가공매입으로 본 처분에 대해 가공매출도 있으므로 상계해야 된다는 주장의 당부

○○○세무서장이 2008.1.2. 청구법인에게 경정․고지한 2001.7.1.～2002.6.30.사업연도부터 2004.7.1.～2005.6.30. 사업연도까지의 법인세 312,807,990원(2001.7.1.～2002.6.30. 사업연도 31,171,420원, 2002.7.1.～2003.6.30. 사업연도 135,719,120원, 2003.7.1.～2004.6.30. 사업연도 132,588,430원, 2004.7.1.～2005.6.30. 사업연도 13,329,020원)과, 같은 날 청구법인의 대표자인 최○○에게 상여로 처분하여 소득금액변동통지 한 780,650,200원의 처분은, 청구법인이 2001년 제2기～2004년 제2기 과세기간 중 청구 외 ○○약품(주)와 청구 외 ○○약국 및 청구 외 ○○○(주)에 각 공급대가 184,815,503원과 359,062,798원 및 247,974,297원의 매출세금계산서를 실물거래 없이 가공으로 발행하였는지를 재조사하여, 그 결과에 따라 그 과세표준과 세액을 경정결정하고, 대표자 상여처분금액을 경정하는 것으로 합니다.

청구법인은 1992.7.6. 개업하여 의약품 도매업을 영위하고 있는 법인으로, 2001년 제2기～2004년 제2기 과세기간 중 청구 외 ○○제약(주) ○○지점(이하 “쟁점매입처”라 한다)으로부터 공급가액 1,233,932천원의 세금계산서를 교부받아, 같은 금액을 손금에 산입하여 2001.7.1.～2002.6.30. 사업연도부터 2004.7.1.～2005.6.30. 사업연도 법인세를 신고하였다.

○○지방국세청장은 2006년 12월～2007년 4월 중 청구 외 ○○제약(주)(이하 “○○제약”이라 한다}에 대하여 법인제세 통합조사를 한 결과, 청구법인이 2001년 제2기～2004년 제2기 과세기간 중 쟁점매입처로부터 수취한 세금계산서 중 709,682,000원(공급가액, 이하 “쟁점매입금액”이라 한다)의 세금계산서를 실물거래 없는 가공세금계산서로 보아 이를 처분청에 과세자료로 통보하였으며, 이를 수보한 처분청은 쟁점매입금액의 공급대가 780,650,200원을 손금불산입하고 동 부가 가치세 상당액 70,968,200원을 손금산입하여, 2008.1.2. 청구법인에게 2001.7.1. ～2002.6.30. 사업연도부터 2004.7.1. ～2005.6.30. 사업연도까지의 법인세 312,807,990원을 아래와 같이 경정․고지하고 [법인세 경정․고지 내역] (단위: 원) 사업연도 쟁점매입금액 고지세액 공급가액 부가가치세 합 계 합 계 709,682,000 70,968,200 780,650,200 312,807,990 2001.7.1.~2002.6.30. 52,477,000 5,247,700 57,724,700 31,171,420 2002.7.1.~2003.6.30. 303,272,000 30,327,200 333,599,200 135,719,120 2003.7.1.~2004.6.30. 319,263,000 31,926,300 351,189,300 132,588,430 2004.7.1.~2005.6.30. 34,670,000 3,467,000 38,137,000 13,329,020 쟁점매입금액의 공급대가 780,650,200원을 대표자인 최○○에게 상여로 소득처분 하여 청구법인에게 소득금액변동통지 하였다. [연도별 상여처분 내역] (단위: 원) 귀속연도 합 계 2001 2002 2003 2004 인정상여 780,650,200 57,724,700 230,953,800 331,830,400 160,141,300 청구법인은 이에 불복하여 2008.2.25. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 쟁점매입처로부터 쟁점매입금액의 의약품을 실물거래 없이 가공매입 한 사실은 인정하나, 쟁점매입처로부터 가공매입 한 의약품을 청구 외 ○○약품주식 회사(이하 “○○약품”이라 한다)와 ○○약국(이하 “○○약국”이라 한다) 및 ○○○(주)(이하 “○○○”이라 하고, 위 세 업체를 합하여 “쟁점매출처들”이라 한다)에 전액 매출한 것으로 가공매출 처리하였다. 청구법인이 취급하는 의약품은 수천 종류나 되기 때문에 이를 관리하기 위해서는 전 의약품을 품목별로 전산시스템에 의하여 수불을 하여야만 하는바, 쟁점매입처로부터 매입한 모든 품목도 전산시스템에 의하여 입고와 출고 관리를 하였는데, 전산시스템에 의하면 쟁점매입처로부터 매입한 쟁점매입금액의 의약품은 쟁점매출처들에게 매출(○○약품에 184,815,503원, ○○약국에 359,062,798원, ○○○에 247,974,297원, 합계 791,852,598원, 공급대가이고, 이하 “쟁점매출금액”이라 한다)한 것으로 처리되었다. 처분청은 의약품 도매업계의 특수한 상황과 청구법인의 의약품 수불체계를 고려하지 않고 단순히 쟁점매입금액만을 전액 가공으로 확정하고 관련 제세를 고지하였으나, 청구법인의 재고관리 전산시스템에 의하면 쟁점매입금액을 가공으로 확정할 경우 그에 대응하는 매출도 가공매출이므로 이를 가공매출로 확정하여 매출금액에서 차감하여야 한다.
• 나. 또한, 가공매출을 하여 수금한 금액으로 쟁점매입처에 외상매입금으로 지급한 금액에 대해서도 대표자 상여처분금액에서 제외하여야 한다.

• 가. 청구법인은 2008.2.25.쟁점매입처로부터 쟁점매입금액의 의약품을 실제 구입하고 세금계산서를 수취한 것이므로 처분청이 이 건 법인세를 과세한 처분은 부당하다는 취지로 심사청구를 하였다가, 처분청이 의견서에서쟁점매입처가 청구법인에게 가공매입세금계산서를 발행하였다고 이미 확인하였고, 청구법인이 2001년 제2기～2004년 제2기 과세기간 중 ○○제약의 3개 지점으로부터 수취한 매입세금계산서의 총금액이 2,048,981천원인데 그 중 709,682천원(쟁점매입금액)만 가공으로 확정된 것으로서 가공거래금액 709,682천원과 실제거래로 추정되는 나머지 1,339,299천원과의 증빙서류가 서로 대체될 수 있으므로 매입금액 전체에 대한 소명 없이 부분적인 자료제출로는 청구주장을 인정할 수 없다는 취지의 의견서를 제출하자, 청구법인은 2008.7.17. 제1차 ‘심사청구취지변경서’에서청구법인의 재고관리전산시스템에 의하면 쟁점매입처의 매입을 가공으로 확정할 경우 매출도 가공으로 확정되어야 한다는 식의 납득하기 어려운 논리로 당초처분을 경정하여야 한다고 주장하였는바, 처분청은증빙서류에 의하여 입증되지 아니하는 청구주장을 인정할 수 없다.는 의견서를 재차 제출한 바 있다.
• 나. 청구법인은 다시 2008.8.20. 제2차 ‘심사청구취지변경서’를 제출하면서쟁점매입금액의 가공매입사실은 인정하나 쟁점매입처로부터 가공매입 한 의약품은 쟁점매출처들에 가공으로 매출되었고, 또한 가공매출로 수금한 금액으로 쟁점매입처의 외상매입금을 지급하였으므로 법인세 경정 및 상여처분을 취소하여야 한다.고 주장하는바, 청구주장은 다음과 같은 사유로 이유 없다.

1. 청구법인이 2001년 제2기～2004년 제2기 과세기간 중 쟁점매입처를 비롯한 ○○제약의 3개 지점으로부터 수취한 매입세금계산서는 2,048,981천원으로 쟁점매입금액보다 많고, 같은 기간 청구법인이 쟁점매출처들에 발행한 매출세금계산서 금액도 1,878,431천원으로 쟁점매출금액보다 많은바, 쟁점매입처로부터 매입한 금액이 쟁점매출처들 이외의 업체에도 매출되었고, 쟁점매출처들도 청구법인이 쟁점매입처 이외의 업체에서 매입한 의약품을 청구법인으로부터 매입한 사실이 있으며, 국세통합전산망에 의하면 2001년 제1기～2003년 제2기 과세기간의 청구법인 매출처는 237개 업체로서, 쟁점매입금액에 대응하는 가공매출이 쟁점매출처들에만 이루어졌다는 주장은 신뢰성 및 타당성이 없다.

2. 쟁점매출처들의 세적과 납세사실을 살펴보면, ○○약품은 1990.6.13. 개업하여 2004.9.30. 폐업하고 현재 1,631,269천원이 결손처분된 법인이고, ○○약국은 2002.3.29. 개업하여 2003.8.30. 폐업한 개인사업자이며, ○○○은 2001.10.22. 개업하여 2006.6.30. 폐업하고 현재 385,001천원이 결손처분된 법인인바, 같은 가공매입금액이라 하더라도 청구법인에 비하여 조세부담이 적은 개인이거나 또는 이미 무재산으로 체납세금이 결손된 상태의 담세능력이 없는 법인인 점을 감안하면 청구주장은 구체적인 증빙 없이 조세부담을 회피하고자 하는 것이므로 이를 인정할 수 없다.

3. 또한, 청구법인이 쟁점매출처들에게 가공매출 하였다는 금액(791,852천원, 쟁점매출금액)을 현금으로 수령한 후 이를 반환하지 아니하고 쟁점매입처 외상매입금으로 지급하였다는 주장은 상관행상 인정할 수 없는 것으로 신빙성이 없다.

• 다. 따라서 쟁점매입금액을 손금불산입하는 등 하여 이 건 법인세를 과세하고 쟁점매입금액을 대표자 상여처분하여 소득금액변동통지 한 처분에는 아무런 잘못이 없다.

• 가. 쟁점

1. 쟁점매출금액이 가공매입과 관련된 가공매출금액인지 여부와

2. 쟁점매출금액이 가공매출금액인 경우, 그와 관련된 가공매입금액 중 대표자 상여처분금액에서 제외할 금액이 얼마인지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령 1) 법인세법 제15조 【익금의 범위】

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다. 2) 법인세법 시행령 제11조 【수익의 범위】 법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 한국표준산업분류에 의한 각 사업에서 생기는 수입금액[도급금액ㆍ판매금액과 보험료액을 포함하되, 기업회계기준(괄호생략)에 따른 매출에누리금액 및 매출할인금액을 제외한다. 이하 같다]. (단서생략, 이하생략) 3) 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다. 4) 법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용 5) 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여․배당․기타 사외유출․사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. 6) 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호생략)에게 귀속된 것으로 본다.

• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여 7) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 8) 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득․수익․재산․행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득․수익․재산․행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다. 9) 국세기본법 제16조 【근거과세】

① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치․기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치․기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 국세를 조사․결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

• 다. 사실관계

1. ○○ 지방국세청장은 2006년 12월～2007년 4월 중 ○○제약에 대하여 법인 제세 통합조사를 한 결과, 청구법인이 2001년 제2기～2004년 제2기 과세기간 중

○○제약의 3개 지점으로부터 공급가액 2,048,981천원(○○지점 1,233,932천원, ◇◇지점 748,181천원, △△지점 66,868천원)의 매입세금계산서를 수취한데 대하여, 쟁점매입처(○○지점)로부터 수취한 공급가액 1,233,932천원의 세금계산서 중 쟁점매입금액(709,682천원)의 세금계산서를 가공세금계산서로 보아 이를 처분청에 과세자료로 통보하였음이 조사복명서 등에 의하여 확인된다. (단위: 천원) 기 분 합 계

○○부 ◇◇ △△ 합 계 2,048,981 1,233,932 748,181 66,868 2001.2 123,061 114,474 8,587

• 2002.1 70,096 68,004 2,092

• 2002.2 262,184 261,115

• 1,069 2003.1 293,249 137,428 131,980 23,841 2003.2 513,805 333,676 163,803 16,326 2004.1 356,809 202,752 128,425 25,632 2004.2 429,777 116,483 313,294

• 2) 처분청은 위 통보내용에 따라 쟁점매입금액을 손금불산입하고 동 부가 가치세 상당액 70,968,200원을 손금산입하여, 청구법인에게 2001.7.1. ～2002.6.30. 사업연도부터 2004.7.1. ～2005.6.30. 사업연도까지의 법인세 312,807,990원을 경정 ․고지하였고, 쟁점매입금액의 공급대가 780,650,200원을 대표자인 최○○에게 상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지 하였는바, 청구법인은 이에 대하여 쟁점매입금액의 의약품을 실물거래 없이 가공매입 한 사실은 인정하지만 쟁점매입처로부터 가공매입 한 의약품을 쟁점매출처들에게 쟁점매출금액에 전액 매출한 것으로 가공매출 처리하였다고 주장하고 있다.

3. 청구법인이 쟁점매출처들에게 매출세금계산서를 발행한 내역은 아래와 같음이 국세통합전산망(TIS)에 의하여 확인된다. (단위: 천원) 기 분 합 계

○○약품

○○약국

○○○ 합 계 2,189,921 397,411 1,132,054 660,456 2001년 제2기 11,907 10,459

• 1,448 2002년 제1기 60,899 53,605

• 7,294 2002년 제2기 148,597 111,806 27,749 9,042 2003년 제1기 670,188 90,273 569,142 10,773 2003년 제2기 481,989 76,063 371,376 34,550 2004년 제1기 495,225 48,740 163,787 282,698 2004년 제2기 321,116 6,465

• 314,651

4. 청구법인은 쟁점매입금액의 가공매입과 관련하여 쟁점매출처들에게 아래와 같이 쟁점매출금액의 가공매출을 하였다고 주장하고 있다. (단위: 천원) 기 분 쟁점매입금액 (공급대가) 쟁점매출금액 소 계

○○약품

○○약국

○○○ 합 계 780,650 791,852 184,815 359,063 247,974 2001년 제2기 57,725 1,551 1,551

• - 2002년 제1기

• 43,499 43,499

• - 2002년 제2기 230,954 82,227 80,657 1,570

• 2003년 제1기 102,645 236,534 59,108 177,426

• 2003년 제2기 229,185 150,258

• 126,194 24,064 2004년 제1기 122,004 235,508

• 53,873 181,635 2004년 제2기 38,137 42,275

• - 42,275

5. 청구법인은 쟁점매입처로부터 가공매입 한 의약품을 쟁점매출처들에게 쟁점매출금액에 전액 매출한 것으로 가공매출 처리하였다고 주장하면서 그 입증서류로 당시의 외상매출장, 외상매입장, 의약품수불장, 법인결산서상 상품재고명세서 등의 사본을 제시하고 있는바, 이들 증빙들은 쟁점매입금액과 쟁점매출금액의 가공거래사실을 인정하여 달라는 것으로 청구주장을 변경하면서 새로이 제시한 것들이 아니라 쟁점매입처로부터 쟁점매입금액의 의약품을 실제 구입하였다고 주장한 2008.2.25.자 당초 심사청구시에 제시된 것이며, 동 장부들 중 2003.6.30. 이전분은 도트프린터로 출력된 것이고, 그 이후는 레이저프린터로 출력된 것으로서, 그 취급하는 의약품을 품목별로 전산시스템에 의하여 입고와 출고 관리를 한 사실이 확인된다.

6. 청구법인이 제시한 위 외상매출장 사본을 보면, 연도별․거래처별 외상매출 및 그 회수내역이 기록되어 있으며, 동 외상매출금 장부에 쟁점매출금액이 모두 외상매출 되었다가 회수된 것으로 기재되어 있는 것으로 확인된다.

7. 청구법인이 제시한 위 외상매입장 사본을 보면, 연도별․거래처별 외상매입 및 그 반제내역이 기록되어 있으며, 쟁점매입금액이 모두 외상매입 되었다가 반제된 것으로 기재되어 있는 것으로 확인된다.

8. 청구법인이 제시한 위 의약품수불장 사본을 보면, 약품별로 그 수불내역이 기록되어 있으며, 동 수불장에 쟁점매입금액 및 쟁점매출금액의 수불내역도 기재되어 있는바, 쟁점매입금액의 의약품은 청구주장대로 쟁점매출처들에게 매출한 것으로 처리되어 있음이 확인된다.

9. 청구법인이 제시한 위 법인결산서상 상품재고명세서 사본을 보면, 매 결산기 말 현재의 의약품 재고에 대하여 그 매입처별․약품별 규격․수량․단가․금액 등이 기록되어 있으며, 동 상품재고명세서상의 각 의약품 기말재고액은 위 의약품 수불장상의 기말 재고액과 일치하고 있음이 확인된다.

10. 청구법인이 쟁점매출금액을 가공매출금액이라고 그 주장을 변경하면서 우리 청에 제시한 세금계산서와 거래명세서 사본을 보면, 쟁점매입금액과 관련된 의약품이 쟁점매출처에게 쟁점매출금액에 매출한 것으로 되어 있으며, 가공매출금액에 대해서만 별도로 세금계산서를 발행한 것이 아니라 동 가공매출금액을 정상매출금액에 포함시켜 발행하였음이 확인된다.

11. 청구법인의 2002년 제1기～2004년 제2기 과세기간의 각 과세기간별 매출처는 최소 231개 업체부터 최대 300개 업체임이 국세통합전산망 등에 의하여 확인된다.

12. 청구법인이 가공매출처라고 주장하는 ○○약품은 1990.6.13. 개업하여 2004.9.30. 폐업하고 심리일 현재 1,438,338천원이 결손처분 된 법인이고, ○○약국은 2002.3.29. 개업하여 2003.8.30. 폐업한 개인사업자이며, ○○○은 2001.10.22. 개업하여 2006.6.30. 폐업하고 심리일 현재 385,001천원이 결손처분 된 법인임이 국세통합전산망 등에 의하여 확인된다.

13. 청구법인은, 청구주장의 “쟁점매출처들에게 가공매출을 하여 수금한 금액으로 쟁점매입처에 외상매입금으로 지급하였다”는 의미에 대하여, 이는 “장부상 표현”일 뿐 그 실제는 가공매출금액과 가공매입금액이 서로 상계된 것이라고 주장하고 있다.

• 라. 판단 이상의 사실관계 등을 종합하여 보면, 청구법인은 청구법인이 취급하는 의약품이 수천 종류나 되기 때문에 이를 관리하기 위해서 전 의약품을 품목별로 전산시스템에 의하여 수불을 하였고, 쟁점매입처로부터 매입한 모든 품목도 전산시스템에 의하여 입고와 출고 관리를 하였으며, 전산시스템에 의하면 쟁점매입처로부터 매입한 쟁점매입금액의 의약품은 쟁점매출처들에게 쟁점매출금액에 매출한 것으로 처리되었다고 주장하고 있는바,

1. 청구법인이 제시한 장부들에 의하면, 2003.6.30. 이전분은 도트프린터로 출력된 것이고 그 이후는 레이저프린터로 출력된 것으로서 쟁점매입처로부터 매입한 의약품을 비롯하여 그 취급 의약품을 품목별로 전산시스템에 의하여 입고와 출고 관리를 하였음이 확인되고,

2. 동 전산시스템에 의하면 쟁점매입처로부터 매입한 쟁점매입금액의 의약품은 쟁점매출처들에게 쟁점매출금액에 매출한 것으로 처리되었으며,

3. 청구법인은 쟁점매입금액과 쟁점매출금액의 가공거래사실을 인정하여달라는 것으로 청구주장을 변경하면서 가공매출처를 임의로 새로 정하여 제시한 것이 아니라 쟁점매입처로부터 쟁점매입금액의 의약품을 실제 구입하였다고 주장한 2008.2.25.자 당초 심사청구시의 매출처를 그대로 제시하고 있고,

4. 처분청은 쟁점매입금액에 대응하는 가공매출이 쟁점매출처들에만 이루어졌다는 주장은 신뢰성 및 타당성이 없다고 주장하고 있고, 또한 2002년 제1기～2004년 제2기 과세기간의 각 과세기간별 청구법인 매출처는 최소 231개 업체부터 최대 300개 업체로 상당히 많은 편이긴 하나, 가공매입을 하였다면 그에 대한 처리를 함에 있어서 그 가공매출처는 소수에 한정된다는 것이 오히려 정상적이라고 할 것인 점을 종합하여 보면, 쟁점매입금액의 가공매입사실은 인정하지만 동 매입 품목이 전산시스템에 의하여 입고와 출고 관리가 됨으로써 쟁점매출처들에게 쟁점매출금액에 매출한 것으로 처리되었다는 청구법인의 청구주장에 일응 타당성이 있어 보인다. 다만, 쟁점매출처들은 심리일 현재 모두 폐업된 업체들이고 그 중 ○○약품과

○○○은 각 1,438,338천원과 385,001천원이 결손처분 된 법인인 점을 감안하면 청구법인이 가공매출처를 임의로 선정하였을 가능성을 전혀 배제할 수는 없다고 보이고, 가공매출금액에 대해서만 별도로 세금계산서를 발행한 것이 아니라 동 가공매출금액을 정상매출금액에 포함시켜 발행한 것으로 되어 있으므로, 쟁점매입처로부터 매입한 의약품의 품목 및 수량이 쟁점매출처들에게 매출한 품목 및 수량과 대응되는지 여부 등에 대한 재조사를 실시하고 그 결과에 따라 그 과세표준과 세액 및 대표자 상여처분금액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.