겸업자의 경우 중소기업특별세액감면세액 계산 방법

• 가. 청구법인은 ○○○도 ○○군 ○○면 ○○리 99-1번지에 소재하면서 제조업 및 건설업과 도매업을 영위하는 법인으로 2007사업연도 법인세 신고시 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제7조에 의한 중소기업특별세액감면을 적용함에 있어 제조업에서 발생한 소득 1,285,654,280원과 도매업에서 발생한 소득금액 2,121,681원을 합한 금액에서 건설부문에서 발생한 결손금 1,227,620,192원을 공제 한 금액 60,155,769원에 영업외수익 125,600,594원을 더한 금액 185,756,363원을 법인세 과세표준으로 하고 동 금액 전부를 제조업소득으로 하여 제조업소득에 대한 감면 비율 30%를 산출세액 34,439,090원에 곱하여 제조업에 대한 중소기업특별세액 감면액을 10,331,727원으로, 도매업에서 발생한 소득에 대한 감면세액은 산출세액에 법인세 과세표준 185,756,363원에서 도매업 소득금액 2,121,681원이 차지하는 비율을 곱한 금액에 도매업 감면비율 10%를 곱하여 산출한 39,335원을 도매업에 대한 중소기업특별세액 감면액으로 하여 신고하였다.
• 나. 청구법인이 위와 같이 중소기업 특별세액감면을 적용한데 대하여 처분청은 감면대상에 포함되지 않는 영업외수익 125,600,594원을 감면대상소득에서 제외하여 감면세액을 재계산하여 2009.2.20. 청구법인에게 2007사업연도 법인세 7,716,210원을 결정․고지하였다.

• 가. 이 건 심사청구건과 관련하여 2003년 예규(서이46012-10133, 2003.1.21) 및 심사 결정사례(심사법인2003-73, 2003.7.7)에 의하면 감면세액을 계산함에 있어서 감면대상소득은 각사업연도 소득금액 범위 내의 각각의 감면대상 소득임을 명확히 하고 있다.
• 나. 국세기본법 제15조 신의․성실에 근거한 이론적 신의성실의 원칙에 의하면 ① 납세자가 신뢰의 대상이 되는 관세관청의 공적 견해 표시가 있으며, ② 납세자가 과세관청의 견해 표시를 신뢰하고, 그 신뢰에 납세자의 귀책사유가 없어야 하며, ③ 납세자가 관세관청의 견해 표시에 대한 신뢰를 기초로 하여 어떤 행위를 하고, ④ 과세관청의 당초의 견해 표시에 반하는 적법한 행정처분을 하여야 하고, ⑤ 과세관청의 그러한 배신적 처분으로 인하여 납세자가 불이익을 받을 경우에는 과세관청의 처분이 본래 적법한 것이라 할지라고 신의칙 위반으로 인해 취소될 수 있는 행정처분이 되는 것이다.
• 다. 이를 이 건 심사청구 건에 대입하여 보면

1. 기존의 예규(서이46012-10133, 2003.1.21) 및 심사청구(심사법인 2003-73, 2003.7.7)에 따르면 동 건과 동일한 상황에서 감면대상소득을 결손금을 공제하지 않은 금액으로 한다고 명확히 나타나 있다.

2. 상기의 예규 및 심사청구는 그 예가 명확하여 회사가 이를 받아들이는데 오해의 소지가 전혀 존재하지 않으며, 따라서 신뢰에 대한 회사의 귀책사유는 없는 것으로 보아야 할 것이다.

3. 청구법인은 위 예규 및 심사 결정례에 따라 중소기업에 대한 특별세액감면을 신청․적용하였다.

4. 그러나 처분청은 새로운 예규(법인세과-3759, 2008.12.2)에 따라 결손금을 공제한 금액으로 감면소득을 계산하는 것으로 결론짓고 이 건 법인세를 부과하 였다.

• 라. 국세기본법 제18조 의 제3항에 의하면 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니하는 것으로 규정하고 있다.
• 마. 기존 예규(서이46012-10133, 2003.1.21)와 새로운 예규(법인세과-3759, 2008.12.2) 를 비교․고찰하면, 그 해석이 정반대로 바뀐 것을 알 수 있다. 국세청 내부의 해석이 정반대로 바뀌었다 할지라도 이는 오로지 새로운 해석일 이후로만 적용가능한 것이지 그 전으로 소급적용이 가능한 것은 아니다.
• 바. 특히 감면소득을 계산함에 있어 결손금을 공제하여야 한다고 명확히 변경 된 예규는 2008.5.14.의 예규(서면 2팀-940)가 처음인 것으로 이는 2007년도 법인 세 신고기한이 지난 뒤에 생산된 것이다.
• 사. 한편 2008.5.14.의 예규가 인용하고 있는 예규(서일46011-10977, 2003.7.22)가 이미 국세청의 해석이 변경된 것이라면 불과 15일 만에 전혀 다른 해석의 변경이 이루어진 것으로 그럴 경우 그 의미를 명확히 하고 부칙 등을 통해 해석의 적용사례를 정확히 했어야 할 것이다. 더군다나, 7.22. 새로운 해석 적용에 대한 예규의 내용 자체가 모호할 뿐 아니라 새로운 해석에 대한 적용례도 없어 동 예규에도 불구하고 대부분의 납세자 및 세무대리인은 광범위하게 그 전 예규 및 심사청구건을 적용하는 것으로 판단한데에는 이 모두가 납세자 및 세무대리인의 책임이라고 하기는 어려울 것이다. 납세자 및 세무대리인의 법적 예측가능성 및 안전성을 위해서라도 국세청의 해석변경은 엄격히 이루어져야 하고 만약 변경이 이루어졌다면 새로운 해석의 의미 및 적용례를 더욱 명확히 하였어야 할 것이다. 이와 관련하여 이 건은 과거 정부출연금의 익금산입 시기에 대한 국세청의 해석 이 변경되었을 때 새로운 해석의 적용에 대한 적용례를 자세히 언급한 예규(서이 -1497, 2005.9.20)와는 너무나 비교가 되는 상황이다.
• 아. 위에서 살펴본 바와 같이 감면소득을 산정함에 있어 한 부문의 결손금을 다른 부문의 감면소득에서 공제하지 않는 것은 회사 및 세무대리인 간에 광범위하게 받아들여진 것으로 이를 일방적인 국세청의 예규 변경으로 납세자 및 세무대리인에게 모든 책임을 전가하는 것은 신의칙 및 소급과세 금지의 원칙에 위배되는 것이다. 위와 같은 사실을 종합하면 처분청이 청구법인에게 고지한 이 건 법인세는 위법 부당하므로 취소되어야 할 것이다.

청구법인은 중소기업특별세액 산출시 기존예규에 의하여 건설업에서 발생된 결손금액을 총 과세표준에서 결손금 발생 이전의 도․소매 및 제조업의 과세표준으로 안분 계산하여 감면신청 하였으나, 중소기업특별세액 감면세액 계산시 법인 세법 제59조 및 동법 시행령 제96조와 국세청 예규 (법인세과-3759, 2008.12.2)에 의거 당초 결정․고지한 이 건 법인세 부과는 적법하다.

• 가. 쟁 점 중소기업특별세액감면을 적용함에 있어 소득을 구분 계산하는 경우 다른 업종에서 발생한 결손금을 감면업종에서 발생한 소득에 차감하여 감면대상소득으로 하여야 하는지 여부
• 나. 관련 법령 등

1. 조특법 제7조【중소기업에 대한 특별세액감면】

① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2008년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권 안에 소재하는 경우에는 모든 사업장이 수도권 안에 소재하는 것으로 보아 제2호에서 규정하는 감면비율을 적용한다. (2005.12.31. 개정)

• 가. 제조업
• 나. 광 업
• 다. 건설업
• 라. 물류산업
• 마. 운수업 중 여객운송업
• 바. 어 업
• 사. 도매업
• 아. 소매업 이하 생략

2. 감면비율 (2004.12.31. 개정)

• 가. 대통령령이 정하는 소기업(이하 이 조에서 "소기업"이라 한다)이 도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업 및 관광산업(이하 이 조에서 "도매업 등"이라 한다)을 영위하는 사업장: 100분의 10
• 나. 소기업이 수도권 안에서 제1호의 규정에 의한 감면업종 중 도매업 등을 제외한 업종을 영위하는 사업장: 100분의 20
• 다. 소기업이 수도권 외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종 중 도매업 등을 제외한 업종을 영위하는 사업장: 100분의 30
• 라. 소기업을 제외한 중소기업(이하 이 조에서 "중기업"이라 한다)이 수도권 외의 지역에서 도매업 등을 영위하는 사업장: 100분의 5
• 마. 중기업의 사업장으로서 수도권 안에서 대통령령이 정하는 지식기반산업을 영위하는 사업장: 100분의 10
• 바. 중기업이 수도권 외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종 중 도매업 등을 제외한 업종을 영위하는 사업장: 100분의 15

② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면 신청을 하여야 한다. (98.12.28. 개정) 2) 법인세법 제59조 【감면 및 세액공제액의 계산】

① 이 법 및 다른 법률의 적용에 있어서 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각호에 의한다. 이 경우 제1호 및 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(토지등양도소득에 대한 법인세 및 가산세를 제외한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 본다. (2001.12.31. 개정)

1. 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면(면제를 포함한다)

2. 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제

3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 당해 사업연도중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.

4. 제58조의 3의 규정에 의한 세액공제. 이 경우 당해 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.(2003.12.30. 신설)

② 제1항 제1호의 규정에 의한 세액감면 또는 면제를 하는 경우 그 감면 또는 면제되는 세액은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 산출세액(토지등양도소득에 대한 법인세액을 제외한다)에 그 감면 또는 면제되는 소득이 제13조의 규정에 의한 과세표준에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100)을 곱하여 산출한 금액(감면의 경우에는 그 금액에 해당 감면율을 곱하여 산출한 금액)으로 한다.(2001.12.31. 개정) 3) 법인세법 시행령 제96조 【감면 및 세액공제액의 계산】

① 법 제59조 제2항의 규정에 의하여 감면 또는 면제세액을 계산함에 있어서 각 사업연도의 과세표준계산시 공제한 이월결손금ㆍ비과세소득 또는 소득공제액(이하 이 항에서 "공제액 등"이라 한다)이 있는 경우 감면 또는 면제되는 소득은 다음 각호의 금액을 공제한 금액으로 한다.(98.12.31. 개정)

1. 공제액 등이 감면사업 또는 면제사업에서 발생한 경우에는 공제액 전액

2. 공제액 등이 감면사업 또는 면제사업에서 발생한 것인지의 여부가 불분명한 경우에는 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액

4. 서일46011-10977, 2003.7.22. 법규과-1062, 2007.3.9, 법인세과-3759, 2008.12.02, 법인세과-3033, 2008.10.23. 수도권 외의 지역에서 제조업과 도매업을 겸영하는 중소기업이 조특법 제7조의 중소기업특별세액감면을 적용함에 있어서, 당해 법인의 각 사업연도 소득금액 중 도매업 부문은 결손이고 제조업소득과 기타과세소득이 있는 경우, 법인세법 제59조 의 규정에 따른 감면세액 계산시, 동 규정에 의한 감면소득은 제조업 소득금액에서 도매업에서 발생한 결손금을 공제한 금액으로 하는 것임

5. 부가46015-1855, 2000.7.29. 법인46012-1644 새로운 법령의 해석은 변경일 이후 최초로 신고 또는 결정하는 분부터 적용하는 것임

6. 법인46012-598, 1999.7.29. 재국조-298, 2004.5.20. 새로운 법령의 해석은 문서 시행일 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용하는 것임

• 다. 사실관계

1. 청구법인의 2007사업연도 법인세신고서상 소득구분계산 내역과 법 제7조의 중소기업특별세액감면세액계산 내역은 다음 <표 1>, <표 2>와 같다. <표 1> 법인세 신고서상 소득구분계산 (천원) 과 목 합 계 도 매 제 조 건 설 기 타 과세표준 185,756 2,122 1,285,654 △1,227,620 125,600 <표 2> 감면세액계산내역 (천원) 구 분 산출세액 계산 내역 감면세액 도매 34,439 2,122 10 34,439 × --------- × ----- 185,756 100 39 제조 185,756 30 34,439 × --------- × ----- 185,756 100 10,332 계 10,371

2. 처분청이 계산한 소득구분계산은 다음 <표 3>과 같다. <표 3> 처분청 소득구분계산 (천원) 과 목 합 계 도 매 제 조 건 설 기 타 비 고 각사업연도 소득 185,756 2,068 1,285,620 △1,227,532 125,600 이월결손금

• 1,971 1,225,561 △1,227,532 건설업결손금을 면제소득에 안분계산 과세표준 185,756 97 60,059 125,600

3. 처분청이 계산한 공제감면세액 계산내역은 다음 <표 4>와 같다. <표 4> 처분청 계산 공제감면세액 (천원) 구 분 계산내역 감면세액 도 매 신고 34,439천원×2,122천원÷185,756천원×10% 39 결정 34,439천원×97천원÷185,756천원×10% 2 제 조 신고 34,439천원×185,756천원÷185,756천원×30% 10,332 결정 34,439천원×60,059천원÷185,756천원×30% 3,340 계 신 고 10,371 결 정 3,342

• 라. 판 단

1. 청구법인이 2007사업연도 법인세과세표준 및 세액 신고 시 첨부한 소득구 분 계산내역을 보면 제조업 소득 1,285,654천원, 도매업 소득 2,122천원, 건설업 소득 △1,227,620천원, 기타 감면제외소득 125,600천원 합계 185,756천원을 각 사업연도 소 득 및 과세표준으로 신고하고, 조특법 제7조의 중소기업 특별세액감면 세액 계 산 시 제조업과 도매업을 특별세액 감면대상사업으로 보고, 각 사업연도 소득 185,756천원이 제조업 소득 1,285,654천원 이내의 금액이므로 각 사업연도 소득금액 185,756천원 전액에 대하여 제조업 감면율인 30%를 적용 한 10,332천원을 제조업 특별세액감면액으로, 도매업 소득 2,122천원에 대해서는 10%를 적용한 39천원을 도매업 특별세액감면으로 하여 합계 10,371천원 의 특별감면세액을 공제하였음이 동 법인세신고서에 의하여 확인된다.

2. 중소기업에 대한 특별세액감면을 규정하고 있는 조특법 제7조 제1항의 규정 에 의하면 중소기업 중 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 법에서 규정한 업종별 감면비율을 적용하여 산출한 세액상당액을 감면한다고 되어있고, 업종별 감면비율의 구체적인 적용 방법에 대하여 국세청장은 수도권 외의 지역 에서 제조업과 도매업을 겸영하는 중소기업이 조특 법 제7조의 중소기업특별세액 감면을 적용함에 있어서, 당해 법인의 각 사업연도 소득금액 중 도매업 부문은 결손이고 제조업소득과 기타 과세소득이 있는 경우, 법인세법 제59조 의 규정에 따른 감면세액 계산 시, 감면대상 소득 은 제조업 소득금액에서 도매업에서 발생한 결손금을 공제한 금액으로 하는 것(서일46011-10977, 2003.7.22, 법규과-1062, 2007.3.9, 법인세과-3759, 2008.12.2, 법인세과-3033, 2008.10.23)이라고 답변하고 있는바, 이를 청구법인의 경우에 적용해 보면 제조업 소득과 도매업 소득의 합계액은 1,287,776천원으로 여기에 건설업 소득 결손금 1,227,620천원을 공제한 60,156천원이 감면대상소득이 되는 것이므로 감면대상소득을 감면제외 소득 125,600천원이 포함된 제조업과 도매업 소득의 범위 내인 185,756천원으로 하여야 한다는 청구주장 은 이유가 없다 할 것이다.

3. 한편 청구인은 감면소득을 산정함에 있어 한 부문의 결손금을 다른 부문의 감면소득에서 공제하지 않는 것은 회사 및 세무대리인 간에 광범위하게 받아들여진 것으로 이를 일방적인 국세청의 예규 변경으로 납세자 및 세무대리인에게 모든 책임을 전가하는 것은 신의칙 및 소급과세 금지의 원칙에 위배되는 것이라고 주장하나, 위와 같은 사안에 대한 민원인의 질의에 대하여 2003.7.22. 국세청장은 감면 대상소득 은 제조업 소득금액에서 도매업에서 발생한 결손금을 공제한 금액으로 하여야 한다는 취지의 해석(서일46011-10977)을 하였고, 2007.3.9.에도 국세청장은 동일한 내용의 회신(법규과-1062)을 한 사실이 있는바, 일반적으로 새로운 예규의 적용 시기 는 예규 변경일 이후 최초로 신고하는 분 또는 최초로 납세의무 가 성립하는 분부터 적용하는 것임 을 감안하면, 2007사업연도에 적용되는 이 건 중소기업특별세액감면의 경우에 2003.7.22. 시행된 위 국세청 예규가 신의칙 및 소급 과세 금지의 원칙에 위배된다는 청구주장은 타당하지 않다 할 것이다 (부가46015-1855, 2000.7.29. 법인46012-1644, 법인46012-598, 1999.7.29. 재국조-298, 2004.5.20. 같은 뜻).

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1 항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정합니다.