선의의 거래당사자로 보아 매입세액 공제 및 원가산입함이 타당

청구법인은 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지에서 토목⋅건축공사를 주업으로 하는 법인으로 서, 청구외

○○ 중기(이하 ‘쟁점거래처’라 한다)로부터 1999.5.31.매입세금계산서 공급가액 5,145,000원(이하 ‘쟁점세금계산서’라 한다)을 교부받고, 청구외

○○ 건설기계(주)(이하 ‘쟁점거래처’라 한다)로부터 2001.7.31. 외 3건 매입세금계산서 공급가액 합계 20,730,000원(이하 ‘쟁점세금계산서’라 한다)을 교부받아 부가가치세를 신고․납부 하였다.

○○ 세무서장이 쟁점거래처에 대한 자료상혐의자조사를 실시한 결과, 쟁점세금계산서는 청구법인이 실물거래와 다르게 교부받은 가공세금계산서라는 자료통보에 의거 처분청은 2008.1.2. 청구법인에게 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하여 1999년 제1기 부가가치세 1,402,260원, 2001년 제2기 부가가치세 4,734,730원 및 1999년 사업연도 법인세 3,784,500원, 2001년 사업연도 법인세 13,727,380원을 경정․고지하고, 1999년 귀속분 5,659,000원, 2001년 귀속분 22,803,000원의 소득금액변동통지를 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.4.2. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인은

○○ 개발공사로부터 수주 받은 「

○○○○ 지구택지조성공사」를 진행하면서 1999.5.31. 덤프트럭 사용료로

○○ 중기로부터 공급가액 5,145,000원의 세금계산서를 교부받았으며 이에 대한 거래증빙으로 거래명세서,

○○ 중기의 사업자등록증사본, 건설기계등록검사증, 사업자의 인감증명서등을 구비하였고, 거래대금은 1999.8.5. 발행, 1999.12.10.만기

○○ 중기를 수취인으로 하는 약속어음을 발행하여 결제하였으며 동 어음은 1999.12.10. 청구법인의 당좌예금계좌에서 지급결제 되었음.

• 나. 또 청구법인은 (주)○○신탁으로부터 수주 받은 ○○아파트 도시계획 도로공사를 진행하면서 청구외

○○ 건설기계(주)로부터, 2001.7.31. 공급가액 5,750,000원, 2001.7.31. 5,200,000원, 2001.8.31. 5,050,000원, 2001.8.31. 4,730,000원의 세금계산서를 교부받고 이에 대한 거래증빙으로 거래명세서, ○○ 중기의 사업자등록증사본, 건설기계등록검사증, 사업자의 인감증명서, 거래사실확인서등을 구비하였고, 거래대금은 2001.11.2. 발행, 2002.1.29. 만기 2매 금액 12,045,000원, 2001.11.2. 발행, 2002.3.5. 만기 2매 금액 10,758,000원을

○○ 건설기계(주)를 수취인으로 하는 약속어음을 발행하여 결제하였으며 동 어음은 2002.1.29. 및 2002.3.5 청구법인의 예금계좌에서 지급결제 되었음.

• 다. 청구법인은 중소건설업을 영위하는 사업자로 쟁점세금계산서는 덤프 트럭사용료에 대한 것으로서 당시 진행된 공사인 「

○○○○ 지구택지조성공사」와 「

○○ 아파트 도시계획 도로공사」는 토목공사로 덤프트럭등의 중기를 많이 사용하는 공사이며 건설현장에서 사용한 장비에 대한 사용료는 공사계획에 의거 장비를 투입하고 현장에서 확인한 투입장비사용량을 현장소장이 ‘금회자금청구내역’을 작성하여 청구하면 본사에서 자금운용계획에 의거 약속어음으로 지급하고 거래은행을 통하여 결제함으로써 가장 투명하게 처리하였으며

• 라. 청구법인이 거래한 거래처가 자료상이라 할지라도 청구법인은 쟁점거래와 관련 거래당시에 사업자등록증사본, 사업자등록증명원, 거래사실확인서, 거래자 인감증명등 거래관계 증빙서류 구비에 최선을 다하는 등 선량한 거래당사자로서의 의무를 다하였고,
• 마. 처분청은 청구법인이 발행한 약속어음이 세금계산서 발행일로부터 2〜3 개월 후에 발행되었고, 약속어음의 배서내용이 확인되지 않는다는 등의 이유를 들어 쟁점거래를 부인하고 있으나 이는 부적절한 처사로, 발행어음의 어음배서인을 확인하여 줄 입증책임이 청구법인에게 있지도 아니하며, 세금계산서 발행일로부터 일정기간이 경과한 후에 청구법인의 자금운용계획에 따라 어음을 발행하여 대금을 결제하는 것은 청구법인의 거래관행으로 대부분의 매입거래에 대한 대금결재가 이러한 형식으로 이루어지고 있음.
• 바. 위에서 보는바와 같이 청구법인은 쟁점거래에 대한 거래대금을 적법한 절차에 의해 지급하였고, 쟁점거래와 관련하여 가능한 모든 거래증빙을 갖춘 선의의 거래당사자로 쟁점거래처가 자료상혐의자라 하여 쟁점거래를 실물거래가 없는 것으로 보아 부가가치세 및 법인세등을 고지한 당초 처분은 부당하다.

• 가. 청구법인이 쟁점세금계산서에 대한 대금을 지급하였다고 주장하며 제출한 약속어음은 세금계산서 발행일로부터 2〜3개월 뒤에 발행된 것으로 약속어음의 배서내용이 확인되지 않으므로 쟁점거래처에 지급된 것으로 볼 근거가 되지 못하며,
• 나. 쟁점거래처중

○○ 중기의 자료상 실행위자인 사업자

○○○ 의 형

○○○ 이 건설회사에 금액을 기재하지 않은 공란의 세금계산서를 주면 건설회사에서 임의로 금액을 기재한 후 공급자보관용 세금계산서를 돌려 주었다고 진술한 사실과,

○○○ 등이

○○ 건설기계 주식회사외 23개 위장법인을 설립하여 자료상 행위를 하고 있다는

○○ 지방경찰청장의 수사 결과 통보에 따라 조사한 내용에 의하면

○○○ 이

○○ 건설기계 주식회사의 실질적 운영자로 개업초기 외에는 실제거래사실 없이 세금계산서만 발행하였다고 시인하였고 일부거래처에서 실제거래를 하였다고 제출한 금융계좌는 입금후 즉시 전액 출금되거나 수수료를 제외한 금액이 출금되는 전형적인 자료상계좌로 확인되는바,

• 다. 청구법인이 쟁점거래처와 실제거래를 하였다고 제출한 세금계산서, 입금표, 거래명세표, 건설기계등록증, 사업자등록증명원등은 자료상 행위자가 실질거래유무와 무관하게 통상적으로 교부하는 것으로,
• 라. 위의 내용과 같이 처분청에서 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 매입세액 불공제하고 법인세 손금불산입하여 고지한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 자료상으로 고발된 쟁점거래처로부터 쟁점 세금계산서를 수취한 청구법인을 선의의 거래당사자로 보아 부가가치세 매입세액 공제 및 동 매입금액을 원가에 산입할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령 1) 부가가치세법 제17조【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.(이하 생략) 2) 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】

② 법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사 항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우(이하 생략) 3) 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산 서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때.

4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때. (이하 생략) 4) 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 5) 법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용 6) 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

• 다. 사실관계

1. 청구법인은 1999.5.31. 덤프트럭 사용료로

○○ 중기로부터 공급가액 5,145,000원의 세금계산서를 교부받아 1999년 1기에 부가가치세를 신고․납부 하였으며, 청구외

○○ 건설기계(주)로부터, 2001.7.31. 공급가액 5,750,000원, 2001.7.31. 5,200,000원, 2001.8.31. 5,050,000원, 2001.8.31. 4,730,000원의 세금계산서를 교부받아 2001년 2기에 부가가치세를 신고․납부 하였고, 처분청은 2008.1.2. 청구법인에게 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하여 1999년 제1기 부가가치세 1,402,260원, 2001년 제2기분 부가가치세 4,734,730원 및 1999년 사업연도 법인세 3,784,500원, 2001년 사업연도 법인세 13,727,380원을 경정․고지하고, 1999년 귀속분 5,659,000원 2001년 귀속분 22,803,000원의 소득금액변동통지를 하였다. 2)

○○ 세무서장이

○○ 건설기계(주)에 대한 자료상혐의자 조사를 하였는바, 그 조사내용을 살펴보면 다음과 같다.

• 가) 쟁점거래처는 1998.2.12. 건설기계대여업으로 사업자등록을 하고 2004.1.9. 사업부진을 사유로 폐업신고함.
• 나) 쟁점거래처는 8대 정도의 덤프트럭 및 굴삭기를 소유한 사실은 있으나 가공세금계산서를 발행하기 위하여 설립된 위장법인으로 중기운용에 대한 기록을 제시하지 못하고 있고, 쟁점거래처는 지입회사로서 건설현장에서 필요한 중기를 요구하면 지입차량등을 소개하여 주었으며 실제투입된 차량이 세금계산서를 발행하여야 하나 체납, 사업자등록 말소등으로 세금계산서를 발행하지 못하여 쟁점거래처의 세금계산서를 발행한 것으로 확인되며 일부거래처에서 실거래를 주장하며 제시하는 세금계산서, 입금표, 거래사실명세서, 건설기계등록원부, 사업자등록증명원등은 자료상행위자가 통상적으로 교부하는 것이고, 금융증빙으로 제시한 계좌를 확인한바 입금후 전액 재출금 또는 수수료를 제외한 금액을 출금하는 식의 전형적인 자료상 행태를 보이고 있으며, 실운영자

○○○ 이 개업초기 외에는 실제거래 없이 세금계산서만 작성교부 하였음을 진술하고 있어 1998.2기〜2003.2기 기간 동안의 매출 1,261매 9,970,290천원 전부를 가공거래로 확정함.

• 다) 실행위자

○○○ 이 가공세금계산서를 발행한 명의위장사업자 명단에

○○ 건설기계(주)가 포함되어 있음이 확인됨. 3)

○○ 세무서장이

○○ 건설기계(주)에 대한 자료상혐의자 조사를 하면서 자료상 실행위자

○○○ 을 상대로 작성한 전말서의 주요내용은 다음과 같다. 가)

○○ 건설기계(주)는 1998.2.12.

○○○ 을 명의상 대표자로 내세워

○○○ 이 설립했고 이후 대표자를

○○○,

○○○ 으로 변경하였으나 회사의 모든결정과 운영은

○○○ 이 하였고 건설장비인 덤프트럭 8대를 가지고 토목공사 현장에 토사나 원석등을 운반하는 일을 주로 하였던 회사로, 개업시 덤프트럭 8대를 할부로 구입하여 폐업할 때까지 공사에 투입하였으나 할부금을 연체하자 2004년 자동차판매회사에서 중기를 모두 가져갔으며 그래서 할 수 없이 폐업을 하게 되었는바,

• 나) 사실과 다른 세금계산서를 발행하게 된 이유로 매입세액공제를 받기위한 중기사용자의 요구로 일정액(발행금액의 7%정도)의 수수료를 받고 세금 계산서를 발행하였으며, 1998년 1기부터 2003년 2기 까지 모두 9,368,473천원의 매출세금계산서를 발행하여 부가가치세 신고를 하였는데 법인소유 장비 8대의 매출액을 제외하고는 모두 사실과 다른 세금계산서인바, 현재 보관되어 있는 장부등이 없어 정상거래 또는 가공거래의 세부내역을 확인할 수는 없다.
• 다) 또한 1998년 1기부터 2003년 2기 까지 모두 6,736,578천원의 매입세금계산서를 수취하였는바 이들의 대부분은 사실과 다른 세금계산서로 정상수취한 세금계산서의 세부내역에 대하여는 장부등이 없어 확인할 수 없다.
• 라) 사실과 다른 매입세금계산서를 수취하게 된 이유는 가공매출에 대한 부가가치세 부담을 줄이기 위한 것이다.

4. 청구법인이 수취한 세금계산서 및 그에 대한 대금결제 내역은 아래와 같으며 발행어음은 만기일에 청구법인의 당좌예금계좌에서 전부 결제되었다. 세금계산서 수취 및 대금결제 내역 (단위:원) 세금계산서 수취내역 대금결제 내역 연월일 금 액 거래처 연월일 결제수단 만기일 금 액 수취인 1999.5.31 5,145,000

○○ 중기 1999.08.05 어음 1999.12.10 5,659,500

○○ 중기 2001.7.31 5,750,000

○○ 건설기계(주) 2001.110.2 어음 2002.01.29 6,325,000

○○ 건설 기계(주) 2001.7.31 5,200,000 2001.11.02 어음 2002.01.29 5,720,000 2001.8.31 5,050,000 2001.11.02 어음 2002.03.05 5,555,000 2001.8.31 4,730,000 2001.11.02 어음 2002.03.05 5,203,000

5. 청구법인의 1999년 계정별원장상 외상매입금 발생액은 139억원이며 지급어음 발행액은 100억원으로 외상매입금의 72% 정도를 어음발행하여 결재하고 있으며 중기사용료의 많은 부분이 어음발행하여 결재되고 있고, 2001년 계정별원장상 외상매입금 발생액은 268억원이며 지급어음 발행액은 186억원으로 외상매입금의 69% 정도를 어음발행하여 결재하고 있으며 중기사용료의 많은 부분이 어음발행하여 결재되고 있음이 확인된다.

6. 청구법인의 1999년 외상매입금 계정별원장을 보면 1999.5.31. 발생된 장비사용료

○○ 중기 외 21건 121백만원이 1999.8.6.에 모두 어음발행하여 결 제되었음이 확인되고, 2001년 외상매입금 계정별원장을 보면 2001.7.31. 발 생된 장비사용료

○○ 건설기계(주)외 9건 61천원, 2001.8.31. 발생된 장비사용료

○○ 건설기계(주)외 12건 78천원이 2001.11.2. 모두 어음발행하여 결제되었음이 확인된다.

7. 청구법인이 쟁점거래와 관련 거래증빙으로 제시한 서류로는 거래명세표, 사업자등록증사본, 사업자등록증명원, 거래사실확인서, 거래자 인감증명등이 있다

• 라. 판 단

1. 청구법인은 쟁점거래와 관련 거래당시에 사업자등록증사본, 사업자등록 증명원, 거래사실확인서, 거래자 인감증명등 거래관계 증빙서류를 구비함으로써 선량한 거래당사자로서의 의무를 다하였다고 보여지며, 청구법인의 2001년매입대금 결제내용을 보면 매입금액의 69% 정도를 지급어음을 발행하여 결제 하고 있고, 쟁점거래가 발생한 시점에 청구된 다른 거래처를 포함한 중기사용료 전부를 쟁점거래처의 지급어음발행일에 동시에 발행하여 만기일에 청구법인의 당좌예금계좌에서 전액 결제되었는바,

2. 청구법인은 쟁점거래와 관련 대금결제를 쟁점거래처를 수취인으로 하는 지급어음을 발행하여 쟁점거래대금을 결제하였고, 어음을 결제하여주는 금융기관에서는 어음최초 수취인의 배서가 있어야 어음결제가 이루어지며 이러한 배서가 없는 어음은 형식불비 부도, 또는 배서불비 부도로 처리하여 지급거절 되도록 되어 있는 관례에 비추어 볼 때, 처분청이 어음배서 내용이 확인되지 아니한다는 사실만으로 쟁점거래를 부인함은 부당한 것이며,

3. 자료상혐의자 조사를 실시한

○○ 세무서장이 쟁점거래처로부터 받은 문답서 내용을 보면 “쟁점거래처는 1998.2.12. 건설기계대여업으로 사업자등록을 하고 2004.1.9. 사업부진을 사유로 폐업신고한 업체로써, 건설장비인 덤프트럭 8대를 가지고 토목공사 현장에 토사나 원석등을 운반하는 일을 주로 하였던 회사로 개업시 덤프트럭 8대를 할부로 구입하여 폐업할 때까지 공사에 투입 하였으나 할부금을 연체하자 2004년 자동차판매회사에서 중기를 모두 가져감에 따라 부득이 폐업을 하였다”고 되어 있으며 청구법인이 거래를 하였다고 주장하는 기간은 쟁점거래처가 중기를 자동차판매회사에 빼앗긴 시점인 2004년 이전으로 이 기간에는 쟁점거래처가 덤프트럭 8대를 가지고 사업을 운영한 사실이 확인되나 조사청은 쟁점거래처의 거래내역 전부를 자료상자료로 판단한 것으로 청구법인과 쟁점거래처와의 거래사실을 부인할 근거가 되지 못하고 있다.

4. 위에서 보는 바와 같이 청구법인과 쟁점거래처와의 거래가 가공거래라는 사실관계가 분명치 아니하고, 청구법인은 쟁점거래 당시 선의의 거래당사자가 하여야 할 모든 의무를 충실히 이행한 것으로 보여지므로 처분청이 2008.1.2. 청구법인에게 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하여 과세한 1999년 제1기 부가가치세 1,402,260원, 2001년 제2기분 부가가치세 4,734,730원에 대한 고지처분과 1999년 사업연도 법인세 3,784,500원, 2001년 사업연도 법인세 13,727,380원에 대한 고지처분 및 1999년 귀속분 5,659,000원 2001년 귀속분 22,803,000원의 소득금액변동통지는 취소하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으 므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

○○세무서장이 2008.1.2. 청구법인에게 경정⋅고지한 1999년 제1기 부가가치세 1,402,260원, 2001년 제2기분 부가가치세 4,734,730원 및 1999년 사업연도 법인세 3,784,500원, 2001년 사업연도 법인세 13,727,380원은 결정취소하고, 1999년 귀속분 5,659,000원 2001년 귀속분 22,803,000원의 소득금액변동통지는 이를 취소합니다.