가공세금계산서에 해당되는 재고금액을 과대 계상하였는지 여부

• 가. 청구법인은 ○○광역시 ○○구 ○○동 4**-11번지에서 전기제품 등을 제조하는 법인으로서, 2004년 제1기 과세기간에 청구외 (주)○○로부터 공급가액 111,000천원(이하 “쟁점금액”이라 한다)의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 2004.1.1.～12.31.사업연도(이하 “2004사업연도”라 한다. 이전, 이후 사업연도도 같다) 손금에 계상하여 법인세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 2006.3.15. 청구법인에게 쟁점세금계산서는 자료상으로부터 교부받은 가공세금계산서이므로 쟁점금액을 손금에 산입할 수 없다는 과세예고통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 과세예고통지를 받은 후인 2006.3.22. 2004년 기말재고금액이 쟁점금액과 동일한 111,000천원이 과다계상되었다는 사유로 쟁점금액의 가공경비를 익금에 산입하여 기타사외유출 처분함과 동시에 쟁점금액의 기말재고 과다계상액을 손금산입 유보처분하여 추가 납부할 세액 없이 2004년 법인세 수정신고서와 함께 과세전적부심사청구를 하였다.
• 다. 처분청은 2006.4.10. 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보고 쟁점금액을 손금불산입하여 2004년 법인세 27,007,670원을 경정․고지하였고, 청구법인은 2004.4.28. 이에 대한 이의신청을 하였으며, 처분청은 청구법인이 제기한 과세전적부심사청구와 수정신고한 사항을 검토함이 없이 한 위 경정처분은 절차상의 잘못이 있음을 발견(처분청 납세자보호담당관의 지적)하여 2006.6.2. 위 처분을 일단 취소하였다.
• 라. 처분청 공무원은 2006.621. 청구법인에 임하여 재고를 확인한 결과, 2006.6.21. 현재 원재료 등 재고가 73,111,280원임을 확인하였으나, 청구법인의 원재료수불부 등의 기재가 부실하여 2004.12.31.까지의 재고를 역추적하기가 불가능하다는 사유로 청구법인의 수정신고를 인정하지 아니하고, 가공경비인 쟁점금액의 손금만 불산입하여 상여처분하고 2006.10.2. 청구법인에 2004년 법인세 28,087,230원을 경정․고지하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2006.10.19. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 처분청은 청구법인의 이의신청 후에 쟁점금액만을 손금부인한 당초처분을 직권으로 취소하였는바, 『행정처분은 일단 취소한 후에는, 그 취소처분의 위법이 중대하고 명백하여 무효선언으로서 취소와 행정쟁송절차에 의한 취소의 경우를 제외하고는, 그 취소처분 자체의 위법을 이유로 다시 그 취소처분을 취소함으로써 시초의 행정처분의 효력을 회복시킬 수 없는 것』(국세기본법 기본통칙 18-0…3)이므로 당초 취소된 처분을 그대로 부활하는 이 건 부과처분은 부당하다.
• 나. 처분청은 2006.6.21. 청구법인의 재고를 73,111,280원으로 확인하고서도 청구법인의 원재료수불부 등이 계속기록법에 의하여 기재되지 아니하여 2004년 말까지 추적할 수 없다고 하여 청구법인의 수정신고 내용을 인정하지 않았으나, 청구법인이 2004년 법인세 신고시 2004.12.31. 현재 재고금액이 180,324,940원이고 수정신고한 재고금액은 69,324,940원인 점과, 2005년 법인세 신고시 2005.12.31. 현재 재고금액이 198,047,140원이고 2006.6.21. 처분청 공무원이 실사한 재고금액이 73,111,280원에 불과한 점 등에 비추어 2004년 말과 2005년 말에 재고금액이 과다 계상된 것은 틀림없는데도 이를 인정하지 아니한 것은 부당하다.

• 가. 처분청은 청구법인이 신고한 2004년 법인세 수정신고서에 대한 검토 없이 쟁점금액의 손금만을 부인하여 과세한 부과절차상의 하자를 바로잡기 위하여 당초처분을 취소한 후, 청구법인이 신고한 수정신고서 내용을 조사하여 이 건 부과처분을 하였으므로 청구주장을 받아들일 수 없다.
• 나. 처분청 공무원은 청구법인의 매입매출장 등의 장부에 의하여 2004년의 재고를 역추적하려 하였으나 장부기재가 부실하여 청구법인이 수정신고한 재고금액의 과다계상의 확인은 불가능하였다. 따라서 처분청이 청구법인이 수정신고한 내용을 현지확인한 후 그 결과에 따라 쟁점금액을 손금불산입한 이 건 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

① 처분청이 절차상의 하자를 바로잡기 위하여 당초처분을 취소한 후 다시 동일한 내용으로 부과한 이 건 부과처분의 당부와 ② 쟁점금액이 실제로 과다계상된 재고금액인지 여부를 가 리는 데 있다.

• 나. 관계법령 1) 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다. (1998. 12. 28 개정)

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. (1998. 12. 28 개정)

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28 개정) 2) 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여배당기타 사외유출사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. (1998. 12. 28 개정) 3) 법인세법시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다. (1998. 12. 31 개정)

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법 제46조 제12항 의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다. (1998. 12. 31 개정)

• 가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당 (1998. 12. 31 개정)
• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여 (1998. 12. 31 개정) (이하 생략)
• 다. 사실관계 및 판단

1. 먼저 처분청이 절차상의 하자를 바로잡기 위하여 당초처분을 취소한 후 다시 동일한 내용으로 부과한 이 건 부과처분의 당부에 대하여 살펴본다.

• 가) 처분청이 제출한 증빙서류에 의하면, 처분청의 납세자보호담당관은 처분청의 조사과장에게 청구법인이 수정신고서와 함께 제출한 과세전적부심사청구에 대하여 심의함이 없이 과세하는 것은 청구법인의 권리가 박탈되는 절차상의 잘못이 있으므로 당초처분을 취소한 후, 수정신고서 등을 검토하여 다시 결정하도록 통보하고 있다. 나) 국세기본법 제81조 의 7 및 같은 법 제81조의 10에서 “세무공무원은 범칙사건의 조사, 법인세의 결정 또는 경정을 위한 조사 등 대통령령이 정하는 부과처분을 위한 실지조사를 마친 때에는 그 조사결과를 서면으로 납세자에게 통지하여야 하며, 위 통지를 받은 자는 그 통지를 받은 날부터 20일 이내에 당해 세무서장 또는 지방국세청장에게 통지내용에 대한 적법성 여부에 관하여 과세전적부심사를 청구할 수 있다”고 규정하고 있는바, 처분청이 과세예고통지를 한 후, 청구법인이 과세전적부심사를 청구를 하였으나 이에 대한 심리를 하지 아니하고 과세하는 것은 취소사유에 해당된다(국심2004서4511, 2005.07.05. 외 다수 같은 뜻)할 것이므로 처분청이 이와 같은 절차상의 하자를 바로잡기 위하여 당초처분을 취소하고 청구법인의 수정신고서 등을 재검토하여 과세한 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

2. 이 건 부과처분 중 청구법인과 처분청간에 쟁점세금계산서가 실물거래 없이 교부받은 세금계산서임에 대해서는 다툼이 없다. 다만, 청구법인은 2004년 법인세 신고시 재고금액이 쟁점금액 만큼 과다계상되었다는 주장이고, 처분청은 청구주장이 확인되지 아니하므로 이를 인정할 수 없다는 주장인바, 이에 대하여 살펴본다.

• 가) 청구법인은 2004년 법인세 신고시 재무제표에 쟁점금액 만큼 재고자산이 과다계상되었다고 주장만 할 뿐 이에 대한 구체적인 품목과 수량은 제시하지 못하고 있다.
• 나) 처분청이 제출한 청구법인에 대한 ‘부가가치세 현지확인 조사 종결복명서’에 의하면, 처분청 조사공무원은 청구법인의 매입매출장 등을 근거로 조사일 현재의 재고로부터 역추적하여 2003년 말과 2004년 말의 재고를 추정하려 하였으나, 원재료는 물론 제품의 수불부조차 없어 이의 추정이 불가능한 상태라고 보고하고 있다.
• 다) 청구법인은 현지확인일 현재 재고금액이 73백만원이므로 2003년～2004년 매출금액과 매입금액, 재고금액을 감안하면 2004년에 쟁점금액이 과다계상되었을 것을 파악할 수 있다고 주장하고 있으나, 재고금액은 먼저 품목과 수량을 파악한 후 그 각각의 단가를 적용하여 구하는 것이고, 금액으로 추정하는 것이 아닌 것이다.
• 라) 청구법인이 2004년 중에 자료상으로부터 받은 쟁점세금계산서의 공급가액과 재고를 과다계상하였다는 금액이 일치하게 된 점과 청구법인이 과다계상하였다는 재고에 대한 품목 및 수량을 제시하지 못하는 점 등에 비추어 볼 때 청구법인이 과세예고통지를 받은 후 쟁점세금계산서 공급가액에 상당하는 손금부인과 상여처분을 피하기 위하여 2004년 재무제표 등을 수정하여 법인세 수정신고서를 제출한 것으로 판단된다.

3. 따라서 처분청이 청구법인의 수정신고서 내용인 재고 과다계상금액에 대하여 이를 인정하지 아니하고 쟁점금액의 손금만을 부인하여 법인세를 경정한 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.