쟁점금액을 가공거래로 보아 법인세 등을 과세한 당초 처분이 정당한지 여부

청구법인은 ○○특별시 ○○구 ○○동 386-18번지 ○○빌딩 201호에서 주식회사 ○○종합건설이라는 법인명으로 토목공사 건설업을 영위하는 법인으로, 청구외 ○○○○엔씨주식회사(사업자등록번호: 000-00-00000, 이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 2005년 제2기 매입세금계산서 3매(공급가액 251,200,000원,이하 “쟁점세금계산서”라 하며, 해당 공급가액과 매입세액을 각각 “쟁점금액” 및 “쟁점매입세액”이라 한다)를 수취하여 쟁점매입세액을 공제받는 매입세액으로 하여 2005년 제2기 부가가치세를 신고하였으며, 쟁점금액을 손금에 산입하여 2005.1.1～12.31.사업연도의 법인세를 신고하였다. 2006.2.27. 쟁점거래처 관할 세무서장인 ○○세무서장은 쟁점거래처를 ○○지방검찰청에 자료상으로 직 고발하고 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였는바, 처분청은 수보 받은 과세자료를 바탕으로 쟁점매입세액을 불공제하고 쟁점금액을 손금불산입하여 2006.10.1. 청구법인에게 2005년 제2기 부가가치세 32,020,460원과 2006.11.1. 2005.1.1～12.31.사업연도 법인세 39,667,480원, 합계 71,687,940원을 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.12.5. 이의신청을 거쳐 2007.4.9. 이 건 심사청구를 하였다.

청구법인은 쟁점거래처로부터 공사에 투입되는 배관자재를 매입하고 쟁점세금계산서를 수취하였으며, 대금지급은 청구법인의 A은행 ○○지점 계좌에서 인출하여 현금 지급하였으나, 2005.3.17. ○○세무서장은 쟁점거래처를 직권폐업 처리하였는바, 청구법인은 2005.7.4.로 쟁점거래처가 사업자등록 증명원을 발급받은 내용을 보고 거래하였으므로 정당한 매입거래임에도 처분청이 가공거래로 보아 부가가치세 및 법인세를 부과함은 부당하다.

청구법인은 실제로 거래하였다고 하며 거래사실 확인서, 인감증명서, 정산합의서 및 매입대금 지급과 관련된 청구법인의 통장을 제시하고 있으나, 쟁점거래처로부터 실제물품을 공급받고 대금을 실제 지급하였다는 구체적인 증빙은 제시하지 못하고 있으므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점금액을 가공거래로 보아 법인세 등을 과세한 당초 처분이 정당한 지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정한는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.(이하 생략) 2) 법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액 (괄호 생략)과 그 부대비용 (이하 생략)

3. 부가가치 세법 제17조【납부세액】

① (이하 생략)

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액(단서 생략, 이하 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

1. 쟁점거래처에 대한 세금계산서 추적조사 종결보고서(자료상)에 의하면, ○○세무서장은 2005.1.1. ～ 2005.9.30. 과세기간 중 쟁점거래처가 실물거래 없이 세금계산서를 발행한 사실을 확인하여 2006.2.27. ○○지방검찰청에 전부 자료상으로 고발조치하고 관련 과세자료를 처분청에 통보하였고 처분청은 통보된 과세자료를 바탕으로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 및 법인세를 경정하였음이 확인된다.

2. 쟁점거래처에 대한 국세통합전산망 자료에는 ○○세무서장은 폐업일자를 2005.3.17.로 하여 2005.12.1.에 직권폐업 시킨 사실이 확인된다.

3. 쟁점거래처에 대한 조사 당시 청구법인은 아무런 소명자료 제출을 하지 아니하였으며, 쟁점거래처는 실 사업장도 없으며 매입사실도 확인되지 않아 매출액 전부를 가공으로 확정한 사실이 ○○세무서의 조사종결복명서에 의해 확인된다.

4. 또한, 청구법인도 2001.11.17.～2002.12.31. 과세기간의 법인세 현지확인조사 결과 부분자료상으로 확정되어 2005.12.31. 직고발된 업체임이 국세통합전산망자료에 의해 확인된다.

5. 청구법인은 쟁점거래처로부터 배관자재, 철강, 비계 외의 품목을 2005.7.8.외 2차례에 걸쳐 매입하고 ○○특별시 ○○구 ○○동 35-24번지 ○○상가 신축공사에 배관자재 등을 납품하였다고 주장하며, 그 증빙으로 쟁점거래처와의 거래명세서, 2005.10.11. 작성한 입금표 3매, 2005.10.13.의 거래사실 확인서, 인감증명서, 등기부등본, 사업자등록 증명원, 청구법인의 주식회사A은행(이하 “A은행”이라 한다)의 예금통장 사본 등을 제출하였다.

6. 쟁점매입금액의 대금에 대해서 청구법인은 A은행 ○○역지점 계좌 (000-00-00000)에서 인출하여 현금 250,500천원을 쟁점거래처에 지급하였다고 주장하는바, 상기 계좌는 2005.10.4. 개설되어 2005.10.11. 청구외 주식회사○○○아이(사업자등록번호: 000-00-00000, 이하 “○○○”라 한다)로부터 255,200천원이 입금되어 동일자에 250,500천원이 현금출금된 것으로 확인된다.

7. 청구법인은 2005년 1월부터 2005년 9월 30일까지 배관자재 부품에 대해 2005.10.13. 쟁점금액에 해당하는 거래사실이 있었음을 확인하는 내용만 기재된 쟁점거래처의 거래사실 확인서를 제시하고 있다.

8. 청구법인의 통장에 입금된 255,200천원은 2005.7.15. ○○○와 청구법인간의 “○○○ 조력발전소 건설공사 기본설계 설계 자문 및 설계도서 검토 용역”을 체결하였다가 이를 2005.11.21. 정산합의서에 의해 계약금액 232,000천원(부가가치세 별도)으로 변경하고 대금을 수령하였다고 하고 있으나, 용역계약서에 따른 청구법인이 수행할 용역범위, 발주처의 과업지시서(내역서), 기성부분의 비율에 따른 대금지급 내용, 계약당사자의 귀책사유로 인한 계약의 해제 또는 해지 및 손해배상금 지급과 기 지불금액의 반환 등의 내용 등 무슨 용역을 어떻게 제공하고 용역 계약이 해지 되었는지에 대해서는 증빙서류를 전혀 제출함이 없이 청구법인은 ○○○의 입금대금으로 당일자로 현금을 인출하여 쟁점거래처에 결제하였다고 하였다.

9. 이상의 사실관계를 종합하여 볼 때, 청구법인은 쟁점세금계산서가 사실에 부합하는 세금계산서라고 주장하고 있으나, ○○○와의 정산시점보다도 이전에 청구법인은 2005.10.11. ○○○로부터 대금을 송금 받아 쟁점거래처에 물품대금으로 지급하였다는 것은 일반적인 상거래 관행에 비추어 볼 때 신빙성이 없다고 판단되며, 청구법인이 제시한 증빙에 의해서는 청구법인이 쟁점거래처에 지급하였다는 250,500천원이 쟁점거래처에 귀속되었다고 단정할 수 없으므로, 청구법인이 관련 금융증빙이나 공사일보와 같은 객관적인 증빙을 추가로 제시하지 않는 한, 처분청이 쟁점금액을 가공거래로 보아 이 건 법인세와 부가가치세를 부과한 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유가 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.