부분자료상으로 고발된 거래처로부터 수취한 매입세금계산서가 가공거래인지 여부

• 가. 청구법인은 2000.1.5. ○○시 ○○구 ○○동 000-0번지에 설립되어 반도체 원부자재 및 컴퓨터 관련부품 도소매업을 영위하다가 2007.6.19. ○○도 ○○시 ○○동 0000번지에서 폐업한 법인으로, 2000년 제2기 중 ○○시 ○○구 ○○동 0000 소재 청구외 (주)○○○(대표이사가 최○○이고, 이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 컴퓨터 관련부품을 구입하였다는 내용의 매입세금계산서 3매(공급가액: 90,027천원, 이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 교부받아 이를 공제 가능한 매입세금계산서로 하여 부가가치세 신고하였다.
• 나. ○○세무서장(이하 “조사관서”라 한다)은 쟁점거래처에 대해 세금계산서 추적조사를 실시한 결과, 쟁점매입세금계산서 거래를 실물없는 가공혐의가 있는 거래로 분류하여 처분청에 가공혐의자료로 과세자료 통보하였고, 처분청은 통보받은 과세자료에 대해 소명자료를 받아 검토한 결과, 쟁점매입세금계산서 거래를 실물없는 가공거래로 확정한 다음 관련 매입세액을 불공제하고 동 공급가액 90,027천원을 손금불산입하여, 2007.11.6. 청구법인에게 2000년 제2기 부가가치세 22,844,330원과 2000사업연도 법인세 32,766,120원을 경정·고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2008. 2. 5. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 쟁점매입세금계산서 거래는 청구법인이 2000년 제2기에 컴퓨터 및 시스템 H/W와 관련된 부품을 각 고객사에 판매하기 위하여 쟁점거래처로부터 현금으로 매입한 정상거래이므로 과세처분은 취소되어야 한다.

1. 청구법인은 컴퓨터 및 시스템 H/W를 구입하여 고객사 또는 협력사에 판매 또는 유통하는 업체로, 2000. 10월부터 12월까지 쟁점거래처로부터 관련제품을 현금매입하고 쟁점매입세금계산서를 교부받았으며, 이 건 거래를 현금으로 한 것은 현금으로 구매할 경우 통상의 시중가격보다 약 15～20% 정도 저렴하므로 매입시 매입단가를 낮추어 회사의 이익을 증대시키기 위해서이다.

2. 청구법인은 컴퓨터 및 시스템 H/W를 매입할 때마다 세금계산서, 거래명세서, 입금표를 교부받았고, 청구법인의 직원이 물품을 확인한 후 그 대금은 청구법인의 통장에서 수시로 현금을 인출하여 쟁점거래처에 지급하였으며, 거래명세서에 표기된 컴퓨터 부품 등은 실제 유통이 많이 일어나는 부품이며, 실제 매출처에 매출한 것과 동일한 부품임이 매출처의 자료에 의해 확인된다.

• 나. 쟁점매입세금계산서를 교부받을 당시인 2000년은 전반적인 IT산업의 호황으로 인해 관련업체가 많아 가격경쟁이 심하였는바, 청구법인의 매출처인 고객사들은 가격이 저렴한 업체에서 부품을 구매하는 경향이 나타났고, 이에 청구법인도 고객사에게 저렴한 가격으로 부품을 공급하기 위해 용산에 있는 업체 또는 기타지역에 소재하는 업체들에게 현금을 주고 매입함으로써 매입단가를 낮추게 되었고, 이를 고객사에 공급하여 고객사와의 거래관계를 유지하였다.
• 다. 워낙 급박하고 경쟁이 심해서 일반 상거래에서와 같이 일일이 매입처에 대하여 조사할 수 있는 상황이 아니었으며, 조금이라도 저렴한 가격에 제품을 판매한다는 정보가 있으면 발빠르게 그 제품을 구입하는 것이 회사의 경쟁력 강화로 이어지기 때문에 현금매입한 것이지, 결코 조사관서의 주장과 같이 가공자료를 수취한 것은 아니다.

쟁점거래처 대표이사 최○○은 2004. 10. 1.과 2005. 9. 1 및 2007. 2. 28. 세금계산서 교부위반 등 자료상으로 검찰에 고발된 자이고, 청구법인이 제시한 금융거래 내역을 확인한바, 쟁점거래처로 입금된 사실이 확인되지 아니하며, 도소매 업종 특성상 현금으로 거래할 수는 있으나 실지 거래 사실이 구체적으로 입증되지 아니하여 그 귀속자가 불분명한바, 제출된 증빙만으로 청구주장을 받아들이기는 부족하므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 부분자료상으로 고발된 쟁점거래처로부터 수취한 쟁점매입세금계산서가 가공거래인지 여부를 가리는데 있다. 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다.(단서 생략)

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액 2) 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치 세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 (이하 생략) 3) 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 4) 법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용 (이하 생략) 5) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 6) 국세기본법 제26조 의 2【국세부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각 호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행 중인 경우에는국제조세조정에 관한 법률제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급․공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 (이하 생략)

• 다. 사실관계

1. 처분청이 청구법인에게 쟁점매입세금계산서 거래를 가공거래로 보아 2000년 제2기 부가가치세 22,844천원과 2000사업연도 법인세 32,766천원을 부과한 것이 경정결의서 등에 의해 확인된다. 2) 쟁점거래처의 관할 세무서장인 조사관서가 쟁점거래처에 대해 세금계산서 추적조사를 실시한 결과는 다음과 같음이 자료상혐의자 조사종결복명서에 의해 확인된다.

• 가) 쟁점거래처는 1999.12.20.부터 (주)○○○라는 상호로 컴퓨터 및 주변기기 등의 도소매업을 영위하다가 2003.12.31. 직권폐업된 법인으로 개업 후 일정기간 동안은 전국의 이마트매장에 납품한 실적이 있는 정상사업자였으나, 2003.9월경 부도발생하여 회사경영이 곤란해지자, 자금결제를 위한 방편으로 거래처간 순환거래 등을 통한 가공거래 자료를 수수한 부분자료상이며, 조사관서가 2005.9.1. ○○경찰서에 세금계산서교부위반 등 혐의로 직고발하였다.
• 나) 조사관서는 2003.11.12. 쟁점거래처가 행방불명되어 대표이사에게 사업관련 장부 및 증빙 등의 제시를 요구하였으나, 대표이사로부터 이에 대한 자료를 제출받은 바 없었으며, 이에 쟁점거래처가 수수한 세금계산서의 거래사실 확인을 위해 세금계산서에 기재된 거래처에 실지 거래여부에 대해 우편조회하 거나, 거래처 관할 세무서장이 조사한 내용 등으로 가공거래 여부를 확인하였다.
• 다) 쟁점매입세금계산서의 경우 조사관서는 2004.10.4. 청구법인이 소명자료를 제시하지 않기에 쟁점매입세금계산서를 ‘세금계산서 제출 일치하나, 미소명업체로 가공혐의있는 거래’로 분류하여 처분청에 과세자료 통보하였다. 3) 처분청은 조사관서로부터 통보받은 과세자료처리를 위해, 2006.12.12. 청구법인에게 쟁점매입세금계산서에 대하여 해명자료를 제출하도록 안내문을 발송하였으며, 청구법인은 이에 대해 해명자료(심사청구시 제출증빙과 동일하다)를 제출하였고, 처분청은 2007. 10월 제출받은 해명자료는 쟁점매입세금계산서가 정상거래임을 뒷받침하는 증빙으로 볼 수 없다고 판단하여 이 건과 같이 부과처분하였음이 처분청의 과세자료처리결과 복명서에 의해 확인된다.

4. 청구법인이 처분청에 제출한 증빙내용은 다음과 같다.

• 가) 2000.1.5～2001.5.2 기간 중 청구법인 공동대표이사를 역임한 청구외 김○○(이하 “김○○”이라 한다)이 2007.2월 서명날인한 거래사실소명서에는 ‘김○○은 2000년 10월부터 12월까지 쟁점거래처로부터 수취한 쟁점매입세금계산서 내용대로 컴퓨터 관련 제품을 실제구입하여 2000년 9월부터 2000년 12월까지 이를 한양여자대학교 등 6개업체에 공급하고 세금계산서를 정상교부하였으며, 매입시 컴퓨터 관련제품은 현금구매하는 경우 통상적인 거래가격의 15～20% 저렴하게 구매할 수 있어 이 건 구매도 현금으로 결제하였던 것이다’는 내용이 기재되어 있다. 나) 2007년 2월 청구법인의 구매담당 직원이었다고 주장하는 청구외 홍○○ (이하 “홍○○”라 한다)가 서명날인한 확인서에는 ‘2000년 1월부터 2001년 2월까지 쟁점 거래처로부터 컴퓨터 관련제품을 실지 구입하여 한양여자대학교 등 거래처에 납품하였고, 대금은 현금으로 결제하였다’는 내용이 기재되어 있다.
• 다) 청구법인이 제출한 대금지급청구서(Request For Payment)에는 쟁점매입세금계산서의 대금은 ‘김○○ 가지급금 정산’으로 기재되어 있다.
• 라) 거래명세표, 입금표, 대금지급수단 등의 내용은 <표1>과 같다. <표1> (단위: 원) 거래명세표 쟁점 매입 세금계산서 청구법인주장 거래대금 지급현황 일 자 내 역 수량 공급가액 예금통장 일자 출금구분 출금액 2000.10.31 D5039A 5 4,003,250 발행일: 2000.10.31 공급가액: 24,845,455 세액: 2,484,545 합계: 27,330,000 조흥은행 000-00- 000000 2000.10.20 대체 5,000,000 C1550 1 1,018,325 UPS 1 1,545,450 2000.11.01 대체 6,800,000 D8901A 1 291,450 X5237A 6 7,429,920 2000.11.02 현금 2,000,000 X7004A 4 5,059,600 X7126-K 1 450,310 J3514A 1 1,547,150 2000.11.03 대체 2,000,000 X7136A 2 3,500,000 소 계 24,845,455 2000.11.30 X7136A 5 8,750,000 발행일: 2000.11.30 공급가액: 11,000,000 세액: 1,100,000 합계: 12,100,000 2000.11.04 대체 10,510,000 SOLMS- 070W999H 3 1,096,200 2000.11.07 대체 6,302,530 SOLMS- 070W99H 4 1,153,800 소 계 11,000,000 2000.12.30 FC64-1063 -EMC 12 33,000,000 발행일: 2000.12.30 공급가액: 54,181,818 세액: 5,418,182 합계: 59,600,000 2000.11.24 대체 12,320,000 3C169800-ME 2 7,172,200 3C16970 2 1,646,800 2000.12.14 대체 18,500,000 WIN2K 1 945,000 D8915W 2 3,500,000 A6059A 1 2,253,218 2000.12.15 대체 30,300,000 C6364A 1 2,895,400 A4998A 2 2,769,200 소 계 54,181,818 합 계 99,030,000 93,732,530 마) 청구법인은 쟁점매입세금계산서상의 컴퓨터 관련 부품을 매입하여 아래 표와 같이 매출하였 다고 주장하면서 제출한 계약서, 납품명세서 등의 내용은 <표2>와 같다 <표2> (단위: 원) 2000년 상품수불명세(쟁점매입세금계산서) 매출세금계산서 모델명 입고일 수량 출고일 단위당단가 매입액 교부일자 (거래처, 매출, 매입) 매출합계 D5039A 2000.09.06 5 2000.09.08 800,650 4,003,250 2000.09.08

○○여자대학교 매출:10,000,000 매입: 6,858,475 6,000,000 C1550 2000.09.06 1 2000.09.08 1,018,325 1,018,325 1,500,000 UPS 2000.09.06 1 2000.09.08 1,545,450 1,545,450 2,100,000 D8901A 2000.09.06 1 2000.09.08 291,450 291,450 400,000 X5237A 2000.09.06 6 2000.09.25 1,238,320 7,429,920 2000.09.25 (주)○○컴퓨터 매출:18,620,000 매입:12,939,830 10,800,000 X7004A 2000.09.06 4 2000.09.25 1,264,900 5,059,600 7,120,000 X7126-K 2000.09.06 1 2000.09.25 450,310 450,310 700,000 J3514A 2000.09.06 1 2000.09.30 1,547,150 1,547,150 2000.09.30 (주)○○ 매출:2,077,000 매입:1,547,150 2,077,000 X7136A 2000.09.06 2 2000.11.21 1,750,000 3,500,000 2000.12.27

○○데이터시스템㈜ 매출:16,353,900 매입:14,500,000 4,509,000 X7136A 2000.11.13 5 2000.11.21 1,750,000 8,750,000 9,018,000 SOLMS- 070W999H 2000.11.13 3 2000.11.21 365,400 1,096,200 1,071,900 SOLMS- 070W99H 2000.11.13 4 2000.11.21 288,450 1,153,800 1,755,000 FC64-1063 -EMC 2000.12.07 12 2000.12.15 2,750,000 33,000,000 2000.12.22 ㈜○○역정보통신 매출:42,000,000 매입:33,000,000 42,000,000 3C169800-ME 2000.12.07 2 2000.12.22 3,586,100 7,172,200 2000.12.22

○○대학교 매출:20,780,000 매입:16,233,600 8,400,000 3C16970 2000.12.07 2 2000.12.22 823,400 1,646,800 2,400,000 D8915W 2000.12.07 1 2000.12.22 1,750,000 1,750,000 2,277,000 C6364A 2000.12.07 1 2000.12.22 2,895,400 2,895,400 3,577,000 A4998A 2000.12.07 2 2000.12.22 1,384,600 2,769,200 4,126,000 WIN2K 2000.12.07 1 2000.12.27 945,000 945,000 2000.12.30 ㈜○엔지니어링 매출:6,299,000 매입:4,948,218 1,285,000 D8915W 2000.12.07 1 2000.12.27 1,750,000 1,750,000 2,277,000 A6059A 2000.12.07 1 2000.12.27 2,253,218 2,253,218 2,737,000 합 계 90,027,273 116,129,900

• 바) ○○여자대학교와 체결한 물품구매표준계약서와 납품설치확인서에는 2000.8.11. 실습용 NT 서버 시스템 구축을 위한 HP LH6000 1세트 를 43,800천원에 납품하기로 계약하였는바, HP 1세트는 위 표의 기재품목(10,000천원)과 다른 3종의 부품 33,800천원으로 구성되어 있으며 2009.9.8. 납품․설치하였다는 내용이 기재되어 있다.
• 사) ○○컴퓨터에 제출한 납품명세서에는 2000.9.25. 위 표의 기재품목 및 다른 7종의 부품을 공급가액 47,490천원(위 기재품목 18,620천원)에 납품하였다는 내용이 기재되어 있다.
• 아) ○○과의 거래명세서에는 2000.9.30. 위 표의 기재품목을 공급가액 2,077천원에 공급하는 것으로 기재되어 있다.
• 자) ○○데이타시스템과 2000.11.21. 체결한 한국증권전산 사이트백업용 H/W 기기 공급계약서에는 PEM서버(백업용포함2대) 2대, PEM Adm. Console 4대, PATROL Console 1대를 공급대가 77,000,000원에 공급하기로 하였으며, 견적서에는 PEM서버 등은 위 표의 부품(16,353천원)과 다른 부품(60,647천원)으로 구성되어 있는 것으로, 청구법인명의 조흥은행계좌(000-00-000000)에 2000.12.29. 앞선데이타시스템으로부터 77,000,000원을 송금받은 것으로 기재되어 있다.
• 차) ○○무역정보통신, ○엔지니어링 체결한 UNIX 및 A&B시스템 자원도입 계약서 등에 청구법인이 위 표의 부품을 공급하는 것으로 기재되어 있다.
• 라. 판 단 쟁점매입세금계산서가 실제 물품을 구입하고 수취한 것인지에 대해 살펴보면, ①청구법인이 쟁점매입세금계산서의 대금을 지급하였다고 제출한 예금계좌 출금 내역 등으로는 청구법인이 쟁점매입세금 계산서의 물품대금을 쟁점거래처에 직접 지급하였다는 사실은 확인할 수 없으나 <표1>에서 보는 바와 같이 출금된 금액과 시기가 쟁점매입세금계산서의 공급대가와 교부시기와 비슷하여 청구법인이 쟁점거래처에 쟁점매입세금계산서의 공급대가를 지급하였을 개연성이 있다는 점 ②쟁점거래처는 개업 후 일정기간은 전국의 이마트에 제품을 납품하는 등 정상사업자이다가 그 후 회사경영이 어려워 자료상 확정금액이 전체 세금계산서 수수금액의 8.5%에 불과한 일부자료상으로 쟁점매입세금계산서의 거래기간인 2000년 제2기에는 정상사업자로 추정된다는 점 ③<표2>에서 보는바와 같이 청구법인이 ○○여자대학교 등 매출처와 계약한 물품구매표준계약서․납품설치확인서․납품명세서 등의 컴퓨터 부품과 쟁점매입세금계산서의 컴퓨터 부품이 일치하고 앞선데이타시스템 등으로부터 매출금액을 청구법인명의 계좌로 수령하였다는 사실 등에 비추어 쟁점매입세금계산서와 관련한 컴퓨터 부품을 청구법인이 실제로 매출하였다는 점 ④조사관서에서 쟁점매입세금계산서를 가공확정자료로 통보된 것이 아니라 소명자료 제시가 없어 가공혐의 자료로 통보하였다는 점 ⑤ 청구법인의 2000년 상품수불명세서상 입고일이 2000.9.6.부터 2000.12.7.까지이고 쟁점매입세금계산서는 2000.10.31.부터 2000.12.30. 기간 중에 교부받았다는 점 등에 비추어, 쟁점매입세금계산서는 실물거래가 없는 가공거래가 아닌 청구법인이 매출처에 납품한 컴퓨터 부품을 쟁점거래처로부터 실제 매입하고 그에 대한 매입세금 계 산서를 늦게 수취한 거래시기가 상이한 사실과 다른 매입세금계산서로 보인다. 따라서, 처분청이 쟁점매입세금계산서의 공급가액 90,027천원을 손금불산입하여 법인세를 경정한 당초처분은 부적법한 처분이라 판단되고, 쟁점매입세금계산서는 거래시기가 상이하여 부가가치세 매출과세표준에서 불공제하여 부가 가치세를 경정․고지하여야 하나, 이 건 부가가치세 부과처분일(2007.11.6.) 현재 국세부과의 제척기간이 경과하였으므로 부가가치세를 부과한 당초처분도 부적법한 처분이라 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.