민원으로 가동중단된 발전소를 감가상각대상인 유휴자산으로 볼 수 있는지

×× 세무서장이 2008.10.1. 청구법인에게 경정․고지한 2003 ～2007 사업년도 법인세 14,039,622,630원은

1. 처분청이 ○○○○발전소의 고정자산 등에 대해 손금불산입한 감가상각비 17,726,244,658원(2003사업연도 3,855,023,433원, 2004사업연도 3,677,175,375원, 2005사업연도 3,523,312,374원, 2006사업연도 3,391,083,171원, 2007사업연도 3,279,650,305원)은 이를 손금에 산입하고

2. 처분청이 사회간접자본투자준비금 대상이 아닌 것으로 보아 손금불산입한 사회간접자본투자준비금 설정액 9,344,702,600원(2003사 업연도 4,614,569,250원, 2004사업연도 4,730,133,350원) 과 그에 따라 익금불산입한 4,653,090,617원 (2006사업연도 1,538,189,750원, 2007 사업연도 3,114,900,867원)은 이를 각각 손금 산입 및 익금산입하여 청구법인의 2003～2007사업연도 법인세 과세표준과 그 세액을 경정합니다.

청구법인은 2001.4.2.

○○ 산업구조개편촉진에 관한 법률에 의하여

○○○○ 공사로부터 물적분할된 법인으로 2001.3.17. 이후 가동이 중단된 ○○○○발 전 소의 고정자산에 대한 감가상각비 17,726,244,658원(2003사업연도 3,855,023,433원, 2004사업연도 3,677,175,375원, 2005사업연도 3,523,312,374원, 2006사업연도 3,391,083,171원, 2007사업연도 3,279,650,305원, 이하 󰡒쟁점감가상각비󰡓라 한다)과 2003～2004사업연도 중

○○ 5, 6호

○○○ 발전소 등의 전원설비를 취득하기 위한 도급공사와 관련하여 지출한 인건비 등 186,894,052,000원(2003사업연도 92,291,385,000원, 2004사업연도 94,602,667,000원, 이하󰡒쟁점인건비 등󰡓이라 한다)에 대하여 설정한 사회간접자본투자준비금 9,344,702,600원 (2003사업 연도 4,614,569,250원, 2004사업연도 4,730,133,350원, 이하󰡒쟁점투자준비금󰡓이라 한다)을 손금에 각각 산입하였다. ××지방국세청장은 처분청에 대한 세무조사를 실시하여 청구법인 산하

○○

○○ 발전소의 고정자산에 대하여 이를 법인세법상 유휴자산이 아닌 것 으로 보아 쟁점감가상가비를 손금불산입하고 쟁점인건비 등을 사회간접자본투자 준비금 대상이 아닌 것으로 보아 쟁점투자준비금을 손금불산입하는 등으로 청구법인에게 2003～2007사업연도의 법인세 14,039,622,630원을 경정 ․고지하였다. 청구법인은 쟁점감가상각비 및 쟁점투자준비금 손금불산입 처분에 불복하여 2008.12.31. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 쟁점감가상각비에 대한 청구주장 1)

○○○○발전소는 1990.12월부터 가동해오다가 지역민원등으로 일시적인 가동중단상태에 있으나 정부와 청구법인은 동 발전소 재가동을 위해 가능한 모든 수단을 동원하여 노력하는 과정에 있다. 가)

○○○○ 발전소는 청구법인이 2001.4.2. 분할설립하기 직전인 2001.3.17.에

○○ 천

○○○ 로 횡단공사 및 계획예방정비공사(정기점검 보수 공사)로 인해 발전방 류를 일시적으로 중단하였으며 이후 지자체 및 환경 단 체 등의 반발로 인해 현재까지 발전방류를 재개하지 못하고 있으나

• 나) 청구법인은 발전방류를 중단한 이후에도 지속적인 유지․보수 활동 등을 통하여 민 원 등이 해결되어 발전 재개가 결정되는 경우, 즉시 재가동이 가능 한 상태를 유지하고 있다. 다) 특히, 청구법인은 국무총리실․산자부등과 협력하여 민원을 해결하고자 하는 노 력을 다각도로 끈질기게 전개해오고 있으며 발전재개를 위한 홍보활동도 적극적으로 펼치고 있는 바 그 결과 최근에 발전재개를 지지하는 시민단체가 창립되는 등 발전소 재가동의 필요성 등에 대한 공감대가 확산되고 있는 바 만일 재가동을 전제로 하는 것이 아니라면 정부나 청구법인의 이러한 일련의 끊임없는 노력과 활 동은 굳이 필요없는 것이다. 2) 1990년 12월부터 운전중이던

○○○○ 발전소의 발전설비는 외부요인 에 의해 일 시적으로 가동중단상태에 있으나 상시 재가동이 가능한 상태를 유지하고 있다.

• 가) 처분청은 청구법인이 실시한 장기휴지보존공사를 통해 설비를 해체하였으므로 이 를 유휴설비로 볼 수 없다고 판단하였으나 이는 발전설비에 대한 장기휴지보존공사의 기술적인 성격 등에 대한 이해부족에서 오는 사실관계 오인에서 비롯된 것이다.
• 나) ○○○○발전 설비의 장기휴지보존공사는 기본적으로

○○○○ 「

○○ 댐 문제해결을 위한 용역」시행 결과 상당기간동안 발전중단이 불가피하다고 판단하고, 고가의 장비이면서 정밀기기 성격을 갖는 발전설비에 대한 최적의 보존방안을 수립하여 발전 주기기 및 보조기기의 부식, 변형방지 및 성능을 유지․보존함으로써, 향후 발전 재개시 설비손상을 최소화하고 신속히 조립․복구할 수 있게 사전 대비하여 안정적인 전력공급에 만전을 기하기 위해 시행된 것이다. 다) 처분청은 청구법인이 고가의 발전설비가 손상되거나 녹슬지 않게 분해 점검 정비하여 윤활유 도포를 통한 방청처리 후 보존하다가 발전소 재가동 결정이 있으면 즉시 가 동이 가능한 상태로 결합시킬 수 있도록 보존처리한 것을, 마치 사용 중 철거하여 사업에 사용하지 않 는 기계 및 장치로 오해하였는 바, 만일, 재가동을 전제로 하지 않는다면 굳이 녹슬지 않게 일일이 보존처리 할 이유가 없다. 라) 법인세법 시행규칙 제12조 제2항 제1호 에 규정된 “사용 중 철거하여 사업에 사용하지 아니하는 자산”으로 보기 위해서는 매각이나 폐기방침 등을 확정하거나 제품의 단종 등으로 향후 재사용이 불가능한 객관적인 사실이 존재하여야 할 것이나 청구법인은 그동안 수차례 발전기 재가동을 준비하였고, 지자체 등과의 갈등을 해결하기 위해 협의체를 구성하여 대책을 협의하고 연구기관에 관련 용역을 의뢰하는 등 발전재개를 위해 꾸준히 노력하여 왔 으며, 사업폐지나 매각 등의 방침을 확정했던 사실도 없고 발전소 운영의 경 제성이나 기술적인 면에서도 발 전을 영구 중지하는 것이 합리적이라는 결정이 내려진 바도 없으며, 청구법인은 ○○○○발전소 재가동에 대비하여 2001.3월 발전 중단 이후에도 발전소 조직을 유지(정원은 다소조정)하고 발전재개 노력의 일환으로 홍보팀을 발족하여 운영하고 있다.

3. 기업회계기준 및 관행에 비추어 잘못된 것이 없다. 가) 법인세법 제43조 의 규정에 의하면 법인의 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산․ 부 채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정․타당하다 고 인정 되는 기업회계의 기 준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하 여 온 경우에는 세법에서 달리 규정 하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따라야 한다. 나) 법인세법 시행령 제24조 에서 규정한 상각 가능한 유휴자산은 앞에서 살펴본 기 업 회계 기준서 제5호 문단 41 에 규정한 “장래사용을 재개할 예정인 유형자산”과 맥 락을 함께하여 영업외비용으 로 그 상각비를 계상 할 수 있고, 법인 세법 시행규칙 제12조 에서 규정한 “사용 중 철거하여 사업에 사용하지 아니하는 기계 및 장치”는 기 업회계 기준서에서 규정한 “사용을 중단하고, 처분 또는 폐기할 예정인 유형 자산”과 맥락을 같이 하는 것이다.

• 다) 법인세법에서 운휴자산에 대한 상각비의 손금인정 여부에 대한 추가적인 명 확한 조 문이 존재하지 않는 이상 기업회계 기준서의 관련 내용을 준용하여야 한다.
• 라) 청구법인은 매사업연도말 결산시 강릉수력의 향후 사용가능성을 검토하여 처 분, 폐 기 예 정이 없음을 확인하여 해당자산을 투자자산으로 대체하지 아니하 여 왔었고 외부감사인도 청구법인의 회계처리를 인정하였는 바 법인세법에서 규정한 감가상각제외 자산에 해당하지 않는 동시에 기 업회 계 기준에 따라 영업외비용으로 상각비를 계상할 수 있는 “장래 사용을 재개할 예정인 유형 자 산”에 해 당하는 강릉수력발전소의 감가상각비에 대한 청구법인의 회계처리 는 잘못된 것이 없다.
• 나. 쟁점투자준비금에 대한 청구주장

1. (구) 조세특례제한법 제28조 제1항 및 동법시행령 제25조의 규정에 의하면, 청구법인이 전원개발촉진법 제2조 제1호 에 규정하는 전원설비를 건설하는 경우 당해사업연도에 사회간접자본 (청구법인의 경우 전원설비)에 투자한 금액의 5% 상당액 범위 안에서 이를 당해사업년도 손금에 산입할 수 있는 바 이때 사회간접자본에 투자한 금액을 적용함에 있어 “투자금액의 범위”에 대한 명시규정을 같은 조항에서 규정하고 있지는 않으나 사회간접자본투자준비금 손금산입규정(제28조)과 함께 같은 법 제4절(투자촉진을 위한 조세특례)에 속한 투자관련 조항의 하나인 임시투자세액공제(제26조)와 관련한 유권해석 등을 준용할 수 있다. 2) 조세특례제한법 제26조 에 규정된 임시투자세액공제를 적용함에 있어, “투자금액의 범위”에는 같 은 법 시행규칙 제3조의 사업용 자산 매입가액 외에 동 자산취득을 위해 직접 지출된 기타 부대비용 중 법인세법시행령 제72조 제1항 규정에 따라 취득가액으로 계상되는 금액을 포함 하는 것“으로 해석(법인 46012-227, 2003.4.4) 하고 있고, 당해 법인이 건설회사에 도급을 주어 건물을 신축하면서 그 공사기간동안에 지출한 임직원 에 대한 급여 및 각종 비용이 당해 건물의 신축으로 인하여 발생한 경우에는 이를 건물의 취 득가액에 포함하는 것“으로 보고 있는 바 청구법인이 원자력발전설비(SOC)건설과 관련하여 발생한 본부 및 건설현장 기술직 직원 등의 인건비등 일반관리비는 전원설비 자산취득을 위하여 직접 지출된 기타부대비용으로서 법인세법 제41조 및 동법시행령 제72조 제1항의 규정에 의하여 자산의 취득원가에 해당되며, 이는 위의 예규 등에 따라 사회간접자본에 투자한 금액으로 보아야 한다. 즉, 건설 사업장의 인건비등 일반관리비는 건설원가에 자본화되었고 이렇게 취득원가를 구성하는 금액은 당연히 투자준비금 설정대상이다.

• 다. 전원설비 보강공사에 지출한 금액의 손금산입에 대한 청구주장 1) 전원설비의 보강공사, 개량․교체공사에 지출한 금액은 사회간접자본투자준비 금 설정대상 투자에 해당한다는

○○○○ 공사에 대한 최근 국세심판례(국심2005 서102, 2007.02.15)에 의하면 전원설비에 대한 신․증설 뿐만 아니라 보강공사 개량․교체공사에 지 출한 금액도 투자준비금 손금산입 대상으로 인정하여야 한다고 결정하였는 바 청구법인은 위 심판례와 성격이 똑같은 자본적 지출에 대해서는 투 자준비금 계상시 이를 포 함 시키지 않았으므로, 전원설비건설 관련 인건비 등 일반관리비를 손금산입대상 투자금액에서 제외시킨다고 하더라도 전원설비보강공사 등은 손금산입이 가능한 투자에 해당되므로 이를 함께 검토하여 기 설정된 투자준비금 손금부인여부를 판단하여야 한다. 3) 조세특례제한법 제28조 에서 사회간접자본투자준비금은 당해 사업연도에 사회간접자본에 투자한 금액에 5% 를 적용하여 산출한 금액의 범위 안에서 손금 산입할 수 있도록 규정하고 있는바, 여 기서 “투자한 금액”은 특정 지출항목에 국한되는 것이 아니고 사회간접자본에 투자한 금액 자체 를 대상으로 하는 것이기 때문에, 당초 청구법인이 계상한 투자금액이 손금산입대상이 아니라면, 국세심판례에서 인정한 전원설비보강공사금액 등을 사회간접자본투자금액으로 하여 동 규정을 적용할 수 있다.

4. 따라서, 당초 계상한 전원설비건설관련 인건비 등 일반관리비에 의한 투자준비 금보다 전원설비보강공사에 지출된 금액을 적용한 금액이 더 크게 나타나므로, 이건 투자준비금 손금부인에 따른 법인세 추징은 타당하지 않다.

• 가. 쟁점감가상각비 에 대한 의견 1) 청구법인은 ○○○○발전소를 가동하다가 일시적인 가동 중단상태에 있다고 주장하나, ○○○○공사에서 분할되기 전부터 ○○주민들의 민원제기로 인하여 현안 해결원칙 합의시까지 발전정지를 약속(’01.3.29)한 상태로 이미 가동할 수 없는 상황에서 분할시 인수하여 전혀가동한 사 실이 없고 2) 분할시 인수한 자산에 대한 취득시점을 업무무관자산은 분할시점을 신규취득으로 기산하여 법인세 신고를 한 사실이 확인됨에도

○○○○ 발전설비의 취득시기는 분할전

○○○○ 공사가 준공한 때를 취득시점으로 보아 분할전에 가동한 사실을 가지고 청구법인이 가동하던 것처럼 주장하는 것은 회계처리에 대한 일관성이 없다고 할 수 있고, 청구법인(분할신설법인)과

○○○○ 공사(분할법인)와는 엄격히 다른 법인이므로 분할시점을 신규 취득시점으로 보아야 할 것이다. 3) ‘일시적’이라 함은 사전적으로는 ‘짧은 한때나 한동안 또는 그런것’을 의미하고 법인세법상 일시적 가동중단시 감가상각을 할 수 있게 한 취지는 수익창출을 위하여 사용중이던 설비 등을 수선이나 경제적 여건 등의 고려로 잠시 중단하였다가 다시 사용하는 경우를 의미하며 취득 후 전혀 사용하지 않은 자산까지 감가상각하라는 의미는 아니며, 또한, 청구법인이 회계처리시 ’02사업연도부터 장기운휴자산 상각비로 분류하는 등 이미 일시적이 아님을 인지하고 있었음에도 일시적 사용중단이라고 주장하는 것은 모순이다. 4) 발전소 가동을 위한 노력을 하고 있다고 주장에 대하여 가동을 노 력하 는 것과 실제 가동을 하는 것과는 별개의 문제로 현재까지도 전 혀 가동한 사실 없이 발전설비를 해체․분리하여 보관중에 있는 것으로 확인되며 ‘상시 재가동이 가능하다’는 의미는 설비의 상태 뿐만 아니라 청구법인의 의사에 따라 가동여부를 결정할 수 있는 상태를 의미하는 것이므로 청 구 법인이 ‘민원에 대한 현안 해결원칙 합의시’까지 발전정지를 약속하여 민원이 해결될 때까지는 가동을 할 수 없으므로 상시 재 가동이 가능한 상태라고 할 수 없으며, ○○도, ○○주민 등과의 합의점을 찾아 민원이 해결된 후 청구법인이 발전설비의 가동시점을 결정할 수 있을 때 상시 재 가동이 가능하다고 할 수 있다. 5) 기업회계기준은 감가상각시 수익․비용의 적정대응을 위하여 강제 상각을 규정하여 감가상각방법 및 내용연수, 잔존가액 등 합리적․ 객관적 추정에 의한 폭넓은 선택을 허용하고 있으나, 법인세법상 감가상각제도는 결산조정사항으로 임의상각을 규정하여 조세회피의 수단으로 악용될 소지가 많아 과세의 공평을 위한 상각비의 최고한도액 규정 및 감가상각 계산요소, 상각방법, 내용연수 등을 법정화하여 기업의 자의성(추정)을 배제하고 있으며 또한, 감가상각은 고정자산의 시 장가치가 감소한 것을 인식하는 자 산평가과정이 아니라 특정기간 동안 사용된 고정자산의 원가를 그 자산의 이용에 의해 창출된 수익에 대응시키는 원가배분과정 으로 기 업회계 및 법인세법상 수익․비용대 응 원칙과 일맥 상통하 는 것으로 볼 수 있는 바, 청구법인은 취득일 이후

○○○○ 발전설비를 가동하여 수익 창출에 기여한 적이 전혀 없고,

○○ 도와

○○ 주민들의 발전소 폐쇄를 주장하는 상 황에서 장래 발전설비의 가동여부도 알 수 없는 데도 취득 후 전혀 사용하지 않고 장기간 보관된 설비에 대하여 장래사용을 재개할 예정이라는 자의적인 판단에 의하여 감가상각비를 계상한 것은 법인세법상 감가상각제도의 취지에 위배된다.

• 나. 쟁점투자준비금에 대한 의견 1) (구) 조세특례제한법 제28조 는 사회간접자본 투자준비금의 손금산입을 규정하면서 대통령령이 정하는 시설을 건설하는 법인으로 요건에 해당되는 법인에 대하여 준비금 손금산입을 하도록 하고 있고, 같은법 시행령 제25조 제1항 제2호에서 전원개발촉진법 제2조 제1호 에 따라 “전원설비”만을 손금산입대상 시설로 규정하고 있으며, 전원개발촉진법 제2조 는 손금산입대상 시설이 되는 “전원설비”를 발전 및 송변전을 위한 전기사업용 전기설비와 그 부대시설이라고 규정하는 한편 “전원개발사업”이라 함은 전원설비를 설치․개량하는 사업과 설치되거나 설치된 전원설비의 토지 등을 취득하거나 사용권원을 확보하는 사업이라고 규정하고 있다. 2) 청구법인은 조세특례제한법 제26조 에 규정된 임시투자세액공제와 관련한 유권해석 등을 준용하여 “투자금액의 범위”를 사업용 자산 매입가액 외에 동 자산취득을 위해 직접 지출된 기타 부대비용 중 법인세법시행령 제72조 제1항 규정에 따라 취득가액으로 하여야 한다고 주장하나 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는 바(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392판결등 참조) (구) 조세특례제한법 제28조 제1항 및 (구) 조세특례제한법시행령 제25조 제1항 제2호 가 전원개발촉진법 제2조 제1호 만을 규정하고 있을 뿐 같은 조 제2호를 포함하고 있지 아니한 사정 등을 종합하면 (구) 조세특례제한법 및 (구) 조세특례제한법시행령상의 사회간접자본 시설에 투자된 금액이라 함은 전원개발촉진법 제2조 제1호 에 규정된 시설에 투자된 금액만을 의미하는 것일 뿐, 같은 조 제2호의 사회간접자본시설사업에 투자된 금액까지를 포함하는 것으로 해석할 수는 없다 할 것이다. 3) 전원개발촉진법 제2조 【정의】의 규정에 의하면 “전원설비”는 전기 사업용 전기설비와 그 부대시설을 의미하고 있으며, 전기사업법 제2조 【정의】 제15호에서 “전기사업용 전기설비”는 전기설비 중 전기 사업자가 전기사업에 사용하는 전기설비를 말한다고 규정되어 있고, 전원개발촉진법 제2조 【정의】는 “전원개발사업”이란 상기 “전원설비”를 설치․개량하는 사업, 설치되거나 설치된 전원설비의 토지 등을 취득하거나 사용권원을 확보하는 사업이라고 규정하고 있으며, 한국전력공사는 “전원개발사업”이란 국가의 기초에너지원인 전력을 생산․수송․배분하는 발전소, 송전선로 및 변전소를 건설하기 위한 사업이라고 명시하고 있다. 4) 청구법인의 2003～2004사업연도 법인세 신고내역을 살펴보면, 용지비, 비품비 등을 제외한 전원설비에 투자한 금액을 설정률 5%의 한도액으로 사회간접자본 투자준비금을 아래와 같이 손금산입 하였는 바, 처분청은 전원설비 투자금액 중 전기발전설비와 그 부대시설 공사 관련 도급비용을 제외한 청구법인의 종업원 급여, 감가상각비 등 일반관리비에 대한 준비금 설정액을 손금불산입 처분하였다. 【2003～2004년도 사회간접자본투자준비금 설정액 현황】 (단위: 백만원) 구 분 2003년 2004년 투자금액 준비금설정액 (투자금액×5%) 투자금액 준비금설정액 (투자금액×5%) 총투자비용 1,017,522 49,203 844,984 41,240 전원설비 소 계 984,071 49,203 824,803 41,240 도급공사비용 891,780 44,589 730,201 36,510 일반관리비 92,291 4,614 94,602 4,730 비전원설비 33,451

• 20,181

• ․ 도급공사비용은 원자로설비, 주설비공사, 부대시설공사 등과 관련한 공사 금액임(신규 원자력발전소 공사는 공사단위별로 도급을 주어 진행) ․ 일반관리비는 공정․안전관리 등 관리감독 업무 와 관 련 한 인건비, 감가상각비, 세금과 공과 등의 비용으로 각 신규 원자력발전소 공사현장별로 본부비/ 건 설소비/시운전비/해외사무소비의 단위사업으로 구분됨. ․ 비전원설비: 용지비, 조경공사, 비품비 등

5. 또한, 청구법인은 원자력발전소 건설에 필요한 원자로, 터빈발전기, 주설비, 종합설계 등 각종 공사를 도급을 주고 있으며, 청구법인은 이러한 전체 도급공사를 관리․감독하는 업무를 담당하고 있는데 “도급공사비용”은 전원개발촉진법 제2조 제1호 에 규정하는 전기사업용 전기설비 및 그 부대시설인 "전원설비"에 투자하는 금액에 해당되나, 쟁점 “일반관리비”는 동법 제2조 제2호에 규정하는 "전원개발사업"에 투자된 금액을 의미 하는 것으로 "전원설비"에 포함하는 것으로 해석할 수는 없다 할 것이므로 청구법인의 주장은 이유없다. 6) 청구법인은 조세특례제한법 제28조 의 사회간접자본에 투자한 금액을 적용함에 있어 "투자금액의 범위"를 투자관련 조항의 하나인 조세특례제한법 제26조 임시투자세액공제와 관련한 유권해석 등을 준용할 수 있다는 주장을 하고 있으나 조세법규의 해석은 법문대로 해석하여야 하며, 엄격하게 해석하여야 하는 것이 타당할 것이며, 도급공사의 경우에는 발주회사의 신축관련 접대비 및 건설에 종사하는 종업원의 급여 및 도급계약 감독을 위한 인건비 등은 임시투자세액공제가 적용되지 아니한 예규(법인1264.21-4146)로 보아 공제대상에 포함되지 아니한 것으로 보아야 한다.

• 다. 전원설비 보강공사에 지출한 금액의 손금산입에 대한 의견 전원설비의 보강공사에 지출한 금액을 추가로 손금산입하는 것은 사회간접자본 투자금액 중 일반관리비는 투자금액의 범위에 해당하지 아니하여 손금불산입한 이 건 과세와는 무관하며, 조세특례제한법 제28조 의 규정에 의하면 사회간접자본에 투자한 금액에 100분의 5를 곱하여 산출한 금액의 범위 안에서 손금에 산입한다고 되어 있는 데 당초 청구법인은 이를 투자대상으로 보지 아니하여 손금산입하지 아니하였으며, 법인세법 제61조 의 규정에 의하면 사회간접자본투자준비금은 이익처분에 의한 신고조정 사항으로 규정하고 있으므로 청구법인의 주장은 이유 없다.

① 취득이후 가동이 중단된 ○○○○발전소의 고정자산을 감가 상각자산에 해당되는 유휴설비로 볼 수 있는지 여부

② 전원설비를 취득하기 위해 지출한 도급공사 관련 인건비 등이 사회간접 자본투자준비금 손금산입 대상인지 여부

③ 기 설정된 투자준비금 범위내에서 전원설비의 보강공사에 지출 한 금액을 손금산입할 수 있는지 여부(쟁점②의 예비적청구)

• 나. 관련법령 《쟁점① 관련법령》 1) 법인세법 제23조【감가상각비의 손금불산입】

① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 이를 손금으로 계상(결산을 확정함에 있어서 손비로 계상하는 것을 말한다. 이하 같다)한 경우에 한하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "상각범위액"이라 한다)의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의한 고정자산은 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산으로 한다. 2) 법인세법 시행령 제24조【감가상각자산의 범위】

② 감가상각자산은 다음 각호의 자산을 포함하지 아니하는 것으로 한다.

1. 사업에 사용하지 아니하는 것(유휴설비를 제외한다)

3. 시간의 경과에 따라 그 가치가 감소되지 아니하는 것 3) 법인세법 시행규칙 제12조【감가상각자산의 범위】

② 영 제24조 제2항 제1호의 규정에 의하여 감가상각자산에 해당되는 유휴 설비에는 다음 각호의 기계 및 장치등이 포함되지 아니하는 것으로 한다.

1. 사용중 철거하여 사업에 사용하지 아니하는 기계 및 장치등

2. 취득후 사용하지 아니하고 보관중인 기계 및 장치등

4. 법인 22601-2043(1990.10.26) 사업에 공하던 생산설비가 일시적으로 가동중단상태에 있으나 상시재가동이 가능한 상 태에 있는 경우에는 법인세법시행령 제60조 (구법조항)의 규정에 의한 유휴설비로 보아 감가상각대상자산에 포함하는 것임(서면2팀-350, 2004.3.3, 서면2팀-1971, 2005.12.5. 같은 뜻임)

5. 법인 46012-1503(1998.6.9) 기존 설비의 특별수선 완료 후 조업의 일시중단으로 인하여 당해자산의 운휴기간 중에 발생하는 감가상각비는 손금에 산입할 수 있음.

6. 서이 46012-11751(2002.9.19) 생산설비를 가동중단하고 그 생산설비를 매각하기 위하여 보관하고 있는 경우 그 생산설비는 감가상각자산에 해당하지 아니하는 것임.

7. 심사법인 1998-386(1999.2.5) 사업에 직접 사용하던 도금시설을 경기불황 등의 사유로 거래주문이 끊기고 사업성이 떨어져 가동하지 않더라도 철거하여 처분하지 않은 사업용 고정자산의 경우 감가상각대상자산으로 봄.

8. 기업회계기준서 제5호 문단 41 내용연수 도중 사용을 중단하고, 처분 또는 폐기할 예정인 유형자산은 사용을 중단한 시점의 장부가액으로 표시한다. 이러한 자산에 대해서는 감가상각을 하지 않는 대신 투자자산으로 재분류하고, 감액손실 발생여부를 매 회계연도 말에 검토한다. 내용연수 도중 사용을 중단하였으나, 장래사용을 재개할 예정인 유형자산에 대해서는 감가상각을 하되, 그 감가상각비는 영업외비용으로 한다. 9) 서이46012-10405 (2001.10.23) 분할 신설(분할 합병)법인이 분할 법인(소멸한 분할 합병의 상대방법인 포함)으로부터 승계받은 부동산에 대한 업무무관자산 유예기간 기산일은 분할 에 의한 소유권이전등기일임.

10. 서면2팀-1155 (2008.6.10) 법인세법 제46조 제1항 각호의 요건을 갖추어 장부가액으로 자산ㆍ부채를 승계한 분할신설법인이 승계한 자산의 감가상각 범위액을 계산함에 있어 해당 자산의 취득가액은 법인세법 시행령제26조 제2항 및 동법 시행령 제72조 제1항 제3호에 따라 장부에 계상한 승계가액으로서 분할법인의 감가상각 누계액이 포함되지 않은 장부상 취득가액을 기준으로 상각율을 곱하여 계산하는 것임. 《쟁점② 관련법령》 1) 조세특례제한법 제28조 【사회간접자본투자준비금의 손금산입】

① 도로·항만등 대통령령이 정하는 시설(이하 이 조에서 "사회간접자본"이라 한다)을 건설하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인이 2006년 12월 31일이전에 종료하는 사업연도까지 투자준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 사업연도에 사회간접자본에 투자한 금액에 100분의 5를 곱하여 산출한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

② 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 투자준비금은 다음 각호에 따라 이를 익금에 산입한다.

1. 당해 투자준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일이후 3년이 되는 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 사회간접자본을 건설하는데 소요 된 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 사업연도 부터 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 당해 사업연도의 월수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

2. 손금에 산입한 준비금이 제1호의 규정에 의하여 익금에 산입할 금액을 초과하는 때에는 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일이후 3년이 되는 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다. 다만, 준비금을 손금에 산입한 후 사업계획 등이 변경되어 사회간접자본투자에 사용하지 아니하게 된 금액은 그 3년이 되는 날이 속하는 사업연도가 도래하기 전에 이를 익금에 산입할 수 있다.

③ 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 투자준비금계정의 금액이 있는 법인에게 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금에 산입하지 아니한 투자준비금계정의 전액을 익금에 산입한다.

2. 법인이 해산한 때. 다만, 합병 또는 분할로 인하여 해산하는 경우로서 합병법인, 분할로 인하여 신설되는 법인 또는 분할합병의 상대방법인이 당해 투자준비금계정의 금액을 승계한 때에는 그러하지 아니하다. 2) 조세특례제한법시행령 제25조【사회간접자본투자준비금의 손금산입】

① 법 제28조 제1항의 규정에 의한 사회간접자본시설은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

2. 전원개발에관한특례법 제2조 제1호의 규정에 의한 전원설비

② 법 제28조 제1항에서 "대통령령이 정하는 법인"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 법인을 말한다.

2. 한국전력공사법에 의하여 설립된 한국전력공사 2의2. 전력산업구조개편촉진에관한법률에 의하여 한국전력공사로부터 분 분할되어 설립된 신설회사 3) 전원개발촉진법 제2조 【정의】(2003.12.30. 개정전) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.

1. “전원설비”라 함은 발전 및 송변전을 위한 전기사업용 전기설비와 그 부대시설을 말한다.

2. “전원개발사업”이라 함은 전원설비를 설치 또는 개량하는 사업을 말한다. 4) 전원개발촉진법 제2조 【정의】(2003.12.30. 개정) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.

1. “전원설비”라 함은 발전 및 송변전을 위한 전기사업용 전기설비와 그 부대시설을 말한다.

2. “전원개발사업”이라 함은 다음 각목의 1에 해당하는 사업을 말한다.

• 가. 전원설비를 설치ㆍ개량하는 사업
• 나. 설치되거나 설치된 전원설비의 토지등을 취득하거나 사용권원을 확보하 는 사업

3. “전원개발사업실시계획”이라 함은 정부의 전력수급기본계획에 따른 전원개 발사업의 실시에 관한 세부계획을 말한다.

4. “토지등”이라 함은 토지ㆍ건물 또는 토지에 정착한 물건과 이에 관한 소유권 외의 권리ㆍ광업권ㆍ어업권 및 물의 사용에 관한 권리를 말한다. 5) 전원개발촉진법 시행령 제3조 【부대시설】 법 제2조 제1호에서 “부대시설”이라 함은 다음 각호의 시설을 말한다.

1. 발전 및 송ㆍ변전을 위한 전기사업용 전기설비(이하 “전기사업용 전기설비”라 한다)를 설치, 운용하기 위한 건물 ㆍ구축물과 그 부속시설

2. 전기사업용 전기설비와 제1호의 시설의 설치ㆍ운용을 위한 용수(생활용수ㆍ지하수 및 해수를 포함한다)시설ㆍ송유시설ㆍ회처리장ㆍ재료적치장ㆍ방사성폐기물관리시설과 그 부속시설

3. 제1호 및 제2호의 규정에 의한 시설의 설치ㆍ운용에 종사하는 자를 위 한 숙소와 그 부속시설 6) 전기사업법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. "전기사업"이라 함은 발전사업·송전사업·배전사업·전기판매사업 및 구역전기사업을 말한다.

2. "전기사업자"라 함은 발전사업자·송전사업자·배전사업자·전기판매사업자 및 구역전기사업자를 말한다.

14. "전기설비"라 함은 발전·송전·변전·배전 또는 전기사용을 위하여 설치하는 기계·기구·댐·수로·저수지·전선로·보안통신선로 기타의 설비(댐건설 및 주 변지역지원 등에 관한 법률에 의하여 건설되는 댐 및 저수지와 선박·차량 또는 항공기에 설치되는 것 기타 대통령령이 정하는 것을 제외한다)로서 다음 각목의 것을 말한다.

• 가. 전기사업용 전기설비

15. "전기사업용전기설비"라 함은 전기설비중 전기사업자가 전기사업에 사용하는 전기설비를 말한다. 7) 법인세법 제41조 【자산의 취득가액】

① 내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 제조·생산 또는 건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산은 제작원가에 부대비용을 가산한 금액

3. 제1호 및 제2호외의 자산은 취득당시의 대통령령이 정하는 금액

② 제1항의 규정에 의한 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가 액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 8) 법인세법시행령 제72조 【자산의 취득가액 등】

① 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산：매입가액에 취득세ㆍ등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산ㆍ건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산：원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액

3. 현물출자ㆍ합병 또는 분할에 의하여 취득한 자산: 장부에 계상한 출자가액 또는 승계가액. 다만, 그 가액이 시가를 초과하는 경우에는 그 초과금액을 제외하고, 제61조제2항 각호의 1에 해당하는 금융기관의 기획재정부령이 정하는 금전채권 등의 경우에는 피합병법인 등의 장부가액으로 한다.

4. 현물출자, 채무의 출자전환, 합병 또는 분할에 의하여 주주 등이 취 득한 주식 등：취득당시의 시가. 다만, 제15조제4항 각 호의 요건을 갖춘 채무의 출자전환으로 취득한 주식 등은 출자 전환된 채권(법 제34조제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 채권을 제외한다)의 장부가액으 로 하고, 합병 또는 분할(물적 분할을 제외한다)의 경우에는 종전의 장 부가액에 법 제16조 제1항 제5호 또는 동항 제6호의 금액 및 제11조제9호의 금액을 가산한 가액으로 한다.

5. 제1호 내지 제4호외의 방법으로 취득한 자산：취득당시의 시가 9) 조세특례제한법 제4조 【중소기업투자준비금의 손금산입】

① 대통령령이 정하는 중소기업(이하“중소기업”이라 한다)을 영위하는 내국인이 2003년 12월31일 이전에 종료하는 과세연도까지 다음 각호의 1에 해당하는 자산(이하 이 조에서 “사업용자산등”이라 한다)의 개체 또는 신규취득에 소요되는 자금에 충당하기 위하여 투자준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 과세연도 종료일 현재의 사업용자산등의 가액에 100분의20을 곱하여 산출한 금액의 범위안에서 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

1. 기계장치 등 대통령령이 정하는 사업용자산(이하 “사업용자산”이라 한다) 10) 법인 46012-1893 (1998.7.9) 당해 법인이 건설회사에 도급을 주어 건물을 신축하면서 그 공사기간동안에 지출한 임직원에 대한 급여 및 각종 비용이 당해 건물의 신축으로 인하여 발생한 경우에는 이를 건물의 취득가액에 포함하는 것임. 11) 법인 46012-227 (2003.4.4) 조세특례제한법 제26조 규정의 임시투자세액공제를 적용함에 있어 “투자금액의 범위”에는 같은 법 시행규칙 제3조의 사업용 자산 매입가액 외에 동 자산취득을 위해 직접 지출된 기타 부대비용 중 법인세법시행령 제72조 제1항 규정에 따라 취득가액으로 계상되는 금액을 포함하는 것임.

12. 서울고등법원 2007누26218(2008.09.24) 전원설비에 투자된 금액이라 함은 시설에 투자된 금액만을 의미할 뿐 토지 구입비 및 조경공사비는 전원설비에 해당하지 아니하므로 사회간접투자준비금을 손금 산입한 것은 부당함

13. 법인1264.21-4146(1982.12.07) 도급공사의 경우 신축에 관련된 접대비 및 건설에 종사하는 종업원의 급여는 조세감면규제법 제72조의 제1항 규정에 의한 임시투자세액공제가 적용되지 아니함. 《쟁점③ 관련법령》 1) 조세특례제한법 제28조 【사회간접자본투자준비금의 손금산입】

① 도로․항만등 대통령령이 정하는 시설(이하 이 조에서 “사회간접자본”이라 한다)을 건설하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인이 2006년12월31일 이전에 종료하는 사업연도까지 투자준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 사업연도에 사회간접자본에 투자한 금액에 100분의 5를 곱하여 산출한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. 2) 조세특례제한법 제4조 【중소기업투자준비금의 손금산입】

① 대통령령이 정하는 중소기업(이하“중소기업”이라 한다)을 영위하는 내국인이 2003년 12월31일 이전에 종료하는 과세연도까지 다음 각호의 1에 해당하는 자산(이하 이 조에서 “사업용자산등”이라 한다)의 개체 또는 신규취득에 소요되는 자금에 충당하기 위하여 투자준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 과세연도 종료일 현재의 사업용자산등의 가액에 100분의20을 곱하여 산출한 금액의 범위 안에서 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

1. 기계장치 등 대통령령이 정하는 사업용자산(이하 “사업용자산”이라 한다)

3. 국심 2005서102 (2007.2.15) 전원설비의 보강공사 및 개량․교체공사 등 자본적 지출액이 준비금 설정 대상인지 여부에 대하여 살펴보면, 조세특례제한법 제28조 제1항 은 사회간접자본투자준비금의 설정대상을 “사회간접자본에 투자”한 금액이라고만 규정하고 있고, 그 투자의 범위에 대하여 별도로 규정하고 있지 아니하고, 투자와 관련되어 세액공제를 규정한 조세특례제한법 제5조 (중소기업투자세액공제), 제26조(임시투자세액공제) 등에서는 “중고품에 대한 투자를 제외한다”고 규정하고 있으나, 투자와 관련되어 준비금의 손금산입을 규정한 조세특례제한법 제4조 (중소기업투자준비금의 손금산입)에서는 “자산의 개체 또는 신규취득에 소요되는 자금”으로 규정하여 자본적지출액을 포함하도록 규정하고 있으며, 사회간접자본에 대한 민간투자법(구 사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법) 제2조 제4호에서 사회간접자본시설사업이라 함은 사회간접자본시설의 신설․증설․개량에 관한 사업을 말한다고 규정하고 있고, 동법 시행령 제17조 제1항에는 사회간접자본시설사업의 총사업비를 “사회간접자본시설의 신설․증설 또는 개량에 소요되는 경비”라고 규정하고 있으며, 전원개발에관한특례법(현 전원개발촉진법) 제2조 제2호(현 제2호 가목)에서 전원개발사업이라 함은 전원설비를 설치 또는 개량하는 사업을 말한다고 규정하고 있어 세법상의 사회간접자본투자준비금의 손금산입 규정과 관련이 있는 다른 법령에서는 증설․개량 등 자본적 지출에 의한 취득을 모두 사회간접자본시설의 취득사업 즉, 투자로 보고 있음을 알 수 있다. 또한, 청구법인이 실시하는 개량 및 교체공사 또는 보강공사는 실질적인 의미에서 각각의 개별자산으로 관리하고 있는 고가의 보조기기를 신제품으로 대체하거나 그 내용연수를 연장시키는 공사로서 금액의 측면에서나 공사의 난이도 측면에서나 신규투자와 차별을 두어야 할 합리적인 이유를 찾기 어렵다고 판단된다. 따라서 처분청이 전원설비의 신․증설인 경우만 투자로 인정하고 기존시설의 개량․교체비용을 투자가 아니라고 하여 전원설비의 보강공사, 개량․교체공사에 지출한 금액에 대하여 투자준비금 설정 금액을 부인한 처분은 아무런 법적근거가 없는 것이라 할 것이므로 청구법인이 1999사업연도에 전원설비의 보강공사 및 개량․교체에 지출한 비용(금융비용 포함)은 투자준비금 설정대상으로 인정하여야 함 4) 법인세법 제61조 【준비금의 손금계상 특례】

① 내국법인이 조세특례제한법에 의한 준비금을 세무조정계산서에 계상하거나 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제3조의 규정에 의한 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 제29조의 규정에 의한 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액 상당액이 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 당해 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다. 5) 국세기본법 제45조 의 2 【경정등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한경과후 3년이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

《쟁점①관련》

1. 처분청이 손금불산입한 쟁점감가상각비 내역은 다음과 같다. 단위: 천원 사업연도 감가상각비 비 고 2003 3,855,024 2004 3,677,175 2005 3,523,312 2006 3,391,083 2007 3,279,650 계 17,726,244

2. 청구법인이 ○○○○공사로부터 분할 당시 ○○○○발전소의 주요자산 현황은 다음과 같다. 계장과목 금액 비고 토 지 1,624,297 건 물 3,227,173 구 축 물 78,392,491 기계장치 8,599,055 차량운반구 841 공구기구 15,685 비 품 11,866 선 박 1,639 댐사용권 2,331,402 합 계 94,204,449 단위: 천원

3. ○○○○발전소 발전설비 유지 관리 현황은 다음과 같이 확인된다.

• 가) 장기휴지 보존공사

(1) 수차발전기 및 보조기기별 해체, 정비 후 보관

(2) 소요기간: 2005.10.21.～12.19.(60일간, 2기)

(3) 관리현황 수차: 완전 분해 및 방청 처리 후 재설치 보관 중 발전기: 완전 분해 및 방청 처리 후 재설치 보관 중 각종 유압설비: 윤활유 및 조작유 배유 후 별도 보관 중 조속기 설비: 완전 분해 및 방청 처리 후 별도 보관 중 각종 보조설비: 각종 모타 및 MOV, 계측기, 카드 분해 후 방청처리 및 별도 보관 중

• 나) 고가의 정밀기기인 발전설비의 분해조립 절차 수차발전기 분해 순서 Generator & Aux. 설비 분해 ⇓ Runner & Aux. 설비 분해 ⇓ Turbine Shaft 분해 ⇓ Nozzle & Deflector, Aux. 설비 분해
• 다) 분해하여 보존처리하는 기술적인 이유 발전설비는 각종 회전체 및 중량물, 유압설비 등이 서로 기계, 전기적으로 연결되어 운용되는 Plant 설비로 장기간 사용을 하지 않을 경우 기기의 고착, 자체하중에 의한 변형, 각종 윤활유의 수분함유 등에 의한 변질 등 여러 가 지 문제가 발생할 수 있으므로 향후 발전재개시 설비손상 최소화 및 신속한 정상운전을 위하여 각종의 기기를 별도 분해하여 녹슬지 않게 방청처리한 후 보관
• 라) 발전재개 결정시 보존장비의 조립․복구에 소요되는 기간 발전재개시에는 우선 1대를 먼저 조립후 운전을 시행하면서 잔여호기를 조 립하는 공정으로 진행하며 재가동을 위해 분해․보존중인 설비를 1대 조립하는데 걸리는 시간은 약 15일 정도 소요
• 마) 유휴설비 상시관리를 위한 기술 인력

○○○○ 발전소는 재가동에 대비하여 2001.3월 발전중단 이후에도 발전소 조 직(2009.3월 현재 기술인력 6명 등 총 23명이 상근)을 유지

4. ○○○○발전소에 제기된 주요 민원현황은 다음과 같다.

• 가) ○○시 및 시민단체 주장 상수도 관련 보상요구로 시작하여

○○ 천 수질오염 피해보상 및 수질 개선을 요 구하며

○○지법 ○○지원에『발전방류수 방류금지 가처분 신청』2건 (‘99.6.3 ○○시장, ’99.10.7 시민단체 심○○외 93인) 제기 (11차 변론(‘00.11.7)후 소 취하, ○○시: ’06.10.10, 시민단체: ‘06.12.28)

• 나) ○○․××군 및 시민단체 주장 태풍 “루사” 및 “매미” 통과시

○○ 댐으로 인한 홍수피해 가중과 수질오염 피 해에 대한 보상 및 주장

5. 한편, 청구법인이 민원해결을 위하여 추진해온 사항은 다음과 같이 확인 된다. 가) 발전 정지

3. 29 ○○ 원자력사업단장 (초대 한○○ 사장)이 상경시위 대표 자 면담에서『현안 해결원칙 합의시까지 발전 잠정정지』구두 약속

• 나) ○○시

• 청구법인 실무협의 2001.4. 17.～12.

22. 까지 9차례 실무자간 협의했으나 의견차이로 미합의

• 다) 산자부 중재 회의

2. 5.～

7.

9. 까지 4차례 협의결과 가합의안 도출했으나 ○○시가 합 의서 서명을 거부

• 라) ○○시와 ○○댐 관련 협의

○○시(시장 ○○○) 및 ○○천살리기운동본부(대표 ☆☆☆) 방문 (‘03.8.1. 설명[회사협의(안) 원칙 동의])

• 마) ○○도와 ○○댐 관련 협의

○○댐 문제의 해결을 위한 공동 용역실시 원칙에 합의하고 면담 후속조치 및 산자부 주관 T/F활성화 협조 요청 공문발송(‘03.11.26) 바) 국무조정실 수질개선기획단 주관

○○ 댐 관련 실무협의(‘04.2.12, 3.18)결과 참석기관은 수질개선기힉단, 산자부, ○○도, 청구법인이며

○○ 댐 문제 해결을 위한 공동용역 수행 관련 협약서(안) 합 의

• 사) 국무조정실 주관관련기관 협약 체결(‘04.4.27) 협약기관은 국무조정실, 산자부, ○○도, 청구법인이며 ○○ 댐 문제 해결을 위한 공동 용역을 시행하고 그 결과에 이 의를 제기하지 않기로 함.
• 아) 용역기관 주관 최종보고회(‘05.7.12) 및 주민설명회(’05.7.28) 환경부문 및 피해보상실태영향조사, 댐의 경제성평가, 향후대책 등 (‘04. 7～’05.7)
• 자) ○○댐 문제해결을 위한 공동용역 수행완료(‘05.7.28) 용역기간은 ‘04.7.5. ～ ’05.7.15(12개월), 계약금액은 5.4억원(○○도와 청구 법인이 각 50%씩 분담)이며 한국환경정책평가연구원에서 용역 수행 《쟁점②,③관련》

1. 청구법인의 사업연도별 쟁점투자준비금 손금불산입 및 익금불산입 내역은 다음과 같이 확인된다. 단위: 천원 사업연도 쟁점투자준비금 비 고 2003 4,614,569 손금불산입 2004 4,730,133 손금불산입 2005 2006 -1,538,190 익금불산입 2007 -3,114,901 익금불산입 계 4,691,611

2. 청구법인의 쟁점투자준비금 대상인 쟁점인건비 등의 내역은 다음과 같이확인 된다. <2003년> 사업명 단위사업명 투자실적 전원설비 대상여부 비 고

○○ 5, 6 본부비 16,712,743 전원설비 본사 기술직직원 인건비 등 건설소비 22,639,368 전원설비 건설현장 직원 인건비 등 시운전비 31,497,434 전원설비 시운전직원 인건비 등 해외사무소비 762,432 전원설비 해외사무소 직원 인건비 등

○○ 성 1, 2 본부비 0 전원설비 본사 기술직직원 인건비 등 건설소비 8,414,027 전원설비 건설현장 직원 인건비 등 시운전비 0 전원설비 시운전직원 인건비 등 해외사무소비 0 전원설비 해외사무소 직원 인건비 등

○○ 리 1, 2 본부비 0 전원설비 본사 기술직직원 인건비 등 건설소비 9,734,243 전원설비 건설현장 직원 인건비 등 시운전비 0 전원설비 시운전직원 인건비 등 해외사무소비 0 전원설비 해외사무소 직원 인건비 등

○○ 리 3, 4 본부비 0 전원설비 본사 기술직직원 인건비 등 건설소비 2,531,138 전원설비 건설현장 직원 인건비 등 시운전비 0 전원설비 시운전직원 인건비 등 해외사무소비 0 전원설비 해외사무소 직원 인건비 등 합 계 92,291,385천원 (투자준비금 손금산입액: 4,614,569천원) <2004년> 사업명 단위사업명 투자실적 전원설비 대상여부 비 고

○○ 5, 6 본부비 6,510,817 전원설비 본사 기술직 직원 인건비 등 건설소비 22,486,872 전원설비 건설현장 직원 인건비 등 시운전비 23,018,295 전원설비 시운전직원 인건비 등 해외사무소비 469,658 전원설비 해외사무소 직원 인건비 등

○○ 성 1, 2 본부비 4,763,829 전원설비 본사 기술직직원 인건비 등 건설소비 11,088,617 전원설비 건설현장 직원 인건비 등 시운전비 0 전원설비 시운전직원 인건비 등 해외사무소비 471,159 전원설비 해외사무소 직원 인건비 등

○○ 리 1, 2 본부비 5,480,362 전원설비 본사 기술직직원 인건비 등 건설소비 14,185,539 전원설비 건설현장 직원 인건비 등 시운전비 0 전원설비 시운전직원 인건비 등 해외사무소비 664,768 전원설비 해외사무소 직원 인건비 등

○○ 리 3, 4 본부비 282,360 전원설비 본사 기술직직원 인건비 등 건설소비 5,014,577 전원설비 건설현장 직원 인건비 등 시운전비 0 전원설비 시운전직원 인건비 등 해외사무소비 26,897 전원설비 해외사무소 직원 인건비 등 신

○○ 1, 2 본부비 122,164 전원설비 본사 기술직직원 인건비 등 건설소비 0 전원설비 건설현장 직원 인건비 등 시운전비 0 전원설비 시운전 직원 인건비 등 해외사무소 직원 인건비 등 해외사무소비 16,753 전원설비 합 계 94,602,667천원 (투자준비금 손금산입액: 4,730,133천원) 3) 사회간접자본투자준비금 대상인 쟁점인건비 등의 지출내용은 다음과 같다. 가) 일반관리비 본부비: 본사 직원들이 해당 발전소의 건설과 관련된 계약업무, 사후관리 업무 및 각종 인 허가 관련 업무 등을 처리하므로 그와 관련되어 인건비, 출장비, 소모품비 등이 배분됨 나) 일반관리비 건설소비: 건설과 관련된 공사비를 제외한 비용으로 건설소 현장 직원들의 인건비, 소모품비, 교육비 등 각종 손익 비용임 다) 일반관리비 시운전비: 시운전 관련 업무를 수행하는 직원들의 인건비, 소모품비, 교육비 등 각종 손익 비용임

• 라) 일반관리비 해외사무소: 해외에서 국외 기자재 관련 계약 업무 보조, 검수 업무, 최근 기술 동향 보고 등 각종 업무를 수행하기 때문에 그와 관련되어 인건비, 출장비, 소모품비 등이 배분됨

4. 한편, 청구법인이 전원설비 보강공사에 지출한 비용은 다음과 같이 확인 된다. 구 분 발전시설보강공사 원전연료 합 계 전체금액 10억이상 공사 계 260,666 196,638 837,352 1,098,018 2003년 141,351 107,522 402,904 544,255 2004년 119,315 89,116 434,448 553,763 (단위: 백만원)

• 라. 판단 《쟁점①에 대한 판단》 1) 청구법인은 2001.4.2.

○○ 산업구조개편촉진에관한법률에 의하여

○○○○ 공사로부터 물적분할된 법인으로

○○○○ 발전소의 고정자산을

○○○○ 공사의 장부가액(미상각잔액)으로 인수하였고 2)

○○○○ 발전소는 청구법인이 분할설립하기 직전인 2001.3.17.

○○ 천

○○○ 로 횡단공사 및 계획예방정비공사(정기점검 보수공사)로 인하여 발전방류를 일시적으로 중단하였으며, 이후 지자체 및 환경단체 등의 반발로 인해 현재까지 발전방류를 재개하지 못하고 있어 발전중단이 청구법인의 의사와 관계없이 부득이한 사유 에 의한 것으로 확인되고, 발전 방류를 중단한 이후에도 청구법인은 지속적인 유지․ 보수 활동을 하였고, 민원을 해결하여 가동을 재개하고자 하는 다각적인 노력이 관련문서에 의하여 확인되고 있는 등 민원이 해결되어 발전 재개가 결정되는 경우, 즉시 재가동이 가능한 상태를 유지하고 있으며 3) 처분청은 청구법인이 실시한 장기휴지보존공사를 통해 설비를 해체하 였으므로 이 를 유휴설비로 볼 수 없다고 판단하였으나 청구법인은 ○○○○ 「

○○ 댐 문제해결을 위한 용역」시행 결과 상당기간동안 발전중단이 불가피하다고 판단하고, 고가의 장비이면서 정밀기기 성격을 갖는 발전설비에 대한 최적의 보존방안을 수립하여 장기휴지보존공사를 통한 발전 주기기 및 보조기기의 부식, 변형방지 및 성능을 유지․보존함으로써, 향후 발전 재개시 설비손상을 최소화하고 신속히 조립․복구할 수 있게 사전 대비하여 안정적인 전력공급에 만전을 기하기 위한 조치를 한 것이므로 이를 유휴설비로 볼 수 없다는 판단은 타당하지 아니한 것으로 보여진다. 4) 법인세법 시행규칙 제12조 제2항 제1호 에서 감가상각자산인 유휴설비에서 제외되는 “사용 중 철거하여 사업에 사용하지 아니하는 자산”으로 보기 위해서는 매각이나 폐기방침 등을 확정하거나 제품의 단종 등으로 향후 재사용이 불가능한 객관적인 사실이 존재하여야 하나 청구법인은 그동안 수차례 발전기 재가동을 준비하였고, 지자체 등과의 갈등을 해결하기 위해 협의체를 구성하여 대책을 협의하고 연구기관에 관련 용역을 의뢰하는 등 발전재개를 위해 꾸준히 노력하였으며 사업폐지나 매각 등의 방침을 확정했던 사실이나 발전소 운영의 경제성이나 기술적인 면에서도 발 전을 영구 중지하는 것이 합리적이라는 결정을 내린 사실이 없는 점으로 보아 이를 사업에 사용하지 아니하는 자산으로 보기는 어렵다 할 것이다.

5. 또한, 청구법인은 매사업연도 결산시 ○○○○의 향후 사용가능성을 검토하여 처분, 폐기 예정이 없음을 확인하고 이를 투자자산으로 대체하지 아니하였으며 외부감사인도 청구법인의 회계처리를 인정하였는 바 법인세법에서 규정한 유휴자산으로 봄이 타당하다 하겠다. 6) 한편, 법인세법 제43조 의 규정에 의하면, 법인의 익금과 손금의 귀속 사업연도와 자산․ 부 채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정․타당하다 고 인정 되는 기업회계의 기 준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하 여 온 경우에는 세법에서 달리 규정 하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따라야 하는 것으로 규정하고 있는 바 법인세법에서 유휴자산에 대한 상각비의 손금인정 여부에 대하여 추가적인 명 확한 조 문이 존재하지 않는 이상 기업회계기준서 제5호 문단 41의 규정을 준용하여 이를 각사업연도 손금에 산입하여야 할 것이다.

7. 위 내용을 종합하여 볼 때, 처분청이

○○○○ 발전소의 고정자산 등에 대하여 감가상각비를 손금불산입한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 《쟁점②에 대한 판단》 1) (구) 조세특례제한법 제28조 제1항 및 동법시행령 제25조의 규정에 의하면, 사회간접자본시설을 건설하는 법인(청구법인의 경우 전원설비)이 2006년 12월 31일까지 투자준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해사업연도에 사회간접자본에 투자한 금액의 5% 상당액 범위 안에서 당해사업년도 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있도록 하고 있으며 이때 사회간접자본에 투자한 금액을 적용함에 있어, 투자금액의 범위에 대하여 같은 조항에서 특별히 규정하고 있지 아니하나 투자와 관련되어 준비금의 손금산입을 규정한 조세특례제한법 제4조 (중소기업투자준비금의 손금산입)와 같은법 제26조(임시투자세액 공제)의 규정을 준용하여 당해 자산의 취득을 위하여 소요된 부대비용은 이를 투자금액에 포함하여야 할 것이고 2) 청구법인은 원자력발전설비 건설과 관련하여 발생한 본부 및 건설현장 기술직 직원의 인건비 등(쟁점인건비 등)에 대해 이를 전원설비 자산취득을 위하여 직접 지출된 기타부대비용으로 보아 법인세법 제41조 및 동법시행령 제72조 제1항의 규정에 의하여 당해 자산의 취득원가로 계상하였으므로 이는 사회간접자본에 투자한 금액으로 봄이 타당하다 하겠다.

3. 처분청은 청구법인이 전원설비를 취득하기 위한 도급공사 관련 비용은 전원개발촉진법 제2조 제1호 에 규정하는 전기사업용 전기설비 및 그 부대시설인 "전원설비"에 투자하는 금액에 해당되나, 쟁점인건비 등은 동법 제2조 제2호에 규정하는 "전원개발사업"에 투자된 금액을 의미 하는 것이어서 전원설비에 포함하는 것으로 해석할 수는 없다고 주장하고 있으나 쟁점인건비 등의 내용으로 볼 때, 이는 전원개발사업에 투자된 금액이라기 보다는 전원설비를 취득하기 위한 부대비용으로 전원설비에 투자한 금액으로 봄이 타당하다 할 것이다.

4. 위 내용을 종합하여 볼 때, 처분청이 전원설비를 취득하기 위하여 청구법인이 지출된 쟁점인건비 등을 사회간접자본투자준비금 대상이 아닌 것으로 보아 쟁점투자준비금을 손금불산입한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 《쟁점③에 대한 판단》 앞선 쟁점②의 심리에서 살펴본 바와 같이 쟁점투자준비금을 손금에 산입하는 경우 예비적청구인 쟁점③에 대하여는 심리를 제외함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.