당기순이익 과세 조합법인의 이월결손금 공제 여부

• 가. 청구법인은 서울특별시 ○○구 ○○동 ○○번지에 소재하고 있는 비영 리 법인인 ○○조합으로서 2000.1.1～12.31. 사업연도 법인세를 신고하면서 이월결손금을 공제하여 법인세과세표준 신고를 하였다. 처분청은 청구법인이 당기순이익과세법인에 해당 하므로 법인세 과세표준 신고시 이월결손금을 공제한 것은 부당하다 하여 2005.12.1. 법인세 14,123,570원 및 농어촌특별세 530,320원을 경정․고지하였다.
• 나. 청구인은 이에 불복하여 2006.1.23. 이의신청을 거쳐 2006.6.20. 이 건 심사청구를 하였다.

청구법인은 비영리법인으로서 2000년 사업연도 법인세 과세표준 신고시 당기순 이익으로 표시한 금액(이하 “쟁점금액”이라 한다)은 법인세법과 시행령 등에 규정된 수익사업의 범위에 포함되지 않는 것이나 오류 표시한 것으로 처분청이 이를 수익 사업의 당기순이익으로 보아 법인세 및 농어촌특별세 를 경정한 처분청의 처분은 부당 하다.

청구법인은 ○○○ 관련 품목제조 및 판매를 하는 업체가 회원들로 결성되어 업체간의 과당경쟁 방지 및 친목도모 등을 목적으로 중소기업협동조합법에 의거 설립된 법인으로서 2000년 사업연도에 발생한 당기순이익은 고유목적사업을 수행 하면서 발생한 것으로 법인세법 제3조 에 의한 수익사업에 해당하지 않는다고 주장 하나, 수익의 발생내역을 확인할 수 있는 증빙 등 관련서류를 일체 제출하지 않아 청구주장을 확인할 수 없으므로 조세특례제한법 제72조 제1항 단서규정에 의한 당기순이익과세포기신청 사실이 없는 청구법인이 과세표준 신고시 이월결손금 부당공제한 것에 대하여 법인세 및 농어촌특별세를 경정 고지한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인의 쟁점금액이 법인세법 제3조 제2항 에 의한 수익사업에 해당하는 지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제72조 【조합법인 등에 대한 법인세 과세특례】

① 다음 각호의 1에 해당하는 법인의 각 사업연도소득에 대한 법인세는 2006년 1 2월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지 법인세법 제13조 및 동법 제55조의 규 정에 불구하고 당해 법인의 결산재무제표상 당기순이익(법인세 등을 공제하지 아니한 당기순이익을 말한다)에 법인세법 제24조 의 규정에 의한 기부금(당해 법 인의 수익사업과 관련된 것에 한한다)의 손금불산입액과 동법 제25조의 규정에 의한 접대비(당해 법인의 수익사업과 관련된 것에 한한다)의 손금불산입액을 합한 금액에 100분의 12의 세율을 적용하여 과세(이하 이 조에서 “당기순이익과세”라 한다)한다. 다만, 당해 법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 당기순이익과세를 포기한 때에는 그 이후의 사업연도에 대하여 당기순이익과세를 하지 아니한다. (2005. 12. 31. 개정)

5. 중소기업협동조합법에 의하여 설립된 협동조합ㆍ사업협동조합 및 협동조합 연합회 (1998. 12. 28 개정) 2) 조세특례제한법 시행령 제69조 【당기순이익과세의 포기 등】

① 법 제72조 제1항 단서의 규정에 의하여 당기순이익과세를 포기하고자 하는 법인은 당기순이익과세를 적용받지 아니하고자 하는 사업연도의 직전사업연도 종료일(신설법인의 경우에는 사업자등록증교부신청일)까지 재정경제부령이 정하 는 신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다) 하여야 한다. (2004. 3. 17. 개정 ; 전자적민원처리를 위한 가석방자관리규정등중 개정령) 3) 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외 국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. (1998.12.28 개정)

1. 각 사업연도의 소득 (1998. 12. 28 개정)

2. 청산소득 (1998. 12. 28 개정)

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (1998. 12. 28 개정)

1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것 (1998.12.28 개정)

2. 소득세법 제16조 제1항 각호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익 (1998.12.28 개정)

3. 소득세법 제17조 제1항 각호의 규정에 의한 배당 또는 분배금 (1998. 12. 28 개정)

4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입 (1998.12.28 개정)

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28 개정)

6. 제1호 내지 제5호외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것 (1998. 12. 28 개정)

• 다. 사실관계 및 판단 1) 청구법인은 중소기업협동조합법에 의거 설립된 법인으로서 조세특례제한법 제72조에 의거 조합법인 등에 대한 법인세과세특례 규정 적용대상 법인에 해당 하며, 같은법 시행령 제69조의 규정에 따라 당기순이익과세포기신청서를 납세 지 관할 세무서장에게 제출하지 아니하였음이 심리자료에 의해 확인된다. 2) 청구법인은 2000.1.1-12.31. 사업연도 법인세과세표준 및 세액신고시 결산서상 당기순이익 59,964,425원에 익금산입 조정액 300,000원을 가산하여 각사업연도 소득금액 60,264,425원을 산출하고, 각사업연도 소득금액에서 이월 결손금 60,264,425원을 공제하여 과세표준금액 0원을 신고하였음이 심리자료 및 국세통합 시스템(TIS)에 의해 확인된다. 3) 청구법인은 쟁점금액이 비수익사업에 의한 것이나 표기에 착오가 있었다는 주장을 하고 있으며, 1997년부터 현재까지 사업의 침체, 직원들의 잦은 이직에 따른 중요서류 에 대한 인식부족, 사업 장소의 이전 등으로 관련서류를 상실하여 제출이 불가능하다는 사유로 관련증빙을 제시하지 못하고 있음이 심리자료에 의해 확인된다. 4) 청구법인은 비영리법인으로서 2000년 사업연도 법인세 과세표준 신고시 당기 순이익으로 표시한 쟁점금액은 비수익사업에 의한 것이나 수익사업에 의한 것으로 잘못 표시한 것이라고 주장 하고 있으나, 청구법인의 2000년 사업연도 손익계산서를 보면 접대비, 외주비, 공구추진비, 해외시장개척비 등 판매비와관리비가 182백만원 발생한 점, 쟁점금액을 오류 표시라고 주장하면서 이를 확인할 수 있는 증빙 등을 전혀 제시하 지 못하고 있는 점 등으로 보아 쟁점금액이 수익사업에 의한 것이 아니라는 청구주장은 신빙성이 없어 보이며, 쟁점금액을 수익사업에 의한 당기순이익으로 보아 청구법인에 대하여 법인세 등을 경정․고지한 처분청의 당초 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.