경정한 경우에도 경정청구를 통하여 중소기업특별세액 감면을 적용할 수 있는지

청구법인은 ◎◎도 ◎◎시 ◎◎동 360번지에서 주식회사◎◎◎이라는 법인명으로 공기압부품 제조업을 영위하는 법인으로서, 2004.1.1.～12.31. 사업연도에 법인세 등과 잡손실 24,786, 400원을 익금에 산입하고, 2005.1.1. ～12.31. 사업연도에 같은 과목으로 하여 15,104,690원을 익금에 산입하고 중소기업에 대한 특별세액 감면세액(이하 “중소기업특별감면”이라 한다)을 공제한 후 법인세 35,682,111원(2004.1.1.～12.31. 사업연도 22,096,017원, 2005.1.1.～12.31. 사업연도 13,586,094원)을 자진신고․납부하였다. 처분청은 2007.1.23.～3.7. 기간으로 청구법인에 대한 법인세 일반통합조사를 실시하면서, 2004.1.1.～12.31. 사업연도에 매출누락 외 4가지 과목 1,547, 636,401원을 익금에 산입하고, 인건비 외 3가지 과목 498,360,659원을 손금에 산입하여 차감합계 1,049,275,742원(이하 “쟁점1금액”이라 한다)을 적출하고, 2005.1.1.～12.31. 사업연도에 같은 과목으로 하여 1,263,624,022원을 익금에 산입하고, 손금에 대해서도 2004.1.1.～12.31. 사업연도와 같은 과목으로 460,224,194원을 산입하여 차감합계 803,399,828원(이하 “쟁점2금액”라 한다)을 적출하고 2007.5.1. 청구법인에게 법인세 679,845,872원(2004.1.1～12.31. 사업연 도 410,401,111원, 2005.1.1.～12.31. 사업연도 269,444,761원)을 경정․고지하였다. 이에 2007.7.18. 청구법인은 쟁점1,2금액에 대해 법인세 과세표준 및 세액의 경정청구 를 하고 중소기업특별감면 68,496,088원과 가산세 11,239,520원, 합계 79, 735,608원(2004.1.1.～12.31. 사업연도 34,798, 287 원, 2005.1.1～12.31. 사업연도 44,937, 321 원)을 공제하여 환급신청을 하였다. 처분청은 청구법인의 환급신청에 대해 쟁점1,2금액은 법인세 일반통합조사에 의해 이미 경정한 사항이고 부당과소신고금액에 해당하므로 중 소기업특별감면을 적용할 수 없다하여 2007.9.

14. 청구법인에게 환급거부 통지를 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.11.16. 이 건 심사청구를 하였다.

청구법인은 자동화기기부속품 제조업을 주된 사업으로 하는 종업원 100명 미만의 중소기업으로서 국세종합상담센타 서이 46012-10113(2003.1.16.)을 보면 ‘감면대상소득 또는 감면대상이 아닌 소득이 경정되는 경우에도 조세특례제한법 제7조 의 중소기업특별감면은 경정후의 산출세액, 과세표준, 감면대상소득을 기준으로 감면 및 세액공제액을 재계산하도록 하고 있어 경정이 되는 경우에도 감면혜택을 준다’라고 하고 있으므로 이는 영세중소기업의 육성, 종업원의 고용증진을 지원해 주는 제도라고 판단되는바, 처분청이 쟁점1,2금액을 경정하였더라도 청구법인은 중소기업에 해당하므로 중소기업특별감면을 받 을 수 있음에도 이런 취지와는 반해서 처분청이 감면을 배제하고 환급을 거부 통지한 당초 처분은 부당하다.

법인세법 규정에 의하여 경정하는 경우 부당과소신고 금액에 대해서는 중소기업특별감면을 적용하지 아니하는 것인바, 처분청이 법인세 일반통합조사와 관련하여 증액 결정한 부당과소신고금액에 대하여는 중소기업특별감면을 추가로 적용할 수 없으므로 청구법인이 제출한 법인세 경정청구에 대해 처분청이 감면을 배제하고 환급거부 통지한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점1,2금액에 대하여 조사에 의해 경정한 경우에도 경정청구를 통하여 중소기업특별세액 감면을 적용할 수 있는지의 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】

① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2008년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. 다만, 내국법인이 본점 또는 주사무소가 수도권 안에 소재하는 경우에는 모든 사업장이 수도권안에 소재하는 것으로 보아 제2호에서 규정하는 감면비율을 적용한다.

• 가. 제조업(중략)

• 가. 대통령령이 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업”이라 한다)이 도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업 및 관광산업(이하 이 조에서 “도매업 등”이라 한다)을 영위하는 사업장: 100분의 10
• 나. 소기업이 수도권안에서 제1호의 규정에 의한 감면업종 중 도매업 등을 제외한 업종을 영위하는 사업장: 100분의 20(이하 생략) 2) 조세특례제한법시행령 제6조 【중소기업에 대한 특별세액 감면】

① ～ ④ (중략)

⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 “대통령령이 정하는 소기업”이라 함은 중소기업 중 제2조 제1항 제1호의 규정에 의한 상시 사용하는 종업원수가 다음 각호의 요건을 충족하는 기업을 말한다.

1. 제조업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 100명 미만일 것 (이하 생략)

3. 조세특레제한법 제128 조【추계과세시 등의 감면배제】

① ～② (중략)

③ 소득세법 제80조 제2항 또는 법인세법 제66조 제2항 의 규정에 의하여 경정을 하는 경우와 국세기본법 제81조의6 의 규정에 의한 세무조사 사전통지를 받은 후 수정신고를 하는 경우에는 대통령령이 정하는 과소신고금액에 대하여 제6조, 제7조, 제30조의2, 제31조 제4항․제5항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조 내지 제68조, 제102조, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조의 규정을 적용하지 아니한다. 4) 조세특례제한법시행령 제122조 【과소신고소득금액의 범위】 법 제128조 제3항에서 “대통령령이 정하는 과소신고금액”이라 함은 법인의 경우에는 법인세법 시행령제118조의 규정에 의한 부당과소신고금액을 말하며, 개인의 경우에는 이를 준용하여 계산한 금액을 말한다.) 5) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① (중략)

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

2. 제120조 또는 제120조의 2의 규정에 의한 지급조서, 제121조의 규정에 의한 매출․매입처별계산서합계표 또는 매출․매입처별세금계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때(이하 생략) 6) 법인세법 시행령 제118조 【과소신고금액의 계산 등】

① ～③ (중략)

④ 법 제76조 제1항 제2호 가목에서 “대통령령이 정하는 부당과소신고금액”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 금액을 말한다. 1.～4. (중략)

5. 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가를 장부에 계상하지 아니하거나 과소계상함에 따라 익금에 산입한 금액

6. 기타 익금을 고의로 누락하거나 손금을 허위로 계상하여 익금에 산입한 금액 4) 조세특례제한법 해석편람 7-2-16【중소기업에 대한 특별세액감면 재계산】 감면대상 소득 또는 감면대상이 아닌 소득이 법인세법 제66조 제2항 에 의하여 경정되는 경우, 조세특례제한법 제7조 중소기업 특별세액감면은 경정 후의 산출세액, 과세표준, 감면대상소득을 기준으로 법인세법 제59조 의 규정에 따라 재계산하여 적용하는 것입니다.(서이 46012-10113, 2003.1.16.)

• 다. 사실관계 및 판단

1. 처분청은 청구법인에 대하여 2007.1.23.～3.7. 기간으로 법인세 일반통합조사를 실시하고 쟁점1,2금액에 대하여 법인세를 경정․고지한 사실이 경정결의서에 의해 확인된다. 구분 쟁점1금액(2004년) 쟁점2금액(2005년) 소득처분 익금 손금 익금 손금 매출누락 354,015,548 478,520,400 상여 매출누락부가세 32,183,231 43,501,854 기타 가공인건비 671,808,157 263,687,290 상여 과다계상전기료 17,841,706 78,526,392 상여 전기료부가세 1,621,974 7,138,762 기타 무자료매출 433,570,890 394,155,354 366,369,990 333,063,628 기타유출 외국인인건비 70,400,100 70,400,100 76,519,950 76,519,950 기타 합 계 1,547,636,401 498,360,659 1,263,624,022 460,224,194 <소득금액 증가내역> (단위: 원)

2. 쟁점1,2금액은 법인세법 시행령 제118조 에 규정하고 있는 부당과소신고금액인 것에 대해서는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

3. 처분청은 2007.5.1. 2004.1.1.～12.31. 사업연도 법인세 410,401,111원 및 2005.1.1.～12.31. 사업연도 법인세 269,444,761원을 청구법인에게 경정 ․고지한 사실과 2007.5.21. 고지된 법인세액 전부가 징수유예된 사실이 국세통합전산망 자료에 의해 확인된다.

4. 청구법인은 2007.7.18. 처분청에 경정청구서를 제출하면서 쟁점1,2금액을 그대로 기재한 후 중소기업특별감면을 추가로 적용하여 처분청에 제출한 사실이 확인 된다.

5. 처분청은 2007.9.14. 청구법인에게 경정청구에 대한 거부 통지를 ‘귀 법인이 2007.7.18. 청구한 2004～2005 사업연도분 법인세 경정청구의 내용(중소기업특별세액 감면 추가적용 경정청구)을 검토한 결과, 법인세 일반통합조사에 의하여 경정한 사항에 대한 경정청구 건으로, 법인세법 제66조 제2항 의 규정에 의하여 경정한 경우에는 조세특례제한법 제128조 제3항 의 규정에 의하여 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하지 아니하는 것이므로, 국세기본법 제45조의2 제3항 의 규정에 의하여 거부통지 합니다.’라고 회신한 사실이 있다.

6. 이상의 사실을 종합하여 볼 때, 청구법인은 설령 쟁점1,2금액에 대하여 처분청이 경정하였다고 하더라도 중소기업에 해당하면 중소기업특별감면이 가능하다고 주장하고 있으나, 조세특례제한법 제128조 의 규정에는 법인세법 제66조 제2항 의 규정에 의하여 경정을 하는 경우와 국세기본법 제81조의6 의 규정에 의한 세무조사 사전통지를 받은 후 수정신고를 하는 경우에 부당과소신고금액에 대하여는 중소기업특별감면을 적용할 수 없다고 규정하고 있는바, 쟁점1,2금액은 부당과소신고금액으로서 처분청이 중소기업특별감면을 배제하고 이를 경정․고지한 것을 청구법인이 다시 경정청구를 통해 추가로 중소기업특별감면을 적용할 수는 없다고 할 것이다. 따라서, 처분청이 중소기업특별감면을 배제하고 청구법인에게 경정청구를 거부 통지한 당초 처분은 정당하고 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.