매출원가 여부

○○세무서장이 2006.11.17. 청구법인이 주식회사○○소프트로부터 교부받은 매입 세금계산서 95,550,000원(공급가액)을 손금 불산입하여 경정․고지한 2003.1.1～2003.12.31.사업연도 법인세 14,078,990원은 이를 취소한다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○빌딩에서 컴퓨터 및 사무용기기 도․소매업을 하는 법인(개업일 1995.5.10.)으로, 청구외 (주)○○소프트(이하 “쟁점법인”이라 한다)로부터 2003년 제1기에 공급가액 95,550,000원(이하 “쟁점매입가액”이라 한다)의 매입세금계산서를 받고 관련 부가가치세매입세액 공제 및 매출원가로 손금 산입하여 2003.1.1.～2003.12.31.사업연도 법인세를 신고․납부하였다. 처분청은 쟁점법인이 자료상이라 하여 쟁점매입가액을 가공거래로 보아 관련 매출원가를 부인하여 2006.11.17. 청구법인에게 2003.1.1.～2003.12.31.사업연도 법인세 14,078,990원을 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.1.9. 이 건 심사청구를 하였다.

청구법인은 청구외 ○○로직스(주)가 2003년 3월 초 독자 개발한 ○○소프트웨어를 직접 6회에 걸쳐 720개(공급가액 95,550,000원, 이하󰡒쟁점거래󰡓라 한다)를 구입하였으나, 청구외 ○○로직스(주)가 쟁점법인을 대리점으로 계약 체결하였다고 하면서 쟁점법인으로부터 공급받는 것처럼 공급계약서를 작성하고 세금계산서를 교부받도록 한 후 그 대금도 쟁점법인의 ○○은행 계좌로 송금하도록 요구하였고, 청구법인은 사업상 반드시 ○○소프트웨어를 구입하여야 하였기에 청구외 ○○로직스(주)로부터 별도의 약정서, 즉청구법인이 쟁점법인에게 실제 채무가 없다는 내용의 약정서를 전송받은 후 그 요구를 받아들여, 2003.7.30. ○○은행 계좌에서 1억원, ○○은행 계좌에서 5,105,000원을 이체․지급(계 105,105,000원으로, 공급가액에 부가가치세 포함 금액과 같음)하고 매입하였던 것이나, 처분청은 ⑴ 개발한 ○○로직스(주)에서 청구법인에 납품할 때의 실무담당자였던 청구외󰡐김○○󰡑로부터 실제 거래한 사실을 이미 확인하였고, ⑵ 쟁점법인의 관리실장󰡐이○○󰡑로부터 쟁점법인에 입사하기 전의 쟁점거래에 대하여 상세내역을 제대로 알지 못한 상태에서 2005.12.17. ○○세무서에 사실과 다르게 진술하였다가 진실을 알고 난 후인 2006.7.28. 서명․날인한 확인서 등으로 실제 거래한 사실을 확인하였을 뿐만 아니라, ⑶ 청구법인이 자금유치 과정에서의 다툼으로 도산한 쟁점법인을 대신하여 소프트웨어 개발만 전문으로 하는 ○○로직스(주)와 대리점 계약을 2003.8.28. 체결하여 그전과 마찬가지로 계속 정상 거래하고 있음을 확인하였으면서도, 쟁점거래의 대가가 쟁점법인을 거쳐서 실제 거래처인 ○○로직스(주)로 입금된 사실이 확인되지 않고, 청구외 ○○로직스(주)의󰡐김○○󰡑와 쟁점법인 관리실장󰡐이○○󰡑의 확인서는『사인간 임의로 작성 가능하여 직접적 거래증거로 볼 수 없다』는 등을 이유로 하여 쟁점거래를 가공거래로 보아 매출원가를 손금 불산입하여 과세함은 부당하다.

청구주장대로라면 쟁점거래의 대가가 쟁점법인을 거쳐서 실제 거래처인 ○○로직스(주)로 입금되어야 하나 그 입금된 사실이 확인되지 않으며, 청구외 ○○로직스(주)의󰡐김○○󰡑와 쟁점법인 관리실장󰡐이○○󰡑의 확인서는『사인간 임의로 작성 가능하여 직접적 거래증거로 볼 수 없다』는 심판례(국심2006중1219호, 2006.5.26)에 따라 이를 거래증빙으로 볼 수 없고, 청구법인이 제시하는입․출고 원장의 납품처 40여개 중 4개의 납품확인서만을 제시하여 전반적인 증빙자료로 볼 수 없으므로, 쟁점거래를 가공거래로 보아 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 청구외 (주)○○소프트로부터 교부받은 세금계산서가 가공 세금계산서인지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령

1. 법인 세법 제19조【손금의 범위】 (2003.12.30. 법률 제7005호 개정전)

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 법인세법시행령 제19조 【손비의 범위】 (2003.12.30. 대통령령 제18174호 개정전)

① 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

2. ～ 16. (생략)

17. 제1호 내지 제16호 외의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액

• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구법인은 쟁점법인으로부터 2003년 제1기에 공급가액 95,550,000원의 매입세금계산서를 받고 관련 부가가치세매입세액을 공제하고 이를 매출원가로 손금 산입하여 2003.1.1.～2003.12.31.사업연도 법인세를 신고․납부하였다.

2. 쟁점법인은 2001.3.1.

○○시

○○ 구

○○ 동

○○ 번지(2층)에서 소프트웨어 및 게임 개발(서비스)업을 시작하여, 2003.1.1～2004.12.31.사이에 자료상행위를 한 것으로

○○ 세무서장이 2005년 12월 △△경찰서장에게 직고발하였고, 2005.12.31. 폐업하였음을 국세통합전산망으로 알 수 있다.

3. 청구법인이

○○소프트웨어 720개 매입대금으로 자신의 ○○은행과 ○○은행의 계좌에서 2003.7.30. 쟁점법인의

○○ 은행 계좌(

○○ 호)로 쟁점거래의 대금 105,105,000원을 나누어 송금하였다는 주장 에 대하여 쟁점법인의

○○ 은행 계좌(

○○ 호)의 거래 내역을 살펴보면, 2003.7.30. 청구법인의

○○ 은행 계좌에서 1억원,

○○ 은행 계좌에서 5,105,000원이 각각 이체․입금되었음이 확인되고, 또한, 같은 날에 쟁점법인이 청구외

○○로직스(주)로 28,600,000원을 송금하였음이 2007.3.22. ○○ 은행

○○ 지점이 회신한유동성 거래내역 조회에 의하여 확인된다.

4. 이 건 심리 중에

○○소프트웨어를 개발한 ○○로직스(주) 의 영업담당자였던 󰡐김○○󰡑에게 전화 확인한 결과, 자신이 영업담당으로서 청구법인에 납품하였으나 상사의 지시로 쟁점법인의 세금계산서를 받도록 청구법인에 요구하였으며, 이 때에 청구법인의 요구에 따라 청구법인이 쟁점법인에는 채무가 없다는 약정서를 보내 주었다고 진술하였다.

5. 이 건 심리 중에 쟁점법인의 관리실장󰡐이○○󰡑에게 전화 확인한 결과, 2003년 11월에 쟁점법인에 입사하여 잘 모르는 2003년 상반기의 쟁점거래에 대하여 2005년 12월에 ○○세무서에서 추측하여 진술하였으나, 2006년 2월에 쟁점법인의 소송과 관련하여 재차 확인하던 중에 청구법인과의 실제 거래내역을 알게 되어 2006월 7월에 사실대로의 확인서를 신분증을 첨부하여 처분청에 제출하였다고 진술하였다.

6. 처분청의〔청구법인이 제시하는입․출고 원장의 납품처 40여 개 중 4개의 납품확인서만을 제시하여 전반적인 증빙자료로 볼 수 없다〕는 의견에 대하여 살펴보면, <붙임: 출고 원장 비교 분석표>와 같이 ○○소프트웨어를 25개의 납품처에 39회에 걸쳐 720개를 출고한 원장을 잘못 이해한 것으로 보이며, 청구법인이 제시한 납품확인서는 4개 납품처의 269개에 대한 것으로서 약 37%에 상당하는 실물의 매출거래 사실확인서이고, <붙임: 출고 원장 비교 분석표>와 같이 청구법인이 25개 납품처 모두 출고 원장상의 공급가액보다 큰 금액으로 이미 매출 신고하였음이 국세통합전산망으로 확인된다.

7. 또한, 2003.8.28. 청구법인은

○○소프트웨어를 개발한 청구외 ○○로직스(주)와 ○○소프트웨어 대리점 계약을 체결하여, 쟁점거래 이후에도 계속 정상거래를 하고 있음이 청구법인이 제시하는○○ 대리점 계약서로 알 수 있고, 이에 대하여는 처분청에서도 다른 의견이 없

• 다. 8) 위 사실을 종합하면, 청구법인이 청구외 ○○로직스(주)로부터 ○○소프트웨어를 실물 구입한 사실이 확인되고, 그 대금은 쟁점법인으로 송금되었음 을 알 수 있으므로, 청구외

○○ 로직스(주)의 청구법인과의 매출누락에 대하여 과세하는 것은 별론으로 하고, 쟁점거래를 가공거래로 본 처분청의 당초 처분은 잘못이라 할 것이다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.