비수익사업 여부 및 고유목적사업준비금의 사후적 손금산입 여부

청구법인은 ○

○ 도의

○○ 발전연구원 설치 및 운영 조례에 의거 도정 발 전 중·장기계획 및 주요 현안사항에 대한 조사·연구 등을 목적으로

○○ 도가 출연(75억원)하여 1992. 7. 18. 설립한 비영리내국법인으로서, 그 목적사업은 동 출연금의 이자와 학술 연구사업이나 문화재 발굴사업 등 용역사업(이하 “쟁점용역사업”이라 한다.)의 수입금액으로 운영하고 있다. 청구법인은 1999. 1. 1.～1999. 12. 31. 사업연도(“이하 1999사업연도”라 한 다.)부터 2003. 1. 1.～2003. 12. 31.사업연도(이하 “2003사업연도”라 한다.) 법인세 과세표준신고 시 이자소득만 있는 비영리법인의 법인세 과세표준신고서(이하 “간이신고서식”이라 한다.)에 의하여 이자소득금액(4,132,024,758원)과 동 금액 전액을 고유목적사업준비금에 전입한 것으로 하여 법인세 신고를 하였다. 그 후 처분청이 청구법인에 대한 조사를 착수하기 전(2005. 5. 17) 쟁점용역사업 수입금액(18,812,678,758원)과 고유목적사업준비금(1,773,668,472원)을 손금산입하여 작성한 1999～2003사업연도 법인세 과세표준신고서 자료(이하 “법인세 신고자료”라 한다.)를 처분청에 제출하였다. 처분청은

2005. 7. 21. 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여, 쟁점용역사업 이 수익사업에 해당함에도 동 수입금액을 신 고 하지 아니하고 간이신고서식에 의하여 법인세 과세표준신고를 한 데 대하여 청구법인을 법인세법에 의한 무신고자로 보아, 당초 신고 시 계상되어 있던 고유목적사업준비금을 손금불산입 하여 법인세 과세표준을 경정하고, 2005.

9.

게 199 9～2003 사업연도 법인세 485,678,060원을 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005. 12. 2. 이의신청을 거쳐 2006. 5. 17. 심사청구를 하였다.

• 가. 청구법인은 내부규정에 의하여 학술용역 등의 용역비를 산출할 때에 재정경제부 회계예규를 따르도록 되어있는데 이 규정에 의하여 비영리법인인 청구법인은 이윤을 계상할 수 없고 그로 인해 청구법인은 각 사업연도의 쟁점용 역사업에서 결손이 발생하고 있으며, 동 결손금은 이자소득에서 보전하고 있다. 어느 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 가림에 있어 수익사업이 되려면 사업 자체가 수익성을 가지거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 하나 청구법인의 경우 위와 같이 수익성이 있다고 보기도 어려울 뿐만 아니라 지방정부출연기관으로서 수익을 목적으로 운영하지 아니하고 지방정부를 위한 의무사항으로서 용역사업을 운영하는 것이 대부분으로 청구법인이 수행한 쟁점용역사업은 비수익사업에 해당하는바 고유목적사업준비금을 손금산입하여 간이신고서식에 의하여 한 당초 법인세 과세표준신고는 적법하므로 처분청의 처분은 부당하다.
• 나. 설령 쟁점용역사업을 수익사업으로 본다고 할지라도 청구법인이 세무조사를 받기 전 처분청의 요구에 의하여 1999～2003사업연도 고유목적사업준비금을 손금산입하여 작성한 법인세 신고자료를 수정신고서 형태로 하여 적합하게 제출하였는데 처분청이 이를 수용하지 아니하고 과세한 것은 신의·성실의 원칙에 어긋난다 할 것이고, 청구법인이 1992년 이후 쟁점용역사업 수입금액을 신고하지 아니한 데 대하여 처분청이 어떠한 과세도 한 사실이 없는바 비과세 관행에 어긋난다고 할 것이며, 만약 청구법인이 당초부터 쟁점용역수입금액을 포함하여 신고하였더라도 고유목적사업준비금의 손금산입을 통하여 실질적으로 소득이나 세액의 탈루가 없는바 형식의 불비를 근거로 과세하는 것은 실질과세의 원칙에 어긋난다 할 것이다. 따라서 청구법인이 세입·세출 후의 잉여금이 전부 자본항목인 잉여금 형태 로 내부 유보되어 있기 때문에 이를 별도계정인 고유목적사업준비금 계정으로 설정하지 아니하였다는 처분청의 주장은 본질적인 측면을 간과한 면이 있고, 청구법인의 모든 재산 및 권리는 최종적으로 지방자치단체에 귀속되어 특정 개인이나 단체에 귀속되지 않는바, 청구법인의 공익성과 특수성을 감안하여 실질과세 측면에서 청구법인이 법인세 신고자료에 반영한 고유목적사업준비금을 사후적으로 손금산입할 수 있도록 허용하여야 한다.

• 가. 청구법인이 제출한 1999～2003년도 세입·세출결산서 등에 의하면 계약에 따라 대가를 받고 쟁점용역사업을 수행하여 수익이 발생한 사실이 확인되므로 쟁점용역사업은 법인세법 제3조 제2항 과 같은 법 시행령 제2조 제1항에 의한 수익사업에 해당한다. 또한 청구법인은 외부 연구용역의 대가에 대하여 계산서까지 발행하고서도 법인세 신고 시 장기간에 걸쳐 수입금액을 누락한 행위는 적극적 혹은 소극적 제세 탈루에 해당하며, 과세관청이 비영리법인의 수익사업에 대하여 법인세를 비과세한다는 공식적 견해를 표명한 사실이 없는바 신의·성실원칙에 벗어났다는 청구주장은 이유 없다.
• 나. 청구법인은 이 건 조사 당시 단식부기에 의한 장부만 존재하는 등 복식부기에 의한 장부나 기업회계기준에 의한 재무제표의 작성 사실이 없고, 용역사업 수입금액을 누락한 채 간이신고서식에 의하여 법인세 과세표준을 신고하였기 때문에 법인세 추계결정 사유에 해당하고, 추계로 법인소득금액을 계상할 경우 청구법인의 제세 부담이 과중하게 되므로 처분청의 조사공무원이 청구법인이 보관한 증빙서류 등에 의하여 법인세 과세표준신고서를 작성·제 출하도록 요청한 것으로서 동 법인세 신고자료는 당초 과세표준 신고기한 내에 신고를 하지 아니하였으므로 적법한 수정신고서로 볼 수 없다. 고유목적사업준비금은 결산조정 시 손금산입(2000. 12. 31. 이전)하거나 회계감사를 받는 비영리법인의 경우에 한하여 세무조정계산서에 계상한 때 그 금액 상당액이 이익처분 시 당해 준비금의 적립금으로 적립한 경우에 한하여 손금으로 계상한 것으로 보는 것인바, 청구법인은 수익사업에 대한 재무제표 를 작성하지 아니하고 장부계상에 의한 결산조정이 없었으며, 이익처분 시 고유목적사업준비금을 적립한 사실도 없으므로 고유목적사업준비금의 손금산입을 허용하지 아니한 당초 처분은 정당하다. 설사 고유목적사업준비금의 손금산입을 허용한다 하더라도 고유목적사업과 수익사업이 동일한 경우에 해당하므로 5년 내 고유목적사업에 직접 사용한 사실이 없는 고유목적사업준비금 전액을 2000～2003사업연도에 각각 환입 하 여 익금산입 하여야 하나(국세청 서이46012-10969, 2002. 5. 7. 같은 뜻), 청 구법인은 이 기간 중 동 준비금을 환입하여 익금산입 한 사실이 없으므로 고유 목적사업준비금의 손금산입을 허용해야 한다는 청구 주장은 받아들일 수 없

• 가. 쟁 점

용역사업을 비수익사업으로 볼 수 있는지 여부와 고유목적사업준비금 을 사후적으로 손금산입하여 경정할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.

• 나. 관련 법령

○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

① (생략)

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

2. 소득세법 제16조 제1항 각호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익

○ 법인세법시행령 제2조 【수익사업의 범위】

① 법인세법 제3조 제2항 제1호 에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다.

1. (생략)

2. 사업서비스업 중 연구 및 개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다) (1999. 12. 31 개정)

○ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

1. 소득세법 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 의한 이자소 득금 액 및 같은 법 제17조 제1항 제5호의 규정에 의한 투자신탁수익의 분배 금 2.～3. (생략)

4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액

○ 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

① ～④ (생략)

⑤ 법 제29조 제1항에서 “고유목적사업”이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업을 말한다. (1998. 12. 31. 개정)

⑥ 법 제29조 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. (2000. 12. 29. 개정)

1. 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액 (2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것)

○ 법인세법 제61조 【준비금의 손금계상 특례】

① 내국법인이 조세특례제한법에 의한 준비금을 세무조정계산서에 계상하거나 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제3조의 규정에 의한 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 제29조의 규정에 의한 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액 상당액이 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 당해 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다. (2001. 12. 31 개정)

○ 법인세법시행령 제98조 【준비금 등에 대한 손금계상의 특례】

① 법 제61조 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 준비금은 당해 준비금을 익금에 산입할 때 그 적립금을 처분하여야 한다. 이 경우 당해 준비금을 익금에 산입하기 전에 그 적립금을 처분한 경우에는 동항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 것으로 보지 아니한다.

○ 법인세법 제60조 【과세표준 등의 신고】

① (생략)

② 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.

1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 대차대조표ㆍ손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서)

2. 대통령령이 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서

③ (생략)

④ 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서 그 신고서에 제2항 제1호 및 제2호의 서류를 첨부하지 아니한 경우에는 이를 이 법에 의한 신고로 보지 아니한다. 다만, 제3조 제2항 제1호 및 제6호의 규정에 의한 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인은 그러하지 아니하다.

• 다. 사실관계 1) 경남발전연구원 설치 및 운영 조례 제3조에 의하면 연구원은 도정발전 중·장기계획 및 주요 현안사항에 대한 조사·연구와 지방행정제도의 개선, 지방재정확충 및 주요정책과제에 대한 조사·연구, 지방자치단체 및 지방의회에서 발주하는 각종 연구용역 수탁, 지역의 각종 경제 및 사회지표 수립 등 ○○도를 위하여 각종 연구나 조사 용역사업을 하도록 규정하고 있고, 정관 제7조의2에 의하면 연구원은 필요한 경비를 조달하기 위하여 용역의 수탁이나 출판물의 판매 또는 기타 연구원의 목적 달성을 위하여 필요한 사업을 할 수 있도록 규정하고 있다.

2. 청구법인이 제출한 2000～2003사업연도의 수입금액명세서에 의하면, 청 구법인은 ○○도 및 산하 시·군과 202건 104억4288만원, 국가기관과 22건 31억1534만원, 공공기관과 39건 29억65만원, 민간업체 등과 89건 17억3425만원, 총 352건 181억9312만원의 계약을 체결하고 학술연구, 유적발굴조사 및 문화재 지표조사 등의 용역을 공급한 것으로 나타나고 있다.

3. 처분청의 청구법인에 대한 조사종결복명서에 의하면, 청구법인이 용역계약에 의하여 대가를 받고 쟁점용역 사업을 계속적 으 로 영위하고 있으며, 수익사업과 비수익사업을 구분하지 아니하고 단식부기로 기장하면서 장부 상에 고유목적사업준비금을 설정하지 아니하였고, 법인세 과세표준신고 시 쟁점용역사업 수입금액을 누락한 채 이자소득만 간이신고서식으로 신고하였으며, ○○ 회계법인으로부터 회계감사를 받은 회계감사 보고서에서 고유목적사업준비금으로 잉 여 금을 처분한 사실이 없다는 내용이 나타나고 있고, 위와 같은 조사복명서의 내용에 대하여는 처분청과 청구법인 사이 에 다툼은 없다.

4. 한편 처분청은 청구법인의 감사보고서상 재무제표를 기준으로 하여 쟁 점용역수입금액을 익금산입하고 당초 과세표준신고 시 고유목적사업준비금으로 손금산금 산입한 금액 전액을 손금불산입하는 등 아래 <표1>과 같이 법인세 를 경정하였음이 확인된다. <표1> 법인세 경정 내용 (단위: 백만원) 사업 연도 당초 신고 내용 처분청 경정 내용 용역사업 수입금액 당기순이익 손금불산입 과세표준 추징 세액 이자소득 고유목적 사업준비금 1999 688 △688 637 △386 768 △306 11 2000 1,069 △1,069 2,482 617 766 8 4 2001 795 △795 3,486 95 795 95 28 2002 818 △818 6,027 540 818 540 196 2003 760 △760 6,180 832 648 720 247 합계 4,130 △4,130 18,812 1,698 3,795 1,057 486

4. 청구법인이 2005. 5. 17. 처분청에 제출한 법인세 신고자료의 내용은 아 래 <표2>와 같다. <표2> 수입금액과 운영비용 (단위: 백만원) 사업연도 수 입 금 액 운 영 비 용 고유 목적 사업준비금 계 이자 용역수입

① 계

② 인건비 및 기본경상비 기본연구비 및자체과제비 수탁과제비 1999 1,464 827 637 1,852 943 482 427

• 2000 3,325 843 2,482 3,008 1,001 400 1,607 315 2001 4,296 810 3,486 4,202 1,135 441 2,626 137 2002 6,871 845 6,027 6,331 1,562 198 4,571 586 2003 6,995 816 6,180 6,263 1,730 285 4,248 736 계 22,951 4,141 18,812 21,656 6,371 1,806 13,479 1,774

• 라. 판 단

1. 청구법인이 수행한 용역사업을 비수익사업으로 볼 수 있는지 여부를 살 펴본다. 가) 용역사업의 활동이 각 사업연도의 전 기간에 걸쳐 계속하여 행하여지고, 계 약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업으로서 한국표준산업분류에 의한 “사업서비스업 중 연구 및 개발업”에 해당하여 실비 변상적인지 여부와 관계없이 법인세법 제3조 및 같은 법 시행령 제2조에 의한 수익사업에 해당된다(재정경제부 법인세제 과-590, 2006. 8. 23. 같은 뜻).

• 나) 청구법인은 정관의 규정에 따라 ○○도와 그 산하 시·군 이외에도 국 가 기관 또는 공공기관이나 민간업체와 계약을 체결하여 대가를 받고 계속적으 로 쟁점용역사업을 수행하여 왔다.
• 다) 또한 청구법인은 쟁점용역사업 자체에서는 이익이 발 생할 여지가 없다고 주장하나, 2003 사업연도의 경우 연구원 운영비용 중 공통경비(인건비와 기본경상비 17억3천 만원)를 기본연구비 및 자체과제비와 수탁과제비의 비율로 안분하여 각각 배 분 한 후 소득금액을 계상해 보면 수탁과제 사업부분에서 이익이 발생되고 있다.
• 라) 관련 법령과 위의 사실로 볼 때, 청구법인이 계속적으로 대가를 받고 쟁점용역사업을 수행해 왔고, 일부 사업연도(2003 사업연도)는 용역사업의 수행으로 이익이 발생하고 있는 것으로 보이는바, 쟁점용역사업은 수익사업으로 봄이 타당한 것으로 판단된다. 2) 고유목적사업준비금을 사후적으로 손금산입하여 경정할 수 있는 지 여부를 살펴본다. 가) 청구법인은 장부 상 고유목적사업준비금을 계상하지 아니하였을 뿐만 아니 라 외부회계 감사를 받았다 하더라도 이익처분에 있어서 고유목적사업준비금을 적립한 사실도 없으므로 당초 법인세 과세표준신고 시 고유목적사업준비금으 로 신고된 금액(4,132,024,758원)은 적법한 것으로 볼 수 없고(국세청 서이 46012-10969, 2002. 5. 7. 같은 뜻), 더욱이 사후 고유목적사업준비금을 계상하 여 경정청구도 할 수 없으므로(국세청 서이-477, 2005. 3. 31. 같은 뜻) 이 건 법 인세 신고자료 제출 시 사후 신고한 금액(1,773,668,472원)도 적법한 고유목적사업준비금으로 손금산입할 수 없는 것이다.
• 나) 다만, 법인세법 시행령 제56조 제6항 에 의하면 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보도록 규정하고 있어, 청구법인이 각 사업연도 집행한 비용 등은 고유목적사업준비금을 설정하여 지출한 것으 로 볼 수 있으나, 처분청에서 이미 고유목적사업에 사용된 비용과 수익사업에서 발생한 비용 전액을 손금산입 하여 경정하였기 때문에 추가로 손금산입 할 여지가 없다 하겠다.
• 다) 한편, 청구법인이 쟁점용역사업을 비수익사업으로 보아 장기간 법인세 신고를 하지 아니한 데 대하여 처분청이 과세한 사실이 없는바 국세기본법 제18조 제3항 소정의 “국세행정의 관행”으로 받아들여진 것이고, 또한 처분청이 고유목적사업준비금의 손금산입을 허용해 주겠다고 하여 법인세 신고자료를 제출한 것이므로 국세기본법 제15조 소정의 “신의·성실의 원칙”에 따라 처리해야 한다고 주장하는바 이에 대하여 살펴본다. 국세기본법 제18조 제3항 소정의 “세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 것”이라 함은 과세관청의 공적인 견해표명으로 말미암아 특정한 납세자가 아닌 불특정의 일반 납세자에게 그와 같은 해석 또는 관행이 이의 없이 받아들여지고, 납세자가 그 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하는데(대법원 1993. 5. 25. 선고 91누9893 판결 등 참조), 처분청이 위와 같은 공적인 견해를 표명하였다 고 볼 만한 사정이 제시된 관련 서류에서 찾아보기 어렵고, 청구법인이 주장하는 내용이 일반적으로 납세자에게 관행으로 받아들여졌다고 볼 수도 없으므로 이에 관한 청구법인의 주장은 이유가 없다고 판단된다.

론 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.