제조업에 대한 중소기업특별세액 감면대상여부

○○ 세무서장이 2006.9.7. 청구법인에게 고지한 2004.1.1.～ 12.31.사업연도 법인세 2,047,200원은 이를 취소합니다.

청구법인은 서울특별시 ○○구 ○○동 *** 번지(2 006.6.2. ○○세무서 관내에서 전입) 에 본점을 두고 전기자동제어기기를 제조하는 법인으로서, 2004.1.1.～12.31.사업연도(이하 “2004사업연도”라 한다. 이전 사업연도도 같다). 법인세 신고시 중소기업에 대한 특별세액 감면으로 산출세액의 10%인 3,542,798원을 계상하여 법인세를 신고하였

• 다. ○○지방국세청장은 ○○세무서에 대한 업무감사에서 청구법인은 수도권에서 도매업을 영위하는 중소기업이므로 감면비율 5%를 적용해야 한다고 감사지적을 하였고, 청구법인이 2 006.6.2. 처분청 관내로 전출하자 ○○세무서장은 2006.7.3. 위 감사지적 내용을 처분청에 통보하였으며, 처분청은 2004사업연도 중소기업특별세액감면비율을 5%로 적용하여 2006.9.7. 청구법인에게 2004사업연도 법인세 2,047,200원을 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.12.8. 이 건 심사청구를 하였다.

청구법인은 2001.10.13. 법인설립시부터 2001년 말까지는 완제품인 상태로 전기자동기기를 수입하여 판매하는 도매업을 영위하여 주업종을 도매업으로 하여 사업자등록을 하였다. 2002년부터 현재까지 전기자동기기를 자체 제작하여 판매하여 제조업의 형태로 영업을 하고 있었으나 세무지식이 부족하여 사업자등록 업종 정정신고를 하지 못하여 위와 같은 감사지적을 받았다. 청구법인이 제조업을 영위하였다는 증빙으로 청구법인의 재무제표를 제출하니 이를 검토하여 당초처분을 취소하여야 한다.

청구법인이 제출한 증빙 등에 의하면, 청구법인은 2004사업연도에 제조업을 영위한 것으로 확인되므로 당초처분을 취소함이 타당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 2004사업연도에 수도권에서 도매업을 영위하였다 하여 중소기업특별세액 감면비율 5%를 적용하여 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령 1) 조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】

① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2005년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. (2003. 12. 30. 개정)

1. 감면업종 (2002. 12. 11 개정)

• 가. 제조업 (2002. 12. 11 개정)
• 나. 광업 (2002. 12. 11 개정)
• 다. 건설업 (2002. 12. 11 개정)
• 라. 물류산업 (2002. 12. 11 개정)
• 마. 운수업 중 여객운송업 (2002. 12. 11 개정)
• 바. 어업 (2002. 12. 11 개정)
• 사. 도매업 (2002. 12. 11 개정)
• 아. 소매업 (2002. 12. 11 개정)
• 자. 전기통신업 (2002. 12. 11 개정)
• 차. 연구 및 개발업 (2002. 12. 11 개정)
• 카. 방송업 (2002. 12. 11 개정)
• 타. 엔지니어링사업 (2002. 12. 11 개정)
• 파. 정보처리 및 그밖의 컴퓨터 운영관련업 (2002. 12. 11 개정)
• 하. 종자 및 묘목생산업 (2002. 12. 11 개정)
• 거. 축산업 (2002. 12. 11 개정)
• 너. 의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업(의원ㆍ치과의원 및 한의원을 제외하며, 이하 이 조에서 “의료업”이라 한다) (2002. 12. 11 개정)
• 더. 대통령령이 정하는 자동차정비공장을 운영하는 사업(이하 이 조에서 “자동차정비업”이라 한다) (2002. 12. 11 개정)
• 러. 폐기물관리법에 의한 폐기물처리업(동법 제44조의 2의 규정에 의하여 신고를 하고 폐기물을 재생처리하는 경우를 포함한다) (2002. 12. 11 개정)
• 머. 수질환경보전법에 의한 폐수처리업 (2002. 12. 11 개정)
• 버. 과학 및 기술서비스업 (2002. 12. 11 개정)
• 서. 전문디자인업 (2002. 12. 11 개정)
• 어. 포장 및 충전업 (2002. 12. 11 개정)
• 저. 영화산업(영화 및 비디오 제작업, 영화 및 비디오 제작관련 서비스업, 영화배급업에 한한다) (2002. 12. 11 개정)
• 처. 공연산업(자영 예술가를 제외한다) (2002. 12. 11 개정)
• 커. 뉴스제공업 (2002. 12. 11 개정)
• 터. 관광진흥법에 의한 관광사업(카지노, 관광유흥음식점 및 외국인전용유흥음식점업을 제외하며, 이하 이 조에서 “관광사업”이라 한다) (2002. 12. 11 개정)
• 퍼. 노인복지법에 의한 노인복지시설을 운영하는 사업 (2002. 12. 11 개정)
• 허. 대통령령이 정하는 주문자상표부착방식에 의한 수탁생산업 (2002. 12. 11 개정)

2. 감면비율 (2002. 12. 11 개정)

• 가. 수도권정비계획법 제2조 제1호 의 규정에 의한 수도권(이하 “수도권”이라 한다)안에서 중소기업을 영위하는 내국인 중 대통령령이 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업”이라 한다)과 대통령령이 정하는 지식기반산업을 영위하는 중소기업: 100분의 10(도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업 및 관광사업을 영위하는 소기업은 100분의 5) (2003. 12. 30. 개정)
• 나. 수도권외의 지역에서 중소기업을 영위하는 내국인: 100분의 15(도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업 및 관광사업을 영위하는 중소기업은 100분의 5) (2003. 12. 30. 개정)

② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다. (1998. 12. 28 개정) 2) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① (생략)

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다. (1998. 12. 28 개정)

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 (1998. 12. 28 개정)

2. 제120조 또는 제120조의 2의 규정에 의한 지급조서, 제121조의 규정에 의한 매출 매입처별계산서합계표 또는 매출매입처별세금계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때 (2000. 12. 29 개정) (이하 생략) 3) 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 2004사업연도에 제조업을 영위하였다고 주장하면서 청구법인의 2003사업연도와 2004사업연도의 재무제표를 제시하고 있는바, 이에 대하여 살펴본다.

1. 청구법인은 청구이유서에서 2002년부터는 제조업을 영위하였으나 2001년에 사업자등록시에 신고한 도매업을 제조업으로 업종 정정신고하지 아니한 사실에 대하여 이를 인정하고 있다.

2. 청구법인이 제출한 청구법인 재무제표를 보면, 2004사업연도 대차대조표에 원재료 46,755천원이 계상되어 있고, 손익계산서에는 당기제품제조원가 1,677,484천원이 계상되어 있으며, 부속명세서로서 제조원가명세서가 첨부되어 있다. 2003사업연도에도 원재료와 당기제품제조원가 등의 계정이 재무제표에 기표되어 있고 제조원가명세서도 첨부되어 있다. 3) 국세청 전산조회에 의하면, 청구법인이 제출한 재무제표는 사실로 확인되는 점에 비추어 청구법인이 2004사업연도에 제조업을 영위하였다는 청구주장은 신빙성이 있다고 판단된다. 3) 국세기본법 제14조 제2항 에는 『세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.』고 규정하고 있는바, 청구법인이 실질적으로 제조업을 영위하였다면 당초 사업자등록시 신고한 도매업을 제조업으로 정정신고를 하지 아니 하였다 할지라도 전시 조세특례제한법 관련 규정에 따라 중소기업특별세액 감면비율 10%를 적용해야 할 것이다. 따라서 처분청이 청구법인이 수도권에서 도매업을 영위한 것으로 보아 중소기업특별세액 감면비율 50%를 적용하여 경정한 이 건 부과처분은 잘못되었다 할 것이다.

이 건 심사청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.