가공세금계산서를 수취하여 필요경비계상하고 매입세액공제 받았는지 여부

□□세무서장이 2008.6.9. 청구법인에게 한 2002.1.1～2002.12.31. 사업연도 법인세 11,406,150원, 2003.1.1～2003.12.31. 사업연도 법인세 6,659,780원, 2002년 제1기 부가가치세 5,361,340원 및 2003년 제1기 부가가치세 2,765,290원의 경정 처분은 이를 취소합니다.

청구법인은 1998.5.1. 개업하여 소프트웨어 개발 및 공급업 등을 영위하고 있는 법인인바, 청구외 (주)○○(이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 2002년 제1기와 2003년 제1기 중에 각각 공급가액 24,345,360원과 15,075,450원에 해당하는 매입세금계산서 7매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한 후, 해당 공급가액을 손금에 산입하고 해당 매입세액 중 공제받을 수 있는 일부 매입세액을 공제받는 매입세액으로 하여 해당 기간의 법인세와 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 쟁점거래처 관할세무서장인 ■■세무서장으로부터 쟁점세금계산서가 실물거래 없이 수수된 세금계산서의 혐의가 있다는 내용의 과세자료를 수보하고, 청구법인으로부터 쟁점세금계산서 수수경위에 대한 소명을 받은 후 쟁점세금계산서를 가공의 세금계산서로 확정하고, 2008.6.9. 청구법인에게 2002.1.1～2003.12.31. 사업연도 법인세 18,065,930원과 2002년 제1기 및 2003년 제1기 부가가치세 8,126,630원을 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.9.4. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 청구법인이 쟁점거래처와 실지 거래를 하고 쟁점세금계산서를 수취하였음은 청구법인이 증빙으로 제시한 거래명세표 외에도 청구법인의 대금결제 내역이 표시되어 있는 쟁점거래처 명의의 예금통장사본, 입금확인증 및 입금표 등과 같은 금융자료 등에 의해 입증이 가능하고 쟁점거래처의 대표자와 직원 또한 청구법인과의 거래사실을 확인하고 있으며, 쟁점거래처에서 구입한 물품을 청구외 (주)A와 (주)B사에 매출하였음이 청구법인이 매출처에 교부한 세금계산서 및 입금확인서에 의해 확인되는바, 청구법인이 거래대금으로 송금한 금액이 단기간 내에 출금되었다는 사실에 근거하여 쟁점세금계산서를 가공의 세금계산서로 보는 것은 부당하다.
• 나. 쟁점세금계산서 관련 거래 중 일부는 당시에 국고보조금을 지급받고 당해 국고보조금을 지급한 거래로서 당시의 관련법령에 따라 청구법인이 자진하여 매입세액을 이미 불공제한 거래였고, 해당거래를 함에 있어서 국고보조금을 지급받는 경우 거래명세 등의 자료를 관련정부기관에 제출해야 하는데 자료상으로부터 가공자료를 수취하는 것은 상식에도 어긋난다.
• 다. 청구법인과 쟁점거래처와의 거래는 쟁점세금계산서 외에도 유사한 시기에 다른 세금계산서를 통해서도 이루어졌던바, 청구법인과 쟁점거래처와의 다른 거래에 대해서는 가공거래로 보지 않으면서 쟁점세금계산서에 의한 거래를 가공의 거래라고 하는 것은 그 근거가 불명한 것이다.
• 라. 청구법인이 가공거래를 행했다고 의심되고 있는 2002년 및 2003년도는 1～2년 내에 코스닥에 협회등록하려고 준비하던 시기였던바, 청구법인은 코스닥 등록을 위해 모든 거래를 확실하게 하고 있었으며, 설사 청구법인이 가공거래를 하였다고 하더라도 코스닥 협회 등록을 위해 매출을 과다계상하기 위한 가공거래를 하였을지언정 매입을 과다계상하기 위한 가공거래를 하지는 않았을 것이다. 또한 쟁점세금계산서가 수수된 2002년도의 청구법인의 총매입액은 3,962백만원이었으며, 2003년도에는 5,602백만원이었던바, 총매입액 중 각각 0.75%와 0.4%에 불과한 매입비율을 가지고 있는 쟁점거래처와 가공의 매입거래를 할 이유 또한 없다. 따라서, 이 건 처분은 취소되어야 한다.

• 가. 쟁점거래처는 자료상 혐의로 인해 2007.11.27.자로 □□경찰서에 고발된 업체인바, 청구법인이 쟁점거래처에 대한 대금결제를 위해 송금하였던 계좌를 살펴보면 청구법인이 송금한 금액을 포함하여 동 계좌로 송금된 금액 모두가 짧은 시간을 간격으로 현금으로 출금되었으며, 사업장 경비와 관련된 입․출금 사항이 없는 점 등에 비추어 볼 때, 동 계좌를 통한 모든 거래는 정상거래를 가장한 가공의 거래로 판단된다.
• 나. 청구법인은 쟁점거래처를 통해 컴퓨터 등을 구입한 후, 다시 청구외 (주)A사와 (주)B사에 재매출한 것으로 주장하고 있으나 청구외 (주)A사와 (주)B사에 매출된 품목이 쟁점거래처로부터 매입한 품목인지가 불명확한바, 청구주장을 받아들일 수 없다.
• 다. 청구법인은 쟁점거래처의 대표이사 진○○의 진술을 첨부하여 쟁점세금계산서가 실물거래에 따른 정상적인 세금계산서라고 주장하나, 쟁점거래처의 대표이사 또한 쟁점거래처와 함께 고발되어 수사 받고 있는 자로 진술을 신뢰할 수 없으며, 국고금 보조를 받아 동자금의 일부로 거래가 이루어진 것인지와 청구법인이 가공거래를 할 이유가 없음은 상기 거래가 정상거래임을 입증할 객관적인 증빙이 되지 못하는바, 이 건 처분은 달리 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 매매사례가액을 쟁점아파트의 가액으로 하여 증여세 경정한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액[괄호 생략]과 그 부대비용 (이하 생략) 3) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. (단서 생략)

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. (생략) 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. (단서 생략, 이하 생략)

• 다. 사실관계 및 판단 1) 청구인이 쟁점세금계산서를 수취하고, 해당 공급가액을 손금에 산입하여 해당 기간의 법인세를 신고하였으며, 해당 매입세액을 공제받는 매입세액으로 하여 해당 기간의 부가가치세를 신고한데 대하여, 처분청은 쟁점세금계산서를 가공의 세금계산서로 보아 이 건 경정처분을 하였음이 처분청의 법인세 및 부가가치세 경정결의서 등을 통해 확인된다.

2. 청구법인은 쟁점거래처로부터 정상적인 매입을 통해 쟁점세금계산서를 수취하였다고 주장하면서 증빙으로 쟁점세금계산서 사본, 거래명세표 사본 및 인터넷뱅킹 입금증 사본 등을 제시하고 있는바, 그 내역은 다음과 같다. (단위: 천원) 세 금 계 산 서 거래대금 송금 거 래 명 세 표 비 고 발행일자 품목 공급대가 송금일 송금액 발행일 발행처 ‘02.5.3. 컴퓨터주변기기 3,115 ‘02.5.3. 5,000 ‘02.5.3. 쟁점거래처 ‘02.5.3. 컴퓨터주변기기 5,706 ‘02.5.3. 쟁점거래처 ‘02.5.6. 컴퓨터 및 주변기기 1,050 ‘02.5.8. 20,725 ‘02.5.6.

○○ 국고보조금 거래 ‘02.5.6. 레이져프린터 HP1050 11,470 ‘02.5.6. 쟁점거래처 레이져프린터 HP5100TN 2,720 레이져프린터 HP2600C 1,664 ‘02.6.20. 컴퓨터주변기기 759 ‘02.6.20.

○○ 국고보조금 거래 ‘02.6.21. 컴퓨터주변기기 296 ‘02.6.24. 1,055 ‘02.6.21.

○○ ‘03.4.30. 컴퓨터주변기기 외 16,583 ‘03.5.15. 16,500 ‘03.4.30. 쟁점거래처 차액 83천원에 대해 서는 입금증 제시 합계 43,363 43,280

3. 청구법인이 쟁점거래처와의 거래대금이라고 송금한 계좌에 표시된 금융거래내역을 살펴보면 청구법인이 송금한 금액을 포함하여 송금된 금액 모두는 당일자로 현금출금되었으며, 쟁점거래처의 운영과 관련한 비용은 입․출금된 사실이 없는 것으로 확인된다.

4. 청구법인은 쟁점거래처로부터 매입한 물품의 사용내역이 다음의 표와 같다고 주장하고 있는바, 이와 관련된 사실관계는 다음과 같다. (단위: 천원) 세금계산서 일자 공급대가 사용내역 비고 2002.5.3. 3,115 (주)A사에 납품 총납품액은 28,115천원으로 다른 장비와 함께 납품 2002.5.6. 15,854 2002.5.3. 5,706 청구법인이 개발용 PC로 구매 청구법인의 자산으로 등재되어 있음 2002.5.6. 1,050 〃 정부 출연과제용이라하여 매입세액 불공제 받음 2002.6.20. 759 〃 〃 2002.6.21. 296 청구법인이 전산소모품으로 구매 〃 2003.4.30. 16,583 (주)B사에 납품 매입업체에서 콜센터 상담원용으로 사용

• 가) 청구법인의 (주)A사에 대한 납품과 관련한 증빙으로 관련 세금계산서, (주)A사가 청구법인에게 거래대금을 송금한 내역이 표시되어 있는 청구법인 통장 사본, 청구법인으로부터 프린터 2대와 플로터를 구입하였고 직원용 PC도 구매하였다는 내용의 (주)A사가 작성한 확인서(2008.8.19)와 청구법인이 쟁점거래처로부터 구입하였다는 동일 품목의 장비 관리목록을 제시하고 있다.
• 나) 2002.5.6, 2002.6.20, 2002.6.21.에 청구법인이 구입하였다는 물품에 대해서는 해당 매입액을 청구법인의 손금에는 산입하였으나, 정부 출연과제용이라하여 부가가치세법상의 매입세액은 공제받지 않은 것으로 확인된다.
• 다) 청구법인의 (주)B사에 대한 납품과 관련한 증빙으로 관련 세금계산서, (주)B사가 청구법인에게 거래대금을 송금한 내역이 표시되어 있는 청구법인 통장 사본, 2003년 6월에 회사 설립에 따른 콜센터 상담원용으로 PC 10여대를 청구법인으로부터 구입하였다는 내용으로 (주)B사가 작성한 확인서(2008.8.19), 청구법인으로부터 2003.6.24.에 PC 등을 구입하였다는 내용이 표시되어 있는 (주)B사 전표 및 유무형고정자산명세서를 제시하고 있다.

5. 청구법인은 쟁점거래처의 대표자인 청구외 진○○과 쟁점거래처의 직원이었다는 청구외 김○○의 진술서를 청구주장에 대한 증빙으로 제시하고 있는바, 이에 대한 내용과 사실관계는 다음과 같다.

• 가) 쟁점거래처의 대표자인 진○○이 작성한 진술서에는 ‘청구법인과의 거래는 2002년경 이○○ 부장을 통해서 시작되었으며 직원인 김○○이 해당 거래를 담당하였던바, 본인은 직접적으로 알지는 못하였다. 쟁점세금계산서는 실제 거래를 하고 발급된 세금계산서이며, 청구법인으로부터 가공거래의 요청 또한 없었다’라는 내용이 기재되어 있다.
• 나) 쟁점거래처의 직원이라는 김○○이 작성한 진술서에는 ‘2002년부터 이후장 부장의 소개로 청구법인과의 거래를 시작하여 납품을 담당하게 되었으며, 2003년 4․5월경에 컴퓨터 본체 10대 이상을 청구법인이 지정한 업체인 (주)B사로 납품․설치하였다. 청구법인과는 실물 거래 없이 세금계산서만을 거래한 적이 없으며, 거래대금의 입금은 요청한 입금계좌로 정확하게 된 것으로 기억한다’라는 내용이 기재되어 있다.
• 다) 김○○의 2002년 및 2003년 근로소득자료를 국세통합전산망자료로 조회한바, 2003년도에 ○○(*--***00)에 근무한 사실은 확인되나 쟁점거래처에 근무한 사실은 확인되지 않는다.
• 라) 진○○과 김○○의 진술서에 기재되어 있는 이○○ 부장의 인적사항은 확인되지 않고 있다.

6. 청구법인은 쟁점세금계산서 관련 거래 외에도 쟁점거래처와 2003.9.8. 6,800천원, 2002.8.25. 826천원의 거래가 있었지만 동 거래는 가공의 거래로 판단하지는 않았다.

7. 청구법인의 2002년도 총매입액은 3,989,799,760원으로 쟁점세금계산서 중 2002년도분은 이 중에서 0.61%의 비중을 차지하고 있으며, 2003년도 총매입액은 5,568,231,066원으로 쟁점세금계산서 중 2003년도분은 이 중에서 0.27%의 비중을 차지하는 것으로 확인된다.

8. 쟁점거래처는 2007.11.27. 2002년 제2기～2003년 제2기의 기간동안 자료상 행위를 한 혐의로 ■■세무서장에 의해 ○○경찰서장에게 고발된 사실이 있다.

9. 청구법인은 이 건 심리자료에 대한 사전열람결과 다음의 주장과 증빙을 제출하였다.

• 가) 쟁점거래처와 ○○은 상호도 유사하고 사업장의 소재지도 인근에 위치하였던바, 실질적으로 동일한 회사로 운영된 것이다. 이에 대해 당심이 확인한바, 쟁점거래처의 사업장은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 소재한 ○○상가 ○○동 ○○호로 되어 있고, ○○의 사업장은 같은 건물 ○○호로 되어 있다.
• 나) 청구법인이 쟁점세금계산서를 수취하였던 시기는 코스닥협회 등록을 준비하였던 시기로 가공의 세금계산서, 특히 가공의 매입세금계산서를 수취하였다는 것은 어불성실이라는 주장과 관련하여 청구법인이 청구외 ○○증권(주)를 협회등록을 위한 주간사로 선정하여 계약한 계약서를 제출하였다.
• 라. 판단 이상의 사실관계를 종합하여 청구주장을 살펴본다. 청구법인은 쟁점거래처와 정상적인 거래를 하고 쟁점세금계산서를 수취하였다고 주장하고 있는바, 청구법인은 쟁점거래처에 대한 거래대금을 송금한 사실이 확인되고 있는 점, 청구법인이 쟁점거래처로부터 매입하였다는 동일한 물품이 청구외 (주)A사에 납품된 점, 청구법인이 쟁점거래처로부터 매입하였다는 PC가 (주)B사에 납품되었다는 주장을 반박할 수 있는 근거가 없는 점, 청구법인이 국고보조금을 교부받아 지출한 거래에 대해 정확한 회계처리를 하였다는 점, 청구법인이 2002년도에 청구외 ○○증권(주)를 주관사로 선정하여 코스닥 협회 등록을 준비한 사실이 관련 계약서에 의해 확인되므로 이러한 시기에 가공의 거래를 하였을 가능성이 낮은 점 등에 비추어 볼 때, 청구주장은 신빙성이 있다고 판단된다. 반면, 처분청은 청구법인이 쟁점거래처에 송금한 돈이 입금과 동시에 출금되었고 쟁점거래처 명의의 송금계좌에 쟁점거래처의 운영과 관련한 경비의 입․출금이 없었다는 점 등에 근거하여 쟁점세금계산서를 가공의 세금계산서로 판단하고 있으나, 청구법인이 송금한 돈이 쟁점거래처의 계좌에서 출금되어 청구법인에 다시 귀속하였다는 사실이 규명되지 않는 한, 처분청이 주장한 사실들을 근거로 쟁점세금계산서를 가공의 세금계산서로 단정할 수는 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.