대두를 공급하는 연합회가 그 구입 용역의 제공대가를 협회 운영비 명목으로 받는 경우에는 부가가치세가 과세되는 것임.

청구법인은 2001.2.28. 중소기업협동조합법 제32조 에 의거 설립된 두채(콩나물) 협동조합법인으로 일반무역업자 및 정부유통공사로부터 조합원들이 필요로 하는 콩을 공동구매하여 조합원들에게 공급하고, 이에 대한 수수료를 수령하는 당기순이익과세법인이다. 처분청은 2008.12.1.～2008.12.12.까지 청구법인에 대한 법인세 조사 결과, 청구 법인이 2003년～2007년까지 일반무역업자로부터의 공동구매와 관련한 수수료 수입에 대하여는 청구법인의 수익으로 인식하여 해당 사업연도의 부가가치세 및 법인세를 신고․납부하였으나, 정부유통공사로부터의 공동구매와 관련하여 회원들로부터 수령한 수수료 수입 328,790,209원(2003년 27,600,148원, 2004년 55,251,172원, 2005년 70,968,640원, 2006년 83,815,590원, 2007년 91,154,659원, 이하 “쟁점수수료”라 한다)에 대해서는 부가가치세 및 법인세를 신고누락한 것으로 보아 2009.1.29. 청구법인에게 2003년 제1기～2007년 제2기 부가가치세 및 2003년 사업연도～2007년 사업연도 법인세를 경정․고지하는 한편, 청구법인이 2006.12.31.까지 공동구매사업을 통하여 적립한 이익잉여금 1,204,956,940원 중 789,100,000원(이하 “쟁점기금”이라 한다)을 2007.3.8. 제7차 정기총회에서 승인하여 조합원에게 배당하여 회전출자하고 증자등기를 완료하였으나 이에 대한 원천징수를 이행 하지 않은 것으로 보아 2009.1.29. 청구법인에게 배당소득에 대한 원천징수세액 119,289,820원을 결정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.5.1. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 쟁점수수료는 조합원 개개인의 단순한 저축이므로 청구법인의 수수료 수익으로 보는 것은 부당하다.

1. 청구법인은 153명의 조합원으로 구성된 두채협동조합법인으로서 조합원이 필요로 하는 콩을 일반무역업자와 정부유통공사로부터 공동으로 구매하여 조합원에게 분배하여 주는 것을 주업으로 하고 있으며, 이러한 구매대행에서 발생한 수수료 수익으로 조합의 각종 경비를 충당하고 있으며, 잔여 수수료 수익은 이익잉여금으로 적립하여 두고 있다.

2. 청구법인은 조합원들이 필요로 하는 콩을 구매해 주면서 일반무역업자로부터 공동구매한 콩에 대해서는 구매원가에 일정금액의 이익을 더하여 조합원에게 분배하여 주는 것에 반해 정부유통공사로부터 공동구매한 콩에 대해서는 실비변상(운반비 등) 정도의 금액만을 수령하고 있으며, 대신 정부유통공사로부터 구매한 콩을 조합원이 구매할 경우에는 ㎏당 50원씩을 조합원이 자발적으로 적립하여 청구법인의 통장이 아닌 이○○ 이사장(이하 “이사장”이라 한다)의 별도계좌에 적립하여 둔 것으로서 청구법인은 조합원 개개인이 적립하여야 할 것을 단지 대행해 주었을 뿐이다.

3. 이처럼 별도 계좌를 통하여 ㎏당 50원씩 적립한 이유는 추후 ○○○에 콩 도매업소 및 자동생산공장을 설립하여 친환경 공동브랜드 사업을 추진하기로 2004년 5월에 조합의 이사들이 동의하였기 때문으로 이사장의 계좌에 별도로 적립하여 둔 쟁점수수료는 조합의 이익잉여금 처분을 통하여 적립한 사업확장적립금의 성격이 아니라 단지 추후 친환경 공동브랜드 사업 추진시에 조합원들이 부담해야 될 것으로 예상되는 출자금액을 매년 조금씩 미리 적립하여 둔 별도의 저축이라 하겠다.

4. 청구법인은 조합원들과의 거래를 통하여 영리를 추구하고자 하는 영리목적의 법인이 아니라 조합원이 필요로 하는 콩을 청구법인이 대신하여 공동으로 구매하는 주는 법인에 불과한 것으로서, 일반무역업자 콩의 구매대행 수수료 수익만으로도 청구법인의 운영에 소요되는 제반 경비를 충분히 충당하고도 남음이 있었고 이러한 이유로 유통공사 콩의 구매대행 시에는 추가적인 수수료 수익을 추구할 이유가 없었다.

5. 위와 같이 쟁점수수료는 그 형식에 있어서는 일반무역업자의 콩의 구매 대행시 발생하는 수수료 수익과 동일한 형식을 취하고 있으나, 실질은 수수료 수익이 아닌 추후에 추진하고자 하는 사업에 대한 출자금을 조합원 개개인이 미리 조금씩 적립하여 둔 것에 불과하다는 것을 알 수 있다. 따라서 쟁점수수료를 청구법인의 수수료 수익으로 보아 부가가치세 및 법인세를 부과한 이 건 처분은 부당하다.

• 나. 쟁점기금은 청구법인의 이익잉여금이 아니라 조합원들이 스스로 적립하여 둔 개인의 금융자산으로서, 조합원들이 현금으로 돌려받든지 청구법인에 출자를 하든지 배당소득과는 전혀 무관한 것이다.

1. 2006년 결산을 위한 제7차 정기총회 보고서를 보면 배당가능 이익금액이 B/S상 이익잉여금과 일반회계 이익잉여금의 합계액인 796,425,628원으로 기재되어 있음을 볼 수 있다. 이는 청구법인이 기업회계기준을 정확하게 이해하지 못한 것에서 비롯된 잘못된 용어의 선택에 불과하다. 기업회계기준에 의하면 쟁점기금은 기본적으로 이익잉여금이라고 할 수 없으며, 이익잉여금이 아니기에 배당가능이익잉여금이 아니라 청구법인과는 무관하게 적립되어 있는 조합원 개개인의 저축금액이라 할 수 있다.

2. 쟁점기금의 성격이 조합원 개개인의 저축임에도 총회보고서에 배당가능 이익금액으로 산입한 이유는 조합원들이 자신이 현재까지 적립하여 둔 금액에 대하여 의문을 표시하였고, 청구법인은 이러한 조합원들의 이해를 돕기 위해 청구법인이 임의로 배당가능 이익금액으로 산입하였던 것이다. 또한 쟁점기금을 출자금으로 전환 할 때에는 조합원들이 보유하고 있는 기존의 출자금 외에 추가적인 출자의 성격이기에 이익잉여금의 출자금 전입으로 인한 의제배당으로 볼 것이 아니라 출자금의 증자로 회계처리를 하였어야 하는 것이다. 이러한 원칙을 무시하고 임의로 회계처리를 한 것은 청구법인이 회계기준에 대하여 무지하여 이익잉여금과 배당에 대한 정확한 의미를 알지 못하였고, 그 실질이 청구법인의 이익잉여금과는 무관하기에 아무런 문제가 없을 것이라 생각하였다.

3. 2007.3.8. 개최된 제7차 정기총회 보고시에는 청구법인이 조합원들을 대신하여 이사장의 개인계좌에 적립하여 두었던 쟁점기금을 청구법인에 추가 출자하는 것으로 참석조합원 전원이 찬성하였고, 2007.4.11. 이사회결의에서 총 출자금 1,214,200,000원 중 30%를 조합원들에게 현금지급 하는 결의가 있어 261,900,000원을 현금지급 하였던 것이다. 따라서 쟁점기금은 청구법인의 이익잉여금이 아니라 조합원들 개인의 금융자산이므로 처분청이 배당소득으로 보아 부과한 이 건 처분은 부당한 것이다.

• 가. 청구법인은 일반무역업자로부터의 공동구매 수수료는 수익으로 인식하여 해당 과세연도의 법인세 및 부가가치세를 신고 납부한 반면, 농산물유통공사로부터의 공동구매와 관련하여 회원들로부터 받은 수수료수익에 대해서는 추후 ○○○에 콩나물 도매업과 최신형 자동생산 공장을 창업하기 위한 친환경 공동브랜드 사업기금이며, 정부유통공사 수입 콩 구매시 실비변상(운반비 등)정도의 금액과 ㎏당 50원씩 조합 공동사업 기금 모금으로 적립하였으므로 조합원의 저축이라고 주장하고 있으나,

1. 청구법인의 2006년 내부보고서의 손익계산서상 공동구매 수수료가 ㎏당 62원(1,307,205㎏에 대해 82,012,533원)이고, 유통공사 수수료가 ㎏당 60원 (1,531,500㎏에 대해 92,197,150원)으로 확인되므로, 이는 조합원 개개인으로부터 구매대행 량(㎏)에 따라 금전을 법인이 일괄 징수한 동일한 행위 사실로 청구법인이 수익으로 인정한 일반무역업자로부터의 일반 공동구매와 농산물유통공사로부터의 구매 수수료의 성격을 청구법인의 임의 판단에 따라 달리 볼 이유가 없으며,

2. 쟁점수수료가 조합원 개인의 저축성 기금이라면 정기총회를 통해 의결해야 마땅함에도 조합원 150여명 중 단 몇 명의 이사 결의만으로 추진했다는 것은 조합원 개개인의 합의된 저축으로 보기 어렵고,

3. 청구법인이 적립대행으로 주장하는 쟁점수수료를 정기총회 결의 등 조합원 전원합의 절차를 거치지 않고 개인통장에 입금한 사실, 특히 개인이 마음대로 출금하여 사용할 수 있는 한 사람(이○○ 이사장)의 개인계좌에 최소한의 안전장치 없이 입금한 사실 및 행위는 법인의 수수료 수익을 누락하기 위한 수단에 불과하다 할 것이다.

4. 또한, 이러한 적립행위는 청구법인의 임의적립금으로 조합원 개개인이 사용이 제한되어 있으며, 이러한 쟁점수수료를 이익잉여금에 포함하여 2006.12.26. 출자(증자)등기 하였으므로 쟁점수수료는 ‘대두를 공급하는 연합회가 자기 조합원을 위하여 대두를 구입하면서 그 구입 용역의 제공대가를 협회 운영비 명목으로 받는 경우에 해당하는 것으로서 부가가치세가 과세(서면3팀-1123)’되는 것이므로 처분청의 이 건 처분은 정당한 것이다.

• 나. 청구법인은 쟁점기금이 배당가능 이익금액이 아니라고 주장하고 있으나,

1. 2007.3.8. 제7차 정기총회에서 쟁점기금과 이익잉여금을 포함하여 출자금 적수 90%와 사용실적 10%를 기준으로 회전출자 한 금액 789,100,100원 중 261,900,000원을 현금배당 하였으므로 청구법인 스스로 배당가능 이익금액으로 인식하였으며, 쟁점수수료가 대두 구입용역의 제공대가로 수수한 경우에 해당하는 것이므로 원천적으로 배당가능 이익금액에 해당되며,

2. 쟁점기금은 조합원의 저축성 성격으로 배당이 아니라고 주장하나, 쟁점기금은 수수료 수익으로 적립한 이익잉여금으로 출자금과 사용실적이용에 따라 배당하였으므로 배당으로 본 당초 처분은 정당한 것이다.

• 가. 쟁점 청구법인이 정부유통공사로부터 콩을 공동구매하여 조합원들에게 공급하고 수령한 쟁점수수료를 청구법인의 수익으로 보아야 하는지 여부와 쟁점기금을 배당가능한 이익잉여금으로 볼 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제1조 【과세대상】

① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

② 제1항에서 재화라 함은 재산적 가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 말한다.

③ 제1항에서 용역이라 함은 재화 이외의 재산적 가치가 있는 모든 역무 및 기타 행위를 말한다. (이하 생략) 2) 부가가치세법 제2조 【납세의무자】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

1. 영리목적의 유무에 관계없이 사업상 독립적으로 재화(제1조에 따른 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 따른 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 "사업자"라 한다)

② 제1항의 규정에 의한 납세의무자에는 개인ㆍ법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다)과 법인격없는 사단ㆍ재단 기타 단체를 포함한다. 3) 부가가치세법 제7조 【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다. (이하 생략) 4) 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 (이하 생략) 5) 법인세법 시행령 제11조 【수익의 범위】 법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 한국표준산업분류에 의한 각 사업에서 생기는 수입금액 (이하 생략) 6) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

2. 제120조 또는 제120조의2에 따른 지급명세서, 제121조의 규정에 의한 매출ㆍ매입처별계산서합계표 또는 매출ㆍ매입처별세금계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때 (이하 생략) 7) 소득세법 제17조 【배당소득】

① 배당소득은 당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 내국법인으로부터 받는 이익이나 잉여금의 배당 또는 분배금과 상법 제463조 의 규정에 의한 건설이자의 배당

2. 법인으로 보는 단체로부터 받는 배당 또는 분배금

4～7. (중 략)

② 제1항 제3호의 규정에 따른 의제배당이라 함은 다음 각 호의 금액을 말하며 이를 당해 주주ㆍ사원 기타 출자자에게 배당한 것으로 본다.

1. (중 략)

2. 법인의 잉여금의 전부 또는 일부를 자본 또는 출자의 금액에 전입함으로써 취득하는 주식 또는 출자의 가액. (이하 생략)

• 다. 사실관계

1. 청구법인은 일반무역업자로부터의 공동구매와 관련한 수수료 수입에 대 하여는 청구법인의 수익으로 보아 부가가치세 및 법인세를 신고한 반면, 정부유통공사로부터의 공동구매와 관련한 쟁점수수료에 대하여는 청구법인의 수익으로 보지 아니하고 부가가치세 및 법인세를 신고하지 아니한 사실에 대하여, 처분청은 쟁점수수료에 대하여도 청구법인의 수수료 수익으로 보아 이 건 부가가치세 및 법인세를 경정․고지하고, 청구법인이 2006년 결산정기총회에서 청구법인의 이익잉여금과 합산하여 출자금으로 전환한 쟁점기금을 처분청은 출자금 전환으로 인한 배당으로 보아 배당소득에 대한 원천징수세액을 결정 ․고지하였음이 심리자료 등에 의하여 확인된다.

2. 처분청이 신고누락 한 것으로 본 쟁점수수료 금액 및 배당으로 본 쟁점기금 금액의 산출내역 등에 대하여는 처분청과 청구법인 간에 다툼이 없다.

3. 처분청의 청구법인에 대한 세무조사시 청구법인의 이사장 이○○이 작성하여 제출한 확인서를 보면 다음과 같이 기재되어 있는 것으로 확인된다.

• 가) 우리조합은 2003년부터 농수산물유통공사가 출하하는 물가조절용 콩을 조합원에 배정하면서 공동사업기금 조성 목적으로 ㎏당 50원(수시변동)을 일괄징수하고 있습니다. 이전의 총회에서는 법인외의 수익으로 보아 총회결산서상 수익으로 보고하지 않았으나 2006년 우리조합의 감사지적에 따라 2006년부터 총회결산시 조합수익으로 계상하고 있습니다. 우리조합에 대한 법인세 조사대상기간 중 총회결산서에 보고하지 않은 농산물유통공사 배정분 공동사업기금(총액)은 2003년 30,361,163원, 2004년 60,776,290원, 2005년 78,065,505원입니다.
• 나) 우리조합은 두채 생산업의 건전한 발전과 조합원 상호간의 복리증진을 도모하기 위하여 2001.2.28. 출자금 2,250좌 225,000,000원으로 설립된 비영리법인으로 2006.12.31. 그 동안 공동구매사업 등을 통하여 적립된 이익잉여금 1,204,956,940원 중 준비금 등을 제외한 잉여배당가능금액 중 789,100,000원을 조합원에게 배당하여 회전출자하고 증자 등기를 완료하였으며 2007.3.8. 제7차 정기총회에 안건으로 상정하여 승인을 받았으나 2007년 위 배당금액 789,100,000원에 대한 원천징수의무를 이행하지 않았습니다.
• 다) 우리조합의 제4차(2003년)부터 제8차(2007년)까지 정기총회시 결산보고서상 법인세 차감 전 이익잉여금은 2003년 88,094,244원(농산물유통공사 수익 일부포함), 2004년 51,755,781원(농산물유통공사 수익 제외), 2005년 20,849,238원(농산물유통공사 수익 제외) 2006년 115,894,777원(농산물유통공사 수익 포함), 2007년 210,828,836원(농산물유통공사 수익 포함)이며, 위 이익잉여금은 부외자산으로 관리하고 있는 운반비 수익을 제외한 것으로 우리조합의 감사보고서상 이상 없음으로 인정된 금액임을 확인합니다.

4. 청구법인은 쟁점수수료 및 쟁점기금은 조합원들이 추후 친환경 공동브랜드 사업 추진을 위하여 자발적으로 이사장 개인계좌에 적립한 조합원들의 금융자산이므로 청구법인의 수수료 수익으로 본 이 건 처분은 부당하다고 주장 하면서, 동의서 및 사실확인서를 제출하였는바, 그 내용을 보면 다음과 같다. 가) 청구법인은 2004년 5월 작성된 것으로 된 ‘동의서’ 사본을 제출하였는바, “두채산업 발전, 유통질서 확립을 위해 농․수산물 도매시장(○○시장)에 청구법인 도매업소 및 최신형 자동생산 공장을 창업하는데, 정부유통공사 수입콩 구매시 ㎏당 50원씩 조합 공동사업 기금 모금에 적극 동참 할 것을 동의합니다. 경비 50원 중 비용 공제 후 남은금액 포함. 4월 30일 현재 모금액 51,880,552원, 예산액 십억원 이상” 이라고 기재되어 있으며 ○○두채 허○○ 외 11명이 서명날인 한 것으로 되어 있다.

• 나) 청구법인은 2009.5.29. 작성된 것으로 된 ‘사실확인서’를 제출하였는바, “상기 조합원 일동은 조합에서 계획하고 있는 콩나물 도매업소 및 최신형 자동 생산 공장의 설립에 대비하여 2003년부터 정부유통공사에서 구매하여 본인들 에게 분배하고 있는 콩에 대하여 ㎏당 일정금액을 적립하기로 동의하였습니다. 이러한 적립금을 조합원들이 개별적으로 적립하는 번거로움을 덜고자 조합에서 일괄적으로 수령하여 이○○ 이사장의 개인통장으로 적립을 대행해 주고 있었습니다. 이후로 계속하여 공장설립 준비금을 적립하여 오던 중 공장설립 계획이 취소됨에 따라 지금껏 적립하여 두었던 금액을 반환받게 되었습니다. 그러므로 2007년 이사회결의에 따라 돌려받은 반환금은 조합의 배당과는 전혀 무관한 단순히 저희 조합원들의 설립기금에 불과한 것입니다” 라고 기재되어 있으며, △△두채 김○○ 외 70명이 서명 날인한 것으로 되어 있다.
• 라. 판 단 관련법령을 보면, 부가가치세법 제2조 제1항 에 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 제화 또는 용역을 공급하는 자는 부가가치세를 납부할 의무가 있고, 같은 법 제7조 제1항에 계약상 또는 법률상 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화·시설물 또는 권리를 사용하게 할 때에는 부가가치세를 과세한다라고 규정한 것은 같은 법 제12조에서 면세대상으로 열거하고 있는 재화 또는 용역 이외의 모든 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 과세한다는 취지인바, 이 건의 경우 청구법인은 일반무역업자나 농수산물유통공사에서 대두를 공동구매하고 각 조합원으로부터 구매대행 용량 단위(㎏)에 따라 수수료를 징수하면서 일반무역업자 관련 수수료는 수익으로 인식하여 해당 사업연도의 법인세 및 부가가치세를 신고 납부한 반면, 농산물유통공사 관련 수수료 수익에 대하여는 조합원 개인들의 저축이라고 주장하고 있으나, 일반무역업자나 농산물유통공사 구분 없이 구매대행 용량단위(㎏)에 따라 수수료를 법인이 일괄 징수하고 있는 것으로 확인되는 사실 등으로 보아 쟁점수수료의 성격을 청구법인의 임의 판단에 따라 달리 볼 이유가 없는 것으로서, 쟁점수수료는 ‘대두를 공급하는 연합회가 자기 조합원을 위하여 대두를 구입하면서 그 구입 용역의 제공대가를 협회 운영비 명목으로 받는 경우에 해당하는 것으로서 부가가치세가 과세(서면3팀-1123, 2007.4.13.)’되는 것으로 보아야 할 것이다. 또한, 청구법인은 쟁점기금이 배당가능 이익금액이 아니라고 주장하고 있으나, 청구법인의 정기총회에서 청구법인 스스로 배당가능 이익금액으로 인식하였으며, 쟁점수수료가 대두 구입용역의 제공대가로 수수한 청구법인의 수익에 해당하는 것이므로 청구주장 받아들일 수 없는 것으로 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점수수료를 청구법인의 수수료 수익으로 보아 부가가치세 및 법인세를 과세하고, 쟁점기금을 배당가능한 이익잉여금으로 보아 청구법인에게 배당소득에 대한 원천징수세액을 결정․고지한 이 건 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호에 의거 주문과 같이 결정한다.