가공세금계산서 수취금액이 법인세 결산서상 비용으로 계상되지 않았는지 여부

○○세무서장이 2009.2.10. 청구법인에게 1998년 사업연도 법인세 21,008,451원의 부과처분은 이를 취소합니다.

청구법인은 구조물보수보강을 주업으로 하는 건설업 법인으로 1998년 경기도 ○○시 용○동에 소재하는 용○1차 아파트 지하주차장 보강공사를 발주처인 청구외 (주)××개발과 도급공사계약을 체결하여 공사 중 청구외법인 (주)☆☆산업개발(이하 “청구외법인”이라 한다)이 발행한 1998년 제1기분 4매 33,508천원(공급가액, 품목 H-BRAM, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)의 세금계산서를 수취하고 관련매입세액을 매출세액에서 차감하여 부가가치세 신고를 하였다. ★★세무서장은 청구외법인에 대하여 1998.10.19.～1999.3.31.까지 부가가치세 경정조사를 실시하여 청구외법인이 청구법인에게 발행한 쟁점세금계산서가 실물거래 없이 발행한 가공세금계산서임을 확인하고 과세자료로 처분청에 통보하였다. 처분청은 2009.2.10. 수보한 쟁점세금계산서 공급가액을 손금불산입하고, 청구법인의 1998년 사업연도의 법인세 21,008,451원을 고지 결정하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.5.8. 이 건 심사청구를 제기하였다.

쟁점세금계산서 금액을 법인세 결산 시 비용으로 처리하지 않았다.

• 가. 청구법인은 1998.1.1.～12.31. 사업연도 법인세 신고전인 1999.2.11. 쟁점세금계산서에 대하여 매입세액을 불공제하는 것으로 처분청에 부가가치세 수정신고․납부를 하였고, 더욱이 이 수정신고는 청구외법인에 대한 조사종결 이전 및 청구법인의 결산이전이고, 차후 법인세 등 추가세금에 대한 불이익을 당하지 않게 하기 위한 것으로 한 달 뒤인 법인세 결산 시 동 금액을 비용으로 처리하지 않았다.
• 나. 오랜 시간의 경과로 청구법인이 당시 원시장부를 보관하고 있지 않아 충분히 소명되지는 않지만, 청구법인이 처분청에 1998.1.1.～12.31. 사업연도 법인세 신고시 제출한 요약공사원가명세와 요약손익계산서상 계정과목이 한정되어 있어 기타계정과목에 실질적인 여러 계정과목을 합계하여 제출하였으나 이를 청구법인이 보관하고 있는 실질적인 계정과목과 비교하더라도 쟁점세금계산서 금액을 비용으로 계상하였다고 볼 수 없다. * 청구법인은 당초 쟁점 세금계산서 거래가 실지거래로 법인세 손금이며, 법인세 부과제척기간이 경과한 부당한 처분이라고 주장하였으나, 2009.8.14. 제출한 불복청구 취지변경에서 1998년 사업연도 법인세 결산 시 비용에서 제외하였다고 주장함.

비록 쟁점세금계산서의 발행시기가 거래당시로부터 오랜 시간이 경과하였다고 하나 법인세 결산 전에 쟁점매입세액을 불공제하는 부가가치세 수정신고․납부한 사실만으로는 청구법인의 법인세 결산 시 손금에서 제외하였다는 객관적이고 구체적인 증빙이 없으므로 처분청의 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 비청구법인이 수취한 쟁점세금계산서 수취금액이 법인세 결산서상 비용으로 계상되지 않았는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 1) 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다 2) 법인세법 제14조 【각 사업연도의 소득】

① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다. 3) 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 4) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다. 1.신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 2.제120조의 규정에 의한 지급조서, 제121조의 규정에 의한 매출·매입처별계산서합계표 또는 매출·매입처별세금계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때 3.제117조 및 부가가치세법 제32조의2 의 규정에 의하여 신용카드 가맹점 가입대상자로 지정된 법인이 정당한 사유없이 신용카드가맹점으로 가입하지 아니한 경우로서 시설규모나 업황을 감안하여 신고내용이 불성실하다고 판단되는 때

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

• 다. 사실관계 1) 청구법인이 청구외법인에게서 1998년 제1기 과세기간 중 공급가액 33,508천원의 세금계산서 4매를 수취한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다. 2) 조사청의 세무조사 파생자료 공문에 의하면, 청구외법인의 1997년 제2기～1998년 제1기 과세기간에 대한 부가가치세 경정조사를 1998.10.19.～1999.3.31.까지 실시하였고, 청구외법인이 1998년 제1기 과세기간 중 청구법인외 3개 거래처에 실물거래 없이 공급가액 417,163천원의 가공매출세금계산서를 발행한 사실을 확인하고, 청구법인에 발행한 1998년 제1기분 4매 33,508천원(공급가액)의 쟁점세금계산서를 세무조사 파생자료로 처분청에 통보하였음이 확인된다. 3) 국세통합시스템에 의하면, 청구외법인은 이후에도 1998년 제2기 과세기간에 대하여 2001.2.2.～2001.8.30.까지 부가가치세 경정조사를 받았고, 조사결과 세금계산서 교부위반혐의로 조세범처벌법에 의하여 관할 경찰서에 고발되었음이 확인되며, 청구법인에게 1998년 제2기에도 3회에 걸쳐 75,879천원(공급가액)의 세금계산서를 발행한 사실이 있으나 이에 대하여는 아무런 과세자료가 발생하지 않았다. 4) 국세통합시스템에 의하면, 청구법인은 청구외법인에 대한 조사청의 조사종결 이전이고 1998년 사업연도의 법인세 결산전인 1999.2.11. 청구외법인 발행의쟁점세금계산서와 1998년 제2기 3매 75,879(공급가액)천원에 대하여 매입세액을 불공제하는 수정신고서를 제출하고, 해당세액을 납부하였음이 확인된다. <표1> 청구법인의 부가가치세 수정신고내역 (단위: 천원) 구 분 당초신고 수정신고 증 감 매 출 매 입 매 출 매 입 매 출 매 입 합 계 1,887,827 715,918 1,887,827 606,531 0 △109,387 1기분 소 계 654,714 281,187 654,714 247,679 0 △33,508 1998년 제1기 예정 291,963 119,453 291,963 102,915 0 △16,538 1998년 제1기 확정 361,751 161,734 361,751 144,764 0 △16,970 2기분 소 계 1,233,113 434,731 1,233,113 358,852 0 △75,879 1998년 제2기 예정 1,112,400 405,905 1,112,400 330,026 0 △75,879 1998년 제2기 확정 120,713 28,826 120,713 28,826 0 0 5) 조사청이 1999.5.10. 쟁점세금계산서와 관련하여 파생한 자료에는 청구외법인의 확인서 및 가공 매출세금계산서 발행명세서가 첨부되었는바,
• 가) 확인서의 확인내용에는 “중고품철강재를 무자료로 매입하여 중고품철강재를 납품하면서 매출세금계산서를 발행하였으나”, (중간생략) “실물거래 없이 매출세금계산서만 발행하여 상대방으로 하여금 부당하게 매입세액공제를 받도록한 사실이 있음을 확인합니다.”라고 기재되어 있고, 확인자는 청구외법인 대표 ◇◇◇ 자필서명 및 인감날인되어 있음이 확인된다.
• 나) 청구외법인이 청구법인에게 발행한 매출세금계산서를 조사청이 가공매출세금계산서로 확정한 내역은 다음과 같다. <표3> 가공 매출세금계산서 발행 확정내역 (단위: 원) 공급받은자 거래일자 공급가액 세 액 비 고 소재지 사업자번호 상 호

○○구 ○○14-11 ×××-××-××××× (주)×× 건설 98.01.31 4,500,000 450,000 98.03.09 12,038,040 1,203,804 98.04.16 4,015,800 401,580 98.06.16 12,954,200 1,295,420 합 계 33,508,040 3,350,804 6) 쟁점세금계산서의 법인세 손금산입 여부를 확인하기 위하여 당심이 청구법인에게 1998년 사업연도 법인세 신고시 제출된 요약손익계산서와 요약원가명세서상의 기타계정과목의 구체적인 내용을 조회한 결과 청구법인은 당시의 실질적인 결산서라며 제출한 손익계산서와 공사원가명세서를 제출하였고, 이를 정리한 내역은 아래와 같다. <표 1> 법인제출 손익계산서와 요약손익계산서 비교 (단위: 천원) 청구법인이 제출한 손익계산서 법인세신고시 제출된 요약손익계산서 계정과목 금 액 계정과목 금 액 합 계 26,123 합 계 26,123 통신비 7,889 기 타 26,123 수도광열비 404 보험료 1,753 교육훈련비 390 도서인쇄비 5,976 사무용품비 1,386 소모품비 3,918 지급수수료 4,407 <표 2> 법인제출 원가명세서와 요약원가명세서 비교 청구법인이 제출한 원가명세서 법인세 신고시 제출된 요약원가명세서 계정과목 금 액 계정과목 금 액 합 계 73,615 합 계 73,615 통신비 91 기 타 73,615 도서인쇄비 5,633 소모품비 34,136 지급수수료 24,220 장비사용료 9,535 (단위: 천원) 7) 국세통합시스템의 청구법인 요약결산서 계정과목과 수취한 매입세금계산서를 분석한 내용은 다음과 같다. <표4> 청구법인의 요약 결산서 계정과목과 매입세금계산서 수취 비교 (단위: 천원) 구 분 계정과목 합 계 손익계산서 공사원가 국세통합시스템의 요약 손익, 공사원가상 세금계산서 수취추정 계정과목 ⓛ 합 계 691,705 52,355 639,350 재 료 비 510,104 510,104 운 임 6,942 6,942 수 선 비 1,022 185 837 지급임차료 24,207 22,417 1,790 외주가공비 46,061 46,061 광고선전비 918 918 운 반 비 2,712 2,712 기 타 99,739 26,123 73,616 요약결산서의 기타과목 중 세금계산서와 관련없는 계정과목

② 합 계 22,045 16,412 5,633 도서인쇄비 11,609 5,976 5,633 통 신 비 7,889 7,889 수도광열비 404 404 보 험 료 1,753 1,753 교육훈련비 390 390 차 액 (ⓛ-②) 669,660 35,943 633,717 요약결산서의 기타과목 중 세금계산서 수수여부 불분명한 계정과목

③ 합 계 68,067 9,711 58,356 사무용품비 1,386 1,386 소 모 품 비 38,054 3,918 34,136 지급수수료 28,627 4,407 24,220 차 액 (ⓛ-②-③) 601,593 26,232 575,361 수정후 매입세금계산서 공급가액 606,531 ※ 요약손익, 공사원가의 기타과목은 청구법인이 제출한 결산서를 근거로 분석하였음

• 다. 판단

1. 청구법인은 청구외법인이 1998년 제1기 쟁점세금계산서와 함께 1998년 제2기에 발행한 세금계산서 총7매 109,387천원에 대하여 1998년 사업연도 법인세 신고전인 1999.2.11.자 청구법인 스스로 가공매입임을 인정하고 부가가치세를 수정신고하고․납부한 사실이 확인된다.

2. 청구법인의 1998년 부가가치세 당초 매입세금계산서 공급가액은 715,918천원이고, 부가가치세 수정신고 후 총매입가액은 606,531천원으로 확인된다.

3. 따라서 위의 사실을 종합하면 청구법인이 1998년 제1기 쟁점세금계산서 뿐만 아니라 1998년 제2기에 청구외법인으로부터 수수한 세금계산서에 대하여도 매입세액을 불공제하는 수정신고를 하였고, 수정신고 시기도 1998년 사업연도 법인세 결산전인 1999.2.11.이라는 사실과 수정 후 부가가치세 총매입가액 606,531천원을 결산시 반영하였을 것으로 보이는 계정과목의 합계액이 601,593천원으로 분석되므로 청구법인이 1998년 법인세 결산 시 청구외법인이 발행한 쟁점세금계산서 거래금액은 청구법인 스스로 공사원가나 손익에서 제외하였다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 에 의거 주문과 같이 결정한다.