재조사결과 통지에 대한 심사청구 가능 여부 및 부동산 일괄양도 해당 여부

○○ 세무서장이 2005.4.1. 청구법인에게 경정․고지한 2003년 사업연도 법인세 219,603,870원은 이 건 청구법인 토지(

○○ 도

○○ 시 ○동

○○○ -34 대지 1,570㎡)의 양도가액을 635,720,000원으로 하여 과세표준과 세액을 경정합니다.

• 가. 청구법인은 1998.9.1.

○○ 도

○○ 시 ○동

○○○ -34 번지에서 부동산 임대업을 개시하여 2003.6.30. 폐업한 법인으로서, 2003.4.3. 청구법인 토지를 청구법인의 대표사원 유

○○ (이하 대표사원 유

○○ 를 “대표사원”이라 한다)의 토지 및 건물(이하 “대표사원 부동산”이라 한다)과 함께 주식회사

○○○ 유통(이하 “매수법인”이라 한다)에게 매매한 후 2003.1.1～2003.12.31. 사업연도(이하 “2003사업연도”라 한다) 법인세 신고시 청구법인 토지의 양도가액을 400,350천원으로 신고하였다.

○ 청구법인 토지:

○○ 도

○○ 시 ○동

○○○ -34 번지 대지 1,570㎡

○ 대표사원 토지:

○○ 도

○○ 시 ○동

○○○ -71 번지 대지 56㎡

○ 대표사원 건물: 위 양지상 2층 근린생활 및 창고시설 1,510.68㎡

○ 매수법인: 매매계약시 매매부동산에서 슈퍼와 부동산 임대업을 영위하고 있었으며, 대표자는 이○○임.

• 나. 처분청은 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구법인 토지와 대표사원 부동산(청구법인 토지를 포함한 총부동산을 이하 “쟁점부동산”이라 한다) 양도가액이 총 17억원임을 확인하였고, 청구법인이 신고한 양도가액 400,350천원은 처분청이 조사한 양도가액 1,052,170천원(

○○ 감정원의 감정가액으로 안분계산)과 비교할 때 청구법인의 소득을 부당히 감소시켰다는 이유로 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 그 차액 651,820천원을 익금산입함과 동시에 대표사원에게 상여처분한 후 2005.4.1. 청구법인에게 2003사업연도 법인세 219,603,870원을 경정․고지하였다.

• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.4.7. 이의신청을 거쳐 2005.7.28. 이 건 심사청구를 하였으며, 심사청구 재결청(국세청장)은 이에 대하여 2006.4.3. 재조사 결정을 하였다.
• 라. 처분청은 심사청구 재결청이 2006.4.3. 재조사 결정을 함에 따라 청구법인을 재조사하였고, 그 결과 2006.6.9. 당초처분이 정당하다는 세무조사결과를 통지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.9.7. 심사청구를 하였다.

• 가. 2006.4.3. 재결청의 ‘재조사 결정’이 있었음에도 처분청은 재조사를 제대로 하지 않은 채 당초처분이 정당하다고 하였는바,

1. 매수법인의 전무이사 채

○○ 이 처분청(조사과)에 출서하여 매수법인은 구두합의된 내용에 따라 대표사원에게는 계약금 2억원(어음)을 포함하여 1,064,280천원, 청구법인에게는 635,720천원, 합계 17억원을 지급하였으며, 은행 대출이 예상보다 빠르게 진행되는 등 매매가 신속하게 성사되어 본 계약서를 별도로 작성할 필요가 없었다는 진술을 하였음에도 불구하고 처분청은 그 중 본 계약서가 작성되지 않았다는 사실만을 조사결과로 기록하고 있고,

2. 대표사원이 매매대금으로 지급받은 어음 2억원(5천만원짜리 4매)의 어음배서인은 매수법인의 대표자 이

○○ 과 그의 처 윤

○○ 및 전무이사 채

○○ 으로서 청구법인과 관련이 없고, 어음에 대한 선이자를 대표사원이 수령하여 어음 2억원의 귀속자가 대표사원으로 확인되는데도 불구하고 처분청은 어음의 유통에 대하여 조사하지 않았다.

• 나. 처분청의 결정내용대로 매도자들의 토지 ㎡당 취득가액과 양도가액을 비교해 보면,

1. 청구법인은 ㎡당 210천원에 취득하여(1991.2.5) 670천원(319%)에 양도한 (2003.4.3) 결과가 되어 청구법인은 양도차익 461천원/㎡이 발생하게 되고, 대표사원은 ㎡당 784천원에 취득하여(1994.11.7) 664천원(84.5%)에 양도한(2003.4.3) 결과가 되어 대표사원은 양도차손 120천원/㎡이 발생하게 되는데, 이는 대표사원 토지가 청구법인 토지보다 입지조건이나 이용가치가 더 높음에도 불구하고 반대 현상이 초래되어 부당행위계산부인 대상이라고 할 수 없으며,

2. 처분청이 토지와 건물가액을 안분계산할 때 사용한

○○ 감정원의 쟁점부동산 감정가액 1,420,815천원 중 토지가액 910,560천원(64.08%)은 8개월 전 2002.6.27.

○○ 농협

○○ 지점에서 평가했던 청구법인 토지 및 대표사원 건물 감정가액 1,070,043천원 중 토지가액 439,600천원(41%, 청구법인 토지만 평가)과 비교할 때 비율이 큰 차이가 나며,

○○ 농협

○○ 지점의 쟁점부동산 감정가액 1,070,043천원(청구법인 토지 가액 439,600천원 비율 41%, 위 지상 대표사원 건물가액 630,443천원 비율 59%)은 쟁점부동산 중 주도로에 연접하고 상가건물 신축에 필수적인 대표사원 토지 56㎡를 평가에서 제외하고 청구법인 토지와 대표사원 건물만을 평가한 금액이므로 56㎡의 가액을 대표사원 건물가액에 합산하면 대표사원 부동산 가액은 646,123천원이 되어 쟁점부동산 감정가액의 63%가 된다.

• 다. 쟁점부동산 중 청구법인이 받은 청구법인 토지 양도가액 635,720천원(17억원의 37.3%)는

○○ 농협

○○ 지점의 감정가액 비율 즉, 청구법인 토지 감정가액 비율 41%, 대표사원 건물 감정가액 비율 59%(대표사원 건물만의 가액 비율인바, 청구법인 토지 단위당 감정가액을 구하여 대표사원 토지면적 56㎡을 곱하여 환산한 대표사원 토지의 감정가액을 포함하면 63%)로 볼 때 청구법인 토지 양도가액 비율이 비슷한 수준(37.3%, 37%)이 되므로 익금에 가산할 금액은 청구법인이 받은 양도가액 635,720천원에서 청구법인이 신고한 양도가액 400,350천원을 차감한 235,370천원이 타당하다.

청구법인 토지와 대표사원 부동산을 일괄하여 양도한 후 그 양도가액을 각 소유자에게 배분한 행위에 대하여 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용한 것으로서, 한 사업장에서 사업에 공하던 고정자산을 자산별 가액의 구분 없이 일괄하여 양도한 경우 부가가치세법 제48조 의 2 규정을 준용하여 감정가액을 기준으로 자산별 가액을 안분계산하여 부가가치세 과세표준을 먼저 산출하고 별도의 감정가액이 없는 토지가액은 지분이나 면적에 비례하여 안분계산하였으므로 이 건 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 심사청구에서재조사 결정하였고, 재조사결과 당초 부과처분을 유지한다는 내용의 세무조사결과통지에 대하여 다시 심사청구를 할 수 있는지 여부와

② 청구법인 토지와 대표사원 토지․건물을 구분하지 않고 일괄하여 양도한 경우로 보아 양도가액을 감정가액과 면적비율로 안분하여 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다(쟁점① 제2안이 채택될 경우).

• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다. (2000. 12. 29. 개정)

1. 토지와 건물 등에 대한 소득세법제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. (2006. 2. 9. 개정)

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다. (2000. 12. 29. 개정)

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다. (2000. 12. 29. 개정) 2) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 3) 법인세법 시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】

① 법 제52조제1항에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 1.～8. 생략

9. 기타 제1호 내지 제8호에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우 4) 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】

① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다. (1998. 12. 31. 개정)

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다. (1998. 12. 31. 개정)

1. 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액, 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식 등을 제외한다..

2. 상속세 및 증여세법 제38조 내지 제39조의 2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액(2002.12.30). 5) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산 한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. 6) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

④ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다(2000.12.30.신설)

• 다. 사실관계 【쟁점 ①관련】 청구법인이 2005.7.28. 제기한 심사청구에 대하여 재결청은 재조사 결정(심사법인 2005-0111)하였고, 처분청은 재조사결정에 따라 재차 세무조사를 실시한 결과 2006.6.9. 당초 부과처분을 유지한다는 내용의 세무조사결과통지서를 발송한 사실이 우편배달증명서, 심사결정서, 세무조사결과통지서 등에 의하여 확인된다. 【쟁점 ②관련】 쟁점부동산을 매수법인에게 총 17억원에 매매되었다는 사실에 대하여는 다툼이 없으나, 청구법인은 매매당사자간 구두합의에 의하여 매매대금을 수수하였으므로 매매대금의 실제 귀속에 따라 결정할 것을 주장하는 반면, 처분청은 쟁점부동산이 일괄하여 양도되었으므로 실제 귀속이 불분명한 것으로 보아 감정가액 등에 따라 안분계산하여 귀속자를 결정해야 한다고 주장하는바, 이에 대하여 살펴보면, 가. 재조사를 결정한 이 건 당초 심사청구 결정서(심사 법인 2005-0111, 2006.4.3)의 주문을 보면, 처분청이 2005.4.1. 청구법인에게 경정․고지한 2003 사업연도 법인세 219,603,870원의 부과처분은 청구법인 소유

○○ 도

○○ 시 ○동

○○○ -34번지 대지 1,570 ㎡의 양도에 따른 양도차익을 산정함에 있어 청구법인과 매수법인간의 계약체결 내용, 본 계약서 작성 여부, 매도대금 수수내용, 매수법인의 구분기장 내용 등에 대한 사실관계를 추가로 재조사하여 양도가액을 확인하고 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하도록 한다는 내용이다.

• 나. 당초 조사내용, 재조사결정에 따른 처분청의 2006.5.30.자 재조사 복명서상의 조사내용, 당심 조사내용을 상호 비교하여 보면 아래와 같다.

1. 2003.3.5.자 부동산 매매계약 관련(청구법인이 주장하는 가계약서 관련)

○ 당초 조사내용: 대표사원의 통장사본과 약속어음 사본에 의하여 확인한 쟁점부동산 매매대금 17억원과 일치함.

○ 재조사 복명서내용: 2003.3.5. 유

○○ 와 매수법인 대표이사인 이

○○ 은 청구법인 토지와 대표사원 토지․건물을 17억원에 매매하기로 약정하고, 계약금 2억원은 계약일에, 잔금 15억원은 같은 해 3.15.에 지불하기로 부동산매매계약을 체결한 사실이 확인됨.

○ 당심 조사내용: 매매계약서상의 부동산의 표시란을 보면, 건물은 지하 및 층별 면적을 기재하고 있으나, 토지에 대하여는 “

○○ 시 ○동

○○○ -34외 1필지”라고 기재하고 있을 뿐 소유자별 면적을 구분하여 표시하지 않았고, 매도인과 매수인 기재란을 보면, 매도인 “유

○○ ” 매수인 “이

○○ ”으로만 기재하고 있어 법인들(청구법인, 매수법인)이 이 건 부동산 거래에 관련이 있는 것인지 동 계약서만으로는 확인되지 않음.

2. 실 매매가액 및 본 계약서 유무관련

○ 당초 조사내용: 청구법인은 청구법인 토지의 매매가액을 7억원(총 매매대금 17억원의 41.2%)으로 주장하고 있어, 매수법인의 전․현 대표이사 및 현재 세무대리인에게 실지매매가액을 확인하려 하였으나 확인하지 못함.

○ 재조사 복명서내용: 부동산매매계약서는 일괄 작성되었으나 청구법인 소유 토지와 대표사원의 개인소유 부동산가액을 구분하여 매수법인과 구두합의하였고, 이를 근거로 대금을 각각 지급하였다고 주장하여 본 계약서 작성 여부를 청구법인 대표사원과 매수법인의 전무이사 채

○○ 에게 확인한 결과 본 계약서 작성을 생략한 사실을 확인하고, 매수법인 대표자로부터는 확인하지 못했음.

○ 당심 조사내용: 매수법인의 전무이사 채

○○ 은 재조사기간은 경과하였지만 이에 대한 결정통지전인 2006.5.26. 사실확인서를 작성하여 처분청에 제출하였는바, 동 확인서를 보면 ‘속초지역 동종업자인

○○ 마트가 쟁점부동산 매도인들에게 17억원에 거래를 제의한 사실을 알게 되어 갑작스럽게 먼저 가계약을 체결하게 되었으며, ① 매매계약서에 매도인 각인의 표시, ② 매매대금 지급계획 수립, ③ 매도대금 배분문제 등을 충분히 검토하여 본 계약서를 작성하기로 가계약일에 구두합의하였으나, 은행 대출이 신속하게 이루어져 대표사원에게는 계약금 2억원을 포함하여 1,068,280천원, 청구법인에게는 635,720천원을 지급할 것을 합의하여 매도인 각인에게 지급하였기 때문에 별도로 본 계약서를 작성할 필요가 없었다.’고 기재되어 있음.

3. 쟁점부동산 매매대금 수수관련

○ 당초 조사내용: 2003.3.5～2003.4.4. 기간 동안 대표사원 명의로 1,008,280천원을 계좌이체(808,280천원) 및 어음(2억원) 인수방식으로 수수하였고, 청구법인 통장계좌로 635,720천원을 이체받아 합계 1,644백만원을 영수한 사실이 확인되고, 전체 매매금액 17억원과의 차액 56백만원의 내역에 대하여 60백만원은 임대보증금과 상계하고 초과입금된 400만원은 소개비(어음할인 등)로 지급.

○ 재조사 복명서내용: 당초 조사내용과 같음.

○ 당심 조사내용: 심리자료(2006.5.30.자 처분청의 재조사복명서, 어음 사본)에 의해 쟁점부동산의 매매대금 수령내역을 보면, 아래 <표1>과 같이 당초 조사내용과 거의 같으나 매수법인은 매매대금을 소유자별로(청구법인 635,720천원, 대표사원 1,068,280원) 구분하여 송금하였으며, 어음 2억원은 매수법인의 자기발행 어음으로 청구법인이 동 어음에 배서한 사실은 확인되지 않으며. 임차보증금 60백만원은 대표사원의 매매대금과 상계하였음. <표1> 쟁점부동산 매매대금 수령내역 (단위: 천원) 수령자 지급일자 지급액 지 급 내 용 청구법인 2003.4.3 235,370 청구법인계좌(

○○ 은행 372-020488-××-020) 로송금 2003.4.3 400,350 청구법인계좌(

○○ 은행 372-020488-××-012)로 송금 소계 635,720 대표사원 2003.3.5 200,000 대표사원계좌(

○○ 중앙회1112-12-××××××)로 송금 2003.4.3 564,280 대표사원계좌(

○○ 은행372-020487-××-×××)로 송금 2003.4.4 44,000 대표사원계좌(

○○ 중앙회 255-02-××××××)로 송금 2003.4.2 200,000 매수자 발행어음 4매(자가×××26861～4)로 지급 2003.4.4 60,000 대표사원에 대한 임차보증금과 상계 소계 1,068,280 합 계 1,704,00 0 ※ 어음지급분에 대한 선이자 4백만원 포함. 다. 청구법인은 청구법인 토지를

○○ 산업개발(주)로부터 1991.2.5. 330,000천원원(210천원/㎡)에 취득하였고, 대표사원은 대표사원 토지를 1994.11.7. 위 같은 회사로부터 50,200천원(784천원/㎡)에 취득하여 청구법인 토지와 대표사원 토지의 양 지상에 연면적 1,510,68㎡의 건물(근린생활시설 및 창고시설 1층 482.67㎡, 2층 970.26㎡, 지층 57.75㎡)을 1999.1.22 신축하여 부동산 임대업을 영위하다가 2003.6.30.폐업하였는바,

1. 대표사원은 1994.6.3.

○○ 산업개발(주)로부터

○○ 도

○○ 시 ○동 619-71번지 전 56㎡와 같은 곳 37번지 대지 8㎡를 50,200천원에 취득하였음이 청구법인이 제출한 1994.6.3.자 부동산 매매계약서와 당초 심사결정서 사실관계에서 확인되며,

2. 청구법인 토지상에 상가건물을 신축하려면 주된 도로에 접하는 모퉁이의 토지(대표사원 토지)가 필요하여 대표사원이 청구법인 토지의 단위당 취득가액(㎡당 210천원)보다 3.73배 비싼 가격(㎡당 784천원)을 주고 대표사원 토지를 매입하게 되었으며, 건설공사 기성실적증명(신청)서 및 민간건축공사 표준계약서에 의하여 확인되는 건물 신축공사비 383,640천원은 골조공사에 소요된 금액으로서 그 외에도 상품진열대 공사 등 추가비용이 많이 투입되었으나 보관된 증빙이 없어 제출하지 못하고 있다고 청구법인은 주장하고 있다..

• 라. 매수법인은

○○ 은행

○○ 지점으로부터 대출받아 쟁점부동산 잔금으로 지급하였고, 금융기관 대출을 받기 위하여

○○ 감정원 강릉지점에서 쟁점부동산을 감정평가 받았는바,

1. 대출 당시

○○ 감정원은 2003.3.7. 토지가액 910,560천원(64.08%), 건물가액 510,255천원(35.92%), 합계 1,420,815천원으로 평가하였고,

○○ 은행은 채권최고액을 1,440백만원으로 하여 근저당권을 설정하였으며, 2)

○○ 농협

○○ 지점은 2002.6.27. 청구법인 토지를 439,600천원(41.08%), 대표사원 건물을 630,443천원(58.92%), 합계 1,070,043천원으로 감정평가하여 채권최고액 10억원으로 근저당권을 설정하였는바,

3. 대표사원은 청구외

○○ 유통산업(주)와 청구법인의 대표인바, 청구외

○○ 유통산업(주)가 대출받을때

○○ 농협

○○ 지점이 평가한 감정가액을 기준으로 아래 <표2>와 같이 대표사원 토지 56㎡의 감정가액을 계산하면 15,680천원(=56㎡×439,600천원/1,570㎡)이 되고, 여기에 대표사원 건물의 감정가액 630,443천원을 합하면 대표사원 부동산 감정가액은 총 646,123천원이 되며, 이 금액은 쟁점부동산 감정가액 1,085,723천원(1,070,043천원+15,680천원)의 59.51% (청구법인 주장은 63%라고 하였으나 계산착오로 보임)가 되어 17억원에 같은 비율을 적용하면 대표사원 부동산가액은 1,011,500천원(17억원×59.51%)으로 계산되므로써 청구법인 통장계좌에 입금된 부동산가액 1,068,280과 비슷한 금액이 된다. <표2> 쟁점부동산 감정가액 (단위: 천원) 대출은행

○○ 은행 속초지점

○○ 농협 포남지점

○○ 농협

○○ 지점 평가에 대표사원 토지를 반영 감정평가기관

○○ 감정원 대출은행 자체 평가기준일 ‘03.3.7. ‘02.6.27. 토 지 (‘03.4.3.양도) 청구법인 토지 (1,570㎡) 879,200 (61.88%) 439,600 (41.08%) 439,600 (40.49%) 대표사원 토지 (56 ㎡) 31,360 (2.21%) 15,680(1.44%) (=56 ㎡× 439,600/1,570 ㎡) 소 계 910,560 (64.09%) 439,600 (41.08%) 455,280 (41.93%) 건 물(‘03.4.3.양도) 510,255 (35.91%) 630,443 (58.92%) 630,443 (58.07%) 합 계 1,420,815 (100%) 1,070,043 (100%) 1,085,723 (100%) 대출금액 1,500,000 700,000 ※ 대표사원 부동산 가액의 비율은 쟁점부동산 전체가액의 59.51%(1.44% + 58.07%) 임.

4. 위 감정가액과 달리 쟁점부동산의 토지 및 인근토지에 대한 공시지가를 배교하여 살펴보면, 쟁점부동산의 청구법인 토지와 대표사원 토지의 공시지가는 아래 <표3> 과 같이 청구법인 토지 취득시에는 대표사원 토지 공시지가가 고시되지 아니하여 비교할 수 없으나, 대표사원 토지 취득당시에는 청구법인 토지 공시지가가 대표사원 토지 공시지가보다 높게 공시되었으며, 쟁점부동산 양도당시와 ○○농협 포남지점 감정평가시에는 청구법인 토지 공시지가와 대표사원 토지 공시지가가 동일한 것으로 확인된다. <표3> 쟁점부동산 토지 및 인근토지의 공시지가 (단위: 천원) 연도별 공시일 쟁점부동산 인근토지(맞은편) 청구법인 토지(619-34) 대표사원 토지(619-71) 619-75 619-76 1991.6.29. (청구법인 토지 취득시) 105/㎡ (고시안됨) (고시안됨) (고시안됨) 1993.5.22. (160/㎡) (160/㎡) (160/㎡) (160/㎡) 1994.6.30. (대표사원 토지 취득시) (186/㎡) 126/㎡ (160/㎡) (160/㎡) 2002.6.29. (

○○ 농협 감정시) (294/㎡) (감정가액 280) (294/㎡) (감정안함) (280/㎡) (311/㎡) 2003.6.30. (쟁점부동산 양도시=

○○ 감정원 감정시) 336/㎡ (감정가액 560) 336/㎡ (감정가액 560) (300/㎡) (354/㎡) 2006.5.31. (389/㎡) (389/㎡) (350/㎡) (409/㎡) 마. 대표사원은 양도소득세 신고시 실지거래가액이 아닌 기준시가에 의하여 양도가액을 433,346천원으로, 취득가액을 418,184천원으로 신고하였고, 2003년 제1기분 부가가치세 신고시에는 건물의 공급가액을 5억원으로 신고하였음이 관련 신고서 사본과 국세통합전산망 조회에 의해 확인된다.

• 바. 매수법인은 2003사업연도 법인세 결산서상 토지의 장부가액 1,098,507천원(토지 1,089,700천원, 토지 취득세 8,807천원)과 건물 장부가액 622,400천원(건물 610,300천원, 건물 취득세 12,100천원)을 구분하여 계정별원장에 계상하였음이 당초 조사내용 및 재조사복명서에 의하여 확인되는바, 이는 쟁점부동산 매매대금 17억원을 매수법인이 금융기관 대출을 받기 위하여 한국감정원 강릉지점에서 평가한 감정평가액에 의하여 안분계산한 것으로 보인다.
• 사. 이건과 관련하여 작성된 부동산매매계약서는 3종류로서 다음과 같은 내용임이 당초 심사결정서에 의하여 확인된다.

1. 처분청이 과세근거로 삼은 부동산매매계약서는 2003.3.5. 작성된 것으로 쟁점부동산을 17억원에 양도한 것으로 기재되어 있으나, 양도가액을 양도자별로 구분하여 작성하지는 아니하였다. 청구법인은 이 계약서를󰡐가계약서󰡑라고 하며, 매수자(매수법인)가 금융기관 대출을 받기 위해 감정평가 받을 때 편의상 작성된 것이라고 주장하고 있다. 또한, 위 계약서는

○○ 도

○○ 시 ○동

○○○ -34외 1필지 및 건물(건물면적만을 표시하고 있음)을 매도인 유

○○ 가 매수인 이

○○ 에게 17억원에 매매한다는 내용이며, 계약금 2억원외 잔금 15억원은 같은 해 3.15. 지불하기로 계약하고 있고, 목적 부동산의 자세한 구분표시가 없으며, 매도인별 매매대금의 배분 등 특약사항이 없고, 중개인란은 빈칸으로 남아 있다.

2. 매수법인이 시설자금을 대출받으면서

○○ 은행

○○ 지점에 제출한 부동산매매계약서(2매)를 보면, 청구법인 토지는 12억원, 대표사원 토지와 건물은 5억원에 양도하는 것으로 각각 구분 작성되어 있는바, 청구법인은 이 계약서에 대해 매수법인이 은행대출용으로 사용하기 위해 작성한 것으로서 단순히 날인만 해주었다고 주장한다. 3)

○○ 시장이 2003.4.3. 검인한 부동산 매매계약서에 의하면, 청구법인 토지를 400,350천원에, 대표사원 토지를 14,280천원에, 대표사원 건물을 550,000천원에 양도하는 것으로 하여 구분 작성되어 있다.

• 라. 판단 【쟁점 ①에 대하여 살펴본다】 당초 부과처분에 불복하여 제기한 심사청구에 대하여 재결청이 재조사경정으로 결정함에 따라 처분청이 재조사한 결과 부과처분을 유지하기로 한다는 내용의 세무조사결과통지서를 발송한 경우 위법ㆍ부당한 부과처분에 대한 납세자의 권리구제를 확대하고 각 재결청에 자기시정기회를 부여하는 것이 합리적인 만큼 재조사에 따른 경정처분(재조사결과 부과처분을 유지하는 처분도 실질적 경정처분으로 인정하는 것이 타당)에 불복하여 다시 심사청구를 제기할 수 있고, 그에 대한 불복청구 기산일은 청구법인이 재조사결과통지서를 받은 날이 될 것이다(같은뜻 국심 2005서4003, 2006.2.80. 외). 그렇다면 청구법인이 세무조사결과통지서를 받은 날(2006.6.9.)부터 심사청구기간(90일) 이내인 2006.9.7. 제기한 이 건 심사청구는 적법하므로 본안심리대상에 해당한다고 판단된다. 【쟁점 ②에 대하여 살펴본다 】
• 가. 처분청이 주된 과세근거로 채택하고 있는 2003.3.5.자 부동산매매계약서는 부동산의 소유자나 면적이 구분표시되지 않았고, 매도자와 매수인이 각각 유관수와 이춘운 개인으로 작성되어 있으며, 대금지급에 대한 구체적인 내용 등 특약사항의 기재가 없고,
• 나. 또한, 부동산 매매가액이 소유자별, 부동산 종류별로 구분되지 않는 경우에는 처분청 결정내용과 같이

○○ 감정원

○○ 지점의 감정가액을 기준으로 토지와 건물가액을 안분계산하고 다시 면적에 의하여 토지가액을 구분하는 것이 타당한 것으로 보이나, 이 건 쟁잼부동산의 경우 그렇게 할 경우 청구법인의 매매차익은 300%이상이 되는 반면, 대표사원의 양도소득은 결손이 발생하게 되며,

○○ 감정원

○○ 지점의 감정가액은 쟁점부동산의 매매계약일인 2003.3.5.이 지난 2003.3.17. 매수법인이 자금대출을 받기 위하여 감정평가한 사실 등으로 볼때 청구법인이 동 감정가액을 기준으로 청구법인 토지와 대표사원 토지․건물가액을 구분할 것을 기대할 수 없는 점 등으로 보아 합리적인 결정방법이라고 보기 어렵고, 같은 방법이라도 쟁점부동산 매매전에 감정평가한

○○ 농협

○○ 지점의 감정가액을 기준으로 안분계산하면 청구법인이 주장하는 대금수수 금액(청구법인 통장계좌 및 대표사원 통장계좌 등에 입금된 금액 등)에 근사한 가액이 되는바, 청구법인은

○○ 농협

○○ 지점의 감정가액을 기준으로 청구법인 토지와 대표사원 토지․건물의 양도대금을 구분 계산 한 것으로 보이는 점 등으로 비추어 보아 동 계약서는 본 계약서 작성하기 전에 매매를 약정한 가계약서로 보인다.

• 다. 따라서 처분청의 조사공무원이 만나서 확인하고자 했던 매수법인의 대표사원은 폐업 후 연락이 두절되어 만나지 못했으나, 사실확인서를 작성하여 제출한 매수법인의 전무이사의 확인내용 즉, ‘쟁점부동산에서 슈퍼를 운영하던 매수법인은 같은 지역내 동종업자인 현대유통이 쟁점부동산을 17억원에 매수하려 하자 급하게 우선 가계약을 체결하였고, 잔금으로 지급할 은행 대출금이 예상보다 빠르게 이루어져 구두합의 내용에 따라 대금을 구분․지급하게 되어 본 계약서를 굳이 작성할 필요가 없었고, 그에 따라 이 건 부동산 매매는 매매당사자의 표시 등 기재내용이 부실한 가계약서로 종료되었다.’는 진술은 설득력이 있어 보이는 점 등으로 보아 청구주장은 이유가 있어 보인다.
• 라. 나아가, 청구법인이 주장하는 구두합의내용, 사실확인서 등이 신빙성이 없다고 하더라도 쟁점부동산 매매대금이 청구법인 통장계좌 및 대표사원 통장 계좌에 구분되어 입금된 사실로 보아 실질에 따라 쟁점부동산을 일괄하여 양도한 것으로 볼 수는 없다 할 것이므로 이 건 법인세 과세처분에 있어서 익금에 가산할 금액은 청구법인의 주장과 같이 청구법인 통장계좌에 입금된 양도가액 635,720천원에서 청구법인이 신고한 양도가액 400,350천원을 차감한 235,370천원이 타당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.