매출누락금액에 대응하는 필요경비로 인정할 수 있는지 여부

청구법인은 서울특별시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 슈퍼마켓을 운영하고 있는 법인인바, 청구법인의 매출은 과세사업에 대한 매출과 면세사업에 대한 매출로 구성되어 있으며, 판매대금결재는 신용카드와 현금을 통해 이루어진다. 청구법인은 2004년 사업연도 법인세 신고시 현금에 의한 매출 2,342,018,463원을 포함한 4,504,330,906원을 수입금액으로 신고하였으나, 처분청은 청구법인에 대한 세무조사 결과 청구법인이 현금에 의한 매출 1,904,961,380원을 과소신고․납부한 사실과 2003년 제2기 ～ 2005년 제1기의 부가가치세도 과소신고․납부한 사실을 확인하였다. 이에 처분청은 매출누락 확인된 1,904,961,380원을 익금에 산입하고 매출누락과 관련된 매입원가 1,489,975,842원을 손금에 가산하여 2004년 사업연도 법인세 201,619,841원과 과소신고․납부된 2003년 제2기～2005년 제1기 부가가치세 202,432,872원을 2006.1.5. 청구법인에게 경정․고지하였으며, 매출누락과 관련된 사외유출 금액 513,238,995원을 청구법인의 대표이사에게 상여처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.3.31. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 청구법인은 영업장 내에 정육, 생선, 건어물 및 반찬코너 등 4개의 수수료 매장을 운영하고 있으며, 수수료매장에서 판매된 상품은 청구법인의 매출에 계상된 다음 수수료와 공통비용을 차감한 잔액을 해당 수수료 매장에 지급하였는바, 처분청은 현금매출 누락분에 대한 매입액 산정과정에서 수수료 매장 중 정육코너에서의 매입액 16,720,109원과 생선코너에서의 매입액 16,362,156원을 과소하게 산정하였으며, 건어물 및 반찬코너에서의 매입액 290,745,944원은 전액 반영하지 않았는바, 이로 인해 청구법인의 2004년 사업연도 법인세 과세표준이 실제와 다르게 과다하게 산출되었다.
• 나. 청구법인은 2004년 사업연도 법인세 신고시 청구법인 종사 직원의 개인적 사정에 의해 청구법인의 인건비를 과소하게 신고하였는바, 청구법인에 대한 2004년 사업연도 법인세 경정과정에서는 이를 반영하여야 한다.
• 다. 처분청은 부가가치세를 경정함에 있어서 매출누락금액을 과세사업분과 면세사업분에 안분 기준으로 해당 과세기간의 매입액을 사용하여 청구법인에 대한 부가가치세 과세표준을 실제와 다르게 과다하게 산정하였으므로 동종업종인 슈퍼마켓의 전국평균비율에 따라 안분계산 하는 등 다른 안분기준을 사용하여 청구법인의 부가가치세 과세표준을 적정하게 재산정하여야 한다.

• 가. 청구법인은 처분청이 청구법인의 필요경비로 인정한 매입액이 장부상에 기재된 금액보다 작은 금액이므로 이를 재계산하여 추가로 인정하여 줄 것을 요청하나, 청구인이 주장한 장부상 기재금액은 공동광고료나 전기료 등 제반 부대비용이 포함된 금액으로서 이는 매입비용에 해당되지 않는 것으로 손금에 산입할 수 없다.
• 나. 청구법인은 급여 등의 인건비를 실제 지급하였으나 고용인의 개인적인 사정에 의해 갑근세 등의 신고를 하지 아니한 것일 뿐이므로 실제 지급된 청구법인의 고용인에 지급한 인건비는 손금에 반영되어야 한다고 주장하면서 청구법인의 고용인이 작성한 확인서 및 급여지급현황 등의 서류를 제출하고 있으나, 관련 서류는 처분청의 청구법인에 대한 세무조사 과정에서 제출되지 않은 서류로서 그 진위를 확인할 수 없으므로 제출된 서류를 근거로 청구법인의 손금으로 인정할 수는 없다.
• 다. 청구법인은 과세분과 면세분의 마진율이 차이가 있으므로 동종업종인 슈퍼마켓의 전국평균비율에 따라 안분계산을 재계산하여야 한다고 주장하나, 매출누락분에 대한 과세분과 면세분 공급가액이 차지하는 비율을 산정하는 규정이 따로 없는바, 공통매입세액에 대하여 총공급가액 중 과세분과 면세분 공급가액이 차지하는 비율에 따라 안분계산 하는 것을 규정하고 있는 부가가치세법 시행령 제61조 에 의한 안분계산방법이 적정한 것으로 판단되므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인의 매출액에 대응하는 매입액이 적정하게 산정되었는지 여부, 청구법인이 지급한 인건비가 청구법인의 필요경비로 적정하게 반영되었는지의 여부 및 청구법인의 과세분매출액이 적정하게 산정되었는지의 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액[기업회계기준(제79조 각 호의 어느 하나에 해당하는 회계기준을 말한다. 이하 같다)에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다]과 그 부대비용

2. (생략)

3. 인건비 (이하 생략) 3) 부가가치세법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. (단서 생략) 면세사업에 관련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × 면세공급가액 총공급가액

• 다. 사실관계 및 판단

1. 처분청의 청구법인에 대한 세무조사 당시 청구법인은 매장관리프로그램인 WIN-POS시스템의 자료를 모두 삭제하였는바, 처분청은 청구법인이 청구법인의 매출액을 일별로 입금한 예금계좌를 토대로 청구법인의 수입금액을 산정하였으며, 이에 따라 확인된 수입금액 신고누락분(부가가치세 포함)은 다음과 같다. (단위: 원) 기 간 2004년 제1기 2004년 제2기 합 계 신고누락금액 872,906,541 1,133,306,297 2,006,212,838

2. 청구법인은 정육, 생선, 건어물 및 반찬코너 등 4개의 수수료 매장을 운영하고 있었으며, 수수료매장의 운영자가 청구법인과는 별도의 사업자임에 대해서는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다.

3. 청구법인은 수수료매장에서 발생한 매출액을 포함하여 청구법인의 사업장에서 발생한 전체 매출액을 WIN-POS로 관리하고 있었으며, 수수료매장에는 수수료매장에서 발생한 매출액에서 수수료와 광고선전비 등의 공통경비를 차감한 잔액을 지급하였다.

4. 수수료매장에 대한 주요 대금지급 수단은 정육코너의 경우에는 어음, 생선코너의 경우에는 계좌이체이며, 나머지의 수수료매장의 경우에는 현금인 것으로 확인된다.

5. 처분청은 정육 및 생선코너에 지급한 판매대금은 청구법인의 계좌로 입금된 금액이 지급되었다는 이유로 청구법인의 매입액으로 보아 필요경비로 인정하였으나, 나머지의 수수료매장에 지급한 판매대금은 필요경비로 인정하지 않았다.

6. 청구법인이 정육코너에 지급한 금액 중 136,285,467원은 어음이 아닌 현금으로 지급된 사실이 확인된다.

7. 건어물코너에 대해서는 30,938,000원을 청구법인이 발행한 약속어음이나 당좌수표로 지급하였음이 확인된다.

8. 청구법인은 법인세 신고당시 과소신고한 인건비 116,382,062원을 추가로 손금으로 인정하여 줄 것을 요구하면서 급여지급대장 원본, 청구법인의 직원으로 근무하였던 청구외 김○○와 박○○의 급여이체내역이 명시된 금융자료 및 근무한 직원의 사실확인서 등을 제출하고 있는바, 급여지급대장의 보관상태, 급여수취자의 서명, 급여지급대장에 명시된 종사직원의 수를 살펴볼 때 사후에 작성된 것으로는 보이지 않으며, 급여이체내역이 명시된 금융자료에 표시된 총 이체금액은 11,900,000원이며 2004년 중에는 9,200,000원이 이체된 것으로 확인된다.

9. 처분청은 청구법인의 매출누락분에 대한 과세매출액의 산정은 청구법인의 전체매입액에서 과세매입액이 차지하는 비율을 근거로 하였으며, 산출된 과세매출액에 대해 부가가치세를 과세하였다.

• 라. 판 단

1. 청구법인은 청구법인이 수수료 매장인 건어물 및 반찬코너로부터 매입한 금액과 정육 및 생선코너로부터의 매입액 중 필요경비에 반영되지 않은 부분이 청구법인의 필요경비로 추가로 인정되어야 한다고 주장하고 있는바, 여기에 대해 살펴본다. 청구법인에 대한 매출액은 청구법인의 예금계좌에 입금된 금액을 기준으로 산정하였는바, 청구법인이 주장하는 금액은 해당 수수료 매장에 지급되지 않았거나 현금으로 지급된 것이므로 이를 청구법인의 매입액에 포함하는 경우 매출액도 동일하게 증가하게 되어 청구법인의 법인세 과세표준에는 영향을 주지 않는바, 청구법인의 주장은 이유 없다고 판단된다. 또한 건어물코너에 약속어음이나 당좌수표로 지급한 30,938,000원은 청구법인의 매입액에 포함할 수 있으나, 정육코너에 현금으로 지급되어 필요경비로 인정되지 않아야 함에도 필요경비로 인정된 136,285,467원에는 미치지 못하므로 이를 필요경비로서의 매입액에 포함할 수 없다고 판단된다.

2. 청구법인은 과소계상된 인건비에 대해서도 필요경비로 인정되어야 한다고 주장하고 있는바, 청구법인이 제출한 인건비 관련 자료에 신빙성이 있다고는 판단되나, 현금으로 지급된 인건비와 계좌이체된 인건비 모두 1)에서 설시된 것과 동일한 이유에 의해 필요경비로 인정할 수 없다고 판단된다.

3. 청구법인은 매출누락분에 대한 과세매출액의 산정방식이 잘못되어 이를 근거로 한 부가가치세 과세가 과다하게 되었다고 주장하고 있는바, 여기에 대해 살펴본다. 처분청이 산정한 과세매출액은 정확한 사실관계를 반영한다고 볼 수는 없으나, 과세매출액의 산정에 필요한 자료가 소실되어 불가피한 것이며, 청구법인의 사업장에서 판매되는 면세상품은 정육, 생선 등과 같이 매입으로부터 매출에 이르는 기간이 과세상품에 비해 짧은 것인바, 청구법인의 매입액을 근거로 과세매출액과 면세매출액을 산정하는 경우 면세매출액이 실제 보다 크게 산정될 가능성이 많으므로 청구인에 불리한 산정방식이 아닌바, 청구인의 주장은 이유 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.