폐수시설 양도대금을 매월 일정금액으로 나누어 받은 후 폐수시설을 양도하였다고 주장하는 내용을 임대료 수입금액 누락으로 과세할 수 있는지 여부

청구법인은 1994.2.16. 개업하여 ○○광역시 ○○구 ○○동 000-000번지에서 전자부품을 생산하는 법인으로 청구외 ○○테크(제조/전자부품, 이하 “○○테크”라 한다)로부터 2003년 제1기부터 2006년 제1기 과세기간까지 총 278,900,000원(이하 “쟁점금액”이라 한다)과 청구외 ○○산업(제조/스크린인쇄, 이하 “○○산업”이라 한다)으로부터 2003년 제1기부터 2003년 제2기 과세기간까지 48,000,000원을 수수하고 세금계산서를 발행하지 않았다. 처분청은 현지확인조사 결과 이를 공장임대료와 기계사용료 누락으로 보아 2006.12.4. 2003년 사업연도～2006년 사업연도 법인세 등 121,256,410원을 청구법인에게 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.2.21. 이의신청을 거쳐 2007.6.14. 이 건 심사청구를 하였다.

청구법인은 하청업체인 ○○테크와 ○○산업으로부터 매월 영업활동비 3,500,000원과 폐수시설 소요경비 4,000,000원을 받았으나 위 거래처들이 계정과목을 몰라 임대료 등으로 기재하였을 뿐이며, 하청업체와는 별도의 임대차계약서가 존재하고 있다. 폐수처리시설은 2006년 6월에 정산이 완료되고 대금결제가 끝난 2006.7.11. ○○테크에게 세금계산서를 발행하고 조사착수일(2006.7.20.)전인 2006.7.11. ○○광역시 ○○구청에 명의이전 신고를 하였으므로 청구법인에게 법인세 및 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.

○○테크와 ○○산업은 청구법인의 알루미늄 가공라인 현장 소재지에 사업자등록을 하고 청구법인의 기계설비 등을 사용하여 임가공을 영위하면서 수기장부에 공장임대료로 기록, 관리한 것으로 보아 쟁점금액은 임대료로 보이며,

○○테크와 ○○산업의 대차대조표에 선급금 등이 계상되어 있지 않고, 청구법인의 대차대조표에도 선수금 등이 계상되어 있지 아니하므로, 처분청이 쟁점금액을 임대수입 누락으로 보아 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점금액이 임대수입 누락인지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 등

1. 관련법령 가) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. (이하 생략)(93.12.31.개정) 나) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다.(단서 생략)(95.12.29.개정)

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액 다) 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장․사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 (이하 생략) 라) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

• 다. 사실관계

1. 청구법인이 ○○테크로부터 2003년 제1기부터 2006년 제1기 과세기간까지 쟁점금액을, ○○산업으로부터 2003년 제1기부터 2003년 제2기 과세기간까지 48,000,000원을 수수하고 세금계산서를 교부하지 않은 사실에 대하여는 다툼이 없다.

2. ○○테크의 금전출납부에는 2003년 5월부터 공장임대료로 매월 일정금액이 지급되었다고 기재되어 있으며, 그 내용은 다음과 같다.

• 가) 2003년 5월～7월까지는 공장임대료로 월 7,300,000원 지급
• 나) 2003년 8월～9월까지는 공장임대료로 월 8,500,000원 지급
• 다) 2003년 10월～2006년 5월까지는 공장임대료로 월 7,500,000원 지급

3. ○○테크 대표 이○○이 2006.9.5. 작성한 것으로 되어 있는 문답서에는 청구법인이 제공한 사업장 및 기계설비, 머쉰센타 등을 사용하고 기계사용료 및 영업비 성격의 개념으로 쟁점금액을 지급하였다고 기재되어 있다.

4. ○○산업의 매상장에는 2003년 1월부터 12월까지 임대료로 매월 4,000, 000원을 지급한 것으로 기재되어 있으나 청구법인은 이에 대한 반론이나 증빙자료를 제출하지 않았다.

5. 청구법인이 제출한 부동산임대차계약서에는 청구법인이 오○○외 2명(○○테크)에게 ○○광역시 ○○구 ○○동 00-00번지 소재 건물 약 100평을 2003. 5.1.부터 24개월간 임대차보증금 5,000,000원에 임대한 것으로 기재되어 있다.

6. 청구법인은 배출시설과 방지시설을 설치하고 2004.11.18. ○○광역시 ○○구청에 폐수배출시설 설치신고를 하였으며, 2005.6.15. 가동개시 신고를 하고 2006.7.11. ○○테크에 동 시설을 양도한 것으로 신고하였음이 청구법인이 제출한 ○○광역시 ○○구청장의 공문, 폐수배출시설설치 신고필증, 소음․진동배출시설설치 신고필증, 대기배출시설설치 신고필증 등에 의하여 확인된다.

7. 이의신청 결정문에 의하면 ○○테크와 ○○산업의 2004～2005년 과세연도 종합소득세신고서의 대차대조표에 선급금 등의 계상내용이 전혀 없고, 청구법인의 2003～2005년 사업연도 법인세신고서의 대차대조표에 쟁점금액이 선수금으로 계상되지 아니하였다고 기재되어 있다.

• 라. 판 단 청구법인이 ○○테크로부터 받은 쟁점금액에 대하여 살펴보면, 청구법인은 매월 수령한 7,500,000원은 영업활동비 3,500,000원과 폐수시설 양도를 위한 소요경비 4,000,000원이라고 주장하고 있는바, 청구법인이 ○○테크로부터 2003년 5월부터 쟁점금액을 수령하기 시작하였으나 청구법인이 2004.11.18. ○○광역시 ○○구청에 폐수시설 등의 설치를 완료한 것으로 신고한 점, 2005.6.15. 가동개시 신고를 한 점, 청구법인의 법인세신고서에 첨부한 대차대조표에 선수금으로 계상하지 아니한 점, 양도 관련 계약서 등이 없는 점, ○○테크 대표 이○○이 기계사용료 성격으로 쟁점금액을 지급하였다고 진술한 점, 공장 건물 약 100평과 기계설비를 임대료 없이 보증금 5,000,000원에 2년간 임대한 점 등으로 보아 비록 2006.7.11. 폐수시설을 ○○테크에 양도하였더라도 폐수시설 양도를 위한 소요경비 4,000,000원을 매월 수령하였다는 청구주장은 신뢰할 수 없다고 보여지며,

○○테크를 위해 청구법인이 영업활동을 대행하고 영업활동비 명목으로 매월 3,500,000원을 수령하였다면 이 또한 청구법인의 수입금액으로 계상하고 세금계산서를 교부하여야 하므로, 처분청이 청구법인에게 한 이 건 과세처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 청구법인이 ○○산업으로부터 수수한 48,000,000원에 대하여 살펴보면,

○○산업의 매상장에 지급내역이 기재되어 있으나, 청구법인은 ○○산업으로 받은 48,000,000원에 대한 청구주장 및 증빙 제출을 하지 않고 있으므로, 이 건 과세처분도 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.