사후 작성된 세금계산서를 수취하여 공제받지 못한 매입세액은 손금산입할 수 없음

청구법인은 ○○도 ○○시 ○○동 ***번지에서 고철 도매업을 주업으로 하는 법인으로 제조공장, 건설업체, 도․소매업체 등으로부터 고철 등을 매입 하여 납품하는 업체로서, ○○지방국세청장 (이하 “조사관청”이라 한다)은 청구법인의 매입거래처인 청구 외 ○○기업 (이하 “쟁점거래처”라 한다)에 대한 세무조사 결과, 2007년 제1기 기간 중 청구법인에 231,586,800원(공급가액, 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 매 출누락 한 사실을 확인하여 처분청에 과세자료로 통보하였다. 청구법인은 ○○기업으로부터 쟁점금액에 대한 매입세금계산서를 추가로 수 취하여 2008.1.31. 처분청에 관련 매입세액을 공제하여 줄 것을 경정청구 하였 으나 처분청은 청구법인의 경정청구를 거부처분 하였으며, 청구법인은 2008.11.28. 처분청이 매입세액 불공제한 부가가치세액 23,158,680원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 손금에 산입하는 것으로 하여 처분청에 경정청구 하였으나 2009.2.16. 처분청은 청구법인의 경정청구를 거부 통지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.2.16. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인은 2008.1.31. 쟁점거래처로부터 2007.1.31.～2007.6.30. 기간 동안의 기존 거래금액 1,095,377,400원에 대하여 고철가격의 급등으로 인한 보상차원 에서 단가 차액분을 월별로 계산하여 쟁점금액을 추가로 지불하고 아래와 같이 매입세금계산서를 추가로 수취하여 처분청에 경정청구 하였으나 처분청은 청구 법인의 경정청구를 거부하였다. [당초거래분 금액과 단가차액 보상분 내역] (단위: 원) 연월일 당초 거래분 단가차액 보상분 합 계 2007.1.31 143,895,500 41,113,000 185,008,500 2007.2.28 146,379,800 36,403,100 182,782,900 2007.3.31 222,627,500 41,552,900 264,180,400 2007.4.30 180,832,800 35,593,600 216,426,400 2007.5.31 186,364,400 37,363,800 223,728,200 2007.6.30 215,277,400 39,560,400 254,837,800 합 계 1,095,377,400 231,586,800 1,326,964,200 [단가차액 보상분에 대한 세금계산서 추가 수취내역] (단위: 원) 연월일 공급가액 부가가치세 합 계 2007.1.31 41,113,000 4,111,300 45,224,300 2007.2.28 36,403,100 3,640,310 40,043,410 2007.3.31 41,552,900 4,155,290 45,708,190 2007.4.30 35,593,600 3,559,360 39,152,960 2007.5.31 37,363,800 3,736,380 41,100,180 2007.6.30 39,560,400 3,956,040 43,516,440 합 계 231,586,800 23,158,680 254,745,480
• 나. 처분청은 동 단가 차액으로 발행한 세금계산서는 부가가치세 과세기간을 경과한 사후발행 세금계산서로서 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 동 부가가치세는 원가로 인정할 수 없다고 주장하고 있으나, 쟁점거래처의 2007년 해당년도는 세무조사대상 사업연도가 아니므로 국세기본법 제45조 의 규정에 의한 수정신고에 의하여 청구인에게 추가로 세금계산서를 발행한 것으로 달리 청구법인이 거부할 사유가 없는 정당한 거래의 세금계산서이다.
• 다. 처분청은 청구법인이 2007년 상반기에 수취한 매입세금계산서를 법인세과세표준 신고기한 내인 2008.1.31. 부가가치세를 수정신고하고 동 부가가치세 대급금으로 결산한 회계처리에 대하여 부가가치세 대급금 23,158,680원 환급을 거절하였다면 당연히 원가로는 인정하여야 하는 것을 부가가치세법상의 사실과 다른 세금계산서라는 법 규정을 법인세법상에 응용하여 실지로 지불된 금액을 손금으로 인정하지 않은 처분은 위법 부당한 처분이다.
• 라. 청구법인이 상품매입시 부담한 부가가치세 대급금을 부가가치세 신고시 공제받지 못하였으므로 부득이 법인세법상의 당해 지출한 사업년도의 법인세 각 사업연도소득에 손금산입 한 것을 처분청이 거절한 법적용 규정은 법인세법 제21조 제1호 (제세공과금의 손금불산입), 법인세법 시행령 제22조 제1항 제3호 (부가가치세 매입세액의 손금산입 등), 법인세법 시행규칙 제11조 제1호 (부가가치세 매입세액의 손금산입 등)에 의한 예외규정에 해당하지 않는다고 하였으나, 위의 법인세법상으로 부가가치세는 법인의 각 사업연도의 손금으로는 산입할 수 없는 공과금으로만 해석을 하고 있고, 법인세법 제21조 에 규정하는 단서 및 동 법령 제22조 제1항 제3호 및 시행규칙 제11조 제1호의 내용을 청구 법인이 회계처리 한 사실을 잘못 적용하고 있는 것이다.
• 마. 청구법인이 경정청구에서 손금인정을 요구하는 쟁점매입세액은 처분청이 적용한 위의 법인세법, 시행령 및 시행규칙이 규정하는 손금에 해당하지 않는다고 하나, 청구법인은 쟁점매입세액의 회계처리는 매입상품에 별도로 부가가 치세를 부담하므로 매입시 부담한 부가가치세는 공제 또는 환급으로 종결되는 것이나 공제 또는 환급을 받지 못하는 부가가치세는 매입상품의 원가에 가산하여 회계처리하는 것이 부가가치세에 대한 상식적인 세무회계 처리방법을, 처분청은 법인세법 시행규칙 제11조 제1호 의 규정인 부가가치세법 제32조 의 영수증 교부분에 포함된 매입세액으로서 매입세액이 공제대상이 아닌 금액에 해당하지 아니하므로 손금불산입 한 처분이 정당하다고 근본적으로 세법의 적용을 잘못한 처분이다.
• 바. 따라서, 청구법인이 환급받지 못한 쟁점매입세액을 청구법인의 2007년 사업연도 손금으로 인정하여야 한다.

• 가. 청구법인은 쟁점거래처로부터의 매입누락 231,586,800원이 고철가격의 급등에 따른 단가차이 보상금액이라고 주장하나, 쟁점거래처에 대한 조사관청의 조사시 작성된 확인서에 의하면 고철단가를 축소하여 고의로 매출누락 하였음이 확인되고,
• 나. 청구법인은 이 건 심사청구에서 쟁점금액을 매입세액으로 공제하여 부가가치세 경정청구 하였으나, 처분청에서 경정청구를 부인하였으므로 실제 지급된 쟁점매입세액을 법인세 과세표준계산시 손금에 산입하여야 한다고 주장하고 있으나, 법인세법 제21조 제1호 에 의하면, 부가가치세의 매입세액(부가가치세가 면제되거나 기타 대통령령이 정하는 경우의 세액을 제외한다)은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정되어 있고, 법인세법 시행령 제22조 제1항 제3호 에서 법 제21조 제1호에서 “기타 대통령령이 정하는 경우의 세액”이라 함은 “기타 당해 법인이 부담한 사실이 확인되는 매입세액으로서 재정경제부령이 정하는 것”으로 규정하고 법인세법 시행규칙 제11조 제1호 에서 영 제22조 제1항 제3호의 규정에 의하여 손금에 산입할 수 있는 매입세액은 부가가치세법 제32조 제1항 의 규정에 의한 영수증을 교부받은 거래분에 포함된 매입세액으로서 매입세액공제대상이 아닌 금액으로 규정되어 있으므로 법인세법 제21조 제1호 에 따라 부가가치세 매입세액 상당액인 쟁점매입세액은 손금 불산입 대상이고 법인세법 시행령 제22조 제1항 제3호 의 예외규정에도 해당되지 아니하여 법인의 각 사업연도 소득금액의 계산에 있어서 쟁점매입세액을 손금불산입 하여 경정청구를 부인한 당초 처분은 적법하다.

• 가. 쟁점 공제받지 못한 부가가치세 매입세액을 각 사업연도 소득금액 계산시 손금에 산입할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 1) 법인세법 제21조 【제세공과금의 손금불산입】 다음 각 호의 제세공과금은 내국법인의 각 사업년도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 각 사업년도에 납부하였거나 납부할 법인세(제57조에 규정하는 외국법인세액을 포함한다) 또는 소득할주민세와 각 세법에 규정된 의무불이행으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액(가산세를 포함한다) 및 부가가치세의 매입세액(부가가치세가 면제되거나 기타 대통령령이 정하는 경우의 세액을 제외한다) (이하 생략) 2) 법인세법 시행령 제22조 【부가가치세 매입세액의 손금산입 등】

① 법 제21조 제1호에서 "기타 대통령령이 정하는 경우의 세액"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다. 1.부가가치세법제17조 제2항 제3호의 규정에 의한 비영업용 소형승용자동차의 유지에 관한 매입세액(제31조 제2항의 규정에 의한 자본적 지출에 해당하는 것을 제외한다)

2. 부가가치세법 제17조 제2항 제3호 의2의 규정에 의한 매입세액

3. 기타 당해 법인이 부담한 사실이 확인되는 매입세액으로서 기획재정부령이 정하는 것 (이하 생략) 3) 법인세법 시행규칙 제11조 【부가가치세 매입세액의 손금산입】 영 제22조 제1항 제3호의 규정에 의하여 손금에 산입할 수 있는 매입세액은 다음 각호의 것으로 한다. 1.부가가치세법제32조 제1항의 규정에 의한 영수증을 교부받은 거래분에 포함된 매입세액으로서 매입세액공제대상이 아닌 금액

2. 부동산 임차인이 부담한 전세금 및 임차보증금에 대한 매입세액 4) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① (중 략)

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1～2. (중 략)

3. 비영업용 소형승용자동차의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액 3의2. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령이 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액 (이하 생략)

• 다. 사실관계 1) 청구법인은 2008.11.28. 쟁점매입세액을 손금산입 유보처분 하는 것으로 하여 처분청에 경정청구서를 제출하였으며, 처분청은 2009.2.16. 법인세법 제21조 및 법인세법 시행령 제22조, 법인세법 시행규칙 제11조 의 규정을 적용하여 청구법인의 경정청구를 거부 통지하였음이 심리자료 등에 의하여 확인된다.

2. 조사관청의 쟁점거래처에 대한 세무조사 시 쟁점거래처에서 작성한 확인서를 보면, “본인은 2007년 1월～6월 기간 동안 청구법인에 매출한 고철단가를 아래와 같이 축소하여 부가가치세를 신고하였음을 확인합니다” 라고 기재되어 있는 것으로 심리자료 등에 의하여 확인된다. (단위: 원) 월 별 당초 신고분 실지 거래내역 신고누락금액 중량(kg) 단가 공급가액 중량(kg) 단가 공급가액 계 4,874,930 1,095,377,400 4,874,930 1,326,964,200 231,586,800 2007년 1월 822,260 175 143,895,500 822,260 225 185,008,500 41,113,000 2007년 2월 770,420 190 146,379,800 211,790 230 48,711,700 36,403,100 558,630 240 134,071,200 2007년 3월 890,510 250 222,627,500 593,250 300 177,975,000 41,552,900 297,260 290 86,205,400 2007년 4월 753,470 240 180,832,800 207,990 280 58,237,200 35,593,600 545,480 290 158,189,200 2007년 5월 810,280 230 186,364,400 315,020 270 85,055,400 37,363,800 495,260 280 138,672,800 2007년 6월 827,990 260 215,277,400 644,080 310 199,664,800 39,560,400 183,910 300 55,173,000

• 라. 판 단 법인세법 제21조 제1호 에 의하면, 부가가치세의 매입세액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정되어 있고, 법인세법 시행령 제22조 제1항 제3호 에서 법 제21조 제1호에서 “기타 대통령령이 정하는 경우의 세액” 이라 함은 “기타 당해 법인이 부담한 사실이 확인되는 매입세액으로서 기획재정부령이 정하는 것” 으로 규정하고 법인세법 시행규칙 제11조 제1호에서 영 제22조 제1항 제3호의 규정에 의하여 손금에 산입할 수 있는 매입세액은 부가가치세법 제32조 제1항 의 규정에 의한 영수증을 교부받은 거래분에 포함된 매입세액으로서 매입세액공제대상이 아닌 금액으로 규정되어 있다. 살피건대, 세금계산서를 제출하지 아니함으로써 공제받지 못한 부가가치세 매입세액은 법인세법 제21조 제1호 의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 아니하는 것인바, 청구법인이 거래상대방으로부터 세금계산서를 수취한 경우에는 이를 부가가치세 매입세액으로 공제받아야 하는 것이므로 이는 손금산입대상이 아니고, 설사 이를 제출하지 못하여 매입세액을 공제받지 못한 경우에도 이는 청구법인의 과실에 의한 것이므로 손금산입 할 수 없다 할 것이다(국심2006서2768, 2007.4.10. 외 다수 같은 뜻) 따라서, 청구법인은 쟁점거래처로부터 사후에 발행된 세금계산서를 수취하여 처분청에 제출함으로써 부가가치세 매입세액을 공제받지 못한 것이고, 부가가치세 과세사업자인 경우 부가가치세 매입세액은 각 사업연도 소득금액 계산시 손금산입대상에 해당되지 않는 것이므로 처분청의 이 건 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호에 의거 주문과 같이 결정한다.