조합원의 현물출자 토지원가를 관리처분당시 종전부동산평가액으로 적용가능

심사청구를 기각합니다.

• 가. 청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 54번지 일대에 도심재개발사업을 시행하기 위하여 구 도시재개발법 제12조 의 규정에 의하여 ○○구청장으로부터 조합설립인가를 받은 재개발조합으로서, 그 조합원으로부터 토지 등을 현물출자 받아 재개발사업을 시행하여 2007.11.23. 준공인가를 받았다.
• 나. 청구법인은 2005～2007 사업연도의 법인세 신고 시 출자토지의 취득원가를 감정평가액으로 계상한 후 법인세 과세표준을 신고한 다음 산출세액을 납부하였다. 이후 청구법인은 2009.3.30. 처분청에 지분제공사계약에 따라 일반분양에서 발생되는 과세소득이 시공사에 귀속되므로 과세표준이 0이 되는 금액으로 토지의 취득원가를 계상하여야하고, 일반분양수입이 청구법인에 귀속된다 하더라도 토지의 취득원가가 과소계상 되었으므로 과다 납부한 법인세 9,025백만원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.
• 다. 이에 처분청은 청구법인의 2005～2007 사업연도 법인세 경정청구를 거부하는 경정청구 거부처분을 2009.6.1. 청구법인에게 통지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2009.8.25. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 국세기본법 제14조 제1항 은 과세대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 하고, 법인세법 제4조 제1항 은 자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 사실상 귀속되는 법인에 대하여 법인세를 적용한다고 규정하고 있다.
• 나. 한편, 청구법인과 시공사인 청구외 ○○산업(주)(이하 “○○산업”이라 한다) 와 체결한 공사계약서에 의하면 조합은 조합원이 소유하고 있는 토지 등을 제공하고 이에 대한 대가로 신축된 아파트에 대하여 확정지분율을 적용하여 대물로 공급받기로 약정함에 따라 조합원공급분을 제외한 일반분양분에 대한 분양수입 및 미분양에 대한 책임이 시공사인 ○○산업에 귀속되어 수익사업에서 발생되는 실질적인 이익이 시공사인 ○○산업이 가져가게 되므로 실질과세의 원칙에 따라 청구인에게는 법인세 납부의무가 없으며,
• 다. 가사, 일반분양수입에서 발생된 소득이 청구법인에 귀속된다 하더라도 토지의 가액을 실 거래가액이 아닌 감정평가금액으로 산정하는 경우에는 재개발시행으로 인한 토지의 적정한 교환가치를 반영하지 아니하여 낮게 평가된 감정평가액을 적용함으로써 청구법인의 실질소득과 관련이 없는 가공의 이익이 발생하게 된다.
• 라. 법인세법 제41조 제1항 제3호 및 같은법 시행령 제72조 제1항 제3호에서는 현물출자에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 취득 당시의 시가의 범위 내에서 장부에 계상한 금액으로 하며, 다만 시가가 불분명한 경우에 한하여 ‘부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률’ 에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액을 시가로 한다는 것인바, 개인인 조합원과 법인인 조합과의 거래에 있어서 소득세법을 적용하여 산출한 조합원 출자부동산의 양도가액은 조합토지의 취득가액이 될 것이며,
• 마. 조합원의 양도와 관련된 법 규정을 보면 소득세법 제88조 제1항 은 양도의 범위에 법인에 대한 현물출자를 포함하고 있으며, 제2항은 도시개발법 기타 법률의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 제1항에서 규정하는 양도로 보지 아니하고, 소득세법 예규(서면4팀-2308, 2005.11.23)에서는 환지전토지 및 건축물의 평가액이 권리면적의 추산액을 초과하여 환지청산금을 교부받은 부분은 토지 등이 유상으로 이전된 것이므로 소득세법 제88조 제1항 의 규정에 의한 양도에 해당하여 양도소득세를 신고ㆍ납부 하도록 규정하고 있다.
• 바. 따라서 조합원이 조합에 출자한 토지 등의 평가액 중 관리처분계획에 따라 취득한 분양권 상당액은 환지로 보아 양도소득세 과세대상에서 제외하고, 현금으로 수령한 청산금에 대하여는 종전부동산의 일부 양도로 보아 양도소득세 부과대상으로 하고 있으며,
• 사. 청산금에 대한 양도차익은 조합분양기준가액을 공제하고 남은 종전부동산의 잔여가액(수령한 청산금)을 양도가액으로 하고, 최초 취득가액에 종전부동산 평가액(청산금+환지상당액)중 청산금 해당비율만큼을 취득가액으로 하여 산출하므로 청산금에 대한 양도가액을 관리처분계획에 의한 종전부동산평가액을 기준으로 하고 있으며,
• 아. 소득세법 제100조 제3항 및 같은법 시행령 제166조 제4항에서는 재개발조합원의 입주권 등의 양도차익 산출 시에도 관리처분계획에 따라 정하여진 종전부동산의 평가액을 기준으로 하고 있으므로 조합원이 현물 출자한 종전부동산의 시가는 관리처분계획에 의하여 평가한 종전부동산의 평가액(청산금+분양권상당액)이 되므로 이 가액을 조합의 취득자산의 취득원가로 하여 법인세 과세표준을 산출하여야 하는 바,
• 자. 청구법인이 법인세과세표준 계산 시 과소 계상된 분양원가 중 용지비 37,051백만원을 반영하여 법인세과세표준과 세액을 경정하여야 한다. 따라서 처분청이 법인세에 대한 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

• 가. 법인세법 제41조 제1항 및 같은 법 시행령 제72조 제1항 규정에 의하면 현물출자 된 자산의 취득가액은 ‘시가를 초과하지 않는 범위 내에서 그 자산을 취득한 법인이 장부에 계상한 출자가액 또는 승계가액’으로 하도록 되어 있는바
• 나. 당해 법인이 법인세 신고 시 취득가액으로 인식한 감정평가액은 시가의 범위 내에서 적정하게 토지의 취득가액으로 계상한 것이다. 따라서 당초의 취득가액(감정평가액)에 근거한 분양원가 산정은 적정하며 이에 근거한 법인세 산출세액은 정당하다고 판단된다.

• 가. 쟁점 주택재건축 조합이 조합원들로부터 현물출자 받은 토지의 취득원가로 취득 당시 시가가 불분명하여 감정평가한 평가액으로 계상한 것이 정당한지 여부
• 나. 관련법령 1) 법인세법 제41조 【자산의 취득가액】

① 내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 제조·생산 또는 건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산은 제작원가에 부대비용을 가산한 금액

3. 제1호 및 제2호 외의 자산은 취득당시의 대통령령이 정하는 금액

② 제1항의 규정에 의한 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 3) 법인세법 시행령 제14조 【재산가액의 평가 등】

① 법 제16조 제1항 각호의 규정에 의하여 취득한 재산 중 금전외의 재산의 가액은 다음 각호에 의한다.

1. 취득한 재산이 주식 또는 출자지분(이하“주식등”이라 한다)인 경우에는 다음 각목의 금액

• 다. 기타의 경우에는 취득당시 법 제52조의 규정에 의한 시가(이하“시가”라 한다). 다만, 제88조 제1항 제8호의 규정에 의하여 특수관계자로부터 분여 받은 이익이 있는 경우에는 그 금액을 차감한 금액으로 한다. 4) 법인세법 시행령 제72조 【자산의 취득가액 등】

① 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

3. 현물출자·합병 또는 분할에 의하여 취득한 자산: 장부에 계상한 출자가액 또는 승계가액. 다만, 그 가액이 시가를 초과하는 경우에는 그 초과금액을 제외하고, 제61조 제2항 각호의 1에 해당하는 금융기관의 재정경제부령이 정하는 금전채권 등의 경우에는 피합병법인 등의 장부가액으로 한다. 5) 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만 주식 등을 제외한다. 6) 소득세법 제88조 【양도의 정의】

① 제4조제1항제3호 및 이 장에서 "양도"란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(부담부증여)(상속세 및 증여세법 제47조제3항 본문에 해당하는 경우는 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자(수증자)가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.

② 도시개발법이나 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지(체비지)로 충당되는 경우에는 제1항에서 규정하는 양도로 보지 아니한다. 7) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항의 규정에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항의 규정에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 8) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

① ～ ③ (생략)

④ 제1항 내지 제3항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다.

1. 도시 및 주거환경정비법에 따른 관리처분계획에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다.

2. 제1호에 따른 가격이 없는 경우에는 제176조의2제3항제1호, 제2호 및 제4호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액. 이 경우 제176조의2제3항제1호 및 제2호에서 "양도일 또는 취득일전후"는 "관리처분계획인가일 전후"로 본다.

⑤ ～ ⑦ (생략)

• 다. 사실관계

1. 청구법인이 법인세 확정 신고 시 용지가액을 관리처분감정가 108,010백만원으로 하였는바 그 내용은 아래와 같이 국세통합전산망에 의하여 확인된다. 사업연도 2007.12.31 2006.12.31 2005.12.31 당기순이익 20,337,962,311 9,349,289,986 244,052,720 소득금액조정 -익금산입 3,592,355,804 14,084,035 2,506,313,228 -손금산입 0 0 0 과세표준 23,930,318,115 9,563,374,021 2,750,365,948 산출세액 5,970,579,528 2,378,843,505 675,591,487 2) 청구법인은 지분제공사에 따른 종전토지 권리가액 202,312백만원을 적용하여 각사업연도별로 용지가액을 증액하여 손금산입 유보처분한 경정청구를 신청하였는바 그 내용은 아래와 같이 경정청구 법인세신고서에 확인된다. 사업연도 2007.12.31 2006.12.31 2005.12.31 당기순이익 20,337,962,311 9,349,289,986 244,052,720 소득금액조정 -익금산입 3,592,355,804 14,084,035 2,506,313,228 -손금산입 23,930,318,115 9,563,374,021 2,750,365,948 과세표준 0 0 0 산출세액 0 0 0 기납부세액환급 5,970,579,528 2,378,843,505 675,591,487 3) 청구법인이 제시한 공사계약서 및 종전부동산의 평가액에 대한 증빙 내역이 아래와 같이 확인된다.

• 가) 사업참여 공사본계약서 (2000.10.17. 작성)

(1) 공사명: ○○제1구역 도심재개발사업

(2) 사업위치: ○○시 ○○구 ○○동 54번지 일대

(3) 공사기간: 착공신고일로부터 32개월

(4) 공사내역: 대지면적(40,161.06㎡, 12,148.67평) 연면적(214,655.31㎡, 64,932.94평) 건립규모 및 세대수(지하3-4층, 지상14층 아파트, 오피스텔 835세대 및 부대복리시설)

(5) 사업참여 계약방식: ‘갑’ 조합원의 소유토지(10,045평 기준)에 대한 확정지분제 방식

(6) ‘갑’과 ‘을’은 도시재개발법, 동법 령, ○○시 도심재개발사업 조례, 동 규칙 등 관련법령과 조합의 정관(규약)을 준수하여 계약조건에 따라 당해 도심재개발사업이 성공적으로 완료되도록 상호 신의와 성실의 원칙에 따라 이 계약을 이행하기로 한다.

(7) ‘갑’: ○○제1구역 도심재개발조합, ‘을’: ○○산업(주)

• 나) 종전부동산 감정평가액: 2개 감정평가법인 평균 단위: 백만원 구 분 산술평균 한국감정원

○○ 감정평가법인 비 고 합 계 108,010 107,103 108,917 국공유지 미포함 토 지 90,691 89,433 91,948 건 물 17,319 17,670 16,969

• 다) 관리처분계획에 따라 확정된 종전부동산 평가액: 분양기준 권리금액 총 412건 202,312백만원

4. 이 사건 쟁점과 같은 선결정 판례(서울고법2007누10619, 2007.10.30)에서는 ‘재건축조합이 조합원들로부터 취득한 토지의 가액은 시가의 범위내에서 장부에 계상한 가액으로 하는 것이고 조합의 소득도 없는 것이 아니므로 청구주장은 이유 없음’ 이라고 판단하고 있다.

• 라. 판단 위와 같은 관계법령 및 사실관계를 종합해 보면 청구법인의 경우와 같이 현물출자에 의하여 취득한 자산의 가액은 어느 경우에서나 시가의 범위 내에서 장부에 계상한 금액이고, 다만 장부에 계상한 금액을 한정하는 의미에서의 시가가 불분명한 경우에는 ‘부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률’ 에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액을 시가로 한다는 것인바, 청구법인이 조합원으로부터 현물출자 받을 당시 이 사건 토지의 시가는 실제거래가액이 존재하지 아니하여 시가가 불분명한 경우에 해당되고, 그리하여 2개의 감정평가법인이 한 감정평가액의 평균액으로 청구법인이 이 사건 토지의 취득가액으로서 장부에 계상하였으므로 법인세법상 시가의 범위 내에서 장부에 계상한 금액이라고 할 것이다. 그러므로 아무런 법률상 근거 없이 일반분양가액에 추가부담금을 공제한 가격을 현물 출자한 자산의 가액으로 하여야 한다는 청구주장은 조세법률주의의 원칙에 반할 뿐만 아니라, 취득당시에 정해지는 불변하는 하나의 가격이 나중에 정해지는 임의의 분양가액에 따라 변동되는 모순이 생긴다는 점에서 받아들일 수 없다 할 것이다. 따라서 이를 근거로 하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분청의 당초처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.