쟁점기술을 제공하고 발생한 소득이 세액감면 대상 기술이전소득에 해당하는지

청구법인은 1999.9.29. 설립되어 ○○(주)의 피합병회사인 구.△△(주)의 사업일체를 양수하여 스판텍스의 원료인 P(화학재료) 등 석유화학제품을 생산하는 업체로서, 2002～2004사업연도에 중국 산서성 소재 기업인 S사(이하 “S사”라 한다) 및 중국 길림성 소재 기업인 C사 (이하 “C사"라 한다)에 P(화학재료)제조공정기술 (이하 “쟁점기술”이라 한다)을 제공하고 발생한 소득에 대하여 아래 <표 1>과 같이 조세특례제한법 제12조 제1항 의 기술이전소득에 대한 세액감면을 적용하여 법인세 신고하였다. < 표 1 > 기술이전소득 세액감면 신고내역 (금액단위: 원) 사업연도 산출세액 감면대상세액 감면세액 2002.1.1～12.31 1,242,887,969 621,443,984 317,774,729 주1) 2003.1.1～12.31 665,658,825 332,829,412 166,476,908 주2) 2004.1.1～12.31 2,447,118,763 1,010,048,269 주3) 1,010,048,269 계 4,355,665,557 1,964,321,665 1,494,299,906 ＊주1, 2) 최저한세 적용한 세액. ＊주3) 소득구분계산에 의하여 기술용역부분이 차지하는 비율 82.55%의 해당세액. 부산지방국세청장은 청구법인에 대한 서면분석 결과, 쟁점기술은 사업양수도 방식에 의하여 취득한 것이므로, 법령에 규정하고 있는 ‘내국인이 스스로 연 구․개발한 기술비법’에 해당되지 않는 것으로 보아 처분청에 감면배제하여 경정할 것을 통지하였고, 처분청은 통지된 내용에 따라 <표 2>와 같이 2002～2004 사업연도 법인세 등 1,218,405,910원을 경정고지 및 2002 사업연도 법인세 46,549,980원을 환급결정 하였다. < 표 2 > 감면배제 경정고지 및 환급결정 내역 (금액단위: 원) 사업연도 고지일자 (환급일자) 고지(환급)세액 법인세 농어촌특별세 계 2002.1.1～12.31 2005.12.16. 49,246,120 6,148,120 55,394,240 주1) 2006.1.11. 9,296,580

• 9,296,580 주2) 2003.1.1～12.31 2005.12.16. △46,549,980 2,832,650 △46,549,980 주1) 2,832,650 주1) 2006.1.11. 13,906,610

• 13,906,610 주2) 2004.1.1～12.31 2005.12.22. 1,117,134,720 2,598,060 1,119,732,780 주1) 2006.1.11. 17,243,050

• 17,243,050 주2) 합 계 △46,549,980 1,206,827,080 11,578,830 △46,549,980 1,218,405,910 ＊ 주1) ① 2005.12.15. 경정고지한 특소세․교육세 해당액을 손금산입 반영하여 경정한 세액

② 최저한세 적용으로 이월된 미공제세액을 추가공제하여 경정한 세액 ＊주2) 2005.12.30. 경정감 결정한 교육세 해당액을 손금불산입 반영하여 추가경정한 세액 청구법인은 이에 불복하여 2006. 3. 15. 이의신청을 거쳐 2006. 6. 9. 이 건 심사청구를 제기하였다.

국가적으로 경제상황이 어려웠던 1999년도에 ○○(주)는 재무구조조정의 일환 으로 94.17%의 지분을 소유하고 있던 관계회사인 △△(주)를 처분하게 되 었으나, ○○(주)와의 상호연대채무보증으로 처분이 곤란하자 부득이 1999.9.30. Clean Company인 청구법인을 설립하고 투자자들의 출자를 받아 사 업양수도 방법으로 구.△△(주)의 사업을 인수하게 하였다.

○○(주)는 채권금융기관으로부터 1999.12.11. 기업구조조정계획을 승인 받았고, ○○(주)의 채권금융기관인 ○○은행을 포함한 투자자들(이 하 “투자자들”이라 한다)이 △△(주)가 ○○(주)에 합병되어 상호연대 채무보증이 해소되는 조건과 청구법인과 △△(주)간에 사업양수도 계약을 체결하는 조건 으로 청구법인에 투자하기로 하였다. 1999.12.14. ○○(주)는 △△(주)를 합병하고, 같은 날에 투자자들은 청 구법인에 출자를 이행하여 청구법인은 ○○(주)로부터 구.△△(주)의 모든 자산과 사업과 관계되는 부채 및 종업원 등을 포괄적으로 인수하게 되었다. 따라서, 형식은 투자자들이 청구법인에 출자하여 청구법인이 사업양수도 방법 으로 구.△△(주)의 사업을 포괄적으로 양수하였지만, 그 거래의 실질내용은 투 자자들이 △△(주)의 주식을 인수하기 위한 것이며, 청구법인이 △△(주)를 흡수합병한 것과 다를 것이 없으므로 쟁점기술을 청구법인이 스스로 연구․개발한 기술로 인정하여야 한다.

쟁점기술은 △△(주)에서 1995.6.2. 연구․개발하였고, 쟁점기술을 보유한 △△(주)는 1999.12.14. ○○(주)에 합병되었으며, 청구법인은 양도양수 에 의하여 ○○(주)로부터 구.△△(주)의 사업을 포괄적으로 양수하였는 바, 청구법인과 △△(주)는 상법상 별개의 법인에 해당되므로 쟁점기술은 다 른 내국법인이 연구․개발한 기술을 사업양수도 방식에 의하여 유상 취득한 것으로서 조세특례제한법시행령 제11조 제1항 에 규정하는 기술비법인 ‘내국인 스스로 연구․개발한 기술’에 해당되지 않으므로 감면배제하여 고지한 당초처 분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점기술을 제공하고 발생한 소득이 조세특례제한법상 세액감면 대상 기술이전소득에 해당하는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세 의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거 래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다. 2) 조세특례제한법 제12조 【기술이전소득 등에 대한 과세특례】 (2005.12.31. 법률 제7339호로 개정되기 전의 것)

① 다음 각호의 1에 해당하는 기술이전소득에 대하여는 당해 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. (단서 생략)

1. 특허권 또는 실용신안권의 설정등록을 한 내국인이 당해 특허권 또는 실용신안권을 2005년 12월 31일까지 양도 또는 대여함으로써 발생하는 소득

2. 대통령령이 정하는 기술비법(이하 이 조에서 "기술비법"이라 한다)을 보유 하고 있는 내국인이 계약에 의하여 당해 기술비법을 2005년 12월 31일까지 제공함으로써 발생하는 소득 (이하 생략) 3) 조세특례제한법시행령 제11조 【기술비법의 범위 등】 (2006.2.9. 대통령령 제19329호로 개정되기 전의 것)

① 법 제12조 제1항 제2호에서 "대통령령이 정하는 기술비법"이라 함은 내국인이 스스로 연구·개발한 것으로서 과학기술분야에 속하는 기술비법(공업소유권, 해외건설촉진법에 의한 해외건설용역 및 엔지니어링기술진흥법에 의한 엔지니어링활동을 제외한다)을 말한다. (이하 생략)

• 다. 사실관계 1) 쟁점기술은 △△(주)가 연구․개발한 ｢P(화학재료) 제조용 촉매 및 이를 이용한 P(화학재료) 의 제조방법｣으로 1995.6.2. 특허출원하여 1999.6.16. 특허등록하였으며, 2000.1.11. 합병을 사유(원인일:1999.12.14)로 ○○(주)에 권리이전등록 되었 으며, 같은 날 양도를 사유(원인일:1999.12.29)로 청구법인에게 권리이전등록된 것이 쟁점기술 특허등록원부에 의하여 확인된다.

2. 청구법인은 2002.8.12. S사와 $20,580,000에 쟁점기술을 이전하는 계약을 체결하고, 2004.7.17. C사와 $21,082,220에 쟁점기술을 이전하는 계약을 체결하고 2002～2004 사업연도에 쟁점기술을 제공함으로서 발생한 기술이전에 대한 수입 및 소득을 아래 <표 3>과 같이 계상하였음이 관련 계약내용 및 법 인결산서상의 수입금액 내역 및 소득구분계산서 등에 확인된다. < 표 3 > 쟁점기술의 기술이전에 대한 수입 및 소득 내역 (금액단위: 원) 사업연도 수입금액 소득금액 S사 C사 합 계 2002.1.1～12.31 9,183,060,000

• 9,183,060,000 7,688,913,966 2003.1.1～12.31 14,960,459,120

• 14,960,459,120 9,608,959,842 2004.1.1～12.31 670,150,940 7,837,167,710 8,507,318,650 7,518,464,630 합 계 24,813,670,060 7,837,167,710 32,650,837,770 24,816,338,438 3) ’99.12.10. 투자자들 간에 체결한 청구법인 투자 관련 ｢주주계약서｣에 의하면, 계약당사자는 ○○은행, M물산, ◎◎ 1호 기업구조조정조합의 업 무집행조합원 ◎◎금융(주), △△ 1호 신기술사업투자조합의 업무집행조합원 △△투자(주), □□(주), ○○(주)이며, 계약당사자 간의 증언 및 상호약속 사항으로 ① △△(주)는 울산지역에 M(화학재료) 제조공장, B(화학재료) 제조공장, T(화학재료) 제조공장, P(화학재료) 제조공장을 소유 및 운영하고 있으며, ② ○○(주)가 최소한의 자본금(5,000만원)으로 청구법인을 설립하였으며, ③ 청구법인과 △△(주)는 사업양수도 계약을 체결할 것이며, △△(주)는 청구 법인에게 예상가격 미화 95백만불에 해당되는 원화로 사업을 양도할 것이며, ④ 당사자들은 선행조건의 이행을 조건으로 청구법인에 투자할 것이며, 주주 계약서상 자본금 증자 후에는 청구법인은 납입자본금 450억원이 될 것이며, ⑤ △△(주)는 ○○(주)의 채무에 대한 보증자이며, △△(주)의 채무보증은 △△(주)가 ○○(주)에 합병됨으로서 해소되거나 달리 해제되어야 한다고 기재되어 있으며, 계약당사자들의 주식청약 및 납부에 대한 계약내용으로는 △△(주)의 채 무 보증 해소 및 청구법인과 △△(주) 간의 사업양도계약서 체결이라는 선행조건이 만족되면, 계약당사자들이 1999.12.13.까지 아래와 같이 보통주 9백만주 (액면가 5,000원)를 청약하고 450억원을 납입완료하는 것으로 기재되어 있다. ※ 주주계약서의 계약당사자별 주식청약 및 납입금액 계약내용

○○은행: 134만주(67억원), M물산: 134만주(67억원), ◎◎◎ 1호 기업구조조정조합: 270만주(135억원), △△ 1호 신기술사업투자조합: 170만주(85억원), □□: 30만주(15억원), ○○(주): 162만주(81억원)

4. ○○(주)의 기업구조조정계획서에 의하면, ○○(주)가 △△(주)를 1999.12.14. 합병하고, 같은 날 구.△△(주)의 사업을 양도가액 미화 95백만불 상당액으로 포괄양도함을 내용으로 하고 있으며, 1999.12.11. 채권 금융기관인 ◇◇은행, △△은행 및 ○○은행이 채권금융기관협의회를 구 성하여 이를 승인한 것으로 확인된다. 5) 1999.12.13. 청구법인과 △△(주)는 △△(주)의 사업을 양수도하는 계약을 체결하였으며, 1999.12.14. ○○(주)가 △△(주)를 흡수합병하였으며, 같은 날 투자자들은 청구법인에 450억원의 출자를 이행하여 청구법인은 ○○ (주)로부터 아래 <표 4>와 같이 구.△△(주)의 사업과 관계되는 자 산․부채 및 종업원을 포함하여 사업일체를 매수대금 1,066억원에 양수하였음이 법인등기부등본, 사업양수도계약서, 국세통합시스템의 주주현황 및 회계법인 감사보고서에 의해 확인된다. < 표 4 > 양수 자산 및 부채 내역 (금액단위: 천원) 구 분 계정과목 금 액 양수자산 매출채권 6,461,531 대여금 135,119 선급금 1,668,753 재고자산 9,627,798 보증금 81,622 회원권 97,000 유형자산 76,706,574 지적재산권 82,252 소계 94,860,649 양수부채 매입채무 6,833,249 금융리스미지급금 433,621 예수금 4,297 퇴직급여충당금 1,401,288 소계 8,672,455 순자산가액 86,188,194 영 업 권 20,438,474 매 수 대 금 106,626,668 ※ 청구법인의 1999.12.31.현재 주주현황 (금액단위: 천원) 주주명 사업자등록번호 주식수 출자금액 지분율(%) ◎◎1호 기업구조조정조합 000-00-00000 2,700,000 13,500,000 30.0 △△1호 신기술투자조합 000-00-00000 1,700,000 8,500,000 18.89

○○(주) 000-00-00000 1,620,000 8,100,000 18.89 M물산 000-00-00000 1,340,000 6,700,000 14.89

○○은행 000-00-00000 1,340,000 6,700,000 14.89

□□ 000-00-00000 300,000 1,500,000 3.33 합 계 9,000,000 45,000,000 100.0 라. 판 단 조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7339호로 개정되기 전의 것) 제12조 제1항에 의하면 대통령령으로 정하는 기술비법을 보유하고 있는 내국인이 계약에 의하여 당해 기술비법을 제공함으로써 발생하는 기술이전소득(제12조 제1항 제2호)에 대하여 세액을 감면받을 수 있게 규정되어 있고, 그 위임에 따른 같은법 시행령 (2006.2.9. 대통령령 제19329호로 개정되기 전의 것) 제11조 제1항은 조세특례제한법 제12조 제1항 제2호 의 과세특례적용대상이 되는 기술비법은 “내국인이 스스로 연구․개발한 것으로서 과학기술분야에 속하는 기술비법”으로 한정하고 있으며, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론 하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면 요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하다 할 것(같은 뜻 대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 외 다수)인 바, 위 사실관계를 종합하여 볼 때, 청구법인이 사업양수도 방식으로 구.△△ (주)의 사업을 인수한 거래는

○○(주)가 △△(주)를 흡수합병한 후에 ○○(주)의 건설사업부문과 유화 사업부문 중에서 유화사업부문을 양수한 것이므로 청구법인이 △△(주)를 흡수합병한 것으로 볼 수 없으며, 사업양 수도는 본질적 성격이 매매거래에 해당하는 것으로서 사업양수도에 의하여 쟁점기술을 취득한 것은 쟁점기술을 매수한 것과 다를 것이 없으므로 쟁점기술은 조세특례제한법시행령 제11조 제1항 에 규정하는 ‘내국인이 스스로 연구․개발한 기술비법’에 해당하지 아니한다 할 것이다. 따라서, 청구법인이 2002년부터 2004년에 걸쳐 쟁점기술을 제공하고 발생한 소득에 대하여 기술이전소득 세액감면을 받은데 대하여, 처분청이 조세특례제한법에서 규정하고 있는 세액감면대상 기술이전소득에 해당되지 않는 것으로 보아 감면 배제 하여 법인세 등을 경정 고지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.