연구 및 인력개발비세액공제액 산정시 직전4년간 발생한 연구인력개발비의 연평균발생액이 변경되었다면 직전 4년의 사업연도 중 부과제척기간이 경과한 사업연도가 포함되었다 하더라도 이를 반영하여 계산하여야 함

• 가. 청구법인은 2000년～2007년 사업연도 법인세 신고시 조세특례제한법 제10조 에 의한 연구및인력개발비세액공제액(이하 “쟁점공제액”이라 한다)으로 각 사업 연도에 발생한 연구및인력개발비의 15%를 신청하였으며, 연구및인력개발비에 청구법인의 직원 고○○ 외 14명(이하 “쟁점직원들”이라 한다)의 인건비를 포함 하여 신고하였다.
• 나. ○○지방국세청장(이하 “조사관서”라 한다)의 2009년 4월 쟁점법인의 2003년～2005년 사업연도에 대한 법인세 조사결과 통보내용에 따라, 처분청은 영업부서와 겸직하고 있던 쟁점직원들의 인건비(2003년 298백만원, 2004년 331백만원, 2005년 347백만원, 2006년 314백만원, 2007년 257백만원)가 연구및인력개발비에 해당하지 않는다고 판단하여 쟁점공제액을 재산정하면서 2003년 및 2005년～2007년 사업연도는 당해사업연도 발생액의 15%를, 2004년 사업연도는 “직전 4년간 연평균발생액”을 초과하는 금액의 50%를 세액공제액으로 하여 2009.05.12. 청구법인에게 2004년 사업연도 법인세 82,069천원을 경정․고지하였다.
• 다. 이 때 “직전 4년간 연평균발생액”을 계산하면서 2000년～2002년에 발생한 연구및인력개발비는 당초 법인이 신고한 금액에 쟁점직원들의 인건비를 차감하지 않은 금액(2000년 554백만원, 2001년 1,160백만원, 2002년 898백만원)과, 2003년에 발생한 연구 및인력개발비는 당초 신고한 금액인 1,026백만원에 쟁점 직원들의 인건비 298백만원을 차감한 728백만원을 합산하여 4로 나눈 835백만원을 “직전 4년간 연평균발생액”으로 계산하였고, 이 금액과 2004년 연구및인력 개발비 1,285백만원과의 차액의 50%인 225백만원을 세액공제액으로 산정하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2009.08.04. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 쟁점직원들은 2000년 10월부터 형식상 청구법인 부설 연구소에 발령하였으므로 쟁점직원들에 대한 인건비가 조세특례제한법 제10조 에 규정한 연구및인력개발비에 해당하지 않는다는 사실에는 이의가 없다.
• 나. 처분청은 2004년 쟁점공제액을 재산정함에 있어 연구및인력개발비의 “직전 4년간 연평균발생액”을 계산할 때 2003년에 발생한 연구및인력개발비는 당초 신고한 금액에 쟁점 직원들의 인건비를 차감하였으나 2000년～2002년에 발생한 연구및인력개발비는 당초 신고한 금액에 쟁점직원들의 인건비(2000년 58백만원, 2001년 282백만원, 2002년 266백만원)를 차감하지 않고 계산한 것은 잘못된 것 이므로, 이를 각각 차감한 연구및인력개발 비 2000년 496백만원, 2001년 878백만원, 2002년 632백만원과 처분청이 인정 한 2003년 728백만원을 합산하여 4로 나눈 금액인 683백만원을 “직전 4년간 연평균발생액 ” 으로 보아야 하고, 이 금액과 2004년 연구및인력개발비 1,285백만원과의 차액의 50%인 301백만원을 세액 공제액으로 계산하여야 한다. ※ 2004년 연구및인력개발비에 대한 재계산내역 비교 (단위: 백만원) 구 분 직전 4년간 발생액 구분 4년간 발생액 재산정 Ⓐ 연평균발생액 Ⓑ=Ⓐ/4 2004년 발생액 Ⓒ 공제세액 (Ⓒ-Ⓑ)×50% 2000 2001 2002 2003 계 신고서상총발생액

① 554 1,160 898 1,026 3,638 처분내용

③ 3,340 * 835 1,285 225 쟁점직원 인건비② 58 282 266 298 904 청구주장

④ 2,734 683 1,285 301 차감

① -② 496 878 632 728 2,734 차 이

③ -④ 606 152

• △76 * 3,340 = (554 + 1,160 + 898 + 728) / 4

• 가. 청구법인의 2004년 사업연도 쟁점공제액을 재계산하면서 “직전 4년간 연평균발생액”을 산정함에 있어 조사대상 사업연도인 2003년 발생액은 당초 법인이 신고한 금액에서 조사․확인된 쟁점직원의 인건비를 차감하여 산정하였으나 부과제척기간이 경과한 2000년～2002년 발생액은 쟁점직원들의 인건비 등을 조사할 수가 없어 청구법인이 당초 계상한 금액을 그대로 인정하여 연평균 발생액을 계산한 것이다.
• 나. 청구법인이 주장하는 쟁점직원들의 2000년～2002년 인건비는 청구법인이 자의적으로 산출한 금액으로 당해 금액이 실제 인건비로 계상되었는지, 실제 지출한 비용인지 또는 쟁점 인건비와 관련된 직원이 당해 사업연도에도 겸직 직원으로 근무했는지 여부가 확인되지 아니하므로 쟁점직원들의 인건비를 차감 하지 아니하고 “직전 4년간의 연평균발생액”을 산정하여 쟁점공제액을 계산한 것은 정당한 것이다.

• 가. 쟁점 조세특례제한법 제10조 에서 규정한 연구 및 인력개발비세액공제액 산정 시 “직전4년간” 중 부과제척기간이 경과한 사업연도가 있을 경우 “연평균발생액” 계산의 적정 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제10조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인(제136조제1항의 규정에 의한 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용중 대통령령이 정하는 비용(이하 "연구 및 인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다.

1. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

2. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

② 제1항 제1호의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산에 관하여는 대통령령으로 정한다. 2) 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

③ 법 제10조제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해 내국인의 최초 과세연도개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다. ｛(당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액/4)×(당해 과세연도의 월수/12)｝ 3) 국세기본법 제26조 의 2 【국세부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

• 다. 사실관계 1) 청구법인이 2000년～2007년 사업연도 법인세 신고시 조세특례제한법 제10조에 의한 쟁점공제액을 신청하였고, 연구및인력개발비 에 쟁점직원들의 인건비를 포함하여 신고한 사실, 조사관서의 청구법인에 대한 법인세 통합 조사 결과 통보에 따라 처분청이 영업부서와 겸직하고 있던 쟁점직원들의 인건비 가 연구및인력개발비에 해당하지 않는다고 판단하여 2004년도 쟁점공제액을 재산정하면서 “직전 4년간 연평균발생액 ”을 계산할 때 2000년～2002년에 발생한 연구및인력개발비는 당초 법인이 신고한 금액에 쟁점직원의 인건비를 차감하지 않고 그대로 사용하고, 2003년에 발생한 연구 및인력개발비는 당초 신고한 금액에 쟁점직원들의 인건비를 차감하여 계산하여 2009.05.12. 청구법인에게 2004년 사업연도 법인세 82,069천원을 경정․고지한 사실에는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다. 2) 청구법인에 대한 조사시 조사공무원이 청구법인의 총무팀 차장 김○○ 에게 받은 문답서의 주요내용은 다음과 같다.
• 문) 연구소 소속이 아닌 쟁점직원 15명이 연구및인력개발비에 대한 세액공제대상자로 포함시킨 이유는?
• 답) 쟁점직원 15명은 2000.10.01. 형식상 청구법인 부설 연구소 소속으로 전보 발령하였지만 원소속에서 고유업무를 수행하다가 필요에 의하여 연구소의 개발업무를 진행하였기에 세액공제대상으로 포함시켰다. 3) 청구법인이 법인세 신고시 제출한 연구및인력개발비세액공제명세서상 쟁점직원들의 인건비는 2000년 58백만원, 2001년 282백만원, 2002년 266백만원, 2003년 298백만원, 2004년 331백만원, 2005년 347백만원, 2006년 314백만원, 2007년 257백만원으로 각각 기재되었다.
• 라. 판단 1) 처분청은 2000년～2002년에 쟁점직원들이 실제 겸직하였는지 여부와 실제 지급된 인건비 등이 확인되지 아니하였다고 주장하고 있으나, 조사관서의 공무원이 작성한 문답서에 의하여 청구법인이 쟁점직원들을 2000.10.01. 형식상 연구소 소속으로 전보 발령한 사실이 확인되며, 처분청이 이에 근거하여 쟁점직원들의 인건비가 조세특례제한법 제10조 에서 규정한 연구및인력개발비에 해당하지 않는다고 판단하였음이 인정되고, 처분청이 2003년～2007년의 쟁점직원들의 인건비는 법인세 신고 시 제출한 연구및인력개발비세액공제명세서상의 금액을 그대로 인정하여 계산하였음에도 구체적인 근거나 반증없이 연구및인력개발비세액공제명세서상의 2000년～2002년 쟁점직원들의 인건비를 부인하는 것은 설득력이 없다 할 것이다. 2) 청구법인의 2000년～2002년 사업연도는 비록 부과제척기간이 경과하였 으나 부과제척기간이란 과세권 행사의 존속기간을 말하는 것으로 이 건과 같이 차후 사업연도의 세액공제액을 계산 함에 있어서 영향을 미치지는 않는다고 할 것이고, 또한 부과제척기간이 경과한 사업연도의 결손금도 공제 가능한 이월 결손금에 해당하는 것(대법 2003두4522, 2004.06.11. 같은 뜻임)이라는 사실 등을 종합하여 볼 때 2004년 쟁점 공제액을 산정함에 있어 “직전 4년간 연평균 발생액”은 2000년～2002년의 쟁점 직원들의 인건비를 차감하여 계산하여야 한다고 판단된다. 3) 따라서, 2004년 사업연도의 연구및인력개발비세액공제액은 청구법인이 신고한 쟁점직원들의 2000년～2002년 인건비를 각각 차감하여 계산한 연구및인력개발비 2000년 496백만원, 2001년 878백만원, 2002년 632백만원과 처분청이 인정한 2003년 728백만원을 합산하여 4로 나눈 금액인 683백만원을 “직전 4년간 연평균발생액”으로 보아야 하고 이 금액과 2004년 연구및인력개발비 1,285백만원과의 차액의 50%인 301백만원으로 계산하여야 한다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.