매출누락 여부

○○세무서장이 2005.12.13.에 청구법인에게 경정·고지한 2000년 내지 2002년 사업연도 분 법인세 1,784,884,500원 및 2000년 제1기분 내지 2002년 제1기분 부가가치세 624,534,981원의 부과처분은 청구법인이 2000년부터 2002년까지 매출액에서 누락한 것으로 본 2,520,935,943원과 관련된 63개의 거래처들 중 확인할 수 있는 사업자들을 대상으로 청구법인의 매출 누락이 사실인지 여부를 재조사한 후 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정합니다.

개업일인 1994.10.01. 이후 ○○광역시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 감속기(Speed Reducer; 모터와 기어박스를 체결하여 모터의 회전수를 원하는 회전수로 줄여주는 장치인데, 대체로 (모터+감속기어박스)로 구성되며, 산업기계 전반(콘베어벨트, 엘리베이터 등)에 걸쳐 광범위하게 사용됨. (www.naver.com에서 인용함)) 등의 제조업을 운영하고 있는 청구법인은 재고자산의 입·출고를 관리하는 자체 개발 프로그램인 “○○○○”를 1995년 이후 사용하고 있는데, “○○○○”가 생성하는 file은 원본 file인 “JCHGO file”과 백업(back-up) file인 “LOGSAL file”이다. (예컨데, 2002년의 거래를 기록한 원본 file은 “2002jchgo.trn”이고, 백업 file은 “2002logs al.trn”임) 조사관서인 ○○지방국세청은 청구법인에 대한 세무조사를 한 후, 원본 file에 입력된 내용은 청구법인이 2000년 내지 2002년의 사업연도별 매출액 및 과세기간별로 발행한 세금계산서의 공급가액과 일치하지만 백업 file에 입력된 내용은 동(同)사업연도의 매출액보다 2,520,935,943원(이하 “쟁점차액”이라 한다; 과세기간별 및 거래처별 쟁점차액의 구성은 18페이지와 19페이지의 별지의 내용과 같음)이 더 많은 사실을 발견하고 (즉, 청구법인이 동(同)사업연도의 매출액으로 신고한 금액이 백업 file의 금액보다 쟁점차액 만큼 더 작은 사실을 발견하고) 쟁점차액을 익금산입한 후 동(同)사업연도 동안의 대표자였던 청구 외 신○○(000000-0000000)에 대한 상여로 소득처분해야 한다고 보고 다른 세무조정 사항들과 함께 과세표준을 경정하여 2000년 내지 2003년 사업연도 분 법인세 1,696,075,377원 및 2000년 제1기분 내지 2003년 제1기분 부가가치세 646,533,338원의 세무조사결과 통지를 20 05.04.26.에 청구법인에게 하였다. (쟁점차액 중에는 1999년 제2기분 금액 177,3 06,857원이 포함되어 있는데 조사관서에서 세무조사결과 통지를 할 때에는 부과제척기간이 이미 경과하였으므로 동(同)금액에 대한 통지세액은 없음) 청구법인은 위 세무조사결과 통지 중 쟁점차액의 익금산입 및 상여 소득처분에 불복하여 2005.05.16.에 국세청에 과세전적부심사청구를 하였고, 동(同)청구에 대하여 국세청은 2005.11.09.에 “재조사” 결정을 하였다. (세무조사결과 통지 당시의 차액은 1999년부터 2002년까지의 3,826,866,214원이었고 청구법인도 동(同)금액에 대하여 과세전적부심사청구를 하였으나, 그 중 (i) 조사관서에서 매출누락으로 확인하고 청구법인도 인정한 (주)○○모터스(사업자등록번호: 000-00-00000)에 대한 차액 715,238,739원 (ii) 청구법인이 제시한 증빙에 대하여 조사관서에서 거래처의 입력착오로 인한 잘못을 인정한 (주)○○체인모터(사업자등록번호: 000-00 -00000) 등 12개 거래처에 대한 차액 413,384,677원 및 (iii) 부과제척기간이 경과한 1999년분 177,306,857원을 제외한 2,520,935,943원(={3,826,866,216원-(715, 238,739원+413,384,677원+177,306,857원)})이 이 건 심사청구 대상인 쟁점차액임) 재조사 결정에 따라 조사관서는 청구법인에 대하여 다시 세무조사를 하였고, 처분청은 쟁점차액에 대한 당초의 세무조사결과 통지가 정당하다는 조사관서의 통보에 따라 다른 세무조정 사항들과 함께 과세표준을 경정하여 2000년 내지 2002년 사업연도 분 법인세 1,784,884,500원 및 2000년 제1기분 내지 2002년 제1기분 부가가치세 624,534,981원을 2005.12.13.에 청구법인에게 경정·고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.02.28.에 이 건 심사청구를 하였다.

청구법인이 과세전적부심사청구에서 주장한 바와 같이 쟁점차액이 발생한 원인은 과다접속으로 인하여 “○○○○” 프로그램의 빈번하게 중단되고, 이로 인해 입력된 자료가 유실되었기 때문이다. 구체적으로, “○○○○” 프로그램의 개발자였던 청구 외 백○○(주민등록번호: 000000-0000000)의 2005.03.30.자 확인서의 내용과 같이 최초 개발 이후 불안정하고 부정확한 문제점 때문에 여러 번 운영프로그램을 수정하고 부품을 교체하였으며 (i) 유실된 data를 재입력한 후 중복된 data를 삭제하는 경우 (ii) 거래처의 매입처원장과 맞춰본 후 내용이 다른 data를 삭제하는 경우 (iii) 영업마감 후에 회계자료와 맞춰본 후 내용이 다른 data를 삭제하는 경우 등에는 쟁점차액이 발생할 수 있으나, 조사관서의 의견과 같이 인위적인 조작을 하여 원본 file의 내용을 백업 file과 다르게 하지는 않았고 정상적인 작업만 하였다. 과세전적부심사청구 결정에서 여러 이유 때문에 과세예고통지(즉, 이 건 과세처분)가 부당하므로 재조사한 후 구체적이고 객관적인 근거에 따라 과세할 것을 명시하였음에도 불구하고 조사관서는 형식적인 재조사를 한 후에 다시 구체적이고 객관적인 근거 없이 (주)○○모터스에 대한 차액 715,238,739원을 청구법인이 매출누락으로 인정하였으므로 나머지 63개 거래처에 대한 쟁점차액도 매출누락에 해당하는 것으로 보고 세무조사결과 통지를 반복하였으므로, 이 건 과세처분은 부당하다.즉, 청구법인의 주장은 실질과세의 원칙(대법2001두7770(2003.01.24.) 등)과 근거과세의 원칙(대법85누680(1987.12.08.) 등)의 취지의 판례로 뒷받침할 수도 있으므로, 거래상대방에 대한 사실 확인이나 거래대금의 지급 여부를 확인하기 위한 금융조사 등을 통한 구체적이고 객관적인 근거가 없는 이 건 과세처분은 부당하다.

청구법인이 1999년 이후 사용하고 있는 “○○○○” 프로그램은 거래처로부터 팩스로 받은 주문서에 따라 출고 담당 직원이 입력하면 같은 내용의 원본 file과 백업 file이 생성되며 생성된 후 수정·삭제할 때에도 정상적으로 작업한다면 그 내용은 같기 때문에 인위적 조작을 할 경우에만 원본 file과 백업 file의 내용이 달라지는데, 이 건의 경우 청구법인은 매출액 및 세금계산서의 공급가액으로 신고하는 원본 file의 금액을 쟁점차액 만큼 인위적으로 줄인 것으로 보인다. 청구법인은 쟁점차액이 발생할 수 있는 구체적인 경우들을 제시하고 있지만, 그러한 경우들에도 청구법인이 정상적으로 작업했다면 원본 file과 백업file의 내용은 같을 것이다. 청구법인은 “○○○○” 프로그램에서 원본 file을 삭제하거나 수정할 경우에는 삭제·수정한 내용이 백업 file에 기록되지 않기 때문에 원본 file과 백업 file의 내용이 달라질 수 있다고 주장하지만, 내용이 달라지는 경우에도 사후 관리를 위하여 제품 출고에 관한 입력·수정·삭제 정보를 모두 기록한 것이 LOGSAL file이고, 입력 정보 만을 기록하며 그 내용을 쉽게 조작할 수 있는 것이 JCHGO file이므로, LOGSAL file이 오히려 원본 file이고 JCHGO file은 오히려 단순한 신고용 file로 보는 것이 실질에 가깝다. 이것은 세무조사결과 통지 당시의 무려 10,519건의 차액(3,826,8 66,216원) 자료 중에서 1,477건(715,238,739원)을 차지하는 (주)○○모터스에 대한 차액을 표본 조사한 결과 거래명세서, 매입처원장 등의 증빙으로 확인한 거래 내역이 LOGSAL file의 내용과 정확하게 일치하는 것을 통해 확인할 수 있다. 따라서, 조사관서에서 방대한 분량의 쟁점차액 자료를 모두 조사하지 않더라도 LOGS -AL file의 내용에 따라 쟁점차액을 매출누락으로 과세한 것은 단순한 추정이 아닌 정당한 근거과세이므로, 이 건 과세처분은 정당하다. (같은 뜻의 국세심판례: 국심2004서1134, 2005. 3.25.)

• 가. 쟁점 청구법인의 입·출고를 관리하는 자체 개발 프로그램인 “○○○○”에 생성된 원본 file과 백업 file에 매출액으로 입력된 금액의 차이인 쟁점차액을 매출누락으로 볼 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령

○ 국세기본법 제16조 【근거과세】

① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치·기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치·기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 국세를 조사·결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항의 규정에 의하여 기장의 내용과 상이한 사실이나 기장에 누락된 것을 조사하여 결정한 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 부기하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단 【먼저, 사실관계에 대하여 살펴본다】

(1) 18페이지와 19페이지의 별지의 내용 중에서 (주)○○엔지니어링(연번: 7)에 대한 2000년 제1기분 차액 -2,277,364원은 2,277,364원에 (-) 부호를 잘못 붙인 것이고, ○○○○(연번: 36)에 대한 2000년 제2기분 차액 174,000원을 474,000원을 잘못 기재한 것이며, 상호란을 음영으로 표시한 19개는 국세통합전산망에 의하면 폐업한 사업자들인 것으로 확인된다. 또한, 63개의 거래처 및 (주)○○모터스 중에서 자료상 혐의자로 고발된 사업자는 없는 것으로 확인된다.

(2) 국세통합전산망에 의하면 2002년 및 2003년 사업연도에 청구법인으로부터 각각 37,736,250원과 16,813,940원의 급여를 지급받은 것으로 확인되는 청구 외 박○○(000000-0000000)이 조사관서의 당초 조사 과정에서 2005.02.16.에 진술하고 서명한 “문답서”의 주요한 내용은 아래와 같다.

• 문) 귀하의 … 직업을 말씀하여 주시기 바랍니다.
• 답) … (주)○○감속기 전산실장으로 근무하고 있습니다.
• 문) 귀하께서 (주)○○감속기에 근무한 기간을 말씀하여 주시기 바랍니다.
• 답) 본인은 2002년 4월에 입사하여 근무하다가 현재는 (주)○○솔루션(사업자등록번호: 000-00-00000) 소속으로 (주)○○감속기에서 전산실장으로 근무하고 있습니다.
• 문) (주)○○감속기에서 사용하고 있는 전산프로그램의 명칭은 무엇입니까?
• 답) ○○○○입니다. ACU COBOL로 된 프로그램입니다.
• 문) 언제부터 ○○○○로 전산처리하였습니까?
• 답) 1997년에 개발을 시작하여 1998년에 테스트를 하고 1999년부터 정식으로 전산처리한 것으로 알고 있습니다.
• 문) 제품출고를 하기 위한 전산처리과정을 구체적으로 말씀하여 주시기 바랍니다.
• 답) 제품수주 등록화면에 수주입력하고, 제품출고 입력화면에 출고입력하고, 거래명세서를 출력하여, 출하팀에서 거래명세서와 실물을 확인하여 출고합니다.
• 문) 영업분야의 제품출고 입력분이 회계분야의 매출액으로 처리되는 전산과정을 말씀하여 주시기 바랍니다.
• 답) 전체 거래처에 대하여 매출월의 다음달 10일경까지 월마감(월매출) 작업 후 BATCH작업으로 일괄처리하여 매출액 계정에 대체됩니다. 현재 별도의 수동처리는 필요치 않습니다. 과거(2002년경까지)에는 배치작업으로 매출액 계정으로 대체되었어도 제품출고 데이터 수정이 가능했으나, 현재는 사후수정이 불가능합니다.
• 문) 주문서를 전산프로그램(○○○○)에 전산입력하지 않고 제품이 출고될 수 있었습니까?
• 답) 거래명세서가 없으면 출하팀에서 출하되지 않고, 정문에서 거래명세서와 제품을 대조하기 때문에 현실적으로 출고될 수 없습니다.
• 문) LOGSAL file은 어떤 경우에 활용하고 있습니까?
• 답) 현재는 특별히 사용하고 있는 경우는 없고, 제품생산과 제품수주상 책임소재를 가리기 위하여 가끔 사용하는 경우가 있습니다.
• 문) LOGSAL file이 생성되는 시기와 생성되는 내용을 구체적으로 말씀하여 주시기 바랍니다.
• 답) 각 사용자별로 수주, 출고, 수금 등의 키번호와 사용자번호별로 정보가 입력되거나 수정되는 사항이 실시간으로 생성됩니다.
• 문) 그렇다면 LOGSAL file 중에서 JCHGO 필드에 기록된 내용은 모든 직원들이 제품 출고 처리한 모든 내용(입력, 수정, 삭제 내용)들이 모두 기록됩니까?
• 답) 예, 그렇습니다.
• 문) LOGSAL file에 수록된 내용도 삭제, 수정이 가능합니까?
• 답) 삭제는 가능한 것으로 알고 있습니다.
• 문) LOGSAL file에 기록된 제품 출고내역은 세무신고된 제품출고파일(JCHGO file)의 제품출고 내역과 일치하여야 하지요?
• 답) 예, 그렇습니다.
• 문) LOGSAL file과 제품출고파일이 불일치하는 경우는 어떤 경우입니까?
• 답) 정상적인 과정에서는 불일치자료가 없어야 합니다.
• 문) (누락된 4,891건의 제품출고 일자별 내역을 제시하며) 예를 들어 위 3개 업체의 2000.03.14.의 누락 내역을 보면 (주)○○모터스 38건, (주)○○모터스 1건, ○○체인 198건 등 모두 227건이 누락되는 등 1999년 11월부터 12월, 2000년, 20 02년 1월부터 4월까지 총 546일 중 (휴일 포함) 378일에 걸쳐 거의 매일, 위와 같이 LOGSAL file에 기록된 제품 출고내역이 세무신고된 제품출고파일과 차이가 발생할 수 있습니까?
• 답) 모르겠습니다.
• 문) 시스템상으로 위와 같은 차이가 발생할 수 있습니까?
• 답) 시스템상으로 불가능한 것으로 생각됩니다.
• 문) 영업부 직원들이 제품출고내역을 주문서에 의해 입력하지 않았는데 LOGSAL file에 제품출고 내역이 기록될 수 있는 경우가 있습니까?
• 답) 그렇게 생성될 수는 없습니다.
• 문) 2002년 4월 이후 대주주가 바뀐 후 조사일 현재까지 스타링크의 제품 수주, 출고 업무의 전산업무처리 내용이나 절차(방식), 프로그램이 변경된 사항이 있습니까?
• 답) 정확한 시기는 기억나지 않지만 본인이 (주)○○감속기에 입사하기 이전에는 수주 접수한 후 삭제처리가 용이하였으나, 현재는 수주 후 삭제처리는 불가능하고 취소 처리하여 기록이 남게 하였습니다.

(3) 신용조가 조사관서의 당초 조사 과정에서 2005.03.10.에 진술하고 서명한 “문답서”의 주요한 내용은 아래와 같다.

• 문) 귀하께서 (주)○○감속기에 근무한 기간과 근무 당시의 직책은 무엇입니까?
• 답) 법인 설립 시부터 2002.04.10.까지 (주)○○감속기의 대표이사로 근무하였습니다.
• 문) (주)○○감속기는 제품 수주, 출고 등 영업 업무와 회계 업무를 전산프로그램(○○○○)을 이용하여 업무처리 하였지요?
• 답) 전산운용한 사실은 있으나 전산프로그램명이 ○○○○인지는 정확히 모릅니다.
• 문) 귀하는 주문서와 거래명세표를 소각 또는 폐기 처리하도록 지시한 사실이 있습니까?
• 답) 그런 사실이 없습니다.
• 문) 주문서를 ○○○○에 전산입력하지 않고 제품이 출고될 수 있었습니까?
• 답) 원칙적으로야 전산입력하여 제품이 출고되어야 할 것으로 생각됩니다.
• 문) 귀하는 영업부 직원이 제품 출고를 위해 ○○○○에 전산입력하면 제품출고 사항을 입력, 수정, 삭제한 모든 내역을 관리하기 위해 입력(수정, 삭제) 담당자, 입력(수정, 삭제)일자, 제품번호, 거래처, 출고금액 등을 LOGSAL file로 생성하여 관리하고 있는 사실을 알고 있습니까?
• 답) 모르고 있습니다.
• 문) 타 거래처는 LOGSAL file과 제품출고파일이 정확히 모두 일치하는데 위 ○○모터스, ○○모터체인, ○○체인 등의 자료들이 제품 출고내역에 누락되고 세금계산서가 발행되지 않은 이유를 사실대로 말씀하여 주시기 바랍니다.
• 답) 제가 잘 모르겠습니다.
• 문) 귀하가 주식을 전부 양도한 후 경영진이 바뀐 2002년 5월부터 위 5개 업체를 포함한 전체 거래처의 제품 출고내역과 LOGSAL file이 모두 일치하는 것으로 확인됩니다. 귀하가 주식을 양도하기 전인 2002년 4월까지 무자료 매출을 하였지요?
• 답) 저는 그런 사실이 없습니다.

(4) 청구법인의 2005.05.16.자 과세전적부심에 대한 국세청의 2005.11.09.자 “재조사” 결정문 중 “판단” 문단의 주요한 내용은 아래와 같다. ⋮ 조사관청은 쟁점차액의 거래상대방에 대한 추적조사결과 (주)○○모터스에 대한 차액이 사실(매출누락)로 확인되는데 다른 업체도 동일한 경우이므로 모두를 매출누락으로 본 과세예고가 정당하다 하나 ① 쟁점 전산차액은 조사과정에서 확인이 필요한 매출누락 혐의의 단초로써 청구법인의 생산 및 판매일지, 제품수불 및 판매대금의 입금상황, 수표·어음·통장 등의 금융거래내역, 거래상대방에 대한 거래사실 확인조사, 쟁점차액에 대한 매출누락 당시의 영업·생산·경리책임자들에 대한 사실 확인 및 금융추적 등에 의한 확인 등이 안 되어, 우선 세법적용에 필요한 기초 사실관계가 확보되지 않은 점 ② 청구법인의 전산시스템, 즉, “○○○○”의 운용체계상 원본파일을 삭제·수정하면 이에 대한 이력이 백업파일에 남아있어야 하나 쟁점차액의 경우는 동 삭제이력이 없으므로 원본파일을 삭제·수정했다는 조사관청 의견은 일단 논리적으로 모순되고, 이에 관해 별도의 매출조정프로그램을 사용했을 거라는 추정만 할 뿐, 구체적 입증을 못하는 점 ③ 쟁점차액의 상대거래처 중 어느 한 업소((주)○○모터스)에서 매입누락 사실이 확인되었다 하여, 다른 거래처도 마찬가지일 것(다만, 증빙서류를 은폐)으로 추정하여 모든 차액을 매출누락으로 확정·과세한다면 일단 근거과세에 위배돼 앞으로의 과세유지에 문제점이 있는 점 ④ 조사관청은 본 청구에 이르러 쟁점차액 중 (주)○○모터체인 등 9개 업소에 대한 차액 413백만원을 정당한 것으로 수용하였고 나아가 (주)○○모터스 이외 다른 거래처에 대한 차액은 과세자료 파생도 못하며 본 과세전적부심사의 결과에 따라 처리할 예정(일부 시효임박자료만 통보)이라 하는 점 등을 종합하면, 쟁점차액을 일단 재조사하고 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당한 것으로 판단된다.

(5) 국세청의 2005.11.09.자 “재조사” 결정에 따라 조사관서에서 청구법인을 다시 세무조사한 후 작성한 2005.11.07.자 “조사복명서”의 주요한 내용은 아래와 같다. o 조사기간: 2005.11.17.～2005.11.30. o 재조사 내용

(1) 쟁점 매출누락액은 매출누락 혐의의 단초에 불과할 뿐 세법적용에 필요한 구체적인 사실관계가 확보되지 아니하였다는 점에 대하여

• 거래처 (주)○○모터스 대표이사가 당초 조사 시 확인한 바와 같이 매출누락 당시 정황을 보면 제품의 주문, 출고 및 인수는 정상적으로 이루어지다가 매월 거래분을 마감하여 일정 부분만 세금계산서를 발행하고 대금결제는 (주)○○모터스 대표이사 개인계좌에서 현금을 인출하여 지급하는 방법으로 매출누락 하였는 바 이와 같이 거래당사자 간 합의에 의하여 축소·은폐된 거래분을 이 건 재조사에서 당해 법인이나 다른 거래처의 생산 및 판매일지, 제품수불 및 판매대금 입금상황, 금융거래내역 등을 입수하여 확인하는 것은 현실적으로 불가능하고 또한 매출누락 사실을 입증하는데 반드시 필요하지도 아니하므로 당초 조사 시 당해 법인의 실제 출고자료로 삼은 LOGSAL file이 실제 출고내역을 정확히 기록한 전산자료임이 확인된다면 이는 매출누락 혐의의 단초가 아니라 매출누락 사실을 직접적으로 확인할 수 있는 장부·증빙에 해당되므로 동 LOGSAL 파일이 실제 출고내역을 정확히 기록한 전산자료인지가 재조사의 관건임.

(2) 당해 법인의 전산시스템(○○○○운용체계상 원본파일(JCHGO file)을 삭제·수정하면 이에 대한 이력이 백업파일(LOGSAL file)에 남아있어야 하나, 쟁점 매출누락액의 경우는 동 삭제이력이 없으므로 원본파일을 삭제·수정했다는 조사관청 의견은 일단 논리적으로 모순되고, 이에 관해 별도의 매출조정프로그램을 사용했을 거라는 추정만 할 뿐 구체적 입증을 못하고 쟁점 매출누락액 중 어느 한 거래처((주)○○모터스)의 매출누락 사실을 거래처 조사를 통해 확인하였다 하여 다른 거래처도 마찬가지일 것으로 추정하여 모든 차액을 매출누락으로 확정하여 과세한다면 근거과세에 위배되어 과세유지에 문제가 있다는 점에 대하여

• … 당해 법인의 전산시스템 상 제품 출고에 관한 입력, 수정, 삭제 등 출고에 관련된 전산작업 기록이 모두 남아 상세하고 구체적인 출고 정보를 알 수 있는 파일이 LOGSAL file이고 출고로 입력되었으나 주문 취소 등으로 삭제가 이루어진 경우 출고와 삭제 내역이 남아있지 아니한 파일이 JCHGO file이므로 LOGSAL file을 원본 파일로, JCHGO file을 신고용 파일로 보는 것이 더욱 실질에 가깝다고 할 것이고

• … 위와 같이 LOGSAL file은 실제 출고내역이 고스란히 담겨 있는 원본파일이고 JCHGO file은 세무신고용 파일에 불과하므로 LOGSAL file의 진실성을 보강하기 위하여 (주)○○모터스 거래분에 대해서만 거래처 조사를 통하여 확인하였다 하더라도 이는 실제 거래내역이 담긴 LOGSAL file에 의한 근거과세이므로 (다른 거래처 매출누락액을 추정하여 과세하였다고 할 수 없음) 쟁점 매출누락액을 적출한 당초 통지 내용은 정당함.

(3) 조사관청은 본 청구에 이르러 쟁점 매출누락액 중 (주)○○모터체인 등 9개 업체에 대한 매출누락액 413백만원을 매출누락이 아닌 것으로 수용하였고, 나아가 (주)○○모터스 외 다른 거래처에 대한 차액은 과세자료 파생도 못하며, 본 과세전적부심사의 결과에 따라 처리할 예정이라 하는 점에 대하여

• 과세전적부심사 청구에 이르러 (주)○○모터체인 등 9개 업체에 대한 매출누락액 413백만원을 매출누락이 아닌 것으로 수용한 것은 청구법인이 조사기간 중에는 쟁점 매출누락액에 대하여 아무런 해명을 하지 않고 있다가 과세전적부심사 청구에 이르러 (주)○○체인모터의 경우 ○○지점 매출액을 본사 및 다른 지점으로 출고입력 시켰다가 수정한 부분을 매출누락으로 잘못 적출하였다는 등의 주장을 소명자료를 첨부하여 제출하였는 바 이 부분에 대한 소명내용을 LOGSAL file로 검토해 보니 동 주장이 사실로 인정되어 이를 매출누락에서 제외한 것에 불과하고 LOGSA -L file에 중복이나 오류가 있었던 것은 아니며, 과세자료 파생을 하지 아니한 것은 과세처분 전에 과세전적부심사청구가 제기되면 그 결정내용에 따라 처분의 변동이 있을 수 있으므로 제척기간 등 과세일실의 문제가 없다면 적부심사 결정 이후에 과세자료 파생이 이루어지는 통상적인 업무절차에 불과함.

(6) 2002.03.20.에 청구법인의 주식 전부를 10,000,000,000원에 양도하기 전까지 대표자였던 신○○와 통화한 바에 의하면, 기술자로서 개인사업으로 감속기 제조사업을 1970년에 시작한 후 1994년에 청구법인으로 전환시켜 국내 굴지의 회사로 발전시켰으나 2001년에 간경화 진단을 받고 기업사냥을 전문으로 하는 (주)○○(사업자등록번호: 000-00-00000)에게 5년간 동일업종에 진입하지 않는 조건으로 주식을 양도하였으며, ○○○○ 프로그램의 기술적인 내용은 청구법인의 전산실장으로 근무하면서 동(同)프로그램을 개발한 백○○이 가장 잘 알고 있다고 한다.

(7) 국세통합전산망에 의하여 1995년부터 2000년까지 청구법인으로부터 매년 8,52 0,000원～24,177,000원의 급여를 지급받은 것으로 확인되는 백○○이 심리과정에서 통화로 진술한 내용은 아래와 같다.

① 1995년부터 혼자 전담해서 ○○○○ 프로그램을 개발하여 수동 자료와 함께 사용하다가 1998년부터는 수동 자료 없이 ○○○○ 프로그램만으로 입·출고를 관리하였음.

② 사용 초기에는 서버(server)의 용량(“스펙(spec)”이라고 함)이 작은데 비하여 접속하는 터미널(terminal)의 수가 너무 많아서 ○○○○ 프로그램이 매우 빈번하게 (1주일에 2～3회) 중단되었음. (“패닉(panic) 상태가 된다”고 함)

③ 제품을 판매할 때 원본 file과 백업 file에 입력된 후 ○○○○ 프로그램이 패닉 상태가 되지 않으면 반품이나 교환 등으로 입력된 내용을 수정·삭제하더라도 (수정·삭제하면서 당초의 매출금액이 감소하는 것이 거의 대부분이었고 증가하는 것은 거의 없었음) 원본 file과 백업 file의 내용은 같이 변함. (이하 “경우ⓐ”)

④ 제품을 판매할 때 원본 file과 백업 file에 입력한 후 ○○○○ 프로그램이 패닉 상태가 되더라도 원본 file과 백업 file이 동시에 소멸되면 거래처로부터 수집한 수동 자료에 근거하여 거래 내용을 다시 입력하고 그것을 수정·삭제하더라도 원본 file과 백업 file의 내용은 같이 변함. (이하 “경우ⓑ”)

⑤ 제품을 판매할 때 원본 file과 백업 file에 입력한 후 ○○○○ 프로그램이 패닉 상태가 될 때 원본 file은 소멸되지만 백업 file은 소멸되지 않는 경우(실제로는 패닉 상태가 될 때 원본 file이 소멸되지만 백업 file은 소멸되지 않는 경우가 대부분이라고 함)에는 거래처로부터 수집한 수동 자료에 근거하여 거래 내용을 다시 원본 file에 입력하고 그것을 수정·삭제할 때 원본 file은 내용이 계속 변하지만 백업 file은 당초의 원본 file이 소멸되기 직전의 내용에서 변하지 않기 때문에 원본 file과 백업 file의 내용이 사후적으로 불일치할 수 있음. (이하 “경우ⓒ”) 따라서, 경우ⓒ가 발생하거나 반복될 때에는 원본 file과 백업 file의 내용이 얼마든지 달라질 수 있고, 원본 file의 내용을 수정·삭제하는 과정에서 매출금액은 계속 감소하므로 백업 file의 내용이 함께 변하지 않을 때에는 원본 file에 비해서 백업 file의 거래금액이 클 수 밖에 없음.

⑥ 빈번하게 패닉 상태가 되는 문제점을 개선하기 위해 퇴사할 무렵 장비를 구입하고 메모리(memory)와 디스크(disk)의 용량을 늘려서 ○○○○ 프로그램의 시스템 성능을 개선하였고, 퇴사한 이후에도 수시로 방문하여 ○○○○ 프로그램을 점검했는데 2002년 이후에는 패닉 상태가 되지는 않았음.

⑦ 이후 근무처를 옮겨서 비슷한 업무에 종사하지만 구식 컴퓨터 언어인 COBOL로 작성된 ○○○○ 프로그램은 다른 회사에서는 사용하지 않았음.

⑧ 이상의 내용은 조사관서에서 세무조사할 때 통화하면서 이미 진술하였음.

(8) 이상의 사실관계를 종합하면, ○○○○ 프로그램의 기술적인 특징을 비교적 상세하게 분석한 후 LOGSAL file의 거래 내용이 정확한 것으로 보이므로 청구법인이 LOGSAL file의 거래금액보다 쟁점차액만큼 매출누락하였고 당초의 차액 중 비교적 큰 비율(거래건수의 14.0%(=1,477건÷10,519건), 거래금액의 18.7%(=715,238,739원÷3,826,866,216원))을 차지하는 (주)○○모터스와의 거래도 청구법인이 매출누락한 사실이 확인되므로 다른 거래처들에 대한 별도의 확인 없이도 쟁점차액 전체를 매출누락으로 볼 수 있다는 조사관서 및 처분청의 의견도 전혀 근거가 없다고 할 수는 없지만, 동(同)의견은 아래와 같은 이유로 타당하지 않은 것으로 판단된다.

(9) 즉, 조사관서에서는 세무조사 당시의 청구법인의 직원들(특히, 전산실장인 박○○)의 진술과 내부 업무흐름도 등에 근거하여 JCHGO file 및 LOGSAL file의 성격과 진실성 여부 등을 판단하였지만, 다른 회사들에서는 전혀 사용하지 않는 ○○○○ 프로그램, 특히 이 건 과세처분의 대상인 신용조가 대표자였던 2002년 4월 이전의 동(同)프로그램의 운영 방식 및 오류가능성 등에 대해서는 신용조의 주장과 같이 백○○이 그 내용을 가장 잘 안다고 보는 것이 타당하다. 물론, 신○○의 요청으로 백○○이 청구법인의 주장을 뒷받침하는 진술을 한 것으로 볼 수도 있지만, 백○○이 진술한 내용이 LOGSAL file과 JCHGO file의 거래금액의 차이의 원인(즉, 사용 초기에 경우ⓒ의 빈번한 발생)과 ○○○○ 프로그램의 개선으로 인하여 조사관서에서 강조하는 동(同)프로그램의 특징(즉, 특별한 조작 없이는 두 file의 내용이 차이날 수 없음)으로 바뀐 이유를 비교적 잘 설명하기 때문에 사실인지 여부의 확인이 필요한 것으로 보인다.

(10) 즉, 조사관서 및 처분청의 의견과 같이 2002년 4월에 경영진이 바뀌면서 기존의 매출누락 관행을 중단하고 사실대로 신고한 것으로 볼 수도 있지만, 백○○의 진술과 같이 ○○○○ 프로그램의 시스템 성능을 개선하기 위한 노력이 시차를 두고 효과가 나타나서 2002년 5월 이후에는 패닉 상태가 되는 문제점(즉, JCHGO file과 LOGSAL file의 거래금액이 차이날 수 있는 문제점)이 나타나지 않은 것으로도 볼 수 있다.

(11) 또한, 백○○의 진술에 의하면 ○○○○ 프로그램이 패닉 상태가 된 후 거래처로부터 수집한 수동 자료에 근거하여 거래 내용을 다시 원본 file에 입력한 후에 반품·교환 등으로 원본 file의 내용을 수정·삭제하는 과정에서 매출금액은 계속 감소하지만 백업 file의 내용은 변하지 않을 때(즉, 경우ⓒ가 발생하거나 반복될 때)에는 원본 file에 비해서 백업 file의 거래금액이 크게 되는데, 실제로 경우ⓒ가 발생하거나 반복되면서 쟁점차액과 관련된 63개의 거래처들이 청구법인으로부터 매입한 제품을 반품·교환하였다면 쟁점차액의 발생 원인을 설명할 수 있으므로, 63개의 거래처 중 폐업한 19개와 2000년 이후의 차액이 없는 2개(○○기전(연번: 21), ○○(주)(연번: 32))를 제외한 42개의 사업자들 중 거래금액이 큰 일부 사업자들(예컨데, 차액의 합계가 10,000,000원 이상인 (주)○○산업(연번: 3), ○○기공(연번: 15), ○○체인(연번: 19), ○○기계상가(연번: 23), (주)○○기전(연번: 42), ○○전기(연번: 51) 및 (주)○○테크(연번: 56))만을 대상으로 하더라도 원시증빙이나 금융증빙 등과 비교하여 청구법인의 주장이 사실인지, 즉, 청구법인이 매출액으로 신고한 원본 file(JCHGO file)의 거래금액이 정확한 매입금액이 맞는지 여부를 확인한 후 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.