청구인이 처분청에 제출한 세금계산서 등 과세자료와 원천세 자료 등을 감안하여 볼 때 청구법인이 소득이 있었다고 보기 어렵고, 동 자료에 의하여 실지조사가 가능하므로 추계결정함은 부당함.
청구인이 처분청에 제출한 세금계산서 등 과세자료와 원천세 자료 등을 감안하여 볼 때 청구법인이 소득이 있었다고 보기 어렵고, 동 자료에 의하여 실지조사가 가능하므로 추계결정함은 부당함.
○○○ 세무서장이 2008.11.1. 청구법인에게 경정․고지한 2003 ～2005 사업연도 의 법인세 1,731,783,360원과 2003년 제2기 및 2005년 제1기 ～2006년 제1기 분 부가가치세 670,849,670원, 그리고 청구법인의 대표자인 이
○○ 외 2인에게상여처분한 3,186,989,243원은
1. 청구법인에게 경정고지한 2003～2005사업연도의 법인세 1,731,783,360원은 이를 취소한다.
2. 청구법인에게 경정고지한 2003년 제2기 부가가치세는 당초 신고금액에서 위장매입세금계산서 매입세액 29,499,911원을 불공제하여 재경정하고, 2005년 제1기 및 2005년 제2기분 부가가치세는 이를 취소한다.
3. 청구법인의 대표자에게 상여처분한 3,186,989,243원(2003년도 유○○ 1,176,522,691원, 주○○ 327,613,147원, 2005년도 이○○ 1,504,135,838원)은 이를 취소한다.
청구법인은 2000.11.14.부터 2006.3.31.까지 ×××시 ×××구 ××××동 ××번지에 본점을 두고 신문제조업을 영위한 법인으로서, 처분청은 2008.6.3.～2008.7.1.간 청구법인의 2003사업연도, 2005사업연도 및 2006사업연도에 대한 법인세통합조사를 하여 청구법인이 조사대상 사업연도의 장부를 제시하지 않음에 따라 2003사업연도와 2005사업연도의 법인세를 기준경비율에 의하여 추계경정하고, 그 추계소득에서 결 산서상 법인세차감전 순이익을 공제한 4,392,448천원(2003사업연도 2,709,595천원, 2005사업연도 1,682,853천원) 을 법인세 과세표준으로 하여 법인세 977,514천원(2003사업연도 373,272천원, 2005사업연도 604,242천원)을 결정고지하고 신고소득과의 차액 3,186,989천원(2003년도 1,504,136천원, 2005년도 1,682,853천원)을 대표자 상여처분하였으며, 2003년 사업연도 법인세 추계결정에 따라 2004사업연도의 법인세결손금소급공제를 배제하고 이에 대한 법인세 754,269천원을 추징하였으며 청구법인이 세금계산서 및 계산서 불부합자료 중 거래내용을 소명하지 못한 2,702,218천원(2003년 501,006천원, 2005년 293,195천원, 2006년 1,908,017천원)을 청구법인의 매출누락으로 보아 이에 대한 부가가치세를 경정하였으며 청구법인이 부가가치세 신고시 과세관련 매입세액으로 신고한 681,060천원(2003년 제2기 197,729천원, 2005년 제1기 274,499천원, 2005년 제2기 208,832천원)에 대하여 장부 미제시로 인한 확인불가로 매입세액 전체를 공통매입세액으로 보아 430,300천원을 매입세액 불공제하는 등으로 2008.11.1. 청구법인에게 법인세 1,731,783천원 및 부가가치세 670,849천원 합계 2,402,632천원을 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여(2006년 제1기분 가가치세 66,360천원은 청구제외) 2009.2.2. 이 건 심사청구를 제기하였다.
1. 2006.1.24 부도 발생으로 청구법인의 운영권 및 자금집행권이 노동조합 을 주축으로 한 비상대책위원회로 넘어갔으며 비상대책위원회는 2006년 3월초 직원들이 모두 퇴근한 심야에 사옥 안에 있던 컴퓨터 및 비품을 매각함으로써 전산자료가 분실되었고, 2006년 3월 비상대책위원회의 사옥에 대한 임차보증금 압류로 인한 퇴거로 설립이후 방대한 양의 장부와 증빙서류를 포함한 서류를 외부에 보관하였으나 보관자는 1년간의 보관기간이 지난 2007년 5월경 보관하고 있던 장부와 증빙서류 등을 임의로 처분하였다. 2) 법인세 신고당시 청구법인에 정당한 회계장부와 증빙서류가 있었다는 사실은 당시 외부회계감사와 세무조정을 담당한 ○○회계법인과 △△회계 법인의 감사보고서와 세무조정계산서에 의하여 확인되며 청구법인의 최대주주인 ◇◇◇◇홀딩스(주)에 대한 연결재무제표 감사를 위하여 △△회계법인에서는 청구법인의 2003년도 및 2004년도의 회계감사결과에 대하여 ◇◇◇◇홀딩스(주)의 감사법인인 ○○회계법인의 리뷰를 별도로 받은 바 있다.
1. 청구법인의 경우 매출액 대비 매출세금계산서 비율이 96%～98%이며, 매입액 대비 매입세금계산서 비율이 95%이므로 세금계산서만으로도 충분히 법인세 실사가 가능함에도 일방적인 추계를 한 것은 부당하다. 2) 청구법인은 2005연도 들어서면서 광고료가 더욱 감소하고, 월차손실액이 확대되고 자금부족이 심화되어 자금사정이 마비상태에 이르러 결국 2006.1.24. 부도가 발생하는 상황이었음에도 처분청은 청구법인의 부도 당시의 상황을 전혀 감안하지 아니한 채 추계과세를 하면서 2005년도의 경우 실 제로 100억원 이상의 손실이 났는데 16억원의 이익이 난 것으로 보고 법인세를 고지하였고, 2004년도는 93억원의 결손이 발생했음에도 불구하고 2003년도 납부세액에 대하여 결손금소급공제세액 환급액을 전액 부인하는 한편, 무기장가산세, 미납부가산세, 이자상당액을 추징하는 등 총 1,731,782천원의 법인세를 부과하였다.
2. 매출세금계산서(계산서)와 매입세금계산서(계산서) 자료만으로도 실제사가 가능하므로 국세기본법 제16조 (근거과세) 제1항납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치ㆍ기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치ㆍ기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다라는 규정에도 어긋나는 부당한 과세이다.
1. 대법원 판례 등에서도 추계의 방법과 내용에 있어서 가장 진실에 가까 운 실액을 반영함이 타당하다고 판결하고 있는 바 국내 ○○○신문사 5개사의 2002년부터 2005년도의 실적을 보면, 매출액이 모두 급격히 감소하였고 2004년 이후에는 모든 ○○○신문사가 적자로 반전되었음이 확인되며 특히 ○○신문사와 △△일보사를 모기업으로 두고 있는 ○○○○○과 ★★★★★조차도 2004년 이후 모두 적자를 기록하고 있는 등으로 미루어
2. 위 업체보다 훨씬 열악한 여건의 청구법인에 추계과세로 거액의 이익이 난 것으로 보아 법인세를 부과한 것은 현실을 무시한 과세이다.
2. 거래상대방이 신고한 자료와 청구법인이 신고한 자료와의 차이를 청구법인이 소명하지 못한다는 이유로 이를 청구법인의 매출누락으로 보는 것은 이해할 수 없으며 거래상대방이 신고한 것은 정당하고 청구법인이 신고한 것은 부당하다는 것은 논리의 비약이다.
3. 청구법인이 부도가 발생하여 문을 닫은 지 2년이 넘는 상태에서 당시 업무를 담당한 직원도 없고 장부와 증빙서류도 훼손되어 불부합자료를 소명하는데 한계가 있으며 소명능력이 없는 청구법인의 대표이사에게 불부합자료의 소명을 요구할 것이 아니라 과세당국이 적극적으로 나서서 청구법인에게 부당한 세금이 부과되지 않도록 거래상대방을 충분히 조사하고 그 조사내용에 따라 과세하는 것이 합당하다.
가. 청구법인의 경우 외부조정에 의한 법인세 신고 및 외부감사 대상이나 청 구법인 에 대한 법인세 통합조사시 장부 및 증빙서류를 보관하고 있지 아니하였으므로 법인세법 제66조 제2항 및 동법시행령 제104조 제1항 제1호의 규정 에 의한 추계결정 및 법인세법시행령 제106조 제2항 에 의한 대표자 상여 처분의 사유에 해당한다. 나. 법인세법시행령 제104조 제2항 제2호 의 규정에 의한 동일업종의 다른 법인 의 소득금액을 참작하여 추계결정하는 것은 천재지변 등 불가항력적인 사유에 해당하여야 하나 청구법인의 경우는 이에 해당하지 아니하므로 설령 추계 결정을 하더라도 동일업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하여 결정하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.
② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.
1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때
2. 제120조 또는 제120조의2에 따른 지급명세서, 제121조의 규정에 의한 매출·매입처별계산서합계표 또는 매출·매입처별세금계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때
③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다. 2) 법인세법 시행령 제104조 【추계결정 및 경정】
① 법 제66조 제3항 단서에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우
② 법 제66조 제3항 단서의 규정에 의한 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각호의 1의 방법에 의한다.
1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.
2. 기준경비율이 결정되지 아니하였거나 천재·지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하여 그 과세표준을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일업종의 다른 법인이 없는 경우로서 과세표준신고후에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준신고전에 장부기타 증빙서류가 멸실된 때에는 직전사업연도의 소득률에 의하여 과세표준을 결정 또는 경정한다. 《쟁점2)관련》 1) 부가가치세법 제1조 【과세대상】
① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.
2) 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】
① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치 세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.
2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때
3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때
3. 법인세법 제15조【익금의 범위】
① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다. 《쟁점3)관련》 1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】
② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액 2) 부가가치세법시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】
① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세공급가액 면세사업에 관련된 매입세액＝공통매입세액 × ────── 총공급가액
《쟁점1)관련》
1. 청구법인의 법인세 신고내용은 국세통합전산망 등에 의하여 다음과 같이 확인된다. 사업연도 수입금액 소득금액 자진납부세액 비 고 2003 50,926,598 2,142,306 525,071 2004 36,316,836 △9,342,962 △2,224 2005 26,050,362 △5,381,607 △7,734 단위: 천원 2) 청구법인의 법인세 신고시 제출한 손익계산서 내용은 국세통합전산망 등에 의하여 다음과 같이 확인된다. 구 분 2002년 2003년 2004년 2005년 매출 44,846,905 50,926,598 36,316,836 26,050,362 신문, 광고수입 42,901,381 43,312,500 31,525,649 23,147,583 행사수입 1,945,524 7,614,098 4,791,187 2,902,779 매출원가 28,766,610 32,157,326 28,304,216 18,781,404 신문판매원가 27,384,393 28,140,212 23,627,096 행사원가 1,382,217 4,017,114 4,677,120 매출총이익 16,080,295 18,769,272 8,012,620 7,268,958 판매관리비 14,344,133 16,996,845 16,370,145 13,863,367 영업이익 1,736,162 1,772,427 -8,357,525 -6,594,409 당기순이익 1,098,242 765,806 -11,526,965 -10,450,546 단위: 천원
3. 청구법인의 연도별 외부회계감사 및 외부세무조정내역은 다음과 같이 확인된다. 회계연도 회계감사 외부세무조정 비 고 제2기(2001.1.1-12.31)
○○회계법인
○○회계법인 제3기(2002.1.1-12.31)
○○회계법인
○○회계법인 제4기(2003.1.1-12.31) △△회계법인 △△회계법인 제5기(2004.1.1-12.31) △△회계법인 △△회계법인 제6기(2005.1.1-12.31) △△회계법인 △△회계법인 중간감사후 부도로 기말감사는 실시 못함 4) 청구법인이 처분청에 제출한 세금계산서 등 자료는 국세통합전산망 등에 의하여 다음과 같이 확인된다.
- 가) 세금계산서 및 계산서 자료 단위: 천원 사업연도 매출 매입 계 세금계산서 계산서 계 세금계산서 계산서 2003년 49,911,045 39,591,554 10,319,491 30,471,462 30,079,686 391,776 2004년 35,079,281 25,214,297 9,864,984 26,411,731 26,037,138 374,593 2005년 25,098,113 16,017,149 9,080,964 19,817,124 19,526,084 291,040
• 매입(세금)계산서 중 자산매입과 관련된 부분은 없음.
- 나) 원천세 자료 단위: 천원 사업연도 계 근로소득 퇴직소득 사업소득 기타소득 이자소득 2003 12,707,449 9,177,594 619,471 1,998,835 892,611 18,938 2004 12,092,598 8,101,222 1,272,225 1,609,874 1,090,686 18,591 2005 6,075,235 4,428,847 278,463 418,359 41,212 47,794 다) 청구법인의 매출액과 매입(세금)계산서 및 원천세 자료 단위: 천원 사업연도 매 출 매입(세금)계산서 원천세 지급자료 2003 50,926,598 30,471,462 12,707,449 2004 36,316,836 26,411,731 12,092,598 2005 26,050,362 19,817,124 5,214,675
5. 청구법인이 주장하는 장부 등의 멸실 경위는 다음과 같다. 2006.1.24. 부도 발생으로 청구법인의 운영권 등을 잡은 비상대책위원회가 2006년 3월초 직원들이 모두 퇴근한 심야에 사옥안에 있던 컴퓨터 및 비품 을 매각하여 전산자료가 분실되었고, 사옥에 대한 임차보증금 압류로 인한 퇴거로 설립이후의 장부와 증빙서류 등을 외부에 보관하던 중 보관업자가 2007년 5월경 보관하고 있던 장부 및 증빙서류 등을 임의로 처분하였다 6) 한편, 국내 ○○○신문사의 매출 및 손익 내용은 국세통합전산망 등에 의하여 다음과 같이 확인된다. 구 분 ◇◇◇ ◇◇◇◇ ◇◇◇◇◇
○○○○○ ★★★★★ 매출 2005년 26,050,362 2,150 31,479,305 46,385,696 42,278,910 2004년 36,316,836 17,507,564 49,692,337 57,244,765 59,300,952 2003년 50,926,598 32,214,712 77,076,818 74,566,370 67,331,884 2002년 44,846,905 28,093,474 99,221,628 94,884,838 67,976,980 손익 2005년
• 5,831,607 -5,759,574 -13,472,865 -7,736,515 -391,728 2004년
• 9,342,962 -8,465,862 -14,131,887 -14,780,549 -484,941 2003년 2,142,306 -8,065,907 -13,844,239 4,448,219 3,201,388 2002년 1,186,459 -15,014,819 -8,945,921 5,710,951 1,210,334 단위: 천원 ※ ◇◇◇는 2006년에, ◇◇◇◇는 2005년에 각각 부도발생 《쟁점2)관련》 1) 청구법인이 이 건 심리기간 중 제출한 매출누락(계산서 불부합자료)에 대한 소명내용은 다음과 같다.
- 가) 지국(보급소), 가판 사업양도로 인한 차이(유형1) (1) 지국(보급소) 및 가판은 청구법인과 상호 약정에 의해 운영계약을 체결 하는데 전국에 약 700여개의 지국 및 가판업체가 있고, 대부분의 업체가 개인 사업자이면서 면세사업자 이다 보니 세금계산서(계산서)에 대한 개념이 부족 하고 (2) 청구법인은 약정서에 따라 전산에 지국 및 가판에 정보를 입력하고 그에 따라 계산서를 발행하여 매출로 인식하였으나, 거래처인 지국 및 가판의 잦은 사업자 교체로 인하여 전임자와 후임자가 임의계약(권리금 문제)으로 청구법인 에 뒤늦게 통보되는 경우가 허다하며. (3) 청구법인은 전사업자가 운영하는 것으로 전산에 처리되어 있어 전사업자 에게 계산서를 발행하여 매출인식을 하였으나 실제는 후사업자가 전사업자의 계산서를 받아 본사에 지대를 입금해야 하므로 후사업자의 매입으 로 신고하는 경우가 발생하며. (4) 청구법인은 이러한 지국, 보급소의 사업양수도 사실을 3개월 정도 경과 하여야 비로서 알게 되며 이는 양수도 당사자간 문제이지 청구법인의 귀책사유 는 아니며 추후 양수도 사실을 청구법인에 통지하였더라도 과세기간의 경과 등 으 로 계산서를 수정할 수 없는 경우가 대부분이다. 《사례》 사업자등록번호 구 분 대표자 사업장 거래연도 차 액 -90-0 매출누락 김 ★ ××구 ×× 152-5 2003 -301,946 -90-1**** 매출과다 김○○ ×구 ××동 53-2 2003 301,946 단위: 천원
- 나) 겸업지국의 매출신고 오류로 인한 차이(유형2) (1) 신문지국 및 가판을 운영하는 개인사업자가 1곳만 운영하다가 주변에 지국 및 가판이 나오면 동일인 명의로 신규 개인사업자를 신설하여 2군데 이상 을 운영
(2) 청구법인과 사업자간에 계산서 신고를 잘못 처리하는 경우 및 신규 사업자번호를 청구법인에게 신고하지 않아 기존 사업자등록번호로 발급하여 신고 《사례》 사업자등록번호 구 분 대표자 사업장 거래연도 차 액 -05-4 매출과다 배○○ ×× × ××× 640-2 2003 15,193 -05-7**** 매출누락 배○○ ×× × ××× 643-15 2003 -15,195 단위: 천원 2) 이 건 심리기간 중 청구법인의 매출누락 소명내용을 검토한 내용은 다음과 같이 확인된다.
- 가) 전․후 사업자간의 계산서 신고 차액
(1) 전 사업자에 대하여는 매출과다 후 사업자에 대하여는 매출누락 과세연도 당초 누락분 소명내용 비고 건수 금액 건수 금액 2003 87 501,006 18 78,345 2005 48 255,955 3 9,882 계 135 756,961 21 88,227 단위: 천원
(2) 2이상의 사업자등록을 한 사업자의 계산서 신고 차액 과세연도 당초 누락분 소명내용 비고 건수 금액 건수 금액 2003 87 501,006 7 61,057 2005 48 255,955 11 41,013 계 135 756,961 18 102,070 단위: 천원 《쟁점3)관련》 1) 청구법인이 이 건 심리기간 중 제출한 공통매입세액 과세처분에 대한 소명자료 내용을 살펴보면, 과세관청으로부터 매입세금계산서 자료를 송부받아 거래처별로 정리한 후 그 거래처 및 거래품목을 확인하고 과세관련 매입세액 및 면세관련 매입세액 그리고 공통매입세액으로 분류하였음이 확인된다. 2) 청구법인의 위 소명내용에 대하여 당심에서 검토한 내용은 다음과 같다.
- 가) 과세관련 매입세액 구분 과세연도 계 광고대행 수수료 골프 행사 관련 비용 교환광고비 기타 2003년 제2기 4,854,026 2,762,762 1,438,319 468,616 184,329 2005년 제1기 2,276,842 1,099,885 1,100,000 76,957 2005년 제2기 3,759,626 1,205,652 1,240,671 1,159,000 154,303 계 10,890,494 5,068,299 2,678,990 2,727,616 415,589 단위: 천원
- 나) 면세관련 매입세액 구분 과세연도 계 신문운송비 신문 판매 지사임대료 기타 2003년 제2기 818,021 765,755 52,266 2005년 제1기 810,197 783,745 17,640 8,812 2005년 제2기 829,003 794,227 25,774 9,002 계 2,457,221 2,343,727 95,680 17,814 단위: 금액
- 다) 불공제 매입세액 구분 과세연도 계 차량렌탈비 차량주유비 기타 2003년 제2기 49,498 10,823 37,375 1,300 2005년 제1기 12,998 11,010 1,988 2005년 제2기 8,159 400 6,156 1,603 계 70,655 11,223 54,541 4,891 단위: 천원
- 라) 공통매입세액 구분 과세연도 계 신문인쇄비용 신문용지 구입비 기타 2003년 제2기 9,694,947 3,160,749 5,707,245 826,953 2005년 제1기 6,120,180 1,977,825 3,429,174 713,181 2005년 제2기 5,694,503 1,783,681 3,136,117 774,705 계 21,509,630 6,922,255 12,272,536 2,314,839 단위: 천원
- 마) 공통매입세액 안분계산 구분 과세연도 과세매출 면세매출
① 공통매입 세액 불공제
② 당초신고 차액 (①-②) 2003년 제2기 24,247,559 6,207,249 210,298 197,729 12,569 2005년 제1기 6,966,832 5,674,332 279,870 274,499 5,371 2005년 제2기 9,199,814 5,319,864 210,311 208,832 1,479 계 40,414,205 17,201,445 700,479 681,060 19,419 단위: 천원
• 공통매입세액불공제 700,479천원은 매출누락 등 조사결과를 반영 산정 (매출누락을 감안하지 아니할 경우 공통매입세액 불공제분은 682,933천원 이며 당초 신고금액과의 차액은 1,873천원임)
- 라. 판단 《쟁점1)에 대한 판단》 1) 먼저 이 건 법인세를 동업자권형에 의하여 추계경정할 수 있는지 살펴보면, 가) 법인세법 제66조 제3항 단서에서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있도록 규정하고 있고, 대통령령이 정하는 사유란 같은법 시행 령 제104조 제1항에서 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우로 규정하고 있으며, 동조 제2항 제2호에서는 천재·지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하여 그 과세표준을 결정 또는 경정하도록 규정하고 있는 바
- 나) 청구법인의 경우 장부 및 증빙서류를 보관한 김○○가 그 보관기일이 넘어 장부 등을 처분하였다는 진술내용으로 볼 때, 장부멸실의 책임이 청구법인 에게 있는 것으로 보이므로 이를 불가항력으로 볼 수 없으므로 동업자권형 방법에 의한 추계경정을 하여 달라는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. 2) 다음으로 청구법인의 2003, 2005사업연도 소득금액을 추계경정한 것이타당한지를 살펴보면, 가) 청구법인은 2003사업연도～2004사업연도에 대하여 외부회계감사를 받은 사실이 금융감독원 싸이트에서 확인되고 있고, 국내에 청구법인과 업종이 같은 (주)◇◇◇◇ 등 4개 신문사의 2002～2005년 법인세 신고내용을 보면, 청구법인과 외형 및 업황이 가장 유사한 (주)□□□□□□□□□(◇◇◇◇◇)와 (주)○○○신문(◇◇◇◇)의 경우 2002～2005년의 손익은 모두 결손으로, (주)○○○○○(○○○서울) 및 (주)★★★★★은 2004～2005년이 결손으로 확인되고 있으며 나) 청구법인이 처분청에 제출한 세금계산서(계산서)및 원천세 자료를 살펴보면, 매입세금계산서의 경우 자산매입이 없는 등 모두 경비의 성격으로 확인되고, 주요 경비가 광고수입에 따른 지급수수료로 확인되는 등 달리 허위로 계상한 것으로 볼 수 있는 자료는 확인되지 아니하고 있으며, 원천세 자료의 경우 청구법인이 제출한 결산서상의 계정금액과 국세통합전산망상 원천자료 제출 금액이 일치하고 있는 것으로 확인된다.
- 다) 또한, 인터넷 금융감독원 싸이트에서 확인된 청구법인의 2003～2004사업연도 재무제표에 대한 감사보고서 및 국세통합전산망에 수록된 청구법인의 2003～2005사업연도 재무제표상 매입세금계산서(매입계산서) 및 원천자료와 관련이 없는 계정과목(제세공과금, 여비교통비, 통신비, 보험료, 접대비, 차량유지비 등)을 살펴보면, 청구법인과 같은 업종에서 지출될 수 있는 통상의 경비로 보이고, 청구법인 또한 스스로 이러한 경비에 대하여 법인세 신고시 세무조정을 하였으며 그 외 계정과목에 대하여는 감사보고서상에 적정하다는 의견이 나타나 있는 것으로 확인된다.
- 라) 따라서, 동종업체의 법인세 신고내용과 청구법인이 경영난으로 인한 부도 및 폐업 등의 상황과 스포츠신문 업계의 선두인 ◇◇◇◇◇가 2003사업 연도가 결손이었음에도 청구법인이 소득을 신고한 점, 청구법인이 매년 외부 회계감사를 받은 점과 2005사업년도에 자본잠식 상태에 있었던 점, 청구법인 이 처분청에 제출한 세금계산서와 계산서 내역, 원천세 자료 등에 의하여 청구법인이 2004 및 2005사업연도에 소득이 있었다고 보기 어려운 점(2004사업연도의 경우 세금계산서 및 계산서 자료, 원천세 자료를 합한 금액 이 수입금액을 초과) 등 을 감안하여 볼 때, 청구법인의 법인세 신고내용은 일응 타당성이 있다 할 것이고, 또한, 적어도 재무제표와 감사보고서, 각종 과세자료 의 활용 및 확인 등으로 법인세 실지조사가 가능하다고 판단되므 로 처분청이 단순히 장부 및 증빙서류를 제시하지 않는다는 이유로 추계 경정한 이 건 처분은 타당하지 아니한 것으로 판단된다.
3. 위 내용을 종합하여 볼 때, 처분청이 기준경비율에 의한 추계방법에 의하여 청구법인의 법인세를 추계경정한 것과 법인세 결손금 소급공제를 배제한 것은 잘못된 것으로서 이를 취소함이 타당하다고 판단된다. 《쟁점2)에 대한 판단》 1) 처분청이 매출누락으로 판단한 2003 및 2005년도의 계산서 자료를 살펴보면, 거래처 중 일부는 사업장의 양도․양수시 전사업자에게 발행한 것을 후사업자가 인수받아 이를 처분청에 신고하거나 사업자가 2이상 사업자등록이 되어 있거나 중간에 사업자등록번호가 바뀌었으나 청구법인이 이에 대한 인지 를 하지 못하여 사업자등록번호를 잘못 기재하여 발행한 사실이 확인되고 있는 바, 이 건 계산서의 거래처인 신문보급소들이 대부분 영세사업자인 점, 그 신문보급소가 현재 대부분 폐업하여 청구법인이 소명하기 어려운 점 등을 감안하여 볼 때, 청구법인이 비록 매출누락분에 대하여 소명을 하지 못하였다 하더라도 이를 매출누락으로 보는 것은 타당하지 아니하며 2) 또한, 2002년에 발생된 계산서 불부합자료에 대하여 처분청이 이를 활용처리(건수200건, 금액 41,675백만원)하였음이 국세통합전산망에 의하여 확인되고 있고, 청구법인이 사업개시후 계산서 불부합자료에 의한 경정사실이 없었던 점에 비추어 같은 유형의 계산서 오류로 인해 발생된 이 건에 대하여 이를 매출누락으로 보기는 어렵다 하겠다.
3. 위 내용을 종합하여 볼 때, 처분청이 계산서 오류분에 대하여 이를 매출 누락으로 보아 부가가치세 등을 과세한 이 건 처분은 취소함이 타당하다고 판단된다. 《쟁점3)에 대한 판단》 1) 청구법인은 2003년～2005년 부가가치세 신고시 매입세금계산서상의 공통 매입세액을 구분하여 부가가치세법에 따라 산정한 금액을 매입세액 불공제하였음이 국세통합전산망에 의하여 확인되다. 2) 이 건 심리기간 중 주요 매입세금계산서를 검토한 바 과세관련 매입세액(광고대행 수수료, 골프관련 행사비, 교환광고비 등)은 10,890,494천원으로, 면세관련 매입세액(신문운송료, 신문판매지사 임대료 등)은 2,457,221천원으로, 공통매입세액(신문인쇄비용, 신문용지 구입비 등)은 21,509,630천원으로확인된다.
3. 따라서, 과세관련 매입세액과 면세관련 매입세액이 세금계산서에 의하여 확인되는 이 건의 경우 부가가치세법 관련규정에 따라 공통매입세액에 의한 매입세액불공제 금액을 산정한 바 당초 청구법인이 신고한 금액과 일치하고 있음이 확인된다.
4. 사실이 이와 같다면 처분청이 세금계산서의 내용을 확인하지 아니한 채 장부 및 증빙서류가 없다는 사유로 매입세액 전체를 공통매입세액으로 보아 관련 매입세액을 불공제한 이 건 처분은 취소함이 타당하다고 판단된다.
이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.