조세심판원 심사청구 법인세

실권주 재배정에 따른 분여이익을 부당행위계산 부인시 손금산입 동시 여부

사건번호 심사법인2007-0113 선고일 2007.12.28

특수관계 있는 자로부터 자산을 시가초과하여 매입한 경우로서 그 대금의 전부를 지급한 때에는 시가초과액은 익금에 산입함과 동시 손금에 산입하여 사내유보로 처분함이 타당함

주 문

○○세무서장이 2007.3.10. 청구법인에게 한 법인세 2001년 사업연도 694,105,220원의 부과처분은 청구법인의 2001년 사업연도 소득금액을 계산함에 있어서 2001.1.21. 유상증자에 대한 실권주 분여이익액 176,422천원을 차감한 1,345,874천원에 대하여 익금산입하고 동시에 고가취득에 따른 자산감을 위해 같은 금액으로 손금산입하여 과세표준과 세액을 경정 합니다.

1. 처분내용
  • 가. 청구법인은

○○ 시

○○ 동

○○ -22

○○ 빌딩 8층에 본점을 둔

○○ (주)(2007.10.1. 법인명 변경 벅스

○○ (주)에서, 그 이전 법인명은 (주)

○○ 였음, 이하 “청구법인”이라 한다)로서 子 회사인 (주)

○○ (이하 “청구외법인”이라 한다)의 유상증자(1․2차 유상증자, 2001.1.21, 2001.8.1.)시 청구외법인의 주주이며 대표이사인 이

○○ (이하 “이

○○ ”이라 한다)이 포기한 실권주 전부(1․2차 유상증자시 7,140주, 28,379주)를 재배정 받아 유상증자에 참여하였다.(이하 “쟁점유상증자”라 한다)

  • 나. ○○ 지방국세청장(이하 “조사청”이라 함)은 2005.10.27.부터 2005.12.21.까지 청구외법인에 대하여 주식변동조사를 실시한 결과, 청구법인이 청구외법인의 2001년도 1․2차 유상증자시 이

○○ 이 포기한 실권주를 재배정 받으므로 1주당 인수가액(1․2차 유상증자시 43,642원, 75,000원)과 1주당 평가액(1․2차 유상증자시 18,933원, 27,575원)의 차액 1,522,696,853원에 대하여 이○○에게 이익을 분여한 것으로 판단하고 법인세법 제52조 【부당행위계산부인】규정에 의거 1,522,696,853원의 과세자료를 2006.1.5. 청구법인 관할세무서로 통보하였다.

  • 다. ○○ 세무서장(이하 “처분청”이라 함)은 조사청으로부터 통보된 과세자료에 의거 청구법인에게 2001년 사업연도 소득금액 계산시 1,522,696,853원을 익금 산입하여 법인세 694,105,220원을 2007.3.10.자로 결정 고지하였다.
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2007.5.31. 이의신청을 거쳐 2007.11.9. 이 건 심사청구를 하였다.
2. 청구주장
  • 가.

○○ 은 청구외법인의 주주일 뿐 청구법인과는 특수관계에 해당되지 아니한다. 구 법인세법 시행령 제11조 제9호 에서󰡒제88조 제1항 제8호의 각목규정에 의하여 특수관계자로부터 분여받은 이익󰡓이라고 규정하고 있고 같은법 시행령 제88조 제1항 제8호의 본문에 "주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우"라고 규정하면서 같은 호의 나목에 "법인의 증자에 있어서 신주를 배정받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우"라고 규정되어 있다. 이는 유상증자 당시 신주인수포기와 관련하여 법인주주가 특수관계에 있는 다른 법인주주에게 이익을 분여한 경우에만 부당행위계산부인규정을 적용하여 법인소득으로 과세할 수 있음을 뜻하는 것으로 이 건의 경우와 같이 개인주주가 신주인수를 포기함에 따라 청구법인이 신주를 인수한 경우에는 적 용하지 아니하는 것으로 보아야 할 것이다. (국심 2002서1767, 2002.10.14, 국심 2003서 876, 2003. 6.12. 같은 뜻임) 따라서 부당행위계산을 적용한 것은 부당한 과세처분이다. 이

○○ 은 청구외법인의 대표자로서 청구법인과는 특수관계에 해당하지 아니한다. 2001.1.21 1차증자시 청구외 이○○은 청구법인의 이사로 등재되어 있지 아니하므로 당연히 특수관계자에 해당하지 아니할 뿐 아니라 2001.8.1 2차 증자시에는 청구법인의 이사로 등재된 사실이 있다.(2001.3.23 취임)

  • 나. 청구외법인의 유상증자는, 청구법인이 수년간 운영하여 오다가 실패한 사업부문이라고 판단한 CSN사업부분(고용인원을 포함한 부문)을 떼어서 청구 외법인에게 양도하였으나, 청구외법인의 기존 개인주주들은 증자 자금조달 여력이 없어 거액의 증자에 참여할 수 없는 형편이었고, 부실 사업부분을 인수하는 것을 부담하는 것은 부당하다는 청구외법인 기존주주들의 반발 때문에 청구외법인의 회생을 위하여는 증자 여력이 있고 대주주인 청구법인이 불균등증자에 불구하고 청구외법인의 증자에 참여 할 수밖에 없는 상황이었다. 이와 같은 사유로 인하여 평가가액이 발행가액의 2배 이상인 이 사건의 경우 신주의 인수를 포기하고 법인과 특수관계에 있는 자로 하여금 신주인수를 받도록 한 사안에서, 제반 사정에 비추어 그 신주인수권을 포기한 것이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 용인할 만한 상당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 보아 경제적 합리성을 결한 부당행위에 해당하지 아니하므로(대법원 96누 9966호, 1997.2.14, 대법원 2004두 6280, 2004.10.28) 쟁점 실권주에 대한 부당행위계산의 부인 규정 적용은 부당하다.
  • 다. 또한, 법인세법시행령 제72조 제3항 규정이 1998.12.31.개정된 이후부터 2002.12.30.개정되기 이전(이하 “동 기간” 이라 합니다)에는 실권주를 고가취득한 경우 시가초과액을 취득가액에서 제외하는 명문규정이 없으므로, 동 기간 중 고가 취득한 실권주를 취득가액에서 차감하지 않는 경우 과세형평에 위배된다는 국세심판원의 결정(국심 2003서 2574, 2003.12.16, 국심 2004서 4097, 2007.1.4, 국심2006서 2397, 2007.8.10외 다수)과 국세청 심사법인2002-54호(2002.10.25), 국세청 과세적부심 2003-3032호(2004.4.23) 및 국세청 법인 2004-354호(2004.2.16) 내부지침에 따라, 동 기간 중 고가취득한 실권주에 대하여도 일반자산의 취득가액산정방법과 동일하게 적용하여야 할 것이다.
3. 처분청 의견
  • 가. 청구법인은 이○○이 특수관계자가 아니고 단지 주주일 뿐이라고 주장하나, 청구외법인에 대한 세무조사시 당시 청구외법인의 대표이사인 이○○이 확인한 바와 같이 실권주주 12명 중 이○○은 청구외법인 및 청구법인의 등기이사로서 법인세법시행령 제87조 제1항 제1호 의 규정에 의한 특수관계자로 청구법인의 주장은 이유 없다.
  • 나. 청구법인은 결손법인인 청구외법인의 갱생을 목적으로 특수관계자인 이○○이 포기한 실권주를 재배정받아 증자에 참여한 것으로 이익의 분여나 조세회피 목적이 없다고 하며 부당행위계산 부인규정을 적용하는 것은 부당하다고 주장하나,

1. 청구외법인이 2001년 결산보고서상 3,622백만원의 당기순손실이 발생한 것은 청구법인으로부터 CSN사업부분(고용인원을 포함한 부문)을 양수하면서 인건비, 시설장치 감가상각비 및 개발비 등이 급증하면서 결손이 발생한 것이며,

2. 청구법인의 유상증자시 이사회의사록을 살펴보면 유상증자의 목적으로 2001.1.2.자 이사회 이사록에는 사업 규모의 팽창으로 자본증가의 필요성으로 인한 것이고, 2001.7.30.자에는 목적사업의 수행을 위한 것으로 기술되어 있는 점 등으로 미루어 보아 청구외법인의 갱생을 목적으로 유상증자에 참여했다는 청구법인의 주장과는 맞지 않다.

3. 청구법인은 청구외법인의 이 건 유상증자와 관련하여 기존주주가 반발하여 증자에 참여하지 않았다고 주장하나, 기존주주들이 반발하였다는 근거서류를 제시하지 못하고 있으며 특수관계자인 이○○의 경우 청구외법인의 대표이사 및 대주주로서 2001.1.2. 및 2001.7.30. 이사회에서 유상증자를 찬성하였음이 이사회의사록에서 살펴볼 수 있다.

4. 청구외법인이 청구법인으로부터 CSN사업부문 매수가격이 3,990백만원인데 비해 청구법인이 유상증자에 참여한 금액은 2001.1.21. 1,469백만원, 2001.8.1. 13,302백만원 등 총 합계액이 14,771백만원으로 이는 적정 매수가격의 3.7배로 과다하게 지급된 점 등으로 볼 때 이익의 분여나 조세회피 목적이 있었다고 판단된다.

5. 따라서, 청구법인이 특수관계자의 실권주를 인수하여 고가매입한 것은 경제적 합리성이 결여된 부당거래로서 청구법인의 소득을 부당하게 감소시킨 것으로 부당행위계산 부인을 한 당초처분은 타당하다.

  • 다. 청구법인은 국세심판원의 결정(국심 2003서 2574, 2003.12.16, 국심 2004서 4097, 2007.1.4, 국심2006서 2397, 2007.8.10외 다수)과 국세청 심사법인2002-54호(2002.10.25), 국세청 과세적부심 2003-3032호(2004.4.23) 및 국세청 법인 2004-354호(2004.2.16) 내부지침에 따라, 고가취득에 따른 시가초과액의 익금산입시 손금산입을 동시에 해 달라고 주장하고 있으나, 이 건의 쟁점과 동일한 사항에 대하여 현재 대법원에 계류중(1~2심 결정은 익금산입만 타당)에 있는 등 고가취득의 경우 시가초과액을 취득시 과세한 당초처분은 법인세법에 충실하여 과세한 것이므로 적법하다 할 것이다.
4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

1. 청구외법인 유상증자시 대표이사 이○○의 실권주식을 청구법인이 고가로 재배정 받은 것이 부당행위계산부인 대상인지 여부

2. 부당행위계산부인시 시가초과액에 대하여 익금․손금 동시산입 여부

  • 나. 관련법령 등 1) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다. 2) 법인세법시행령 제11조 【수익의 범위】 법 제15조제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

9. 제88조제1항제8호의 규정에 의하여 특수관계자로부터 분여받은 이익 3) 법인세법시행령 제72조 【자산의 취득가액 등】

① 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산: 매입가액에 취득세·등록세 기타 부대비용을 가산함 금액

5. 제1호 내지 제4호외의 방법으로 취득한 자산: 취득당시의 시가

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 취득가액에는 다음 각호의 금액을 포함하는 것으로 한다.

1. 제15조 제2항 제1호의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 취득가액에는 다음 각호의 금액을 포함하지 아니하는 것으로 한다.

3. 제88조 제1항 제1호의 규정에 의한 시가초과액 [ 개정 2002.12.30]

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 취득가액에는 다음 각호의 금액을 포함하지 아니하는 것으로 한다.

3. 제88조제1항제1호 및 제8호 나목의 규정에 의한 시가초과액 4) 법인세법시행령 제87조 【특수관계자의 범위】

① 법 제52조제1항에서 "대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자"라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)를 말한다.

1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(상법 제401조의2제1항 의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족

2. 주주등(소액주주를 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족 5) 법인세법시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】

① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

8. 다음 각목의 1에 해당하는 자본거래로 인하여 주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우

  • 나. 법인의 증자에 있어서 신주를 배정받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기(그 포기한 신주가 증권거래법 제2조제3항 의 규정에 의한 모집방법으로 배정되는 경우를 제외한다)하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자간의 거래(특수관계자외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항제8호 가목 및 법 제45조제1항제1호의 규정에 의한 특수관계에 있는 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다. 6) 법인세법시행령 제89조 【시가의 범위 등】

① 법 제52조제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.

⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다. 7) 법인세법시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

3. 제1호의 규정에 불구하고 다음 각목의 금액은 기타 사외유출로 할 것

  • 자. 제88조제1항제8호의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액으로서 귀속자에게 상속세및증여세법에 의하여 증여세가 과세되는 금액

8. 법인세법기본통칙 기본통칙 67-106…9 【부당행위계산으로 부인한 시가초과액의 처분특례】

① 특수관계 있는 자로부터 자산(영업권 포함)을 시가를 초과하여 매입하는 경우에는 다음 각호와 같이 처리한다.

1. 대금의 전부를 지급한 때
  • 가. 시가를 초과하는 금액은 익금에 산입하여 이를 영 제106조 제1항 제1 호의 규정에 따라 처분하고 동 금액을 손금에 산입하여 사내유보로 처분한다.
  • 나. 그 자산을 감가상각하였을 때에는 시가초과액에 대한 감가상각비를 익금에 산입하고 사내유보로 처분한다.
  • 다. 그 자산을 양도한 때에는 시가초과액(가-나)을 익금에 산입하여 사내유보로 처분한다.
2. 대금의 일부를 지급한 때
  • 가. 시가를 초과하는 금액을 익금에 산입하여 사내유보로 처분하고 동 금액을 손금에 산입하여 사내유보로 처분하는 한편, 지급된 금액 중 시가를 초과하는 금액은 영 제106조 제1항 제1호의 규정에 따라 처분한다.
  • 나. 동 자산을 감가상각 또는 양도한 때에는 제1호 "나" 및 "다"의 예에 의하여 처분한다.
3. 대금의 전부를 미지급한 때

시가를 초과한 금액은 익금에 산입하여 사내유보로 처분하고 동 금액을 손금에 산입하여 사내유보로 처분하고 동 대금을 실제로 지급하는 때에 전 각호에 따라 처분한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 그 대금을 분할하여 지급하는 때에는 시가에 상당하는 금액을 먼저 지급한 것으로 본다.

③ 제1항의 규정에 의하여 익금산입할 감가상각비의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우, 시가초과부인액에 대한 감가상각비를 손금으로 계상하지 아니한 것이 명백한 경우에는 익금산입할 감가상각비로 보지 아니한다.

  • 다. 사실관계

1. 청구외법인은 2000.7.11. (주)

○○ 네트웍이라는 법인명으로 설립되었으며 [법인명 변경 2000.11.30. (주)

○○, 2001.1.31. (주)

○○ 네트웍, 2001.6.11. (주)

○○ 네트웍스, 2005.3.25. (주)

○○ ] 대표이사는 이○○이고 개업이후 3,633백만원의 결손법인으로 2001.1.20. 현재 최대주주는 주식 38.92%를 소유한 청구법인으로 국세청 전산자료에 의하여 확인된다.

2. 청구법인은 CTI기술을 기반으로 하는 기업용 통신시스템, 통신사업자용 대용량의 지능형 통신 솔루션 및 무선인터넷 관련 솔루션 제공사업을 영위해 온 정보통신 통합 솔루션 제공업체로 2001년 상반기에 영업이익은 116억원의 적자로 전환됨에 따라 어려움을 극복하고자, 수년간 운영하여 오다가 실패한 사업부분이라고 판단한 CSN사업부분을 청구외법인에 양도하는 구조조정안을 2001.6.7. 이사회 결의를 통해 가결하였으며, 매각가액은 3,990백만 원으로 매각하였으며, 계약서, 2001.6.30. 발행된 세금계산서 및 2001.8.2. 입금된 통장 거래내역에 의하여 거래사실이 확인된다.

3. 조사청은 청구외법인에 대한 주식변동조사를 2005.10.27.부터 2005.12.21.까지 실시한 결과가 아래와 같이 조사복명서에 의하여 확인된다.

  • 가) 청구외법인은 2001.1.21. 1차 유상증자 및 2001.8.1. 2차 유상증자를 실시하였으나 이○○을 포함한 개인주주들이 신주 인수를 포기함에 따라, 청구법인이 아래와 같이 유상증자에 참여하였다. 주주 보유주식 2001.1.21 유상 지분 (%) 2001.8.1 유상 배정주식 참여주식 배정주식 참여주식 주식수 지분(%) 청구법인 40,000 38.92 13,109 33,683 54 95,781 177,373 이○○ 21,832 21.20 7,140 실권 16 28,379 실권 소액주주 40,935 39.88 13,434 실권 30 53,213 실권 계 102,767 100 33,683 33,683 100 177,373 177,373
  • 나) 1․2차 유상증자를 전후 한 1주당 평가액과 발행가액 유상증자 시기 증자전 평가액 발행가액 증자후 평가액 차액 2001.1.21. 10,835 43,642 18,933 24,709 2001.8.1. 18,933 75,000 27,575 47,425
  • 다) 이○○의 실권으로 청구법인이 재배정 받은 주식가액 1,522,296천원(1차분 176,422천원=24,709원×7,140주, 2차분 1,345,874천원=75,000원×28,379주)에 대하여 법인세법 제52조 의 부당행위계산부인 규정에 의거 특수관계자인 이○○에게 이익을 분여한 것으로 판단하고 2006.1.5. 과세자료로 통보함.

4. 처분청은 조사청으로부터 통보된 과세자료에 의거 소득금액 계산시 시가초과액을 손금산입하지 아니하고 1,522백만원 전체를 익금산입하여 2001년 사업연도 법인세 694백만원을 2007.3.10.자로 청구법인에 경정 고지한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

5. 청구외법인의 특수관계자인 이○○은 상속세및증여세법시행령 제19조 제2항 제3호 규정에 의하여 증여세 과세요건에 해당하므로 증여가액 1,522백만원에 대한 증여세 601백만원을 고지하여 납부된 사실이 국세청 전산자료에 의하여 확인된다.

6. 이○○이 청구법인 등기이사로 취임한 날이 2001.3.23.이며 사임은 2002.8.13.로 법인등기부에 확인되고 있어 청구외법인의 1차 유상증자일인 2001.1.21. 당시는 법인세법상 특수관계자에 해당되지 아니한 것으로 확인된다.

7. 고가취득에 따른 시가초과액에 대하여 부당행위계산부인시 소득처분을 익금과 동시에 손금산입한 사례(청구법인 주장, 심사 및 심판 다수)와 익금만 산입한 경우(대법원 계류중)로 상반되고 있다.

  • 가) 익금과 손금 동시 산입 결정례: 국세심판원의 결정(국심 2003서 2574, 2003.12.16, 국심 2004서 4097, 2007.1.4, 국심2006서 2397, 2007.8.10외 다수)과 국세청 심사결정(법인2002-54호, 2002.10.25외 다수), 국세청 법인세과 예규(법인 2004-354호, 2004.2.16), 국세청 과세전적부심결정(2003-3032호, 2004.4.23)
  • 나) 익금만 산입한 결정례 1건: 국세청 심사결정(법인2002-111, 2003.6.30), 서울행정법원 2003구합29057 [국승], 2심 서울고등법원 2005누10349 [국승], 현재 대법원 2006두3711 계류 중

8. 조사청은 2005년 12월 이○○이 청구법인 및 청구외법인과 특수관계인에 해당된다는 사실을 확인한 아래와 같은 확인서를 제시하고 있다.

  • 가) 2001.1.21. 청구외법인 유상증자시 당초 본인지분이 21.2%에서 실권으로 16.0%로 감소하는 고가발행 불균등증자로 상증법상 176백만원 증여익발생
  • 나) 2001.8.1. 청구외법인 유상증자시 당초 본인지분이 16.0%에서 실권으로 11.1%로 감소하는 고가발행 불균등증자로 상증법상 1,345백만원 증여익발생
  • 다) 상기본인은 유상증자시 청구법인의 등기임원이었으며, 청구외법인의 대표이사로서 세법상 특수관계인에 해당함.
  • 라. 판 단

1. 청구외법인의 2001년도 1차 유상증자 전 주주구성을 살펴보면 최대주주는 청구법인(38%) 이고 2대 주주는 대표이사 이○○(21%) 이며 기타 소액주주들로 구성되어 있는바, 또한 이○○은 청구법인의 등기임원에 2001.3.23.부터 2002.8.13.까지 등재된 사실이 법인등기부에 확인되며, 조사청이 청구외법인을 조사하면서 이○○으로부터 징취한 확인서에는 청구법인 및 청구외법인과의 관계가 세법상 특수관계인이라 시인하고 있으나 시인내용이 명확하게 구분되어 있지 아니한 사실로 보아 이○○이 청구법인 임원에 취임한 2001년 3월 이전인 청구외법인의 1차(2001년 1월) 유상증시에는 법인세법시행령 제87조 제1항 제1호 의 규정에 의한 특수관계자에 해당된다고 볼 수 없음으로 처분청이 청구법인의 부당행위계산 부인대상 금액을 산정시 청구외법인 1차 유상증자시 시가초과액을 포함한 것은 잘못된 것으로 판단된다.

2. 부당행위계산의 유형이 열거된 법인세법 시행령 제88조 제1항 에 제1호는 자산 고가매입, 제8호 나 목은 실권주 분여이익으로 구분되어 있으나, 부당행위계산시 자산의 취득가액에서 차감하는 근거인 법인세법 시행령 제72조 제3호 에서는 위 제1호(자산 고가매입)에 대하여만 규정하고 있지만, 법인세법 기본통칙 67-106-9에【부당행위계산으로 부인한 시가초과액의 처분특례】에 의하면, 특수관계 있는 자로부터 자산을 시가초과하여 매입한 경우로서 그 대금의 전부를 지급한 때에는 시가초과액은 익금에 산입하여 이를 시행령 제106조 제1항 제1호의 규정에 따라 처분하고 동금액을 손금에 산입하여 사내유보로 한다고 규정하고 있으며 국세청 과세전적부심․심사 및 국세심판원의 심판 결정에서도 이 건의 경우와 같은 실권주 고가취득에 대하여 그 시가초과액을 취득당시 손금으로 산입하는 것이 타당하다고 결정하고 있다. 따라서 법적용의 일관성 및 안정성에 따라 처분청이 손금을 산입하지 아니한 것은 잘못된 것으로 보여 지므로 처분청의 처분은 취소하는 것이 타당하다고 판단된다.

5. 결 론

이 건 심사청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)