용제매입 대가와 입금한 금액과의 차이를 가공매입으로 본 것이 정당한지 여부

• 가. 청구법인은 1998.4.17. ○○시 ○○구 ○○동 000-0번지에 설립된 특수목적 화학용제를 제조 판매하는 법인으로 2004년 2기와 2005년 1기 부가가치세 과세기간 중 청구외 (주)○○케미칼(이하 “쟁점법인”이라 한다)로부터 공급대가 378,703,380원의 매입세금계산서를 수취하고 그에 따라 부가가치세 및 법인세 신고하였다.
• 나. ○○지방국세청장(이하 “조사관서”라 한다)는 쟁점법인에 대해 거래질서관련 세무조사를 실시하여, 청구법인이 쟁점법인으로부터 매입과다혐의가 있는지 여부에 대해 확인하도록 ○○세무서장(이하 “처분청”이라 한다)에게 과세자료 통보하였고, 이에 처분청은 2004년 2기～2005년 1기 중 청구법인이 쟁점법인에 입금한 금융증빙이 있는 금액은 90,430,000원이나 쟁점법인으로부터 수취한 매입세금계산서의 총공급대가는 378,703,380원인바, 그 차액 288,273,380원(공급가액 환산액 262,066,709원, 이하 “쟁점매입금액”이라 한다)은 쟁점법인으로부터 실물거래없는 가공매입세금계산서를 수취한 것으로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 법인세과세표준 계산시 손금불산입하여, 2007.7.7. 청구법인에게 2004. 제2기 부가가치세 21,418,390원과 2005. 제1기 부가가치세 20,148,530원, 2004.사업연도 법인세 54,931,440원, 2005.사업연도 46,503,132원을 경정·고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007. 10.5. 이 건 심사청구를 하였다.

2004년 제2기 및 2005년 제1기에 쟁점법인과의 거래는 전액 실거래임을 조사관서에 주장하여 조사관서는 쟁점법인과의 거래를 정상거래로 확정하였으며, 쟁점법인도 자료상이 아닌 실사업자로 확정하여 조사 종결하였음에도, 청구인의 거래내역에 대한 정확한 증빙이 없음을 이유로 전액가공거래로 확정함은 부당하므로 경정처분을 취소하여야 한다.

• 가. 조사관서의 조사종결보고서에 의하면 쟁점법인을 정상매출 및 실사업자로 확정하였다는 청구법인의 주장과 달리 쟁점매입금액에 대해서는 사업장 관할 세무서(처분청)에서 조사하여 처리할 자료로 분류하였다.
• 나. 처분청에서 확인한 바 청구법인은 쟁점매입금액에 대한 명확한 금융증빙 등의 자료를 제시하지 못하는 것 등에 비추어 쟁점매입금액은 실물없는 가공거래이므로 부가가치세 등을 부과한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점법인으로부터 수취한 매입세금계산서 공급대가(378백만원)와 입금한 금액(90백만원)과의 차이를 가공매입으로 보아 과세한 것이 정당한지 여부를 가리는데 있다. 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 2) 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치 세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때. 3) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

• 다. 사실관계 및 판단

1. 조사관서는 2006.3.14～2006.6.7.기간 중 실시한 쟁점법인에 대한 거래질서관련 세무조사 종결보고서에는 다음 내용이 기재되어 있다.

• 가) 청구법인의 쟁점법인으로부터의 매입 및 대금지급내역은 아래 <표1>과 같고, 청구법인이 쟁 점법인으로부터 2004. 2기～2005. 1기 중에 수취한 매입세금계산서(25매)의 공급대가는 378,703천원이고, 청구법인이 쟁점법인의 대표이사 김○○명의 신한은행 개인통장 (000-00-000000) 에 입금한 90,430천원을 제외한 262,076천원 (쟁점매입금액)은 쟁점법인이 매출누락하거나 매출과다 신고하였는지 여부를 확정할 수 없으므로, 처분청에서 거래내용을 조사하여 처리하여야 하는 과세자료이므로 처분청에 과세자료 통보하였다. <표1> (단위: 천원) 청구법인의 세금계산서 수취내역 청구법인 입금금액 차 액 구분 공급대가 공급가액 공급대가 공급가액 공급대가 공급가액 2004.2기 236,256 214,788 90,430 82,209 △145,826 △132,579 2005.1기 142,447 129,497 △142,447 △129,497 합 계 378,703 344,285 90,430 82,209 △288,273 △262,076
• 나) 쟁점법인은 솔벤트 용제판매업체로서 실수요자인 거래처가 쟁점법인통장 계좌에 입금하고 주문하면 그 대가에 맞추어 용제를 공급하고 있으며, 쟁점법인은 당해 용제를 쟁점법인명의 농협신용산지점 계좌(000-00-000000), (000-00-000000) 및 신한은행고척동지점 계좌(000-00-000000)와 대표이사명의 신한은행당산동지점 계좌(000-00-000000)를 이용하여 판매하였다.
• 다) 청구법인은 쟁점법인 대표이사명의 위 신한은행계좌(000-00-000000)에 2004.10.12～2004.11.29. 기간 중 8회에 걸쳐 청구외 정○○, 박○○ 명의로 타행폰 입금(90,430천원)한 것이 확인된다. 라) 금융거래조사결과 법인명의 계좌거래는 쟁점법인이 신고누락한 것은 별로 없 으 나, 대표이사명의 계좌거래는 쟁점법인이 매출․매입누락하거나 매출․매입과다거래가 다수 발생하였는바, 전체 거래처에 대해 거래내용을 확인할 수 없으므로 사업장세무서에서 조사하여 처리하는 것으로 자료통보 하였다.

2. 처분청에서 쟁점매입세금계산서 과세자료를 처리하기 위하여 현지확인 조사를 실시한 내용은 다음과 같음이 현지확인 결과보고서 등에 의해 확인된다.

• 가) 청구법인이 쟁점매입세금계산서가 정상이라고 주장하면서 제출한 어음․수표 등 금융자료의 배서내역 등을 확인하고자 금융거래 확인조사 승인을 중부지방국세청장에게 신청하였으나, 중부지방국세청장의 보완지시에 의한 승인기각에 따라 금융자료의 배서내역, 최종 수령인 등을 확인하지 않았다.
• 나) 청구법인은 유류저장창고, 희석용제 성분 연구시설 등을 갖추고 있는 정상사업자로 판단되나, 쟁점매입세금계산서가 정상적인 거래를 수반하는 것이라는 객관적이고 구체적인 증거자료가 제시되지 않아 쟁점매입세금계산서를 실물거래없는 가공매입세금계산서로 확정하였다.

3. 청구법인은 쟁점매입세금계산서가 정상거래라고 주장하면서 세금계산서, 입금표, 약속어음 등 금융자료와 매입․매출장사본 등을 제출하였다.

4. 조사관서에서 확인한 청구법인이 쟁점법인의 대표자명의 계좌에 송금한 내역 및 청구법인이 제출한 금융증빙 자료의 상세내역은 다음 같으며, 처분청은 제출된 금융자료에 대한 금융확인조사를 실시하지 않았다. (단위: 원) 조사관서가 확인한 쟁점법인과의 거래 내역 청구법인이 주장하는 대금지급 내역 매입세금계산서 수취 현황 신한은행 계좌 송금내역 지급일 지 급 수 단 매입일 공급가액 세액 공급대가 송금일 송금액 발행자 약속어음 가계수표 자기앞수표 2004.07.16 7,102,900 710,290 7,813,190 2004.07.21 6,993,400 699,340 7,692,740 2004.07.30 13,009,500 1,300,950 14,310,450 2004.07.31 9,944,000 2004.07.31 8,184,000 2004.07.31 3,000,000 2004..08.13 8,032,500 803,250 8,835,750 2004.8.30 13,350,000 1,335,000 14,685,000 2004.08.31 14,542,000 2004.8.31 10,912,000 2004.09.07 4,159,500 415,950 4,575,450 2004.09.24 3,894,000 389,400 4,283,400 2004.09.30 14,062,000 1,406,200 15,468,200 2004.09.30 8,000,000 2004.09.30 4,111,250 2004.09.30 4,000,000 2004.09.30 6,820,000 2004.10.04 14,507,000 1,450,700 15,957,700 2004.10.12 20,500,000 2004.10.13 7,980,000 2004.10.13 9,610,000 2004.10.13 20,570,000 2004.10.14 7,270,000 2004.10.14 6,500,000 2004.10.15 12,015,000 1,201,500 13,216,500 2004.10.18 2,500,000 2004.10.28 12,504,500 1,250,450 13,754,950 2004.10.30 8,184,000 2004.10.30 5,346,000 2004.10.30 10,000,000 2004.11.08 19,680,000 1,968,000 21,648,000 2004.11.11 13,040,000 1,304,000 14,344,000 2004.11.25 12,000,000 1,200,000 13,200,000 2004.11.29 15,500,000 2004.11.30 19,388,000 1,938,800 21,326,800 2004.11.30 24,200,000 2004.11.30 8,866,000 2004.11.30 2,299,000 2004.12.16 21,160,000 2,116,000 23,276,000 2004.12.24 19,880,000 1,988,000 21,868,000 2004.12.31 9,944,400 2004.12.31 6,820,000 2004.12.31 4,608,450 2004.12.31 1,947,000 2004 계 214,778,300 21,477,830 236,256,130 90,430,000 124,172,650 21,000,000 0 2005.01.04 17,600,000 1,760,000 19,360,000 2005.01.13 18,900,000 1,890,000 20,790,000 2005.01.22 8,900,000 890,000 9,790,000 2005.01.31 10,000,000 2005.01.31 6,138,000 2005.01.31 8,393,000 2005.01.31 5,000,000 2005.01.31 2,000,000 2005.02.05 15,950,000 1,595,000 17,545,000 2005.02.25 25,075,580 2005.02.28 23,950,000 2,395,000 26,345,000 2005.02.28 39,712,950 2005.03.03 14,803,500 1,480,350 16,283,850 2005.03.11 22,330,000 2005.03.15 15,904,000 1,590,400 17,494,400 2005.03.29 13,490,000 1,349,000 14,839,000 2005.03.31 10,604,000 2005.03.31 6,820,000 2005.04.29 44,110,000 2005.06.07 45,144,000 2005 계 129,,497,500 12,949,750 142,447,250 0 53,510,450 0 176,372,530 합 계 344,275,800 34,427,580 378,703,380 90,430,000 177,683,100 23,000,000 176,372,530

5. 청구주장을 살펴보건데 쟁점매입금액은 조사관서에서 실물없이 가공거래하였다고 확정하지 않은 상태에서 처분청으로 하여금 가공거래여부를 확인하여 처리하도록 통보하였고, 이에 청구법인이 쟁점법인에게 쟁점매입금액의 대가라고 주장하면서 약속어음, 가계수표, 자기앞수표 등 대금결재 금융자료를 제출한 것에 대해, 처분청이 실제 청구법인의 주장과 같이 약속어음 등이 쟁점법인에게 실제 지급되었는지에 대해 확인하지 않은 상태에서 가공자료로 확정하여 과세한 이 건 당초처분은 불합리한 것으로 판단된다. 따라서, 청구법인이 제출한 금융증빙에 대한 배서내역, 최종 수령인 등을 확인하여 그 확인결과에 따라 쟁점매입금액이 가공인지 여부를 판단하는 것이 합리적인 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장 일부 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.