세무상 결손금이 과세표준의 확정절차에 의한 확정된 결손금만을 의미하는지 여부

○○세무서장이 2007.03.21. 청구법인에게 경정고지한 2001사업연도 법인세 1,389,935,040원과 2007.05.15. 경정고지한 법인세 2002사업연도 4,401,176,870원, 2003사업 연도 2,085,663,740원, 2004사업연도 1,846,781,080원, 2005사업연도 △655,974,320원은

1. 2000사업연도에 과소 상각한 연구개발비 10,691,175,890원을 2000사업연도의 결손금으로 추인하여 2001사업연도 및 2002사업연도의 사업소득에서 이월결손금으로 공제하여 과세표준과 세액을 경정하되, 경정에 의하여 감액되는 세액의 한도는 이 건의 경정고지세액을 한도로 하며,

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

• 가. ○○중공업(주)(이하 “청구외법인”이라 한다)는 당초 2000.10.1.자로 ○○종합기계(주), ○○조선해양(주), ○○중공업(주)로 분할되었고,

○○종합기계(주)는 2005.4월 상호를 ○○○○코어(주)(이하 “청구법인”이라 한다)로 변경하였으며, 청구외법인으로부터 승계한 573억원(1996～2000년 발생분)과 2000년 분할 신설 후 신규로 발생한 27억원을 연구개발비(이연자산)로 계상하였다.

• 나. 청구법인은 2000.10.1～2000.12.31 사업연도 결산 시 청구외법인으로부터 승계받은 연구개발비(이연자산) 573억원 중 기업회계기준에 의한 월할상각의 방법에 의하여 계산한 55억원을 연구개발비 상각액으로 비용처리 하였다.
• 다. 이에 대하여 처분청은 2007년 4월 종료된 ○○지방국세청의 청구법인에 대한 정기 법인세 조사과정에서 연구개발비는 법인세법 시행령에 따라 1996년～1998년에 발생한 부분은 5년 동안 균등액 이상으로, 1999년～2000년에 발생한 부분은 5년동안 균등액으 로 상각하여야 함에도 청구법인이 결손금 520억원이 발생한 2000사업연도에 월할상각 을 함으로써 상각하여야 할 금액보다 10,691,175,890원 (이하 “쟁점금액”이라 한다) 을 과소상각 하였다가 이익이 발생한 그 이후 사업연도에 동 금액을 과다 상각하였다며 이를 손금 부인하는 등 청구법인에게 2001～2005사업연도 법인세 9,067,582,410원 결정고지하면 서 2000사업연도 과소 상각액은 부과제척기간 도과를 이유로 손금추인하지 아니하였다.
• 라. 처분청은 2007.03.21. 청구법인에게 2007.03.21. 2001사업연도 법인세 1,389,935,040원과 2007.05.15. 법인세 2002사업연도 4,401,176,870원, 2003사업연도 2,085,663,740원, 2004사업연도 1,846,781,080원, 2005사업연도 △655,974,320원을 각각 결정고지 하였다.
• 마. 청구법인은 이 중 처분청이 2001 ～2005사업연도 중 쟁점금액에 해당하는 연구개발비 상각액을 손금부인한 데 대하여 불복하여 2007.6.18. 심사청구를 하였다.

• 가. 쟁점①관련 1) 법인세법상 공제 가능한 과거 사업연도의 결손금은 각사업연도별 익금의 총액에서 손금의 총액을 차감하여 계산하는 것이므로, 납세자가 신고한 결손금이나 과세당국이 경정한 결손금만으로 한정할 수 없다. 가) 법인세법 제13조 에서 『각 사업연도 개시일 전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산에 있어서 공제되지 아니한 금액’은 과세표준 계산시 공제하도록 규정하고 있는바, 법인세법 제14조 제2항 에서 ‘내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다.』고 규정하고 있는 것 외에 달리 결손금의 인정 범위에 관하여 특별한 규정을 두고 있지 아니하다. 나) 즉, 법인의 과세표준 등 확정신고나 정부의 조사․결정에 따른 과세표준 등 확정 시에 결손금으로 조사된 금액만이 결손금에 해당하는 것으로 볼 이유나 근거가 없는 것이고, 어느 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 금액은 모두 해당 사업연도의 법인세법상 결손금에 해당하는 것이므로, 당초 2000사업연도의 법인세 과세표준신고 시 보수적인 세무처리로 인하여 청구법인의 결손금이 형식상 과소 신고된 것이므로, 개발비 과소상각액을 2000사업연도의 손금에 포함하여 제대로 계산한 금액을 법인세법 제14조 제2항 에 의한 2000사업연도의 결손금으로 보아 2001사업연도의 과세표준에서 공제하여야 한다. 2) 당초 과소신고 되었던 결손금을 단순히 증액하는 것은 국세기본법 제26조의2 에 의한 부과제척기간의 제한을 받지 아니한다. 가) 국세기본법 제26조의2 제1항 에서는『국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 이후에는 부과할 수 없다.』고 규정하고 있는바, ‘부과’라 함은 문언 그대로 과세당국의 조세채권 확보를 위하여 세금을 고지하는 행위로 해석하여야 하며, 반대로 납세자에게 이미 ‘부과’되어 납부된 세금을 과세당국이 감액 또는 취소하는 행위까지 포함하는 개념으로 확대해석할 법률적 근거가 없다. 나) 설사 부과의 개념이 세금을 감액 또는 취소하는 행위까지 포함하는 것으로 본다 하더라도, 결손금을 단순 증액하는 경우에는 부과 또는 부(負)의 부과(즉, 취소 또는 감액)를 할 만한 대상 세액이 아예 없음. 즉, 결손금이 발생한 사업연도에 대해서는 납세자의 권리(기납부 세액을 환급하여 달라는 권리) 또는 의무 자체가 존재하지 않아 애초부터 형평을 논할 실익이 없는 것이므로, 결손금 증액 결정이 국세기본법 제26조의2 에 의한 문언상 부과제척기간의 제한을 받는다고 볼 근거는 형평의 논리에서도 찾을 수가 없다. 다) 한편, “법인세 과세표준 결정은 조세부과처분에 앞선 결정으로서 그로 인하여 바로 과세처분의 효력이 발생하는 것이 아니고 또 후일에 이에 의한 법인세 부과처분이 있을 때에 그 부과처분을 다툴 수 있는 방법이 없는 것도 아니어서 과세관청의 위 결정을 바로 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라고 볼 수는 없다.”는 대법원 판결들(대법원 1986.1.21. 선고 82누236 판결 외 다수)의 취지에 따르면, 국세부과의 제척기간을 적용함에 있어서도 결손금이 발생한 사업연도에 대한 결손금의 결정은 부과처분으로 볼 수 없으므로 이후 동 결손금 조정으로 인하여 납부할 세액에 영향을 미치게 되는 사업연도를 기준으로 판단하여야 한다. 3) 부과제척기간의 경과를 이유로 2000사업연도의 개발비 과소상각액을 손금으로 인정하지 않게 되면 2001사업연도에 발생한 청구법인의 각 사업연도 소득금액에서 공제되어야 할 이월결손금이 부당하게 줄어들게 되어 이중과세됨으로써 납세자의 재산권을 부당하게 침해하게 된다. 4) 대법원 2001두2652 (2002. 11. 26. 선고), 대법원 93누3677(1993. 11. 12. 선고) 및 국세청의 심사결정례(심사법인2004‐7043, 2004.12.6.)에서도 청구취지와 동일한 취지의 판단을 내리고 있으므로 2001사업연도에 공제되는 2000사업연도에 발생한 결손금에는 마땅히 쟁점금액도 포함되어야 한다. 5) 처분청은 다수의 행정해석 및 판례 등에 의하면, 제척기간을 도과한 각 사업연도의 결손금은 조정될 수 없는 것이라고 주장하고 있으나, 가) 최근의 심판결정례 등 【 국심2007중243 (2007.7.12), 국심2006서4013 (2008.1.30.)】 에 따르면, 처분청이 인용한 기존 심판결정례(국심2005광2830, 2006.3.16.)에서 취하였던 입장과는 달리, 증가된 결손금의 발생연도가 경정청구 시점을 기준으로 부과제척기간이 경과되었다 하더라도 경정청구 대상 사업 연도를 기준으로 과거 5년 이내에 발생한 결손금의 경우 당해 경정청구 대상 사업연도의 이월결손금으로 공제하여야 한다고 결정하고 있다. 나) 동 심판결정례는 기존의 입장을 변경하여 아래 표와 같이 이미 다수의 대법원 판례 등에서 경정청구/부과처분 시점을 기준으로 증가된 결손금의 발생연도가 제척기간이 경과되었다 하더라도 해당 사업연도로부터 과거 5년 이내의 이월결손금을 인정하고 있는 취지를 그대로 수용한 것이다. 특히, 국심 2007중243 (2007.7.12)의 심판결정례는 분식회계와 관련된 건임에도 불구하고 결손금 이월공제를 인정한 것이므로, 청구법인과 같이 기업회계기준에 따라 회계처리를 하고 단지, 세무상 조기 상각의 가능성을 우려하여 보수적으로 처리한 경우에는 당연히 공제가능한 결손금으로 추인되어야 할 것인바, 부과제척기간 도과를 이유로 각 사업연도의 결손금은 조정될 수 없다는 처분청의 주장은 부당하다. 다) 아울러 처분청은 "결손금 = 손금총액 - 익금총액"이므로 재조사를 통하여 2000사업연도의 결손금이 맞는지 여부(세무상 추가 익금 가산액이 있는지 여부)를 검증하여야 하거나 할 수 있다고 주장하고 있으나, 부과제척기간은 납세자의 의무를 조기 확정함으로써 납세자의 권익을 보호하기 위한 취지이므로, 부과제척기간이 도과된 2000사업연도 익금 항목에 대해 추가조사를 하겠다는 처분청의 주장은 이러한 부과제척기간의 취지를 오인한 데에서 비롯된 부당한 것일 뿐만 아니라, 본건 심사청구에 따라 2000사업연도의 결손금으로 추가로 인정하여 달라고 주장하는 금액은 처분청의 부과처분의 결과에 따라 자동적으로 확정된 것인바, 결손금의 증액은 사실판단을 요하는 사안이 아니라 처분청의 세무조사에 의해 손금의 귀속시기가 달라지게 된 것이므로 처분청의 재조사를 통한 별도의 사실판단이 전혀 필요하지 않은 명백한 사안이다.
• 나. 쟁점②관련 1) 만약, 부과제척기간이 경과하여 2000사업연도의 개발비 과소상각액을 인정하지 못한다면, 국세기본법 제18조 제1항 에 따른 과세의 합목적성과 형평에 비추어 청구법인이 당초 2001～2005사업연도에 신고한 개발비 상각액을 그대로 인정하여야 한다. 2) 청구법인은 보수적인 세무처리를 선택함으로써 법인세를 미리 납부하게 되었으며, 기업회계기준에 따라 회계처리 한 것으로 분식회계의 의도가 있는 것도 아니었고, 이월결손금 또는 감면소득의 조절 등 조세를 부당히 감소시킬 목적이 있었던 것도 아니며, 결과적으로도 조세 납부액이 감소한 바도 없다. 3) 국세기본법 제18조 제1항 에서 『세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평 과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.』고 규정하고 있는 바와 같이, 과세의 합목적성과 과세형평상 청구법인의 당초 신고내용을 인정하는 것이 합당하다. 4) 청구법인과 같이 손익귀속시기와 관련된 보수적인 세무처리로 인하여 오히려 세금을 미리 납부한 결과가 되었고, 조세를 부당히 감소시킬 목적도 없었던 경우에 당초 보수적으로 개발비를 과소계상 하였던 2000사업연도에 대한 부과제척기간이 지나버린 상황에서, 처분청의 부과처분과 같이 뒤늦게 당초 손익 귀속시기에 관한 오류가 있었다는 형식적인 과세논리에 의하여 그 이후의 2001 ～2005사업연도에 대한 개발비 과다상각액을 부인하면서도 2000사업연도의 개발비 과소상각액은 인정하지 아니함으로써 결과적으로 이중과세를 초래하여 납세자의 재산권을 부당히 침해하기 보다는, 청구법인의 당초 신고내용을 그대로 인정하여 주는 것이 과세의 형평과 개발비 상각 관련 조항의 합목적성에 비추어 합리적인 세법적용으로 볼 수 있다. 5) 이와 동일한 사례에 대하여 국세청과 감사원도 당초 신고내용을 그대로 인정하여 주는 것이 타당하다는 청구취지와 동일한 판단【국 세청 심사 법인99-459(2000.2.25) 심사법인99-37(1999.4.9), 심사법인2002-016(2002.9.6), 감사원 심사2005-120(2005.10.27)】을 내리고 있으며, 국세청의 최근 유권해석에서도 청구취지와 동일한 입장(서면2팀-560, 2007.4.2 참조)을 취하고 있다. 6) 처분청은 청구법인이 결손시점에 상각비를 반영하지 않았다가 이익이 발생한 연도에 상각비를 비용 처리한 것은 조세를 부당히 감소시킬 목적이 있었다고 주장하나, 처분청의 주장과 같이 연구개발비를 세무상 연간 균등상각하면, 분할존속회사에서 1년치의 상각비를 상각하고 분할신설회사에서 다시 1년치를 즉시 상각하게 되므로 분할이 이루어진 2000사업연도에만 2년치의 상각비를 인정하는 효과가 발생된다는 점을 우려하여 보수적인 입장에서 세무상으로도 월할상각을 그대로 인정하였던 것인바, 만약, 청구법인이 2000사업연도에 1년분을 균등하게 상각했더라면, 2000사업연도에는 결손으로 과세가 되지 않지만, 2001사업연도에는 2000사업연도의 상각으로 인해 늘어난 결손금 10,691,175,890원 전액이 과세표준에서 공제되어, 2,994백만원의 세금을 적게 낼 수 있었음에 비추어 볼 때, 보수적인 세무처리로 인해 법인세를 미리 납부한 것임이 입증된다. 7) 처분청이 주장하는 "감가상각 의제" 법리는 해당 법인이 법인세가 감면되는 사업연도에 감가상각비를 계상하지 않고 그 후의 사업연도에 감가상각비를 계상함으로써 법인세 부담을 감소시키는 조세회피행위를 방지하기 위한 규정으로서, 조세감면기간에만 적용되는 것이므로 청구법인의 경우와 같이 조세감면 사업연도와 무관한 경우와는 비교대상이 될 수 없으며, 감가상각 의제로 인하여 손금불산입 되는 금액은 해당자산의 처분이나 폐기시점에는 손금으로 인정이 되기 때문에 더더욱 쟁점 사안과는 무관한 법리(법인46012-1891, 1998.07.09 참조)에 해당한다. 8) 처분청은 청구법인이 1999년에 일반 판관비 등 789억원의 비용을 연구개발비로 분식회계 처리한 것으로 보이므로, 재조사가 반드시 필요하다는 주장이나, 청구법인은 1999년 당시 워크아웃에 의한 채권단의 관리 및 감독 하에 있어 청구법인이 자의로 회계처리를 할 수 있는 상황이 아니었으므로 분식회계처리 자체가 불가능하였고, 그렇게 할 하등의 이유도 없었으며, 연구개발비 가액은 『기업구조조정 촉진을 위한 금융기관 협약』에 따라 당시 채권단의 요청으로 ○○회계법인이 작성한 1999년 10월 23일자 『○○중공업 자산·부채 실사 보고서(이하 "실사보고서"라 한다)에 근거하여 확정된 것으로, 그 적정성이 이미 입증된 바 있고, 처분청이 분식혐의로 문제 삼은 1999사업연도의 연구개발비 계상액 789억원 은 재공품으로 계상되어 있던 61,112,842,051원이 회계기준에 따라 적법하게 연구개발비로 계정재분류 된 것으로, 일반 판관비 등의 비용을 분식회계처리 한 것이라는 주장과는 전혀 무관하다. 이와 같이 연구개발비 장부가액의 적정성은 외부의 공신력 있는 제3자인 회계법인에 의하여 이미 검증이 된 것임에도 불구하고, 뚜렷한 근거 없이 분식회계 소지가 있다는 처분청의 주장은 국세기본법 제81조의3 에서 규정하고 있는 납세자의 성실성 추정의 원칙에 위배되는 부당한 것이다. 9) 아울러, 연구개발비는 강제신고조정사항으로 계상연도부터 5년간 균등액을 상각하지 않고 방치하거나 경정청구 등 권리행사가 없는 경우 이중과세에도 불구하고 손금산입이 불가능한 특성이 있다고 처분청은 주장하고 있으나, 이연자산의 상각비 계상이 강제 신고조정사항이라는 의미는 법인의 결산에 반영되지 않은 경우에도 세무상 손금산입 범위액 만큼은 강제로 손금산입 하여야 된다는 것이지 반드시 이를 당초 신고시 세무조정에 의하여 반영하였어야만 손금으로 인정해준다는 것은 아니다.(제도46012-10699, 2001. 04.18 참조)
• 다. 쟁점③관련 1) 대법원 판결 (대법원 2004두930, 2005.11.25. 선고)에 따르면 ‘세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상 제재로서 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다.’고 판시하고 있다. 2) 청구법인은 분할한 사업연도의 세무상 개발비 상각방법이 분명하지 않은 상황에서 보수적인 입장, 즉 개발비를 과소상각하는 세무처리를 선택함으로써 처분청이 정당하다고 주장하는 방식보다 세금을 미리 납부하였으며, 그에 따라 과소상각한 개발비 상당액만큼 필연적으로 그 후 사업연도에 추가 상각한 것인바, 당초 과소상각한 금액을 그 이후의 사업연도의 손금처리를 부인함으로써 이중과세를 초래하도록 기대하는 것은 무리가 있을 뿐만 아니라 심히 부당한 것이다. 3) 국세청의 기존 유권해석(법인46220-859, 1996.3.18)도 과 세표준과 세액을 앞당겨 신고․납부한 내용을 경정하는 경우 그 내용이 세부담 경감을 위한 소득조절인 경우를 제외하고는 과소신고 및 미납부 가산세를 적용하지 아니한다고 규정하고 있다. 4) 비록, 국세청의 위 유권해석이 재경부의 새로운 유권해석(재법인46012-‐203, 2001.11.24.)에 의하여 2000.12.21. 이전에 법인세 신고납부기한이 종료되는 분까지만 적용되는 것으로 변경되었으나, 이는 2000.10.7.에 있었던 또 다른 예규변경(세무조정 착오로 손금불산입한 분을 경정 시 손금산입함에 따른 법인세 환급금 계산 시 기산일을 당초 경정결정일⇒ 납부일로 변경)과의 형평을 맞추기 위한 것에 불과한 것으로, 귀청에서 ‘정당한 사유’로 인정하여 가산세를 적용하지 않는다고 해석하였던 판단에는 영향을 미치지 아니하는 것으로 판단된다. 5) 처분청은 1999사업연도의 연구개발비 계상액이 분식회계 등을 통해 계상한 후 청구법인에게 승계되었는지 여부가 확인되지 않는 한 과세소득 조절이나 분식회계의 목적이 없었다고는 할 수는 없으며, 이익이 발생한 그 후 사업연도에 과다상각한 부분만큼 세부담 경감을 초래하였다 주장하고 있으나, 청구법인이 승계 받은 연구개발비의 적정성은 ○○회계법인의 실사보고서 등에 의해 이미 입증되었으며, 2000사업연도 균등상각액과 월할상각액의 차이만큼을 2001사업연도 법인세 신고 시 미리 납부한 것에 해당하므로 세부담 경감을 초래하였다는 처분청의 주장은 근거가 없다. 6) 청구법인은 연구개발비 상각에 관하여 보수적인 세무처리를 선택함으로써 법인세를 미리 납부하였고, 그로 인해 이연된 개발비만큼 이후 사업연도에 추가로 손금 처리할 수밖에 없는 불가피한 상황이었는바, 이와 같은 정당한 사유를 인정 하여 국세기본법 제48조 제1항 및 기존의 유권해석(국세청 법인46220-859, 1996.3.18) 의 취지에 따라 과소신고 및 미납부 가산세는 적용하지 않는 것이 타당한 처분이라고 사료된다.

• 가. 쟁점①관련 1) 청구법인은 공제 가능한 과거 사업연도의 결손금은 손금 총액에서 익금 총액을 차감하여 계산한 것으로 납세자가 신고한 결손금 또는 과세당국이 경정한 결손금만 결손금으로 볼 근거가 없다고 하였으나, 이는 청구법인이 대법원 93누 3677(1993.11.12 선고) 판결문의 표면적인 문구를 단순 인용한 것으로, 동 판례의 사실관계를 분석하여 보면 1985․1986사업연도의 과세표준을 무신고한 법인에 대하여 1986사업연도분을 부과처분하면서 1985사업연도분 결손금을 조사결정하지 아니하고 누락한 것에서 출발하며, 단순히 동 결손금이 실제로 존재하였으면 무신고 하였더라도 조사를 통하여 추가로 인정해 주는 것이 타당하다는 내용에 불과하고, 부과제척기간 도과를 주요 쟁점으로 다툰 건이 아니었다. 2) 따라서, 국세기본법 제26조 의 2를 근간으로 국세기본법 기본통칙 26의 2-0…1 및 재경부 기법46019-195(1996. 7. 1) 등 국세청 예규와 국심2003전 3476(2004. 3. 16) 등 국세심판례, 대법원94다3667(1994.8.26) 등 대법원 판례, 헌재2000헌바82(2003. 6. 26) 등 다수의 행정해석 및 판례 등에서 주장하는 바와 같이 제척기간을 도과한 각 사업연도 결손금은 조정될 수 없다고 보아야 하므로 청구법인의 주장은 이유 없다. 3) 만약, 청구법인 주장대로라면 어느 특정 사업연도의 소득금액이 부(負) 인한 부과권과 관련되지 아니하므로, 부과제척기간이 도과하였더라도 5년이내의 결손금에만 해당한다하여 제척기간이 도과한 사업연도의 결손금 조정액을 그 이후 사업연도의 과세표준에 포함할 수 있다면 과세관청도 세무조사 시 조사대상 사업연도와 관련된 항목 등에 대하여 부과제척기간이 도과된 사업연도분도 추가로 조사하여 당해 사업연도의 결손금을 최대한 줄이려 할 것인바, 그로 인하여 부과권을 제한하려는 부과제척기간 제도의 당초의 입법취지에 반하게 되고 혼란만 가중되는 등 법적 안정성이 무너질 것은 너무나 명백하므로, 이러한 측면에서도 청구 법인의 주장은 받아들여질 수 없다. 4) 따라서 과소계상한 쟁점금액은 2000사업연도 결손금으로 보아 2001사업연도의 과세표준에서 공제될 수 없는 것이며, 만약 청구법인 주장대로 공제될 수 있다하여도 “결손금 = 손금총액 - 익금총액”이므로 2000사업연도 신고 시 세무상 익금으로 신고되지 아니하고 누락된 금액 또한 재조사 과정을 거쳐 손금 총액에서 차감되는 정당한 익금을 조사해 보아야 한다. 5) 아울러, 청구법인은 국세기본법상 ‘부과’라 함은 과세당국이 조세채권 확보를 위하여 세금을 고지하는 행위로 해석해야 하고, 당초 과소신고 되었던 결손금을 단순히 증액하는 것은 부과제척기간의 제한을 받지 아니한다고 주장하면서, 그 주장의 근거로 대법원 판례(대법원2002.11.26 선고 2001두 2652) 및 국세청 심사례(심사법인2004-7043, 2004.12.6)를 제시하고 있으나, 이들 모두 부과제척기간이 도과한 이월결손금에 대한 관련 법리는 전혀 심리하지 않았고, 단순한 이월결손금의 합리적인 추인방식(5년내 먼저 발생한 이월결손금 부터 추인 가능)에 관한 것으로 이 건 사례의 판단 기준으로 삼기는 곤란하다. 6) 만약, 이와 같은 처분청의 논리가 수용된다면, 향후 이월결손금을 계상한 법인을 세무조사 할 경우 부과제척기간이 도과된 사업연도의 익금을 적출하여 이월결손금 감소를 유도코자 할 것이며(결손금 상태까지만 적출하면 부과가 아니므로 문제 없음), 이 경우 조세저항 발생 등 또 다른 심각한 문제점이 야기될 수 있다. 7) 따라서, 기존의 수많은 국세청 및 재경원 예규 및 국세심판례, 다수의 대법원 판례 등에서 부과제척기간이 도과된 사업연도의 과세표준은 증액은 물론 감액 조정 또한 불가능하다는 것에 이견이 없다는 것은 결국 국세기본법상 부과제척기간 규정상 부과의 범위에 실질적인 징수를 수반하는 부과행위 뿐 아니라 결손금을 확정 짓는 부(負)의 부과행위를 포함한 것으로 해석함이 더욱 타당하다고 보아야 할 것이다.
• 나. 쟁점②관련 1) 법인세법상 연구개발비 상각범위액에 대해 굳이 5년 균등액으로 규정한 입법취지는 세금을 미리 납부하는 것을 허용하기 위한 것이라기보다는 특 정기간 동안 정확한 세금납부를 유도하기 위한 것이라고 보는 것이 더 합리성이 있어 보인다. 2) 아울러, 청구법인이 과소상각한 2000사업연도에는 결손발생으로 실제 세금 납부도 이루어지지 아니하였고, 쟁점금액을 결손시점에 미반영하였다가 그 이후 이익 이 발생한 사업연도(2001～2005사업연도)에 순차적으로 비용처리한 점 등을 고려할 때 이익이 발생한 사업연도에 이르러 조세를 부당히 감소시킬 목적이 없었다고 볼 수도 없으며, 결과적으로 과다상각을 통하여 조세가 부당히 감소된 것이 사실이다. 3) 법인세가 면제되거나 감면되는 사업연도에도 감가상각비를 계상하지 아니하 였다가 이후 면제 또는 감면기간 경과 후에 감가상각비를 미루어 계상한 것을 부인 하도록 하는 『감가상각 의제』규정의 법리는 조세가 부당히 감소되는 것을 차단한다는 측면에서 동 쟁점의 경우와 유사한 것으로 과세의 합목적성 주장은 이유 없다고 보아야 한다. 4) 또한, 청구법인은 소득조절 목적이 없었다고 주장하나 사업자의 목적, 의도 등 심리적인 요소의 거증은 사실상 불가능한 것이므로 결과적으로 각 사업연도별로 106억원의 오차가 발생하였다면 충족된 것으로 보아야 한다. 5) 청구법인은 회계조직 및 환경이 갖춰져 있는 대기업임에도 불구하고 상각 오류한 부분에 대해 단순히 보수적인 세무처리였을 뿐이라는 주장 또한 그 신뢰성이 없어 보인다. 6) 이에 대한 실증적인 근거로, 분할 전 연구개발비 계상액은 1996년～1998년 및 2000년에는 평균 100억원대였으나 1999년도에는 무려 789억원으로 확인 되는바, 1999년도의 경우 분할 전 존속법인은 이미 부실기업으로서 개발 활동이 거의 중단된 것이 명백함에도 연구개발비가 대폭 증액된 것은 일반 판관비 등 비용을 변칙 자산처리(분식회계) 하였거나 가공자산을 연구 개발비로 부당 계상한 것이 분명해 보이며, 이를 형식적인 분할일(2000.10.1)에 이르러 청구법인이 장부가액에 승계한 것으로 처리하였던 것으로 보인다. 7) 이에 대한 혐의 규명을 위하여 관련자료의 제출을 수차 요구하였으나 이에 대한 근거와 명확한 답변을 하지 못하고, 동 쟁점에 대한 불복의사가 없음을 밝힘에 따라 추가 조사를 하지 아니한 채 조사 종결일에 이르게 한 것으로 조사공무원의 신뢰를 반한 점, 조사 요구사항을 고의적으로 회피한 책임 등은 여전히 청구법인에게 남아 있다. 8) 청구법인이 정확한 자산명세서를 제시하지 못하는 것은 승계 및 회계처리 과정에 문 제가 있었음이 분명해 보이고, 원천적으로 손금으로 용인될 수 없는 등 세무상 문제가 존재할 것으로 보이며, 기타 부정한 방법 등으로 인한 제척 기간의 확대(10년)도 적용 여지가 있으므로 만약 청구법인의 논리적인 주 장이 이유 있다고 판단된다 하더라도 이에 대한 재조사는 반드시 필요하다. 9) 청구법인은 이중과세의 문제를 들고 있으나 연구개발비는 강제신고조정사항 으로 계상연도부터 5년간 균등액을 상각하지 않고 방치(상각포기)하거나 경정청구 등 권리행사가 없는 경우 이중과세에 불구하고 손금산입이 불가능한 특성이 있는 것으로 이론적인 이중과세문제만 있을 뿐이어서 권리행사가 없었다면 당초신고내용을 무조건 인정하기 어렵다. 10) 아울러, 청구법인이 동 과세 쟁점과 유사하다고 제시한 국세청 심사법인 99-459(2000.2.25) 등 다수 사례는 비교 가능성이 없는 점이 중대하게 존재하고, 재조사 를 통한 사실 규명이 더 필요하다는 점에서 손익의 단순한 귀속연도 착오 등의 문제 로만 볼 수 없어 청구 주장이 이유 없다고 판단된다.
• 다. 쟁점③관련 1) 청구법인은 설사 2001～2005 사업연도의 연구개발비 과다상각액에 대하여 법인세를 추징한다 하더라도, 국세기본법 제48조 제1항 의 정당한 사유에 해당하므로 가산세는 취소되어야 한다는 주장이나, 1999사업연도의 연구개발비 계상액이 분식회계 등을 통해 계상한 후 청구법인에게 승계되었는지 여부가 확인되지 않는 한 과세소득 조절이나 분식회계의 목적이 없었다고는 할 수 없을 것이다. 2) 더구나 중대한 금액의 귀속시기 오류가 단순히 “정당한 사유”로 인정받게 된다면 귀속시기 조정을 통한 손익조작 등의 악용 사례를 차단할 방법이 없을 것이며, 국세기본법 제48조 제1항 의 정당한 사유 부분은 2006. 12. 30 새로이 개정된 것으로 당시 적용되던 법률에는 그 정당한 사유에 대해 규정한 바도 없었으며, 청구법인이 정당한 사유의 기준으로 제시한 대법2004두930은 피상속인 유언의 효력이 미확정 상태에 있음을 기초로 한 상속세 관련 판결로서 쟁점 경우와는 달라 가산세부과 배제의 기준으로 삼을 수 없다. 3) 아울러 청구법인은 국세청 법인46220-859 (1996.3.18)의 유권해석을 추가로 제시하면서 세부담 경감을 위한 소득조절 목적인 경우를 제외하고는 과소신고 및 미납부 가산세를 적용하니 아니한다고 주장하고 있으나, 각 사업연도에 과다상각한 연구개발비 부분만큼 세부담 경감을 초래하였으므로 가산세 배제 적용대상이 될 수 없다. 4) 청구법인이 마지막으로 제시한 재경부 법인46012-203에서는 손익의 귀속사업 연도의 적용 착오로 인한 가산세 징수여부에 대해 2000. 12. 21 이후 결정 또는 경정 하는 분부터는 과소신고 및 미납부가산세를 오히려 징수하도록 변경하였음이 확인되고, 동 예규가 2000. 10. 7에 있었던 또 다른 예규 변경 (환급금 계산 관련)과의 형평을 맞추기 위한 것이라는 주장이나 이는 청구법인의 자의적인 해석에 불과하여 법인세법에 따른 가산세 부과는 정당한 것이다.

• 가. 쟁점

① 세무상 결손금이 사업연도의 익금의 총액을 초과하는 손금의 금액 중 과세표준과 세액의 확정절차(신고․수정신고․결정․경정)를 통하여 확정 된 결손금만을 의미하는지 여부와

② 청구법인이 2000사업연도에 과소상각한 연구개발비(106억원)에 대하여 부과 제척기간의 도과를 이유로 손금산입 경정하지 못하더라도 과세의 합목적성과 형평상 당초 신고내용대로 2001 ～2005사업연도 상각액을 인정할 수 있는지 여부 및

③ 설령, 2001 ～2005사업연도 연구개발비 상각액에 대하여 법인세를 부과함이 타당하더라도 이에 대한 가산세를 면제할 수 있는지 여부 를 가리는 데 있다.

• 나. 관련 법령 1) 쟁점①관련 가) 법인세법 제13조 【과세표준】 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위안에서 다음 각호의 규정에 의한 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액

2. 이 법 및 다른 법률에 의한 비과세소득

3. 이 법 및 다른 법률에 의한 소득공제액 나) 법인세법 제10조 【결손금 공제】

① 법 제13조제1호의 규정에 의한 결손금의 공제에 있어서는 먼저 발생한 사업연도의 결손금부터 순차로 공제한다.

② 법 제13조제1호의 규정을 적용함에 있어서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 결손금은 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제된 것으로 본다. <개정 2006.2.9>

1. 법 제17조제2항의 규정에 따라 충당된 결손금

2. 법 제18조제8호의 규정에 따라 무상으로 받은 자산의 가액 및 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채의 감소액으로 충당된 이월결손금

3. 법 제72조제1항의 규정에 따라 공제받은 결손금

③ 법 제13조제1호의 규정에 의한 결손금에는 제81조제1항 및 제84조의2제1항의 규정에 의한 승계결손금의 범위액을 포함한다. <개정 2006.2.9> 다) 법인세법 시행규칙 제13조 【결손금의 공제】

① 법 제13조제1호 및 영 제10조의 규정을 적용함에 있어서 비영리법인의 경우에는 법 제3조제2항의 규정에 의한 수익사업에서 생긴 소득과 결손금을 그 대상으로 한다. <개정 2005.2.28, 2008.3.31>

② 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준계산에 있어서 법 제13조제1호의 규정에 의하여 공제할 결손금에는 법인세의 과세표준과 세액을 추계결정 또는 경정함에 따라 법 제68조의 규정에 의하여 공제되지 아니한 이월결손금이 포함되는 것으로 한다. <개정 2003.3.26> 라) 법인세법 제14조 【각 사업연도의 소득】

① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다. (1998. 12. 28. 개정)

② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다. 마) 국세기본법 제26조 의 2 【국세부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 바) 국세기본법 제22조의2 【경정 등의 효력】

① 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리․의무관계에 영향을 미치지 아니한다.(2002.12.18. 신설)

② 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 감소시키는 경정은 그 경정에 의하여 감소되는 세액외의 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리․의무관계에 영향을 미치지 아니한다.(2002.12.18. 신설) 사) 국세기본법 부칙 (법률 제6782호, 2002.12.18)

① (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.

② (경정 등의 효력에 대한 적용례) 제22조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 경정하는 분부터 적용한다. 아) 국세기본법 제22조 【납세의무의 확정】

① 국세는 당해 세법에 의한 절차에 따라 그 세액이 확정된다.

② 다음 각호의 국세는 제1항의 규정에 부룩하고 납세의무가 성립하는 때에 특별한 절차 없이 그 세액이 확정된다. 1.～5. (생략) 자) 국세기본법 시행령 제10조의2 【납세의무의 확정】 법 제22조 제1항에 규정하는 당해세법에 의한 절차에 다라 그 세액에 확정되는 때는 다음 각 호와 같다.

1. 소득세․법인세․부가가치세․특별소비세․주세․증권거래세․교육세 또는 교통․에너지․환경세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액을 정부에 신고하는 때. 다만, 제2호에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 제1호의 국세의 과세표준과 세액을 정부가 결정하는 경우에는 그 결정하는 때 2의2.․3. (생략) 2) 쟁점②관련 가) 법인세법시행령 제73조 【평가대상 자산 및 부채의 범위】(1999.12.31 대통령령 제16658호로 개정된 것) 법 제42조제1항제3호에서 "대통령령이 정하는 자산 및 부채"라 함은 다음 각호의 것을 말한다. 1.～3.(생략)

4. 다음 각목의 1에 해당하는 이연자산

• 가. 창업비
• 나. 개업비
• 다. 연구개발비
• 라. 사채발행비
• 마. 사용수익기부자산가액 나) 법인세법 시행령 제77조 【이연자산의 평가】

① 제73조제4호의 규정에 의한 이연자산은 다음 각호의 금액으로서 당해 법인에 귀속되었거나 귀속될 부담액으로 한다. 1.～2.(생략)

3. 연구개발비: 신제품·신기술의 연구 또는 개발활동과 관련하여 비경상적으로 발생한 비용으로서 미래의 경제적 효과와 이익을 기대할 수 있는 것(산업기술연구조합육성법에 의한 산업기술연구조합의 조합원이 동 조합에 연구개발 및 연구시설 취득 등을 위하여 지출하는 금액을 포함한다) 4.～5.(생략)

② 제1항의 규정에 의한 이연자산의 가액은 다음 각호의 방법에 의하여 각 사업연도의 손금에 이를 산입한다. 다만, 창업비·개업비 및 연구개발비의 경우 법인이 제1호 내지 제3호에 규정된 기간의 범위내에서 손금산입기간을 정하여 법인세 과세표준신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고한 경우에는 그 신고한 기간동안 균등액을 각 사업연도의 손금에 산입할 수 있다.<개정 1999.12.31> 1.～2.(생략)

3. 연구개발비: 연구개발비로 계상한 사업연도개시일부터 5년이내에 종료하는 매 사업연도에 균등액을 손금에 산입하는 방법 4.～5.(생략) 다) 국세기본법 제26조 의 2 (국세부과의 제척기간)

① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 3) 쟁점③관련 가) 국세기본법 제48조 【가산세의 감면 등】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항의 규정에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

• 다. 사실관계 1) 청구법인은 2000사업연도 중 연구개발비를 상각함에 있어 연상각방식이 아닌 월할상각방식을 적용하여 결과적으로 쟁점금액을 과소 계상하였고, 쟁점금액을 2001～2005사업연도에 걸쳐 연구개발비로 계상하였으며, 처분청은 부과제척기간이 도과하였다며 쟁점금액을 2000사업연도의 손금으로 추인하지 아니한 데 대하여는 청구법인과 처분청간에 서로 다툼이 없다. 2) 처분청은 기존의 질의회신과 심사․심판례 및 판례 등을 들어 부과제척기간이 경과하면 정부의 부과권은 소멸되어 과세표준이나 세액을 변경하는 어떤 결정(경정)도 할 수 없는 것으로 해석하여 청구법인의 주장을 거부하였으나, 청구법인은 최근 국세심사․심판례 및 대법원 판례 등 에 의하여 『 어느 사업연도에 속 하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 금액 은 모두 법인세법상 결손금에 해당하고 법인의 과세표준 등 확정신고나 정부의 조사ㆍ결정에 따른 과세표준 등 확정시에 결손금으로 조사된 금액만이 결손금에 해당하는 것이 아닌 것이고, 부과제척기간이 경과한 사업연 도에 손금불산입 된 금액으로 인하여 당해 사업연도에 결손이 발생하게 된다면 추가로 발생한 결손금은 다음 사업연도에 이월되어 그 소득금액에서 공제되어야 한다.』고 주장하고 있음이 관련 심리자료에 의하여 확인된다. 3) 청구법인이 청구외법인으로부터 승계 받은 연구개발비를 청구외법인이 장부에 계상한 1999년 당시 워크아웃에 의한 채권단의 관리 및 감독 하에 있었는바, “기업구조조정 촉진을 위한 금융기관 협약”에 따라 당시 채권단의 요청으로 ○○회계법인이 작성한 1999년 10월 23일자 "○○중공업 자산·부채 실사 보고서에 의하면 청구외법인에서 제시한 순자산가액은 3,132,727백만원이나, ○○회계법인에 의하여 수정된 순자산 가액은 1,018,999백만원으로서, 청구외법인측에서 제시한 순자산 가액보다 무려 2,113,728백만원이 감소된 것으로 나타나고 있다. 4) 청구법인은 1999.7.31 현재 계상되어 있는 연구프로젝트 관련 원가 발생액 중 기업회계기준 등에 해당되지 아니하는 금액을 경상개발비로 처리하고 남은 금액을 연구개발비로 계정분류함에 따라 1999사업연도 중 연구개발비가 대폭 증가한 것으로 나타나고 있다. 5) 2000사업연도에 연구개발비를 적정하게 상각하였을 경우 증가될 2000사업연도의 이월결손금 전액이 2001사업연도의 이익에서 공제됨으로써 처분청의 주장과 달리 오히려 약 30억원의 법인세를 미리 납부한 결과로 나타난다. 연구개발비 적정 상각 시 2001사업연도 산출세액 변동 (단위: 천원) 2001사업연도 당초 신고 시 결손 반영 시 차 액 과세표준 16,657,243 5,966,067 △10,691,176 산출세액 4,652,028 1,658,409 △2,993,619 6) 당초 ○○지방국세청은 청구법인이 2000사업연도에 연구개발비상각액을 연상각방식이 아닌 월할계산방식으로 상각하여 결과적으로 쟁점금액을 과소상각한 것으로 확인하고 2001～2005사업연도에 계상된 쟁점금액에 해당하는 금액을 과다계상한 것으로 보아 손금부인하면서도 2000사업연도는 이미 부과제척기간이 경과하였다며 손금으로 인정하지 아니한 사실이 확인된다. 7) 2002.12.18. 법률 제6782호로 개정 시 신설된 국세기본법 제22조 의 2【경정 등의 효력】제1항의 규정에 의하면, “세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리․의무관계에 영향을 미치지 아니한다.”고 규정하고 있다.
• 라. 판 단

1. 쟁점①관련 위의 사실관계 및 관련 법령 등에 비추어 볼 때, 법인세법상 공제 가능한 과거 사업연도의 결손금은 법인의 과세표준 등 확정 신고나 정부의 조사 결정에 따른 과세표준 등 확정시에 결손금으로 조사 결정된 금액만이 결손금에 해당하는 것으로 볼 이유나 근거가 없는 것이고, 어느 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금 총액이 그 사업연도에 속하게 될 익금의 총액을 초과 하는 금액은 모두 해당 사업연도의 법인세법상 결손금에 해당하는 것이므로, 청구법인의 경우처럼 당초 2000사업연도의 법인세 과세표준신고시 연상각방식이 아닌 월할 상각방식으로 연구개발비를 상각함으로써 청구법인의 결손금이 과소신고된 것이므로, 2000사업연도분 연구개발비 과소상각액인 쟁점금액을 2000사업연도의 손금 에 추가 산입하여 계산한 금액을 2000사업연도의 결손금에 추가 산입한 금액을 2001사업연도부터 각 사업연도의 소득금액의 범위 안에서 5년 이내에 이월결손금으로 공제함이 타당(대법2005두12701, 2007.7.12 등과 같은 뜻임)한 것으로 판단된다. 다만, 2002.12.18. 법률 제6782호로 국세기본법 개정 당시 신설된 국세기본법 제22조의2 【경정 등의 효력】제1항의 규정과 관련하여 살펴보면, 같은 조 제1항에서 “세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리․의무관계에 영향을 미치지 아니한다.”고 규정하여 효력이 미치는 범위를 세액을 기준으로 하였고, 증액경정에 따른 불복청구를 함에 있어서도 당초의 확정된 세액을 초과하는 범위의 세액만이 다툼의 대상이 된다고 봄이 세액을 기준으로 경정의 효력을 정한 위 규정에 비추어 보아 그 타당성이 인정된다 하겠으나, 불복청구의 대상에는 당초의 확정행위에 관한 과세요건사실도 포함된다고 할 때에 불복청구의 이유로서는 당초 확정행위의 하자를 포함한 모든 과세요건사실의 하자를 그 대상으로 하지만 청구세액은 당초의 확정된 세액을 초과하는 증액경정고지부분만이 그 대상이 되어야 할 것이다. 따라서 이 건의 경우는 2002.12.18. 법률 제6782호로 신설된 국세기본법 제22조의2 【경정 등의 효력】제1항의 규정에 따라 2000사업연도의 연구개발비 과소상각액 인 쟁점금액을 손금불산입한 과세요건사실의 하자를 그 대상으로 하지만 청구세액은 당초의 확정된 세액을 초과하는 증액경정고지부분만이 그 대상이 되어야 하므로 이 건 증액경정고지세액의 범위 내에서 2001사업연도부터 5년이내에 각 사업연도의 소득금액에서 쟁점금액을 이월결손금으로 추가 공제함이 타당하다고 판단된다.

2. 쟁점②․③관련 쟁점②의 경우는 청구법인이 만약, 부과제척기간이 경과하여 2000사업연도의 개발비 과소상각액을 인정하지 못한다면, 국세기본법 제18조 제1항 에 따른 과세의 합목적성과 형평에 비추어 청구법인이 당초 2001～2005사업연도에 신고한 개발비 상각액을 그대로 인정하여야 한다고 주장하였으나

① 과 관련한 청구법인의 주장이 이미 받아들여졌으므로 심리의 실익이 없으며, 쟁점③의 경우도 쟁점①과 관련한 청구법인의 주장이 받아들여지지 않았을 경우를 대비한 예비적인 청구였으므로 쟁점①과 관련하여 청구법인의 주장이 이미 받아들여졌으므로 심리의 실익이 없어 심리를 생략함이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.