법인 종사직원들이 상당한 전산지식을 가지고 있어 자체인력으로 시스템 업그레이드 등 유지보수를 하였다는 주장은 설득력이 있다고 판단된다. 또한 자료상으로부터 받은 세금계산서가 가짜세금계산서가 아니라는 사실은 원칙적으로 세금계산서를 받은 사업자가 입증하여야 하지만, 5년 동안의 장부보관기간이 지난 뒤에도 장부와 증빙자료의 보관기간이 지나지 않은 때와 동일한 입증책임을 부담시키는 것은 무리라고 할 것이다.(조심 2009구 1879. 2010.2.1. 같은 뜻) 청구외법인은 NEC, 지멘스, 한국후지쓰 등으로부터 서버와 PC를 수입하여 판매함과 아울러, 관련D/B운영체제 및 소프트웨어 개발․공급업을 영위하였던 법인으로 2000사업연도 매출액 중 조사청이 가짜세금계산서 판매상 조사 시 가공매출로 확정한 금액은 전체 매출액의 11.8%에 불과하여 청구외법인 매출의 대부분은 실지거래이었을 것으로 보이고, 청구법인이 제출한표1의 대금지급내역은 청구법인이 2001.3.31. 법인결산 후 처분청에 제출하였던 2000사업연도 법인세 결산서 부표 중 청구외법인에게 지불할 외상매입금 잔액 90,490,000원과 위표1에 의한 2000.12.31.기준 외상매입금 잔액 90,490,000원이 일치한 점으로 보아 청구법인이 주장하는 대금결제내역은 신빙성이 있어 보인다. 따라서 쟁점거래일로부터 10년이 경과한 현재 대표자가 개인자금으로 지급하였다고 주장하는 거래대금 26,289,000원에 대한 지급증빙을 제시하지 못하였다는 사유만으로 쟁점세금계산서를 가짜세금계산서로 보는 것은 무리가 있다고 판단된다. 한편, 청구법인은 청구외법인으로부터 홈페이지 구축 및 웹개발 용역을 제공받고 쟁점세금계산서를 수취하였다는 입증자료로 개발설계서와 청구외법인 종사직원 박○○, 이○○, 강○○이 청구법인의 홈페이지 제작 및 웹개발 사업에 참여하였다고 작성한 확인서등을 제출한바, 에에 대해 살펴보면, 개발설계서에 청구법인이 구축한 홈페이지 및 시스템개발에 관한 구체적이고 전문적인 내용이 상세히 수록되어 있는 점과 국세 통합전산망에서 박○○, 이○○, 강○○의 근무이력을 확인한 결과 청구법인이 청구외법인으로 부터 홈페이지 및 웹개발 용역을 제공받은 기간동안 박○○, 이○○, 강○○은 청구외법인에 근무하였고 청구외법인에서 이직한 후에도 시스템개발 관련 업종에 종사하고 있는 점에 비추어 청구법인이 이건 심리자료로 제출한 개발설계서와 확인서는 신뢰할 수 있는 입증자료라고 판단된다. 위 사실관계를 종합하여 볼 때 쟁점세금계산서는 청구법인이 홈페이지제작 및 웹개발 용역을 제공받고 수취한 세금계산서로 판단되므로 처분청이 쟁점세금계산서에 대한 매입세액을 불공제하고 쟁점금액을 법인세 손금불인정한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.