법인세 최저한세 세액공제 적정 여부

청구법인은 2006～2007사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고시 최저한세적용이 배제되는 연구 및 인력개발비 세액공제 등 2,572,860,522원(2006사업 연도 1,612,133,091원, 2007사업연도 960,727,431원)을 공제한 후 최저한세가 적용 되 는 임시투자세액공제 등 330,946,686원(2006사업연도 311,800,017원, 2007사업연도 19,146,669원) 중 199,230,876원(2006사업연도 199,230,876원)을 공제 하고, 공제받지 못한 임시투자세액공제 등 131,715,810원(2006사업연도 112,569,141원, 2007사업연도 19,146,669원)을 이월하였다. 처분청은 최저한세가 적용되는 임시투자세액공제 등 330,946,686원 (2006사업 연도 311,800,017원, 2007사업연도 19,146,669원) 을 먼저 적용하고, 최저한세 적용 이 배제되는 연구 및 인력개발비 세액공제 등 2,441,144,712원(2006사업연도1,499,563,950원, 2007사업연도 941,580,762원)을 나중에 적용하여 청구법인이 이월한 임시투자세액공제 등 131,715,810원에 대하여 2010.2.10. 청구법인에게 농어촌특별세 28,977,470원(2006사업연도 24,765,210원, 2007사업연도 4,212,260원) 을 경정․고지하였다 청구법인은 이에 불복하여 2010.3.2. 이 건 심사 청구를 하였다.

• 가. 연구인력개발비와 임시투자세액공제가 중복되는 경우 세액공제의 적용순위 는 법인이 선택하여 적용받을 수 있다는 유권해석(서면2팀-2373, 2004.11.17.) 에 의하여 적법하게 신고하였다.
• 나. 납세자가 법에 따라 선택하지 아니한 세액공제는 과세관청이 경정할 것이 아니라 동 세액공제를 임의포기한 것으로 보아 소멸시키는 것이 타당하다는 유권해석(서면2팀-1942, 2004.9.17)의 취지에 따라 임시투자세액공제 등을 적용할 것이 아니라 소멸시켜 경정하여야 한다.
• 다. 법인세법 시행규칙 별지 제3호서식에 최저한세 적용대상 세액공제란이 최저한세 적용제외 세액공제란 보다 위에 있기 때문에 최저한세 적용대상 세액공제를 먼저 적용하여야 한다는 것은 서식의 작성상의 문제를 법의 해석에까지 확대해석한 것이다. 3. 처분청 의견
• 가. 최저한세 및 세액공제액의 이월공제와 관련 국세청의 의견은 조세특례제한법 제132조 제1항 의󰡒내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한󰡐법인세󰡑를 계산함에 있어서󰡓󰡐법인세󰡑라 함은 최저한세의 작용대상이 아닌 세액공제․감면 전의 법인세를 말하므로(조세특례제한법시행령 제126조 제2항), 법인세 신고서식 중󰡒법인세 과세표준 및 세액조정계산서󰡓상 122번란의 차감세액을 의미하고
• 나. 법인세법 시행규칙 별지 3호서식󰡒법인세 과세표준 및 세액조정계산서󰡓상 납부할 세액의 계산은 당해 서식상 볼 수 있듯 최저한세 적용대상 공제감면을 먼저 적용(서식의 121란)한 후 최저한세 적용제외 공제감면(서식의 123란)을 그 다음에 적용하는 것이며, 또한 이월공제가 인정되는 세액공제액은 당해 사업연도 에 납부할 세액이 없거나, 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액으로(조세특례제한법 제144조 제1항), 납부할 세액이 있는 경우에도 법인이 선택적으로 이월할 수 없다.
• 다. 청구법인은 2006년, 2007사업연도 중 최저한세 적용대상이 되는 임시투자세액공제 등과 최저한세 적용이 배제되는 연구인력개발비 세액공제 등이 중복되는 경우로 선택적 공제받은 내용에 대하여, 위와 같이 조세특례제한법 제132조 (최저한세) 및 같은법 제144조(이월공제), 법인세법 제59조 (감면 및 공제세액의 계산) 및 재조예-112(2005.2.5)에 의하여 부과한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 1) 임시투자세액공제 등 최저한세 적용대상과 연구 및 인력개발비 세액공제 등 최저한세 배제대상이 중복되어 적용될 경우 임시투자세액공제 등을 먼저 적용한 후 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용함이 타당한지 2) 처분청의 이건 처분이 국세기본법상 신의성실 등의 규정을 위배하였는지 여부
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제132조 【최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제】(2010.1.1. 개정전의 것)

① 내국법인(제72조 제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과법인세법제91조 제1항을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(법인세법제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세와 같은 법 제96조에 따른 법인세에 추가하여 납부하는 세액, 가산세 및 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며, 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함하며, 이하 이 조에서 "과세표준"이라 한다)에 100분의 14(과세표준이 100억원 초과 1천억원 이하 부분은 100분의 11, 과세표준이 100억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업의 경우에는 100분의 7)를 곱하여 계산한 세액(이하 "법인세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.

1. 제9조에 따라 각 사업연도의 소득금액계산을 할 때 손금으로 산입하는 연구·인력개발준비금 및 특별감가상각비

2. 제8조, 제8조의2, 제10조의2, 제13조, 제14조, 제55조의2 제4항, 제60조 제2항, 제61조 제3항, 제63조의2 제5항에 따른 소득공제금액, 손금산입금액, 익금불산입금액 및 비과세금액

3. 제5조, 제7조의2, 제10조(중소기업이 아닌 자의 해당 과세연도세액공제대상금액에서 대통령령으로 정하는 석사 및 박사의 인건비로 발생한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 뺀 금액만 해당한다. 이하 이 조에서 같다), 제11조, 제12조제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제30조의4, 제31조제6항, 제32조제4항, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15 및 104조의18에 따른 세액공제금액

4. 제6조, 제7조, 제12조의2, 제21조, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제63조(수도권 밖으로 이전하는 경우는 제외한다), 제64조, 제68조(농업소득 외의 소득만 해당한다), 제85조의6, 제102조에 따른 법인세의 면제 및 감면 2) 조세특례제한법 제132조 【최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제】(2010.1.1. 개정후의 것) 《③항 신설》법해석의 명확화로 적용시기 없음

③ 이 법을 적용할 때 제1항 각 호 및 제2항 각 호에 열거된 감면 등과 그 밖의 감면 등이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 제1항 각 호 및 제2항 각 호에 열거된 감면 등을 먼저 적용한다. 3) 조세특례제한법 시행령 제126조 【최저한세】

② 법 제132조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 세액공제등"이라 함은 법인세 감면중 동조 동항 제3호 및 제4호에 열거되지 아니한 세액공제·세액면제 및 감면을 말한다.

⑤ 납세의무자가 신고(국세기본법에 의한 수정신고 및 경정 등의 청 구를 포함한다)한 소득세액 또는 법인세액이 법 제132조의 규정에 의하여 계산한 세액에 미달하여 소득세 또는 법인세를 경정하는 경우에는 다음 각호의 순서(동일한 호안에서는 법 제132조 제1항 및 제2항 각호에 열거된 조문순서에 의한다)에 따라 다음 각호의 감면을 배제하여 세액을 계산한다.

1. 법 제132조 제1항 제1호 및 동조 제2항 제1호의 규정에 의한 특별감가상각비

2. 법 제132조 제1항 제1호 및 동조 제2항 제1호의 규정에 의한 준비금의 손금산입 2의2. 법 제132조 제1항 제2호의 규정에 의한 익금불산입

3. 법 제132조 제1항 제3호 및 동조 제2항 제3호의 규정에 의한 세액공제. 이 경우 동일 조문에 의한 감면세액 중 이월된 공제세액이 있는 경우에는 나중 에 발생한 것부터 적용배제한다.

4. 법 제132조 제1항 제4호 및 동조 제2항 제4호의 규정에 의한 법인세 또는 소득세의 면제 및 감면

5. 법 제132조 제1항 제2호 및 동조 제2항 제2호의 규정에 의한 소득공제 및 비과세 4) 조세특례제한법 제144조 【세액공제액의 이월공제】

① 제5조, 제5조의3, 제7조의2, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제24조 내지 제26조, 제94조, 제104조의5, 제104조의8 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 공제할 세액중 당해 과세년도에 납부할 세액이 없거나 제132조의 규정에 의한 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 당해 과세년도의 다음 과세년도의 개시일부터 5년이내에 종료하는 각 과세년도에 이월 하여 그 이월된 각 과세년도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 이를 공제한다.

② 각 과세년도의 소득세 또는 법인세에서 공제할 금액으로서 제5조, 제5조의3, 제7조의2, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제24조 내지 제26조, 제94조, 제104조의5, 제104조의8 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 공제할 금액과 제1항의 규정에 의하여 이월된 미공제금액이 중복되는 경우에는 제1항의 규정에 의하여 이월된 미공제금액을 먼저 공제하고 그 이월된 미공제금액간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 순차로 공제한다. 5) 법인세법 제59조 【감면 및 세액공제액의 계산】

① 이 법 및 다른 법률의 적용에 있어서 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각호에 의한다. 이 경우 제1호 및 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(토지등양도소득에 대한 법인세 및 가산세를 제외한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 본다.

1. 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면(면제를 포함한다)

2. 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제

3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 당해 사업연도중에 발생한 세액 공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.

4. 제58조의3의 규정에 의한 세액공제. 이 경우 당해 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다. 6) 국세기본법 제15조 【신의ㆍ성실】 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 7) 국세기본법 제18조 【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】

① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(형평)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

8. 서이46017-10725(2003.4.7) 조세특례제한법 제121조 의 2의 규정에 의한 외국인투자에 대한 법인세의 감면은 조세특례제한법 제132조 의 규정에 의한 최저한세의 적용대상이 아니므로 법인세법 제55조 의 규정에 의한 세액에서 조세특례제한법 제132조 제1항 각호에 규정한 최저한세의 적용대상이 되는 감면 등을 적용받은 후의 법인세와 조세특례제한법 제132조 제1항 의 규정에 의하여 계산된 최저한세를 비교한 후 그 중 많은 세액에서 조세특례제한법 제121조 의 2의 규정에 의한감면세액을 공제하는 것임.

9. 서면2팀-2373(2004.11.17) 제조업을 영위하는 중소법인이 법인세 과세표준 및 세액을 계산함에 있어서 조세특례제한법 제132조 의 규정에 의하여 최저한세의 적용이 배제되는 연구 및 인력개발비 세액공제와 공제대상인 임시투자세액공제가 함께 있는 경우, 적용순서는 법인이 선택하여 적용받을 수 있는 것임.

10. 재조예-112(2005.2.5) 조세특례제한법제63조의2의 규정에 의해󰡒법인이 공장 및 본사의 수도권 외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면󰡓을 적용받는 법인이 이월된󰡒임시투자세액공제󰡓가 있어 이를 동시에 적용하는 경우 법인세 납부 할세액의 계산은 이월된󰡒임시투자세액공제󰡓를 먼저 적용하고조세특례제한법제63조의2의 규정에 의한󰡒법인의 공장 및 본사의 수도권 외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면󰡓을 그 다음에 적용하는 것임.

11. 서면2팀-353(2007.3.2) 제조업을 영위하는 법인이 「조세특례제한법 제144조 제2항 의 규정에 의하여 세액공제액의 이월공제를 적용함에 있어 같은법 제132조의 규정에 의하여 최저한 세의 적용이 배제되는 연구 및 인력개발비세액공제와 공제대상인 임시투자세액공제가 함께 있어 귀속 사업연도가 상이한 서로 다른 종류의 세액공제가 중복되는 경우에는 이월공제의 적용순서를 당해 법인이 선택하여 적용받을 수 있는 것임.

• 다. 사실관계 1) 청구법인의 2006～2007사업연도 법인세 과세표준 신고 및 처분청의 경정시 연구 및 인력개발비 세액공제 등과 임시투자세액공제 등의 내용은 다음과 같다. 사업 연도 청구법인의 신고 내용 처분청의 경정내용 연구 및 인력개발비 세액공제 등 임시투자세액 공제 등 연구 및 인력개발비 세액공제 등 임시투자세액공제 등 2006 1,612,133 199,230 1,499,563 311,800 2007 960,727 0 941,580 19,146 단위: 천원 2) 청구법인이 법인세 과세표준 및 세액 신고시 신청한 세액공제(법인세법 시행규칙 별지 제8호 서식) 내역 은 다음과 같이 확인된다. 가) 최저한세 적용제외 공제감면세액 구분 사업 년도 연구․인력개발 세액공제 수도권이전 감면세액 계 2006 478,354 1,133,779 1,612,133 2007 0 960,727 960,727 계 478,354 2,094,506 2,572,860 금액: 천원
• 나) 최저한세 적용대상 공제감면세액 구분 사업 년도 임시투자 세액공제 연구․인력개발 세액공제 어음제도개선을 위한 세액공제 계 공제대상 공제세액 공제대상 공제세액 공제대상 공제세액 공제대상 공제세액 2006 54,642 0 199,231 199,231 57,927 0 311,800 199,231 2007 54,642

• -

• 77,072 0 131,714 0 금액: 천원 3) 법인세법 시행규칙 별지 제3호서식(법인세 과세표준 및 세액조정계산서)상 공제감면 내용과 그 기재요령은 다음과 같다.

④ 납부할세액 계산 구 분 작성요령(이면)

121. 공제감면세액 ㉠ 별지제8호서식(갑) 공제감면세액의 최저한세 적용대상 세액공제 기재

산출세액에서 공제감면세액 ㉠을차감하여 기재

123. 공제감면세액 ㉡ 별지제8호서식(갑) 공제감면세액의 최저한세 적용제외 세액공제 기재

125. 가감계(122-123+124) 4) 한편, 이건의 과세자료 통보처인 ○○지방국세청장이 2009.2.4. 국세청에 제출한 과세기준자문 신청내용은 다음과 같이 확인된다.

• 가) 신청이유 법인세 세액공제시 최저한세 적용대상 공제감면 세액 등을 먼저 적용한 후 최저한세 배제대상 공제감면을 적용한다는 유권해석(서이 46017-10725, 2003.4.7, 조세지출예산과-112, 2005.2.5, 2008사업연도 법인세 신고안내책자 p373외 다수)이 있는 반면 공제순서는 법인이 임의로 선택하여 적용받을 수 있는 것이라는 유권해석(서면2팀-2373, 2004.11.17, 서면2팀-353, 2007.3.2. 외) 이 있어 서로 상충됨.
• 나) 과세기준자문 내용(2009.5.28) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로 납부할 세액을 계산함에 있어서 조세특례제한법 제132조 의 최저한세가 적용되는 같은법 제26조의 임시투자세액공제와 최저한세가 적용되지 아니하는 같은법 제121조의 2의 외국인투자에 대한 법인세 등의 가면 및 같은법 제10조에 따른 중소기업의 연구․인력개발비에 따른 세액공제를 적용하는 경우에는 임시투자세액공제를 먼저 적용한 후 외국인 투자에 대한 법인세 등의 감면 또는 중소기업의 연구․인력개발비에 대한 세액공제를 적용하는 것임.
• 라. 판단 《쟁점1)에 대한 판단》 1) 조세특례제한법 제132조 제1항 및 같은법 시행령 제126조 제2항에 의 하면, 최저한세 적용배제 세액공제․감면 등을 적용하지 아니한 법인세가 최저 한세(과세표준×0.15)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 감면 등은 적용하지 아니하는 것으로 되어 있으므로 최저한세 계산시 최저한세 적용대상 공제감면을 먼저 적용한 후 최저한세 적용 배제 대상 공제감면을 적용하는 것이 타당하며(2010년 개정세법에서 적용순서를 명문화함) 2) 또한 조세특례제한법 제144조 제1항 에 의하면, 같은법 제132조의 규정에 의한 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 세액공제액을 이월 공제 가능토록 한 점에 비추어 볼 때 최저한세 적용대상 공제감면을 먼저 적용 함이 타당하다 하겠다. 3) 한편, 법인세법 시행규칙 별지 제3호서식【법인세 과세표준 및 세액조정계산서】상 납부할 세액의 계산란을 살펴보면,󰡐121란의 공제감면세액(ㄱ)󰡑은 최저한세 적용대상이고, 산출세액에서 동 금액을 차감하여󰡐122번란의 차감세액󰡑 을 기재하도록 되어 있으며,󰡐123번란의 공제감면세액󰡑(ㄴ)은 최저한세 적용이 제외되는 것인 바, 즉, 서식상으로도 최저한세 적용대상 공제액을 먼저 공제하는 것으로 보아야 할 것이다. 4) 따라서 일반적인 세액공제 적용순서에 관하여는 동일 세액공제 항목이 아닌 경우에는 납세자가 선택하여 세액공제 적용순서를 판단하면 되나 최저한세 적용대상 공제감면과 최저한세 적용 배제 대상 공제감면이 중복하여 적용 될 경우에는 최저한세 적용대상 공제감면을 먼저 적용한 후 최저한세 적용 배제 대상 공제감면을 적용함이 타당하다(재조예-112, 2005.2.5. 같은 뜻임). 5) 위 내용을 종합하여 볼 때, 처분청이 청구법인의 2006～2007사업연도 법인 세를 경정하고 농어촌특별세 28,977,470원(2006사업연도 24,765,210원, 2007사업 연도 4,212,260원)를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 《쟁점2)에 대한 판단》 1) 국세기본법 제15조 및 제18조 제3항의 규정에 의한 신의성실의 원칙 및 소급 과세금지의 원칙이 적용되거나 비과세의 관행이 성립되었다고 하기위해서는 장기간에 걸쳐 어떠한 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청이 자신이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않았다는 의사가 있고, 이와 같은 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시될 것을 요하는 것(징세 46101-64, 1999.1.7. 같은 뜻임)이며 2) 또한, 새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있은 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용하는 것이나 다만, 종전의 해석이 명백히 법령을 위반한 경우는 그러하지 아니하는 것(징세01254-4729, 1991.8.12)인 바 법인세법 시행규칙 별지 제3호서식【법인세 과세표준 및 세액조정계산서】상 납부할 세액의 계산란을 살펴보면,󰡐121란의 공제감면세액(ㄱ)󰡑은 최저한세 적용대상이고, 산출세액에서 동 금액을 차감하여󰡐122번란의 차감세액󰡑 을 기재하도록 되어 있으며,󰡐123번란의 공제감면세액󰡑(ㄴ)은 최저한세 적용이 제외되는 세액공제를 기재하도록 되어 있는 등 관련법령에 적용순위가 명백히 나타나 있으므로 연구 및 인력개발비 세액공제 등과 임시투자세액공제 등이 중복되는 경우 세액공제의 적용순위 는 법인이 선택하여 적용받을 수 있다는 유권해석(서면2팀-2373, 2004.11.17, 서면2팀-353, 2007.3.2)에 의해 적법하게 신고하였다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠다. 3) 위 내용을 종합하여 볼 때, 처분청이 청구법인의 2006～2007사업연도 법인 세 를 경정하고 농어촌특별세 28,977,470원(2006사업연도 24,765,210원, 2007사업 연도 4,212,260원)를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.