소기업에 해당하는 법인의 소득금액을 단순경비율에 의해 추계 경정할 수 있는지 여부

청구법인은 2002.4.17. ○○시 ○○구 ○○2가 413번지 ○○타운 ○동 ○호에서 설립하여 컴퓨터 및 주변기기 도․소매업을 운영하다가 2004.12.31. 폐업된 법인으로서, 2004.1.1.～12.31. 사업연도(이하 “2004연도”라 한다)의 법인세과세표준 신고 시 수입금액을 3,196,391천원, 과세표준을 결손금 204,103천원으로 하여 신고하였다. 처분청은 2007년 9월 청구법인에 대한 “자료상 수취자 조사”를 실시하면서 청구법인은 청구외 C사 등 5개 업체로부터 2,684,931천원의 가공매입 세금계산서 등을 수취하여 2004연도에 청구법인이 매출원가로 신고한 3,153,240천원의 대부분을 차지하고 있으므로 이는 청구법인이 신고한 장부 또는 증빙서류의 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당한다 하여 기준경비율에 의해 추계경정 하였다. 이에 처분청은 2007.11.16. 청구법인에게 2004연도의 추계소득금액 2,033,598천원에 대한 법인세 658,103,830원을 경정․고지하고, 대표이사 ○○○(이하 “○○○”이라 한다)에게 같은 금액의 소득금액변동통지를 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.2.11. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 처분청은 2004연도의 소득금액을 기준경비율로 추계경정 하고 32억원의 매출에 18억원의 소득금액이 발생된 것으로 하여 법인세를 경정하고 대표자에게 상여처분 하였으나, 2004연도의 매출액 대비 과세표준의 비율을 계산하면 56%로서 단순경비율에 의한 소득율 8.2%보다 너무 높아 합리성이 없는 부당한 처분이고,
• 나. 법인세법 시행령 제104조 제2항 제3호 에서 추계경정 방법을 “ 조세특례제한법 규정에 의한 소기업이 폐업한 때에는 소득세법 시행령 제143조 제3항 제1호 의2 규정을 준용하는 방법 등 합리적인 방법으로 인정되어 국세청장이 정하는 방법으로 경정할 수 있다”라고 규정하고 있어 청구법인의 소득금액은 단순경비율로 적용하여야 하므로 처분청이 기준경비율로 추계 경정하고 청구법인에게 고지한 당초 처분은 부당하다.

• 가. 법인세법 시행령 제104조 제2항 에 추계경정 또는 경정을 하는 경우에는 기준경비율에 의하여 결정 또는 경정할 수 있다고 규정되어 있으므로 기준경비율에 의해 경정한 당초 처분은 정당하고,
• 나. 청구법인은 2004연도에 가공매입 2,684백만원을 수취하고 가공매출에 대한 혐의자료 460백만원을 발행한 혐의로 관할 ○○경찰서에 고발된 법인으로서 명백한 탈루혐의가 있는 청구법인의 소득금액을 기준경비율로 경정하고 고지한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 법인세과세표준을 추계 경정함에 있어, 소기업에 해당하는 법인의 소득금액을 단순경비율에 의해 추계 경정할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① ～② (중략)

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.(이하 생략) 2) 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여․배당․기타 사외유출․사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.(중략) 3) 법인세법 시행령 제104조 【추계결정 및 경정】

① 법 제66조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재․상품․제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량․전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제66조 제3항 단서의 규정에 의한 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각호의 1의 방법에 의한다.

1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.

• 가. 매입비용(사업용고정자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이조에서 같다)과 사업용고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액
• 나. 대표자 및 임원 또는 사용인의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액
• 다. 사업수입금액에 소득세법 시행령제145조의 규정에 의한 기준경비율(이하 “기준경비율”이라 한다)을 곱하여 계산한 금액

2. (중략) 3.조세특례제한법제7조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 소기업이 폐업한 때에는 소득세법 시행령제143조 제3항 제1호의2 규정을 준용하는 방법 등 합리적인 방법으로 인정되어 국세청장이 정하는 방법(이하 생략) 4) 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법 제46조 제12항 의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주등인 임원중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다)에게 귀속된 것으로 본다.

• 가. 귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당
• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

② 제104조 제2항의 규정에 의하여 결정된 과세표준과 법인의 대차대조표상의 당기순이익과의 차액(법인세 상당액을 공제하지 아니한 금액을 말한다)은 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 본다(단서 생략, 이하 생략) 5) 소득세법 시행령 제143조 【추계결정 및 경정】

① ～② (중략)

③ 법 제80조 제3항 단서의 규정에 의하여 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각호의 방법에 의한다. 다만, 제1호의 2의 규정은 단순경비율 적용대상자에 한하여 적용한다.

1. (중략) 1의 2. 수입금액에서 수입금액에 단순경비율을 곱한 금액을 공제한 금액을 그 소득금액으로 결정 또는 경정하는 방법 6) 법인세법 시행령 부칙 제14조【추계결정방법의 적용례】(2003.12.30.대통령령 제18174호로 개정된 것) 제104조 제2항의 개정규정은 이 영 시행(2004.1.1.)후 추계결정 및 경정하는 분부터 적용한다. 7) 조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】

① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2008년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권 안에 소재하는 경우에는 모든 사업장이 수도권 안에 소재하는 것으로 보아 제2호에서 규정하는 감면비율을 적용한다.

1. (중략)

• 가. 대통령령이 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업”이라 한다)이 도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업 및 관광산업(이하 이 조에서 “도매업 등”이라 한다)을 영위하는 사업장: 100분의 10 (이하 생략) 8) 조세특례제한법 시행령 제6조 【중소기업에 대한 특별세액감면】

⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 “대통령령이 정하는 소기업”이라 함은 중소기업 중 제2조 제1항 제1호의 규정에 의한 상시 사용하는 종업원수가 다음 각호의 요건을 충족하는 기업을 말한다.

1. 제조업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 100명 미만일 것

2. 광업ㆍ건설업ㆍ물류산업 또는 운수업 중 여객운송업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 50명 미만일 것

3. 기타의 사업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 10명 미만일 것

• 다. 사실관계

1. 2007.9. 처분청의 ‘자료상혐의자(수취자) 조사종결보고서’를 보면,

• 가) 청구법인은 폐업일자를 2004.12.31.로 하여 직권 폐업된 자로서 청구외 주식회사 C사 등 자료상으로부터 매입세금계산서를 수취하였으므로 조사 대상자로 선정되었고, ○○○은 처분청의 요구에 따라 출석하여 본인이 실사업자임을 확인하였다.
• 나) 청구법인은 컴퓨터 주변기기의 적기, 최저가 공급을 목적으로 28개 판매상들이 주주가 되어 설립되어 네트워크 형태로 운영되다가 청구법인이 덤핑상품을 구매하는 과정에서 수취한 매입세금계산서의 문제점 등이 발생되었고, 각 회원사들의 참여도 또한 저조하게 됨으로써 수익 창출에 실패하여 결국 폐업한 법인이다. 정상매입처 구 입 청구법인을 포함 판 매 주주회사 및 일반거래처 덤핑매입처 ⇨ 28개의 주주인 판매상들 ⇨

○○, □□ 등 대형거래처

• 다) 청구법인의 거래 흐름도는 다음과 같다.
• 라) 처분청이 위 거래흐름도 상에 있는 매입처들을 조사한 내용을 보면,

(1) 청구외 주식회사 C사로부터 2004년 제1기 매입금액 512,601천원, 주식회사 H사로부터 2004년 제2기 매입금액 294,398천원, 주식회사 P사로부터 2004년 제1기 매입금액 29,771천원과 2004년 제2기 매입금액 1,041,188천원, 주식회사 PE사로부터 2004년 제2기 매입금액 225,880천원, 주식회사 E사로부터 2004년 제2기 매입금액 40,020천원은 실제로 자금이 지급된 사실이 확인되지 않으며 또한, 상기 거래처들로부터 받은 세금계산서에 대신하여 실제로 물품을 구입하였다는 거래처도 확인되지 아니할 뿐만 아니라, ○○○의 답변에서도 덤핑물건을 구입하고 세금계산서만 수수한 거래이며, 상기 거래처는 실제 매입처는 아니라고 답변하고 있으므로 처분청은 이를 가공매입 금액으로 확정하였다.

(2) 매입처들 중 청구외 K사로부터 2004년 제1기 매입금액 350,000천원은 가공 세금계산서만 수취하고 그에 대한 실제 매입처가 확인되는 위장 거래를 한 사실이 있다 하여 처분청은 실제 매입처에 과세자료를 파생하고 위장매입으로 확정하였다.

(3) 거래사실에 대해 소명을 불응한 청구외 주식회사 EV사외 4개 업체에 대해서는 자료상혐의 자료로 관할세무서에 통보하였다.

(4) 처분청은 청구외 T사외 5개 업체에 대해서는 금융계좌를 통한 구매대금의 결제, 물량흐름 등이 정상적으로 이루어진 실거래로 판단하고 조사에서 제외하였다.

• 마) 또한, 처분청이 매출처에 대해 조사한 내용을 보면,

(1) 청구외 주식회사 G사에 2004년 제1기 매출금액 10,200천원, HU사에 2004년 제1기 매출금액 100,200천원, 주식회사 K사 2004년 제2기 100,810천원을 매출한 것에 대해 처분청은 청구법인이 모든 거래를 전산시스템으로 하고 있으나 이들 업체로부터 수기된 입금표를 수취하였고, 상품에 대한 물량흐름이 불명확하고, 자금거래에 따른 통장 거래의 내용이 불분명하다 하여 가공혐의가 있는 거래로 판단하였다.

(2) 청구외 CY사외 5개 업체는 거래사실에 대한 소명요구에 불응하였으므로 자료상 혐의자료로 관할세무서에 통보하였다.

(3) 청구외 주식회사 D사외 9개 업체는 대금결제, 물량흐름 등으로 보아 정상 거래로 판단된다고 거래처 조사에서 제외하였다.

2. 이에 따라 처분청은 2004연도의 법인세 소득금액을 계산하면서 청구법인은 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당한다고 하여 기준경비율에 의해 추계 경정한 내용이 처분청의 경정결의서 등에 의해 확인된다.

3. 한편, 2004연도에 청구법인의 위장․가공거래 수취금액을 기준으로 조사청과 청구법인간의 추계 경정 방법 상 기준경비율과 단순경비율에 따라 차이가 발생한 소득금액을 계산하면 다음과 같다. 2004년1기 2004년2기 총 매입금액 가공금액 위장금액 정상매입 총 매입금액 가공금액 위장금액 정상매입 1,342,428 570,372 322,000 450,056 1,810,812 1,601,486

• 209,327 인건비 위장 매입금액 1기 매입금액 2기 매입금액 주요경비 기준 경비율 기준율 적용금액 비용합계 12,000 322,000 450,056 209,327 993,383 5.3% 169,409 1,162,792 매출액 코드번호 단순 경비율 단순 경비액 단순율 소득금액 비율 기준경비 소득 비율 3,196,391 515050 91.8% 2,934,287 262,104 8.2% 2,033,598 63.6% (단위: 천원) ※기준율 적용금액 산출은 매출액 3,196,391천원 × 기준경비율 5.3%를 한 금 액으로 산출된 것임 ※비율은 단순경비율과 기준경비율의 소득금액이 외형에서 차지하는 비율임

4. 또한, 청구법인이 조세특례제한법에 규정하고 있는 소기업의 범위에 해당하는지 여부에 대해서 살펴보면, 청구법인은 도소매업을 운영하고 있어 법 규정상 상시 사용하는 종업원수가 10인 미만이어야 하는바, 청구법인은 ○○○ 대표이사와 청구외 □□□ 이사가 청구법인을 운영하였으며, ○○○은 ○○특별시 서초동 소재 청구외 주식회사 신영아이티의 대표이사로도 근무하고 있어 청구법인의 임직원으로서 실지 매출․매입 등을 취급한 자는 이사 1인이었던 사실이 국세통합전산망의 원천징수이행상황 내용 등을 통해 확인된다.

• 라. 판단 청구법인은 매출원가에 대해 실물거래 없는 가공 매입세금계산서를 과다하게 교부받아 이를 매출원가로 허위 계상하여 처분청은 청구법인의 2004연도 법인세 과세표준을 법인세법 제66조 제3항 단서규정에 의하여 추계 경정하면서 법인세법 시행령 제104조 제2항 제1호 에서 규정하는 기준경비율에 의해 경정한 반면, 청구법인은 이를 단순경비율에 의해 추계 경정하여야 한다고 주장하고 있으나, 같은법 시행령 같은조 제2항 제3호의 규정에 의해 단순경비율을 적용함에 있어서는 조세회피 목적 없이 성실히 사업을 하였던 법인에 한하여 이를 적용하여야 하는바, 청구법인의 경우와 같이 가공원가 등을 과다하게 구성하는 등 명백한 탈루혐의가 발생한 소기업에 대해서까지 단순경비율을 적용하여 결정 또는 경정할 수는 없는 것이므로 처분청이 청구법인의 2004연도의 법인세 과세표준을 기준경비율에 의하여 추계 경정함은 타당하다 할 것이다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.